src/CCC/BatchManager_CCC.cxx

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   3 // Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 // CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   5 //
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  17 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_CCC.cxx : emulation of CCC client for CCRT machines
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2010
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <string>
  39
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #ifdef WIN32
  44 #include <io.h>
  45 #else
  46 #include <libgen.h>
  47 #endif
  48
  49 #include <Constants.hxx>
  50 #include <NotYetImplementedException.hxx>
  51 #include <Utils.hxx>
  52
  53 #include "BatchManager_CCC.hxx"
  54 #include "JobInfo_CCC.hxx"
  55 #include "Log.hxx"
  56
  57 using namespace std;
  58
  59 namespace Batch {
  60
  61   BatchManager_CCC::BatchManager_CCC(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  62                                        const char * username,
  63                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  64   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  65   {
  66     // Nothing to do
  67   }
  68
  69   // Destructeur
  70   BatchManager_CCC::~BatchManager_CCC()
  71   {
  72     // Nothing to do
  73   }
  74
  75   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  76   const JobId BatchManager_CCC::runJob(const Job & job)
  77   {
  78     Parametre params = job.getParametre();
  79     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  80     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  81     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  82     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  83     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  84
  85     // build batch script for job
  86     LOG("Construction du script de batch");
  87     buildBatchScript(job);
  88     LOG("Script envoye");
  89
  90     // define command to submit batch
  91     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; ccc_msub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  92     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  93     command += " 2>&1";
  94     LOG(command);
  95
  96     // submit job
  97     string output;
  98     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
  99     LOG(output);
 100     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 101
 102     // find id of submitted job in output
 103     istringstream idfile(output);
 104     string sidj;
 105     idfile >> sidj;
 106     idfile >> sidj;
 107     idfile >> sidj;
 108     idfile >> sidj;
 109     if (sidj.size() == 0)
 110       throw RunTimeException("Error in the submission of the job on the remote host");
 111
 112     JobId id(this, sidj);
 113     return id;
 114   }
 115
 116   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 117   void BatchManager_CCC::deleteJob(const JobId & jobid)
 118   {
 119     int status;
 120     int ref;
 121     istringstream iss(jobid.getReference());
 122     iss >> ref;
 123
 124     // define command to delete batch
 125     string subCommand = string("bash -l -c \\\"ccc_mdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 126     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 127     LOG(command);
 128     status = system(command.c_str());
 129     if (status)
 130       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 131
 132     LOG("jobId = " << ref << "killed");
 133   }
 134
 135   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 136   JobInfo BatchManager_CCC::queryJob(const JobId & jobid)
 137   {
 138     int id;
 139     istringstream iss(jobid.getReference());
 140     iss >> id;
 141
 142     // define command to query batch
 143     string subCommand = string("bash -l -c \\\"bjobs ") + iss.str() + string("\\\"");
 144     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 145     LOG(command);
 146
 147     string output;
 148     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 149     if (status)
 150       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 151
 152     JobInfo_CCC ji = JobInfo_CCC(id, output);
 153     return ji;
 154   }
 155
 156
 157
 158   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 159   bool BatchManager_CCC::isRunning(const JobId & /*jobid*/)
 160   {
 161     throw NotYetImplementedException("BatchManager_CCC::isRunning");
 162   }
 163
 164   void BatchManager_CCC::buildBatchScript(const Job & job)
 165   {
 166 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 167     Parametre params = job.getParametre();
 168
 169     // Job Parameters
 170     string workDir       = "";
 171     string fileToExecute = "";
 172     int nbproc           = 0;
 173     int edt              = 0;
 174     int mem              = 0;
 175     string queue         = "";
 176
 177     // Mandatory parameters
 178     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 179       workDir = params[WORKDIR].str();
 180     else
 181       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 182     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 183       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 184     else
 185       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 186
 187     // Optional parameters
 188     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 189       nbproc = params[NBPROC];
 190     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 191       edt = (long)params[MAXWALLTIME] * 60;
 192     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 193       mem = params[MAXRAMSIZE];
 194     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 195       queue = params[QUEUE].str();
 196
 197     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 198     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 199     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 200     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 201
 202     // Create batch submit file
 203     ofstream tempOutputFile;
 204     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
 205
 206     tempOutputFile << "#!/bin/bash" << endl ;
 207     if (queue != "")
 208       tempOutputFile << "#MSUB -q " << queue << endl;
 209     if( edt > 0 )
 210       tempOutputFile << "#MSUB -T " << edt << endl ;
 211     if( mem > 0 )
 212       tempOutputFile << "#MSUB -M " << mem << endl ;
 213     tempOutputFile << "#MSUB -n " << nbproc << endl ;
 214     size_t pos = workDir.find("$HOME");
 215     string baseDir;
 216     if( pos != string::npos )
 217       baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+5,workDir.length()-5);
 218     else{
 219       pos = workDir.find("~");
 220       if( pos != string::npos )
 221         baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+1,workDir.length()-1);
 222       else
 223         baseDir = workDir;
 224     }
 225     tempOutputFile << "#MSUB -o " << baseDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 226     tempOutputFile << "#MSUB -e " << baseDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 227
 228     if (params.find(EXTRAPARAMS) != params.end())
 229       tempOutputFile << params[EXTRAPARAMS] << endl;
 230
 231     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 232
 233     // generate nodes file
 234     tempOutputFile << "bool=0" << endl;
 235     tempOutputFile << "for i in $LSB_MCPU_HOSTS; do" << endl;
 236     tempOutputFile << "  if test $bool = 0; then" << endl;
 237     tempOutputFile << "    n=$i" << endl;
 238     tempOutputFile << "    bool=1" << endl;
 239     tempOutputFile << "  else" << endl;
 240     tempOutputFile << "    for ((j=0;j<$i;j++)); do" << endl;
 241     tempOutputFile << "      echo $n >> nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 242     tempOutputFile << "    done" << endl;
 243     tempOutputFile << "    bool=0" << endl;
 244     tempOutputFile << "  fi" << endl;
 245     tempOutputFile << "done" << endl;
 246
 247     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 248     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 249
 250     // Allow resource sharing in CCRT nodes
 251     tempOutputFile << "export OMPI_MCA_orte_process_binding=none" << endl;
 252
 253     // Launch the executable
 254     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 255     tempOutputFile.flush();
 256     tempOutputFile.close();
 257
 258     Utils::chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 259     LOG("Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str());
 260
 261     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 262                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 263                                     _hostname, _username);
 264     if (status)
 265       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 266
 267 #endif
 268
 269   }
 270
 271   std::string BatchManager_CCC::getHomeDir(std::string tmpdir)
 272   {
 273     std::string home;
 274
 275     string subCommand = string("echo ");
 276     subCommand += tmpdir;
 277     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 278     LOG(command);
 279
 280     string output;
 281     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 282
 283     if (status)
 284       throw RunTimeException("Error of launching home command on remote host");
 285
 286     std::istringstream file_home(output);
 287     std::getline(file_home, home);
 288     return home;
 289   }
 290
 291 }