src/tepal2med/tetrahpc2med.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2016  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 // ---
  21 // File   : tetrahpc2med.cxx
  22 // Author : Christian VAN WAMBEKE (CEA)
  23 // ---
  24 //
  25 /*
  26 ** prog principal de ghs3dprl
  27 */
  28
  29 #include <stdio.h> /* printf clrscr fopen fread fwrite fclose */
  30 #include <string>
  31 #include <cstring>
  32 #include <cstdlib>
  33 #include <iostream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <fstream>
  36 #include <vector>
  37 #ifndef WIN32
  38 #include <unistd.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <qstring.h>
  42
  43 #include <QXmlSimpleReader>
  44 #include <QXmlInputSource>
  45 #include <QApplication>
  46
  47 #include "ghs3dprl_msg_parser.h"
  48 //#include "dlg_ghs3dmain.h"
  49
  50 #ifdef WIN32
  51 #include <io.h>
  52 #include <windows.h>
  53 #define F_OK 0
  54 #endif
  55
  56 //#include "MEDMEM_Exception.hxx"
  57 //#include "MEDMEM_define.hxx"
  58
  59 #include <med.h>
  60 //#include <med_config.h>
  61 //#include <med_utils.h>
  62 //#include <med_misc.h>
  63
  64 //************************************
  65 med_idt ouvre_fichier_MED(char *fichier,int verbose)
  66 {
  67   med_idt fid = 0;
  68   med_err ret = 0;
  69   med_int majeur,mineur,release;
  70
  71   /* on regarde si le fichier existe */
  72   ret = (int) access(fichier,F_OK);
  73   if (ret < 0) return fid;
  74
  75   /* on regarde s'il s'agit d'un fichier au format HDF5 */
  76   med_bool hdfok,medok;
  77   ret = MEDfileCompatibility(fichier,&hdfok,&medok);
  78   if (ret < 0){
  79      std::cerr<<"File "<<fichier<<" not MED or HDF V5 formatted\n";
  80      return fid;
  81   }
  82
  83   /* Quelle version de MED est utilise par mdump ? */
  84   MEDlibraryNumVersion(&majeur,&mineur,&release);
  85   if (verbose>0)fprintf(stdout,"\nReading %s with MED V%d.%d.%d",
  86                         fichier,majeur,mineur,release);
  87
  88   /* Ouverture du fichier MED en lecture seule */
  89   fid = MEDfileOpen(fichier,MED_ACC_RDONLY);
  90   if (ret < 0) return fid;
  91
  92   MEDfileNumVersionRd(fid, &majeur, &mineur, &release);
  93   if (( majeur < 2 ) || ( majeur == 2 && mineur < 2 )) {
  94     fprintf(stderr,"File %s from MED V%d.%d.%d not assumed\n",
  95                    fichier,majeur,mineur,release);
  96     //" version est ant�ieure �la version 2.2";
  97     ret = MEDfileClose(fid);
  98     fid=0; }
  99   else {
 100     if (verbose>0)fprintf(stdout,", file from MED V%d.%d.%d\n",majeur,mineur,release); }
 101
 102   return fid;
 103 }
 104
 105 //************************************
 106 bool ReadFileMED(QString nomfilemed,ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw)
 107 {
 108    med_err ret;
 109    med_idt fid=0;
 110    med_int i,j,sdim,mdim,nmaa,/*edim,majeur_lu,mineur_lu,release_lu,nprofils,*/nstep;
 111    med_mesh_type type_maillage;
 112    char dtunit[MED_SNAME_SIZE+1];
 113    char axisname[MED_SNAME_SIZE+1];
 114    char axisunit[MED_SNAME_SIZE*3+1];
 115    med_sorting_type sortingtype;
 116    med_axis_type axistype;
 117    int numero=1;
 118    QString key,tmp;
 119    med_bool chan;
 120    med_bool tran;
 121
 122    //version qt3
 123    char* chaine = (char*)malloc((nomfilemed.length()+1)*sizeof(char));
 124    strncpy(chaine,nomfilemed.toLatin1().constData(),nomfilemed.length()+1);
 125    //std::cout<<"*** ReadFileMED *** "<<chaine<<"\n";
 126
 127    fid=ouvre_fichier_MED(chaine,mymailw->verbose);
 128    free(chaine);
 129    if (fid == 0) {
 130       std::cerr<<"Problem opening file "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 131       return false;
 132    }
 133
 134    nmaa = MEDnMesh(fid);
 135    if (nmaa <= 0){
 136       std::cerr<<"No meshes in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 137       ret = MEDfileClose(fid);
 138       return false;
 139    }
 140    if (nmaa > 1) std::cout<<"More than one mesh in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<", first one taken\n";
 141    ret = MEDmeshInfo(fid,numero,mymailw->nommaa,&sdim,&mdim,&type_maillage,mymailw->maillage_description,
 142                         dtunit,&sortingtype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
 143    if (ret < 0){
 144       std::cerr<<"Problem MEDmeshInfo in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 145       ret = MEDfileClose(fid);
 146       return false;
 147    }
 148    //changed with version med: a triangles mesh in 3d is dim 2 now and 3 before 2014
 149    if (mdim != 2 && mdim != 3){
 150       std::cerr<<"Problem mesh dimension should be 2 or 3: "<<mdim<<"\n";
 151       ret = MEDfileClose(fid);
 152       return false;
 153    }
 154    if (sdim != 3){
 155       std::cerr<<"Problem space dimension should be 3: "<<sdim<<"\n";
 156       ret = MEDfileClose(fid);
 157       return false;
 158    }
 159    if (type_maillage != MED_UNSTRUCTURED_MESH){
 160       std::cerr<<"Problem type mesh should be MED_NON_STRUCTURE: "<<type_maillage<<std::endl;
 161       ret = MEDfileClose(fid);
 162       return false;
 163    }
 164
 165    //lecture nb de noeuds
 166    //cf med-3.0.0_install/share/doc/html/maillage_utilisateur.html
 167    med_int nnoe=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 168       MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chan,&tran);
 169               //(med_geometrie_element)0,(med_connectivite)0);
 170    if (nnoe<1){
 171       std::cerr<<"Problem number of Vertices < 1\n";
 172       ret = MEDfileClose(fid);
 173       return false;
 174    }
 175
 176    //nombre d'objets MED : mailles, faces, aretes , ...
