src/RateOfFlowThroughSection/plugin/RateOfFlowThroughSectionModule/VTKToMEDMem.cxx

   1 // Copyright (C) 2017-2021  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay (EDF R&D)
  20
  21 #include "VTKToMEDMem.h"
  22
  23 #include "vtkAdjacentVertexIterator.h"
  24 #include "vtkIntArray.h"
  25 #include "vtkLongArray.h"
  26 #include "vtkLongLongArray.h"
  27 #include "vtkCellData.h"
  28 #include "vtkPointData.h"
  29 #include "vtkFloatArray.h"
  30 #include "vtkCellArray.h"
  31
  32 #include "vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h"
  33 #include "vtkInformationDataObjectMetaDataKey.h"
  34 #include "vtkUnstructuredGrid.h"
  35 #include "vtkMultiBlockDataSet.h"
  36 #include "vtkRectilinearGrid.h"
  37 #include "vtkInformationStringKey.h"
  38 #include "vtkAlgorithmOutput.h"
  39 #include "vtkObjectFactory.h"
  40 #include "vtkMutableDirectedGraph.h"
  41 #include "vtkMultiBlockDataSet.h"
  42 #include "vtkPolyData.h"
  43 #include "vtkDataSet.h"
  44 #include "vtkInformationVector.h"
  45 #include "vtkInformation.h"
  46 #include "vtkDataArraySelection.h"
  47 #include "vtkTimeStamp.h"
  48 #include "vtkInEdgeIterator.h"
  49 #include "vtkInformationDataObjectKey.h"
  50 #include "vtkExecutive.h"
  51 #include "vtkVariantArray.h"
  52 #include "vtkStringArray.h"
  53 #include "vtkDoubleArray.h"
  54 #include "vtkCharArray.h"
  55 #include "vtkUnsignedCharArray.h"
  56 #include "vtkDataSetAttributes.h"
  57 #include "vtkDemandDrivenPipeline.h"
  58 #include "vtkDataObjectTreeIterator.h"
  59 #include "vtkWarpScalar.h"
  60
  61 #include <map>
  62 #include <deque>
  63 #include <sstream>
  64 #include <cstring>
  65
  66 using VTKToMEDMem::Grp;
  67 using VTKToMEDMem::Fam;
  68
  69 using MEDCoupling::MEDFileData;
  70 using MEDCoupling::MEDFileMesh;
  71 using MEDCoupling::MEDFileCMesh;
  72 using MEDCoupling::MEDFileUMesh;
  73 using MEDCoupling::MEDFileFields;
  74 using MEDCoupling::MEDFileMeshes;
  75
  76 using MEDCoupling::MEDFileInt32Field1TS;
  77 using MEDCoupling::MEDFileInt64Field1TS;
  78 using MEDCoupling::MEDFileField1TS;
  79 using MEDCoupling::MEDFileIntFieldMultiTS;
  80 using MEDCoupling::MEDFileFieldMultiTS;
  81 using MEDCoupling::MEDFileAnyTypeFieldMultiTS;
  82 using MEDCoupling::DataArray;
  83 using MEDCoupling::DataArrayInt32;
  84 using MEDCoupling::DataArrayInt64;
  85 using MEDCoupling::DataArrayFloat;
  86 using MEDCoupling::DataArrayDouble;
  87 using MEDCoupling::MEDCouplingMesh;
  88 using MEDCoupling::MEDCouplingUMesh;
  89 using MEDCoupling::MEDCouplingCMesh;
  90 using MEDCoupling::MEDCouplingFieldDouble;
  91 using MEDCoupling::MEDCouplingFieldFloat;
  92 using MEDCoupling::MEDCouplingFieldInt;
  93 using MEDCoupling::MEDCouplingFieldInt64;
  94 using MEDCoupling::MCAuto;
  95 using MEDCoupling::Traits;
  96 using MEDCoupling::MLFieldTraits;
  97
  98 ///////////////////
  99
 100 Fam::Fam(const std::string& name)
 101 {
 102   static const char ZE_SEP[]="@@][@@";
 103   std::size_t pos(name.find(ZE_SEP));
 104   std::string name0(name.substr(0,pos)),name1(name.substr(pos+strlen(ZE_SEP)));
 105   std::istringstream iss(name1);
 106   iss >> _id;
 107   _name=name0;
 108 }
 109
 110 ///////////////////
 111
 112 #include "VTKMEDTraits.hxx"
 113
 114 std::map<int,int> ComputeMapOfType()
 115 {
 116   std::map<int,int> ret;
 117   int nbOfTypesInMC(sizeof(MEDCOUPLING2VTKTYPETRADUCER)/sizeof( decltype(MEDCOUPLING2VTKTYPETRADUCER[0]) ));
 118   for(int i=0;i<nbOfTypesInMC;i++)
 119     {
 120       auto vtkId(MEDCOUPLING2VTKTYPETRADUCER[i]);
 121       if(vtkId!=MEDCOUPLING2VTKTYPETRADUCER_NONE)
 122         ret[vtkId]=i;
 123     }
 124   return ret;
 125 }
 126
 127 std::string GetMeshNameWithContext(const std::vector<int>& context)
 128 {
 129   static const char DFT_MESH_NAME[]="Mesh";
 130   if(context.empty())
 131     return DFT_MESH_NAME;
 132   std::ostringstream oss; oss << DFT_MESH_NAME;
 133   for(std::vector<int>::const_iterator it=context.begin();it!=context.end();it++)
 134     oss << "_" << *it;
 135   return oss.str();
 136 }
 137
 138 DataArrayIdType *ConvertVTKArrayToMCArrayInt(vtkDataArray *data)
 139 {
 140   if(!data)
 141     throw MZCException("ConvertVTKArrayToMCArrayInt : internal error !");
 142   int nbTuples(data->GetNumberOfTuples()),nbComp(data->GetNumberOfComponents());
 143   std::size_t nbElts(nbTuples*nbComp);
 144   MCAuto<DataArrayIdType> ret(DataArrayIdType::New());
 145   ret->alloc(nbTuples,nbComp);
 146   for(int i=0;i<nbComp;i++)
 147     {
 148       const char *comp(data->GetComponentName(i));
 149       if(comp)
 150         ret->setInfoOnComponent(i,comp);
 151     }
 152   mcIdType *ptOut(ret->getPointer());
