README

   1 MODULE SALOME MULTIPR
   2 =====================
   3 Par EDF/CS, 02/2007
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   6 Description
   7 -----------
   8 MULTIPR est un module pour la plateforme SALOME (v3.2).
   9 Le module sert au partitionnement et a la decimation de maillages tetraedriques (TETRA10),
  10 dans le but de pouvoir visualiser d'importants volumes de donnees scientifiques.
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  13 Contenu de ce fichier
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  15 I.    INSTALLATION/COMPILATION
  16 II.   L'APPLICATION AUTONOME EN LIGNE DE COMMANDE multipr
  17 III   LE MODULE SALOME MULTIPR
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  21 *
  22 * I. INSTALLATION/COMPILATION
  23 *
  24 *******************************************************************************
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  26 A. Information generales
  27 ------------------------
  28 MULTIPR a besoin des prerequis suivants:
  29     1. Salome V3.2
  30     2. MESPLITTER (branche MED sur CVS : WP1_2_3_17-01-2007_Data_format_at_entry_of_visualization_pipeline)
  31     3. MED fichier v2.3
  32     4. METIS v4.0.1 (version NON modifiee par EDF)
  33     5. SCOTCH v4
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  35 A propos de MEDSPLITTER :
  36 MEDSPLITTER est un partitionneur de fichiers MED qui repose sur le format MED v2.3
  37 et les outils METIS et SCOTCH. L'outil a ete developpe par Vincent Bergeaud du CEA.
  38 Dans le cadre du module MULTIPR, MEDSPLITTER est utilise pour partitionner des grains
  39 (scenario a 2 echelles).
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  43 B. Installation/compilation
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  47    B.1. Se procurer le module MED/MEDSPLITTER compatible avec MULTIPR
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  50 1. Charger la branche CVS WP1_2_3_17-01-2007_Data_format_at_entry_of_visualization_pipeline dans le repertoire MED sur le server d'OpenCascade
  51    > cvs -d ":pserver:salome2anonymous@www.opencascade.com:/home/server/cvs/MED" login
  52    rntlrntl   (<--- mot de passe)
  53    > cvs -d ":pserver:salome2anonymous@www.opencascade.com:/home/server/cvs/MED" checkout -kk -RP -r WP1_2_3_17-01-2007_Data_format_at_entry_of_visualization_pipeline MED_SRC
  54    > cvs -d ":pserver:salome2anonymous@www.opencascade.com:/home/server/cvs/MED" logout
  55    (note : MEDPLITTER peut également être compilé à partir de la branche CVS BR_SPLITTER_improved)
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  57 2. Modifier le code pour utiliser MED fichier v2.3 :
  58    A. Supprimer les 6 fichiers suivants :
  59       MED_SRC/src/medmem/MEDMEM_MEDMEMchampLire.hxx/cxx
  60       MED_SRC/src/medmem/MEDMEM_MEDMEMgaussEcr.hxx/cxx
  61       MED_SRC/src/medmem/MEDMEM_MEDMEMprofilEcr.hxx/cxx
  62    B. Mettre a jour le fichier medmem/Makefile.in en supprimant les 6 lignes correspondantes
  63    C. Mettre a jour le fichier MEDMEM_MedFieldDriver22.hxx
  64       1. Dans la section "includes, supprimer les 3 lignes #include "MEDMEM_MEDMEMchampLire.hxx" ...