 177    med_int /*nmailles[MED_N_CELL_GEO],*/nbtria3;
 178    //med_int nfaces[MED_N_FACE_GEO];
 179    med_int /*naretes[MED_N_EDGE_FIXED_GEO],*/nbseg2;
 180    //med_int nmailles[MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE],nbtria3;
 181    //med_int nfaces[MED_NBR_GEOMETRIE_FACE];
 182    //med_int naretes[MED_NBR_GEOMETRIE_ARETE],nbseg2;
 183    //polygones et polyedres familles equivalences joints
 184    med_int /*nmpolygones,npolyedres,nfpolygones,*/nfam/*,nequ,njnt*/;
 185
 186    //Combien de mailles, faces ou aretes pour chaque type geometrique ?
 187    /*for (i=0;i<MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE;i++){
 188       nmailles[i]=MEDnEntMaa(fid,mymailw->nommaa,MED_CONN,MED_MAILLE,typmai[i],typ_con);
 189       //lecture_nombre_mailles_standards(fid,nommaa,typmai[i],typ_con,i);
 190       if (mymailw->verbose>6) std::cout<<"NumberOf"<<nommai[i]<<"="<<nmailles[i]<<std::endl;
 191    }*/
 192
 193    nbtria3=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 194       MED_CELL,MED_TRIA3,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 195    nbseg2=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 196       MED_CELL,MED_SEG2,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 197
 198    //combien de familles ?
 199    nfam=MEDnFamily(fid,mymailw->nommaa);
 200    if (mymailw->verbose>2) {
 201       std::cout<<"\nNumberOfFamilies="<<nfam<<std::endl;
 202       std::cout<<"NumberOfVertices="<<nnoe<<std::endl;
 203       std::cout<<"NumberOfMED_SEG2="<<nbseg2<<std::endl;
 204       std::cout<<"NumberOfMED_TRIA3="<<nbtria3<<"\n\n";
 205    }
 206    if (nbtria3<3){
 207       std::cerr<<"Problem number of MED_TRIA3 < 3, not a skin of a volume\n";
 208       ret = MEDfileClose(fid);
 209       return false;
 210    }
 211
 212 med_int ifamdelete=0,idelete;
 213 std::vector<med_int> famdelete = std::vector<med_int>(nfam);
 214 {
 215   med_int ngro;
 216   char *gro;
 217   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 218   med_int numfam;
 219   //char str1[MED_COMMENT_SIZE+1];
 220   char str2[MED_LNAME_SIZE+1];
 221   med_err ret = 0;
 222
 223   for (i=0;i<nfam;i++) famdelete[i]=0;
 224   for (i=0;i<nfam;i++) {
 225
 226     //nombre de groupes
 227     ngro = MEDnFamilyGroup(fid,mymailw->nommaa,i+1);
 228     if (ngro < 0){
 229        std::cerr<<"Problem reading number of groups of family\n";
 230        continue;
 231     }
 232
 233     //atributs obsolete MED3
 234     //allocation memoire par exces
 235     gro = (char*) malloc(MED_LNAME_SIZE*(ngro+1));
 236
 237     ret = MEDfamilyInfo(fid,mymailw->nommaa,i+1,nomfam,&numfam,gro);
 238     if (ret < 0){
 239        std::cerr<<"Problem reading informations of family\n";
 240        continue;
 241     }
 242
 243     if (mymailw->verbose>8) {
 244      std::cout<<"Family "<<numfam<<" have "<<ngro<<" groups\n";
 245      //affichage des resultats
 246      for (j=0;j<ngro;j++) {
 247       if (j==0) std::cout<<"  Groups :\n";
 248       strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 249       str2[MED_LNAME_SIZE] = '\0';
 250       fprintf(stdout,"    name = %s\n",str2);
 251      }
 252      if (i==nfam-1) std::cout<<std::endl;
 253     }
 254     QString sfam,sgro;
 255     sfam=sfam.sprintf("%d",numfam);
 256     idelete=0;
 257     for (j=0;j<ngro;j++){
 258        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 259        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 260        sgro=str2;
 261        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)>0) {
 262           //std::cout<<"idelete++ "<<sgro<<std::endl;
 263           idelete++;
 264        }
 265     }
 266
 267     if (idelete==ngro && ngro>0) { //only delete family whith all delete groups
 268        //std::cout<<"famdelete++ "<<numfam<<" "<<ifamdelete<<" "<<ngro<<std::endl;
 269        famdelete[ifamdelete]=numfam;
 270        ifamdelete++;
 271     }
 272
 273     else {
 274      for (j=0;j<ngro;j++){
 275        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 276        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 277        sgro=str2;
 278        QRegExp qgroup=QRegExp("Group_Of_All",Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 279        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 280           if (sgro.contains(qgroup)>0) {
 281              sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 282           }
 283           if (mymailw->verbose>8) std::cout<<"families.add("<<sfam.toLatin1().constData()<<
