src/CCC/BatchManager_CCC.cxx

   1 //  Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
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   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
   5 //
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  13 //  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_CCC.cxx : emulation of CCC client for CCRT machines
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2010
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <string>
  39
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #ifdef WIN32
  44 #include <io.h>
  45 #else
  46 #include <libgen.h>
  47 #endif
  48
  49 #include <Constants.hxx>
  50 #include <NotYetImplementedException.hxx>
  51 #include <Utils.hxx>
  52
  53 #include "BatchManager_CCC.hxx"
  54 #include "JobInfo_CCC.hxx"
  55 #include "Log.hxx"
  56
  57 using namespace std;
  58
  59 namespace Batch {
  60
  61   BatchManager_CCC::BatchManager_CCC(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  62                                        const char * username,
  63                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  64   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  65   {
  66     // Nothing to do
  67   }
  68
  69   // Destructeur
  70   BatchManager_CCC::~BatchManager_CCC()
  71   {
  72     // Nothing to do
  73   }
  74
  75   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  76   const JobId BatchManager_CCC::submitJob(const Job & job)
  77   {
  78     Parametre params = job.getParametre();
  79     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  80     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  81     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  82     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  83     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  84
  85     // export input files on cluster
  86     LOG("Export des fichiers en entree");
  87     exportInputFiles(job);
  88
  89     // build batch script for job
  90     LOG("Construction du script de batch");
  91     buildBatchScript(job);
  92     LOG("Script envoye");
  93
  94     // define command to submit batch
  95     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; ccc_msub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  96     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  97     command += " 2>&1";
  98     LOG(command);
  99
 100     // submit job
 101     string output;
 102     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 103     LOG(output);
 104     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 105
 106     // find id of submitted job in output
 107     istringstream idfile(output);
 108     string sidj;
 109     idfile >> sidj;
 110     idfile >> sidj;
 111     idfile >> sidj;
 112     idfile >> sidj;
 113     if (sidj.size() == 0)
 114       throw RunTimeException("Error in the submission of the job on the remote host");
 115
 116     JobId id(this, sidj);
 117     return id;
 118   }
 119
 120   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 121   void BatchManager_CCC::deleteJob(const JobId & jobid)
 122   {
 123     int status;
 124     int ref;
 125     istringstream iss(jobid.getReference());
 126     iss >> ref;
 127
 128     // define command to delete batch
 129     string subCommand = string("bash -l -c \\\"ccc_mdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 130     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 131     LOG(command);
 132     status = system(command.c_str());
 133     if (status)
 134       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 135
 136     LOG("jobId = " << ref << "killed");
 137   }
 138
 139   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 140   JobInfo BatchManager_CCC::queryJob(const JobId & jobid)
 141   {
 142     int id;
 143     istringstream iss(jobid.getReference());
 144     iss >> id;
 145
 146     // define command to query batch
 147     string subCommand = string("bash -l -c \\\"bjobs ") + iss.str() + string("\\\"");
 148     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 149     LOG(command);
 150
 151     string output;
 152     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 153     if (status)
 154       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 155
 156     JobInfo_CCC ji = JobInfo_CCC(id, output);
 157     return ji;
 158   }
 159
 160
 161
 162   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 163   bool BatchManager_CCC::isRunning(const JobId & jobid)
 164   {
 165     throw NotYetImplementedException("BatchManager_CCC::isRunning");
 166   }
 167
 168   void BatchManager_CCC::buildBatchScript(const Job & job)
 169   {
 170 #ifndef WIN32 //TODO: need for porting on Windows
 171     Parametre params = job.getParametre();
 172
 173     // Job Parameters
 174     string workDir       = "";
 175     string fileToExecute = "";
 176     int nbproc           = 0;
 177     int edt              = 0;
 178     int mem              = 0;
 179     string queue         = "";
 180
 181     // Mandatory parameters
 182     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 183       workDir = params[WORKDIR].str();
 184     else
 185       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 186     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 187       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 188     else
 189       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 190
 191     // Optional parameters
 192     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 193       nbproc = params[NBPROC];
 194     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 195       edt = (long)params[MAXWALLTIME] * 60;
 196     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 197       mem = params[MAXRAMSIZE];
 198     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 199       queue = params[QUEUE].str();
 200
 201     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 202     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 203     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 204     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 205
 206     // Create batch submit file
 207     ofstream tempOutputFile;
 208     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("LSF-script", tempOutputFile);
 209
 210     tempOutputFile << "#!/bin/bash" << endl ;
 211     if (queue != "")
 212       tempOutputFile << "#MSUB -q " << queue << endl;
 213     if( edt > 0 )
 214       tempOutputFile << "#MSUB -T " << edt << endl ;
 215     if( mem > 0 )
 216       tempOutputFile << "#MSUB -M " << mem << endl ;
 217     tempOutputFile << "#MSUB -n " << nbproc << endl ;
 218     size_t pos = workDir.find("$HOME");
 219     string baseDir;
 220     if( pos != string::npos )
 221       baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+5,workDir.length()-5);
 222     else{
 223       pos = workDir.find("~");
 224       if( pos != string::npos )
 225         baseDir = getHomeDir(workDir) + workDir.substr(pos+1,workDir.length()-1);
 226       else
 227         baseDir = workDir;
 228     }
 229     tempOutputFile << "#MSUB -o " << baseDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 230     tempOutputFile << "#MSUB -e " << baseDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 231
 232     if (params.find(EXTRAPARAMS) != params.end())
 233       tempOutputFile << params[EXTRAPARAMS] << endl;
 234
 235     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 236
 237     // generate nodes file
 238     tempOutputFile << "bool=0" << endl;
 239     tempOutputFile << "for i in $LSB_MCPU_HOSTS; do" << endl;
 240     tempOutputFile << "  if test $bool = 0; then" << endl;
 241     tempOutputFile << "    n=$i" << endl;
 242     tempOutputFile << "    bool=1" << endl;
 243     tempOutputFile << "  else" << endl;
 244     tempOutputFile << "    for ((j=0;j<$i;j++)); do" << endl;
 245     tempOutputFile << "      echo $n >> nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 246     tempOutputFile << "    done" << endl;
 247     tempOutputFile << "    bool=0" << endl;
 248     tempOutputFile << "  fi" << endl;
 249     tempOutputFile << "done" << endl;
 250
 251     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 252     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=nodesFile." << rootNameToExecute << endl;
 253
 254     // Allow resource sharing in CCRT nodes
 255     tempOutputFile << "export OMPI_MCA_orte_process_binding=none" << endl;
 256
 257     // Launch the executable
 258     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 259     tempOutputFile.flush();
 260     tempOutputFile.close();
 261
 262     Utils::chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 263     LOG("Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str());
 264
 265     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 266                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 267                                     _hostname, _username);
 268     if (status)
 269       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 270
 271 #endif
 272
 273   }
 274
 275   std::string BatchManager_CCC::getHomeDir(std::string tmpdir)
 276   {
 277     std::string home;
 278
 279     string subCommand = string("echo ");
 280     subCommand += tmpdir;
 281     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 282     LOG(command);
 283
 284     string output;
 285     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 286
 287     if (status)
 288       throw RunTimeException("Error of launching home command on remote host");
 289
 290     std::istringstream file_home(output);
 291     std::getline(file_home, home);
 292     return home;
 293   }
 294
 295 }