  65       2. Remplacer ces lignes par l'inclusion de l'API MED :
  66          namespace med_2_2
  67          {
  68              extern "C"
  69              {
  70                  #include <med.h>
  71                  #include <med_proto.h>
  72              }
  73          }
  74       3. Effectuer les changements suivants (utiliser l'API MED fichier v2.3) :
  75          MEDMEMchampLire -> MEDchampLire
  76          MEDMEMgaussEcr  -> MEDgaussEcr
  77          MEDMEMprofilEcr -> MEDprofilEcr
  78          => En tout, il y a 4 lignes a changer
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  81    B.2. Prerequis a la compilation du module MED/MEDSPLITTER
  82    ---------------------------------------------------------
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  84 3. Verifier que la variable d'environnement LD_LIBRARY_PATH ne pointe pas vers un repertoire MED
  85 4. Verifier que la variable d'environnement MED_ROOT_DIR n'est pas definie
  86 5. Installer METIS v4.0.1 (soit <METIS_DIR> le repertoire d'installation)
  87    A. Charger le source sur http://glaros.dtc.umn.edu/gkhome/metis/metis/download
  88    B. Decompresser l'archive : tar -zxvz metis-4.0.tar.gz
  89    C. Puis make dans le repertoire
  90    D. Verifier que tout est OK : depuis \Graph, lancer ./mtest 4elt.graph
  91 6. Verifier que la bibliotheque boost v1.32 ou + est installee
  92    A. Bien verifier que le paquet libboost_program_option est inclu (ce paquet est utilise par MEDSPLITTER)
  93    B. Ajouter la variable d'environnement export BOOSTDIR=/usr, si nécessaire
  94    C. Si necessaire, dans /usr/lib, ajouter le lien
  95       ln -s libboost_program_options.so libboost_program_options-gcc-mt.so
  96       (droits administrateur necessaires)
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  99    B.3. Compilation du module MED/MEDSPLITTER
 100    ------------------------------------------
 101
 102 7. Pour compiler la branche MED WP1_2_3_17-01-2007_Data_format_at_entry_of_visualization_pipeline avec SALOME V3.2.2 (Debian Sarge)
 103    Dans le repertoire SALOME v3.2.2 :
 104    A. Sourcer prerequis-Sarge-slash-usr.sh et envSalome-V3_2_2.sh
 105    B. Verifier que la variable d'environnement MED2HOME pointe bien vers
 106       MED fichier v2.3
 107 8. Pour compiler avec METIS v4.0.1 precedemment charge :
 108    Renommer la fonction log2 en log2_ dans metis\lib\proto.h
 109    (sinon, un conflit se produit)
 110
 111 Depuis le repertoire MED contenant WP1_2_3_17-01-2007_Data_format_at_entry_of_visualization_pipeline :
 112 9. Creer un repertoire Build et un repertoire MED au cote de MED_SRC
 113 10. Dans le repertoire MED_SRC, faire ./build_configure
 114 11. Depuis le repertoire Build, faire (en remplacant les <...> par les bons répertoires)
 115     ../MED_SRC/configure --prefix=<PATH>/MED --enable-splitter=yes --with-metis=<METIS_DIR> --with-scotch=<SCOTCH_DIR>
 116     --enable-production=yes --disable-debug
 117 12. Puis : make
 118 13. Puis : make install
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 121    B.4. Tester l'installation du module MED/MEDSPLITTER
 122    ----------------------------------------------------
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 124 14. Definir la variable d'environnement MED_ROOT_DIR (=<PATH>/MED)
 125 15. Eventuellement, mettre a jour les variables d'environnement LD_LIBRARY_PATH et PYTHONPATH
 126 16. Pour verifier que MEDMEM est bien installe :
 127     Depuis le repertoire <PATH>/MED : python bin/salome/testMedMemGeneral.py
 128 17. Pour verifier que MEDSPLITTER est bien installe :
 129     A. Dans <PATH>/MED/bin/salome, creer le repertoire tests : mkdir tests
 130     B. Puis :
 131        ./test_SPLITTER_indivisible
 132        ./test_SPLITTER_square
 133        ./medsplitter --input-file=<PATH>/MED/share/salome/resources/med/pointe_import22.med --output-file=toto --ndomains=2 --meshname=maa1
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 136    B.5. Compiler le module MULTIPR
 137    -------------------------------
 138
 139 18. Creer un repertoire Build et un repertoire MULTIPR au cote de MULTIPR_SRC
 140 19. Dans le repertoire MULTIPR_SRC, faire ./build_configure
 141 20. Depuis le repertoire Build, faire (en remplacant les <...> par les bons répertoires)
 142     ../MULTIPR_SRC/configure --prefix=<PATH>/MULTIPR --enable-production=yes --disable-debug
 143 21. Puis : make
 144 22. Puis : make install
 145
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 147 Information supplementaire :