 284                                         ","<<sgro.toLatin1().constData()<<")\n";
 285           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 286        }
 287        else {
 288           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 289           //std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sfam<<","<<sgro<<"\"\n";
 290           if (mymailw->verbose>3) std::cout<<"--deletegroups matches \""<<
 291                                         sgro.toLatin1().constData()<<
 292                                         "\" in family "<<numfam<<std::endl;
 293        }
 294      }
 295     }
 296
 297     /*for (j=0;j<ngro;j++){
 298        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 299        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 300        sgro=str2;
 301        //std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 302        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 303           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 304           std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 305           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 306        }
 307        else {
 308           std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sgro<<"\"\n";
 309           famdelete[ifamdelete]=numfam
 310           ifamdelete++;
 311        }
 312     }*/
 313
 314     //on libere la memoire
 315     free(gro);
 316   }
 317 }
 318
 319 //std::cout<<"famdelete"; for (j=0;j<ifamdelete;j++) std::cout<<" "<<famdelete[j]; std::cout<<std::endl;
 320
 321 if (mymailw->verbose>3){
 322    std::cout<<"\nFamiliesAndGroupsOf "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<std::endl;
 323    mymailw->families.write();
 324 }
 325    /* Allocations memoires */
 326    /* table des coordonnees profil : (space dimension * nombre de noeuds ) */
 327    med_float *coo=new med_float[nnoe*sdim];
 328    /* table des numeros de familles des noeuds profil : (nombre de noeuds) */
 329    med_int *famnodesskin=new med_int[nnoe];
 330    //med_int *pfltab=new med_int[1]; //inutilise car on lit tout
 331    //lecture des noeuds : coordonnees
 332    ret=MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_FULL_INTERLACE,coo);
 333           //mdim,coo,mode_coo,MED_ALL,pfltab,0,&rep,mymailw->nomcoo,mymailw->unicoo);
 334    if (ret < 0){
 335       std::cerr<<"Problem reading nodes\n";
 336       ret = MEDfileClose(fid);
 337       //return false;
 338    }
 339    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_NODE,MED_NONE,famnodesskin);
 340       //famnodesskin,nnoe,MED_NOEUD,(med_geometrie_element) 0);
 341    if (ret < 0){
 342       std::cerr<<"Problem reading families of nodes\n";
 343       ret = MEDfileClose(fid);
 344       return false;
 345    }
 346    if (mymailw->verbose>9) {
 347      std::cout<<"\nVertices: no x y z family\n";
 348      for (i=0;i<nnoe*mdim;i=i+3) {
 349       fprintf(stdout,"%5d %13.5e %13.5e %13.5e %5d \n",
 350           (i/3+1), coo[i], coo[i+1], coo[i+2], famnodesskin[i/3]);
 351      }
 352      std::cout<<std::endl;
 353    }
 354
 355    med_int *conn2=new med_int[nbseg2*2];
 356    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 357            MED_CELL,MED_SEG2,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn2);
 358             //mdim,conn2,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_SEG2,MED_NOD);
 359    if (ret < 0){
 360       std::cerr<<"Problem reading MED_SEG2\n";
 361       ret = MEDfileClose(fid);
 362       //return false;
 363    }
 364    med_int *famseg2skin=new med_int[nbseg2];
 365    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_SEG2,famseg2skin);
 366       //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famseg2skin,nbseg2,MED_MAILLE,MED_SEG2);
 367    if (ret < 0){
 368       std::cerr<<"Problem reading families of MED_SEG2\n";
 369       ret = MEDfileClose(fid);
 370       return false;
 371    }
 372    if (mymailw->verbose>9) {
 373      std::cout<<"\nConnectivity MED_SEG2: no node1 node2 family\n";
 374      for (i=0;i<nbseg2*2;i=i+2) {
 375       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d \n",
 376           (i/2+1), conn2[i], conn2[i+1], famseg2skin[i/2]);
 377      }
 378      std::cout<<std::endl;
 379    }
 380    //std::cout<<"\ncvw1 conn nbtria3 "<<nbtria3<<"dt "<<MED_NO_DT<<"it "<<MED_NO_IT<<"cell "<<MED_CELL<<"tria3 "<<MED_TRIA3<<std::endl;
 381    med_int *conn3=new med_int[nbtria3*3];
 382    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 383            MED_CELL,MED_TRIA3,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn3);
