src/SMESH/MG_ADAPT.cxx

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   3 // Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 // CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   5 //
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   7 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
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  12 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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  15 //
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  17 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 // file : MG_ADAPT.cxx
  22
  23 #include "MG_ADAPT.hxx"
  24
  25 #include "MeshFormatReader.hxx"
  26 #include "MeshFormatWriter.hxx"
  27 #include "MEDFileMesh.hxx"
  28 #include "MCAuto.hxx"
  29 #include "MEDFileData.hxx"
  30 #include "MEDFileField.hxx"
  31 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  32
  33 #include <SALOME_NamingService.hxx>
  34 #include <Utils_SALOME_Exception.hxx>
  35 #include "Utils_CorbaException.hxx"
  36
  37 #include <utilities.h>
  38 #include <iostream>
  39 #include <unistd.h>
  40 #include <TCollection_AsciiString.hxx>
  41 #include <cstring>
  42 #include <cstdlib>
  43 #include <boost/filesystem.hpp>
  44
  45 using namespace MG_ADAPT;
  46 static std::string removeFile(std::string fileName, int& notOk)
  47 {
  48   std::string errStr;
  49   notOk = std::remove(fileName.c_str());
  50   if (notOk) errStr = ToComment("\n error while removing file : ") << fileName;
  51         else errStr = ToComment("\n file : ") << fileName << " succesfully deleted! \n ";
  52
  53   return errStr;
  54 }
  55 std::string remove_extension(const std::string& filename) {
  56   size_t lastdot = filename.find_last_of(".");
  57   if (lastdot == std::string::npos) return filename;
  58   return filename.substr(0, lastdot);
  59 }
  60 namespace
  61 {
  62 struct GET_DEFAULT // struct used to get default value from GetOptionValue()
  63 {
  64   bool isDefault;
  65   operator bool* () {
  66       return &isDefault;
  67   }
  68 };
  69 }
  70
  71 //----------------------------------------------------------------------------------------
  72 MgAdapt::MgAdapt()
  73 {
  74   data = new MgAdaptHypothesisData();
  75   data->myInMeshName = "";
  76   data->fromMedFile = defaultFromMedFile();
  77   data->myFileInDir = defaultWorkingDirectory();
  78   data->myMeshFileIn = "";
  79   data->myFileOutDir = defaultWorkingDirectory();
  80   data->myOutMeshName = "";
  81   data->myMeshFileOut = "";
  82   data->myMeshOutMed = defaultMeshOutMed();
  83   data->myPublish = defaultPublish();
  84   data->myUseLocalMap = defaultUseLocalMap();
  85   data->myUseBackgroundMap = defaultUseBackgroundMap();
  86   data->myFileSizeMapDir = defaultWorkingDirectory();
  87   data->myMeshFileBackground = "";
  88   data->myUseConstantValue = defaultUseConstantValue();
  89   data->myConstantValue = 0.0;
  90   data->myFieldName = "";
  91   data->myUseNoTimeStep = defaultUseNoTimeStep();
  92   data->myUseLastTimeStep = defaultUseLastTimeStep();
  93   data->myUseChosenTimeStep = defaultUseChosenTimeStep();
  94   data->myTimeStep = -2;
  95   data->myRank =  -2;
  96   data->myWorkingDir = defaultWorkingDirectory();
  97   data->myLogFile = defaultLogFile();
  98   data->myVerboseLevel = defaultVerboseLevel();
  99   data->myPrintLogInFile = defaultPrintLogInFile();
 100   data->myKeepFiles = defaultKeepFiles();
 101   data->myRemoveLogOnSuccess = defaultRemoveLogOnSuccess();
 102
 103   buildModel();
 104   setAll();
 105 }
 106 MgAdapt::MgAdapt(MgAdaptHypothesisData* myData)
 107 {
 108   data = new MgAdaptHypothesisData();
 109   setData(myData);
 110   buildModel();
 111 }
 112
 113 MgAdapt::MgAdapt( const MgAdapt& copy)
 114 {
 115   data = new MgAdaptHypothesisData();
 116   MgAdaptHypothesisData *copyData = copy.getData();
 117   copyMgAdaptHypothesisData(copyData);
 118   setAll();
 119
 120   this->_option2value = copy._option2value;
 121   this->_customOption2value = copy._customOption2value;
 122   this->_defaultOptionValues = copy._defaultOptionValues;
 123   this->_doubleOptions = copy._doubleOptions;
 124   this->_charOptions = copy._charOptions;
 125   this->_boolOptions = copy._boolOptions;
 126 }
 127
 128 //-----------------------------------------------------------------------------------------
 129 MgAdapt::~MgAdapt()
 130 {
 131   delete data;
 132 }
 133 void MgAdapt::buildModel()
 134 {
 135
 136   const char* boolOptionNames[] = { "compute_ridges",                          // yes
 137                                     "" // mark of end
 138                                   };
 139   // const char* intOptionNames[] = { "max_number_of_errors_printed", // 1
 140   //                                  "max_number_of_threads",        // 4
 141   //                                  "" // mark of end
 142   // };
 143   const char* doubleOptionNames[] = { "max_memory",  // 0
 144                                       "" // mark of end
 145                                     };
 146   const char* charOptionNames[] = { "components",                    // "yes"
 147                                     "adaptation",            // both
 148                                     "" // mark of end
 149                                   };
 150
 151   int i = 0;
 152   while (boolOptionNames[i][0])
 153   {
 154     _boolOptions.insert( boolOptionNames[i] );
 155     _option2value[boolOptionNames[i++]].clear();
 156   }
 157   // i = 0;
 158   // while (intOptionNames[i][0])
 159   //   _option2value[intOptionNames[i++]].clear();
 160
 161   i = 0;
 162   while (doubleOptionNames[i][0]) {
 163     _doubleOptions.insert(doubleOptionNames[i]);
 164     _option2value[doubleOptionNames[i++]].clear();
 165   }
 166   i = 0;
 167   while (charOptionNames[i][0]) {
 168     _charOptions.insert(charOptionNames[i]);
 169     _option2value[charOptionNames[i++]].clear();
 170   }
 171
 172   // default values to be used while MG-Adapt
 173
 174   _defaultOptionValues["adaptation"                         ] = "both";
 175   _defaultOptionValues["components"                         ] = "outside components";
 176   _defaultOptionValues["compute_ridges"                     ] = "yes";
