src/SGE/Batch_BatchManager_eSGE.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eSGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <sys/stat.h>
  39
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #ifdef WIN32
  44 #include <io.h>
  45 #else
  46 #include <libgen.h>
  47 #endif
  48
  49 #include "Batch_Constants.hxx"
  50 #include "Batch_BatchManager_eSGE.hxx"
  51 #include "Batch_JobInfo_eSGE.hxx"
  52
  53 using namespace std;
  54
  55 namespace Batch {
  56
  57   BatchManager_eSGE::BatchManager_eSGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  58                                        const char * username,
  59                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  60   : BatchManager(parent, host),
  61     BatchManager_eClient(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  62   {
  63     // Nothing to do
  64   }
  65
  66   // Destructeur
  67   BatchManager_eSGE::~BatchManager_eSGE()
  68   {
  69     // Nothing to do
  70   }
  71
  72   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  73   const JobId BatchManager_eSGE::submitJob(const Job & job)
  74   {
  75     int status;
  76     Parametre params = job.getParametre();
  77     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  78     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  79     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  80     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  81     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  82
  83     // export input files on cluster
  84     exportInputFiles(job);
  85
  86     // build batch script for job
  87     buildBatchScript(job);
  88
  89     // define name of log file (local)
  90     string logFile = generateTemporaryFileName("SGE-submitlog");
  91
  92     // define command to submit batch
  93     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; qsub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  94     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  95     command += " > ";
  96     command += logFile;
  97     command += " 2>&1";
  98     cerr << command.c_str() << endl;
  99     status = system(command.c_str());
 100     if(status)
 101     {
 102       ifstream error_message(logFile.c_str());
 103       std::string mess;
 104       std::string temp;
 105       while(std::getline(error_message, temp))
 106         mess += temp;
 107       error_message.close();
 108       throw EmulationException("Error of connection on remote host, error was: " + mess);
 109     }
 110
 111     // read id of submitted job in log file
 112     char line[128];
 113     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 114     fgets( line, 128, fp);
 115     fclose(fp);
 116
 117     string strjob;
 118     istringstream iss(line);
 119     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 120
 121     JobId id(this, strjob);
 122     return id;
 123   }
 124
 125   // Ce manager permet de faire de la reprise
 126   const Batch::JobId
 127   BatchManager_eSGE::addJob(const Batch::Job & job, const std::string reference)
 128   {
 129     return JobId(this, reference);
 130   }
 131
 132   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 133   void BatchManager_eSGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 134   {
 135     int status;
 136     int ref;
 137     istringstream iss(jobid.getReference());
 138     iss >> ref;
 139
 140     // define command to delete batch
 141     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 142     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 143     cerr << command.c_str() << endl;
 144     status = system(command.c_str());
 145     if(status)
 146       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 147
 148     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 149   }
 150
 151   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 152   void BatchManager_eSGE::holdJob(const JobId & jobid)
 153   {
 154     throw EmulationException("Not yet implemented");
 155   }
 156
 157   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 158   void BatchManager_eSGE::releaseJob(const JobId & jobid)
 159   {
 160     throw EmulationException("Not yet implemented");
 161   }
 162
 163
 164   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 165   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 166   {
 167     throw EmulationException("Not yet implemented");
 168   }
 169
 170   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 171   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 172   {
 173     alterJob(jobid, param, Environnement());
 174   }
 175
 176   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 177   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 178   {
 179     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 180   }
 181
 182   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 183   JobInfo BatchManager_eSGE::queryJob(const JobId & jobid)
 184   {
 185     int id;
 186     istringstream iss(jobid.getReference());
 187     iss >> id;
 188
 189     // define name of log file (local)
 190     string logFile = generateTemporaryFileName(string("SGE-querylog-id") + jobid.getReference());
 191
 192     // define command to query batch
 193     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qstat | grep ") + iss.str() + string("\\\"");
 194     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 195     command += " > ";
 196     command += logFile;
 197     cerr << command.c_str() << endl;
 198     int status = system(command.c_str());
 199     if (status && status != 256)
 200       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 201
 202     JobInfo_eSGE ji = JobInfo_eSGE(id,logFile);
 203     return ji;
 204   }
 205
 206   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 207   bool BatchManager_eSGE::isRunning(const JobId & jobid)
 208   {
 209     throw EmulationException("Not yet implemented");
 210   }
 211
 212   void BatchManager_eSGE::buildBatchScript(const Job & job)
 213   {
 214 #ifndef WIN32
 215     //TODO porting on Win32 platform
 216     std::cerr << "BuildBatchScript" << std::endl;
 217     Parametre params = job.getParametre();
 218
 219     // Job Parameters
 220     string workDir       = "";
 221     string fileToExecute = "";
 222     int nbproc           = 0;
 223     int edt              = 0;
 224     int mem              = 0;
 225     string queue         = "";
 226
 227     // Mandatory parameters
 228     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 229       workDir = params[WORKDIR].str();
 230     else
 231       throw EmulationException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 232     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 233       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 234     else
 235       throw EmulationException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 236
 237     // Optional parameters
 238     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 239       nbproc = params[NBPROC];
 240     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 241       edt = params[MAXWALLTIME];
 242     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 243       mem = params[MAXRAMSIZE];
 244     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 245       queue = params[QUEUE].str();
 246
 247     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 248     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 249     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 250     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 251
 252     // Create batch submit file
 253     ofstream tempOutputFile;
 254     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 255
 256     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 257     if (queue != "")
 258       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 259     tempOutputFile << "#$ -pe " << _mpiImpl->name() << " " << nbproc << endl;
 260     if( edt > 0 )
 261       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 262     if( mem > 0 )
 263       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 264     tempOutputFile << "#$ -o " << workDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 265     tempOutputFile << "#$ -e " << workDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 266
 267     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 268     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=$TMPDIR/machines" << endl;
 269
 270     // Launch the executable
 271     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 272     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 273     tempOutputFile.flush();
 274     tempOutputFile.close();
 275
 276     BATCH_CHMOD(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 277     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 278
 279     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 280                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 281                                     _hostname, _username);
 282     if (status)
 283       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 284
 285 #endif //WIN32
 286   }
 287
 288   std::string BatchManager_eSGE::getWallTime(const long edt)
 289   {
 290     long h, m;
 291     h = edt / 60;
 292     m = edt - h*60;
 293     ostringstream oss;
 294     if( m >= 10 )
 295       oss << h << ":" << m;
 296     else
 297       oss << h << ":0" << m;
 298     oss << ":00"; // the seconds
 299
 300     return oss.str();
 301   }
 302
 303 }