 153   vtkIntArray *d0(vtkIntArray::SafeDownCast(data));
 154   if(d0)
 155     {
 156       const int *pt(d0->GetPointer(0));
 157       std::copy(pt,pt+nbElts,ptOut);
 158       return ret.retn();
 159     }
 160   vtkLongArray *d1(vtkLongArray::SafeDownCast(data));
 161   if(d1)
 162     {
 163       const long *pt(d1->GetPointer(0));
 164       std::copy(pt,pt+nbElts,ptOut);
 165       return ret.retn();
 166     }
 167   vtkLongLongArray *d1l(vtkLongLongArray::SafeDownCast(data));
 168   if(d1l)
 169     {
 170       const long long *pt(d1l->GetPointer(0));
 171       std::copy(pt,pt+nbElts,ptOut);
 172       return ret.retn();
 173     }
 174   vtkIdTypeArray *d3(vtkIdTypeArray::SafeDownCast(data));
 175   if(d3)
 176     {
 177       const vtkIdType *pt(d3->GetPointer(0));
 178       std::copy(pt,pt+nbElts,ptOut);
 179       return ret.retn();
 180     }
 181   vtkUnsignedCharArray *d2(vtkUnsignedCharArray::SafeDownCast(data));
 182   if(d2)
 183     {
 184       const unsigned char *pt(d2->GetPointer(0));
 185       std::copy(pt,pt+nbElts,ptOut);
 186       return ret.retn();
 187     }
 188   std::ostringstream oss;
 189   oss << "ConvertVTKArrayToMCArrayInt : unrecognized array \"" << typeid(*data).name() << "\" type !";
 190   throw MZCException(oss.str());
 191 }
 192
 193 template<class T>
 194 typename Traits<T>::ArrayType *ConvertVTKArrayToMCArrayDouble(vtkDataArray *data)
 195 {
 196   if(!data)
 197     throw MZCException("ConvertVTKArrayToMCArrayDouble : internal error !");
 198   int nbTuples(data->GetNumberOfTuples()),nbComp(data->GetNumberOfComponents());
 199   std::size_t nbElts(nbTuples*nbComp);
 200   MCAuto< typename Traits<T>::ArrayType > ret(Traits<T>::ArrayType::New());
 201   ret->alloc(nbTuples,nbComp);
 202   for(int i=0;i<nbComp;i++)
 203     {
 204       const char *comp(data->GetComponentName(i));
 205       if(comp)
 206         ret->setInfoOnComponent(i,comp);
 207       else
 208         {
 209           if(nbComp>1 && nbComp<=3)
 210             {
 211               char tmp[2];
 212               tmp[0]=(char)('X'+i); tmp[1]='\0';
 213               ret->setInfoOnComponent(i,tmp);
 214             }
 215         }
 216     }
 217   T *ptOut(ret->getPointer());
 218   typename MEDFileVTKTraits<T>::VtkType *d0(MEDFileVTKTraits<T>::VtkType::SafeDownCast(data));
 219   if(d0)
 220     {
 221       const T *pt(d0->GetPointer(0));
 222       for(std::size_t i=0;i<nbElts;i++)
 223         ptOut[i]=(T)pt[i];
 224       return ret.retn();
 225     }
 226   std::ostringstream oss;
 227   oss << "ConvertVTKArrayToMCArrayDouble : unrecognized array \"" << data->GetClassName() << "\" type !";
 228   throw MZCException(oss.str());
 229 }
 230
 231 DataArrayDouble *ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced(vtkDataArray *data)
 232 {
 233   if(!data)
 234     throw MZCException("ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced : internal error 0 !");
 235   vtkFloatArray *d0(vtkFloatArray::SafeDownCast(data));
 236   if(d0)
 237     {
 238       MCAuto<DataArrayFloat> ret(ConvertVTKArrayToMCArrayDouble<float>(data));
 239       MCAuto<DataArrayDouble> ret2(ret->convertToDblArr());
 240       return ret2.retn();
 241     }
 242   vtkDoubleArray *d1(vtkDoubleArray::SafeDownCast(data));
 243   if(d1)
 244     return ConvertVTKArrayToMCArrayDouble<double>(data);
 245   throw MZCException("ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced : unrecognized type of data for double !");
 246 }
 247
 248 DataArray *ConvertVTKArrayToMCArray(vtkDataArray *data)
 249 {
 250   if(!data)
 251     throw MZCException("ConvertVTKArrayToMCArray : internal error !");
 252   vtkFloatArray *d0(vtkFloatArray::SafeDownCast(data));
 253   if(d0)
 254     return ConvertVTKArrayToMCArrayDouble<float>(data);
 255   vtkDoubleArray *d1(vtkDoubleArray::SafeDownCast(data));
 256   if(d1)
 257     return ConvertVTKArrayToMCArrayDouble<double>(data);
 258   vtkIntArray *d2(vtkIntArray::SafeDownCast(data));
 259   vtkLongArray *d3(vtkLongArray::SafeDownCast(data));
 260   vtkUnsignedCharArray *d4(vtkUnsignedCharArray::SafeDownCast(data));
 261   vtkIdTypeArray *d5(vtkIdTypeArray::SafeDownCast(data));
 262   if(d2 || d3 || d4 || d5)
 263     return ConvertVTKArrayToMCArrayInt(data);
 264   std::ostringstream oss;
 265   oss << "ConvertVTKArrayToMCArray : unrecognized array \"" << typeid(*data).name() << "\" type !";
 266   throw MZCException(oss.str());
 267 }
 268
 269 MEDCouplingUMesh *BuildMeshFromCellArray(vtkCellArray *ca, DataArrayDouble *coords, int meshDim, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type)
 270 {
 271   MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh(MEDCouplingUMesh::New("",meshDim));