 177   _defaultOptionValues["max_memory"                         ] = ToComment(defaultMaximumMemory());
 178 }
 179
 180 //=============================================================================
 181 TOptionValues MgAdapt::getOptionValues() const
 182 {
 183   TOptionValues vals;
 184   TOptionValues::const_iterator op_val = _option2value.begin();
 185   for ( ; op_val != _option2value.end(); ++op_val )
 186     vals.insert( make_pair( op_val->first, getOptionValue( op_val->first, GET_DEFAULT() )));
 187
 188   return vals;
 189 }
 190
 191 std::vector <std::string> MgAdapt::getOptionValuesStrVec() const
 192 {
 193   std::vector <std::string> vals;
 194   TOptionValues::const_iterator op_val = _option2value.begin();
 195   for ( ; op_val != _option2value.end(); ++op_val )
 196     vals.push_back(op_val->first+":"+getOptionValue( op_val->first, GET_DEFAULT() ));
 197
 198   return vals;
 199 }
 200
 201 std::vector <std::string> MgAdapt::getCustomOptionValuesStrVec() const
 202 {
 203   std::vector <std::string> vals;
 204   TOptionValues::const_iterator op_val;
 205   for ( op_val = _customOption2value.begin(); op_val != _customOption2value.end(); ++op_val )
 206   {
 207     vals.push_back(op_val->first+":"+getOptionValue( op_val->first, GET_DEFAULT() ));
 208   }
 209   return vals;
 210 }
 211 const TOptionValues& MgAdapt::getCustomOptionValues() const
 212 {
 213   return _customOption2value;
 214 }
 215 void MgAdapt::setData(MgAdaptHypothesisData* myData)
 216 {
 217   copyMgAdaptHypothesisData(myData);
 218   setAll();
 219 }
 220 MgAdaptHypothesisData* MgAdapt::getData() const
 221 {
 222   return data;
 223 }
 224 void MgAdapt::setMedFileIn(std::string fileName)
 225 {
 226   if ( isFileExist(fileName) )
 227   {
 228     medFileIn = fileName;
 229
 230     if (medFileOut == "") // default MED file Out
 231       medFileOut = remove_extension( fileName )+ ".adapt.med";
 232   }
 233   else
 234   {
 235     SALOME::ExceptionStruct es;
 236     es.type = SALOME::BAD_PARAM;
 237     std::string text = "\nThe file " + fileName + " does not exist.\n" ;
 238     es.text = CORBA::string_dup(text.c_str());
 239     throw SALOME::SALOME_Exception(es);
 240   }
 241 }
 242
 243 std::string MgAdapt::getMedFileIn()
 244 {
 245   return medFileIn;
 246 }
 247
 248 void MgAdapt::setMedFileOut(std::string fileOut)
 249 {
 250   medFileOut = fileOut;
 251 }
 252 std::string MgAdapt::getMedFileOut()
 253 {
 254   return medFileOut;
 255 }
 256 void MgAdapt::setMeshOutMed(bool mybool)
 257 {
 258   meshOutMed = mybool;
 259 }
 260 bool MgAdapt::getMeshOutMed()
 261 {
 262   return meshOutMed;
 263 }
 264 void MgAdapt::setPublish(bool mybool)
 265 {
 266   publish = mybool;
 267 }
 268 bool MgAdapt::getPublish()
 269 {
 270   return publish;
 271 }
 272 void MgAdapt::setFieldName(std::string myFieldName)
 273 {
 274   fieldName = myFieldName;
 275 }
 276 std::string MgAdapt::getFieldName()
 277 {
 278   return fieldName;
 279 }
 280 void MgAdapt::setTimeStep(int time)
 281 {
 282   timeStep = time;
 283 }
 284 int MgAdapt::getTimeStep() const
 285 {
 286   return timeStep;
 287 }
 288
 289 void MgAdapt::setRankTimeStep(int time, int myRank)
 290 {
 291   timeStep = time;
 292   rank = myRank;
 293 }
 294
 295 int MgAdapt::getRank()
 296 {
 297   return rank;
 298 }
 299 void MgAdapt::setTimeStepRankLast()
 300 {
 301   myUseLastTimeStep = true;
 302   myUseChosenTimeStep = false;
 303   myUseNoTimeStep = false;
 304   //~med_int aRank, tmst;
 305      //~std::string fieldFile = useBackgroundMap ? sizeMapFile : medFileIn;
 306   //~getTimeStepInfos(fieldFile, tmst, aRank);
 307   //~setRankTimeStep((int) tmst, (int) aRank);
 308 }
 309 void MgAdapt::setNoTimeStep()
 310 {
 311   myUseLastTimeStep = false;
 312   myUseChosenTimeStep = false;
 313   myUseNoTimeStep = true;
 314   //~int aRank = (int)MED_NO_IT;
 315   //~int tmst  = (int)MED_NO_DT ;
 316   //~setRankTimeStep(tmst, aRank);
 317 }
 318 void MgAdapt::setChosenTimeStepRank()
 319 {
 320   myUseLastTimeStep = false;
 321   myUseChosenTimeStep = true;
 322   myUseNoTimeStep = false;
 323   //~int aRank = (int)MED_NO_IT;
 324   //~int tmst  = (int)MED_NO_DT ;
 325   //~setRankTimeStep(tmst, aRank);
 326 }
 327 void MgAdapt::setUseLocalMap(bool myLocal)
 328 {
 329   useLocalMap = myLocal;
 330 }
 331
 332 bool MgAdapt::getUseLocalMap()
 333 {
 334   return useLocalMap;
 335 }
 336
 337 void MgAdapt::setUseBackgroundMap(bool bckg)
 338 {
 339   useBackgroundMap = bckg;
 340 }
 341
 342 bool MgAdapt::getUseBackgroundMap()
 343 {
 344   return useBackgroundMap;
 345 }
 346
 347 void MgAdapt::setUseConstantValue(bool cnst)
 348 {
 349   useConstantValue = cnst;
 350 }
 351 bool MgAdapt::getUseConstantValue()
 352 {
 353   return useConstantValue;
 354 }
 355 void MgAdapt::setLogFile(std::string myLogFile)
 356 {
 357   logFile = myLogFile;
 358 }
 359 std::string MgAdapt::getLogFile()
 360 {
 361   return logFile;
 362 }
 363 void MgAdapt::setVerbosityLevel(int verboLevel)
 364 {
 365   verbosityLevel = verboLevel;
 366 }
 367 int MgAdapt::getVerbosityLevel()
 368 {
 369   return verbosityLevel;
 370 }
 371 void MgAdapt::setRemoveOnSuccess(bool rmons)
 372 {
 373   removeOnSuccess = rmons;
 374 }
 375 bool MgAdapt::getRemoveOnSuccess()
 376 {
 377   return removeOnSuccess;
 378 }
 379 void MgAdapt::setSizeMapFile(std::string mapFile)
 380 {
 381   if ( mapFile == "" || isFileExist(mapFile) )
 382   {
 383     sizeMapFile = mapFile;
 384   }
 385   else
 386   {
 387     SALOME::ExceptionStruct es;
 388     es.type = SALOME::BAD_PARAM;
 389     std::string text = "\nThe file " + mapFile + " does not exist.\n" ;
 390     es.text = CORBA::string_dup(text.c_str());
 391     throw SALOME::SALOME_Exception(es);
 392   }
 393 }
 394 std::string MgAdapt::getSizeMapFile()
 395 {
 396   return sizeMapFile;
 397 }
 398
 399 void MgAdapt::setMeshName(std::string name)
 400 {
 401   meshName = name;
 402 }
 403 std::string MgAdapt::getMeshName()
 404 {
 405   return meshName;
 406 }
 407 void MgAdapt::setMeshNameOut(std::string name)
 408 {
 409   meshNameOut = name;
 410 }
 411 std::string MgAdapt::getMeshNameOut()
 412 {
 413   return meshNameOut;
 414 }
 415 void MgAdapt::setFromMedFile(bool mybool)
