Salome HOME
Correction of bug EDF10723 for 0D mesh.
[modules/med.git] / src / MEDLoader / MEDFileMesh.cxx
1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
2 //
3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
5 // License as published by the Free Software Foundation; either
6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
7 //
8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
11 // Lesser General Public License for more details.
12 //
13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
16 //
17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
18 //
19 // Author : Anthony Geay (CEA/DEN)
20
21 #include "MEDFileMesh.hxx"
22 #include "MEDFileUtilities.hxx"
23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
24 #include "MEDFileField.hxx"
25 #include "MEDLoader.hxx"
26 #include "MEDFileSafeCaller.txx"
27 #include "MEDLoaderBase.hxx"
28
29 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
30
31 #include "InterpKernelAutoPtr.hxx"
32
33 #include <limits>
34 #include <cmath>
35
36 extern med_geometry_type typmai3[34];
37
38 using namespace ParaMEDMEM;
39
40 const char MEDFileMesh::DFT_FAM_NAME[]="FAMILLE_ZERO";
41
42 MEDFileMesh::MEDFileMesh():_order(-1),_iteration(-1),_time(0.),_univ_wr_status(true)
43 {
44 }
45
46 std::size_t MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
47 {
48   std::size_t ret(_dt_unit.capacity()+_name.capacity()+_univ_name.capacity()+_desc_name.capacity());
49   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
50     {
51       ret+=(*it).first.capacity()+(*it).second.capacity()*sizeof(std::string);
52       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
53         ret+=(*it2).capacity();
54     }
55   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
56     ret+=(*it).first.capacity()+sizeof(int);
57   return ret;
58 }
59
60 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull() const
61 {
62   return std::vector<const BigMemoryObject *>();
63 }
64
65 /*!
66  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
67  * file. The first mesh in the file is loaded.
68  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
69  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
70  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
71  *  \throw If the file is not readable.
72  *  \throw If there is no meshes in the file.
73  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
74  */
75 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
76 {
77   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
78   if(ms.empty())
79     {
80       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
81       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
82     }
83   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
84   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
85   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
86   int dt,it;
87   std::string dummy2;
88   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
89   switch(meshType)
90   {
91     case UNSTRUCTURED:
92       {
93         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
94         ret->loadUMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
95         ret->loadJointsFromFile(fid);
96         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
97       }
98     case CARTESIAN:
99       {
100         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
101         ret->loadCMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
102         ret->loadJointsFromFile(fid);
103         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
104       }
105     case CURVE_LINEAR:
106       {
107         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
108         ret->loadCLMeshFromFile(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
109         ret->loadJointsFromFile(fid);
110         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
111       }
112     default:
113       {
114         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << ms.front() << "' exists but unsupported type yet !";
115         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
116       }
117   }
118 }
119
120 /*!
121  * Returns a new MEDFileMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
122  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
123  * iteration.
124  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
125  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
126  *  \param [in] dt - the number of a time step.
127  *  \param [in] it - the number of an iteration.
128  *  \param [in] joints - the sub-domain joints to use instead of those that can be read
129  *          from the MED file. Usually this joints are those just read by another iteration
130  *          of mName mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
131  *  \return MEDFileMesh * - a new instance of MEDFileMesh. The caller is to delete this
132  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
133  *  \throw If the file is not readable.
134  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
135  *  \throw If the mesh in the file is of a not supported type.
136  */
137 MEDFileMesh *MEDFileMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs, MEDFileJoints* joints)
138 {
139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
140   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
141   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
142   int dummy0,dummy1;
143   std::string dummy2;
144   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2);
145   switch(meshType)
146   {
147     case UNSTRUCTURED:
148       {
149         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=MEDFileUMesh::New();
150         ret->loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
151         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
152         return (MEDFileUMesh *)ret.retn();
153       }
154     case CARTESIAN:
155       {
156         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=MEDFileCMesh::New();
157         ret->loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
158         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
159         return (MEDFileCMesh *)ret.retn();
160       }
161     case CURVE_LINEAR:
162       {
163         MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=MEDFileCurveLinearMesh::New();
164         ret->loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
165         ret->loadJointsFromFile(fid,joints);
166         return (MEDFileCurveLinearMesh *)ret.retn();
167       }
168     default:
169       {
170         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::New : MED file exists and has mesh '" << mName << "' exists but unsupported type yet !";
171         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
172       }
173   }
174 }
175
176 /*!
177  * Writes \a this mesh into an open MED file specified by its descriptor.
178  *  \param [in] fid - the MED file descriptor.
179  *  \throw If the mesh name is not set.
180  *  \throw If the file is open for reading only.
181  *  \throw If the writing mode == 1 and the same data is present in an existing file.
182  */
183 void MEDFileMesh::write(med_idt fid) const
184 {
185   if(!existsFamily(0))
186     const_cast<MEDFileMesh *>(this)->addFamily(DFT_FAM_NAME,0);
187   if(_name.empty())
188     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh : name is empty. MED file ask for a NON EMPTY name !");
189   writeLL(fid);
190 }
191
192 /*!
193  * Writes \a this mesh into a MED file specified by its name.
194  *  \param [in] fileName - the MED file name.
195  *  \param [in] mode - the writing mode. For more on \a mode, see \ref AdvMEDLoaderBasics.
196  * - 2 - erase; an existing file is removed.
197  * - 1 - append; same data should not be present in an existing file.
198  * - 0 - overwrite; same data present in an existing file is overwritten.
199  *  \throw If the mesh name is not set.
200  *  \throw If \a mode == 1 and the same data is present in an existing file.
201  */
202 void MEDFileMesh::write(const std::string& fileName, int mode) const
203 {
204   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
205   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
206   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
207   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
208   write(fid);
209 }
210
211 /*!
212  * Checks if \a this and another mesh are equal.
213  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
214  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
215  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
216  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
217  */
218 bool MEDFileMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
219 {
220   if(_order!=other->_order)
221     {
222       what="Orders differ !";
223       return false;
224     }
225   if(_iteration!=other->_iteration)
226     {
227       what="Iterations differ !";
228       return false;
229     }
230   if(fabs(_time-other->_time)>eps)
231     {
232       what="Time values differ !";
233       return false;
234     }
235   if(_dt_unit!=other->_dt_unit)
236     {
237       what="Time units differ !";
238       return false;
239     }
240   if(_name!=other->_name)
241     {
242       what="Names differ !";
243       return false;
244     }
245   //univ_name has been ignored -> not a bug because it is a mutable attribute
246   if(_desc_name!=other->_desc_name)
247     {
248       what="Description names differ !";
249       return false;
250     }
251   if(!areGrpsEqual(other,what))
252     return false;
253   if(!areFamsEqual(other,what))
254     return false;
255   return true;
256 }
257
258 void MEDFileMesh::setName(const std::string& name)
259 {
260   _name=name;
261 }
262
263 /*!
264  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
265  */
266 void MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes() const
267 {
268
269 }
270
271 bool MEDFileMesh::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
272 {
273   for(std::vector< std::pair<std::string,std::string> >::const_iterator it=modifTab.begin();it!=modifTab.end();it++)
274     {
275       if((*it).first==_name)
276         {
277           _name=(*it).second;
278           return true;
279         }
280     }
281   return false;
282 }
283
284 /*!
285  * Copies data on groups and families from another mesh.
286  *  \param [in] other - the mesh to copy the data from.
287  */
288 void MEDFileMesh::copyFamGrpMapsFrom(const MEDFileMesh& other)
289 {
290   _groups=other._groups;
291   _families=other._families;
292 }
293
294
295 /*!
296  * This method clear all the groups in the map.
297  * So this method does not operate at all on arrays.
298  * So this method can lead to orphan families.
299  * 
300  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
301  */
302 void MEDFileMesh::clearGrpMap()
303 {
304   _groups.clear();
305 }
306
307 /*!
308  * This method clear all the families in the map.
309  * So this method does not operate at all on arrays.
310  * WARNING ! if there are some groups lying on cleared families, those groups will be impacted !
311  *
312  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamGrpMaps
313  */
314 void MEDFileMesh::clearFamMap()
315 {
316   _families.clear();
317 }
318
319 /*!
320  * This method clear all the families and groups in the map.
321  * So this method does not operate at all on arrays.
322  * As all groups and families entry will be removed after 
323  * the call of MEDFileMesh::setFamilyFieldArr method with 0 or None (python) in the 2nd parameter can be useful to reduce the size of the object.
324  *
325  * \sa MEDFileMesh::clearFamMap, MEDFileMesh::clearFamMap
326  */
327 void MEDFileMesh::clearFamGrpMaps()
328 {
329   clearGrpMap();
330   clearFamMap();
331 }
332
333 /*!
334  * Returns names of families constituting a group.
335  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
336  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
337  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
338  */
339 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroup(const std::string& name) const
340 {
341   std::string oname(name);
342   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
343   if(it==_groups.end())
344     {
345       std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
346       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
347       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
348       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
349     }
350   return (*it).second;
351 }
352
353 /*!
354  * Returns names of families constituting some groups.
355  *  \param [in] grps - a sequence of names of groups of interest.
356  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of the families.
357  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
358  */
359 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesOnGroups(const std::vector<std::string>& grps) const
360 {
361   std::set<std::string> fams;
362   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++)
363     {
364       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=_groups.find(*it);
365       if(it2==_groups.end())
366         {
367           std::ostringstream oss; oss << "No such group in mesh \"" << _name << "\" : " << *it; 
368           std::vector<std::string> grps2=getGroupsNames(); oss << "\" !\nAvailable groups are :";
369           std::copy(grps2.begin(),grps2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
370           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
371         }
372       fams.insert((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
373     }
374   std::vector<std::string> fams2(fams.begin(),fams.end());
375   return fams2;
376 }
377
378 /*!
379  * Returns ids of families constituting a group.
380  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
381  *  \return std::vector<int> - sequence of ids of the families.
382  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
383  */
384 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name) const
385 {
386   std::string oname(name);
387   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.find(oname);
388   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
389   if(it==_groups.end())
390     {
391       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
392       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
393       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
394     }
395   return getFamiliesIds((*it).second);
396 }
397
398 /*!
399  * Sets names of families constituting a group. If data on families of this group is
400  * already present, it is overwritten. Every family in \a fams is checked, and if a
401  family is not yet in \a this mesh, the default group id \c 0 is assigned to it.
402  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
403  *  \param [in] fams - a sequence of names of families constituting the group.
404  */
405 void MEDFileMesh::setFamiliesOnGroup(const std::string& name, const std::vector<std::string>& fams)
406 {
407   std::string oname(name);
408   _groups[oname]=fams;
409   for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=fams.begin();it1!=fams.end();it1++)
410     {
411       std::map<std::string,int>::iterator it2=_families.find(*it1);
412       if(it2==_families.end())
413         _families[*it1]=0;
414     }
415 }
416
417 /*!
418  * Sets families constituting a group. The families are specified by their ids.
419  * If a family name is not found by its id, an exception is thrown.
420  * If several families have same id, the first one in lexical order is taken.
421  *  \param [in] name - the name of the group of interest.
422  *  \param [in] famIds - a sequence of ids of families constituting the group.
423  *  \throw If a family name is not found by its id.
424  */
425 void MEDFileMesh::setFamiliesIdsOnGroup(const std::string& name, const std::vector<int>& famIds)
426 {
427   std::string oname(name);
428   std::vector<std::string> fams(famIds.size());
429   int i=0;
430   for(std::vector<int>::const_iterator it1=famIds.begin();it1!=famIds.end();it1++,i++)
431     {
432       std::string name2=getFamilyNameGivenId(*it1);
433       fams[i]=name2;
434     }
435   _groups[oname]=fams;
436 }
437
438 /*!
439  * Returns names of groups including a given family.
440  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
441  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of names of groups including the family.
442  */
443 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsOnFamily(const std::string& name) const
444 {
445   std::vector<std::string> ret;
446   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();it1!=_groups.end();it1++)
447     {
448       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it1).second.begin();it2!=(*it1).second.end();it2++)
449         if((*it2)==name)
450           {
451             ret.push_back((*it1).first);
452             break;
453           }
454     }
455   return ret;
456 }
457
458 /*!
459  * Adds an existing family to groups.
460  *  \param [in] famName - a name of family to add to \a grps.
461  *  \param [in] grps - a sequence of group names to add the family in.
462  *  \throw If a family named \a famName not yet exists.
463  */
464 void MEDFileMesh::setGroupsOnFamily(const std::string& famName, const std::vector<std::string>& grps)
465 {
466   std::string fName(famName);
467   const std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fName);
468   if(it==_families.end())
469     {
470       std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
471       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << fName << "\" !\nAvailable families are :";
472       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
473       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
474     }
475   for(std::vector<std::string>::const_iterator it3=grps.begin();it3!=grps.end();it3++)
476     {
477       std::map< std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(*it3);
478       if(it2!=_groups.end())
479         (*it2).second.push_back(fName);
480       else
481         {
482           std::vector<std::string> grps2(1,fName);
483           _groups[*it3]=grps2;
484         }
485     }
486 }
487
488 /*!
489  * Returns names of all groups of \a this mesh.
490  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names.
491  */
492 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getGroupsNames() const
493 {
494   std::vector<std::string> ret(_groups.size());
495   int i=0;
496   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++,i++)
497     ret[i]=(*it).first;
498   return ret;
499 }
500
501 /*!
502  * Returns names of all families of \a this mesh.
503  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of family names.
504  */
505 std::vector<std::string> MEDFileMesh::getFamiliesNames() const
506 {
507   std::vector<std::string> ret(_families.size());
508   int i=0;
509   for(std::map<std::string, int >::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++,i++)
510     ret[i]=(*it).first;
511   return ret;
512 }
513
514 /*!
515  * Changes a name of every family, included in one group only, to be same as the group name.
516  *  \throw If there are families with equal names in \a this mesh.
517  */
518 void MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName()
519 {
520   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
521   std::map<std::string,int> newFams;
522   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
523     {
524       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
525       if(grps.size()==1 && groups[grps[0]].size()==1)
526         {
527           if(newFams.find(grps[0])!=newFams.end())
528             {
529               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << grps[0] << "\" already exists !";
530               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
531             }
532           newFams[grps[0]]=(*it).second;
533           std::vector<std::string>& grps2=groups[grps[0]];
534           std::size_t pos=std::distance(grps2.begin(),std::find(grps2.begin(),grps2.end(),(*it).first));
535           grps2[pos]=grps[0];
536         }
537       else
538         {
539           if(newFams.find((*it).first)!=newFams.end())
540             {
541               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::assignFamilyNameWithGroupName : Family \"" << (*it).first << "\" already exists !";
542               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
543             }
544           newFams[(*it).first]=(*it).second;
545         }
546     }
547   _families=newFams;
548   _groups=groups;
549 }
550
551 /*!
552  * Removes all groups lying on no family. If there is no empty groups, \a this is let untouched.
553  * 
554  * \return the removed groups.
555  */
556 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeEmptyGroups()
557 {
558   std::vector<std::string> ret;
559   std::map<std::string, std::vector<std::string> > newGrps;
560   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
561     {
562       if((*it).second.empty())
563         ret.push_back((*it).first);
564       else
565         newGrps[(*it).first]=(*it).second;
566     }
567   if(!ret.empty())
568     _groups=newGrps;
569   return ret;
570 }
571
572 /*!
573  * Removes a group from \a this mesh.
574  *  \param [in] name - the name of the group to remove.
575  *  \throw If no group with such a \a name exists.
576  */
577 void MEDFileMesh::removeGroup(const std::string& name)
578 {
579   std::string oname(name);
580   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
581   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
582   if(it==_groups.end())
583     {
584       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << name << "\" !\nAvailable groups are :";
585       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
586       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
587     }
588   _groups.erase(it);
589 }
590
591 /*!
592  * Removes a family from \a this mesh.
593  *  \param [in] name - the name of the family to remove.
594  *  \throw If no family with such a \a name exists.
595  */
596 void MEDFileMesh::removeFamily(const std::string& name)
597 {
598   std::string oname(name);
599   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
600   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
601   if(it==_families.end())
602     {
603       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
604       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
605       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
606     }
607   _families.erase(it);
608   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
609     {
610       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
611       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
612       if(it4!=v.end())
613         v.erase(it4);
614     }
615 }
616
617 /*!
618  * Removes all groups in \a this that are orphan. A group is orphan if this group lies on
619  * a set of families, themselves orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
620  * family field whatever its level. This method also suppresses the orphan families.
621  * 
622  * \return - The list of removed groups names. 
623  *
624  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies.
625  */
626 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanGroups()
627 {
628   removeOrphanFamilies();
629   return removeEmptyGroups();
630 }
631
632 /*!
633  * Removes all families in \a this that are orphan. A family is said orphan if its id appears nowhere in
634  * family field whatever its level. Groups are updated in consequence, that is to say all groups lying on orphan family, will see their families list modified.
635  * 
636  * \return - The list of removed families names.
637  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanGroups.
638  */
639 std::vector<std::string> MEDFileMesh::removeOrphanFamilies()
640 {
641   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allFamIdsInUse=computeAllFamilyIdsInUse();
642   std::vector<std::string> ret;
643   if(!((DataArrayInt*)allFamIdsInUse))
644     {
645       ret=getFamiliesNames();
646       _families.clear(); _groups.clear();
647       return ret;
648     }
649   std::map<std::string,int> famMap;
650   std::map<std::string, std::vector<std::string> > grps(_groups);
651   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
652     {
653       if(allFamIdsInUse->presenceOfValue((*it).second))
654         famMap[(*it).first]=(*it).second;
655       else
656         {
657           ret.push_back((*it).first);
658           std::vector<std::string> grpsOnEraseFam=getGroupsOnFamily((*it).first);
659           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=grpsOnEraseFam.begin();it2!=grpsOnEraseFam.end();it2++)
660             {
661               std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=grps.find(*it2);//it3!=grps.empty() thanks to copy
662               std::vector<std::string>& famv=(*it3).second;
663               std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(famv.begin(),famv.end(),(*it).first);//it4!=famv.end() thanks to copy
664               famv.erase(it4);
665             }
666         }
667     }
668   if(!ret.empty())
669     { _families=famMap; _groups=grps; }
670   return ret;
671 }
672
673 /*!
674  * This method operates only on maps in \a this. The arrays are not considered here. So this method will remove a family (except "FAMILLE_ZERO" family) if no group lies on it whatever
675  * this family is orphan or not.
676  *
677  * \warning this method is different from removeOrphanFamilies that scans family field array to find orphan families.
678  */
679 void MEDFileMesh::removeFamiliesReferedByNoGroups()
680 {
681   std::map<std::string,int> fams;
682   std::set<std::string> sfams;
683   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
684     sfams.insert((*it).first);
685   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
686     for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=(*it0).second.begin();it1!=(*it0).second.end();it1++)
687       sfams.erase(*it1);
688   for(std::set<std::string>::const_iterator it=sfams.begin();it!=sfams.end();it++)
689     if(*it!=DFT_FAM_NAME)
690       _families.erase(*it);
691 }
692
693 /*!
694  * This method has no impact on groups. This method only works on families. This method firstly removes families not refered by any groups in \a this, then all unused entities
695  * are put as belonging to family 0 ("FAMILLE_ZERO"). Finally, all orphanFamilies are killed.
696  * This method raises an exception if "FAMILLE_ZERO" is already belonging to a group.
697  *
698  * \sa MEDFileMesh::removeOrphanFamilies
699  */
700 void MEDFileMesh::rearrangeFamilies()
701 {
702   checkOrphanFamilyZero();
703   removeFamiliesReferedByNoGroups();
704   //
705   std::vector<int> levels(getNonEmptyLevelsExt());
706   std::set<int> idsRefed;
707   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
708     idsRefed.insert((*it).second);
709   for(std::vector<int>::const_iterator it=levels.begin();it!=levels.end();it++)
710     {
711       const DataArrayInt *fams(0);
712       try
713       {
714           fams=getFamilyFieldAtLevel(*it);
715       }
716       catch(INTERP_KERNEL::Exception& e) { }
717       if(!fams)
718         continue;
719       std::vector<bool> v(fams->getNumberOfTuples(),false);
720       for(std::set<int>::const_iterator pt=idsRefed.begin();pt!=idsRefed.end();pt++)
721         fams->switchOnTupleEqualTo(*pt,v);
722       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> unfetchedIds(DataArrayInt::BuildListOfSwitchedOff(v));
723       if(!unfetchedIds->empty())
724         {
725           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFams(fams->deepCpy());
726           newFams->setPartOfValuesSimple3(0,unfetchedIds->begin(),unfetchedIds->end(),0,1,1);
727           setFamilyFieldArr(*it,newFams);
728         }
729     }
730   removeOrphanFamilies();
731 }
732
733 /*!
734  * This method only checks that "FAMILLE_ZERO" is orphan (not belonging to a group).
735  */
736 void MEDFileMesh::checkOrphanFamilyZero() const
737 {
738   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
739     {
740       if(std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),DFT_FAM_NAME)!=(*it).second.end())
741         {
742           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::rearrangeFamilies : Groups \"" << (*it).first << "\" is lying on family \"" << DFT_FAM_NAME << "\" !";
743           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
744         }
745     }
746 }
747
748 /*!
749  * Renames a group in \a this mesh.
750  *  \param [in] oldName - a current name of the group to rename.
751  *  \param [in] newName - a new group name.
752  *  \throw If no group named \a oldName exists in \a this mesh.
753  *  \throw If a group named \a newName already exists.
754  */
755 void MEDFileMesh::changeGroupName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
756 {
757   std::string oname(oldName);
758   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(oname);
759   std::vector<std::string> grps=getGroupsNames();
760   if(it==_groups.end())
761     {
762       std::ostringstream oss; oss << "No such groupname \"" << oldName << "\" !\nAvailable groups are :";
763       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
764       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
765     }
766   std::string nname(newName);
767   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it2=_groups.find(nname);
768   if(it2!=_groups.end())
769     {
770       std::ostringstream oss; oss << "Such groupname \"" << newName << "\" already exists ! Kill it before !";
771       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
772     }
773   std::vector<std::string> cpy=(*it).second;
774   _groups.erase(it);
775   _groups[newName]=cpy;
776 }
777
778 /*!
779  * Changes an id of a family in \a this mesh. 
780  * This method calls changeFamilyIdArr().
781  *  \param [in] oldId - a current id of the family.
782  *  \param [in] newId - a new family id.
783  */
784 void MEDFileMesh::changeFamilyId(int oldId, int newId)
785 {
786   changeFamilyIdArr(oldId,newId);
787   std::map<std::string,int> fam2;
788   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
789     {
790       if((*it).second==oldId)
791         fam2[(*it).first]=newId;
792       else
793         fam2[(*it).first]=(*it).second;
794     }
795   _families=fam2;
796 }
797
798 /*!
799  * Renames a family in \a this mesh.
800  *  \param [in] oldName - a current name of the family to rename.
801  *  \param [in] newName - a new family name.
802  *  \throw If no family named \a oldName exists in \a this mesh.
803  *  \throw If a family named \a newName already exists.
804  */
805 void MEDFileMesh::changeFamilyName(const std::string& oldName, const std::string& newName)
806 {
807   std::string oname(oldName);
808   std::map<std::string, int >::iterator it=_families.find(oname);
809   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
810   if(it==_families.end())
811     {
812       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << oldName << "\" !\nAvailable families are :";
813       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
814       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
815     }
816   std::string nname(newName);
817   std::map<std::string, int >::iterator it2=_families.find(nname);
818   if(it2!=_families.end())
819     {
820       std::ostringstream oss; oss << "Such familyname \"" << newName << " already exists ! Kill it before !";
821       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
822     }
823   int cpy=(*it).second;
824   _families.erase(it);
825   _families[newName]=cpy;
826   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it3=_groups.begin();it3!=_groups.end();it3++)
827     {
828       std::vector<std::string>& v=(*it3).second;
829       std::vector<std::string>::iterator it4=std::find(v.begin(),v.end(),oname);
830       if(it4!=v.end())
831         (*it4)=nname;
832     }
833 }
834
835 /*!