 272   subMesh->setCoords(coords); subMesh->allocateCells();
 273   int nbCells(ca->GetNumberOfCells());
 274   if(nbCells==0)
 275     return 0;
 276   //vtkIdType nbEntries(ca->GetNumberOfConnectivityEntries()); // todo: unused
 277   const vtkIdType *conn(ca->GetData()->GetPointer(0));
 278   for(int i=0;i<nbCells;i++)
 279     {
 280       mcIdType sz(ToIdType(*conn++));
 281       std::vector<mcIdType> conn2(sz);
 282       for(int jj=0;jj<sz;jj++)
 283         conn2[jj]=ToIdType(conn[jj]);
 284       subMesh->insertNextCell(type,sz,&conn2[0]);
 285       conn+=sz;
 286     }
 287   return subMesh.retn();
 288 }
 289
 290 MEDCouplingUMesh *BuildMeshFromCellArrayTriangleStrip(vtkCellArray *ca, DataArrayDouble *coords, MCAuto<DataArrayIdType>& ids)
 291 {
 292   MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh(MEDCouplingUMesh::New("",2));
 293   subMesh->setCoords(coords); subMesh->allocateCells();
 294   int nbCells(ca->GetNumberOfCells());
 295   if(nbCells==0)
 296     return 0;
 297   //vtkIdType nbEntries(ca->GetNumberOfConnectivityEntries()); // todo: unused
 298   const vtkIdType *conn(ca->GetData()->GetPointer(0));
 299   ids=DataArrayIdType::New() ; ids->alloc(0,1);
 300   for(int i=0;i<nbCells;i++)
 301     {
 302       int sz(*conn++);
 303       int nbTri(sz-2);
 304       if(nbTri>0)
 305         {
 306           for(int j=0;j<nbTri;j++,conn++)
 307             {
 308               mcIdType conn2[3]; conn2[0]=conn[0] ; conn2[1]=conn[1] ; conn2[2]=conn[2];
 309               subMesh->insertNextCell(INTERP_KERNEL::NORM_TRI3,3,conn2);
 310               ids->pushBackSilent(i);
 311             }
 312         }
 313       else
 314         {
 315           std::ostringstream oss; oss << "BuildMeshFromCellArrayTriangleStrip : on cell #" << i << " the triangle stip looks bab !";
 316           throw MZCException(oss.str());
 317         }
 318       conn+=sz;
 319     }
 320   return subMesh.retn();
 321 }
 322
 323 class MicroField
 324 {
 325 public:
 326   MicroField(const MCAuto<MEDCouplingUMesh>& m, const std::vector<MCAuto<DataArray> >& cellFs):_m(m),_cellFs(cellFs) { }
 327   MicroField(const std::vector< MicroField >& vs);
 328   void setNodeFields(const std::vector<MCAuto<DataArray> >& nf) { _nodeFs=nf; }
 329   MCAuto<MEDCouplingUMesh> getMesh() const { return _m; }
 330   std::vector<MCAuto<DataArray> > getCellFields() const { return _cellFs; }
 331 private:
 332   MCAuto<MEDCouplingUMesh> _m;
 333   std::vector<MCAuto<DataArray> > _cellFs;
 334   std::vector<MCAuto<DataArray> > _nodeFs;
 335 };
 336
 337 MicroField::MicroField(const std::vector< MicroField >& vs)
 338 {
 339   std::size_t sz(vs.size());
 340   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> vs2(sz);
 341   std::vector< std::vector< MCAuto<DataArray> > > arrs2(sz);
 342   int nbElts(-1);
 343   for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
 344     {
 345       vs2[ii]=vs[ii].getMesh();
 346       arrs2[ii]=vs[ii].getCellFields();
 347       if(nbElts<0)
 348         nbElts=(int)arrs2[ii].size();
 349       else
 350         if((int)arrs2[ii].size()!=nbElts)
 351           throw MZCException("MicroField cstor : internal error !");
 352     }
 353   _cellFs.resize(nbElts);
 354   for(int ii=0;ii<nbElts;ii++)
 355     {
 356       std::vector<const DataArray *> arrsTmp(sz);
 357       for(std::size_t jj=0;jj<sz;jj++)
 358         {
 359           arrsTmp[jj]=arrs2[jj][ii];
 360         }
 361       _cellFs[ii]=DataArray::Aggregate(arrsTmp);
 362     }
 363   _m=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(vs2);
 364 }
 365
 366 template<class T>
 367 void AppendToFields(MEDCoupling::TypeOfField tf, MEDCouplingMesh *mesh, const DataArrayIdType *n2oPtr, typename MEDFileVTKTraits<T>::MCType *dadPtr, MEDFileFields *fs, double timeStep, int tsId)
 368 {
 369   std::string fieldName(dadPtr->getName());
 370   MCAuto< typename Traits<T>::FieldType > f(Traits<T>::FieldType::New(tf));
 371   f->setTime(timeStep,tsId,0);
 372   {
 373     std::string fieldNameForChuckNorris(MEDCoupling::MEDFileAnyTypeField1TSWithoutSDA::FieldNameToMEDFileConvention(fieldName));
 374     f->setName(fieldNameForChuckNorris);
 375   }
 376   if(!n2oPtr)
 377     f->setArray(dadPtr);
 378   else
 379     {
 380       MCAuto< typename Traits<T>::ArrayType > dad2(dadPtr->selectByTupleId(n2oPtr->begin(),n2oPtr->end()));
 381       f->setArray(dad2);
 382     }
 383   f->setMesh(mesh);
 384   MCAuto< typename MLFieldTraits<T>::FMTSType > fmts(MLFieldTraits<T>::FMTSType::New());
 385   MCAuto< typename MLFieldTraits<T>::F1TSType > f1ts(MLFieldTraits<T>::F1TSType::New());
 386   f1ts->setFieldNoProfileSBT(f);
 387   fmts->pushBackTimeStep(f1ts);