 416 {
 417   fromMedFile = mybool;
 418 }
 419 bool MgAdapt::isFromMedFile()
 420 {
 421   return fromMedFile;
 422 }
 423 void MgAdapt::setConstantValue(double cnst)
 424 {
 425   constantValue = cnst;
 426 }
 427 double MgAdapt::getConstantValue() const
 428 {
 429   return constantValue;
 430 }
 431
 432 void MgAdapt::setWorkingDir(std::string dir)
 433 {
 434   workingDir = dir;
 435 }
 436 std::string MgAdapt::getWorkingDir() const
 437 {
 438   return workingDir;
 439 }
 440 void MgAdapt::setKeepWorkingFiles(bool mybool)
 441 {
 442   toKeepWorkingFiles = mybool;
 443 }
 444 bool MgAdapt::getKeepWorkingFiles()
 445 {
 446   return toKeepWorkingFiles;
 447 }
 448 void MgAdapt::setPrintLogInFile(bool print)
 449 {
 450   printLogInFile = print;
 451 }
 452 bool MgAdapt::getPrintLogInFile()
 453 {
 454   return printLogInFile;
 455 }
 456
 457 bool MgAdapt::setAll()
 458 {
 459
 460   setFromMedFile(data->fromMedFile);
 461   std::string file;
 462   checkDirPath(data->myFileInDir);
 463   file = data->myFileInDir+data->myMeshFileIn;
 464   setMedFileIn(file);
 465   setMeshName(data->myInMeshName);
 466   setMeshNameOut(data->myOutMeshName);
 467   checkDirPath(data->myFileOutDir);
 468   std::string out = data->myFileOutDir+data->myMeshFileOut;
 469   setMedFileOut(out);
 470   setPublish(data->myPublish);
 471   setMeshOutMed(data->myMeshOutMed);
 472   setUseLocalMap(data->myUseLocalMap);
 473   setUseBackgroundMap(data->myUseBackgroundMap);
 474   setUseConstantValue(data->myUseConstantValue);
 475
 476   std::string mapfile;
 477   if (useBackgroundMap)
 478   {
 479     checkDirPath(data->myFileSizeMapDir);
 480     mapfile = data->myFileSizeMapDir+data->myMeshFileBackground;
 481     setFieldName(data->myFieldName);
 482   }
 483   else if (useConstantValue)
 484   {
 485     setConstantValue(data->myConstantValue);
 486   }
 487   else
 488   {
 489     mapfile ="";
 490     setConstantValue(0.0);
 491     setFieldName(data->myFieldName);
 492   }
 493
 494   setSizeMapFile(mapfile);
 495   if (data->myUseNoTimeStep)
 496     setNoTimeStep();
 497   else if (data->myUseLastTimeStep)
 498     setTimeStepRankLast();
 499   else
 500   {
 501     setChosenTimeStepRank();
 502     setRankTimeStep(data->myTimeStep, data->myRank);
 503   }
 504   /* Advanced options */
 505   setWorkingDir(data->myWorkingDir);
 506   checkDirPath(data->myWorkingDir);
 507   setLogFile(data->myWorkingDir+defaultLogFile());
 508   setVerbosityLevel(data->myVerboseLevel);
 509   setRemoveOnSuccess(data->myRemoveLogOnSuccess);
 510   setPrintLogInFile(data->myPrintLogInFile);
 511   setKeepWorkingFiles(data->myKeepFiles);
 512
 513   return true;
 514 }
 515
 516 void MgAdapt::checkDirPath(std::string& dirPath)
 517 {
 518   const char lastChar = *dirPath.rbegin();
 519 #ifdef WIN32
 520   if(lastChar != '\\') dirPath+='\\';
 521 #else
 522   if(lastChar != '/') dirPath+='/';
 523 #endif
 524 }
 525 //=============================================================================
 526 void MgAdapt::setOptionValue(const std::string& optionName,
 527                              const std::string& optionValue)
 528 throw (std::invalid_argument)
 529 {
 530   TOptionValues::iterator op_val = _option2value.find(optionName);
 531   if (op_val == _option2value.end())
 532   {
 533     op_val = _customOption2value.find( optionName );
 534     _customOption2value[ optionName ] = optionValue;
 535     return;
 536   }
 537
 538   if (op_val->second != optionValue)
 539   {
 540
 541     std::string lowerOptionValue = toLowerStr(optionValue);
 542     const char* ptr = lowerOptionValue.c_str();
 543     // strip white spaces
 544     while (ptr[0] == ' ')
 545       ptr++;
 546     int i = strlen(ptr);
 547     while (i != 0 && ptr[i - 1] == ' ')
 548       i--;
 549     // check value type
 550     bool typeOk = true;
 551     std::string typeName;
 552     if (i == 0)
 553     {
 554       // empty string
 555     }
 556     else if (_charOptions.count(optionName))
 557     {
 558       // do not check strings
 559     }
 560     else if (_doubleOptions.count(optionName))
 561     {
 562       // check if value is double
 563       toDbl(ptr, &typeOk);
 564       typeName = "real";
 565     }
 566     else if (_boolOptions.count(optionName))
 567     {
 568       // check if value is bool
 569       toBool(ptr, &typeOk);
 570       typeName = "bool";
 571     }
 572     else
 573     {
 574       // check if value is int
 575       toInt(ptr, &typeOk);
 576       typeName = "integer";
 577     }
 578     if ( typeOk ) // check some specific values ?
 579     {
 580     }
 581     if ( !typeOk )
 582     {
 583       std::string msg = "Advanced option '" + optionName + "' = '" + optionValue + "' but must be " + typeName;
 584       throw std::invalid_argument(msg);
 585     }
 586     std::string value( ptr, i );
 587     if ( _defaultOptionValues[ optionName ] == value ) value.clear();
 588
 589     op_val->second = value;
 590
 591   }
 592 }
 593 //=============================================================================
 594 //! Return option value. If isDefault provided, it can be a default value,
 595 //  then *isDefault == true. If isDefault is not provided, the value will be
 596 //  empty if it equals a default one.
 597 std::string MgAdapt::getOptionValue(const std::string& optionName, bool*              isDefault) const
 598 throw (std::invalid_argument)
 599 {
 600   TOptionValues::const_iterator op_val = _option2value.find(optionName);
 601   if (op_val == _option2value.end())
 602   {
 603     op_val = _customOption2value.find(optionName);
 604     if (op_val == _customOption2value.end())
 605     {
 606       std::string msg = "Unknown MG-Adapt option: <" + optionName + ">";
 607       throw std::invalid_argument(msg);
 608     }
 609   }
 610   std::string val = op_val->second;
 611   if ( isDefault ) *isDefault = ( val.empty() );
 612
 613   if ( val.empty() && isDefault )
 614   {
 615     op_val = _defaultOptionValues.find( optionName );
 616     if (op_val != _defaultOptionValues.end()) val = op_val->second;
 617   }
 618   return val;
 619 }
 620 //================================================================================
 621 /*!