836  * Checks if \a this and another mesh contains the same families.
837  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
838  *  \param [in,out] what - an unused parameter.
839  *  \return bool - \c true if number of families and their ids are the same in the two
840  *          meshes. Families with the id == \c 0 are not considered.
841  */
842 bool MEDFileMesh::areFamsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
843 {
844   if(_families==other->_families)
845     return true;
846   std::map<std::string,int> fam0;
847   std::map<std::string,int> fam1;
848   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
849     if((*it).second!=0)
850       fam0[(*it).first]=(*it).second;
851   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=other->_families.begin();it!=other->_families.end();it++)
852     if((*it).second!=0)
853       fam1[(*it).first]=(*it).second;
854   return fam0==fam1;
855 }
856
857 /*!
858  * Checks if \a this and another mesh contains the same groups.
859  *  \param [in] other - the mesh to compare with \a this one.
860  *  \param [in,out] what - a string describing a difference of groups of the two meshes
861  *          in case if this method returns \c false.
862  *  \return bool - \c true if number of groups and families constituting them are the
863  *          same in the two meshes.
864  */
865 bool MEDFileMesh::areGrpsEqual(const MEDFileMesh *other, std::string& what) const
866 {
867   if(_groups==other->_groups)
868     return true;
869   bool ret=true;
870   std::size_t sz=_groups.size();
871   if(sz!=other->_groups.size())
872     {
873       what="Groups differ because not same number !\n";
874       ret=false;
875     }
876   if(ret)
877     {
878       std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it1=_groups.begin();
879       for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it1++)
880         {
881           std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it2=other->_groups.find((*it1).first);
882           if(it2!=other->_groups.end())
883             {
884               std::set<std::string> s1((*it1).second.begin(),(*it1).second.end());
885               std::set<std::string> s2((*it2).second.begin(),(*it2).second.end());
886               ret=(s1==s2);
887             }
888           else
889             {
890               ret=false;
891               what="A group in first mesh exists not in other !\n";
892             }
893         }
894     }
895   if(!ret)
896     {
897       std::ostringstream oss; oss << "Groups description differs :\n";
898       oss << "First group description :\n";
899       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
900         {
901           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
902           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
903             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
904         }
905       oss << "Second group description :\n";
906       for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it=other->_groups.begin();it!=other->_groups.end();it++)
907         {
908           oss << " Group \"" << (*it).first << "\" on following families :\n";
909           for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
910             oss << "    \"" << *it2 << "\n";
911         }
912       what+=oss.str();
913     }
914   return ret;
915 }
916
917 /*!
918  * Checks if a group with a given name exists in \a this mesh.
919  *  \param [in] groupName - the group name.
920  *  \return bool - \c true the group \a groupName exists in \a this mesh.
921  */
922 bool MEDFileMesh::existsGroup(const std::string& groupName) const
923 {
924   std::string grpName(groupName);
925   return _groups.find(grpName)!=_groups.end();
926 }
927
928 /*!
929  * Checks if a family with a given id exists in \a this mesh.
930  *  \param [in] famId - the family id.
931  *  \return bool - \c true the family with the id \a famId exists in \a this mesh.
932  */
933 bool MEDFileMesh::existsFamily(int famId) const
934 {
935   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
936     if((*it2).second==famId)
937       return true;
938   return false;
939 }
940
941 /*!
942  * Checks if a family with a given name exists in \a this mesh.
943  *  \param [in] familyName - the family name.
944  *  \return bool - \c true the family \a familyName exists in \a this mesh.
945  */
946 bool MEDFileMesh::existsFamily(const std::string& familyName) const
947 {
948   std::string fname(familyName);
949   return _families.find(fname)!=_families.end();
950 }
951
952 /*!
953  * Sets an id of a family.
954  *  \param [in] familyName - the family name.
955  *  \param [in] id - a new id of the family.
956  */
957 void MEDFileMesh::setFamilyId(const std::string& familyName, int id)
958 {
959   std::string fname(familyName);
960   _families[fname]=id;
961 }
962
963 void MEDFileMesh::setFamilyIdUnique(const std::string& familyName, int id)
964 {
965   std::string fname(familyName);
966   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
967     if((*it).second==id)
968       {
969         if((*it).first!=familyName)
970           {
971             std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::setFamilyIdUnique : Family id #" << id << " is already belonging to family with name \"" << (*it).first << "\" !";
972             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
973           }
974       }
975   _families[fname]=id;
976 }
977
978 /*!
979  * Adds a family to \a this mesh.
980  *  \param [in] familyName - a name of the family.
981  *  \param [in] famId - an id of the family.
982  *  \throw If a family with the same name or id already exists in \a this mesh.
983  */
984 void MEDFileMesh::addFamily(const std::string& familyName, int famId)
985 {
986   std::string fname(familyName);
987   std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.find(fname);
988   if(it==_families.end())
989     {
990       for(std::map<std::string,int>::const_iterator it2=_families.begin();it2!=_families.end();it2++)
991         if((*it2).second==famId)
992           {
993             std::ostringstream oss;
994             oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << (*it2).first << "\" already exists with specified id : " << famId << " !";
995             throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
996           }
997       _families[fname]=famId;
998     }
999   else
1000     {
1001       if((*it).second!=famId)
1002         {
1003           std::ostringstream oss;
1004           oss << "MEDFileMesh::addFamily : Family \"" << fname << "\" already exists but has id set to " << (*it).second << " different from asked famId " << famId << " !";
1005           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1006         }
1007     }
1008 }
1009
1010 /*!
1011  * Creates a group including all mesh entities of given dimension.
1012  * \warning This method does \b not guarantee that the created group includes mesh
1013  * entities of only \a meshDimRelToMaxExt dimension in the case if some family id is
1014  * present in family fields of different dimensions. To assure this, call
1015  * ensureDifferentFamIdsPerLevel() \b before calling this method.
1016  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of mesh entities to include to
1017  *          the group.
1018  *  \param [in] groupName - a name of the new group.
1019  *  \throw If a group named \a groupName already exists.
1020  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt exist in \a this mesh.
1021  *  \throw If no family field of dimension \a meshDimRelToMaxExt is present in \a this mesh.
1022  */
1023 void MEDFileMesh::createGroupOnAll(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& groupName)
1024 {
1025   std::string grpName(groupName);
1026   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1027   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
1028     {
1029       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The relative ext dimension " << meshDimRelToMaxExt << " is not available !" << std::endl;
1030       oss << "Available relative ext levels are : ";
1031       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1032       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1033     }
1034   if(existsGroup(groupName))
1035     {
1036       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::createGroupOnAll : The groups \"" << grpName << "\" already exists in this !" << std::endl;
1037       oss << "Already existing groups are : ";
1038       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," "));
1039       oss << std::endl << "Please choose an another group name or call removeGroup(\"" << grpName << "\") method !";
1040       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1041     }
1042   const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1043   if(fieldFamIds==0)
1044     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::createGroupOnAll : Family field arr ids is not defined for this level !");
1045   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=fieldFamIds->getDifferentValues();
1046   std::vector<std::string> familiesOnWholeGroup;
1047   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1048     {
1049       bool tmp;
1050       familiesOnWholeGroup.push_back(findOrCreateAndGiveFamilyWithId(*it,tmp));
1051     }
1052   _groups[grpName]=familiesOnWholeGroup;
1053 }
1054
1055 /*!
1056  * Ensures that given family ids do not present in family fields of dimensions different
1057  * than given ones. If a family id is present in the family fields of dimensions different
1058  * than the given ones, a new family is created and the whole data is updated accordingly.
1059  *  \param [in] famIds - a sequence of family ids to check.
1060  *  \param [in] vMeshDimRelToMaxExt - a sequence of relative dimensions to which the \a
1061  *          famIds should exclusively belong.
1062  *  \return bool - \c true if no modification is done in \a this mesh by this method.
1063  */
1064 bool MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs(const std::vector<int>& famIds, const std::vector<int>& vMeshDimRelToMaxExt)
1065 {
1066   std::set<int> levsInput(vMeshDimRelToMaxExt.begin(),vMeshDimRelToMaxExt.end());
1067   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1068   std::set<int> levs2(levs.begin(),levs.end());
1069   std::vector<int> levsToTest;
1070   std::set_difference(levs2.begin(),levs2.end(),levsInput.begin(),levsInput.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(levsToTest));
1071   std::set<int> famIds2(famIds.begin(),famIds.end());
1072   bool ret=true;
1073   int maxFamId=1;
1074   if(!_families.empty())
1075     maxFamId=getMaxFamilyId()+1;
1076   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1077   for(std::vector<int>::const_iterator it=levsToTest.begin();it!=levsToTest.end();it++)
1078     {
1079       const DataArrayInt *fieldFamIds=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1080       if(fieldFamIds)
1081         {
1082           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds3=fieldFamIds->getDifferentValues();
1083           std::vector<int> tmp;
1084           std::set_intersection(famIds3->begin(),famIds3->end(),famIds2.begin(),famIds2.end(),std::back_insert_iterator< std::vector<int> >(tmp));
1085           for(std::vector<int>::const_iterator it2=tmp.begin();it2!=tmp.end();it2++)
1086             {
1087               ret=false;
1088               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it2);
1089               std::ostringstream oss; oss << "Family_" << maxFamId;
1090               std::string zeName=CreateNameNotIn(oss.str(),allFams);
1091               addFamilyOnAllGroupsHaving(famName,zeName);
1092               _families[zeName]=maxFamId;
1093               (const_cast<DataArrayInt *>(fieldFamIds))->changeValue(*it2,maxFamId);
1094               maxFamId++;
1095             }
1096         }
1097     }
1098   return ret;
1099 }
1100
1101 /*!
1102  * Adds a family to a given group in \a this mesh. If the group with a given name does
1103  * not exist, it is created.
1104  *  \param [in] grpName - the name of the group to add the family in.
1105  *  \param [in] famName - the name of the family to add to the group named \a grpName.
1106  *  \throw If \a grpName or \a famName is an empty string.
1107  *  \throw If no family named \a famName is present in \a this mesh.
1108  */
1109 void MEDFileMesh::addFamilyOnGrp(const std::string& grpName, const std::string& famName)
1110 {
1111   std::string grpn(grpName);
1112   std::string famn(famName);
1113   if(grpn.empty() || famn.empty())
1114     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : input strings must be non null !");
1115   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1116   if(std::find(fams.begin(),fams.end(),famn)==fams.end())
1117     {
1118       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::addFamilyOnGrp : Family \"" << famn << "\" does not exist !" << std::endl;
1119       oss << "Create this family or choose an existing one ! Existing fams are : ";
1120       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," ")); oss << ".";
1121       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1122     }
1123   std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.find(grpn);
1124   if(it==_groups.end())
1125     {
1126       _groups[grpn].push_back(famn);
1127     }
1128   else
1129     {
1130       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find((*it).second.begin(),(*it).second.end(),famn);
1131       if(it2==(*it).second.end())
1132         (*it).second.push_back(famn);
1133     }
1134 }
1135
1136 /*!
1137  * This method adds to all groups lying on family with name 'famName' the other family name 'otherFamName'.
1138  * This method is quite underground because it can lead to unconsistency because family 'otherFamName' is \b not added into _families.
1139  * This method is used by MEDFileMesh::keepFamIdsOnlyOnLevs method.
1140  */
1141 void MEDFileMesh::addFamilyOnAllGroupsHaving(const std::string& famName, const std::string& otherFamName)
1142 {
1143   std::string famNameCpp(famName);
1144   std::string otherCpp(otherFamName);
1145   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
1146     {
1147       std::vector<std::string>& v=(*it).second;
1148       if(std::find(v.begin(),v.end(),famNameCpp)!=v.end())
1149         {
1150           v.push_back(otherCpp);
1151         }
1152     }
1153 }
1154
1155 /*!
1156  * \param [in] ids ids and group name of the new group to add. The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
1157  * \parma [in,out] famArr family array on level of interest to be renumbered. The input pointer should be not \c NULL (no check of that will be performed)
1158  */
1159 void MEDFileMesh::addGroupUnderground(bool isNodeGroup, const DataArrayInt *ids, DataArrayInt *famArr)
1160 {
1161   if(!ids)
1162     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : NULL pointer in input !");
1163   std::string grpName(ids->getName());
1164   if(grpName.empty())
1165     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addGroup : empty group name ! MED file format do not accept empty group name !");
1166   ids->checkStrictlyMonotonic(true);
1167   famArr->incrRef(); MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famArrTmp(famArr);
1168   std::vector<std::string> grpsNames=getGroupsNames();
1169   if(std::find(grpsNames.begin(),grpsNames.end(),grpName)!=grpsNames.end())
1170     {
1171       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : Group with name \"" << grpName << "\" already exists ! Destroy it before calling this method !";
1172       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1173     }
1174   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > allFamIds(getAllNonNullFamilyIds());
1175   allFamIds.erase(std::find(allFamIds.begin(),allFamIds.end(),famArrTmp));
1176   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famIds=famArr->selectByTupleIdSafe(ids->begin(),ids->end());
1177   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> diffFamIds=famIds->getDifferentValues();
1178   std::vector<int> familyIds;
1179   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > idsPerfamiliyIds;
1180   int maxVal=getTheMaxAbsFamilyId()+1;
1181   std::map<std::string,int> families(_families);
1182   std::map<std::string, std::vector<std::string> > groups(_groups);
1183   std::vector<std::string> fams;
1184   bool created(false);
1185   for(const int *famId=diffFamIds->begin();famId!=diffFamIds->end();famId++)
1186     {
1187       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2Tmp=famIds->getIdsEqual(*famId);
1188       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids2=ids->selectByTupleId(ids2Tmp->begin(),ids2Tmp->end());
1189       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids1=famArr->getIdsEqual(*famId);
1190       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret0(ids1->buildSubstractionOptimized(ids2));
1191       if(ret0->empty())
1192         {
1193           bool isFamPresent=false;
1194           for(std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >::const_iterator itl=allFamIds.begin();itl!=allFamIds.end() && !isFamPresent;itl++)
1195             isFamPresent=(*itl)->presenceOfValue(*famId);
1196           if(!isFamPresent)
1197             { familyIds.push_back(*famId); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); fams.push_back(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,*famId,created)); } // adding *famId in grp
1198           else
1199             {
1200               familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);
1201               std::string locFamName=FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created);
1202               fams.push_back(locFamName);
1203               if(existsFamily(*famId))
1204                 {
1205                   std::string locFamName2=getFamilyNameGivenId(*famId); std::vector<std::string> v(2); v[0]=locFamName2; v[1]=locFamName;
1206                   ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1207                 }
1208               maxVal++;
1209             } // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and lie the grp on maxVal
1210         }
1211       else
1212         {
1213           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal:-maxVal); idsPerfamiliyIds.push_back(ret0); // modifying all other groups on *famId to lie on maxVal and on maxVal+1
1214           familyIds.push_back(isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1); idsPerfamiliyIds.push_back(ids2);//grp lie only on maxVal+1
1215           std::string n2(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal+1:-maxVal-1,created)); fams.push_back(n2);
1216           if(existsFamily(*famId))
1217             {
1218               std::string n1(FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(families,isNodeGroup?maxVal:-maxVal,created)); std::vector<std::string> v(2); v[0]=n1; v[1]=n2;
1219               ChangeAllGroupsContainingFamily(groups,getFamilyNameGivenId(*famId),v);
1220             }
1221           maxVal+=2;
1222         }
1223     }
1224   for(std::size_t i=0;i<familyIds.size();i++)
1225     {
1226       DataArrayInt *da=idsPerfamiliyIds[i];
1227       famArr->setPartOfValuesSimple3(familyIds[i],da->begin(),da->end(),0,1,1);
1228     }
1229   _families=families;
1230   _groups=groups;
1231   _groups[grpName]=fams;
1232 }
1233
1234 void MEDFileMesh::changeAllGroupsContainingFamily(const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1235 {
1236   ChangeAllGroupsContainingFamily(_groups,familyNameToChange,newFamiliesNames);
1237 }
1238
1239 void MEDFileMesh::ChangeAllGroupsContainingFamily(std::map<std::string, std::vector<std::string> >& groups, const std::string& familyNameToChange, const std::vector<std::string>& newFamiliesNames)
1240 {
1241   std::string fam(familyNameToChange);
1242   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=groups.begin();it!=groups.end();it++)
1243     {
1244       std::vector<std::string>& fams((*it).second);
1245       std::vector<std::string>::iterator it2=std::find(fams.begin(),fams.end(),fam);
1246       if(it2!=fams.end())
1247         {
1248           fams.erase(it2);
1249           fams.insert(fams.end(),newFamiliesNames.begin(),newFamiliesNames.end());
1250         }
1251     }
1252 }
1253
1254 /*!
1255  * Returns a name of the family having a given id or, if no such a family exists, creates
1256  * a new uniquely named family and returns its name.
1257  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1258  *  \param [out] created - returns \c true if the new family has been created, \c false, else.
1259  *  \return std::string - the name of the existing or the created family.
1260  *  \throw If it is not possible to create a unique family name.
1261  */
1262 std::string MEDFileMesh::findOrCreateAndGiveFamilyWithId(int id, bool& created)
1263 {
1264   return FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(_families,id,created);
1265 }
1266
1267 /*!
1268  * If it exists a family whose family id is equal to 'id' this method behaves as MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId.
1269  * In this case, 'this' internal states remains unchanged and 'created' out parameter will be set to false.
1270  * If there is no family whose family id is equal to 'id' a family is created with a name different from those
1271  * already existing. In this case 'created' will be returned with a value set to true, and internal state
1272  * will be modified.
1273  * This method will throws an exception if it is not possible to create a unique family name.
1274  */
1275 std::string MEDFileMesh::FindOrCreateAndGiveFamilyWithId(std::map<std::string,int>& families, int id, bool& created)
1276 {
1277   std::vector<std::string> famAlreadyExisting(families.size());
1278   int ii=0;
1279   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=families.begin();it!=families.end();it++,ii++)
1280     {
1281       if((*it).second!=id)
1282         {
1283           famAlreadyExisting[ii]=(*it).first;
1284         }
1285       else
1286         {
1287           created=false;
1288           return (*it).first;
1289         }
1290     }
1291   created=true;
1292   std::ostringstream oss; oss << "Family_" << id;
1293   std::string ret=CreateNameNotIn(oss.str(),famAlreadyExisting);
1294   families[ret]=id;
1295   return ret;
1296 }
1297
1298 /*!
1299  * Sets names and ids of all families in \a this mesh.
1300  *  \param [in] info - a map of a family name to a family id.
1301  */
1302 void MEDFileMesh::setFamilyInfo(const std::map<std::string,int>& info)
1303 {
1304   _families=info;
1305 }
1306
1307 /*!
1308  * Sets names of all groups and families constituting them in \a this mesh.
1309  *  \param [in] info - a map of a group name to a vector of names of families
1310  *          constituting the group.
1311  */
1312 void MEDFileMesh::setGroupInfo(const std::map<std::string, std::vector<std::string> >&info)
1313 {
1314   _groups=info;
1315 }
1316
1317 /*!
1318  * Returns an id of the family having a given name.
1319  *  \param [in] name - the name of the family of interest.
1320  *  \return int - the id of the family of interest.
1321  *  \throw If no family with such a \a name exists.
1322  */
1323 int MEDFileMesh::getFamilyId(const std::string& name) const
1324 {
1325   std::string oname(name);
1326   std::map<std::string, int>::const_iterator it=_families.find(oname);
1327   std::vector<std::string> fams=getFamiliesNames();
1328   if(it==_families.end())
1329     {
1330       std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << name << "\" !\nAvailable families are :";
1331       std::copy(fams.begin(),fams.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1332       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1333     }
1334   return (*it).second;
1335 }
1336
1337 /*!
1338  * Returns ids of the families having given names.
1339  *  \param [in] fams - a sequence of the names of families of interest.
1340  *  \return std::vector<int> - a sequence of the ids of families of interest.
1341  *  \throw If \a fams contains a name of an inexistent family.
1342  */
1343 std::vector<int> MEDFileMesh::getFamiliesIds(const std::vector<std::string>& fams) const
1344 {
1345   std::vector<int> ret(fams.size());
1346   int i=0;
1347   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=fams.begin();it!=fams.end();it++,i++)
1348     {
1349       std::map<std::string, int>::const_iterator it2=_families.find(*it);
1350       if(it2==_families.end())
1351         {
1352           std::vector<std::string> fams2=getFamiliesNames();
1353           std::ostringstream oss; oss << "No such familyname \"" << *it << "\" in input list !\nAvailable families are :";
1354           std::copy(fams2.begin(),fams2.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
1355           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1356         }
1357       ret[i]=(*it2).second;
1358     }
1359   return ret;
1360 }
1361
1362 /*!
1363  * Returns a maximal abs(id) of families in \a this mesh.
1364  *  \return int - the maximal norm of family id.
1365  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1366  */
1367 int MEDFileMesh::getMaxAbsFamilyId() const
1368 {
1369   if(_families.empty())
1370     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1371   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1372   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1373     {
1374       ret=std::max(std::abs((*it).second),ret);
1375     }
1376   return ret;
1377 }
1378
1379 /*!
1380  * Returns a maximal id of families in \a this mesh.
1381  *  \return int - the maximal family id.
1382  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1383  */
1384 int MEDFileMesh::getMaxFamilyId() const
1385 {
1386   if(_families.empty())
1387     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMaxFamilyId : no families set !");
1388   int ret=-std::numeric_limits<int>::max();
1389   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1390     {
1391       ret=std::max((*it).second,ret);
1392     }
1393   return ret;
1394 }
1395
1396 /*!
1397  * Returns a minimal id of families in \a this mesh.
1398  *  \return int - the minimal family id.
1399  *  \throw If there are no families in \a this mesh.
1400  */
1401 int MEDFileMesh::getMinFamilyId() const
1402 {
1403   if(_families.empty())
1404     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::getMinFamilyId : no families set !");
1405   int ret=std::numeric_limits<int>::max();
1406   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1407     {
1408       ret=std::min((*it).second,ret);
1409     }
1410   return ret;
1411 }
1412
1413 /*!
1414  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1415  * considered but all family fields as well.
1416  *  \return int - the maximal family id.
1417  */
1418 int MEDFileMesh::getTheMaxAbsFamilyId() const
1419 {
1420   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1421   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1422     m1=std::max(std::abs((*it).second),m1);
1423   int m2=getMaxAbsFamilyIdInArrays();
1424   return std::max(m1,m2);
1425 }
1426
1427 /*!
1428  * Returns a maximal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1429  * considered but all family fields as well.
1430  *  \return int - the maximal family id.
1431  */
1432 int MEDFileMesh::getTheMaxFamilyId() const
1433 {
1434   int m1=-std::numeric_limits<int>::max();
1435   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1436     m1=std::max((*it).second,m1);
1437   int m2=getMaxFamilyIdInArrays();
1438   return std::max(m1,m2);
1439 }
1440
1441 /*!
1442  * Returns a minimal id of families in \a this mesh. Not only named families are
1443  * considered but all family fields as well.
1444  *  \return int - the minimal family id.
1445  */
1446 int MEDFileMesh::getTheMinFamilyId() const
1447 {
1448   int m1=std::numeric_limits<int>::max();
1449   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1450     m1=std::min((*it).second,m1);
1451   int m2=getMinFamilyIdInArrays();
1452   return std::min(m1,m2);
1453 }
1454
1455 /*!
1456  * This method only considers the maps. The contain of family array is ignored here.
1457  * 
1458  * \sa MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse
1459  */
1460 DataArrayInt *MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced() const
1461 {
1462   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret=DataArrayInt::New();
1463   std::set<int> v;
1464   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1465     v.insert((*it).second);
1466   ret->alloc((int)v.size(),1);
1467   std::copy(v.begin(),v.end(),ret->getPointer());
1468   return ret.retn();
1469 }
1470
1471 /*!
1472  * This method does not consider map of family name, family id. Only family field array on different levels is considered.