 384            //MEDconnLire(fid,mymailw->nommaa,mdim,conn3,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_TRIA3,MED_NOD);
 385    if (ret < 0){
 386       std::cerr<<"Problem reading MED_TRIA3\n";
 387       ret = MEDfileClose(fid);
 388       //return false;
 389    }
 390    med_int *famtria3skin=new med_int[nbtria3];
 391    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_TRIA3,famtria3skin);
 392         //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famtria3skin,nbtria3,MED_MAILLE,MED_TRIA3);
 393    if (ret < 0){
 394       std::cerr<<"Problem reading families of MED_TRIA3\n";
 395       ret = MEDfileClose(fid);
 396       return false;
 397    }
 398    if (mymailw->verbose>9) {
 399      std::cout<<"\nConnectivity MED_TRIA3: no node1 node2 node3 family\n";
 400      for (i=0;i<nbtria3*3;i=i+3) {
 401       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d %5d \n",
 402           (i/3+1), conn3[i], conn3[i+1], conn3[i+2], famtria3skin[i/3]);
 403      }
 404      std::cout<<std::endl;
 405    }
 406
 407   /*liberation memoire?
 408   delete[] coo;
 409   delete[] nomnoe;
 410   delete[] numnoe;
 411   delete[] nufano;*/
 412
 413   if (ifamdelete>0) {
 414    //std::cout<<"!!!!!!!!nodes "<<famnodesskin[0]<<" "<<nnoe<<famdelete[1]<<std::endl;
 415    for (i=0;i<nnoe;i++) {
 416     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 417       if (famnodesskin[i]==famdelete[j]) {
 418        //std::cout<<"nodes "<<famnodesskin[i]<<" "<<i<<" "<<famdelete[j]<<std::endl;
 419        famnodesskin[i]=0; }
 420     }
 421    }
 422    for (i=0;i<nbseg2;i++) {
 423     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 424       if (famseg2skin[i]==famdelete[j]) famseg2skin[i]=0;
 425     }
 426    }
 427    for (i=0;i<nbtria3;i++) {
 428     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 429       if (famtria3skin[i]==famdelete[j]) famtria3skin[i]=0;
 430     }
 431    }
 432   }
 433    //stocks data for future use
 434    CVWtab *montab;
 435    bool ok;
 436
 437    montab=new CVWtab(nnoe*mdim,coo);
 438    tmp="SKIN_VERTICES_COORDINATES";
 439    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 440
 441    montab=new CVWtab(nnoe,famnodesskin);
 442    tmp="SKIN_VERTICES_FAMILIES";
 443    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 444
 445    montab=new CVWtab(nbseg2*2,conn2);
 446    tmp="SKIN_SEG2_CONNECTIVITIES";
 447    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 448
 449    montab=new CVWtab(nbtria3,famseg2skin);
 450    tmp="SKIN_SEG2_FAMILIES";
 451    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 452
 453    montab=new CVWtab(nbtria3*3,conn3);
 454    tmp="SKIN_TRIA3_CONNECTIVITIES";
 455    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 456
 457    montab=new CVWtab(nbtria3,famtria3skin);
 458    tmp="SKIN_TRIA3_FAMILIES";
 459    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 460
 461    //if (mymailw->verbose>6) ok=mymailw->list_keys_mesh_wrap();
 462
 463    ret = MEDfileClose(fid);
 464    if (ret < 0){
 465       std::cerr<<"Problem closing "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 466       return false;
 467    }
 468    return true;
 469 }
 470
 471 /*
 472 mg-tetra_hpc_mpi.exe --help
 473
 474     =================================================
 475     MG-Tetra_HPC -- MeshGems 2.1-11 (September, 2015)
 476     =================================================
 477
 478         Distene SAS
 479            Campus Teratec
 480            2, rue de la Piquetterie
 481            91680 Bruyeres le Chatel
 482            FRANCE
 483         Phone: +33(0)970-650-219   Fax: +33(0)169-269-033
 484         EMail: <support@distene.com>
 485
 486         Running MG-Tetra_HPC (Copyright 2014 by Distene SAS)
 487            date of run: 31-May-2016 AT 09:05:29
 488            running on : Linux 2.6.32-431.11.2.el6.centos.plus.x86_64 x86_64
 489            using modules:
 490                 MeshGems-Core 2.1-11
 491
 492         MeshGems is a Registered Trademark of Distene SAS
 493
 494
 495
 496 Usage: tetra_hpc_mpi.exe [options]
 497
 498 Options:
 499
 500      Short option (if it exists)
 501     /    Long option
 502    |    /   Description
 503    |   |   /
 504    v   v  v
 505
 506      --gradation <g>
 507           Sets the size gradation value.
 508           <gradation> is the desired maximum ratio between 2 adjacent
 509           tetrahedron edges. The closer it is to 1.0, the more uniform the mesh
 510           will be.