 388   fs->pushField(fmts);
 389 }
 390
 391 void AppendMCFieldFrom(MEDCoupling::TypeOfField tf, MEDCouplingMesh *mesh, MEDFileData *mfd, MCAuto<DataArray> da, const DataArrayIdType *n2oPtr, double timeStep, int tsId)
 392 {
 393   static const char FAMFIELD_FOR_CELLS[]="FamilyIdCell";
 394   static const char FAMFIELD_FOR_NODES[]="FamilyIdNode";
 395   if(!da || !mesh || !mfd)
 396     throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error !");
 397   MEDFileFields *fs(mfd->getFields());
 398   MEDFileMeshes *ms(mfd->getMeshes());
 399   if(!fs || !ms)
 400     throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error 2 !");
 401   MCAuto<DataArrayDouble> dad(MEDCoupling::DynamicCast<DataArray,DataArrayDouble>(da));
 402   if(dad.isNotNull())
 403     {
 404       AppendToFields<double>(tf,mesh,n2oPtr,dad,fs,timeStep,tsId);
 405       return ;
 406     }
 407   MCAuto<DataArrayFloat> daf(MEDCoupling::DynamicCast<DataArray,DataArrayFloat>(da));
 408   if(daf.isNotNull())
 409     {
 410       AppendToFields<float>(tf,mesh,n2oPtr,daf,fs,timeStep,tsId);
 411       return ;
 412     }
 413   MCAuto<DataArrayInt> dai(MEDCoupling::DynamicCast<DataArray,DataArrayInt>(da));
 414   MCAuto<DataArrayIdType> daId(MEDCoupling::DynamicCast<DataArray,DataArrayIdType>(da));
 415   if(dai.isNotNull() || daId.isNotNull())
 416     {
 417       std::string fieldName(da->getName());
 418       if((fieldName!=FAMFIELD_FOR_CELLS || tf!=MEDCoupling::ON_CELLS) && (fieldName!=FAMFIELD_FOR_NODES || tf!=MEDCoupling::ON_NODES))
 419         {
 420           if(!dai)
 421             AppendToFields<mcIdType>(tf,mesh,n2oPtr,daId,fs,timeStep,tsId);
 422           else
 423             AppendToFields<int>(tf,mesh,n2oPtr,dai,fs,timeStep,tsId);
 424           return ;
 425         }
 426       else if(fieldName==FAMFIELD_FOR_CELLS && tf==MEDCoupling::ON_CELLS)
 427         {
 428           MEDFileMesh *mm(ms->getMeshWithName(mesh->getName()));
 429           if(!mm)
 430             throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error 3 !");
 431           if(!daId)
 432             throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error 3 (not mcIdType) !");
 433           if(!n2oPtr)
 434             mm->setFamilyFieldArr(mesh->getMeshDimension()-mm->getMeshDimension(),daId);
 435           else
 436             {
 437               MCAuto<DataArrayIdType> dai2(daId->selectByTupleId(n2oPtr->begin(),n2oPtr->end()));
 438               mm->setFamilyFieldArr(mesh->getMeshDimension()-mm->getMeshDimension(),dai2);
 439             }
 440         }
 441       else if(fieldName==FAMFIELD_FOR_NODES || tf==MEDCoupling::ON_NODES)
 442         {
 443           MEDFileMesh *mm(ms->getMeshWithName(mesh->getName()));
 444           if(!mm)
 445             throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error 4 !");
 446           if(!daId)
 447             throw MZCException("AppendMCFieldFrom : internal error 4 (not mcIdType) !");
 448           if(!n2oPtr)
 449             mm->setFamilyFieldArr(1,daId);
 450           else
 451             {
 452               MCAuto<DataArrayIdType> dai2(daId->selectByTupleId(n2oPtr->begin(),n2oPtr->end()));
 453               mm->setFamilyFieldArr(1,dai2);
 454             }
 455         }
 456     }
 457 }
 458
 459 void PutAtLevelDealOrder(MEDFileData *mfd, int meshDimRel, const MicroField& mf, double timeStep, int tsId)
 460 {
 461   if(!mfd)
 462     throw MZCException("PutAtLevelDealOrder : internal error !");
 463   MEDFileMesh *mm(mfd->getMeshes()->getMeshAtPos(0));
 464   MEDFileUMesh *mmu(dynamic_cast<MEDFileUMesh *>(mm));
 465   if(!mmu)
 466     throw MZCException("PutAtLevelDealOrder : internal error 2 !");
 467   MCAuto<MEDCouplingUMesh> mesh(mf.getMesh());
 468   mesh->setName(mfd->getMeshes()->getMeshAtPos(0)->getName());
 469   MCAuto<DataArrayIdType> o2n(mesh->sortCellsInMEDFileFrmt());
 470   //const DataArrayIdType *o2nPtr(o2n); // todo: unused
 471   MCAuto<DataArrayIdType> n2o;
 472   mmu->setMeshAtLevel(meshDimRel,mesh);
 473   const DataArrayIdType *n2oPtr(0);
 474   if(o2n)
 475     {
 476       n2o=o2n->invertArrayO2N2N2O(mesh->getNumberOfCells());
 477       n2oPtr=n2o;
 478       if(n2oPtr && n2oPtr->isIota(mesh->getNumberOfCells()))
 479         n2oPtr=0;
 480       if(n2oPtr)
 481         mm->setRenumFieldArr(meshDimRel,n2o);
 482     }
 483   //
 484   std::vector<MCAuto<DataArray> > cells(mf.getCellFields());
 485   for(std::vector<MCAuto<DataArray> >::const_iterator it=cells.begin();it!=cells.end();it++)
 486     {
 487       MCAuto<DataArray> da(*it);
 488       AppendMCFieldFrom(MEDCoupling::ON_CELLS,mesh,mfd,da,n2oPtr,timeStep,tsId);
 489     }
 490 }
 491