1473  * 
1474  * \sa MEDFileMesh::getAllFamiliesIdsReferenced
1475  */
1476 DataArrayInt *MEDFileMesh::computeAllFamilyIdsInUse() const
1477 {
1478   std::vector<int> famLevs=getFamArrNonEmptyLevelsExt();
1479   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret;
1480   for(std::vector<int>::const_iterator it=famLevs.begin();it!=famLevs.end();it++)
1481     {
1482       const DataArrayInt *arr=getFamilyFieldAtLevel(*it);//arr not null due to spec of getFamArrNonEmptyLevelsExt
1483       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> dv=arr->getDifferentValues();
1484       if((DataArrayInt *) ret)
1485         ret=dv->buildUnion(ret);
1486       else
1487         ret=dv;
1488     }
1489   return ret.retn();
1490 }
1491
1492 /*!
1493  * true is returned if no modification has been needed. false if family
1494  * renumbering has been needed.       
1495  */
1496 bool MEDFileMesh::ensureDifferentFamIdsPerLevel()
1497 {
1498   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1499   std::set<int> allFamIds;
1500   int maxId=getMaxFamilyId()+1;
1501   std::map<int,std::vector<int> > famIdsToRenum;
1502   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1503     {
1504       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it);
1505       if(fam)
1506         {
1507           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1508           std::set<int> r2;
1509           std::set_intersection(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r2,r2.end()));
1510           if(!r2.empty())
1511             famIdsToRenum[*it].insert(famIdsToRenum[*it].end(),r2.begin(),r2.end());
1512           std::set<int> r3;
1513           std::set_union(tmp->begin(),tmp->end(),allFamIds.begin(),allFamIds.end(),std::inserter(r3,r3.end()));
1514         }
1515     }
1516   if(famIdsToRenum.empty())
1517     return true;
1518   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1519   for(std::map<int,std::vector<int> >::const_iterator it2=famIdsToRenum.begin();it2!=famIdsToRenum.end();it2++)
1520     {
1521       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt *>(getFamilyFieldAtLevel((*it2).first));
1522       int *famIdsToChange=fam->getPointer();
1523       std::map<int,int> ren;
1524       for(std::vector<int>::const_iterator it3=(*it2).second.begin();it3!=(*it2).second.end();it3++,maxId++)
1525         {
1526           if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1527             {
1528               std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1529               std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily(famName);
1530               ren[*it3]=maxId;
1531               bool dummy;
1532               std::string newFam=findOrCreateAndGiveFamilyWithId(maxId,dummy);
1533               for(std::vector<std::string>::const_iterator it4=grps.begin();it4!=grps.end();it4++)
1534                 addFamilyOnGrp((*it4),newFam);
1535             }
1536         }
1537       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getIdsEqualList(&(*it2).second[0],&(*it2).second[0]+(*it2).second.size());
1538       for(const int *id=ids->begin();id!=ids->end();id++)
1539         famIdsToChange[*id]=ren[famIdsToChange[*id]];
1540     }
1541   return false;
1542 }
1543
1544 /*!
1545  * This method normalizes fam id with the policy explained underneath. This policy is close to those implemented in SMESH.
1546  * Level #0 famids > 0, Level #-1 famids < 0, Level #-2 famids=0, Level #1 famids=0
1547  * This policy is those used by SMESH and Trio and that is the opposite of those in MED file.
1548  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1549  * \warning This policy is the opposite of those in MED file documentation ...
1550  */
1551 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsTrio()
1552 {
1553   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1554   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1555   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1556   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1557   std::set<std::string> famsFetched;
1558   std::map<std::string,int> families;
1559   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)!=levs.end())
1560     {
1561       levsS.erase(0);
1562       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(0);
1563       if(fam)
1564         {
1565           int refId=1;
1566           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1567           std::map<int,int> ren;
1568           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1569             ren[*it]=refId;
1570           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1571           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1572           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1573             *w=ren[*w];
1574           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1575             {
1576               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1577                 {
1578                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1579                   families[famName]=ren[*it];
1580                   famsFetched.insert(famName);
1581                 }
1582             }
1583         }
1584     }
1585   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)!=levs.end())
1586     {
1587       levsS.erase(-1);
1588       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
1589       if(fam)
1590         {
1591           int refId=-1;
1592           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1593           std::map<int,int> ren;
1594           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1595             ren[*it]=refId;
1596           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1597           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1598           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1599             *w=ren[*w];
1600           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1601             {
1602               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1603                 {
1604                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1605                   families[famName]=ren[*it];
1606                   famsFetched.insert(famName);
1607                 }
1608             }
1609         }
1610     }
1611   for(std::set<int>::const_iterator it2=levsS.begin();it2!=levsS.end();it2++)
1612     {
1613       DataArrayInt *fam=const_cast<DataArrayInt*>(getFamilyFieldAtLevel(*it2));
1614       if(fam)
1615         {
1616           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1617           fam->fillWithZero();
1618           for(const int *it3=tmp->begin();it3!=tmp->end();it3++)
1619             if(allIds->presenceOfValue(*it3))
1620               {
1621                 std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it3);
1622                 families[famName]=0;
1623                 famsFetched.insert(famName);
1624               }
1625         }
1626     }
1627   //
1628   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1629   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1630   std::set<std::string> unFetchedIds;
1631   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1632   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1633     families[*it4]=_families[*it4];
1634   _families=families;
1635 }
1636
1637 /*!
1638  * This method normalizes fam id with the following policy.
1639  * Level #0 famids < 0, Level #-1 famids < 0 and for Level #1 famids >= 0
1640  * This policy is those defined in the MED file format but is the opposite of those implemented in SMESH and Trio.
1641  * This method will throw an exception if a same family id is detected in different level.
1642  */
1643 void MEDFileMesh::normalizeFamIdsMEDFile()
1644 {
1645   ensureDifferentFamIdsPerLevel();
1646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> allIds=getAllFamiliesIdsReferenced();
1647   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
1648   std::set<int> levsS(levs.begin(),levs.end());
1649   std::set<std::string> famsFetched;
1650   std::map<std::string,int> families;
1651   int refId=1;
1652   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),1)!=levs.end())
1653     {
1654       levsS.erase(1);
1655       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(1);
1656       if(fam)
1657         {
1658           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1659           std::map<int,int> ren;
1660           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId++)
1661             ren[*it]=refId;
1662           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1663           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1664           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1665             *w=ren[*w];
1666           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1667             {
1668               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1669                 {
1670                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1671                   families[famName]=ren[*it];
1672                   famsFetched.insert(famName);
1673                 }
1674             }
1675         }
1676     }
1677   refId=-1;
1678   for(std::set<int>::const_reverse_iterator it2=levsS.rbegin();it2!=levsS.rend();it2++)
1679     {
1680       const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(*it2);
1681       if(fam)
1682         {
1683           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp=fam->getDifferentValues();
1684           std::map<int,int> ren;
1685           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++,refId--)
1686             ren[*it]=refId;
1687           int nbOfTuples=fam->getNumberOfTuples();
1688           int *start=const_cast<DataArrayInt *>(fam)->getPointer();
1689           for(int *w=start;w!=start+nbOfTuples;w++)
1690             *w=ren[*w];
1691           for(const int *it=tmp->begin();it!=tmp->end();it++)
1692             {
1693               if(allIds->presenceOfValue(*it))
1694                 {
1695                   std::string famName=getFamilyNameGivenId(*it);
1696                   families[famName]=ren[*it];
1697                   famsFetched.insert(famName);
1698                 }
1699             }
1700         }
1701     }
1702   //
1703   std::vector<std::string> allFams=getFamiliesNames();
1704   std::set<std::string> allFamsS(allFams.begin(),allFams.end());
1705   std::set<std::string> unFetchedIds;
1706   std::set_difference(allFamsS.begin(),allFamsS.end(),famsFetched.begin(),famsFetched.end(),std::inserter(unFetchedIds,unFetchedIds.end()));
1707   for(std::set<std::string>::const_iterator it4=unFetchedIds.begin();it4!=unFetchedIds.end();it4++)
1708     families[*it4]=_families[*it4];
1709   _families=families;
1710 }
1711
1712 /*!
1713  * Returns a name of the family by its id. If there are several families having the given
1714  * id, the name first in lexical order is returned.
1715  *  \param [in] id - the id of the family whose name is required.
1716  *  \return std::string - the name of the found family.
1717  *  \throw If no family with the given \a id exists.
1718  */
1719 std::string MEDFileMesh::getFamilyNameGivenId(int id) const
1720 {
1721   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
1722     if((*it).second==id)
1723       return (*it).first;
1724   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::getFamilyNameGivenId : no such family id : " << id;
1725   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
1726 }
1727
1728 /*!
1729  * Returns a string describing \a this mesh. This description includes the mesh name and
1730  * the mesh description string.
1731  *  \return std::string - the mesh information string.
1732  */
1733 std::string MEDFileMesh::simpleRepr() const
1734 {
1735   std::ostringstream oss;
1736   oss << "(*************************************)\n(* GENERAL INFORMATION ON THE MESH : *)\n(*************************************)\n";
1737   oss << "- Name of the mesh : <<" << getName() << ">>\n";
1738   oss << "- Description associated to the mesh : " << getDescription() << std::endl;
1739   return oss.str();
1740 }
1741
1742 /*!
1743  * This method is nearly like getFamilyFieldAtLevel method. Except that if the array does not exist at the specified level \a meshDimRelToMaxExt
1744  * an empty one is created.
1745  */
1746 DataArrayInt *MEDFileMesh::getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
1747 {
1748   DataArrayInt *ret(getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
1749   if(ret)
1750     return ret;
1751   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr(DataArrayInt::New());
1752   arr->alloc(getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt),1);
1753   arr->fillWithZero();
1754   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,arr);
1755   return getFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1756 }
1757
1758 /*!
1759  * Returns ids of mesh entities contained in a given group of a given dimension.
1760  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1761  *          are required.
1762  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1763  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1764  *          returned instead of ids. 
1765  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1766  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the group. The caller
1767  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1768  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1769  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1770  */
1771 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
1772 {
1773   std::vector<std::string> tmp(1);
1774   tmp[0]=grp;
1775   DataArrayInt *ret=getGroupsArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1776   ret->setName(grp);
1777   return ret;
1778 }
1779
1780 /*!
1781  * Returns ids of mesh entities contained in given groups of a given dimension.
1782  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1783  *          are required.
1784  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1785  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1786  *          returned instead of ids.
1787  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1788  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the groups. The caller
1789  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1790  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1791  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1792  */
1793 DataArrayInt *MEDFileMesh::getGroupsArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1794 {
1795   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
1796   return getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
1797 }
1798
1799 /*!
1800  * Returns ids of mesh entities contained in a given family of a given dimension.
1801  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
1802  *          are required.
1803  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
1804  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
1805  *          returned instead of ids. 
1806  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1807  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the family. The caller
1808  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1809  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
1810  */
1811 DataArrayInt *MEDFileMesh::getFamilyArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
1812 {
1813   std::vector<std::string> tmp(1);
1814   tmp[0]=fam;
1815   DataArrayInt *ret=getFamiliesArr(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
1816   ret->setName(fam);
1817   return ret;
1818 }
1819
1820 /*!
1821  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1822  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1823  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1824  *          returned instead of ids. 
1825  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1826  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1827  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1828  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1829  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1830  */
1831 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupArr(const std::string& grp, bool renum) const
1832 {
1833   std::vector<std::string> tmp(1);
1834   tmp[0]=grp;
1835   DataArrayInt *ret=getNodeGroupsArr(tmp,renum);
1836   ret->setName(grp);
1837   return ret;
1838 }
1839
1840 /*!
1841  * Returns ids of nodes contained in given groups.
1842  *  \param [in] grps - the names of the groups of interest.
1843  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1844  *          returned instead of ids. 
1845  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1846  *          numbers, if available and required, of nodes of the groups. The caller
1847  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1848  *  \throw If the name of a nonexistent group is present in \a grps.
1849  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1850  */
1851 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeGroupsArr(const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
1852 {
1853   return getGroupsArr(1,grps,renum);
1854 }
1855
1856 /*!
1857  * Returns ids of nodes contained in a given group.
1858  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
1859  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1860  *          returned instead of ids. 
1861  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1862  *          numbers, if available and required, of nodes of the group. The caller
1863  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1864  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
1865  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1866  */
1867 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamilyArr(const std::string& fam, bool renum) const
1868 {
1869   std::vector<std::string> tmp(1);
1870   tmp[0]=fam;
1871   DataArrayInt *ret=getNodeFamiliesArr(tmp,renum);
1872   ret->setName(fam);
1873   return ret;
1874 }
1875
1876 /*!
1877  * Returns ids of nodes contained in given families.
1878  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
1879  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of nodes, if available, are
1880  *          returned instead of ids. 
1881  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
1882  *          numbers, if available and required, of nodes of the families. The caller
1883  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
1884  *  \throw If the family field is missing for nodes.
1885  */
1886 DataArrayInt *MEDFileMesh::getNodeFamiliesArr(const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
1887 {
1888   return getFamiliesArr(1,fams,renum);
1889 }
1890
1891 /*!
1892  * Adds groups of given dimension and creates corresponding families and family fields
1893  * given ids of mesh entities of each group.
1894  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative mesh dimension of given mesh entities.
1895  *  \param [in] grps - a sequence of arrays of ids each describing a group.
1896  *  \param [in] renum - \c true means that \a grps contains not ids but optional numbers
1897  *          of mesh entities.
1898  *  \throw If names of some groups in \a grps are equal.
1899  *  \throw If \a grps includes a group with an empty name.
1900  *  \throw If \a grps includes invalid ids (or numbers if \a renum == \c true ).
1901  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
1902  */
1903 void MEDFileMesh::setGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<const DataArrayInt *>& grps, bool renum)
1904 {
1905   if(grps.empty())
1906     return ;
1907   std::set<std::string> grpsName;
1908   std::vector<std::string> grpsName2(grps.size());
1909   int i=0;
1910
1911   for(std::vector<const DataArrayInt *>::const_iterator it=grps.begin();it!=grps.end();it++,i++)
1912     {
1913       grpsName.insert((*it)->getName());
1914       grpsName2[i]=(*it)->getName();
1915     }
1916   if(grpsName.size()!=grps.size())
1917     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different each other !");
1918   if(grpsName.find(std::string(""))!=grpsName.end())
1919     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsAtLevel : groups name must be different empty string !");
1920   int sz=getSizeAtLevel(meshDimRelToMaxExt);
1921   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam;
1922   std::vector< std::vector<int> > fidsOfGroups;
1923   if(!renum)
1924     {
1925       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps,sz,fidsOfGroups);
1926     }
1927   else
1928     {
1929       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grps2(grps.size());
1930       for(unsigned int ii=0;ii<grps.size();ii++)
1931         {
1932           grps2[ii]=MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(getRevNumberFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt),grps[ii]);
1933           grps2[ii]->setName(grps[ii]->getName());
1934         }
1935       std::vector<const DataArrayInt *> grps3(grps2.begin(),grps2.end());
1936       fam=DataArrayInt::MakePartition(grps3,sz,fidsOfGroups);
1937     }
1938   int offset=1;
1939   if(!_families.empty())
1940     offset=getMaxAbsFamilyId()+1;
1941   TranslateFamilyIds(meshDimRelToMaxExt==1?offset:-offset,fam,fidsOfGroups);
1942   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=fam->getDifferentValues();
1943   appendFamilyEntries(ids,fidsOfGroups,grpsName2);
1944   setFamilyFieldArr(meshDimRelToMaxExt,fam);
1945 }
1946
1947 /*!
1948  * This method append into '_families' attribute the families whose ids are in 'famIds'. Warning 'famIds' are expected to be ids
1949  * not in '_families'. Groups information are given in parameters in order to give to families representative names.
1950  * For the moment, the two last input parameters are not taken into account.
1951  */
1952 void MEDFileMesh::appendFamilyEntries(const DataArrayInt *famIds, const std::vector< std::vector<int> >& fidsOfGrps, const std::vector<std::string>& grpNames)
1953 {
1954   std::map<int,std::string> famInv;
1955   for(const int *it=famIds->begin();it!=famIds->end();it++)
1956     {
1957       std::ostringstream oss;
1958       oss << "Family_" << (*it);
1959       _families[oss.str()]=(*it);
1960       famInv[*it]=oss.str();
1961     }
1962   int i=0;
1963   for(std::vector< std::vector<int> >::const_iterator it1=fidsOfGrps.begin();it1!=fidsOfGrps.end();it1++,i++)
1964     {
1965       for(std::vector<int>::const_iterator it2=(*it1).begin();it2!=(*it1).end();it2++)
1966         {
1967           _groups[grpNames[i]].push_back(famInv[*it2]);
1968         }
1969     }
1970 }
1971
1972 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileMesh::getAllGeoTypes() const
1973 {
1974   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
1975   std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret;
1976   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
1977     {
1978       std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> elts(getGeoTypesAtLevel(*it));
1979       ret.insert(ret.end(),elts.begin(),elts.end());
1980     }
1981   return ret;
1982 }
1983
1984 std::vector<int> MEDFileMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
1985 {
1986   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> mLev(getGenMeshAtLevel(meshDimRelToMax));
1987   return mLev->getDistributionOfTypes();
1988 }
1989
1990 void MEDFileMesh::TranslateFamilyIds(int offset, DataArrayInt *famArr, std::vector< std::vector<int> >& famIdsPerGrp)
1991 {
1992   famArr->applyLin(offset>0?1:-1,offset,0);
1993   for(std::vector< std::vector<int> >::iterator it1=famIdsPerGrp.begin();it1!=famIdsPerGrp.end();it1++)
1994     {
1995       if(offset<0)
1996         std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::negate<int>());
1997       std::transform((*it1).begin(),(*it1).end(),(*it1).begin(),std::bind2nd(std::plus<int>(),offset));
1998     }
1999 }
2000
2001 /*!
2002  * Warning no check is done on 'nameTry' in parameter. It should be non empty.
2003  * This method returns a name close to 'nameTry' so that it is not already into 'namesToAvoid'.
2004  * If this method fails to find such a name it will throw an exception.
2005  */
2006 std::string MEDFileMesh::CreateNameNotIn(const std::string& nameTry, const std::vector<std::string>& namesToAvoid)
2007 {
2008   //attempt #0
2009   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),nameTry)==namesToAvoid.end())
2010     return nameTry;
2011   //attempt #1
2012   std::size_t len=nameTry.length();
2013   for(std::size_t ii=1;ii<len;ii++)
2014     {
2015       std::string tmp=nameTry.substr(ii,len-ii);
2016       if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp)==namesToAvoid.end())
2017         return tmp;
2018     }
2019   //attempt #2
2020   if(len>=1)
2021     {
2022       for(std::size_t i=1;i<30;i++)
2023         {
2024           std::string tmp1(nameTry.at(0),i);
2025           tmp1+=nameTry;
2026           if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp1)==namesToAvoid.end())
2027             return tmp1;
2028         }
2029     }
2030   //attempt #3
2031   std::string tmp2;
2032   for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=namesToAvoid.begin();it2!=namesToAvoid.end();it2++)
2033     tmp2+=(*it2);
2034   if(std::find(namesToAvoid.begin(),namesToAvoid.end(),tmp2)==namesToAvoid.end())
2035     return tmp2;
2036   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::CreateNameNotIn : impossible to find a not already used name !");
2037 }
2038
2039 int MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset(std::vector<int>& code, int strt)
2040 {
2041   std::size_t nbOfChunks=code.size()/3;
2042   if(code.size()%3!=0)
2043     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::PutInThirdComponentOfCodeOffset : code has invalid size : should be of size 3*x !");
2044   int ret=strt;
2045   for(std::size_t i=0;i<nbOfChunks;i++)
2046     {
2047       code[3*i+2]=ret;
2048       ret+=code[3*i+1];
2049     }
2050   return ret;
2051 }
2052
2053 /*!
2054  * This method should be called by any set* method of subclasses to deal automatically with _name attribute.
2055  * If _name attribute is empty the name of 'm' if taken as _name attribute.
2056  * If _name is not empty and that 'm' has the same name nothing is done.
2057  * If _name is not emplt and that 'm' has \b NOT the same name an exception is thrown.
2058  */
2059 void MEDFileMesh::dealWithTinyInfo(const MEDCouplingMesh *m)
2060 {
2061   if(!m)
2062     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : input mesh in NULL !");
2063   if(_name.empty())
2064     _name=m->getName();
2065   else
2066     {
2067       std::string name(m->getName());
2068       if(!name.empty())
2069         {
2070           if(_name!=name)
2071             {
2072               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : name of current MEDfile mesh is '" << _name << "' whereas name of input mesh is : '";
2073               oss << name << "' ! Names must match !";
2074               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2075             }
2076         }
2077     }
2078   if(_desc_name.empty())
2079     _desc_name=m->getDescription();
2080   else
2081     {
2082       std::string name(m->getDescription());
2083       if(!name.empty())
2084         {
2085           if(_desc_name!=name)
2086             {
2087               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh::dealWithTinyInfo : description of current MEDfile mesh is '" << _desc_name << "' whereas name of input mesh is : '";
2088               oss << name << "' ! Names must match !";
2089               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2090             }
2091         }
2092     }
2093 }
2094
2095 void MEDFileMesh::getFamilyRepr(std::ostream& oss) const
2096 {
2097   oss << "(**************************)\n(* FAMILIES OF THE MESH : *)\n(**************************)\n";
2098   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
2099     {
2100       oss << "- Family with name \"" << (*it).first << "\" with number " << (*it).second << std::endl;
2101       oss << "  - Groups lying on this family : ";
2102       std::vector<std::string> grps=getGroupsOnFamily((*it).first);
2103       std::copy(grps.begin(),grps.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2104       oss << std::endl << std::endl;
2105     }
2106 }
2107
2108 /*!
2109  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2110  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
2111  * iteration.
2112  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2113  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
2114  *  \param [in] dt - the number of a time step.
2115  *  \param [in] it - the number of an iteration.
2116  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2117  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2118  *  \throw If the file is not readable.
2119  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
2120  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2121  */
2122 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2123 {
2124   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2125   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2126   return new MEDFileUMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
2127 }
2128
2129 /*!
2130  * Returns a new MEDFileUMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
2131  * file. The first mesh in the file is loaded.
2132  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
2133  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2134  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2135  *  \throw If the file is not readable.
2136  *  \throw If there is no meshes in the file.
2137  *  \throw If the mesh in the file is not an unstructured one.
2138  */
2139 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2140 {
2141   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
2142   if(ms.empty())
2143     {
2144       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
2145       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2146     }
2147   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2148   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
2149   int dt,it;
2150   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2151   std::string dummy2;
2152   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
2153   return new MEDFileUMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
2154 }
2155
2156 /*!
2157  * Returns an empty instance of MEDFileUMesh.
2158  *  \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this
2159  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
2160  */
2161 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::New()
2162 {
2163   return new MEDFileUMesh;
2164 }
2165
2166 /*!
2167  * This method loads from file with name \a fileName the mesh called \a mName as New does. The difference is that
2168  * here only a part of cells contained in the file will be loaded. The selection of cell is specified using the two consecutive parameters
2169  * \a types and \a slicPerTyp. This method allows to load from a mesh (typically huge) in a MED file a part of cells of that mesh.
2170  * The part of cells is specified using triplet (start,stop,step) for each geometric type. Only nodes lying on selected cells will be loaded to reduce
2171  * at most the memory consumtion.
2172  *
2173  * \param [in] fileName - the name of the file.
2174  * \param [in] mName - the name of the mesh to be read.
2175  * \param [in] types - the list of the geo types of which some part will be taken. A geometric type in \a types must appear only once at most.
2176  * \param [in] slicPerType - an array of size 3 times larger than \a types that specifies for each type in \a types (in the same order) resp the start, the stop and the step.
2177  * \param [in] dt - the iteration, that is to say the first element of the pair that locates the asked time step.
2178  * \param [in] it - the order, that is to say the second element of the pair that locates the asked time step.
2179  * \param [in] mrs - the request for what to be loaded.
2180  * \return MEDFileUMesh * - a new instance of MEDFileUMesh. The caller is to delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
2181  */
2182 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(const std::string& fileName, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2183 {
2184   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
2185   MEDFileUtilities::AutoFid fid(MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY));
2186   return MEDFileUMesh::LoadPartOf(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2187 }
2188
2189 /*!
