src/CCC/Batch_BatchManager_eCCC.cxx

   1 //  Copyright (C) 2007-2010  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  13 //  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eCCC.cxx : emulation of CCC client for CCRT machines
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2010
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <string>
  39 #include <sys/stat.h>
  40
  41 #include <stdlib.h>
  42 #include <string.h>
  43
  44 #ifdef WIN32
  45 #include <io.h>
  46 #else
  47 #include <libgen.h>
  48 #endif
  49
  50 #include "Batch_BatchManager_eCCC.hxx"
  51 #include "Batch_JobInfo_eCCC.hxx"
  52
  53 using namespace std;
  54
  55 namespace Batch {
  56
  57   BatchManager_eCCC::BatchManager_eCCC(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  58                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  59   : BatchManager_eClient(parent, host, protocolType, mpiImpl),
  60     BatchManager(parent, host)
  61   {
  62     // Nothing to do
  63   }
  64
  65   // Destructeur
  66   BatchManager_eCCC::~BatchManager_eCCC()
  67   {
  68     // Nothing to do
  69   }
  70
  71   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  72   const JobId BatchManager_eCCC::submitJob(const Job & job)
  73   {
  74     int status;
  75     Parametre params = job.getParametre();
  76     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  77     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  78     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  79     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  80     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  81
  82     // export input files on cluster
  83     cerr << "Export des fichiers en entree" << endl;
  84     exportInputFiles(job);
  85
  86     // build batch script for job
  87     cerr << "Construction du script de batch" << endl;
  88     buildBatchScript(job);
  89     cerr << "Script envoye" << endl;
  90
  91     // define name of log file (local)
  92     string logFile = generateTemporaryFileName("CCC-submitlog");
  93
  94     // define command to submit batch
  95     string subCommand = string("cd ") + workDir + "; ccc_msub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh";
  96     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  97     command += " > ";
  98     command += logFile;
  99     command += " 2>&1";
 100     cerr << command.c_str() << endl;
 101     status = system(command.c_str());
 102     if(status)
 103     {
 104       ifstream error_message(logFile.c_str());
 105       std::string mess;
 106       std::string temp;
 107       while(std::getline(error_message, temp))
 108         mess += temp;
 109       error_message.close();
 110       throw EmulationException("Error of connection on remote host, error was: " + mess);
 111     }
 112
 113     // read id of submitted job in log file
 114     ifstream idfile(logFile.c_str());
 115     string sidj;
 116     idfile >> sidj;
 117     idfile >> sidj;
 118     idfile >> sidj;
 119     idfile >> sidj;
 120     idfile.close();
 121     if (sidj.size() == 0)
 122       throw EmulationException("Error in the submission of the job on the remote host");
 123
 124     JobId id(this, sidj);
 125     return id;
 126   }
 127
 128   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 129   void BatchManager_eCCC::deleteJob(const JobId & jobid)
 130   {
 131     int status;
 132     int ref;
 133     istringstream iss(jobid.getReference());
 134     iss >> ref;
 135
 136     // define command to delete batch
 137     string subCommand = string("ccc_mdel ") + iss.str();
 138     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 139     cerr << command.c_str() << endl;
 140     status = system(command.c_str());
 141     if (status)
 142       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 143
 144     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 145   }
 146
 147   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 148   void BatchManager_eCCC::holdJob(const JobId & jobid)
 149   {
 150     throw EmulationException("Not yet implemented");
 151   }
 152
 153   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 154   void BatchManager_eCCC::releaseJob(const JobId & jobid)
 155   {
 156     throw EmulationException("Not yet implemented");
 157   }
 158
 159
 160   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 161   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 162   {
 163     throw EmulationException("Not yet implemented");
 164   }
 165
 166   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 167   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 168   {
 169     alterJob(jobid, param, Environnement());
 170   }
 171
 172   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 173   void BatchManager_eCCC::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 174   {
 175     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 176   }
 177
 178   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 179   JobInfo BatchManager_eCCC::queryJob(const JobId & jobid)
 180   {
 181     int id;
 182     istringstream iss(jobid.getReference());
 183     iss >> id;
 184
 185     // define name of log file (local)
 186     string logFile = generateTemporaryFileName(string("CCC-querylog-id") + jobid.getReference());
 187
 188     // define command to query batch
 189     string subCommand = string("bjobs ") + iss.str();
 190     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 191     command += " > ";