 622  * \brief Converts a string to a real value
 623  */
 624 //================================================================================
 625
 626 double MgAdapt::toDbl(const std::string& str, bool* isOk )
 627 throw (std::invalid_argument)
 628 {
 629   if ( str.empty() ) throw std::invalid_argument("Empty value provided");
 630
 631   char * endPtr;
 632   double val = strtod(&str[0], &endPtr);
 633   bool ok = (&str[0] != endPtr);
 634
 635   if ( isOk ) *isOk = ok;
 636
 637   if ( !ok )
 638   {
 639     std::string msg = "Not a real value:'" + str + "'";
 640     throw std::invalid_argument(msg);
 641   }
 642   return val;
 643 }
 644 //================================================================================
 645 /*!
 646  * \brief Converts a string to a lower
 647  */
 648 //================================================================================
 649 std::string MgAdapt::toLowerStr(const std::string& str)
 650 {
 651   std::string s = str;
 652   for ( size_t i = 0; i <= s.size(); ++i )
 653     s[i] = tolower( s[i] );
 654   return s;
 655 }
 656 //================================================================================
 657 /*!
 658  * \brief Converts a string to a bool
 659  */
 660 //================================================================================
 661
 662 bool MgAdapt::toBool(const std::string& str, bool* isOk )
 663 throw (std::invalid_argument)
 664 {
 665   std::string s = str;
 666   if ( isOk ) *isOk = true;
 667
 668   for ( size_t i = 0; i <= s.size(); ++i )
 669     s[i] = tolower( s[i] );
 670
 671   if ( s == "1" || s == "true" || s == "active" || s == "yes" )
 672     return true;
 673
 674   if ( s == "0" || s == "false" || s == "inactive" || s == "no" )
 675     return false;
 676
 677   if ( isOk )
 678     *isOk = false;
 679   else
 680   {
 681     std::string msg = "Not a Boolean value:'" + str + "'";
 682     throw std::invalid_argument(msg);
 683   }
 684   return false;
 685 }
 686 //================================================================================
 687 /*!
 688  * \brief Converts a string to a integer value
 689  */
 690 //================================================================================
 691
 692 int MgAdapt::toInt(const std::string& str, bool* isOk )
 693 throw (std::invalid_argument)
 694 {
 695   if ( str.empty() ) throw std::invalid_argument("Empty value provided");
 696
 697   char * endPtr;
 698   int val = (int)strtol( &str[0], &endPtr, 10);
 699   bool ok = (&str[0] != endPtr);
 700
 701   if ( isOk ) *isOk = ok;
 702
 703   if ( !ok )
 704   {
 705     std::string msg = "Not an integer value:'" + str + "'";
 706     throw std::invalid_argument(msg);
 707   }
 708   return val;
 709 }
 710 //=============================================================================
 711 bool MgAdapt::hasOptionDefined( const std::string& optionName ) const
 712 {
 713   bool isDefault = false;
 714   try
 715   {
 716     getOptionValue( optionName, &isDefault );
 717   }
 718   catch ( std::invalid_argument )
 719   {
 720     return false;
 721   }
 722   return !isDefault;
 723 }
 724 //================================================================================
 725 /*!
 726  * \brief Return command to run MG-Tetra mesher excluding file prefix (-f)
 727  */
 728 //================================================================================
 729
 730 std::string MgAdapt::getCommandToRun(MgAdapt* hyp)
 731 {
 732   return hyp ? hyp->getCommandToRun() : ToComment("error with hypothesis!");
 733 }
 734
 735
 736
 737 int MgAdapt::compute(std::string& errStr)
 738 {
 739   std::string cmd = getCommandToRun();
 740   int err = 0;
 741   execCmd( cmd.c_str(), err ); // run
 742
 743   if ( err )
 744   {
 745     errStr = ToComment("system(mg-adapt.exe ...) command failed with error: ") << strerror( errno );
 746   }
 747   else
 748   {
 749     convertMeshFile(meshFormatOutputMesh, solFormatOutput);
 750   }
 751   if (!err) cleanUp();
 752   return err;
 753 }
 754
 755 void MgAdapt::execCmd( const char* cmd, int& err)
 756 {
 757   err = 1;
 758   std::array <char, 128> buffer;
 759   std::streambuf* buf;
 760 outFileStream fileStream;
 761   if (printLogInFile)
 762   {
 763   fileStream.open(logFile);
 764   buf = fileStream.rdbuf();
 765   }
 766   else
 767   {
 768     buf = std::cout.rdbuf();
 769   }
 770   std::ostream logStream(buf);
 771
 772   std::unique_ptr <FILE, decltype(&pclose)> pipe(popen(cmd, "r"), pclose );
 773   if(!pipe)
 774   {
 775     throw std::runtime_error("popen() failed!");
 776   }
 777   while(fgets(buffer.data(), buffer.size(), pipe.get()) !=nullptr )
 778   {
 779     logStream<<buffer.data() ;
 780   }
 781   err = 0;
 782 }
 783 /*
 784  * to delete tmp files .mesh, .sol and if needed
 785  * the log file
 786  *
 787  */
 788 void MgAdapt::cleanUp()
 789 {
 790   int notOk;
 791   std::string errStr;
 792   if(toKeepWorkingFiles)
 793     return;
 794   if(removeOnSuccess && printLogInFile)
 795     tmpFilesToBeDeleted.push_back(logFile);
 796
 797   std::vector< std::string>::iterator it = tmpFilesToBeDeleted.begin();
 798   for (; it!=tmpFilesToBeDeleted.end(); ++it)
 799   {
 800     errStr=removeFile(*it, notOk);
 801     if (notOk)
 802     {
 803       appendMsgToLogFile(errStr);
 804     }
 805
 806   }
 807 }
 808
 809 void MgAdapt::appendMsgToLogFile(std::string& msg)
 810 {
 811   std::ofstream logStream;
 812   logStream.open(logFile, std::ofstream::out | std::ofstream::app);
 813   logStream<< msg;
 814   logStream.close();
 815 }
 816 //================================================================================
 817 /*!