2190  * Please refer to the other MEDFileUMesh::LoadPartOf method that has the same semantic and the same parameter (excepted the first).
2191  * This method is \b NOT wrapped into python.
2192  */
2193 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::LoadPartOf(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2194 {
2195   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
2196   ret->loadPartUMeshFromFile(fid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2197   return ret.retn();
2198 }
2199
2200 std::size_t MEDFileUMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
2201 {
2202   std::size_t ret(MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren());
2203   ret+=_ms.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>));
2204   return ret;
2205 }
2206
2207 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileUMesh::getDirectChildrenWithNull() const
2208 {
2209   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
2210   ret.push_back((const DataArrayDouble*)_coords);
2211   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_coords);
2212   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_coords);
2213   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_coords);
2214   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords);
2215   ret.push_back((const PartDefinition *)_part_coords);
2216   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2217     ret.push_back((const MEDFileUMeshSplitL1*) *it);
2218   return ret;
2219 }
2220
2221 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::shallowCpy() const
2222 {
2223   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2224   return ret.retn();
2225 }
2226
2227 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::createNewEmpty() const
2228 {
2229   return new MEDFileUMesh;
2230 }
2231
2232 MEDFileMesh *MEDFileUMesh::deepCpy() const
2233 {
2234   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret=new MEDFileUMesh(*this);
2235   if((const DataArrayDouble*)_coords)
2236     ret->_coords=_coords->deepCpy();
2237   if((const DataArrayInt*)_fam_coords)
2238     ret->_fam_coords=_fam_coords->deepCpy();
2239   if((const DataArrayInt*)_num_coords)
2240     ret->_num_coords=_num_coords->deepCpy();
2241   if((const DataArrayInt*)_rev_num_coords)
2242     ret->_rev_num_coords=_rev_num_coords->deepCpy();
2243   if((const DataArrayAsciiChar*)_name_coords)
2244     ret->_name_coords=_name_coords->deepCpy();
2245   std::size_t i=0;
2246   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
2247     {
2248       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2249         ret->_ms[i]=(*it)->deepCpy(ret->_coords);
2250     }
2251   if((const PartDefinition*)_part_coords)
2252     ret->_part_coords=_part_coords->deepCpy();
2253   return ret.retn();
2254 }
2255
2256 /*!
2257  * Checks if \a this and another mesh are equal.
2258  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
2259  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
2260  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
2261  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
2262  */
2263 bool MEDFileUMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
2264 {
2265   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
2266     return false;
2267   const MEDFileUMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileUMesh *>(other);
2268   if(!otherC)
2269     {
2270       what="Mesh types differ ! This is unstructured and other is NOT !";
2271       return false;
2272     }
2273   clearNonDiscrAttributes();
2274   otherC->clearNonDiscrAttributes();
2275   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2276   const DataArrayDouble *coo2=otherC->_coords;
2277   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
2278     {
2279       what="Mismatch of coordinates ! One is defined and not other !";
2280       return false;
2281     }
2282   if(coo1)
2283     {
2284       bool ret=coo1->isEqual(*coo2,eps);
2285       if(!ret)
2286         {
2287           what="Coords differ !";
2288           return false;
2289         }
2290     }
2291   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2292   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_coords;
2293   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
2294     {
2295       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
2296       return false;
2297     }
2298   if(famc1)
2299     {
2300       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
2301       if(!ret)
2302         {
2303           what="Families arr on node differ !";
2304           return false;
2305         }
2306     }
2307   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2308   const DataArrayInt *numc2=otherC->_num_coords;
2309   if((numc1==0 && numc2!=0) || (numc1!=0 && numc2==0))
2310     {
2311       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
2312       return false;
2313     }
2314   if(numc1)
2315     {
2316       bool ret=numc1->isEqual(*numc2);
2317       if(!ret)
2318         {
2319           what="Numbering arr on node differ !";
2320           return false;
2321         }
2322     }
2323   const DataArrayAsciiChar *namec1=_name_coords;
2324   const DataArrayAsciiChar *namec2=otherC->_name_coords;
2325   if((namec1==0 && namec2!=0) || (namec1!=0 && namec2==0))
2326     {
2327       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
2328       return false;
2329     }
2330   if(namec1)
2331     {
2332       bool ret=namec1->isEqual(*namec2);
2333       if(!ret)
2334         {
2335           what="Names arr on node differ !";
2336           return false;
2337         }
2338     }
2339   if(_ms.size()!=otherC->_ms.size())
2340     {
2341       what="Number of levels differs !";
2342       return false;
2343     }
2344   std::size_t sz=_ms.size();
2345   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
2346     {
2347       const MEDFileUMeshSplitL1 *s1=_ms[i];
2348       const MEDFileUMeshSplitL1 *s2=otherC->_ms[i];
2349       if((s1==0 && s2!=0) || (s1!=0 && s2==0))
2350         {
2351           what="Mismatch of presence of sub levels !";
2352           return false;
2353         }
2354       if(s1)
2355         {
2356           bool ret=s1->isEqual(s2,eps,what);
2357           if(!ret)
2358             return false;
2359         }
2360     }
2361   const PartDefinition *pd0(_part_coords),*pd1(otherC->_part_coords);
2362   if(!pd0 && !pd1)
2363     return true;
2364   if((!pd0 && pd1) || (pd0 && !pd1))
2365     {
2366       what=std::string("node part def is defined only for one among this or other !");
2367       return false;
2368     }
2369   return pd0->isEqual(pd1,what);
2370 }
2371
2372 /*!
2373  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
2374  */
2375 void MEDFileUMesh::clearNonDiscrAttributes() const
2376 {
2377   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
2378   const DataArrayDouble *coo1=_coords;
2379   if(coo1)
2380     (const_cast<DataArrayDouble *>(coo1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2381   const DataArrayInt *famc1=_fam_coords;
2382   if(famc1)
2383     (const_cast<DataArrayInt *>(famc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2384   const DataArrayInt *numc1=_num_coords;
2385   if(numc1)
2386     (const_cast<DataArrayInt *>(numc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2387   const DataArrayAsciiChar *namc1=_name_coords;
2388   if(namc1)
2389     (const_cast<DataArrayAsciiChar *>(namc1))->setName("");//This parameter is not discriminant for comparison
2390   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2391     {
2392       const MEDFileUMeshSplitL1 *tmp=(*it);
2393       if(tmp)
2394         tmp->clearNonDiscrAttributes();
2395     }
2396 }
2397
2398 void MEDFileUMesh::setName(const std::string& name)
2399 {
2400   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2401     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2402       (*it)->setName(name);
2403   MEDFileMesh::setName(name);
2404 }
2405
2406 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh()
2407 {
2408 }
2409
2410 MEDFileUMesh::MEDFileUMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2411 try
2412 {
2413     loadUMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
2414     loadJointsFromFile(fid);
2415   }
2416 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
2417 {
2418     throw e;
2419 }
2420
2421 /*!
2422  * This method loads only a part of specified cells (given by range of cell ID per geometric type)
2423  * See MEDFileUMesh::LoadPartOf for detailed description.
2424  *
2425  * \sa loadUMeshFromFile
2426  */
2427 void MEDFileUMesh::loadPartUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, const std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& types, const std::vector<int>& slicPerTyp, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2428 {
2429   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2430   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2431   int dummy0,dummy1;
2432   std::string dummy2;
2433   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2434   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2435     {
2436       std::ostringstream oss; oss << "loadPartUMeshFromFile : Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2437       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2438     }
2439   loaderl2.loadPart(fid,mid,mName,types,slicPerTyp,dt,it,mrs);
2440   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2441 }
2442
2443 /*!
2444  * \brief Write joints in a file
2445  */
2446 void MEDFileMesh::writeJoints(med_idt fid) const
2447 {
2448   if ( (const MEDFileJoints*) _joints )
2449     _joints->write(fid);
2450 }
2451
2452 /*!
2453  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2454  */
2455 //================================================================================
2456 /*!
2457  * \brief Load joints in a file or use provided ones
2458  *  \param [in] fid - MED file descriptor
2459  *  \param [in] toUseInstedOfReading - optional joints to use instead of reading,
2460  *          Usually this joints are those just read by another iteration
2461  *          of namesake mesh, when this method is called by MEDFileMeshMultiTS::New()
2462  */
2463 //================================================================================
2464
2465 void MEDFileMesh::loadJointsFromFile(med_idt fid, MEDFileJoints* toUseInstedOfReading)
2466 {
2467   if ( toUseInstedOfReading )
2468     setJoints( toUseInstedOfReading );
2469   else
2470     _joints = MEDFileJoints::New( fid, _name );
2471 }
2472
2473 /*!
2474  * \brief Return number of joints, which is equal to number of adjacent mesh domains
2475  */
2476 int MEDFileMesh::getNumberOfJoints()
2477 {
2478   return ( (MEDFileJoints*) _joints ) ? _joints->getNumberOfJoints() : 0;
2479 }
2480
2481 /*!
2482  * \brief Return joints with all adjacent mesh domains
2483  */
2484 MEDFileJoints * MEDFileMesh::getJoints() const
2485 {
2486   return const_cast<MEDFileJoints*>(& (*_joints));
2487 }
2488
2489 void MEDFileMesh::setJoints( MEDFileJoints* joints )
2490 {
2491   if ( joints != _joints )
2492     {
2493       _joints = joints;
2494       if ( joints )
2495         joints->incrRef();
2496     }
2497 }
2498
2499 /*!
2500  * This method loads \b all \b the \b mesh \a mName in the file with \a fid descriptor.
2501  *
2502  * \sa loadPartUMeshFromFile
2503  */
2504 void MEDFileUMesh::loadUMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2505 {
2506   MEDFileUMeshL2 loaderl2;
2507   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
2508   int dummy0,dummy1;
2509   std::string dummy2;
2510   int mid(MEDFileUMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dummy2));
2511   if(meshType!=UNSTRUCTURED)
2512     {
2513       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as unstructured an existing mesh with name '" << mName << "' !";
2514       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
2515     }
2516   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it,mrs);
2517   dispatchLoadedPart(fid,loaderl2,mName,mrs);
2518 }
2519
2520 void MEDFileUMesh::dispatchLoadedPart(med_idt fid, const MEDFileUMeshL2& loaderl2, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
2521 {
2522   int lev=loaderl2.getNumberOfLevels();
2523   _ms.resize(lev);
2524   for(int i=0;i<lev;i++)
2525     {
2526       if(!loaderl2.emptyLev(i))
2527         _ms[i]=new MEDFileUMeshSplitL1(loaderl2,mName,i);
2528       else
2529         _ms[i]=0;
2530     }
2531   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
2532   //
2533   setName(loaderl2.getName());
2534   setDescription(loaderl2.getDescription());
2535   setUnivName(loaderl2.getUnivName());
2536   setIteration(loaderl2.getIteration());
2537   setOrder(loaderl2.getOrder());
2538   setTimeValue(loaderl2.getTime());
2539   setTimeUnit(loaderl2.getTimeUnit());
2540   _coords=loaderl2.getCoords();
2541   if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
2542     _fam_coords=loaderl2.getCoordsFamily();
2543   if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
2544     _num_coords=loaderl2.getCoordsNum();
2545   if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
2546     _name_coords=loaderl2.getCoordsName();
2547   _part_coords=loaderl2.getPartDefOfCoo();
2548   computeRevNum();
2549 }
2550
2551 MEDFileUMesh::~MEDFileUMesh()
2552 {
2553 }
2554
2555 void MEDFileUMesh::writeLL(med_idt fid) const
2556 {
2557   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2558   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
2559   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
2560   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
2561   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
2562   int spaceDim=coo?coo->getNumberOfComponents():0;
2563   int mdim(0);
2564   if(!_ms.empty())
2565     mdim=getMeshDimension();
2566   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2567   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
2568   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
2569     {
2570       std::string info=coo->getInfoOnComponent(i);
2571       std::string c,u;
2572       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
2573       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2574       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
2575     }
2576   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,mdim,MED_UNSTRUCTURED_MESH,desc,"",MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
2577   if(_univ_wr_status)
2578     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
2579   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
2580   MEDFileUMeshL2::WriteCoords(fid,meshName,_iteration,_order,_time,_coords,_fam_coords,_num_coords,_name_coords);
2581   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2582     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2583       (*it)->write(fid,meshName,mdim);
2584   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,meshName,_families,_groups,_too_long_str);
2585
2586   writeJoints(fid);
2587 }
2588
2589 /*!
2590  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
2591  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2592  */
2593 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevels() const
2594 {
2595   std::vector<int> ret;
2596   int lev=0;
2597   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2598     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2599       if(!(*it)->empty())
2600         ret.push_back(lev);
2601   return ret;
2602 }
2603
2604 /*!
2605  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
2606  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2607  */
2608 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
2609 {
2610   std::vector<int> ret0=getNonEmptyLevels();
2611   if((const DataArrayDouble *) _coords)
2612     {
2613       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2614       ret[0]=1;
2615       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2616       return ret;
2617     }
2618   return ret0;
2619 }
2620
2621 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
2622 {
2623   std::vector<int> ret;
2624   const DataArrayInt *famCoo(_fam_coords);
2625   if(famCoo)
2626     ret.push_back(1);
2627   int lev=0;
2628   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2629     {
2630       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2631       if(cur)
2632         if(cur->getFamilyField())
2633           ret.push_back(lev);
2634     }
2635   return ret;
2636 }
2637
2638 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
2639 {
2640   std::vector<int> ret;
2641   const DataArrayInt *numCoo(_num_coords);
2642   if(numCoo)
2643     ret.push_back(1);
2644   int lev=0;
2645   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2646     {
2647       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2648       if(cur)
2649         if(cur->getNumberField())
2650           ret.push_back(lev);
2651     }
2652   return ret;
2653 }
2654
2655 std::vector<int> MEDFileUMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
2656 {
2657   std::vector<int> ret;
2658   const DataArrayAsciiChar *nameCoo(_name_coords);
2659   if(nameCoo)
2660     ret.push_back(1);
2661   int lev=0;
2662   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev--)
2663     {
2664       const MEDFileUMeshSplitL1 *cur(*it);
2665       if(cur)
2666         if(cur->getNameField())
2667           ret.push_back(lev);
2668     }
2669   return ret;
2670 }
2671
2672 /*!
2673  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given group is defined.
2674  * To include nodes, call getGrpNonEmptyLevelsExt() method.
2675  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2676  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2677  */
2678 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevels(const std::string& grp) const
2679 {
2680   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2681   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2682 }
2683
2684 /*!
2685  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given group is defined.
2686  *  \param [in] grp - the name of the group of interest.
2687  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2688  */
2689 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpNonEmptyLevelsExt(const std::string& grp) const
2690 {
2691   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroup(grp);
2692   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2693 }
2694
2695 /*!
2696  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where a given family is defined.
2697  * To include nodes, call getFamNonEmptyLevelsExt() method.
2698  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2699  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2700  */
2701 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevels(const std::string& fam) const
2702 {
2703   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2704   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2705 }
2706
2707 /*!
2708  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where a given family is defined.
2709  *  \param [in] fam - the name of the family of interest.
2710  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2711  */
2712 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamNonEmptyLevelsExt(const std::string& fam) const
2713 {
2714   std::vector<std::string> fams(1,std::string(fam));
2715   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2716 }
2717
2718 /*!
2719  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given groups are defined.
2720  * To include nodes, call getGrpsNonEmptyLevelsExt() method.
2721  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2722  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2723  */
2724 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& grps) const
2725 {
2726   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2727   return getFamsNonEmptyLevels(fams);
2728 }
2729
2730 /*!
2731  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given groups are defined.
2732  *  \param [in] grps - a sequence of names of the groups of interest.
2733  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2734  */
2735 std::vector<int> MEDFileUMesh::getGrpsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& grps) const
2736 {
2737   std::vector<std::string> fams=getFamiliesOnGroups(grps);
2738   return getFamsNonEmptyLevelsExt(fams);
2739 }
2740
2741 /*!
2742  * Returns all relative mesh levels (**excluding nodes**) where given families are defined.
2743  * To include nodes, call getFamsNonEmptyLevelsExt() method.
2744  *  \param [in] fams - the name of the family of interest.
2745  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2746  */
2747 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevels(const std::vector<std::string>& fams) const
2748 {
2749   std::vector<int> ret;
2750   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
2751   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2752   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
2753     if(_ms[-(*it)]->presenceOfOneFams(famIds))
2754       ret.push_back(*it);
2755   return ret;
2756 }
2757
2758 /*!
2759  * Returns all relative mesh levels (including nodes) where given families are defined.
2760  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
2761  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions.
2762  */
2763 std::vector<int> MEDFileUMesh::getFamsNonEmptyLevelsExt(const std::vector<std::string>& fams) const
2764 {
2765   std::vector<int> ret0=getFamsNonEmptyLevels(fams);
2766   const DataArrayInt *famCoords=_fam_coords;
2767   if(!famCoords)
2768     return ret0;
2769   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
2770   if(famCoords->presenceOfValue(famIds))
2771     {
2772       std::vector<int> ret(ret0.size()+1);
2773       ret[0]=1;
2774       std::copy(ret0.begin(),ret0.end(),ret.begin()+1);
2775       return ret;
2776     }
2777   else
2778     return ret0;
2779 }
2780
2781 /*!
2782  * Returns names of groups that partly or fully appear on the level \a meshDimRelToMaxExt.
2783  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of interest.
2784  *  \return std::vector<std::string> - a sequence of group names at \a meshDimRelToMaxExt
2785  *          level. 
2786  */
2787 std::vector<std::string> MEDFileUMesh::getGroupsOnSpecifiedLev(int meshDimRelToMaxExt) const
2788 {
2789   std::vector<std::string> ret;
2790   std::vector<std::string> allGrps=getGroupsNames();
2791   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=allGrps.begin();it!=allGrps.end();it++)
2792     {
2793       std::vector<int> levs=getGrpNonEmptyLevelsExt((*it));
2794       if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)!=levs.end())
2795         ret.push_back(*it);
2796     }
2797   return ret;
2798 }
2799
2800 int MEDFileUMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
2801 {
2802   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2803   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2804     {
2805       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2806       ret=std::max(ret,std::abs(val));
2807     }
2808   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2809     {
2810       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2811         {
2812           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2813           if(da)
2814             {
2815               int val=da->getMaxValue(tmp);
2816               ret=std::max(ret,std::abs(val));
2817             }
2818         }
2819     }
2820   return ret;
2821 }
2822
2823 int MEDFileUMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
2824 {
2825   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2826   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2827     {
2828       int val=_fam_coords->getMaxValue(tmp);
2829       ret=std::max(ret,val);
2830     }
2831   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2832     {
2833       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2834         {
2835           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2836           if(da)
2837             {
2838               int val=da->getMaxValue(tmp);
2839               ret=std::max(ret,val);
2840             }
2841         }
2842     }
2843   return ret;
2844 }
2845
2846 int MEDFileUMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
2847 {
2848   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
2849   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
2850     {
2851       int val=_fam_coords->getMinValue(tmp);
2852       ret=std::min(ret,val);
2853     }
2854   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
2855     {
2856       if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
2857         {
2858           const DataArrayInt *da=(*it)->getFamilyField();
2859           if(da)
2860             {
2861               int val=da->getMinValue(tmp);
2862               ret=std::min(ret,val);
2863             }
2864         }
2865     }
2866   return ret;
2867 }
2868
2869 /*!
2870  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
2871  *  \return int - the mesh dimension.
2872  *  \throw If there are no cells in this mesh.
2873  */
2874 int MEDFileUMesh::getMeshDimension() const
2875 {
2876   int lev=0;
2877   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,lev++)
2878     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it)!=0)
2879       return (*it)->getMeshDimension()+lev;
2880   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getMeshDimension : impossible to find a mesh dimension !");
2881 }
2882
2883 /*!
2884  * Returns the space dimension of \a this mesh that is equal to number of components in
2885  * the node coordinates array.
2886  *  \return int - the space dimension of \a this mesh.
2887  *  \throw If the node coordinates array is not available.
2888  */
2889 int MEDFileUMesh::getSpaceDimension() const
2890 {
2891   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2892   if(!coo)
2893     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getSpaceDimension : no coords set !");
2894   return coo->getNumberOfComponents();
2895 }
2896
2897 /*!
2898  * Returns a string describing \a this mesh.
2899  *  \return std::string - the mesh information string.
2900  */
2901 std::string MEDFileUMesh::simpleRepr() const
2902 {
2903   std::ostringstream oss;
2904   oss << MEDFileMesh::simpleRepr();
2905   const DataArrayDouble *coo=_coords;
2906   oss << "- The dimension of the space is ";
2907   static const char MSG1[]= "*** NO COORDS SET ***";
2908   static const char MSG2[]= "*** NO CONNECTIVITY SET FOR THIS LEVEL***";
2909   if(coo)
2910     oss << _coords->getNumberOfComponents() << std::endl;
2911   else
2912     oss << MSG1 << std::endl;
2913   oss << "- Type of the mesh : UNSTRUCTURED\n";
2914   oss << "- Number of nodes : ";
2915   if(coo)
2916     oss << _coords->getNumberOfTuples() << std::endl;
2917   else
2918     oss << MSG1 << std::endl;
2919   std::size_t nbOfLev=_ms.size();
2920   oss << "- Number of levels allocated : " << nbOfLev << std::endl;
2921   for(std::size_t i=0;i<nbOfLev;i++)
2922     {
2923       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev=_ms[i];
2924       oss << "  - Level #" << -((int) i) << " has dimension : ";
2925       if(lev)
2926         {
2927           oss << lev->getMeshDimension() << std::endl;
2928           lev->simpleRepr(oss);
2929         }
2930       else
2931         oss << MSG2 << std::endl;
2932     }
2933   oss << "- Number of families : " << _families.size() << std::endl << std::endl;
2934   if(coo)
2935     {
2936       oss << "(***********************)\n(* NODES OF THE MESH : *)\n(***********************)\n";
2937       oss << "- Names of coordinates :" << std::endl;
2938       std::vector<std::string> vars=coo->getVarsOnComponent();
2939       std::copy(vars.begin(),vars.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2940       oss << std::endl << "- Units of coordinates : " << std::endl;
2941       std::vector<std::string> units=coo->getUnitsOnComponent();
2942       std::copy(units.begin(),units.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
2943     }
2944   oss << std::endl << std::endl;
2945   getFamilyRepr(oss);
2946   return oss.str();
2947 }
2948
2949 /*!
2950  * Returns a full textual description of \a this mesh.
2951  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
2952  */
2953 std::string MEDFileUMesh::advancedRepr() const
2954 {
2955   return simpleRepr();
2956 }
2957
2958 /*!
2959  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
2960  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
2961  *  \return int - the number of entities.
2962  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
2963  */
2964 int MEDFileUMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2965 {
2966   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2967     {
2968       if(!((const DataArrayDouble *)_coords))
2969         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getSizeAtLevel : no coordinates specified !");
2970       return _coords->getNumberOfTuples();
2971     }
2972   return getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt)->getSize();
2973 }
2974
2975 /*!
2976  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
2977  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
2978  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
2979  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
2980  */
2981 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
2982 {
2983   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2984     return _fam_coords;
2985   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2986   return l1->getFamilyField();
2987 }
2988
2989 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
2990 {
2991   if(meshDimRelToMaxExt==1)
2992     return _fam_coords;
2993   MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
2994   return l1->getFamilyField();
2995 }
2996
2997 /*!
2998  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
2999  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3000  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
3001  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3002  */
3003 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3004 {
3005   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3006     return _num_coords;
3007   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3008   return l1->getNumberField();
3009 }
3010
3011 const DataArrayAsciiChar *MEDFileUMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3012 {
3013   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3014     return _name_coords;
3015   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3016   return l1->getNameField();
3017 }
3018
3019 /*!
3020  * This method returns for a specified relative level \a meshDimRelToMaxExt the part effectively read (if the instance is the result of the read of a file).
3021  *
3022  * \param [in] meshDimRelToMaxExt - the extended relative level for which the part definition is requested.
