src/SGE/BatchManager_SGE.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_SGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #ifdef WIN32
  43 #include <io.h>
  44 #else
  45 #include <libgen.h>
  46 #endif
  47
  48 #include <Constants.hxx>
  49 #include <Utils.hxx>
  50 #include <NotYetImplementedException.hxx>
  51
  52 #include "BatchManager_SGE.hxx"
  53 #include "JobInfo_SGE.hxx"
  54 #include "Log.hxx"
  55
  56 using namespace std;
  57
  58 namespace Batch {
  59
  60   BatchManager_SGE::BatchManager_SGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  61                                        const char * username,
  62                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  63   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  64   {
  65     // Nothing to do
  66   }
  67
  68   // Destructeur
  69   BatchManager_SGE::~BatchManager_SGE()
  70   {
  71     // Nothing to do
  72   }
  73
  74   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  75   const JobId BatchManager_SGE::submitJob(const Job & job)
  76   {
  77     Parametre params = job.getParametre();
  78     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  79     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  80     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  81     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  82     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  83
  84     // export input files on cluster
  85     exportInputFiles(job);
  86
  87     // build batch script for job
  88     buildBatchScript(job);
  89
  90     // define command to submit batch
  91     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; qsub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  92     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  93     command += " 2>&1";
  94     LOG(command);
  95
  96     // submit job
  97     string output;
  98     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
  99     LOG(output);
 100     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 101
 102     // find id of submitted job in output
 103     string strjob;
 104     istringstream iss(output);
 105     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 106
 107     JobId id(this, strjob);
 108     return id;
 109   }
 110
 111
 112   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 113   void BatchManager_SGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 114   {
 115     int status;
 116     int ref;
 117     istringstream iss(jobid.getReference());
 118     iss >> ref;
 119
 120     // define command to delete batch
 121     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 122     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 123     LOG(command);
 124     status = system(command.c_str());
 125     if(status)
 126       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 127
 128     LOG("jobId = " << ref << "killed");
 129   }
 130
 131   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 132   JobInfo BatchManager_SGE::queryJob(const JobId & jobid)
 133   {
 134     int id;
 135     istringstream iss(jobid.getReference());
 136     iss >> id;
 137
 138     // define command to query batch
 139     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qstat | grep ") + iss.str() + string("\\\"");
 140     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 141     LOG(command);
 142
 143     string output;
 144     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 145     if (status && status != 256)
 146       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 147
 148     JobInfo_SGE ji = JobInfo_SGE(id, output);
 149     return ji;
 150   }
 151
 152   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 153   bool BatchManager_SGE::isRunning(const JobId & jobid)
 154   {
 155     throw NotYetImplementedException("BatchManager_SGE::isRunning");
 156   }
 157
 158   void BatchManager_SGE::buildBatchScript(const Job & job)
 159   {
 160 #ifndef WIN32
 161     //TODO porting on Win32 platform
 162     LOG("BuildBatchScript");
 163     Parametre params = job.getParametre();
 164
 165     // Job Parameters
 166     string workDir       = "";
 167     string fileToExecute = "";
 168     int nbproc           = 0;
 169     int edt              = 0;
 170     int mem              = 0;
 171     string queue         = "";
 172
 173     // Mandatory parameters
 174     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 175       workDir = params[WORKDIR].str();
 176     else
 177       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 178     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 179       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 180     else
 181       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 182
 183     // Optional parameters
 184     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 185       nbproc = params[NBPROC];
 186     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 187       edt = params[MAXWALLTIME];
 188     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 189       mem = params[MAXRAMSIZE];
 190     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 191       queue = params[QUEUE].str();
 192
 193     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 194     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 195     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 196     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 197
 198     // Create batch submit file
 199     ofstream tempOutputFile;
 200     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 201
 202     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 203     if (queue != "")
 204       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 205     tempOutputFile << "#$ -pe " << _mpiImpl->name() << " " << nbproc << endl;
 206     if( edt > 0 )
 207       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 208     if( mem > 0 )
 209       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 210     tempOutputFile << "#$ -o " << workDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 211     tempOutputFile << "#$ -e " << workDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 212
 213     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 214     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=$TMPDIR/machines" << endl;
 215
 216     // Launch the executable
 217     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 218     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 219     tempOutputFile.flush();
 220     tempOutputFile.close();
 221
 222     Utils::chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 223     LOG("Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str());
 224
 225     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 226                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 227                                     _hostname, _username);
 228     if (status)
 229       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 230
 231 #endif //WIN32
 232   }
 233
 234   std::string BatchManager_SGE::getWallTime(const long edt)
 235   {
 236     long h, m;
 237     h = edt / 60;
 238     m = edt - h*60;
 239     ostringstream oss;
 240     if( m >= 10 )
 241       oss << h << ":" << m;
 242     else
 243       oss << h << ":0" << m;
 244     oss << ":00"; // the seconds
 245
 246     return oss.str();
 247   }
 248
 249 }