 818  * \brief Return command to run MG-Tetra mesher excluding file prefix (-f)
 819  */
 820 //================================================================================
 821
 822 std::string MgAdapt::getCommandToRun()
 823 {
 824   /*
 825   || return system command with args and options
 826   ||
 827   */
 828   std::string errStr;
 829   std::string cmd = getExeName();
 830   std::string meshIn(""), sizeMapIn(""), solFileIn("");
 831   updateTimeStepRank();
 832   convertMedFile(meshIn, solFileIn, sizeMapIn);
 833   if (!isFileExist(meshIn) || !isFileExist(solFileIn))
 834   {
 835     errStr = ToComment(" failed to find .mesh or .sol file from converter ")<< strerror( errno );
 836     return errStr;
 837   }
 838   tmpFilesToBeDeleted.push_back(meshIn);
 839   tmpFilesToBeDeleted.push_back(solFileIn);
 840   if(useBackgroundMap && !isFileExist(sizeMapIn))
 841   {
 842     errStr = ToComment(" failed to find .mesh size map file from converter ")<< strerror( errno );
 843     return errStr;
 844   }
 845
 846   cmd+= " --in "+ meshIn;
 847   meshFormatOutputMesh = getFileName()+".mesh";
 848   tmpFilesToBeDeleted.push_back(meshFormatOutputMesh);
 849   cmd+= " --out "+ meshFormatOutputMesh;
 850   if (useLocalMap || useConstantValue) cmd+= " --sizemap "+ solFileIn;
 851   else //  (useBackgroundMap)
 852   {
 853     cmd+= " --background_mesh "+ sizeMapIn ;
 854     cmd+= " --background_sizemap "+ solFileIn;
 855     tmpFilesToBeDeleted.push_back(sizeMapIn);
 856   }
 857   //~else
 858   //~{
 859       //~// constant value TODO
 860   //~}
 861   /* sizemap file is not adapted in case of only surface adaptation see MeshGems docs */
 862   std::string adapOp   = "adaptation";
 863   std::string adpOpVal = getOptionValue(adapOp);
 864   std::string surfaceAdapt = "surface";
 865   if(surfaceAdapt != adpOpVal )
 866   {
 867     std::string solFileOut = getFileName()+".sol";
 868     cmd+= " --write_sizemap "+ solFileOut;
 869     solFormatOutput.push_back(solFileOut);
 870     tmpFilesToBeDeleted.push_back(solFileOut);
 871   }
 872   if (verbosityLevel != defaultVerboseLevel())
 873   {
 874     cmd+= " --verbose "+ ToComment(verbosityLevel);
 875   }
 876
 877   std::string option, value;
 878   bool isDefault;
 879   const TOptionValues* options[] = { &_option2value, &_customOption2value };
 880   for ( int iOp = 0; iOp < 2; ++iOp )
 881   {
 882     TOptionValues::const_iterator o2v = options[iOp]->begin();
 883     for ( ; o2v != options[iOp]->end(); ++o2v )
 884     {
 885       option = o2v->first;
 886       value = getOptionValue( option, &isDefault );
 887
 888       if ( isDefault )
 889           continue;
 890       if ( value.empty() )//value == NoValue() )
 891       {
 892         if ( _defaultOptionValues.count( option ))
 893             continue; // non-custom option with no value
 894         //value.clear();
 895       }
 896       if ( strncmp( "no", option.c_str(), 2 ) == 0 ) // options w/o values: --no_*
 897       {
 898         if ( !value.empty() && toBool( value ) == false )
 899             continue;
 900         value.clear();
 901       }
 902       if ( option[0] != '-' )
 903         cmd += " --";
 904       else
 905         cmd += " ";
 906       cmd += option + " " + value;
 907     }
 908   }
 909     //~}
 910 //~cmd+= " >"
 911 #ifdef WIN32
 912     cmd += " < NUL";
 913 #endif
 914
 915   return cmd;
 916 }
 917
 918 bool MgAdapt::isFileExist(const std::string& fName)
 919 {
 920
 921   if ( fName.empty() ) return false;
 922
 923   boost::system::error_code err;
 924   bool res = boost::filesystem::exists( fName, err );
 925
 926   return err ? false : res;
 927 }
 928 //=======================================================================
 929 //function : defaultMaximumMemory
 930 //=======================================================================
 931
 932 #if defined(WIN32)
 933 #include <windows.h>
 934 #elif !defined(__APPLE__)
 935 #include <sys/sysinfo.h>
 936 #endif
 937
 938 double MgAdapt::defaultMaximumMemory()
 939 {
 940 #if defined(WIN32)
 941   // See http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa366589.aspx
 942   MEMORYSTATUSEX statex;
 943   statex.dwLength = sizeof (statex);
 944   long err = GlobalMemoryStatusEx (&statex);
 945   if (err != 0)
 946   {
 947     double totMB = (double)statex.ullAvailPhys / 1024. / 1024.;
 948     return (double)( 0.7 * totMB );
 949   }
 950 #elif !defined(__APPLE__)
 951   struct sysinfo si;
 952   long err = sysinfo( &si );
 953   if ( err == 0 )
 954   {
 955     long ramMB = si.totalram * si.mem_unit / 1024 / 1024;
 956     return ( 0.7 * ramMB );
 957   }
 958 #endif
 959   return 1024;
 960 }
 961
 962 //=======================================================================
 963 //function : defaultWorkingDirectory
 964 //=======================================================================
 965
 966 std::string MgAdapt::defaultWorkingDirectory()
 967 {
 968   TCollection_AsciiString aTmpDir;
 969
 970   char *Tmp_dir = getenv("SALOME_TMP_DIR");
 971   if(Tmp_dir != NULL)
 972   {
 973     aTmpDir = Tmp_dir;
 974   }
 975   else {
 976 #ifdef WIN32
 977     aTmpDir = TCollection_AsciiString("C:\\");
 978 #else
 979     aTmpDir = TCollection_AsciiString("/tmp/");
 980 #endif
 981   }
 982   return aTmpDir.ToCString();
 983 }
 984 //================================================================================
 985 /*!