3023  * \param [in] gt - The input geometric type for which the part definition is requested.
3024  * \return the part definition owned by \a this. So no need to deallocate the returned instance.
3025  */
3026 const PartDefinition *MEDFileUMesh::getPartDefAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3027 {
3028   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3029     return _part_coords;
3030   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3031   return l1->getPartDef(gt);
3032 }
3033
3034 int MEDFileUMesh::getNumberOfNodes() const
3035 {
3036   const DataArrayDouble *coo(_coords);
3037   if(!coo)
3038     throw INTERP_KERNEL::Exception(" MEDFileUMesh::getNumberOfNodes : no coords set !");
3039   return coo->getNumberOfTuples();
3040 }
3041
3042 int MEDFileUMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3043 {
3044   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
3045   return l1->getNumberOfCells();
3046 }
3047
3048 bool MEDFileUMesh::hasImplicitPart() const
3049 {
3050   return false;
3051 }
3052
3053 int MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3054 {
3055   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildImplicitPartIfAny : unstructured meshes do not have implicit part !");
3056 }
3057
3058 void MEDFileUMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
3059 {
3060 }
3061
3062 void MEDFileUMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
3063 {
3064   std::size_t sz(st.getNumberOfItems());
3065   for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
3066     {
3067       INTERP_KERNEL::NormalizedCellType curGt(st[i].getGeo());
3068       const MEDCoupling1GTUMesh *m(getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(curGt));
3069       if(st[i].getPflName().empty())
3070         m->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3071       else
3072         {
3073           const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[i].getPflName()));
3074           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCoupling1GTUMesh> m2(dynamic_cast<MEDCoupling1GTUMesh *>(m->buildPartOfMySelf(arr->begin(),arr->end(),true)));
3075           m2->computeNodeIdsAlg(nodesFetched);
3076         }
3077     }
3078 }
3079
3080 /*!
3081  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
3082  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3083  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
3084  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
3085  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
3086  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3087  */
3088 const DataArrayInt *MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
3089 {
3090   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3091     {
3092       if(!((const DataArrayInt *)_num_coords))
3093         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no coordinates renum specified !");
3094       return _rev_num_coords;
3095     }
3096   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3097   return l1->getRevNumberField();
3098 }
3099
3100 /*!
3101  * Returns a pointer to the node coordinates array of \a this mesh \b without
3102  * incrementing its reference counter, thus there is no need to decrRef() it by the caller.
3103  */
3104 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::getCoords() const
3105 {
3106   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> tmp(_coords);
3107   if((DataArrayDouble *)tmp)
3108     {
3109       return tmp;
3110     }
3111   return 0;
3112 }
3113
3114 /*!
3115  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3116  * group of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3117  * new mesh.
3118  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3119  *  \param [in] grp - the name of the group whose mesh entities are included in the
3120  *          new mesh.
3121  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3122  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3123  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3124  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3125  *  \throw If the name of a nonexistent group is specified.
3126  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3127  */
3128 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroup(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& grp, bool renum) const
3129 {
3130   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3131   std::vector<std::string> tmp(1);
3132   tmp[0]=grp;
3133   return getGroups(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3134 }
3135
3136 /*!
3137  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3138  * groups of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3139  * new mesh.
3140  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3141  *  \param [in] grps - a sequence of group names whose mesh entities are included in the
3142  *          new mesh.
3143  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3144  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3145  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3146  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3147  *  \throw If a name of a nonexistent group is present in \a grps.
3148  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3149  */
3150 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getGroups(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& grps, bool renum) const
3151 {
3152   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3153   std::vector<std::string> fams2=getFamiliesOnGroups(grps);
3154   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet=getFamilies(meshDimRelToMaxExt,fams2,renum);
3155   if(grps.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3156     zeRet->setName(grps[0]);
3157   return zeRet.retn();
3158 }
3159
3160 /*!
3161  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in a given
3162  * family of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3163  * new mesh.
3164  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3165  *  \param [in] fam - the name of the family whose mesh entities are included in the
3166  *          new mesh.
3167  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3168  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3169  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3170  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3171  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a grps.
3172  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3173  */
3174 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamily(int meshDimRelToMaxExt, const std::string& fam, bool renum) const
3175 {
3176   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3177   std::vector<std::string> tmp(1);
3178   tmp[0]=fam;
3179   return getFamilies(meshDimRelToMaxExt,tmp,renum);
3180 }
3181
3182 /*!
3183  * Returns a new MEDCouplingUMesh corresponding to mesh entities included in given
3184  * families of \a this mesh. Only mesh entities of a given dimension are included in the
3185  * new mesh.
3186  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities of interest.
3187  *  \param [in] fams - a sequence of family names whose mesh entities are included in the
3188  *          new mesh.
3189  *  \param [in] renum - if \c true, cells and nodes of the result mesh are permuted
3190  *          according to the optional numbers of entities, if available.
3191  *  \return MEDCouplingUMesh * - a new instance of MEDCouplingUMesh. The caller is to
3192  *          delete this mesh using decrRef() as it is no more needed.
3193  *  \throw If a name of a nonexistent family is present in \a fams.
3194  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3195  */
3196 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getFamilies(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3197 {
3198   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3199   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3200     {
3201       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> arr=getFamiliesArr(1,fams,renum);
3202       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> ret=MEDCouplingUMesh::New();
3203       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> c=_coords->selectByTupleId(arr->getConstPointer(),arr->getConstPointer()+arr->getNbOfElems());
3204       ret->setCoords(c);
3205       return ret.retn();
3206     }
3207   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3208   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3209   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> zeRet;
3210   if(!famIds.empty())
3211     zeRet=l1->getFamilyPart(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3212   else
3213     zeRet=l1->getFamilyPart(0,0,renum);
3214   if(fams.size()==1 && ((MEDCouplingUMesh *)zeRet))
3215     zeRet->setName(fams[0]);
3216   return zeRet.retn();
3217 }
3218
3219 /*!
3220  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
3221  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
3222  *          are required.
3223  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
3224  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
3225  *          returned instead of ids.
3226  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
3227  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
3228  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
3229  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
3230  */
3231 DataArrayInt *MEDFileUMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
3232 {
3233   std::vector<int> famIds=getFamiliesIds(fams);
3234   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3235     {
3236       if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3237         {
3238           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
3239           if(!famIds.empty())
3240             da=_fam_coords->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
3241           else
3242             da=_fam_coords->getIdsEqualList(0,0);
3243           if(renum)
3244             return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_coords,da);
3245           else
3246             return da.retn();
3247         }
3248       else
3249         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
3250     }
3251   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3252   if(!famIds.empty())
3253     return l1->getFamilyPartArr(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size(),renum);
3254   else
3255     return l1->getFamilyPartArr(0,0,renum);
3256 }
3257
3258 /*!
3259  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3260  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3261  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3262  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3263  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3264  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3265  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3266  *          optional numbers of mesh entities.
3267  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3268  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3269  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3270  * \sa getGenMeshAtLevel()
3271  */
3272 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getMeshAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, bool renum) const
3273 {
3274   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
3275   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3276     {
3277       if(!renum)
3278         {
3279           MEDCouplingUMesh *umesh=MEDCouplingUMesh::New();
3280           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> cc=_coords->deepCpy();
3281           umesh->setCoords(cc);
3282           MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(umesh);
3283           umesh->setName(getName());
3284           return umesh;
3285         }
3286     }
3287   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3288   return l1->getWholeMesh(renum);
3289 }
3290
3291 /*!
3292  * Returns a MEDCouplingUMesh of a given relative dimension.
3293  * \warning If \a meshDimRelToMaxExt == 1 (which means nodes), the returned mesh **is not
3294  * valid**. This is a feature, because MEDLoader does not create cells that do not exist! 
3295  * To build a valid MEDCouplingUMesh from the returned one in this case,
3296  * call MEDCouplingUMesh::Build0DMeshFromCoords().
3297  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
3298  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3299  *          optional numbers of mesh entities.
3300  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3301  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3302  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMax dimension in \a this mesh.
3303  * \sa getMeshAtLevel()
3304  */
3305 MEDCouplingMesh *MEDFileUMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
3306 {
3307   return getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
3308 }
3309
3310 std::vector<int> MEDFileUMesh::getDistributionOfTypes(int meshDimRelToMax) const
3311 {
3312   const MEDFileUMeshSplitL1 *l1(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3313   return l1->getDistributionOfTypes();
3314 }
3315
3316 /*!
3317  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == 0.
3318  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3319  *          optional numbers of mesh entities.
3320  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3321  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3322  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == 0 in \a this mesh.
3323  */
3324 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevel0Mesh(bool renum) const
3325 {
3326   return getMeshAtLevel(0,renum);
3327 }
3328
3329 /*!
3330  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -1.
3331  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3332  *          optional numbers of mesh entities.
3333  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3334  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3335  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -1 in \a this mesh.
3336  */
3337 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM1Mesh(bool renum) const
3338 {
3339   return getMeshAtLevel(-1,renum);
3340 }
3341
3342 /*!
3343  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -2.
3344  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3345  *          optional numbers of mesh entities.
3346  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3347  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3348  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -2 in \a this mesh.
3349  */
3350 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM2Mesh(bool renum) const
3351 {
3352   return getMeshAtLevel(-2,renum);
3353 }
3354
3355 /*!
3356  * Returns a MEDCouplingUMesh of a relative dimension == -3.
3357  *  \param [in] renum - if \c true, the returned mesh is permuted according to the
3358  *          optional numbers of mesh entities.
3359  *  \return MEDCouplingUMesh * - a pointer to MEDCouplingUMesh that the caller is to
3360  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
3361  *  \throw If there are no mesh entities of the relative dimension == -3 in \a this mesh.
3362  */
3363 MEDCouplingUMesh *MEDFileUMesh::getLevelM3Mesh(bool renum) const
3364 {
3365   return getMeshAtLevel(-3,renum);
3366 }
3367
3368 /*!
3369  * This method is for advanced users. There is two storing strategy of mesh in \a this.
3370  * Either MEDCouplingUMesh, or vector of MEDCoupling1GTUMesh instances.
3371  * When assignement is done the first one is done, which is not optimal in write mode for MED file.
3372  * This method allows to switch from MEDCouplingUMesh mode to MEDCoupling1GTUMesh mode.
3373  */
3374 void MEDFileUMesh::forceComputationOfParts() const
3375 {
3376   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3377     {
3378       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
3379       if(elt)
3380         elt->forceComputationOfParts();
3381     }
3382 }
3383
3384 /*!
3385  * This method returns a vector of mesh parts containing each exactly one geometric type.
3386  * This method will never launch an automatic computation of split by type (an INTERP_KERNEL::Exception will be then thrown).
3387  * This method is only for memory aware users.
3388  * The returned pointers are **NOT** new object pointer. No need to mange them.
3389  */
3390 std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes(int meshDimRelToMax) const
3391 {
3392   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3393   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes();
3394 }
3395
3396 /*!
3397  * This method returns the part of \a this having the geometric type \a gt.
3398  * If such part is not existing an exception will be thrown.
3399  * The returned pointer is **NOT** new object pointer. No need to mange it.
3400  */
3401 MEDCoupling1GTUMesh *MEDFileUMesh::getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3402 {
3403   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3404   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3405   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3406   return sp->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMesh(gt);
3407 }
3408
3409 /*!
3410  * Given a relative level \a meshDimRelToMax it returns the sorted vector of geometric types present in \a this.
3411  * \throw if the reqsuested \a meshDimRelToMax does not exist.
3412  */
3413 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileUMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
3414 {
3415   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMax));
3416   return sp->getGeoTypes();
3417 }
3418
3419 /*!
3420  * This method extracts from whole family field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3421  * \param [in] gt - the geometric type for which the family field is asked.
3422  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3423  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3424  * \sa MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType
3425  */
3426 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3427 {
3428   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3429   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3430   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3431   return sp->extractFamilyFieldOnGeoType(gt);
3432 }
3433
3434 /*!
3435  * This method extracts from whole number field ids the part relative to the input parameter \a gt.
3436  * \param [in] gt - the geometric type for which the number field is asked.
3437  * \return DataArrayInt * - a pointer to DataArrayInt that the caller is to
3438  *          delete using decrRef() as it is no more needed.
3439  * \sa MEDFileUMesh::extractFamilyFieldOnGeoType
3440  */
3441 DataArrayInt *MEDFileUMesh::extractNumberFieldOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3442 {
3443   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3444   int lev=(int)cm.getDimension()-getMeshDimension();
3445   const MEDFileUMeshSplitL1 *sp(getMeshAtLevSafe(lev));
3446   return sp->extractNumberFieldOnGeoType(gt);
3447 }
3448
3449 /*!
3450  * This method returns for specified geometric type \a gt the relative level to \a this.
3451  * If the relative level is empty an exception will be thrown.
3452  */
3453 int MEDFileUMesh::getRelativeLevOnGeoType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
3454 {
3455   const INTERP_KERNEL::CellModel& cm=INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(gt);
3456   int ret((int)cm.getDimension()-getMeshDimension());
3457   getMeshAtLevSafe(ret);//To test that returned value corresponds to a valid level.
3458   return ret;
3459 }
3460
3461 const MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt) const
3462 {
3463   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3464     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3465   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3466     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3467   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3468   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3469     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3470   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3471     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3472   return _ms[tracucedRk];
3473 }
3474
3475 MEDFileUMeshSplitL1 *MEDFileUMesh::getMeshAtLevSafe(int meshDimRelToMaxExt)
3476 {
3477   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3478     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid : asking for node level (1) !");
3479   if(meshDimRelToMaxExt>1)
3480     throw INTERP_KERNEL::Exception("Dimension request is invalid (>1) !");
3481   int tracucedRk=-meshDimRelToMaxExt;
3482   if(tracucedRk>=(int)_ms.size())
3483     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
3484   if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[tracucedRk]==0)
3485     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
3486   return _ms[tracucedRk];
3487 }
3488
3489 void MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency(int meshDim, int meshDimRelToMax) const
3490 {
3491   if(-meshDimRelToMax>=(int)_ms.size())
3492     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : The meshdim of mesh is not managed by 'this' !");
3493   int i=0;
3494   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++,i++)
3495     {
3496       if(((const MEDFileUMeshSplitL1*) (*it))!=0)
3497         {
3498           int ref=(*it)->getMeshDimension();
3499           if(ref+i!=meshDim-meshDimRelToMax)
3500             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMeshDimCoherency : no coherency between levels !");
3501         }
3502     }
3503 }
3504
3505 /*!
3506  * Sets the node coordinates array of \a this mesh.
3507  *  \param [in] coords - the new node coordinates array.
3508  *  \throw If \a coords == \c NULL.
3509  */
3510 void MEDFileUMesh::setCoords(DataArrayDouble *coords)
3511 {
3512   if(!coords)
3513     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setCoords : null pointer in input !");
3514   coords->checkAllocated();
3515   int nbOfTuples=coords->getNumberOfTuples();
3516   _coords=coords;
3517   coords->incrRef();
3518   _fam_coords=DataArrayInt::New();
3519   _fam_coords->alloc(nbOfTuples,1);
3520   _fam_coords->fillWithZero();
3521   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3522     if((MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
3523       (*it)->setCoords(coords);
3524 }
3525
3526 /*!
3527  * Removes all groups of a given dimension in \a this mesh.
3528  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
3529  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
3530  */
3531 void MEDFileUMesh::eraseGroupsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
3532 {
3533   if(meshDimRelToMaxExt==1)
3534     {
3535       if((DataArrayInt *)_fam_coords)
3536         _fam_coords->fillWithZero();
3537       return ;
3538     }
3539   MEDFileUMeshSplitL1 *l1=getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt);
3540   l1->eraseFamilyField();
3541   optimizeFamilies();
3542 }
3543
3544 /*!
3545  * Removes all families with ids not present in the family fields of \a this mesh.
3546  */
3547 void MEDFileUMesh::optimizeFamilies()
3548 {
3549   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevelsExt();
3550   std::set<int> allFamsIds;
3551   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
3552     {
3553       const DataArrayInt *ffield=getFamilyFieldAtLevel(*it);
3554       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ids=ffield->getDifferentValues();
3555       std::set<int> res;
3556       std::set_union(ids->begin(),ids->end(),allFamsIds.begin(),allFamsIds.end(),std::inserter(res,res.begin()));
3557       allFamsIds=res;
3558     }
3559   std::set<std::string> famNamesToKill;
3560   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
3561     {
3562       if(allFamsIds.find((*it).second)!=allFamsIds.end())
3563         famNamesToKill.insert((*it).first);
3564     }
3565   for(std::set<std::string>::const_iterator it=famNamesToKill.begin();it!=famNamesToKill.end();it++)
3566     _families.erase(*it);
3567   std::vector<std::string> grpNamesToKill;
3568   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::iterator it=_groups.begin();it!=_groups.end();it++)
3569     {
3570       std::vector<std::string> tmp;
3571       for(std::vector<std::string>::const_iterator it2=(*it).second.begin();it2!=(*it).second.end();it2++)
3572         {
3573           if(famNamesToKill.find(*it2)==famNamesToKill.end())
3574             tmp.push_back(*it2);
3575         }
3576       if(!tmp.empty())
3577         (*it).second=tmp;
3578       else
3579         tmp.push_back((*it).first);
3580     }
3581   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=grpNamesToKill.begin();it!=grpNamesToKill.end();it++)
3582     _groups.erase(*it);
3583 }
3584
3585 /**
3586  * \b this must be filled at level 0 and -1, typically the -1 level being (part of) the descending connectivity
3587  * of the top level. This method build a "crack", or an inner boundary, in \b this along the group of level -1 named grpNameM1.
3588  * The boundary is built according to the following method:
3589  *  - all nodes along the boundary which are not lying on an internal extremity of the (-1)-level group are duplicated (so the
3590  * coordinates array is extended).
3591  *  - new (-1)-level cells are built lying on those new nodes. So the edges/faces along the group are duplicated.
3592  *  After this operation a top-level cell bordering the group will loose some neighbors (typically the cell which is  on the
3593  *  other side of the group is no more a neighbor)
3594  *   - finally, the connectivity of (part of) the top level-cells bordering the group is also modified so that some cells
3595  *  bordering the newly created boundary use the newly computed nodes.
3596  *
3597  *  \param[in] grpNameM1 name of the (-1)-level group defining the boundary
3598  *  \param[out] nodesDuplicated ids of the initial nodes which have been duplicated (and whose copy is put at the end of
3599  *  the coord array)
3600  *  \param[out] cellsModified ids of the cells whose connectivity has been modified (to use the newly created nodes)
3601  *  \param[out] cellsNotModified ids of the rest of cells bordering the new boundary whose connectivity remains unchanged.
3602  */
3603 void MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group(const std::string& grpNameM1, DataArrayInt *&nodesDuplicated,
3604                                            DataArrayInt *&cellsModified, DataArrayInt *&cellsNotModified)
3605 {
3606   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3607   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),0)==levs.end() || std::find(levs.begin(),levs.end(),-1)==levs.end())
3608     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : This method works only for mesh definied on level 0 and -1 !");
3609   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0=getMeshAtLevel(0);
3610   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1=getMeshAtLevel(-1);
3611   int nbNodes=m0->getNumberOfNodes();
3612   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m11=getGroup(-1,grpNameM1);
3613   DataArrayInt *tmp00=0,*tmp11=0,*tmp22=0;
3614   m0->findNodesToDuplicate(*m11,tmp00,tmp11,tmp22);
3615   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> nodeIdsToDuplicate(tmp00);
3616   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn0(tmp11);
3617   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsToModifyConn1(tmp22);
3618   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0->buildPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),true));
3619   // node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group 'grpNameM1' on level -1
3620   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> descTmp0=DataArrayInt::New(),descITmp0=DataArrayInt::New(),revDescTmp0=DataArrayInt::New(),revDescITmp0=DataArrayInt::New();
3621   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp0Desc=tmp0->buildDescendingConnectivity(descTmp0,descITmp0,revDescTmp0,revDescITmp0);
3622   descTmp0=0; descITmp0=0; revDescTmp0=0; revDescITmp0=0;
3623   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW2=tmp0Desc->getCellIdsLyingOnNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),false);
3624   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> cellsInM1ToRenumW3=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(tmp0Desc->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenumW2->begin(),cellsInM1ToRenumW2->end(),true));
3625   DataArrayInt *cellsInM1ToRenumW4Tmp=0;
3626   m1->areCellsIncludedIn(cellsInM1ToRenumW3,2,cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3627   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW4(cellsInM1ToRenumW4Tmp);
3628   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenumW5=cellsInM1ToRenumW4->getIdsInRange(0,m1->getNumberOfCells());
3629   cellsInM1ToRenumW5->transformWithIndArr(cellsInM1ToRenumW4->begin(),cellsInM1ToRenumW4->end());
3630   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpIds=getGroupArr(-1,grpNameM1);
3631   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> cellsInM1ToRenum=cellsInM1ToRenumW5->buildSubstraction(grpIds);
3632   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Part=static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1->buildPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),true));
3633   m1Part->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes);
3634   m1->setPartOfMySelf(cellsInM1ToRenum->begin(),cellsInM1ToRenum->end(),*m1Part);
3635   // end of node renumbering of cells in m1 impacted by duplication of node but not in group of level -1 'grpNameM1'
3636   tmp0->duplicateNodes(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end());
3637   m0->setCoords(tmp0->getCoords());
3638   m0->setPartOfMySelf(cellsToModifyConn0->begin(),cellsToModifyConn0->end(),*tmp0);
3639   m1->setCoords(m0->getCoords());
3640   _coords=m0->getCoords(); _coords->incrRef();
3641   // duplication of cells in group 'grpNameM1' on level -1
3642   m11->duplicateNodesInConn(nodeIdsToDuplicate->begin(),nodeIdsToDuplicate->end(),nbNodes); m11->setCoords(m0->getCoords());
3643   std::vector<const MEDCouplingUMesh *> v(2); v[0]=m1; v[1]=m11;
3644   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> newm1=MEDCouplingUMesh::AggregateSortedByTypeMeshesOnSameCoords(v,tmp00,tmp11);
3645   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> szOfCellGrpOfSameType(tmp00);
3646   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> idInMsOfCellGrpOfSameType(tmp11);
3647   //
3648   newm1->setName(getName());
3649   const DataArrayInt *fam=getFamilyFieldAtLevel(-1);
3650   if(!fam)
3651     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildInnerBoundaryAlongM1Group : internal problem !");
3652   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFam=DataArrayInt::New();
3653   newFam->alloc(newm1->getNumberOfCells(),1);
3654   // Get a new family ID: care must be taken if we need a positive ID or a negative one:
3655   // Positive ID for family of nodes, negative for all the rest.
3656   int idd;
3657   if (m1->getMeshDimension() == 0)
3658     idd=getMaxFamilyId()+1;
3659   else
3660     idd=getMinFamilyId()-1;
3661   int globStart=0,start=0,end,globEnd;
3662   int nbOfChunks=szOfCellGrpOfSameType->getNumberOfTuples();
3663   for(int i=0;i<nbOfChunks;i++)
3664     {
3665       globEnd=globStart+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3666       if(idInMsOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0)==0)
3667         {
3668           end=start+szOfCellGrpOfSameType->getIJ(i,0);
3669           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> part=fam->selectByTupleId2(start,end,1);
3670           newFam->setPartOfValues1(part,globStart,globEnd,1,0,1,1,true);
3671           start=end;
3672         }
3673       else
3674         {
3675           newFam->setPartOfValuesSimple1(idd,globStart,globEnd,1,0,1,1);
3676         }
3677       globStart=globEnd;
3678     }
3679   newm1->setCoords(getCoords());
3680   setMeshAtLevel(-1,newm1);
3681   setFamilyFieldArr(-1,newFam);
3682   std::string grpName2(grpNameM1); grpName2+="_dup";
3683   addFamily(grpName2,idd);
3684   addFamilyOnGrp(grpName2,grpName2);
3685   //
3686   fam=_fam_coords;
3687   if(fam)
3688     {
3689       int newNbOfNodes=getCoords()->getNumberOfTuples();
3690       newFam=DataArrayInt::New(); newFam->alloc(newNbOfNodes,1);
3691       newFam->setPartOfValues1(fam,0,nbNodes,1,0,1,1,true);
3692       newFam->setPartOfValuesSimple1(0,nbNodes,newNbOfNodes,1,0,1,1);
3693       _fam_coords=newFam;
3694     }
3695   nodesDuplicated=nodeIdsToDuplicate.retn();
3696   cellsModified=cellsToModifyConn0.retn();
3697   cellsNotModified=cellsToModifyConn1.retn();
3698 }
3699
3700 /*!