 511           Default: 1.05
 512
 513      --help
 514           Prints this help.
 515
 516      --in <input mesh file name>
 517           Sets the input file.
 518           (MANDATORY)
 519
 520      --max_size <maximum size>
 521           Sets the desired maximum cell size value.
 522           Default: 0 (no maximum size).
 523
 524      --min_size <minimum size>
 525           Default: 0 (no minimum size).
 526           Sets the desired minimum cell size value.
 527
 528      --out <output mesh file name>
 529           Sets the output file.
 530           If unset, _tetra_hpc is appended to the input file basename.
 531           Using an existing file is forbidden.
 532           Using the same file as --in is forbidden.
 533
 534      --verbose <verbose>
 535           Set the verbosity level, increasing from 0 to 10.
 536            <verbose> values are increasing from 0 to 10 :
 537              0 : no details
 538             10 : very detailed
 539           Default: 3
 540
 541
 542 ================================================================================
 543                MG-Tetra_HPC -- MeshGems 2.1-11 (September, 2015)
 544          END OF SESSION - MG-Tetra_HPC (Copyright 2014 by Distene SAS)
 545                    compiled Sep  3 2015 12:50:47 on Linux_64
 546                MeshGems is a Registered Trademark of Distene SAS
 547 ================================================================================
 548        ( Distene SAS
 549         Phone: +33(0)970-650-219   Fax: +33(0)169-269-033
 550         EMail: <support@distene.com> )
 551 */
 552
 553
 554 //************************************
 555 int main(int argc, char *argv[])
 556 {
 557    bool ok;
 558    int i,nb,nbfiles,limit_swap,nbelem_limit_swap,limit_swap_defaut,verbose;
 559    float gradation,min_size,max_size;
 560    QString path,pathini,casename,casenamemed,fileskinmed,
 561            tmp,cmd,format,format_tetra,
 562            test,launchtetra,background,multithread,deletegroups,
 563            version="V4.0 (MED3 + tetra-hpc v2.3 Sept 2016)";
 564
 565    char *chelp=NULL,
 566         *ccasename=NULL,
 567         *cnumber=NULL,
 568         *cmedname=NULL,
 569         *climitswap=NULL,
 570         *cverbose=NULL,
 571         *claunchtetra=NULL,
 572         *cgradation=NULL,
 573         *cmin_size=NULL,
 574         *cmax_size=NULL,
 575         *cbackground=NULL,
 576         *cmultithread=NULL,
 577         *cdeletegroups=NULL;
 578
 579    for (i = 0; i < argc; i++){
 580       if (!strncmp (argv[i], "--help", sizeof ("--help"))) chelp = &(argv[i][0]);
 581       else if (!strncmp (argv[i], "--casename=", sizeof ("--casename"))) ccasename = &(argv[i][sizeof ("--casename")]);
 582       else if (!strncmp (argv[i], "--number=", sizeof ("--number"))) cnumber = &(argv[i][sizeof ("--number")]);
 583       else if (!strncmp (argv[i], "--limitswap=", sizeof ("--limitswap"))) climitswap = &(argv[i][sizeof ("--limitswap")]);
 584       else if (!strncmp (argv[i], "--medname=", sizeof ("--medname"))) cmedname = &(argv[i][sizeof ("--medname")]);
 585       else if (!strncmp (argv[i], "--verbose=", sizeof ("--verbose"))) cverbose = &(argv[i][sizeof ("--verbose")]);
 586       else if (!strncmp (argv[i], "--launchtetra=", sizeof ("--launchtetra"))) claunchtetra = &(argv[i][sizeof ("--launchtetra")]);
 587       else if (!strncmp (argv[i], "--gradation=", sizeof ("--gradation"))) cgradation = &(argv[i][sizeof ("--gradation")]);
 588       else if (!strncmp (argv[i], "--min_size=", sizeof ("--min_size"))) cmin_size = &(argv[i][sizeof ("--min_size")]);
 589       else if (!strncmp (argv[i], "--max_size=", sizeof ("--max_size"))) cmax_size = &(argv[i][sizeof ("--max_size")]);
 590       else if (!strncmp (argv[i], "--background=", sizeof ("--background"))) cbackground = &(argv[i][sizeof ("--background")]);
 591       else if (!strncmp (argv[i], "--multithread=", sizeof ("--multithread"))) cmultithread = &(argv[i][sizeof ("--multithread")]);
 592       else if (!strncmp (argv[i], "--deletegroups=", sizeof ("--deletegroups"))) cdeletegroups = &(argv[i][sizeof ("--deletegroups")]);
 593       }
 594
 595    if (argc < 2 || chelp){
 596       std::cout<<"tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" Available options:\n"
 597       "   --help               : produces this help message\n"<<
 598       "   --casename           : path and name of input tetrahpc2med files which are\n"<<
 599       "                           - output files of GHS3DPRL_Plugin .mesh\n"<<
 600       "                           - output file of GHS3DPRL_Plugin casename_skin.med (optional)\n"<<