 986  * \brief Return a unique file name
 987  */
 988 //================================================================================
 989
 990 std::string MgAdapt::getFileName() const
 991 {
 992   std::string aTmpDir = workingDir;
 993   const char lastChar = *aTmpDir.rbegin();
 994 #ifdef WIN32
 995   if(lastChar != '\\') aTmpDir+='\\';
 996 #else
 997   if(lastChar != '/') aTmpDir+='/';
 998 #endif
 999
1000   TCollection_AsciiString aGenericName = (char*)aTmpDir.c_str();
1001   aGenericName += "MgAdapt_";
1002   aGenericName += getpid();
1003   aGenericName += "_";
1004   aGenericName += Abs((Standard_Integer)(long) aGenericName.ToCString());
1005
1006   return aGenericName.ToCString();
1007 }
1008 //=======================================================================
1009 //function : defaultLogFile
1010 //=======================================================================
1011
1012 std::string MgAdapt::defaultLogFile()
1013 {
1014   std::string alogFile("MG_ADAPT.log");
1015   return alogFile;
1016 }
1017 //=======================================================================
1018 //function : defaultUseConstantValue
1019 //=======================================================================
1020
1021 bool MgAdapt::defaultUseConstantValue()
1022 {
1023   return false;
1024 }
1025 //=======================================================================
1026 //function : defaultUseNoTimeStep
1027 //=======================================================================
1028
1029 bool MgAdapt::defaultUseNoTimeStep()
1030 {
1031   return true;
1032 }
1033 //=======================================================================
1034 //function : defaultRemoveLogOnSuccess
1035 //=======================================================================
1036
1037 bool MgAdapt::defaultRemoveLogOnSuccess()
1038 {
1039   return true;
1040 }
1041 //=======================================================================
1042 //function : defaultPrintLogInFile
1043 //=======================================================================
1044
1045 bool MgAdapt::defaultPrintLogInFile()
1046 {
1047   return false;
1048 }
1049 //=======================================================================
1050 //function : defaultUseChosenTimeStep
1051 //=======================================================================
1052
1053 bool MgAdapt::defaultUseChosenTimeStep()
1054 {
1055   return false;
1056 }
1057 //=======================================================================
1058 //function : UseLastTimeStep
1059 //=======================================================================
1060
1061 bool MgAdapt::defaultUseLastTimeStep()
1062 {
1063   return false;
1064 }
1065 //=======================================================================
1066 //function : defaultUseBackgroundMap
1067 //=======================================================================
1068
1069 bool MgAdapt::defaultUseBackgroundMap()
1070 {
1071   return false;
1072 }
1073 //=======================================================================
1074 //function : defaultKeepFiles
1075 //=======================================================================
1076
1077 bool MgAdapt::defaultKeepFiles()
1078 {
1079   return false;
1080 }
1081 //=======================================================================
1082 //function : defaultUseLocalMap
1083 //=======================================================================
1084
1085 bool MgAdapt::defaultUseLocalMap()
1086 {
1087   return true;
1088 }
1089 //=======================================================================
1090 //function : defaultPublish
1091 //=======================================================================
1092
1093 bool MgAdapt::defaultPublish()
1094 {
1095   return false;
1096 }
1097 //=======================================================================
1098 //function : defaultMeshOutMed
1099 //=======================================================================
1100
1101 bool MgAdapt::defaultMeshOutMed()
1102 {
1103   return true;
1104 }
1105 //=======================================================================
1106 //function : defaultFromMedFile
1107 //=======================================================================
1108
1109 bool MgAdapt::defaultFromMedFile()
1110 {
1111   return true;
1112 }
1113 //=======================================================================
1114 //function : defaultVerboseLevel
1115 //=======================================================================
1116
1117 int  MgAdapt::defaultVerboseLevel()
1118 {
1119   return 3;
1120 }
1121 std::string MgAdapt::getExeName()
1122 {
1123   return "mg-adapt.exe";
1124 }
1125 void MgAdapt::copyMgAdaptHypothesisData( const MgAdaptHypothesisData* from)
1126 {
1127   data->myFileInDir = from->myFileInDir;
1128   data->myMeshFileIn = from->myMeshFileIn;
1129   data->myMeshFileBackground = from->myMeshFileBackground;
1130   data->myOutMeshName = from->myOutMeshName;
1131   data->myMeshFileOut = from->myMeshFileOut;
1132   data->myFileOutDir = from->myFileOutDir;
1133   data->myFileSizeMapDir = from->myFileSizeMapDir;
1134   data->myFieldName = from->myFieldName;
1135   data->fromMedFile = from->fromMedFile;
1136   data->myPublish = from->myPublish;
1137   data->myMeshOutMed = from->myMeshOutMed;
1138   data->myUseLocalMap = from->myUseLocalMap;
1139   data->myUseBackgroundMap = from->myUseBackgroundMap;
1140   data->myUseConstantValue = from->myUseConstantValue;
1141   data->myConstantValue = from->myConstantValue;
1142   data->myTimeStep = from->myTimeStep;
1143   data->myRank = from->myRank;
1144   data->myUseNoTimeStep = from->myUseNoTimeStep;
1145   data->myUseLastTimeStep = from->myUseLastTimeStep;
1146   data->myUseChosenTimeStep = from->myUseChosenTimeStep;
1147   data->myWorkingDir = from->myWorkingDir;
1148   data->myLogFile = from->myLogFile;
1149   data->myPrintLogInFile = from->myPrintLogInFile;
1150   data->myKeepFiles = from->myKeepFiles;
1151   data->myRemoveLogOnSuccess = from->myRemoveLogOnSuccess;
1152   data->myVerboseLevel = from->myVerboseLevel;
1153 }
1154
1155 bool MgAdapt::checkFieldName(std::string fileIn)
1156 {
1157   bool ret = false ;
1158   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileData> mfd = MEDCoupling::MEDFileData::New(fileIn);
1159   std::vector<std::string> fieldNames(mfd->getFields()->getFieldsNames());
1160   std::size_t jaux(fieldNames.size());
1161   for(std::size_t j=0;j<jaux;j++)
1162   {
1163     if ( fieldName == fieldNames[j] )
1164     { ret = true ; }
1165   }
1166   if ( ! ret )
1167   {
1168     std::cout << "Available field names:" << std::endl;
1169     for(std::size_t j=0;j<jaux;j++)
1170     { std::cout << fieldNames[j] << std::endl;}
1171     SALOME::ExceptionStruct es;
1172     es.type = SALOME::BAD_PARAM;
1173     std::string text = "Field " + fieldName + " is not found." ;
1174     es.text = CORBA::string_dup(text.c_str());
1175     throw SALOME::SALOME_Exception(es);
1176   }
1177   return ret ;
1178 }
1179
1180 bool MgAdapt::checkTimeStepRank(std::string fileIn)
1181 {
1182   bool ret = false ;
1183   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileData> mfd = MEDCoupling::MEDFileData::New(fileIn);
1184   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fts = dynamic_cast<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS *>( mfd->getFields()->getFieldWithName(fieldName) );
1185 //   std::cout << "--- timeStep " << timeStep << std::endl;
1186 //   std::cout << "--- rank " << rank << std::endl;
1187   std::vector<double> timevalue;
1188   std::vector< std::pair<int,int> > timesteprank = fts->getTimeSteps(timevalue);
1189   std::size_t jaux(timesteprank.size());
1190   for(std::size_t j=0;j<jaux;j++)
1191   {
1192     if ( ( timeStep == timesteprank[j].first ) & ( rank == timesteprank[j].second ) )
1193     { ret = true ; }
1194   }
1195   if ( ! ret )
1196   {
1197     std::cout << "Available (Time step, Rank):" << std::endl;
1198     for(std::size_t j=0;j<jaux;j++)
1199     { std::cout << "(Time step = " << timesteprank[j].first << ", Rank = " << timesteprank[j].second << ")" << std::endl;}
1200     SALOME::ExceptionStruct es;
1201     es.type = SALOME::BAD_PARAM;
1202     std::string text = "(Time step = " + std::to_string(timeStep) + ", Rank = " + std::to_string(rank) + ") is not found." ;
1203     es.text = CORBA::string_dup(text.c_str());
1204     throw SALOME::SALOME_Exception(es);
1205   }
1206   return ret ;
1207 }
1208
1209 void MgAdapt::convertMedFile(std::string& meshFormatMeshFileName, std::string& solFormatFieldFileName, std::string& meshFormatsizeMapFile)
1210 {
1211   std::vector<std::string> fieldFileNames;
1212   MEDCoupling::MeshFormatWriter writer;
1213   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileData> mfd = MEDCoupling::MEDFileData::New(medFileIn);
