src/SMESH_SWIG/smesh_tools.py

   1 #!/usr/bin/env python3
   2
   3 import sys
   4 import salome
   5 import medcoupling as mc
   6 from math import pi
   7 import numpy as np
   8
   9 #salome.salome_init()
  10
  11 import GEOM
  12 from salome.geom import geomBuilder
  13
  14 geompy = geomBuilder.New()
  15
  16 import  SMESH, SALOMEDS
  17 from salome.smesh import smeshBuilder
  18
  19 smesh = smeshBuilder.New()
  20
  21 from salome.kernel.logger import Logger
  22 logger = Logger("salome.smesh.smesh_tools")
  23 logger.setLevel("DEBUG")
  24
  25 def smesh_create_dual_mesh(mesh_ior, output_file, adapt_to_shape=True, mesh_name="MESH"):
  26     """ Create a dual of the mesh in input_file into output_file
  27
  28     Args:
  29         mesh_ior (string): corba Id of the Tetrahedron mesh
  30         output_file (string): dual mesh file
  31     """
  32     # Import mesh from file
  33     mesh = salome.orb.string_to_object(mesh_ior)
  34     if not mesh:
  35         raise Exception("Could not find mesh using id: ", mesh_ior)
  36
  37     shape = mesh.GetShapeToMesh()
  38
  39     # Creating output file
  40     myfile = mc.MEDFileUMesh()
  41     myfile.setName(mesh_name)
  42
  43
  44     # We got a meshProxy so we need to convert pointer to MEDCoupling
  45     int_ptr = mesh.ExportMEDCoupling(True, True)
  46     dab = mc.FromPyIntPtrToDataArrayByte(int_ptr)
  47     mc_mesh_file = mc.MEDFileMesh.New(dab)
  48     tetras = mc_mesh_file[0]
  49     # End of SMESH -> MEDCoupling part for dualmesh
  50
  51     tetras = mc.MEDCoupling1SGTUMesh(tetras)
  52     polyh = tetras.computeDualMesh()
  53
  54     ## Adding skin + transfering groups on faces from tetras mesh
  55     mesh2d = polyh.buildUnstructured().computeSkin()
  56     mesh2d.setName(mesh_name)
  57     myfile.setMeshAtLevel(-1, mesh2d)
  58
  59
  60     for grp_name in mc_mesh_file.getGroupsOnSpecifiedLev(-1):
  61         logger.debug("Transferring group: "+ grp_name)
  62         grp_tria = mc_mesh_file.getGroup(-1, grp_name)
  63         # Retrieve the nodes in group
  64         grp_nodes = grp_tria.computeFetchedNodeIds()
  65         # Find all the cells lying on one of the nodes
  66         id_grp_poly = mesh2d.getCellIdsLyingOnNodes(grp_nodes, False)
  67
  68         grp_poly = mesh2d[id_grp_poly]
  69
  70         # We use the interpolation to remove the element that are not really in
  71         # the group (the ones that are next to a nodes nut not in the group
  72         # will have the sum of their column in the enterpolation matrix equal
  73         # to zero)
  74         rem = mc.MEDCouplingRemapper()
  75
  76         rem.prepare(grp_poly, grp_tria, "P0P0")
  77         m = rem.getCrudeCSRMatrix()
  78         _, id_to_keep = np.where(m.sum(dtype=np.int64, axis=0) >= 1e-07)
  79
  80         id_grp_poly = id_grp_poly[id_to_keep.tolist()]
  81         id_grp_poly.setName(grp_name)
  82
  83         myfile.addGroup(-1, id_grp_poly)
  84
  85     # Getting list of new points added on the skin
  86     skin = tetras.buildUnstructured().computeSkin()
  87     skin_polyh = polyh.buildUnstructured().computeSkin()
  88     allNodesOnSkinPolyh = skin_polyh.computeFetchedNodeIds()
  89     allNodesOnSkin = skin.computeFetchedNodeIds()
  90     ptsAdded = allNodesOnSkinPolyh.buildSubstraction(allNodesOnSkin)
  91     ptsAddedMesh = mc.MEDCouplingUMesh.Build0DMeshFromCoords( skin_polyh.getCoords()[ptsAdded] )
  92
  93     if adapt_to_shape:
  94         logger.debug("Adapting to shape")
  95         ptsAddedCoo = ptsAddedMesh.getCoords()
  96         ptsAddedCooModified = ptsAddedCoo[:]
  97
  98         # Matching faces with their ids
  99         faces = geompy.ExtractShapes(shape, geompy.ShapeType["FACE"], True)
 100         id2face = {}
 101         for face in faces:
 102             id2face[face.GetSubShapeIndices()[0]] = face
 103
 104         ## Projecting each points added by the dual mesh on the surface it is
 105         # associated with
 106         for i, tup in enumerate(ptsAddedCooModified):
 107             vertex = geompy.MakeVertex(*tuple(tup))
 108             shapes = geompy.GetShapesNearPoint(shape, vertex,
 109                                                geompy.ShapeType["FACE"])
 110             prj = geompy.MakeProjection(vertex,
 111                                         id2face[shapes.GetSubShapeIndices()[0]])
 112             new_coor = geompy.PointCoordinates(prj)
 113             ptsAddedCooModified[i] = new_coor
 114
 115         polyh.getCoords()[ptsAdded] = ptsAddedCooModified
 116
 117     polyh.setName(mesh_name)
 118     myfile.setMeshAtLevel(0, polyh)
 119
 120     logger.debug("Writting dual mesh in :"+output_file)
 121     myfile.write(output_file, 2)