 492 void AssignSingleGTMeshes(MEDFileData *mfd, const std::vector< MicroField >& ms, double timeStep, int tsId)
 493 {
 494   if(!mfd)
 495     throw MZCException("AssignSingleGTMeshes : internal error !");
 496   MEDFileMesh *mm0(mfd->getMeshes()->getMeshAtPos(0));
 497   MEDFileUMesh *mm(dynamic_cast<MEDFileUMesh *>(mm0));
 498   if(!mm)
 499     throw MZCException("AssignSingleGTMeshes : internal error 2 !");
 500   int meshDim(-std::numeric_limits<int>::max());
 501   std::map<int, std::vector< MicroField > > ms2;
 502   for(std::vector< MicroField >::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
 503     {
 504       const MEDCouplingUMesh *elt((*it).getMesh());
 505       if(elt)
 506         {
 507           int myMeshDim(elt->getMeshDimension());
 508           meshDim=std::max(meshDim,myMeshDim);
 509           ms2[myMeshDim].push_back(*it);
 510         }
 511     }
 512   if(ms2.empty())
 513     return ;
 514   for(std::map<int, std::vector< MicroField > >::const_iterator it=ms2.begin();it!=ms2.end();it++)
 515     {
 516       const std::vector< MicroField >& vs((*it).second);
 517       if(vs.size()==1)
 518         {
 519           PutAtLevelDealOrder(mfd,(*it).first-meshDim,vs[0],timeStep,tsId);
 520         }
 521       else
 522         {
 523           MicroField merge(vs);
 524           PutAtLevelDealOrder(mfd,(*it).first-meshDim,merge,timeStep,tsId);
 525         }
 526     }
 527 }
 528
 529 DataArrayDouble *BuildCoordsFrom(vtkPointSet *ds)
 530 {
 531   if(!ds)
 532     throw MZCException("BuildCoordsFrom : internal error !");
 533   vtkPoints *pts(ds->GetPoints());
 534   if(!pts)
 535     throw MZCException("BuildCoordsFrom : internal error 2 !");
 536   vtkDataArray *data(pts->GetData());
 537   if(!data)
 538     throw MZCException("BuildCoordsFrom : internal error 3 !");
 539   return ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced(data);
 540 }
 541
 542 void AddNodeFields(MEDFileData *mfd, vtkDataSetAttributes *dsa, double timeStep, int tsId)
 543 {
 544   if(!mfd || !dsa)
 545     throw MZCException("AddNodeFields : internal error !");
 546   MEDFileMesh *mm(mfd->getMeshes()->getMeshAtPos(0));
 547   MEDFileUMesh *mmu(dynamic_cast<MEDFileUMesh *>(mm));
 548   if(!mmu)
 549     throw MZCException("AddNodeFields : internal error 2 !");
 550   MCAuto<MEDCouplingUMesh> mesh;
 551   if(!mmu->getNonEmptyLevels().empty())
 552     mesh=mmu->getMeshAtLevel(0);
 553   else
 554     {
 555       mesh=MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords(mmu->getCoords());
 556       mesh->setName(mmu->getName());
 557     }
 558   int nba(dsa->GetNumberOfArrays());
 559   for(int i=0;i<nba;i++)
 560     {
 561       vtkDataArray *arr(dsa->GetArray(i));
 562       const char *name(arr->GetName());
 563       if(!arr)
 564         continue;
 565       MCAuto<DataArray> da(ConvertVTKArrayToMCArray(arr));
 566       da->setName(name);
 567       AppendMCFieldFrom(MEDCoupling::ON_NODES,mesh,mfd,da,NULL,timeStep,tsId);
 568     }
 569 }
 570
 571 std::vector<MCAuto<DataArray> > AddPartFields(const DataArrayIdType *part, vtkDataSetAttributes *dsa)
 572 {
 573   std::vector< MCAuto<DataArray> > ret;
 574   if(!dsa)
 575     return ret;
 576   int nba(dsa->GetNumberOfArrays());
 577   for(int i=0;i<nba;i++)
 578     {
 579       vtkDataArray *arr(dsa->GetArray(i));
 580       if(!arr)
 581         continue;
 582       const char *name(arr->GetName());
 583       //int nbCompo(arr->GetNumberOfComponents()); // todo: unused
 584       //vtkIdType nbTuples(arr->GetNumberOfTuples()); // todo: unused
 585       MCAuto<DataArray> mcarr(ConvertVTKArrayToMCArray(arr));
 586       if(part)
 587         mcarr=mcarr->selectByTupleId(part->begin(),part->end());
 588       mcarr->setName(name);
 589       ret.push_back(mcarr);
 590     }
 591   return ret;
 592 }
 593
 594 std::vector<MCAuto<DataArray> > AddPartFields2(int bg, int end, vtkDataSetAttributes *dsa)
 595 {
 596   std::vector< MCAuto<DataArray> > ret;
 597   if(!dsa)
 598     return ret;
 599   int nba(dsa->GetNumberOfArrays());
 600   for(int i=0;i<nba;i++)
 601     {
 602       vtkDataArray *arr(dsa->GetArray(i));
 603       if(!arr)
 604         continue;
 605       const char *name(arr->GetName());
 606       //int nbCompo(arr->GetNumberOfComponents()); // todo: unused
 607       //vtkIdType nbTuples(arr->GetNumberOfTuples()); // todo: unused
 608       MCAuto<DataArray> mcarr(ConvertVTKArrayToMCArray(arr));
 609       mcarr=mcarr->selectByTupleIdSafeSlice(bg,end,1);
 610       mcarr->setName(name);
 611       ret.push_back(mcarr);
 612     }
 613   return ret;
 614 }
 615
 616 void ConvertFromRectilinearGrid(MEDFileData *ret, vtkRectilinearGrid *ds, const std::vector<int>& context, double timeStep, int tsId)