 601       "                          with initial skin and its initial groups\n"<<
 602       "   --number             : number of partitions\n"<<
 603       "   --medname            : path and name of output MED files\n"<<
 604       "   --limitswap          : max size of working cpu memory (Mo) (before swapping on .temp files)\n"<<
 605       "   --verbose            : trace of execution (0->6)\n"<<
 606       "   --launchtetra        : launch mg_tetra_hpc on files casename.mesh and option number,\n"<<
 607       "                            else only use existing input/output files\n"<<
 608       "   --gradation          : the desired maximum ratio between 2 adjacent tetrahedron edges (Default 1.05). The closer it is to 1.0\n"<<
 609       "   --min_size           : the desired maximum cell size value (Default: 0 no maximum size)\n"<<
 610       "   --max_size           : the desired minimum cell size value (Default: 0 no minimum size)\n"<<
 611       "   --background         : force background mode from launch tetra-hpc and generation of final MED files (big meshes)\n"<<
 612       "   --multithread        : launch mg_tetra_hpc multithread version, else mpi version\n"<<
 613       "   --deletegroups       : regular expression (see QRegExp) which matches unwanted groups in final MED files\n"<<
 614       "                            (try --deletegroups=\"(\\bJOINT)\"\n"<<
 615       "                            (try --deletegroups=\"(\\bAll_Nodes|\\bAll_Faces)\"\n"<<
 616       "                            (try --deletegroups=\"((\\bAll_|\\bNew_)(N|F|T))\"\n";
 617       std::cout<<"example:\n   tetrahpc2med --casename=/tmp/GHS3DPRL --number=2 --medname=DOMAIN "<<
 618                  "--verbose=0 --launchtetra=no\n\n";
 619       return 1;  //no output files
 620    }
 621
 622    if (!ccasename){
 623       std::cerr<<"--casename: a path/name is expected\n\n";
 624       return 1;
 625    }
 626    casename=ccasename;
 627    if (!cnumber){
 628       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 629       return 1;
 630    }
 631    tmp=cnumber;
 632    nbfiles=tmp.toLong(&ok,10);
 633    if (!ok){
 634       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 635       return 1;
 636    }
 637    if (nbfiles<=0){
 638       std::cerr<<"--number: a positive integer is expected\n\n";
 639       return 1;
 640    }
 641    if (nbfiles>2048){ //delirium in 2016
 642       std::cerr<<"--number: a positive integer <= 2048 is expected\n\n";
 643       return 1;
 644    }
 645    if (!cmedname) cmedname=ccasename;
 646    casenamemed=cmedname;
 647
 648    limit_swap_defaut=1000; //1000Mo
 649    limit_swap=limit_swap_defaut;
 650    if (climitswap){
 651       tmp=climitswap;
 652       limit_swap=tmp.toLong(&ok,10);
 653       if (!ok){
 654          std::cerr<<"--limitswap: an integer is expected. try 1000\n\n";
 655          return 1;
 656       }
 657       if (limit_swap<1 || limit_swap>32000){
 658          std::cerr<<"--limitswap: [1->32000] expected. try 1000\n\n";
 659          return 1;
 660       }
 661    }
 662
 663    verbose=1; //default
 664    if (cverbose){
 665       tmp=cverbose;
 666       verbose=tmp.toLong(&ok,10);
 667       if (!ok){
 668          std::cerr<<"--verbose: an integer is expected\n\n";
 669          return 1;
 670       }
 671       if (verbose<0){
 672          std::cerr<<"--verbose: a positive integer is expected\n\n";
 673          return 1;
 674       }
 675    }
 676
 677    launchtetra="no"; //default
 678    if (claunchtetra){
 679       tmp=claunchtetra;
 680       if (tmp=="yes") launchtetra="yes";
 681    }
 682
 683    gradation=1.05; //default
 684    if (cgradation){
 685       tmp=cgradation;
 686       gradation=tmp.toFloat(&ok);
 687       if (!ok){
 688          std::cerr<<"--gradation: a float { 0; ]1,3] } is expected\n\n";
 689          return 1;
 690       }
 691       if (gradation>3.){
 692          std::cerr<<"--gradation: a float <= 3. is expected\n\n";
 693          return 1;
 694       }
 695       if (gradation<0.){
 696          std::cerr<<"--gradation: a float >= 0. is expected\n\n";
 697          return 1;
 698       }
 699    }
 700
 701    if (cmin_size){
 702       tmp=cmin_size;
 703       min_size=tmp.toFloat(&ok);
 704       if (!ok){
 705          std::cerr<<"--min_size: a float >= 0. is expected\n\n";
 706          return 1;
 707       }
 708       if (gradation<0.){
 709          std::cerr<<"--min_size: a float >= 0. is expected\n\n";
 710          return 1;
 711       }
 712    }
 713
 714    if (cmax_size){