3701  * \param [out] oldCode retrieves the distribution of types before the call if true is returned
3702  * \param [out] newCode etrieves the distribution of types after the call if true is returned
3703  * \param [out] o2nRenumCell tells for **all levels** the old 2 new renumbering of cells.
3704  * 
3705  * \return false if no modification has been performed linked to the unpolyzation. Neither cell type, not cell numbers. When false is returned no need of field on cells or on gauss renumbering.
3706  * Inversely, if true is returned, it means that distribution of cell by geometric type has changed and field on cell and field on gauss point must be renumbered.
3707  */
3708 bool MEDFileUMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
3709 {
3710   o2nRenumCell=0; oldCode.clear(); newCode.clear();
3711   std::vector<int> levs=getNonEmptyLevels();
3712   bool ret=false;
3713   std::vector< const DataArrayInt* > renumCellsSplited;//same than memorySaverIfThrow
3714   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > memorySaverIfThrow;//same than renumCellsSplited only in case of throw
3715   int start=0;
3716   int end=0;
3717   for(std::vector<int>::reverse_iterator it=levs.rbegin();it!=levs.rend();it++)
3718     {
3719       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=getMeshAtLevel(*it);
3720       std::vector<int> code1=m->getDistributionOfTypes();
3721       end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code1,start);
3722       oldCode.insert(oldCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3723       bool hasChanged=m->unPolyze();
3724       DataArrayInt *fake=0;
3725       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart=m->getLevArrPerCellTypes(MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER,
3726           MEDCouplingUMesh::MEDMEM_ORDER+MEDCouplingUMesh::N_MEDMEM_ORDER,fake);
3727       fake->decrRef();
3728       renumCellsSplited.push_back(o2nCellsPart); memorySaverIfThrow.push_back(o2nCellsPart);
3729       if(hasChanged)
3730         {
3731           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nCellsPart2=o2nCellsPart->buildPermArrPerLevel();
3732           m->renumberCells(o2nCellsPart2->getConstPointer(),false);
3733           ret=true;
3734           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2,numField2;
3735           const DataArrayInt *famField=getFamilyFieldAtLevel(*it); if(famField) { famField->incrRef(); famField2=const_cast<DataArrayInt *>(famField); }
3736           const DataArrayInt *numField=getNumberFieldAtLevel(*it); if(numField) { numField->incrRef(); numField2=const_cast<DataArrayInt *>(numField); }
3737           setMeshAtLevel(*it,m);
3738           std::vector<int> code2=m->getDistributionOfTypes();
3739           end=PutInThirdComponentOfCodeOffset(code2,start);
3740           newCode.insert(newCode.end(),code2.begin(),code2.end());
3741           //
3742           if(o2nCellsPart2->isIdentity())
3743             continue;
3744           if(famField)
3745             {
3746               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamField=famField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3747               setFamilyFieldArr(*it,newFamField);
3748             }
3749           if(numField)
3750             {
3751               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumField=numField->renumber(o2nCellsPart2->getConstPointer());
3752               setRenumFieldArr(*it,newNumField);
3753             }
3754         }
3755       else
3756         {
3757           newCode.insert(newCode.end(),code1.begin(),code1.end());
3758         }
3759       start=end;
3760     }
3761   if(ret)
3762     {
3763       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renumCells=DataArrayInt::Aggregate(renumCellsSplited);
3764       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> o2nRenumCellRet=renumCells->buildPermArrPerLevel();
3765       o2nRenumCell=o2nRenumCellRet.retn();
3766     }
3767   return ret;
3768 }
3769
3770 struct MEDLoaderAccVisit1
3771 {
3772   MEDLoaderAccVisit1():_new_nb_of_nodes(0) { }
3773   int operator()(bool val) { return val?_new_nb_of_nodes++:-1; }
3774   int _new_nb_of_nodes;
3775 };
3776
3777 /*!
3778  * Array returned is the correspondance in \b old \b to \b new format. The returned array is newly created and should be dealt by the caller.
3779  * The maximum value stored in returned array is the number of nodes of \a this minus 1 after call of this method.
3780  * The size of returned array is the number of nodes of the old (previous to the call of this method) number of nodes.
3781  * -1 values in returned array means that the corresponding old node is no more used.
3782  *
3783  * \return newly allocated array containing correspondance in \b old \b to \b new format. If all nodes in \a this are fetched \c NULL pointer is returned and nothing
3784  *         is modified in \a this.
3785  * \throw If no coordinates are set in \a this or if there is in any available mesh in \a this a cell having a nodal connectivity containing a node id not in the range of
3786  *  set coordinates.
3787  */
3788 DataArrayInt *MEDFileUMesh::zipCoords()
3789 {
3790   const DataArrayDouble *coo(getCoords());
3791   if(!coo)
3792     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::zipCoords : no coordinates set in this !");
3793   int nbOfNodes(coo->getNumberOfTuples());
3794   std::vector<bool> nodeIdsInUse(nbOfNodes,false);
3795   std::vector<int> neLevs(getNonEmptyLevels());
3796   for(std::vector<int>::const_iterator lev=neLevs.begin();lev!=neLevs.end();lev++)
3797     {
3798       const MEDFileUMeshSplitL1 *zeLev(getMeshAtLevSafe(*lev));
3799       if(zeLev->isMeshStoredSplitByType())
3800         {
3801           std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *> ms(zeLev->getDirectUndergroundSingleGeoTypeMeshes());
3802           for(std::vector<MEDCoupling1GTUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
3803             if(*it)
3804               (*it)->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3805         }
3806       else
3807         {
3808           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh(zeLev->getWholeMesh(false));
3809           mesh->computeNodeIdsAlg(nodeIdsInUse);
3810         }
3811     }
3812   int nbrOfNodesInUse((int)std::count(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),true));
3813   if(nbrOfNodesInUse==nbOfNodes)
3814     return 0;//no need to update _part_coords
3815   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret(DataArrayInt::New()); ret->alloc(nbOfNodes,1);
3816   std::transform(nodeIdsInUse.begin(),nodeIdsInUse.end(),ret->getPointer(),MEDLoaderAccVisit1());
3817   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> ret2(ret->invertArrayO2N2N2OBis(nbrOfNodesInUse));
3818   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> newCoords(coo->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3819   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newFamCoords;
3820   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar> newNameCoords;
3821   if((const DataArrayInt *)_fam_coords)
3822     newFamCoords=_fam_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3823   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> newNumCoords;
3824   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
3825     newNumCoords=_num_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end());
3826   if((const DataArrayAsciiChar *)_name_coords)
3827     newNameCoords=static_cast<DataArrayAsciiChar *>(_name_coords->selectByTupleIdSafe(ret2->begin(),ret2->end()));
3828   _coords=newCoords; _fam_coords=newFamCoords; _num_coords=newNumCoords; _name_coords=newNameCoords; _rev_num_coords=0;
3829   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
3830     {
3831       if((MEDFileUMeshSplitL1*)*it)
3832         {
3833           (*it)->renumberNodesInConn(ret->begin());
3834           (*it)->setCoords(_coords);
3835         }
3836     }
3837   // updates _part_coords
3838   const PartDefinition *pc(_part_coords);
3839   if(pc)
3840     {
3841       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<PartDefinition> tmpPD(DataArrayPartDefinition::New(ret2));
3842       _part_coords=tmpPD->composeWith(pc);
3843     }
3844   return ret.retn();
3845 }
3846
3847 /*!
3848  * This method performs an extrusion along a path defined by \a m1D.
3849  * \a this is expected to be a mesh with max mesh dimension equal to 2.
3850  * \a m1D is expected to be a mesh with space dimesion equal to 3 and mesh dimension equal to 1.
3851  * Mesh dimensions of returned mesh is incremented by one compared to thoose in \a this.
3852  * This method scans all levels in \a this
3853  * and put them in the returned mesh. All groups in \a this are also put in the returned mesh.
3854  *
3855  * \param [in] m1D - the mesh defining the extrusion path.
3856  * \param [in] policy - defines the policy of extrusion (see MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh for more details)
3857  * \return - a new reference on mesh (you have to deal with using decrRef). The returned mesh will have the same name than \a this.
3858  *
3859  * \sa MEDCouplingUMesh::buildExtrudedMesh
3860  */
3861 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh(const MEDCouplingUMesh *m1D, int policy) const
3862 {
3863   if(getMeshDimension()!=2)
3864     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : this is expected to be with mesh dimension equal to 2 !");
3865   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
3866   m1D->checkCoherency();
3867   if(m1D->getMeshDimension()!=1)
3868     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : input mesh must have a mesh dimension equal to one !");
3869   int nbRep(m1D->getNumberOfCells());
3870   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
3871   std::vector<std::string> grps(getGroupsNames());
3872   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> > zeList;
3873   DataArrayDouble *coords(0);
3874   std::size_t nbOfLevsOut(levs.size()+1);
3875   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > o2ns(nbOfLevsOut);
3876   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
3877     {
3878       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> item(getMeshAtLevel(*lev));
3879       item=item->clone(false);
3880       item->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);//no problem non const but change DataArrayDouble for coordinates do not alter data
3881       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> tmp(static_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1D->deepCpy()));
3882       tmp->changeSpaceDimension(3+(*lev),0.);
3883       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(item->buildExtrudedMesh(tmp,policy));
3884       zeList.push_back(elt);
3885       if(*lev==0)
3886         coords=elt->getCoords();
3887     }
3888   if(!coords)
3889     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::buildExtrudedMesh : internal error !");
3890   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> >::iterator it=zeList.begin();it!=zeList.end();it++)
3891     {
3892       (*it)->setName(getName());
3893       (*it)->setCoords(coords);
3894     }
3895   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3896     {
3897       int lev(levs[ii]);
3898       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt(zeList[ii]);
3899       if(lev<=-1)
3900         {
3901           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt1(getMeshAtLevel(lev+1));
3902           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> elt2(elt1->clone(false));
3903           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(elt2->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3904           elt2->setConnectivity(tmp,elt2->getNodalConnectivityIndex());
3905           elt2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*elt1->getNumberOfNodes());
3906           elt1->setCoords(elt->getCoords()); elt2->setCoords(elt->getCoords());
3907           std::vector<const MEDCouplingUMesh *> elts(3);
3908           elts[0]=elt; elts[1]=elt1; elts[2]=elt2;
3909           elt=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(elts);
3910           elt->setName(getName());
3911         }
3912       //
3913       o2ns[ii]=elt->sortCellsInMEDFileFrmt();
3914       ret->setMeshAtLevel(lev,elt);
3915     }
3916   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> endLev(getMeshAtLevel(levs.back())),endLev2;
3917   endLev=endLev->clone(false); endLev->setCoords(coords);
3918   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> tmp(endLev->getNodalConnectivity()->deepCpy());
3919   endLev2=endLev->clone(false); endLev2->setConnectivity(tmp,endLev->getNodalConnectivityIndex());
3920   endLev2->shiftNodeNumbersInConn(nbRep*getNumberOfNodes());
3921   endLev=MEDCouplingUMesh::MergeUMeshesOnSameCoords(endLev,endLev2);
3922   o2ns[levs.size()]=endLev->sortCellsInMEDFileFrmt();
3923   endLev->setName(getName());
3924   ret->setMeshAtLevel(levs.back()-1,endLev);
3925   //
3926   for(std::size_t ii=0;ii!=zeList.size();ii++)
3927     {
3928       int lev(levs[ii]);
3929       std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3930       std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3931       if(lev<=-1)
3932         {
3933           for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3934             {
3935               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev+1,*grp));
3936               if(!grpArr->empty())
3937                 {
3938                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(grpArr->deepCpy()),grpArr2(grpArr->deepCpy());
3939                   int offset0(zeList[ii]->getNumberOfCells());
3940                   int offset1(offset0+getNumberOfCellsAtLevel(lev+1));
3941                   grpArr1->applyLin(1,offset0); grpArr2->applyLin(1,offset1);
3942                   std::ostringstream oss; oss << grpArr2->getName() << "_top";
3943                   grpArr2->setName(oss.str());
3944                   grpArr1->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3945                   grpArr2->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3946                   outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3947                   outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3948                 }
3949             }
3950         }
3951       //
3952       for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3953         {
3954           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr(getGroupArr(lev,*grp));
3955           if(!grpArr->empty())
3956             {
3957               int nbCellsB4Extrusion(getNumberOfCellsAtLevel(lev));
3958               std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > grpArrs(nbRep);
3959               std::vector< const DataArrayInt *> grpArrs2(nbRep);
3960               for(int iii=0;iii<nbRep;iii++)
3961                 {
3962                   grpArrs[iii]=grpArr->deepCpy(); grpArrs[iii]->applyLin(1,iii*nbCellsB4Extrusion);
3963                   grpArrs2[iii]=grpArrs[iii];
3964                 }
3965               MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArrExt(DataArrayInt::Aggregate(grpArrs2));
3966               grpArrExt->transformWithIndArr(o2ns[ii]->begin(),o2ns[ii]->end());
3967               std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_extruded";
3968               grpArrExt->setName(grpName.str());
3969               outGrps.push_back(grpArrExt);
3970               outGrps2.push_back(grpArrExt);
3971             }
3972         }
3973       ret->setGroupsAtLevel(lev,outGrps2);
3974     }
3975   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > outGrps;
3976   std::vector< const DataArrayInt * > outGrps2;
3977   for(std::vector<std::string>::const_iterator grp=grps.begin();grp!=grps.end();grp++)
3978     {
3979       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr1(getGroupArr(levs.back(),*grp));
3980       if(grpArr1->empty())
3981         continue;
3982       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> grpArr2(grpArr1->deepCpy());
3983       std::ostringstream grpName; grpName << *grp << "_top";
3984       grpArr2->setName(grpName.str());
3985       grpArr2->applyLin(1,getNumberOfCellsAtLevel(levs.back()));
3986       outGrps.push_back(grpArr1); outGrps.push_back(grpArr2);
3987       outGrps2.push_back(grpArr1); outGrps2.push_back(grpArr2);
3988     }
3989   ret->setGroupsAtLevel(levs.back()-1,outGrps2);
3990   return ret.retn();
3991 }
3992
3993 /*!
3994  * This method converts all linear cells in \a this into quadratic cells (following the \a conversionType policy).
3995  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
3996  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
3997  *
3998  * \param [in] conversionType - conversionType specifies the type of conversion expected. Only 0 (default) and 1 are supported presently. 0 those that creates the 'most' simple
3999  *             corresponding quadratic cells. 1 is those creating the 'most' complex.
4000  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4001  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4002  *
4003  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , quadraticToLinear
4004  */
4005 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::linearToQuadratic(int conversionType, double eps) const
4006 {
4007   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4008   int initialNbNodes(getNumberOfNodes());
4009   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4010   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4011   {
4012     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m0->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4013   }
4014   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4015   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4016   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4017   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4018   if(famField)
4019     {
4020       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4021       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4022     }
4023   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4024   if(famField)
4025     {
4026       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(DataArrayInt::New()); fam->alloc(zeCoords->getNumberOfTuples(),1);
4027       fam->fillWithZero();
4028       fam->setPartOfValues1(famField,0,initialNbNodes,1,0,1,1);
4029       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4030     }
4031   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4032   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> partZeCoords(zeCoords->selectByTupleId2(initialNbNodes,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4033   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4034     {
4035       if(*lev==0)
4036         continue;
4037       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4038       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4039       if(m1->getMeshDimension()!=0)
4040         {
4041           {
4042             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> notUsed(m1->convertLinearCellsToQuadratic(conversionType));
4043           }//kill unused notUsed var
4044           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> m1Coords(m1->getCoords()->selectByTupleId2(initialNbNodes,m1->getNumberOfNodes(),1));
4045           DataArrayInt *b(0);
4046           bool a(partZeCoords->areIncludedInMe(m1Coords,eps,b));
4047           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4048           if(!a)
4049             {
4050               std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::linearCellsToQuadratic : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4051               throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4052             }
4053           b->applyLin(1,initialNbNodes);
4054           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> l0(DataArrayInt::New()); l0->alloc(initialNbNodes,1); l0->iota();
4055           std::vector<const DataArrayInt *> v(2); v[0]=l0; v[1]=b;
4056           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> renum(DataArrayInt::Aggregate(v));
4057           m1->renumberNodesInConn(renum->begin());
4058         }
4059       m1->setCoords(zeCoords);
4060       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4061       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4062       if(famField)
4063         {
4064           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4065           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4066         }
4067     }
4068   return ret.retn();
4069 }
4070
4071 /*!
4072  * This method converts all quadratic cells in \a this into linear cells.
4073  * All the cells converted are put in the returned instance. This method applies all the groups and families in \a this to returned instance.
4074  * Groups on nodes and families on nodes are copied directly to the returned instance without transformation.
4075  *
4076  * \param [in] eps - detection threshold for coordinates.
4077  * \return A new instance that is the result of the conversion. The caller has the ownership of this returned instance.
4078  *
4079  * \sa MEDCouplingUMesh::convertLinearCellsToQuadratic , linearToQuadratic
4080  */
4081 MEDFileUMesh *MEDFileUMesh::quadraticToLinear(double eps) const
4082 {
4083   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> ret(MEDFileUMesh::New());
4084   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0Tmp(getMeshAtLevel(0));
4085   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m0(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m0Tmp->deepCpy()));
4086   m0->convertQuadraticCellsToLinear();
4087   m0->zipCoords();
4088   DataArrayDouble *zeCoords(m0->getCoords());
4089   ret->setMeshAtLevel(0,m0);
4090   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4091   const DataArrayInt *famField(getFamilyFieldAtLevel(0));
4092   if(famField)
4093     {
4094       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4095       ret->setFamilyFieldArr(0,famFieldCpy);
4096     }
4097   famField=getFamilyFieldAtLevel(1);
4098   if(famField)
4099     {
4100       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam(famField->selectByTupleId2(0,zeCoords->getNumberOfTuples(),1));
4101       ret->setFamilyFieldArr(1,fam);
4102     }
4103   ret->copyFamGrpMapsFrom(*this);
4104   for(std::vector<int>::const_iterator lev=levs.begin();lev!=levs.end();lev++)
4105     {
4106       if(*lev==0)
4107         continue;
4108       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1Tmp(getMeshAtLevel(*lev));
4109       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m1(dynamic_cast<MEDCouplingUMesh *>(m1Tmp->deepCpy()));
4110       m1->convertQuadraticCellsToLinear();
4111       m1->zipCoords();
4112       DataArrayInt *b(0);
4113       bool a(zeCoords->areIncludedInMe(m1->getCoords(),eps,b));
4114       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> bSafe(b);
4115       if(!a)
4116         {
4117           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::quadraticToLinear : for level " << *lev << " problem to identify nodes generated !";
4118           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4119         }
4120       m1->renumberNodesInConn(b->begin());
4121       m1->setCoords(zeCoords);
4122       ret->setMeshAtLevel(*lev,m1);
4123       famField=getFamilyFieldAtLevel(*lev);
4124       if(famField)
4125         {
4126           MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famFieldCpy(famField->deepCpy());
4127           ret->setFamilyFieldArr(*lev,famFieldCpy);
4128         }
4129     }
4130   return ret.retn();
4131 }
4132
4133 void MEDFileUMesh::serialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4134 {
4135   clearNonDiscrAttributes();
4136   forceComputationOfParts();
4137   tinyDouble.clear(); tinyInt.clear(); tinyStr.clear(); bigArraysI.clear(); bigArrayD=0;
4138   std::vector<int> layer0;
4139   layer0.push_back(_order); //0 i
4140   layer0.push_back(_iteration);//1 i
4141   layer0.push_back(getSpaceDimension());//2 i
4142   tinyDouble.push_back(_time);//0 d
4143   tinyStr.push_back(_name);//0 s
4144   tinyStr.push_back(_desc_name);//1 s
4145   for(int i=0;i<getSpaceDimension();i++)
4146     tinyStr.push_back(_coords->getInfoOnComponent(i));
4147   layer0.push_back((int)_families.size());//3 i <- key info aa layer#0
4148   for(std::map<std::string,int>::const_iterator it=_families.begin();it!=_families.end();it++)
4149     {
4150       tinyStr.push_back((*it).first);
4151       layer0.push_back((*it).second);
4152     }
4153   layer0.push_back((int)_groups.size());//3+aa i <- key info bb layer#0
4154   for(std::map<std::string, std::vector<std::string> >::const_iterator it0=_groups.begin();it0!=_groups.end();it0++)
4155     {
4156       layer0.push_back((int)(*it0).second.size());
4157       tinyStr.push_back((*it0).first);
4158       for(std::vector<std::string>::const_iterator it1=((*it0).second).begin();it1!=((*it0).second).end();it1++)
4159         tinyStr.push_back(*it1);
4160     }
4161   // sizeof(layer0)==3+aa+1+bb layer#0
4162   bigArrayD=_coords;// 0 bd
4163   bigArraysI.push_back(_fam_coords);// 0 bi
4164   bigArraysI.push_back(_num_coords);// 1 bi
4165   const PartDefinition *pd(_part_coords);
4166   if(!pd)
4167     layer0.push_back(-1);
4168   else
4169     {
4170       std::vector<int> tmp0;
4171       pd->serialize(tmp0,bigArraysI);
4172       tinyInt.push_back(tmp0.size());
4173       tinyInt.insert(tinyInt.end(),tmp0.begin(),tmp0.end());
4174     }
4175   //
4176   std::vector<int> layer1;
4177   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevels());
4178   layer1.push_back((int)levs.size());// 0 i <- key
4179   layer1.insert(layer1.end(),levs.begin(),levs.end());
4180   for(std::vector<int>::const_iterator it=levs.begin();it!=levs.end();it++)
4181     {
4182       const MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(*it));
4183       lev->serialize(layer1,bigArraysI);
4184     }
4185   // put layers all together.