1214   MEDCoupling::MEDFileMeshes* meshes = mfd->getMeshes();
1215   MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh = meshes->getMeshAtPos(0); // ok only one mesh in file!
1216   if (meshNameOut =="")
1217       meshNameOut = fileMesh->getName();
1218   storeGroupsAndFams(fileMesh);
1219
1220   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileFields> fields = MEDCoupling::MEDFileFields::New();
1221   solFormatFieldFileName = getFileName();
1222   solFormatFieldFileName+=".sol";
1223   fieldFileNames.push_back(solFormatFieldFileName);
1224
1225   if (useBackgroundMap)
1226   {
1227     bool ret ;
1228     ret = checkFieldName(sizeMapFile) ;
1229     ret = checkTimeStepRank(sizeMapFile) ;
1230     meshFormatsizeMapFile = getFileName();
1231     meshFormatsizeMapFile += ".mesh";
1232     buildBackGroundMeshAndSolFiles(fieldFileNames, meshFormatsizeMapFile);
1233   }
1234   else if(useLocalMap)
1235   {
1236     bool ret ;
1237     ret = checkFieldName(medFileIn) ;
1238     ret = checkTimeStepRank(medFileIn) ;
1239     MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> fts = dynamic_cast<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS *>( mfd->getFields()->getFieldWithName(fieldName) );
1240     MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileAnyTypeField1TS> f = fts->getTimeStep(timeStep, rank);
1241     MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS> tmFts = MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS::New();
1242     tmFts->pushBackTimeStep(f);
1243
1244     fields->pushField(tmFts);
1245
1246     writer.setFieldFileNames( fieldFileNames);
1247   }
1248   else
1249   {
1250     MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDCouplingMesh> mesh = fileMesh->getMeshAtLevel(1); // nodes mesh
1251     MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDCouplingUMesh> umesh = mesh->buildUnstructured(); // nodes mesh
1252     int dim  =  umesh->getSpaceDimension();
1253     int version =  sizeof(double) < 8 ? 1 : 2;
1254     mcIdType nbNodes =  umesh->getNumberOfNodes();
1255     buildConstantSizeMapSolFile(solFormatFieldFileName, dim, version, nbNodes);
1256   }
1257
1258   mfd->setFields( fields );
1259   meshFormatMeshFileName = getFileName();
1260   meshFormatMeshFileName+=".mesh";
1261   writer.setMeshFileName(meshFormatMeshFileName);
1262   writer.setMEDFileDS( mfd);
1263   writer.write();
1264
1265 }
1266
1267 void MgAdapt::convertMeshFile(std::string& meshFormatIn, std::vector< std::string>& solFieldFileNames) const
1268 {
1269   MEDCoupling::MeshFormatReader reader(meshFormatIn, solFieldFileNames);
1270
1271   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileData> mfd = reader.loadInMedFileDS();
1272   // write MED
1273   MEDCoupling::MEDFileMeshes* meshes = mfd->getMeshes();
1274   MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh = meshes->getMeshAtPos(0); // ok only one mesh in file!
1275   fileMesh->setName(meshNameOut);
1276   restoreGroupsAndFams(fileMesh);
1277   mfd->write(medFileOut, 2);
1278 }
1279
1280 void MgAdapt::storeGroupsAndFams(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh)
1281 {
1282   storefams(fileMesh);
1283   storeGroups(fileMesh);
1284 }
1285
1286 void MgAdapt::restoreGroupsAndFams(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh) const
1287 {
1288   restorefams(fileMesh);
1289   restoreGroups(fileMesh);
1290 }
1291 void MgAdapt::storeGroups(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh)
1292 {
1293   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grpFams = fileMesh->getGroupInfo();
1294   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator g2ff = grpFams.begin();
1295
1296   for ( ; g2ff != grpFams.end(); ++g2ff )
1297   {
1298     std::string        groupName = g2ff->first;
1299     std::vector<std::string> famNames = g2ff->second;
1300
1301     if ( famNames.empty() ) continue;
1302     std::size_t k = 0;
1303     std::vector< mcIdType> famListId;
1304     for ( size_t i = 0; i < famNames.size(); ++i )
1305     {
1306       famListId.push_back( fileMesh->getFamilyId( famNames[i].c_str() ) );
1307     }
1308     group grp(groupName, famListId, famNames);
1309     groupVec.push_back(grp);
1310   }
1311 }
1312
1313 void MgAdapt::storefams(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh)
1314 {
1315   std::map<std::string, mcIdType> grpFams = fileMesh->getFamilyInfo();
1316   std::map<std::string, mcIdType >::iterator f = grpFams.begin();
1317
1318   for ( ; f != grpFams.end(); ++f )
1319   {
1320     if(!f->second) continue;  // FAMILLE_ZERO
1321     family fs(f->first, f->second);
1322     famVec.push_back(fs);
1323   }
1324
1325 }
1326
1327 void MgAdapt::restorefams(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh) const
1328 {
1329   std::vector<family>::const_iterator fIt = famVec.begin();
1330
1331   for (; fIt!=famVec.end(); ++fIt)
1332   {
1333     try  //
1334     {
1335       std::string givenFamNameFromMeshGemConverter = fileMesh->getFamilyNameGivenId( std::abs(fIt->_famId) );
1336       fileMesh->changeFamilyId(std::abs(fIt->_famId), fIt->_famId);
1337       fileMesh->changeFamilyName(givenFamNameFromMeshGemConverter, fIt->_famName);
1338     }
1339     catch (const std::exception& e)
1340     {
1341       std::cerr<<e.what();
1342     }
1343   }
1344 }
1345
1346 void MgAdapt::restoreGroups(MEDCoupling::MEDFileMesh* fileMesh) const
1347 {
1348   std::map<std::string, std::vector<std::string> > info;
1349   std::vector <group>::const_iterator grpFams = groupVec.begin();
1350
1351   for (; grpFams!=groupVec.end(); ++grpFams)
1352   {
1353     info.insert(std::pair <std::string, std::vector<std::string> > (grpFams->_name, grpFams->_famNames) );
1354   }
1355
1356   fileMesh->setGroupInfo(info);
1357 }
1358
1359 void MgAdapt::buildConstantSizeMapSolFile(const std::string& solFormatFieldFileName, const int dim, const int version, const mcIdType nbNodes) const
1360 {
1361   MeshFormat::Localizer loc;
1362   MeshFormat::MeshFormatParser writer;