 715       tmp=cmax_size;
 716       max_size=tmp.toFloat(&ok);
 717       if (!ok){
 718          std::cerr<<"--max_size: a float >= 0. is expected\n\n";
 719          return 1;
 720       }
 721       if (gradation<0.){
 722          std::cerr<<"--max_size: a float >= 0. is expected\n\n";
 723          return 1;
 724       }
 725    }
 726
 727    background="no"; //default
 728    if (cbackground){
 729       tmp=cbackground;
 730       if (tmp=="yes") background="yes";
 731    }
 732
 733    multithread="no"; //default
 734    if (cmultithread){
 735       tmp=cmultithread;
 736       if (tmp=="yes") multithread="yes";
 737    }
 738
 739
 740    int n=casenamemed.count('/');
 741    if (n>0)
 742       path=casenamemed.section('/',-n-1,-2)+"/";
 743    else
 744       path="./";
 745       casenamemed=casenamemed.section('/',-1);
 746    if (casenamemed.length()>20){
 747       std::cerr<<"--medname truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 748       casenamemed.truncate(20);
 749    }
 750
 751    n=casename.count('/');
 752    if (n>0)
 753       pathini=casename.section('/',-n-1,-2)+"/";
 754    else
 755       pathini="./";
 756       casename=casename.section('/',-1);
 757    if (casename.length()>20){
 758       std::cerr<<"--casename truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 759       casename.truncate(20);
 760    }
 761
 762    //std::cout<<"CaseNameMed="<<casenamemed.toLatin1().constData()<<std::endl;
 763    //std::cout<<"PathMed="<<path.toLatin1().constData()<<std::endl;
 764
 765    deletegroups="(\\bxyz)"; //default improbable name
 766    if (cdeletegroups){
 767       deletegroups=cdeletegroups;
 768    }
 769
 770    //verbose=5;
 771    if (verbose>0)
 772    std::cout<<
 773            "tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" parameters:"<<
 774          "\n   --casename="<<pathini.toLatin1().constData()<<casename.toLatin1().constData()<<
 775          "\n   --number="<<nbfiles<<
 776          "\n   --medname="<<path.toLatin1().constData()<<casenamemed.toLatin1().constData()<<
 777          "\n   --verbose="<<verbose<<
 778          "\n   --launchtetra="<<launchtetra.toLatin1().constData()<<
 779          "\n   --gradation="<<gradation<<
 780          "\n   --min_size="<<min_size<<
 781          "\n   --max_size="<<max_size<<
 782          "\n   --background="<<background.toLatin1().constData()<<
 783          "\n   --multithread="<<multithread.toLatin1().constData()<<
 784          "\n   --deletegroups=\""<<deletegroups.toLatin1().constData()<<"\"\n";
 785
 786    if (launchtetra=="yes"){
 787
 788       //call tetra_hpc.py is pthon script which assumes mpirun or else if no multithread
 789       //after compilation openmpi or else acrobatic DISTENE_LICENCE change...
 790
 791       cmd="mg-tetra_hpc.py --number=" + QString::number(nbfiles)+
 792           " --in=" + pathini+casename + ".mesh" +
 793           " --out=" + pathini+casename + "_out.mesh" +
 794           " --gradation=" + QString::number(gradation) +
 795           " --min_size=" + QString::number(min_size) +
 796           " --max_size=" + QString::number(max_size) +
 797           " --multithread=" + multithread.toLatin1().constData() +
 798           " > " + path + "tetrahpc.log";
 799       std::cout<<"\nlaunch tetra_hpc command:"<<
 800                  "\n   "<<cmd.toLatin1().constData()<<"\n"<<std::endl;
 801    }
 802    else if ( std::ifstream(( pathini+casename + "_out.mesh").toLatin1().constData() ).is_open() )
 803    {
 804      // mesh file exists (created by using MG as a library), copy it to *.000001.mesh
 805      QString copyCmd = ( QString("cp -f %1_out.mesh %2_out.000001.mesh")
 806                          .arg( pathini+casename ).arg( pathini+casename ));
 807      system( copyCmd.toLatin1().constData()); // run
 808    }
 809
 810    //utile si appel par plugin ghs3dprl sur big meshes et tetra_hpc sur plusieurs jours
 811 #ifndef WIN32
 812    if (background=="yes"){
 813       pid_t pid = fork();
 814       if (pid > 0) {
 815          //Process father
 816          exit(0); //temporary ok for plugin
 817       }
 818       //process children
 819       //On rend le fils independant de tout terminal
 820       //from here everything in background: tetrahpc AND generation of final MED files
 821       setsid();
 822       system("sleep 10");  //for debug
 823    }
 824 #else
 825    printf("background mode is not supported on win32 platform !\n");
 826 #endif
 827
 828    if (launchtetra=="yes"){
 829       //sometimes it is better to wait flushing files on slow filesystem...