4186   tinyInt.push_back(layer0.size());
4187   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer0.begin(),layer0.end());
4188   tinyInt.push_back(layer1.size());
4189   tinyInt.insert(tinyInt.end(),layer1.begin(),layer1.end());
4190 }
4191
4192 void MEDFileUMesh::unserialize(std::vector<double>& tinyDouble, std::vector<int>& tinyInt, std::vector<std::string>& tinyStr,
4193                                std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> >& bigArraysI, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble>& bigArrayD)
4194 {
4195   int sz0(tinyInt[0]);
4196   std::vector<int> layer0(tinyInt.begin()+1,tinyInt.begin()+1+sz0);
4197   int sz1(tinyInt[sz0+1]);
4198   std::vector<int> layer1(tinyInt.begin()+2+sz0,tinyInt.begin()+2+sz0+sz1);
4199   //
4200   std::reverse(layer0.begin(),layer0.end());
4201   std::reverse(layer1.begin(),layer1.end());
4202   std::reverse(tinyDouble.begin(),tinyDouble.end());
4203   std::reverse(tinyStr.begin(),tinyStr.end());
4204   std::reverse(bigArraysI.begin(),bigArraysI.end());
4205   //
4206   _order=layer0.back(); layer0.pop_back();
4207   _iteration=layer0.back(); layer0.pop_back();
4208   int spaceDim(layer0.back()); layer0.pop_back();
4209   _time=tinyDouble.back(); tinyDouble.pop_back();
4210   _name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4211   _desc_name=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4212   _coords=bigArrayD; _coords->rearrange(spaceDim);
4213   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
4214     {
4215       _coords->setInfoOnComponent(i,tinyStr.back());
4216       tinyStr.pop_back();
4217     }
4218   int nbOfFams(layer0.back()); layer0.pop_back();
4219   _families.clear();
4220   for(int i=0;i<nbOfFams;i++)
4221     {
4222       _families[tinyStr.back()]=layer0.back();
4223       tinyStr.pop_back(); layer0.pop_back();
4224     }
4225   int nbGroups(layer0.back()); layer0.pop_back();
4226   _groups.clear();
4227   for(int i=0;i<nbGroups;i++)
4228     {
4229       std::string grpName(tinyStr.back()); tinyStr.pop_back();
4230       int nbOfFamsOnGrp(layer0.back()); layer0.pop_back();
4231       std::vector<std::string> fams(nbOfFamsOnGrp);
4232       for(int j=0;j<nbOfFamsOnGrp;j++)
4233         {
4234           fams[j]=tinyStr.back(); tinyStr.pop_back();
4235         }
4236       _groups[grpName]=fams;
4237     }
4238   _fam_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4239   _num_coords=bigArraysI.back(); bigArraysI.pop_back();
4240   _part_coords=0;
4241   int isPd(layer0.back()); layer0.pop_back();
4242   if(isPd!=-1)
4243     {
4244       std::vector<int> tmp0(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4245       layer0.erase(layer0.begin(),layer0.begin()+isPd);
4246       _part_coords=PartDefinition::Unserialize(tmp0,bigArraysI);
4247     }
4248   if(!layer0.empty())
4249     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::unserialize : something wrong during unserialization #1 !");
4250   //
4251   int nbLevs(layer1.back()); layer1.pop_back();
4252   std::vector<int> levs(layer1.rbegin(),layer1.rbegin()+nbLevs); layer1.erase(layer1.end()-nbLevs,layer1.end());
4253   _ms.clear();
4254   int maxLev(-(*std::min_element(levs.begin(),levs.end())));
4255   _ms.resize(maxLev+1);
4256   for(int i=0;i<nbLevs;i++)
4257     {
4258       int lev(levs[i]);
4259       int pos(-lev);
4260       _ms[pos]=MEDFileUMeshSplitL1::Unserialize(_name,_coords,layer1,bigArraysI);
4261     }
4262 }
4263
4264 /*!
4265  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
4266  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4267  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4268  *
4269  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4270  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4271  *
4272  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4273  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4274  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4275  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4276  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4277  */
4278 void MEDFileUMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
4279 {
4280   const DataArrayDouble *coords(_coords);
4281   if(!coords)
4282     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::addNodeGroup : no coords set !");
4283   int nbOfNodes(coords->getNumberOfTuples());
4284   if(!((DataArrayInt *)_fam_coords))
4285     { _fam_coords=DataArrayInt::New(); _fam_coords->alloc(nbOfNodes,1); _fam_coords->fillWithZero(); }
4286   //
4287   addGroupUnderground(true,ids,_fam_coords);
4288 }
4289
4290 /*!
4291  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
4292  *
4293  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
4294  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
4295  *
4296  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
4297  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
4298  *
4299  *  \throw If the node coordinates array is not set.
4300  *  \throw If \a ids == \c NULL.
4301  *  \throw If \a ids->getName() == "".
4302  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
4303  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
4304  */
4305 void MEDFileUMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
4306 {
4307   std::vector<int> levs(getNonEmptyLevelsExt());
4308   if(std::find(levs.begin(),levs.end(),meshDimRelToMaxExt)==levs.end())
4309     { 
4310       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::addGroup : level " << meshDimRelToMaxExt << " not available ! Should be in ";
4311       std::copy(levs.begin(),levs.end(),std::ostream_iterator<int>(oss," ")); oss << " !"; throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4312     }
4313   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4314     { addNodeGroup(ids); return ; }
4315   MEDFileUMeshSplitL1 *lev(getMeshAtLevSafe(meshDimRelToMaxExt));
4316   DataArrayInt *fam(lev->getOrCreateAndGetFamilyField());
4317   addGroupUnderground(false,ids,fam);
4318 }
4319
4320 /*!
4321  * Changes a name of a family specified by its id.
4322  *  \param [in] id - the id of the family of interest.
4323  *  \param [in] newFamName - the new family name.
4324  *  \throw If no family with the given \a id exists.
4325  */
4326 void MEDFileUMesh::setFamilyNameAttachedOnId(int id, const std::string& newFamName)
4327 {
4328   std::string oldName=getFamilyNameGivenId(id);
4329   _families.erase(oldName);
4330   _families[newFamName]=id;
4331 }
4332
4333 /*!
4334  * Removes a mesh of a given dimension.
4335  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension of interest.
4336  *  \throw If there is no mesh at level \a meshDimRelToMax in \a this mesh.
4337  */
4338 void MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel(int meshDimRelToMax)
4339 {
4340   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4341   std::vector<int>::const_iterator it=std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax);
4342   if(it==levSet.end())
4343     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::removeMeshAtLevel : the requested level is not existing !");
4344   int pos=(-meshDimRelToMax);
4345   _ms[pos]=0;
4346 }
4347
4348 /*!
4349  * Sets a new MEDCoupling1GTUMesh at a given level in \a this mesh.
4350  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4351  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4352  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4353  *         different. 
4354  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4355  *         another node coordinates array.
4356  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4357  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4358  */
4359 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCoupling1GTUMesh *m)
4360 {
4361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m));
4362   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4363 }
4364
4365 /*!
4366  * Sets a new MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh.
4367  *  \param [in] meshDimRelToMax - a relative level to set the mesh at.
4368  *  \param [in] m - the new mesh to set.
4369  *  \param [in] newOrOld - if \c true, cells in \a m are sorted by type to be ready for 
4370  *         writing \a this mesh in a MED file.
4371  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
4372  *         different. 
4373  *  \throw If the node coordinates array is set \a this in mesh and \a m refers to
4374  *         another node coordinates array.
4375  *  \throw If the mesh dimension of \a m does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4376  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4377  */
4378 void MEDFileUMesh::setMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, MEDCouplingUMesh *m, bool newOrOld)
4379 {
4380   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> elt(new MEDFileUMeshSplitL1(m,newOrOld));
4381   checkAndGiveEntryInSplitL1(meshDimRelToMax,m)=elt;
4382 }
4383
4384 MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1>& MEDFileUMesh::checkAndGiveEntryInSplitL1(int meshDimRelToMax, MEDCouplingPointSet *m)
4385 {
4386   dealWithTinyInfo(m);
4387   std::vector<int> levSet=getNonEmptyLevels();
4388   if(std::find(levSet.begin(),levSet.end(),meshDimRelToMax)==levSet.end())
4389     {
4390       if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4391         {
4392           DataArrayDouble *c=m->getCoords();
4393           if(c)
4394             c->incrRef();
4395           _coords=c;
4396         }
4397       if(m->getCoords()!=_coords)
4398         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshAtLevel : Invalid Given Mesh ! The coordinates are not the same ! try to use tryToShareSameCoords !");
4399       int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4400       if(sz>=(int)_ms.size())
4401         _ms.resize(sz);
4402       checkMeshDimCoherency(m->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4403       return _ms[sz-1];
4404     }
4405   else
4406     return _ms[-meshDimRelToMax];
4407 }
4408
4409 /*!
4410  * This method allows to set at once the content of different levels in \a this.
4411  * This method is equivalent to a series of call to MEDFileUMesh::setMeshAtLevel.
4412  *
4413  * \param [in] ms - List of unstructured meshes lying on the same coordinates and having different mesh dimesnion.
4414  * \param [in] renum - the parameter (set to false by default) that tells the beheviour if there is a mesh on \a ms that is not geo type sorted.
4415  *                     If false, an exception ois thrown. If true the mesh is reordered automatically. It is highly recommanded to let this parameter to false.
4416  *
4417  * \throw If \a there is a null pointer in \a ms.
4418  * \sa MEDFileUMesh::setMeshAtLevel
4419  */
4420 void MEDFileUMesh::setMeshes(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4421 {
4422   if(ms.empty())
4423     return ;
4424   const MEDCouplingUMesh *mRef=ms[0];
4425   if(!mRef)
4426     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in the first element of input meshes !");
4427   std::string name(mRef->getName());
4428   const DataArrayDouble *coo(mRef->getCoords());
4429   std::set<int> s;
4430   int zeDim=-1;
4431   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4432     {
4433       const MEDCouplingUMesh *cur(*it);
4434       if(!cur)
4435         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : null instance in input vector of meshes !");
4436       if(coo!=cur->getCoords())
4437         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes do not share the same coordinates !");
4438       int mdim=cur->getMeshDimension();
4439       zeDim=std::max(zeDim,mdim);
4440       if(s.find(mdim)!=s.end())
4441         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setMeshes : The input meshes must share the same coordinates pointer, and should have different mesh dimension each other !");
4442     }
4443   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++)
4444     {
4445       int mdim=(*it)->getMeshDimension();
4446       setName((*it)->getName());
4447       setMeshAtLevel(mdim-zeDim,const_cast<MEDCouplingUMesh *>(*it),renum);
4448     }
4449   setName(name);
4450 }
4451
4452 /*!
4453  * Creates one MEDCouplingUMesh at a given level in \a this mesh from a sequence of
4454  * meshes each representing a group, and creates corresponding groups in \a this mesh.
4455  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4456  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the mesh and groups at.
4457  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4458  *          create in \a this mesh.
4459  *  \throw If \a ms is empty.
4460  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4461  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4462  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4463  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4464  *         of the given meshes.
4465  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4466  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4467  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4468  */
4469 void MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4470 {
4471   if(ms.empty())
4472     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : expecting a non empty vector !");
4473   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4474   if(sz>=(int)_ms.size())
4475     _ms.resize(sz);
4476   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4477   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4478   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4479     {
4480       coo->incrRef();
4481       _coords=coo;
4482     }
4483   else
4484     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4485       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsFromScratch : coordinates mismatches !");
4486   std::vector<DataArrayInt *> corr;
4487   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> m=MEDCouplingUMesh::FuseUMeshesOnSameCoords(ms,_zipconn_pol,corr);
4488   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr3(corr.begin(),corr.end());
4489   setMeshAtLevel(meshDimRelToMax,m,renum);
4490   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4491   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,true);
4492 }
4493
4494 /*!
4495  * Creates groups at a given level in \a this mesh from a sequence of
4496  * meshes each representing a group.
4497  * The given meshes must share the same node coordinates array.
4498  *  \param [in] meshDimRelToMax - the relative dimension to create the groups at.
4499  *  \param [in] ms - the sequence of meshes. Each mesh in \a ms represents a group to
4500  *         create in \a this mesh.
4501  *  \param [in] renum - if \c true, then the optional numbers of entities are taken into
4502  *         account. 
4503  *  \throw If \a ms is empty.
4504  *  \throw If dimension of meshes in \a ms does not correspond to \a meshDimRelToMax or
4505  *         to the existing meshes of other levels of \a this mesh.
4506  *  \throw If the meshes in \a ms do not share the same node coordinates array.
4507  *  \throw If the node coordinates array of \a this mesh (if any) is not the same as that
4508  *         of the given meshes.
4509  *  \throw If \a ms[ i ] is not well defined (MEDCouplingUMesh::checkCoherency()).
4510  *  \throw If names of some meshes in \a ms are equal.
4511  *  \throw If \a ms includes a mesh with an empty name.
4512  */
4513 void MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh(int meshDimRelToMax, const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms, bool renum)
4514 {
4515   if(ms.empty())
4516     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : expecting a non empty vector !");
4517   int sz=(-meshDimRelToMax)+1;
4518   if(sz>=(int)_ms.size())
4519     _ms.resize(sz);
4520   checkMeshDimCoherency(ms[0]->getMeshDimension(),meshDimRelToMax);
4521   DataArrayDouble *coo=checkMultiMesh(ms);
4522   if((DataArrayDouble *)_coords==0)
4523     {
4524       coo->incrRef();
4525       _coords=coo;
4526     }
4527   else
4528     if((DataArrayDouble *)_coords!=coo)
4529       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : coordinates mismatches !");
4530   MEDCouplingUMesh *m=getMeshAtLevel(meshDimRelToMax,renum);
4531   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > corr(ms.size());
4532   int i=0;
4533   for(std::vector<const MEDCouplingUMesh *>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
4534     {
4535       DataArrayInt *arr=0;
4536       bool test=m->areCellsIncludedIn(*it,_zipconn_pol,arr);
4537       corr[i]=arr;
4538       if(!test)
4539         {
4540           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::setGroupsOnSetMesh : mesh #" << i << " is not part of whole mesh !";
4541           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
4542         }
4543     }
4544   std::vector<const DataArrayInt *> corr2(corr.begin(),corr.end());
4545   setGroupsAtLevel(meshDimRelToMax,corr2,renum);
4546 }
4547
4548 DataArrayDouble *MEDFileUMesh::checkMultiMesh(const std::vector<const MEDCouplingUMesh *>& ms) const
4549 {
4550   const DataArrayDouble *ret=ms[0]->getCoords();
4551   int mdim=ms[0]->getMeshDimension();
4552   for(unsigned int i=1;i<ms.size();i++)
4553     {
4554       ms[i]->checkCoherency();
4555       if(ms[i]->getCoords()!=ret)
4556         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes must share the same coords !");
4557       if(ms[i]->getMeshDimension()!=mdim)
4558         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::checkMultiMesh : meshes have not same mesh dimension !");
4559     }
4560   return const_cast<DataArrayDouble *>(ret);
4561 }
4562
4563 /*!
4564  * Sets the family field of a given relative dimension.
4565  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
4566  *          the family field is set.
4567  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
4568  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4569  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
4570  */
4571 void MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
4572 {
4573   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4574     {
4575       if(!famArr)
4576         {
4577           _fam_coords=0;
4578           return ;
4579         }
4580       DataArrayDouble *coo(_coords);
4581       if(!coo)
4582         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : the coordinates have not been set !");
4583       famArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of node family arr ! ");
4584       famArr->incrRef();
4585       _fam_coords=famArr;
4586       return ;
4587     }
4588   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4589     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setFamilyFieldArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4590   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4591   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4592     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4593   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4594     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4595   return _ms[traducedRk]->setFamilyArr(famArr);
4596 }
4597
4598 /*!
4599  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
4600  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4601  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
4602  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4603  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
4604  */
4605 void MEDFileUMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
4606 {
4607   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4608     {
4609       if(!renumArr)
4610         {
4611           _num_coords=0;
4612           _rev_num_coords=0;
4613           return ;
4614         }
4615       DataArrayDouble *coo(_coords);
4616       if(!coo)
4617         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumFieldArr : the coordinates have not been set !");
4618       renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),1,"MEDFileUMesh::setRenumArr : Problem in size of node numbering arr ! ");
4619       renumArr->incrRef();
4620       _num_coords=renumArr;
4621       computeRevNum();
4622       return ;
4623     }
4624   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4625     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setRenumArr : Dimension request is invalid (>1) !");
4626   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4627   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4628     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4629   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4630     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4631   return _ms[traducedRk]->setRenumArr(renumArr);
4632 }
4633
4634 /*!
4635  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
4636  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
4637  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
4638  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
4639  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
4640  */
4641 void MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
4642 {
4643   if(meshDimRelToMaxExt==1)
4644     {
4645       if(!nameArr)
4646         {
4647           _name_coords=0;
4648           return ;
4649         }
4650       DataArrayDouble *coo(_coords);
4651       if(!coo)
4652         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : the coordinates have not been set !");
4653       nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(coo->getNumberOfTuples(),MED_SNAME_SIZE,"MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of node numbering arr ! ");
4654       nameArr->incrRef();
4655       _name_coords=nameArr;
4656       return ;
4657     }
4658   if(meshDimRelToMaxExt>1)
4659     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileUMesh::setNameFieldAtLevel : Dimension request is invalid (>1) !");
4660   int traducedRk=-meshDimRelToMaxExt;
4661   if(traducedRk>=(int)_ms.size())
4662     throw INTERP_KERNEL::Exception("Invalid mesh dim relative to max given ! Too low !");
4663   if((MEDFileUMeshSplitL1 *)_ms[traducedRk]==0)
4664     throw INTERP_KERNEL::Exception("On specified lev (or entity) no cells exists !");
4665   return _ms[traducedRk]->setNameArr(nameArr);
4666 }
4667
4668 void MEDFileUMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
4669 {
4670   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4671     if((const MEDFileUMeshSplitL1 *)(*it))
4672       (*it)->synchronizeTinyInfo(*this);
4673 }
4674
4675 /*!
4676  * This method is called by MEDFileMesh::changeFamilyId. It performs only one part of the family id modification.
4677  */
4678 void MEDFileUMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
4679 {
4680   DataArrayInt *arr=_fam_coords;
4681   if(arr)
4682     arr->changeValue(oldId,newId);
4683   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4684     {
4685       MEDFileUMeshSplitL1 *sp=(*it);
4686       if(sp)
4687         {
4688           sp->changeFamilyIdArr(oldId,newId);
4689         }
4690     }
4691 }
4692
4693 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileUMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
4694 {
4695   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
4696   const DataArrayInt *da(_fam_coords);
4697   if(da)
4698     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4699   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMeshSplitL1> >::const_iterator it=_ms.begin();it!=_ms.end();it++)
4700     {
4701       const MEDFileUMeshSplitL1 *elt(*it);
4702       if(elt)
4703         {
4704           da=elt->getFamilyField();
4705           if(da)
4706             { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
4707         }
4708     }
4709   return ret;
4710 }
4711
4712 void MEDFileUMesh::computeRevNum() const
4713 {
4714   if((const DataArrayInt *)_num_coords)
4715     {
4716       int pos;
4717       int maxValue=_num_coords->getMaxValue(pos);
4718       _rev_num_coords=_num_coords->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
4719     }
4720 }
4721
4722 std::size_t MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
4723 {
4724   return MEDFileMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
4725 }
4726
4727 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull() const
4728 {
4729   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileMesh::getDirectChildrenWithNull());
4730   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_nodes);
4731   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_nodes);
4732   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes);
4733   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_cells);
4734   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_cells);
4735   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells);
4736   ret.push_back((const DataArrayInt *)_fam_faces);
4737   ret.push_back((const DataArrayInt *)_num_faces);
4738   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_nodes);
4739   ret.push_back((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces);
4740   ret.push_back((const DataArrayInt *)_rev_num_cells);
4741   ret.push_back((const MEDCoupling1SGTUMesh*)_faces_if_necessary);
4742   return ret;
4743 }
4744
4745 int MEDFileStructuredMesh::getMaxAbsFamilyIdInArrays() const
4746 {
4747   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4748   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4749     {
4750       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4751       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4752     }
4753   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4754     {
4755       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4756       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4757     }
4758   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4759     {
4760       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4761       ret=std::max(ret,std::abs(val));
4762     }
4763   return ret;
4764 }
4765
4766 int MEDFileStructuredMesh::getMaxFamilyIdInArrays() const
4767 {
4768   int ret=-std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4769   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4770     {
4771       int val=_fam_nodes->getMaxValue(tmp);
4772       ret=std::max(ret,val);
4773     }
4774   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4775     {
4776       int val=_fam_cells->getMaxValue(tmp);
4777       ret=std::max(ret,val);
4778     }
4779   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4780     {
4781       int val=_fam_faces->getMaxValue(tmp);
4782       ret=std::max(ret,val);
4783     }
4784   return ret;
4785 }
4786
4787 int MEDFileStructuredMesh::getMinFamilyIdInArrays() const
4788 {
4789   int ret=std::numeric_limits<int>::max(),tmp=-1;
4790   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
4791     {
4792       int val=_fam_nodes->getMinValue(tmp);
4793       ret=std::min(ret,val);
4794     }
4795   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
4796     {
4797       int val=_fam_cells->getMinValue(tmp);
4798       ret=std::min(ret,val);
4799     }
4800   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
4801     {
4802       int val=_fam_faces->getMinValue(tmp);
4803       ret=std::min(ret,val);
4804     }
4805   return ret;
4806 }
4807
4808 bool MEDFileStructuredMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
4809 {
4810   if(!MEDFileMesh::isEqual(other,eps,what))
4811     return false;
4812   const MEDFileStructuredMesh *otherC=dynamic_cast<const  MEDFileStructuredMesh *>(other);
4813   if(!otherC)
4814     {
4815       what="Mesh types differ ! This is structured and other is NOT !";
4816       return false;
4817     }
4818   const DataArrayInt *famc1=_fam_nodes;
4819   const DataArrayInt *famc2=otherC->_fam_nodes;
4820   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4821     {
4822       what="Mismatch of families arr on nodes ! One is defined and not other !";
4823       return false;
4824     }
4825   if(famc1)
4826     {
4827       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4828       if(!ret)
4829         {
4830           what="Families arr on nodes differ !";
4831           return false;
4832         }
4833     }
4834   famc1=_fam_cells;
4835   famc2=otherC->_fam_cells;
4836   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4837     {
4838       what="Mismatch of families arr on cells ! One is defined and not other !";
4839       return false;
4840     }
4841   if(famc1)
4842     {
4843       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4844       if(!ret)
4845         {
4846           what="Families arr on cells differ !";
4847           return false;
4848         }
4849     }
4850   famc1=_fam_faces;
4851   famc2=otherC->_fam_faces;
4852   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4853     {
4854       what="Mismatch of families arr on faces ! One is defined and not other !";
4855       return false;
4856     }
4857   if(famc1)
4858     {
4859       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4860       if(!ret)
4861         {
4862           what="Families arr on faces differ !";
4863           return false;
4864         }
4865     }
4866   famc1=_num_nodes;
4867   famc2=otherC->_num_nodes;
4868   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4869     {
4870       what="Mismatch of numbering arr on nodes ! One is defined and not other !";
4871       return false;
4872     }
4873   if(famc1)
4874     {
4875       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4876       if(!ret)
4877         {
4878           what="Numbering arr on nodes differ !";
4879           return false;
4880         }
4881     }
4882   famc1=_num_cells;
4883   famc2=otherC->_num_cells;
4884   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4885     {
4886       what="Mismatch of numbering arr on cells ! One is defined and not other !";
4887       return false;
4888     }
4889   if(famc1)
4890     {
4891       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4892       if(!ret)
4893         {
4894           what="Numbering arr on cells differ !";
4895           return false;
4896         }
4897     }
4898   famc1=_num_faces;
4899   famc2=otherC->_num_faces;
4900   if((famc1==0 && famc2!=0) || (famc1!=0 && famc2==0))
4901     {
4902       what="Mismatch of numbering arr on faces ! One is defined and not other !";
4903       return false;
4904     }
4905   if(famc1)
4906     {
4907       bool ret=famc1->isEqual(*famc2);
4908       if(!ret)
4909         {
4910           what="Numbering arr on faces differ !";
4911           return false;
4912         }
4913     }
4914   const DataArrayAsciiChar *d1=_names_cells;
4915   const DataArrayAsciiChar *d2=otherC->_names_cells;
4916   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4917     {
4918       what="Mismatch of naming arr on cells ! One is defined and not other !";
4919       return false;
4920     }
4921   if(d1)
4922     {
4923       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4924       if(!ret)
4925         {
4926           what="Naming arr on cells differ !";
4927           return false;
4928         }
4929     }
4930   d1=_names_faces;
4931   d2=otherC->_names_faces;
4932   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4933     {
4934       what="Mismatch of naming arr on faces ! One is defined and not other !";
4935       return false;
4936     }
4937   if(d1)
4938     {
4939       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4940       if(!ret)
4941         {
4942           what="Naming arr on faces differ !";
4943           return false;
4944         }
4945     }
4946   d1=_names_nodes;
4947   d2=otherC->_names_nodes;
4948   if((d1==0 && d2!=0) || (d1!=0 && d2==0))
4949     {
4950       what="Mismatch of naming arr on nodes ! One is defined and not other !";
4951       return false;
4952     }
4953   if(d1)
4954     {
4955       bool ret=d1->isEqual(*d2);
4956       if(!ret)
4957         {
4958           what="Naming arr on nodes differ !";
4959           return false;
4960         }
4961     }
4962   return true;
4963 }
4964
4965 void MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes() const
4966 {
4967   MEDFileMesh::clearNonDiscrAttributes();
4968   const DataArrayInt *tmp=_fam_nodes;
4969   if(tmp)
4970     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4971   tmp=_num_nodes;
4972   if(tmp)
4973     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4974   tmp=_fam_cells;
4975   if(tmp)
4976     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4977   tmp=_num_cells;
4978   if(tmp)
4979     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4980   tmp=_fam_faces;
4981   if(tmp)
4982     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4983   tmp=_num_faces;
4984   if(tmp)
4985     (const_cast<DataArrayInt *>(tmp))->setName("");
4986 }
4987
4988 /*!
