PR: fix Transform method with orphan nodes

Fix build problem in --without-gui mode (SMESH engine also depends on VTK now)

PR: correct some warnings

merge from branch BR_SMDS_MEMIMP 29 nov 2010

Merge from V5_1_main 26/11/2010

Merge from V5_1_main branch 24/11/2010

Replace CHECK_MPICH by CHECK_MPI

0021063: [CEA 434] Compilation using gnu compiler v4.5

Merge from V6_1_BR 07/09/2010

Merge from V5_1_main 10/06/2010

Changing version to 6.1.0

Merge from V5_1_main branch 14/05/2010

Merge from V5_1_main 14/05/2010

fix pb with GetName() in case of meshing imported 2D skin

0020701: Additional fix concerned to the GetName Method changes.

020700: EDF 1234 SMESH: Quadrangle preference and Netgen
  * Quadrangle Preference can be used by NETGEN 2D

020697: EDF 1248 SMESH: Sub-mesh on group of face not taken into account
 * Correct adding geom groups into map of ansestors

0020680: EDF 1252 SMESH: Bad cell created by Radial prism in center of torus

1) Try to build nodes using transformation before using block approach
2) workaround for wrong surface.Value(u,v) for UV near boundary of BSline surface

0020680: EDF 1252 SMESH: Bad cell created by Radial prism in center of torus
+  /*!
+   * \brief Return transformations to get coordinates of nodes of each internal layer
+   *        by nodes of the bottom. Layer is a set of nodes at a certain step
+   *        from bottom to top.
+   */
+  bool GetLayersTransformation(std::vector<gp_Trsf> & trsf) const;

Improve help system

1)
+    ## Defines "QuadrangleParams" hypothesis
+    #  @param vertex: vertex of a trilateral geometrical face, around which triangles
+    #                 will be created while other elements will be quadrangles.
+    #                 Vertex can be either a GEOM_Object or a vertex ID within the
+    #                 shape to mesh
+    #
+    def TriangleVertex(self, vertex, UseExisting=0):

2) in FixedPoints1D(), convert geom reversed edges into IDs

correct documetnation page layout

Changes for bug 0020681.

fix Save() and Load()

0020702: [CEA] Problem with Segment function of SMESH module
0020701: EDF SMESH : GetName Method of smeshDC.py
Additional fix

Changes for bug 0020681.

0020702: [CEA] Problem with Segment function of SMESH module

protect IndexToShape() from Standard_OutOfRange exception

report error reasons in case of trilateral face

Issue 20509: EDF 1065 OTHER : Add the Salome version in the header of the dump

fix case of 2 edges

Fix compilation problem on Debian Sarge

precise error message

Issue 0020701: EDF SMESH : GetName Method of smeshDC.py

Additional fix for issue 0020692: Duplicate check_*.m4 between modules.

0020693: EDF 1288 SMESH: Problem to recompute a mesh with a sub-mesh and a conversion linear-quadratic
* Add CheckNodeU()
* Compute parameters of created medium nodes even in force3d mode
* Leave doxygen-style comments of functions only in the header

0020631: EDF 1195 SMESH : Merge Node : Optional display of the nodes of the mesh

Issue 0020692: Duplicate check_*.m4 between modules.

0020676: EDF 1212 GEOM: Partition operation creates vertices which causes mesh computation to fail with netgen
* Fix for internal edges

0020676: EDF 1212 GEOM: Partition operation creates vertices which causes mesh computation to fail with netgen
* Fix GetOrderedEdges(): workaroud for BRepTools_WireExplorer, which return no edges if they are internal

clear auxiliary data after Compute()

0020682: EDF 1222 SMESH: 3D mesh from a skin mesh and with volumic cells
 * Redesign in order to bind two pyramids to one base quadrangle.
 * Check presence of 3D elements sharing the base quadrangle.

Make TNodeXYZ public, which together with SMDS_StdIterator allows getting coordinates of all nodes of mesh element in a couple of lines of code:

  typedef SMDS_StdIterator< SMESH_MeshEditor::TNodeXYZ, SMDS_ElemIteratorPtr > TXyzIterator;
  vector<gp_Pnt> coords( TXyzIterator( elem->nodesIterator()), TXyzIterator() );

class SMESH_EXPORT SMESH_MeshEditor
{
public:
+  //------------------------------------------
+  /*!
+   * \brief SMDS_MeshNode -> gp_XYZ convertor
+   */
+  //------------------------------------------
+  struct TNodeXYZ : public gp_XYZ

+  // std-like iteration on nodes
+  typedef SMDS_StdIterator< const SMDS_MeshNode*, SMDS_ElemIteratorPtr > iterator;
+  iterator begin_nodes() const { return iterator( nodesIterator() ); }
+  iterator end_nodes()   const { return iterator(); }

   const SMDS_MeshElement* next()
   {
+    if ( !more() ) return 0;

Add iterator, wrapper over SMDS_Iterator, adding std-like operators *, ++ etc
+ SMDS_StdIterator.hxx

-  SMDS_MeshElement * MeshElement(int ID);
+  SMDS_MeshElement * MeshElement(int ID) const;

Write nodes in the order of increasing ids

-      SMDS_NodeIteratorPtr aNodesIter = myMesh->nodesIterator();
+      SMDS_NodeIteratorPtr aNodesIter = myMesh->nodesIterator(/*idInceasingOrder=*/true);

Add an utility to iterate on nodes in the order of increasing ids

-  SMDS_NodeIteratorPtr nodesIterator() const;
+  SMDS_NodeIteratorPtr nodesIterator(bool idInceasingOrder=false) const;