 617 {
 618   if(!ds || !ret)
 619     throw MZCException("ConvertFromRectilinearGrid : internal error !");
 620   //
 621   MCAuto<MEDFileMeshes> meshes(MEDFileMeshes::New());
 622   ret->setMeshes(meshes);
 623   MCAuto<MEDFileFields> fields(MEDFileFields::New());
 624   ret->setFields(fields);
 625   //
 626   MCAuto<MEDFileCMesh> cmesh(MEDFileCMesh::New());
 627   meshes->pushMesh(cmesh);
 628   MCAuto<MEDCouplingCMesh> cmeshmc(MEDCouplingCMesh::New());
 629   vtkDataArray *cx(ds->GetXCoordinates()),*cy(ds->GetYCoordinates()),*cz(ds->GetZCoordinates());
 630   if(cx)
 631     {
 632       MCAuto<DataArrayDouble> arr(ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced(cx));
 633       cmeshmc->setCoordsAt(0,arr);
 634     }
 635   if(cy)
 636     {
 637       MCAuto<DataArrayDouble> arr(ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced(cy));
 638       cmeshmc->setCoordsAt(1,arr);
 639     }
 640   if(cz)
 641     {
 642       MCAuto<DataArrayDouble> arr(ConvertVTKArrayToMCArrayDoubleForced(cz));
 643       cmeshmc->setCoordsAt(2,arr);
 644     }
 645   std::string meshName(GetMeshNameWithContext(context));
 646   cmeshmc->setName(meshName);
 647   cmesh->setMesh(cmeshmc);
 648   std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields(0,ds->GetCellData()));
 649   for(std::vector<MCAuto<DataArray> >::const_iterator it=cellFs.begin();it!=cellFs.end();it++)
 650     {
 651       MCAuto<DataArray> da(*it);
 652       AppendMCFieldFrom(MEDCoupling::ON_CELLS,cmeshmc,ret,da,NULL,timeStep,tsId);
 653     }
 654   std::vector<MCAuto<DataArray> > nodeFs(AddPartFields(0,ds->GetPointData()));
 655   for(std::vector<MCAuto<DataArray> >::const_iterator it=nodeFs.begin();it!=nodeFs.end();it++)
 656     {
 657       MCAuto<DataArray> da(*it);
 658       AppendMCFieldFrom(MEDCoupling::ON_NODES,cmeshmc,ret,da,NULL,timeStep,tsId);
 659     }
 660 }
 661
 662 void ConvertFromPolyData(MEDFileData *ret, vtkPolyData *ds, const std::vector<int>& context, double timeStep, int tsId)
 663 {
 664   if(!ds || !ret)
 665     throw MZCException("ConvertFromPolyData : internal error !");
 666   //
 667   MCAuto<MEDFileMeshes> meshes(MEDFileMeshes::New());
 668   ret->setMeshes(meshes);
 669   MCAuto<MEDFileFields> fields(MEDFileFields::New());
 670   ret->setFields(fields);
 671   //
 672   MCAuto<MEDFileUMesh> umesh(MEDFileUMesh::New());
 673   meshes->pushMesh(umesh);
 674   MCAuto<DataArrayDouble> coords(BuildCoordsFrom(ds));
 675   umesh->setCoords(coords);
 676   umesh->setName(GetMeshNameWithContext(context));
 677   //
 678   int offset(0);
 679   std::vector< MicroField > ms;
 680   vtkCellArray *cd(ds->GetVerts());
 681   if(cd)
 682     {
 683       MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh(BuildMeshFromCellArray(cd,coords,0,INTERP_KERNEL::NORM_POINT1));
 684       if((const MEDCouplingUMesh *)subMesh)
 685         {
 686           std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields2(offset,offset+subMesh->getNumberOfCells(),ds->GetCellData()));
 687           offset+=subMesh->getNumberOfCells();
 688           ms.push_back(MicroField(subMesh,cellFs));
 689         }
 690     }
 691   vtkCellArray *cc(ds->GetLines());
 692   if(cc)
 693     {
 694       MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh;
 695       try
 696         {
 697           subMesh=BuildMeshFromCellArray(cc,coords,1,INTERP_KERNEL::NORM_SEG2);
 698         }
 699       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 700         {
 701           std::ostringstream oss; oss << "MEDWriter does not manage polyline cell type because MED file format does not support it ! Maybe it is the source of the problem ? The cause of this exception was " << e.what() << std::endl;
 702           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str());
 703         }
 704       if((const MEDCouplingUMesh *)subMesh)
 705         {
 706           std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields2(offset,offset+subMesh->getNumberOfCells(),ds->GetCellData()));
 707           offset+=subMesh->getNumberOfCells();
 708           ms.push_back(MicroField(subMesh,cellFs));
 709         }
 710     }
 711   vtkCellArray *cb(ds->GetPolys());
 712   if(cb)
 713     {
 714       MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh(BuildMeshFromCellArray(cb,coords,2,INTERP_KERNEL::NORM_POLYGON));
 715       if((const MEDCouplingUMesh *)subMesh)
 716         {
 717           std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields2(offset,offset+subMesh->getNumberOfCells(),ds->GetCellData()));
 718           offset+=subMesh->getNumberOfCells();
 719           ms.push_back(MicroField(subMesh,cellFs));