 830       system("sleep 3");
 831       system(cmd.toLatin1().constData()); // run
 832       system("sleep 3");
 833    }
 834    ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw=new ghs3dprl_mesh_wrap;
 835    //no constructor, later maybe
 836    mymailw->nbfiles=0;
 837    mymailw->nbfilestot=nbfiles;
 838    //for huge cases big array swap in huge binary files
 839    mymailw->verbose=verbose;
 840    mymailw->casename=casename;
 841    mymailw->medname=casenamemed;
 842    mymailw->path=path;
 843    mymailw->pathini=pathini;
 844    mymailw->deletegroups=QRegExp(deletegroups,Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 845    mymailw->for_multithread=false;
 846    if (multithread=="yes") mymailw->for_multithread=true;
 847    ghs3dprl_msg_parser handler;
 848    //constructor later maybe
 849    //handler.verbose=true;
 850    handler.mailw=mymailw;
 851    mymailw->families.no=1;
 852    //std::cout<<"coucou1 "<<mymailw->families.no<<std::endl;
 853    //mymailw->families.add(casename,casenamemed);
 854    format=format.sprintf("%d",nbfiles);
 855    int nbf=format.length();
 856    format=format.sprintf(".%%0%dd.%%0%dd",nbf,nbf);
 857    format_tetra=".%06d";
 858    if (verbose>10)std::cout<<"format "<<format.toLatin1().constData()<<std::endl;
 859    if (verbose>10)std::cout<<"format_tetra "<<format_tetra.toLatin1().constData()<<std::endl;
 860    mymailw->format=format;
 861    mymailw->format_tetra=format_tetra;
 862    mymailw->for_tetrahpc=true; //to know what files to read: .noboite or .mesh
 863
 864    //default 1GOctet/8(for float)
 865    nbelem_limit_swap=limit_swap*1000000; //100%
 866    CVWtab::memorymax=nbelem_limit_swap;
 867    mymailw->nbelem_limit_swap=nbelem_limit_swap;
 868
 869
 870    //something like "/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med"
 871    fileskinmed=pathini+casename+"_skin.med";
 872    //fileskinmed="/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med";
 873    /*for debug
 874    {
 875    char ctmp[fileskinmed.length()+1] ; strcpy(ctmp,fileskinmed);
 876    int res=dumpMED(&ctmp[0],1);
 877    }*/
 878    int ret = access(fileskinmed.toLatin1().constData(),F_OK); //on regarde si le fichier existe
 879    if (ret >= 0) {
 880       ok=ReadFileMED(fileskinmed,mymailw); }
 881    else {
 882       if (verbose>0)std::cout<<"Initial skin file <"<<fileskinmed.toLatin1().constData()<<"> does not exist\n"; }
 883
 884
 885 //if test quickly read all files before (or only small files)
 886  if (test=="yes"){
 887    if (verbose>0) std::cout<<"\nReading output files of tetrahpc as input files of tetrahpc2med...\n";
 888    //only read beginning of files .xxxxx.mesh
 889    //supposed big files big arrays so only see first lines
 890    mymailw->nbfiles=0;
 891    for (int i=1; i<=nbfiles; i++){
 892       mymailw->nofile=i;
 893       tmp=pathini+casename+tmp.sprintf(format_tetra.toLatin1().constData(),i)+".mesh";
 894       if (verbose>0) std::cout<<"FileName="<<tmp.toLatin1().constData()<<std::endl;
 895       ok=mymailw->TestExistingFileMESHnew(tmp);
 896    }
 897    if (verbose>0)
 898       std::cout<<"NumberOfFilesMESHTested="<<mymailw->nbfiles<<": ok\n\n";
 899    if (mymailw->nbfiles != nbfiles){
 900       std::cerr<<"NumberOfFiles != NumberOfFilesTested is unexpected\n\n";
 901       return 1;
 902    }
 903  }  //end if test
 904
 905    ok=mymailw->Write_MEDfiles_v2(true); //deletekeys=true
 906
 907    nb=mymailw->remove_all_keys_mesh_wrap();
 908    if (verbose>3)std::cout<<"***remove_all_key_mesh_wrap*** "<<nb<<" keys removed\n";
 909    if (verbose>0)std::cout<<std::endl<<"===end of "<<argv[0]<<"==="<<std::endl;
 910
 911    //for debug
 912    //int res=dumpMED("/home/wambeke/tmp/DOMAIN_1.med",1);
 913
 914    return 0; //ok
 915 }