0020691: EDF SMESH : Export STL always in binary

import salome

Improve Help menu management

 follow modif for IPAL21558 (In Group creation dialog, selection of sub-shapes in OB, viewer and dialog is not well syncronized)

-  virtual void            processOwner( const LightApp_DataOwner* );
+  virtual bool            processOwner( const LightApp_DataOwner* );

020674: EDF 870 SMESH: Mesh generated by Netgen not usable by GHS3D
   * Rename HasDegenenaratedEdges() -> HasDegeneratedEdges()

020674: EDF 870 SMESH: Mesh generated by Netgen not usable by GHS3D

+   * \brief Check if the shape set through IsQuadraticSubMesh() or SetSubShape()
+   *        has a degenerated edges
+    * \retval bool - true if it has
+   */
+  bool HasDegenenaratedEdges() const { return !myDegenShapeIds.empty(); }

minor change

020674: EDF 870 SMESH: Mesh generated by Netgen not usable by GHS3D
   avoid creating degenetrated faces

fix comment

0019296: EDF 681 SMESH - Pre-evaluation of the number of elements before mesh
  * Evaluate():
  ** do not read from out of vector range
  ** report error if algo->Evaluate() returns negative number

0019296: EDF 681 SMESH - Pre-evaluation of the number of elements before mesh
  * Evaluate(): do not call algo->Evaluate() if needed submeshes failed to evaluate

Revert last modification

Add missing import StdMeshers

import salome missing on some scripts

0019296: EDF 681 SMESH - Pre-evaluation of the number of elements before mesh
  Assure that this submesh is evaluated once

Fix spelling errors in doc
Nathalie

Small correction

0020431: EDF 1020 SMESH : Radial Mesh of a cylinder
* Algorith behavior has changed - default hyps have appeared

shorten code

unused variables

0020431: EDF 1020 SMESH : Radial Mesh of a cylinder
* Learn Quadrangle() create Mesh_RadialQuadrangle1D2D algo

+QUARDANGLE = 0
+RADIAL_QUAD = 1

-  if ( theNbSegments )
+  if ( theNbSegments > 0 )
     myGen.SetDefaultNbSegments( int(theNbSegments) );
   else
     THROW_SALOME_CORBA_EXCEPTION( "non-positive number of segments", SALOME::BAD_PARAM );

0020431: EDF 1020 SMESH : Radial Mesh of a cylinder
* Fix conversion of LayerDistribution hypothesis

-            <translation>Geomerty mismatches algorithm's expectation</translation>
+            <translation>Geomerty mismatches algorithm's expectation\nCheck algorithm documentation for supported geometry</translation>

0020431: EDF 1020 SMESH : Radial Mesh of a cylinder
+  virtual bool operator==(const SMESHDS_Hypothesis& other) const;
+  bool operator!=(const SMESHDS_Hypothesis& other) const { return !(*this==other); }

shorten code

0020431: EDF 1020 SMESH : Radial Mesh of a cylinder
* Algorith behavior has changed - default hyps have appeared

*** empty log message ***

Issue 0020657: EDF 1244 SMESH: Bad display of tetras

1) +  // RadialQuadrangle_1D2D ----------
2) fix _pyLayerDistributionHypo: move some code from Process() to Flush()

initialize _nbSegments

0020636: [CEA 379] validation Tepal V2 GHS3DPRL and MEDsplitter and doc

Unstable warning in release mode, on creating radialQuadrangle1D2D meshes.

correct debug messages

-  myHelpFileName = "mesh_through_point_page.html";
+  myHelpFileName = "find_element_by_point_page.html";

0020635: EDF 1223 SMESH: Error message of RadialQuadrangle algorithm not precise

0020635: EDF 1223 SMESH: Error message of RadialQuadrangle algorithm not precise

Issue 0020638: EDF 1225 SMESH: Missing options in Color/Size menu

Issue 0020514: EDF 1110 SMESH : Export many meshes in one Med File

Additional fix for issue 0020614: EDF 1133 SMESH : Put new added elements and nodes to group

Fix of issue 0020614: EDF 1133 SMESH : Put new added elements and nodes to group

0020028: EDF 842 SMESH : Can't export to med a mesh with same names
for one group of nodes and one group of faces

avoid duplicated group names within one type of elements only

Changes for bug 18911 from Mantis.

0020623: EDF 1209 SMESH: Load script/execfile add the objects in the wrong study

0020623: EDF 1209 SMESH: Load script/execfile add the objects in the wrong study
  set current study to SMESH_Gen

in frame of 0020622: EDF 1194 SMESH: Merge nodes or elements

0020618: EDF 1208 SMESH: problems with DoubleNodeElemGroup*InRegion
    1) fix finding element center in isInside()
    2) add classifying on TopoDS_FAce

 def DoubleNodeElemGroupInRegion(self, theElems, theNodesNot, theShape):
0020617: EDF 1207 SMESH: DoubleNode*: impossible to duplicate edges in a 3D mesh

     def DoubleNodeElemGroupInRegion(self, theElems, theNodesNot, theShape):
-        return self.editor.DoubleNodeElemGroup(theElems, theNodesNot, theShape)
+        return self.editor.DoubleNodeElemGroupInRegion(theElems, theNodesNot, theShape)

0020139: EDF 944 SMESH : Get 2D/3D element with X, Y, Z coordinates
-            <translation>Find element by point</translation>
+            <translation>Find Element by Point</translation>

+        <message>
+            <source>TOP_FIND_ELEM</source>
+            <translation>Find Element by Point</translation>
+        </message>

0020139: EDF 944 SMESH : Get 2D/3D element with X, Y, Z coordinates
   fix isOut()

0020139: EDF 944 SMESH : Get 2D/3D element with X, Y, Z coordinates