 148 Pour compiler MULTIPR, les 8 variables d'environnement suivantes doivent etre definies :
 149 KERNEL_ROOT_DIR, GUI_ROOT_DIR, MED_ROOT_DIR, MED2HOME, HDF5HOME, OMNIORBDIR, CASROOT, QTDIR
 150 L'existence de ces variables est teste par le script build_configure.
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 153 *******************************************************************************
 154 *
 155 * II. L'APPLICATION AUTONOME EN LIGNE DE COMMANDE multipr
 156 *
 157 *******************************************************************************
 158
 159 Tests de l'application autonome en ligne de commande multipr
 160 ------------------------------------------------------------
 161 L'application "multipr" se trouve dans .../bin/salome
 162
 163 1. Affichage de la page d'aide
 164
 165    $ ./multipr
 166
 167 2. Autotest complet de l'application
 168
 169    $ ./multipr --auto /data
 170    (ou /data designe le repertoire dans lequel se trouve le fichier agregat100grains_12pas.med)
 171
 172 3. Affichage de la liste des maillages et des champs d'un fichier MED sequentiel :
 173
 174    $ ./multipr --info agregat100grains_12pas.med
 175
 176 4. Affichage de toutes les informations concernant un maillage :
 177
 178    $ ./multipr --info agregat100grains_12pas.med MAIL
 179
 180 5. Partitionnement (1 echelle) :
 181    Extraction des grains du maillage MAIL dans le fichier agregat100grains_12pas.med
 182
 183    $ ./multipr --part1 agregat100grains_12pas.med MAIL
 184
 185 6. Partitionnement (2 echelles) :
 186    Decoupage du grain numero 98 en 3 parties :
 187
 188    $ ./multipr --part2 agregat100grains_12pas_grains_maitre.med MAIL_98 3
 189
 190 7. Decimation :
 191    Creation de 3 resolutions du grain numero 99 en prenant :
 192    comme reference le 12e pas de temps du champ SIG_____SIEF_ELGA_______________
 193    comme seuil pour la resolution MEDIUM : 10
 194    comme seuil pour la resolution BASSE : 25
 195    comme rayon pour le calcul du voisinage : 0.3
 196
 197    $ ./multipr --decim agregat100grains_12pas_grains_maitre.med MAIL_99 SIG_____SIEF_ELGA_______________ 12 Filtre_GradientMoyen 10 25 0.3
 198
 199 8. Messages d'erreur :
 200    Les exemples suivants sont des commandes erronees :
 201
 202    $ ./multipr --part1 agregat100grains_12pas.m MAIL
 203    ... MULTIPR: FileNotFoundException (MULTIPR_Mesh.cxx, line 663): MED file not found
 204
 205    $ ./multipr --part1 agregat100grains_12pas.med MAILLAGE
 206    ... MULTIPR: IllegalStateException (MULTIPR_Mesh.cxx, line 747): mesh not found in the given MED file
 207
 208    $ ./multipr --part2 agregat100grains_12pas.med MAIL 2
 209    ... MULTIPR: IOException (MULTIPR_API.cxx, line 106): waiting for a distributed MED file (not a sequential one)
 210
 211    $ ./multipr --part2 agregat100grains_12pas_grains_maitre.med MAIL_95 0
 212    ... MULTIPR: IllegalArgumentException (MULTIPR_API.cxx, line 97): pNbParts should be >= 2
 213
 214    $ ./multipr --decim agregat100grains_12pas_grains_maitre.med MAIL_99 SIG_____SIEF_ELGA_______________ 14 Filtre_GradientMoyen 10 25 0.3
 215    ... MULTIPR: IllegalArgumentException (MULTIPR_DecimationFilter.cxx, line 100): invalid field iteration (14)
 216
 217    $ ./multipr --decim agregat100grains_12pas_grains_maitre.med MAIL_99 SIG_____SIEF_ELGA___________TEST 12 Filtre_GradientMoyen 10 25 0.3
 218    MULTIPR: IllegalArgumentException (MULTIPR_DecimationFilter.cxx, line 99): field not found
 219
 220    etc.
 221
 222
 223 *******************************************************************************
 224 *
 225 * III. LE MODULE SALOME MULTIPR
 226 *
 227 *******************************************************************************
 228
 229 Lancer le module salome seul : ./bin/salome/runAppli depuis le repertoire MULTIPR
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