1363   int fileId = writer.GmfOpenMesh( solFormatFieldFileName.c_str(), GmfWrite, version, dim);
1364   int typTab[] = {GmfSca};
1365   writer.GmfSetKwd(fileId, MeshFormat::GmfSolAtVertices, (int)nbNodes, 1, typTab);
1366   for (mcIdType i = 0; i<nbNodes; i++)
1367   {
1368     double valTab[1] = {constantValue};
1369     writer.GmfSetLin( fileId, MeshFormat::GmfSolAtVertices, valTab);
1370   }
1371   writer.GmfCloseMesh(fileId);
1372 }
1373
1374 void MgAdapt::buildBackGroundMeshAndSolFiles(const std::vector<std::string>& fieldFileNames, const std::string& meshFormatsizeMapFile) const
1375 {
1376   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileData> tmpMfd = MEDCoupling::MEDFileData::New(sizeMapFile);
1377   MEDCoupling::MEDFileFields* tmpFields = tmpMfd->getFields();
1378   MEDCoupling::MEDFileAnyTypeFieldMultiTS* fts = tmpFields->getFieldWithName(fieldName);
1379   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS>  fts1 = dynamic_cast<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS *>(fts);
1380   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileAnyTypeField1TS> f = fts1->getTimeStep(timeStep, rank);
1381   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS> tmFts = MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS::New();
1382   tmFts->pushBackTimeStep(f);
1383
1384   MEDCoupling::MCAuto<MEDCoupling::MEDFileFields> tmp_fields = MEDCoupling::MEDFileFields::New();
1385   tmp_fields->pushField(tmFts);
1386
1387   tmpMfd->setFields( tmp_fields );
1388   MEDCoupling::MeshFormatWriter tmpWriter;
1389   tmpWriter.setMeshFileName(meshFormatsizeMapFile);
1390   tmpWriter.setFieldFileNames( fieldFileNames);
1391   tmpWriter.setMEDFileDS(tmpMfd);
1392   tmpWriter.write();
1393 }
1394 // =======================================================================
1395 med_idt MgAdapt::openMedFile(const std::string aFile)
1396 // =======================================================================
1397 // renvoie le medId associe au fichier Med apres ouverture
1398 {
1399   med_idt medIdt = MEDfileOpen(aFile.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
1400   if (medIdt <0)
1401   {
1402     SALOME::ExceptionStruct es;
1403     es.type = SALOME::BAD_PARAM;
1404     std::string text = "\nThe med file " + aFile + " cannot be opened.\n" ;
1405     es.text = CORBA::string_dup(text.c_str());
1406     throw SALOME::SALOME_Exception(es);
1407   }
1408   return medIdt;
1409 }
1410
1411 MgAdapt::Status MgAdapt::addMessage(const std::string& msg,
1412                                   const bool         isFatal/*=false*/)
1413 {
1414   if ( isFatal )
1415     _myErrorMessages.clear(); // warnings are useless if a fatal error encounters
1416
1417   _myErrorMessages.push_back( msg );
1418
1419 //~MESSAGE(msg);
1420 #ifdef _DEBUG_
1421   std::cout << msg << std::endl;
1422 #endif
1423   return ( _myStatus = isFatal ? MgAdapt::DRS_FAIL : MgAdapt::DRS_WARN_SKIP_ELEM );
1424 }
1425
1426 // =======================================================================
1427 void MgAdapt::getTimeStepInfos(std::string aFile, med_int& numdt, med_int& numit)
1428 // =======================================================================
1429 {
1430 // Il faut voir si plusieurs maillages
1431
1432   herr_t erreur = 0 ;
1433   med_idt medIdt ;
1434
1435
1436   // Ouverture du fichier
1437   //~SCRUTE(aFile.toStdString());
1438   medIdt = openMedFile(aFile);
1439   if ( medIdt < 0 ) return ;
1440   // Lecture du nombre de champs
1441   med_int ncha = MEDnField(medIdt) ;
1442   if (ncha < 1 )
1443   {
1444     //~addMessage( ToComment(" error: there is no field in  ") << aFile, /*fatal=*/true );
1445     return;
1446   }
1447   // Lecture des caracteristiques du champs
1448
1449   //       Lecture du type du champ, des noms des composantes et du nom de l'unite
1450   char nomcha  [MED_NAME_SIZE+1];
1451   strcpy(nomcha, fieldName.c_str());
1452 //       Lecture du nombre de composantes
1453   med_int ncomp = MEDfieldnComponentByName(medIdt, nomcha);
1454   char meshname[MED_NAME_SIZE+1];
1455   char * comp = (char*) malloc(ncomp*MED_SNAME_SIZE+1);
1456   char * unit = (char*) malloc(ncomp*MED_SNAME_SIZE+1);
1457   char dtunit[MED_SNAME_SIZE+1];
1458   med_bool local;
1459   med_field_type typcha;
1460   med_int nbofcstp;
1461   erreur =  MEDfieldInfoByName (medIdt, nomcha, meshname,&local,&typcha,comp,unit,dtunit, &nbofcstp);
1462   free(comp);
1463   free(unit);
1464   if ( erreur < 0 )
1465   {
1466       //~addMessage( ToComment(" error: error while reading field  ") << nomcha << " in file " << aFile , /*fatal=*/true );
1467     return;
1468   }
1469
1470   med_float dt;
1471   med_int tmp_numdt, tmp_numit;
1472
1473   //~med_int step = data->myUseLastTimeStep ? nbofcstp : data->myTimeStep+1;
1474   //~myPrint("step ", step);
1475   erreur = MEDfieldComputingStepInfo ( medIdt, nomcha, 1, &numdt, &numit, &dt );
1476   for(med_int step = 1; step <= nbofcstp; step++ )
1477   {
1478     erreur = MEDfieldComputingStepInfo ( medIdt, nomcha, step, &tmp_numdt, &tmp_numit, &dt );
1479     if(tmp_numdt > numdt)
1480     {
1481       numdt = tmp_numdt;
1482       numit = tmp_numit;
1483     }
1484   }
1485   if ( erreur < 0 )
1486   {
1487     //~addMessage( ToComment(" error: error while reading field ") << nomcha << "step (numdt, numit) = " <<"("<< numdt<< ", " \
1488     numit<< ")" <<" in file " << aFile , /*fatal=*/true );
1489     return;
1490   }
1491
1492   // Fermeture du fichier
1493   if ( medIdt > 0 ) MEDfileClose(medIdt);
1494
1495 }
1496
1497 void MgAdapt::updateTimeStepRank()
1498 {
1499
1500   med_int arank;
1501   med_int tmst;
1502   if (myUseNoTimeStep)
1503   {
1504     arank = MED_NO_IT;
1505     tmst  = MED_NO_DT ;
1506     setRankTimeStep((int)tmst, (int)arank);
1507   }
1508   else if (myUseLastTimeStep)
1509   {
1510     std::string fieldFile = useBackgroundMap ? sizeMapFile : medFileIn;
1511     getTimeStepInfos(fieldFile, tmst, arank);
1512     setRankTimeStep((int)tmst, (int)arank);
1513   }
1514 }