 720         }
 721     }
 722   vtkCellArray *ca(ds->GetStrips());
 723   if(ca)
 724     {
 725       MCAuto<DataArrayIdType> ids;
 726       MCAuto<MEDCouplingUMesh> subMesh(BuildMeshFromCellArrayTriangleStrip(ca,coords,ids));
 727       if((const MEDCouplingUMesh *)subMesh)
 728         {
 729           std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields(ids,ds->GetCellData()));
 730           offset+=subMesh->getNumberOfCells();
 731           ms.push_back(MicroField(subMesh,cellFs));
 732         }
 733     }
 734   AssignSingleGTMeshes(ret,ms,timeStep,tsId);
 735   AddNodeFields(ret,ds->GetPointData(),timeStep,tsId);
 736 }
 737
 738 void ConvertFromUnstructuredGrid(MEDFileData *ret, vtkUnstructuredGrid *ds, const std::vector<int>& context, double timeStep, int tsId)
 739 {
 740   if(!ds || !ret)
 741     throw MZCException("ConvertFromUnstructuredGrid : internal error !");
 742   //
 743   MCAuto<MEDFileMeshes> meshes(MEDFileMeshes::New());
 744   ret->setMeshes(meshes);
 745   MCAuto<MEDFileFields> fields(MEDFileFields::New());
 746   ret->setFields(fields);
 747   //
 748   MCAuto<MEDFileUMesh> umesh(MEDFileUMesh::New());
 749   meshes->pushMesh(umesh);
 750   MCAuto<DataArrayDouble> coords(BuildCoordsFrom(ds));
 751   umesh->setCoords(coords);
 752   umesh->setName(GetMeshNameWithContext(context));
 753   vtkIdType nbCells(ds->GetNumberOfCells());
 754   vtkCellArray *ca(ds->GetCells());
 755   if(!ca)
 756     return ;
 757   //vtkIdType nbEnt(ca->GetNumberOfConnectivityEntries()); // todo: unused
 758   //vtkIdType *caPtr(ca->GetData()->GetPointer(0)); // todo: unused
 759   vtkUnsignedCharArray *ct(ds->GetCellTypesArray());
 760   if(!ct)
 761     throw MZCException("ConvertFromUnstructuredGrid : internal error");
 762   vtkIdTypeArray *cla(ds->GetCellLocationsArray());
 763   //const vtkIdType *claPtr(cla->GetPointer(0)); // todo: unused
 764   if(!cla)
 765     throw MZCException("ConvertFromUnstructuredGrid : internal error 2");
 766   const unsigned char *ctPtr(ct->GetPointer(0));
 767   std::map<int,int> m(ComputeMapOfType());
 768   MCAuto<DataArrayInt> lev(DataArrayInt::New()) ;  lev->alloc(nbCells,1);
 769   int *levPtr(lev->getPointer());
 770   for(vtkIdType i=0;i<nbCells;i++)
 771     {
 772       std::map<int,int>::iterator it(m.find(ctPtr[i]));
 773       if(it!=m.end())
 774         {
 775           const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel((INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)(*it).second));
 776           levPtr[i]=cm.getDimension();
 777         }
 778       else
 779         {
 780           if(ctPtr[i]==VTK_POLY_VERTEX)
 781             {
 782               const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(INTERP_KERNEL::NORM_POINT1));
 783               levPtr[i]=cm.getDimension();
 784             }
 785           else
 786             {
 787               std::ostringstream oss; oss << "ConvertFromUnstructuredGrid : at pos #" << i << " unrecognized VTK cell with type =" << ctPtr[i];
 788               throw MZCException(oss.str());
 789             }
 790         }
 791     }
 792   MCAuto<DataArrayInt> levs(lev->getDifferentValues());
 793   std::vector< MicroField > ms;
 794   //vtkIdTypeArray *faces(ds->GetFaces()),*faceLoc(ds->GetFaceLocations()); // todo: unused
 795   for(const int *curLev=levs->begin();curLev!=levs->end();curLev++)
 796     {
 797       MCAuto<MEDCouplingUMesh> m0(MEDCouplingUMesh::New("",*curLev));
 798       m0->setCoords(coords); m0->allocateCells();
 799       MCAuto<DataArrayIdType> cellIdsCurLev(lev->findIdsEqual(*curLev));
 800       for(const mcIdType *cellId=cellIdsCurLev->begin();cellId!=cellIdsCurLev->end();cellId++)
 801         {
 802           int vtkType(ds->GetCellType(*cellId));
 803           std::map<int,int>::iterator it(m.find(vtkType));
 804           INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct=it!=m.end()?(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)((*it).second):INTERP_KERNEL::NORM_POINT1;
 805           if(ct!=INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED && vtkType!=VTK_POLY_VERTEX)
 806             {
 807               vtkIdType sz(0);
 808               const vtkIdType *pts(nullptr);
 809               ds->GetCellPoints(*cellId, sz, pts);
 810               std::vector<mcIdType> conn2(pts,pts+sz);
 811               m0->insertNextCell(ct,sz,conn2.data());
 812             }
 813           else if(ct==INTERP_KERNEL::NORM_POLYHED)
 814             {
 815               // # de faces du polyèdre
 816               vtkIdType nbOfFaces(0);
 817               // connectivé des faces (numFace0Pts, id1, id2, id3, numFace1Pts,id1, id2, id3, ...)