 192     command += logFile;
 193     cerr << command.c_str() << endl;
 194     int status = system(command.c_str());
 195     if (status)
 196       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 197
 198     JobInfo_eCCC ji = JobInfo_eCCC(id,logFile);
 199     return ji;
 200   }
 201
 202
 203
 204   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 205   bool BatchManager_eCCC::isRunning(const JobId & jobid)
 206   {
 207     throw EmulationException("Not yet implemented");
 208   }
 209
 210   void BatchManager_eCCC::buildBatchScript(const Job & job)
 211   {
 212 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 213     Parametre params = job.getParametre();
 214
 215     // Job Parameters
 216     string workDir       = "";
 217     string fileToExecute = "";
 218     int nbproc           = 0;
 219     int edt              = 0;
 220     int mem              = 0;
 221     string queue         = "";
 222
 223     // Mandatory parameters
 224     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 225       workDir = params[WORKDIR].str();
 226     else
 227       throw EmulationException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 228     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 229       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 230     else
 231       throw EmulationException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 232
 233     // Optional parameters
 234     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 235       nbproc = params[NBPROC];
 236     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 237       edt = params[MAXWALLTIME];
 238     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 239       mem = params[MAXRAMSIZE];
 240     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 241       queue = params[QUEUE].str();
 242
 243     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 244     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 245     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 246     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 247
 248     // Create batch submit file
 249     ofstream tempOutputFile;
 250     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
 251
 252     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl ;
 253     if (queue != "")
 254       tempOutputFile << "#MSUB -q " << queue << endl;
 255     if( edt > 0 )
 256       tempOutputFile << "#MSUB -T " << edt << endl ;
 257     if( mem > 0 )
 258       tempOutputFile << "#MSUB -M " << mem/1024 << endl ;
 259     tempOutputFile << "#MSUB -n " << nbproc << endl ;
 260     size_t pos = workDir.find("$HOME");
 261     string baseDir;
 262     if( pos != string::npos )
 263       baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+5,workDir.length()-5);
 264     else{
 265       pos = workDir.find("~");
 266       if( pos != string::npos )
 267         baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+1,workDir.length()-1);
 268       else
 269         baseDir = workDir;
 270     }
 271     tempOutputFile << "#MSUB -o " << baseDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 272     tempOutputFile << "#MSUB -e " << baseDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 273
 274     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 275
 276     // generate nodes file
 277     tempOutputFile << "bool=0" << endl;
 278     tempOutputFile << "for i in $LSB_MCPU_HOSTS; do" << endl;
 279     tempOutputFile << "  if test $bool = 0; then" << endl;
 280     tempOutputFile << "    n=$i" << endl;
 281     tempOutputFile << "    bool=1" << endl;
 282     tempOutputFile << "  else" << endl;
 283     tempOutputFile << "    for ((j=0;j<$i;j++)); do" << endl;
 284     tempOutputFile << "      echo $n >> nodesFile" << endl;
 285     tempOutputFile << "    done" << endl;
 286     tempOutputFile << "    bool=0" << endl;
 287     tempOutputFile << "  fi" << endl;
 288     tempOutputFile << "done" << endl;
 289
 290     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 291     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=nodesFile" << endl;
 292
 293     // Launch the executable
 294     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 295     tempOutputFile.flush();
 296     tempOutputFile.close();
 297
 298     BATCH_CHMOD(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 299     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 300
 301     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 302                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 303                                     _hostname, _username);
 304     if (status)
 305       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 306
 307 #endif
 308
 309   }
 310
 311   std::string BatchManager_eCCC::getHomeDir(std::string tmpdir)
 312   {
 313     std::string home;
 314     int idx = tmpdir.find("Batch/");
 315     std::string filelogtemp = tmpdir.substr(idx+6, tmpdir.length());
 316     filelogtemp = "/tmp/logs" + filelogtemp + "_home";
 317
 318     string subCommand = string("echo $HOME");
 319     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username) + " > " + filelogtemp;
 320     cerr << command.c_str() << endl;
 321     int status = system(command.c_str());
 322     if (status)
 323       throw EmulationException("Error of launching home command on remote host");
 324
 325     std::ifstream file_home(filelogtemp.c_str());
 326     std::getline(file_home, home);
 327     file_home.close();
 328     return home;
 329   }
 330
 331 }