 818               const vtkIdType *facPtr(nullptr);
 819               ds->GetFaceStream(*cellId, nbOfFaces, facPtr);
 820               std::vector<mcIdType> conn;
 821               for(vtkIdType k=0;k<nbOfFaces;k++)
 822                 {
 823                   vtkIdType nbOfNodesInFace(*facPtr++);
 824                   std::copy(facPtr,facPtr+nbOfNodesInFace,std::back_inserter(conn));
 825                   if(k<nbOfFaces-1)
 826                     conn.push_back(-1);
 827                   facPtr+=nbOfNodesInFace;
 828                 }
 829               m0->insertNextCell(ct,ToIdType(conn.size()),&conn[0]);
 830             }
 831           else
 832             {
 833               vtkIdType sz(0);
 834               const vtkIdType *pts(nullptr);
 835               ds->GetCellPoints(*cellId, sz, pts);
 836               if(sz!=1)
 837                 throw MZCException("ConvertFromUnstructuredGrid : non single poly vertex not managed by MED !");
 838               m0->insertNextCell(ct,1,(const mcIdType*)pts);
 839             }
 840         }
 841       std::vector<MCAuto<DataArray> > cellFs(AddPartFields(cellIdsCurLev,ds->GetCellData()));
 842       ms.push_back(MicroField(m0,cellFs));
 843     }
 844   AssignSingleGTMeshes(ret,ms,timeStep,tsId);
 845   AddNodeFields(ret,ds->GetPointData(),timeStep,tsId);
 846 }
 847
 848 ///////////////////
 849
 850 void WriteMEDFileFromVTKDataSet(MEDFileData *mfd, vtkDataSet *ds, const std::vector<int>& context, double timeStep, int tsId)
 851 {
 852   if(!ds || !mfd)
 853     throw MZCException("Internal error in WriteMEDFileFromVTKDataSet.");
 854   vtkPolyData *ds2(vtkPolyData::SafeDownCast(ds));
 855   vtkUnstructuredGrid *ds3(vtkUnstructuredGrid::SafeDownCast(ds));
 856   vtkRectilinearGrid *ds4(vtkRectilinearGrid::SafeDownCast(ds));
 857   if(ds2)
 858     {
 859       ConvertFromPolyData(mfd,ds2,context,timeStep,tsId);
 860     }
 861   else if(ds3)
 862     {
 863       ConvertFromUnstructuredGrid(mfd,ds3,context,timeStep,tsId);
 864     }
 865   else if(ds4)
 866     {
 867       ConvertFromRectilinearGrid(mfd,ds4,context,timeStep,tsId);
 868     }
 869   else
 870     throw MZCException("Unrecognized vtkDataSet ! Sorry ! Try to convert it to UnstructuredGrid to be able to write it !");
 871 }
 872
 873 void WriteMEDFileFromVTKMultiBlock(MEDFileData *mfd, vtkMultiBlockDataSet *ds, const std::vector<int>& context, double timeStep, int tsId)
 874 {
 875   if(!ds || !mfd)
 876     throw MZCException("Internal error in WriteMEDFileFromVTKMultiBlock.");
 877   int nbBlocks(ds->GetNumberOfBlocks());
 878   if(nbBlocks==1 && context.empty())
 879     {
 880       vtkDataObject *uniqueElt(ds->GetBlock(0));
 881       if(!uniqueElt)
 882         throw MZCException("Unique elt in multiblock is NULL !");
 883       vtkDataSet *uniqueEltc(vtkDataSet::SafeDownCast(uniqueElt));
 884       if(uniqueEltc)
 885         {
 886           WriteMEDFileFromVTKDataSet(mfd,uniqueEltc,context,timeStep,tsId);
 887           return ;
 888         }
 889     }
 890   for(int i=0;i<nbBlocks;i++)
 891     {
 892       vtkDataObject *elt(ds->GetBlock(i));
 893       std::vector<int> context2;
 894       context2.push_back(i);
 895       if(!elt)
 896         {
 897           std::ostringstream oss; oss << "In context ";
 898           std::copy(context.begin(),context.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
 899           oss << " at pos #" << i << " elt is NULL !";
 900           throw MZCException(oss.str());
 901         }
 902       vtkDataSet *elt1(vtkDataSet::SafeDownCast(elt));
 903       if(elt1)
 904         {
 905           WriteMEDFileFromVTKDataSet(mfd,elt1,context,timeStep,tsId);
 906           continue;
 907         }
 908       vtkMultiBlockDataSet *elt2(vtkMultiBlockDataSet::SafeDownCast(elt));
 909       if(elt2)
 910         {
 911           WriteMEDFileFromVTKMultiBlock(mfd,elt2,context,timeStep,tsId);
 912           continue;
 913         }
 914       std::ostringstream oss; oss << "In context ";
 915       std::copy(context.begin(),context.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
 916       oss << " at pos #" << i << " elt not recognized data type !";
 917       throw MZCException(oss.str());
 918     }
 919 }
 920
 921 void WriteMEDFileFromVTKGDS(MEDFileData *mfd, vtkDataObject *input, double timeStep, int tsId)
 922 {
 923   if(!input || !mfd)
 924     throw MZCException("WriteMEDFileFromVTKGDS : internal error !");
 925   std::vector<int> context;
 926   vtkDataSet *input1(vtkDataSet::SafeDownCast(input));
 927   if(input1)
 928     {
 929       WriteMEDFileFromVTKDataSet(mfd,input1,context,timeStep,tsId);
 930       return ;
 931     }
 932   vtkMultiBlockDataSet *input2(vtkMultiBlockDataSet::SafeDownCast(input));
 933   if(input2)
 934     {
 935       WriteMEDFileFromVTKMultiBlock(mfd,input2,context,timeStep,tsId);
 936       return ;
 937     }
 938   throw MZCException("WriteMEDFileFromVTKGDS : not recognized data type !");
 939 }
 940
 941 void PutFamGrpInfoIfAny(MEDFileData *mfd, const std::string& meshName, const std::vector<Grp>& groups, const std::vector<Fam>& fams)
 942 {
 943   if(!mfd)
 944     return ;
 945   if(meshName.empty())
 946     return ;
 947   MEDFileMeshes *meshes(mfd->getMeshes());
 948   if(!meshes)
 949     return ;
 950   if(meshes->getNumberOfMeshes()!=1)
 951     return ;
 952   MEDFileMesh *mm(meshes->getMeshAtPos(0));
 953   if(!mm)
 954     return ;
 955   mm->setName(meshName);
 956   for(std::vector<Fam>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++)
 957     mm->setFamilyId((*it).getName(),(*it).getID());
 958   for(std::vector<Grp>::const_iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
 959     mm->setFamiliesOnGroup((*it).getName(),(*it).getFamilies());
 960   MEDFileFields *fields(mfd->getFields());
 961   if(!fields)
 962     return ;
 963   for(int i=0;i<fields->getNumberOfFields();i++)
 964     {
 965       MEDFileAnyTypeFieldMultiTS *fmts(fields->getFieldAtPos(i));
 966       if(!fmts)
 967         continue;
 968       fmts->setMeshName(meshName);
 969     }
 970 }