4989  * Returns ids of mesh entities contained in given families of a given dimension.
4990  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - a relative dimension of the mesh entities whose ids
4991  *          are required.
4992  *  \param [in] fams - the names of the families of interest.
4993  *  \param [in] renum - if \c true, the optional numbers of entities, if available, are
4994  *          returned instead of ids.
4995  *  \return DataArrayInt * - a new instance of DataArrayInt holding either ids or
4996  *          numbers, if available and required, of mesh entities of the families. The caller
4997  *          is to delete this array using decrRef() as it is no more needed. 
4998  *  \throw If the family field is missing for \a meshDimRelToMaxExt.
4999  */
5000 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr(int meshDimRelToMaxExt, const std::vector<std::string>& fams, bool renum) const
5001 {
5002   std::vector<int> famIds(getFamiliesIds(fams));
5003   switch(meshDimRelToMaxExt)
5004   {
5005     case 1:
5006       {
5007         if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5008           {
5009             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5010             if(!famIds.empty())
5011               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5012             else
5013               da=_fam_nodes->getIdsEqualList(0,0);
5014             if(renum)
5015               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_nodes,da);
5016             else
5017               return da.retn();
5018           }
5019         else
5020           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on nodes !");
5021         break;
5022       }
5023     case 0:
5024       {
5025         if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5026           {
5027             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5028             if(!famIds.empty())
5029               da=_fam_cells->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5030             else
5031               da=_fam_cells->getIdsEqualList(0,0);
5032             if(renum)
5033               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_cells,da);
5034             else
5035               return da.retn();
5036           }
5037         else
5038           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on cells !");
5039         break;
5040       }
5041     case -1:
5042       {
5043         if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5044           {
5045             MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da;
5046             if(!famIds.empty())
5047               da=_fam_faces->getIdsEqualList(&famIds[0],&famIds[0]+famIds.size());
5048             else
5049               da=_fam_faces->getIdsEqualList(0,0);
5050             if(renum)
5051               return MEDFileUMeshSplitL1::Renumber(_num_faces,da);
5052             else
5053               return da.retn();
5054           }
5055         else
5056           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : no family array specified on faces !");
5057         break;
5058       }
5059     default:
5060       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : input meshDimRelative must be in [0,1,-1] !");
5061   }
5062   throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamiliesArr : unmanaged case !");
5063 }
5064
5065 /*!
5066  * Sets the family field of a given relative dimension.
5067  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of entities for which
5068  *          the family field is set.
5069  *  \param [in] famArr - the array of the family field.
5070  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5071  *  \throw If \a famArr has an invalid size.
5072  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1 and \a meshDimRelToMaxExt != -1.
5073  */
5074 void MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *famArr)
5075 {
5076   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5077   if(!mesh)
5078     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set family array !");
5079   switch(meshDimRelToMaxExt)
5080   {
5081     case 0:
5082       {
5083         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5084         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5085         _fam_cells=famArr;
5086         break;
5087       }
5088     case 1:
5089       {
5090         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5091         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5092         _fam_nodes=famArr;
5093         break;
5094       }
5095     case -1:
5096       {
5097         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5098         famArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5099         _fam_faces=famArr;
5100         break;
5101       }
5102     default:
5103       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setFamilyFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5104   }
5105   if(famArr)
5106     famArr->incrRef();
5107 }
5108
5109 /*!
5110  * Sets the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5111  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5112  *  \param [in] renumArr - the array of the numbers.
5113  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5114  *  \throw If \a renumArr has an invalid size.
5115  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5116  */
5117 void MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayInt *renumArr)
5118 {
5119   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh=getStructuredMesh();
5120   if(!mesh)
5121     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : no structured mesh specified ! Impossible to set number array !");
5122   switch(meshDimRelToMaxExt)
5123   {
5124     case 0:
5125       {
5126         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5127         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5128         _num_cells=renumArr;
5129         break;
5130       }
5131     case 1:
5132       {
5133         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5134         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Family arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5135         _num_nodes=renumArr;
5136         break;
5137       }
5138     case -1:
5139       {
5140         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5141         renumArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,1,"MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Problem in size of Renum arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5142         _num_faces=renumArr;
5143         break;
5144       }
5145     default:
5146       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setRenumFieldArr : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5147   }
5148   if(renumArr)
5149     renumArr->incrRef();
5150 }
5151
5152 /*!
5153  * Sets the optional names of mesh entities of a given dimension.
5154  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5155  *  \param [in] nameArr - the array of the names.
5156  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5157  *  \throw If \a nameArr has an invalid size.
5158  */
5159 void MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt, DataArrayAsciiChar *nameArr)
5160 {
5161   const MEDCouplingStructuredMesh *mesh(getStructuredMesh());
5162   if(!mesh)
5163     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : no structured mesh specified ! Impossible to set names array !");
5164   switch(meshDimRelToMaxExt)
5165   {
5166     case 0:
5167       {
5168         int nbCells=mesh->getNumberOfCells();
5169         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of cells of mesh !");
5170         _names_cells=nameArr;
5171         break;
5172       }
5173     case 1:
5174       {
5175         int nbNodes=mesh->getNumberOfNodes();
5176         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbNodes,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of nodes of mesh !");
5177         _names_nodes=nameArr;
5178         break;
5179       }
5180     case -1:
5181       {
5182         int nbCells=mesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5183         nameArr->checkNbOfTuplesAndComp(nbCells,MED_SNAME_SIZE,"MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Problem in size of names arr ! Mismatch with number of faces of mesh !");
5184         _names_cells=nameArr;
5185       }
5186     default:
5187       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::setNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5188   }
5189   if(nameArr)
5190     nameArr->incrRef();
5191 }
5192
5193 /*!
5194  * Adds a group of nodes to \a this mesh.
5195  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5196  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5197  *
5198  *  \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5199  *  For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5200  *
5201  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5202  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5203  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5204  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5205  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5206  */
5207 void MEDFileStructuredMesh::addNodeGroup(const DataArrayInt *ids)
5208 {
5209   addGroup(1,ids);
5210 }
5211
5212 /*!
5213  * Adds a group of nodes/cells/faces/edges to \a this mesh.
5214  *
5215  *  \param [in] ids - a DataArrayInt providing ids and a name of the group to add.
5216  *          The ids should be sorted and different each other (MED file norm).
5217  *
5218  * \warning this method can alter default "FAMILLE_ZERO" family.
5219  * For users sensitive to this a call to MEDFileMesh::rearrangeFamilies will be necessary after addGroup session.
5220  *
5221  *  \throw If the node coordinates array is not set.
5222  *  \throw If \a ids == \c NULL.
5223  *  \throw If \a ids->getName() == "".
5224  *  \throw If \a ids does not respect the MED file norm.
5225  *  \throw If a group with name \a ids->getName() already exists.
5226  */
5227 void MEDFileStructuredMesh::addGroup(int meshDimRelToMaxExt, const DataArrayInt *ids)
5228 {
5229   DataArrayInt *fam(getOrCreateAndGetFamilyFieldAtLevel(meshDimRelToMaxExt));
5230   addGroupUnderground(false,ids,fam);
5231   return ;
5232 }
5233
5234 /*!
5235  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5236  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5237  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5238  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5239  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5240  */
5241 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5242 {
5243   switch(meshDimRelToMaxExt)
5244   {
5245     case 0:
5246       return _fam_cells;
5247     case 1:
5248       return _fam_nodes;
5249     case -1:
5250       return _fam_faces;
5251     default:
5252       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5253   }
5254 }
5255
5256 /*!
5257  * Returns the family field for mesh entities of a given dimension.
5258  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5259  *  \return const DataArrayInt * - the family field. It is an array of ids of families
5260  *          each mesh entity belongs to. It can be \c NULL.
5261  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5262  */
5263 DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt)
5264 {
5265   switch(meshDimRelToMaxExt)
5266   {
5267     case 0:
5268       return _fam_cells;
5269     case 1:
5270       return _fam_nodes;
5271     case -1:
5272       return _fam_faces;
5273     default:
5274       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getFamilyFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5275   }
5276 }
5277
5278 /*!
5279  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension.
5280  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5281  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers.
5282  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5283  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5284  */
5285 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5286 {
5287   switch(meshDimRelToMaxExt)
5288   {
5289     case 0:
5290       return _num_cells;
5291     case 1:
5292       return _num_nodes;
5293     case -1:
5294       return _num_faces;
5295     default:
5296       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5297   }
5298 }
5299
5300 /*!
5301  * Returns the optional numbers of mesh entities of a given dimension transformed using
5302  * DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5303  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of mesh entities.
5304  *  \return const DataArrayInt * - the array of the entity numbers transformed using
5305  *          DataArrayInt::invertArrayN2O2O2N().
5306  *  \throw If \a meshDimRelToMaxExt != 0 and \a meshDimRelToMaxExt != 1.
5307  *  \throw If there are no mesh entities of \a meshDimRelToMaxExt dimension in \a this mesh.
5308  */
5309 const DataArrayInt *MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5310 {
5311   if(meshDimRelToMaxExt!=0 && meshDimRelToMaxExt!=1)
5312     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getRevNumberFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 !");
5313   if(meshDimRelToMaxExt==0)
5314     {
5315       if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5316         {
5317           int pos;
5318           int maxValue=_num_cells->getMaxValue(pos);
5319           _rev_num_cells=_num_cells->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5320           return _rev_num_cells;
5321         }
5322       else
5323         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no cell renumbering for a request on reverse numbering !");
5324     }
5325   else
5326     {
5327       if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5328         {
5329           int pos;
5330           int maxValue=_num_nodes->getMaxValue(pos);
5331           _rev_num_nodes=_num_nodes->invertArrayN2O2O2N(maxValue+1);
5332           return _rev_num_nodes;
5333         }
5334       else
5335         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getRevNumberFieldAtLevel : no node renumbering for a request on reverse numbering !");
5336     }
5337 }
5338
5339 const DataArrayAsciiChar *MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5340 {
5341   switch(meshDimRelToMaxExt)
5342   {
5343     case 0:
5344       return _names_cells;
5345     case 1:
5346       return _names_nodes;
5347     case -1:
5348       return _names_faces;
5349     default:
5350       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNameFieldAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5351   }
5352 }
5353
5354 /*!
5355  * Returns relative dimensions of mesh entities (excluding nodes) present in \a this mesh.
5356  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [0].
5357  */
5358 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevels() const
5359 {
5360   std::vector<int> ret(1);
5361   return ret;
5362 }
5363
5364 /*!
5365  * Returns relative dimensions of mesh entities (including nodes) present in \a this mesh.
5366  *  \return std::vector<int> - a sequence of the relative dimensions: [1,0].
5367  */
5368 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNonEmptyLevelsExt() const
5369 {
5370   std::vector<int> ret(2);
5371   ret[0]=1;
5372   return ret;
5373 }
5374
5375 /*!
5376  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL family arr are defined.
5377  */
5378 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getFamArrNonEmptyLevelsExt() const
5379 {
5380   std::vector<int> ret;
5381   const DataArrayInt *famNodes(_fam_nodes),*famCells(_fam_cells),*famFaces(_fam_faces);
5382   if(famNodes)
5383     ret.push_back(1);
5384   if(famCells)
5385     ret.push_back(0);
5386   if(famFaces)
5387     ret.push_back(-1);
5388   return ret;
5389 }
5390
5391 /*!
5392  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL numbering arr are defined.
5393  */
5394 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNumArrNonEmptyLevelsExt() const
5395 {
5396   std::vector<int> ret;
5397   const DataArrayInt *numNodes(_num_nodes),*numCells(_num_cells),*numFaces(_num_faces);
5398   if(numNodes)
5399     ret.push_back(1);
5400   if(numCells)
5401     ret.push_back(0);
5402   if(numFaces)
5403     ret.push_back(-1);
5404   return ret;
5405 }
5406
5407 /*!
5408  * Returns the set of extensive levels (nodes included) where not NULL naming arr are defined.
5409  */
5410 std::vector<int> MEDFileStructuredMesh::getNameArrNonEmptyLevelsExt() const
5411 {
5412   std::vector<int> ret;
5413   const DataArrayAsciiChar *namesNodes(_names_nodes),*namesCells(_names_cells),*namesFaces(_names_faces);
5414   if(namesNodes)
5415     ret.push_back(1);
5416   if(namesCells)
5417     ret.push_back(0);
5418   if(namesFaces)
5419     ret.push_back(-1);
5420   return ret;
5421 }
5422
5423 /*!
5424  * no implementation here, it is not a bug, but intresically no polyhedra in \a this.
5425  */
5426 bool MEDFileStructuredMesh::unPolyze(std::vector<int>& oldCode, std::vector<int>& newCode, DataArrayInt *& o2nRenumCell)
5427 {
5428   oldCode.clear(); newCode.clear(); o2nRenumCell=0;
5429   return false;
5430 }
5431
5432 void MEDFileStructuredMesh::changeFamilyIdArr(int oldId, int newId)
5433 {
5434   DataArrayInt *arr=_fam_nodes;
5435   if(arr)
5436     arr->changeValue(oldId,newId);
5437   arr=_fam_cells;
5438   if(arr)
5439     arr->changeValue(oldId,newId);
5440   arr=_fam_faces;
5441   if(arr)
5442     arr->changeValue(oldId,newId);
5443 }
5444
5445 std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > MEDFileStructuredMesh::getAllNonNullFamilyIds() const
5446 {
5447   std::list< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> > ret;
5448   const DataArrayInt *da(_fam_nodes);
5449   if(da)
5450     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5451   da=_fam_cells;
5452   if(da)
5453     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5454   da=_fam_faces;
5455   if(da)
5456     { da->incrRef(); ret.push_back(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>(const_cast<DataArrayInt *>(da))); }
5457   return ret;
5458 }
5459
5460 void MEDFileStructuredMesh::deepCpyAttributes()
5461 {
5462   if((const DataArrayInt*)_fam_nodes)
5463     _fam_nodes=_fam_nodes->deepCpy();
5464   if((const DataArrayInt*)_num_nodes)
5465     _num_nodes=_num_nodes->deepCpy();
5466   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_nodes)
5467     _names_nodes=_names_nodes->deepCpy();
5468   if((const DataArrayInt*)_fam_cells)
5469     _fam_cells=_fam_cells->deepCpy();
5470   if((const DataArrayInt*)_num_cells)
5471     _num_cells=_num_cells->deepCpy();
5472   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_cells)
5473     _names_cells=_names_cells->deepCpy();
5474   if((const DataArrayInt*)_fam_faces)
5475     _fam_faces=_fam_faces->deepCpy();
5476   if((const DataArrayInt*)_num_faces)
5477     _num_faces=_num_faces->deepCpy();
5478   if((const DataArrayAsciiChar*)_names_faces)
5479     _names_faces=_names_faces->deepCpy();
5480   if((const DataArrayInt*)_rev_num_nodes)
5481     _rev_num_nodes=_rev_num_nodes->deepCpy();
5482   if((const DataArrayInt*)_rev_num_cells)
5483     _rev_num_cells=_rev_num_cells->deepCpy();
5484 }
5485
5486 /*!
5487  * Returns a pointer to mesh at the specified level (here 0 is compulsary for cartesian mesh).
5488  * 
5489  * \return a pointer to cartesian mesh that need to be managed by the caller.
5490  * \warning the returned pointer has to be managed by the caller.
5491  */
5492
5493 /*!
5494  * Returns a pointer to MEDCouplingStructuredMesh held by \a this. 
5495  *  \param [in] meshDimRelToMax - it must be \c 0 or \c -1.
5496  *  \param [in] renum - it must be \c false.
5497  *  \return MEDCouplingMesh * - a pointer to MEDCouplingMesh that the caller is to
5498  *          delete using decrRef() as it is no more needed. 
5499  */
5500 MEDCouplingMesh *MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel(int meshDimRelToMax, bool renum) const
5501 {
5502   if(renum)
5503     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support renumbering ! To do it perform request of renum array directly !");
5504   const MEDCouplingStructuredMesh *m(getStructuredMesh());
5505   switch(meshDimRelToMax)
5506   {
5507     case 0:
5508       {
5509         if(m)
5510           m->incrRef();
5511         return const_cast<MEDCouplingStructuredMesh *>(m);
5512       }
5513     case -1:
5514       {
5515         if(!m)
5516           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGenMeshAtLevel : level -1 requested must be non empty to be able to compute unstructured sub mesh !");
5517         buildMinusOneImplicitPartIfNeeded();
5518         MEDCouplingMesh *ret(_faces_if_necessary);
5519         if(ret)
5520           ret->incrRef();
5521         return ret;
5522       }
5523     default:
5524       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh does not support multi level for mesh 0 expected as input !");
5525   }
5526 }
5527
5528 /*!
5529  * Returns number of mesh entities of a given relative dimension in \a this mesh.
5530  *  \param [in] meshDimRelToMaxExt - the relative dimension of interest.
5531  *  \return int - the number of entities.
5532  *  \throw If no mesh entities of dimension \a meshDimRelToMaxExt are available in \a this mesh.
5533  */
5534 int MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5535 {
5536   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5537   if(!cmesh)
5538     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : No structured mesh set !");
5539   switch(meshDimRelToMaxExt)
5540   {
5541     case 0:
5542       return cmesh->getNumberOfCells();
5543     case 1:
5544       return cmesh->getNumberOfNodes();
5545     case -1:
5546       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5547     default:
5548       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getSizeAtLevel : Only available for levels 0 or 1 or -1 !");
5549   }
5550 }
5551
5552 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes() const
5553 {
5554   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5555   if(!cmesh)
5556     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5557   return cmesh->getNumberOfNodes();
5558 }
5559
5560 int MEDFileStructuredMesh::getNumberOfCellsAtLevel(int meshDimRelToMaxExt) const
5561 {
5562   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5563   if(!cmesh)
5564     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : no cartesian mesh set !");
5565   switch(meshDimRelToMaxExt)
5566   {
5567     case 0:
5568       return cmesh->getNumberOfCells();
5569     case -1:
5570       return cmesh->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5571     default:
5572       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getNumberOfNodes : only meshDimRelToMax=0 and meshDimRelToMax=-1 supported !");
5573     }
5574 }
5575
5576 bool MEDFileStructuredMesh::hasImplicitPart() const
5577 {
5578   return true;
5579 }
5580
5581 /*!
5582  * \sa MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh
5583  */
5584 int MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType gt) const
5585 {
5586   static const char MSG[]="MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny : the given geo type is not manageable by a structured mesh !";
5587   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5588   if(!zeFaceMesh)
5589     {
5590       const INTERP_KERNEL::CellModel& cm(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension())));
5591       if(cm.getReverseExtrudedType()!=gt)
5592         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5593       buildImplicitPart();
5594       return getStructuredMesh()->getNumberOfCellsOfSubLevelMesh();
5595     }
5596   else
5597     {
5598       if(gt!=zeFaceMesh->getCellModelEnum())
5599         throw INTERP_KERNEL::Exception(MSG);
5600       return zeFaceMesh->getNumberOfCells();
5601     }
5602 }
5603
5604 void MEDFileStructuredMesh::buildMinusOneImplicitPartIfNeeded() const
5605 {
5606   const MEDCoupling1SGTUMesh *zeFaceMesh(_faces_if_necessary);
5607   if(!zeFaceMesh)
5608     buildImplicitPart();
5609 }
5610
5611 void MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart() const
5612 {
5613   const MEDCouplingStructuredMesh *mcmesh(getStructuredMesh());
5614   if(!mcmesh)
5615     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPart : Unable to build the implicit part of structured mesh because no structured mesh at level 0 defined !");
5616   _faces_if_necessary=mcmesh->build1SGTSubLevelMesh();
5617 }
5618
5619 void MEDFileStructuredMesh::releaseImplicitPartIfAny() const
5620 {
5621   _faces_if_necessary=0;
5622 }
5623
5624 /*!
5625  * Retrieves the internal pointer (no decrRef requested) of the implicit face mesh if any.
5626  * To force to build it you can invoke MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny method.
5627  * 
5628  * \sa MEDFileStructuredMesh::buildImplicitPartIfAny
5629  */
5630 MEDCoupling1SGTUMesh *MEDFileStructuredMesh::getImplicitFaceMesh() const
5631 {
5632   return _faces_if_necessary;
5633 }
5634
5635 std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel(int meshDimRelToMax) const
5636 {
5637   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh(getStructuredMesh());
5638   if(!cmesh)
5639     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : No structured mesh set !");
5640   switch(meshDimRelToMax)
5641   {
5642     case 0:
5643       {
5644         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,cmesh->getTypeOfCell(0));
5645         return ret;
5646       }
5647     case -1:
5648       {
5649         int mdim(cmesh->getMeshDimension());
5650         if(mdim<1)
5651           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only one level available for structured meshes ! Input 0 is mandatory or 0D mesh !");
5652         std::vector<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> ret(1,MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(mdim-1));
5653         return ret;
5654       }
5655     default:
5656       throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::getGeoTypesAtLevel : only 2 levels available at most : 0 and -1 !");
5657   }
5658 }
5659
5660 void MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched(const MEDFileField1TSStructItem& st, const MEDFileFieldGlobsReal *globs, std::vector<bool>& nodesFetched) const
5661 {
5662   if(st.getNumberOfItems()!=1)
5663     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on single geo type ! it is not managed yet for structured mesh !");
5664   if(st[0].getGeo()!=MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(getMeshDimension()))
5665     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : The sturture of field is not lying on expected geo type !");
5666   if(getNumberOfNodes()!=(int)nodesFetched.size())
5667     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : invalid size of array !");
5668   if(st[0].getPflName().empty())
5669     {
5670       std::fill(nodesFetched.begin(),nodesFetched.end(),true);
5671       return ;
5672     }
5673   const DataArrayInt *arr(globs->getProfile(st[0].getPflName()));
5674   const MEDCouplingStructuredMesh *cmesh=getStructuredMesh();//cmesh not null because getNumberOfNodes called before
5675   int sz(nodesFetched.size());
5676   for(const int *work=arr->begin();work!=arr->end();work++)
5677     {
5678       std::vector<int> conn;
5679       cmesh->getNodeIdsOfCell(*work,conn);
5680       for(std::vector<int>::const_iterator it=conn.begin();it!=conn.end();it++)
5681         if(*it>=0 && *it<sz)
5682           nodesFetched[*it]=true;
5683         else
5684           throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::whichAreNodesFetched : internal error !");
5685     }
5686 }
5687
5688 med_geometry_type MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(int meshDim)
5689 {
5690   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType ct(MEDCouplingStructuredMesh::GetGeoTypeGivenMeshDimension(meshDim));
5691   return typmai3[ct];
5692 }
5693
5694 void MEDFileStructuredMesh::LoadStrMeshDAFromFile(med_idt fid, int meshDim, int dt, int it, const std::string& mName, MEDFileMeshReadSelector *mrs,
5695                                                   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& famCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt>& numCells, MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayAsciiChar>& namesCells)
5696 {
5697   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5698   med_geometry_type geoTypeReq=MEDFileStructuredMesh::GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim);
5699   int nbOfElt(0);
5700   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5701   if(nbOfElt>0)
5702     {
5703       if(!mrs || mrs->isCellFamilyFieldReading())
5704         {
5705           famCells=DataArrayInt::New();
5706           famCells->alloc(nbOfElt,1);
5707           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,famCells->getPointer()));
5708         }
5709     }
5710   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5711   if(nbOfElt>0)
5712     {
5713       if(!mrs || mrs->isCellNumFieldReading())
5714         {
5715           numCells=DataArrayInt::New();
5716           numCells->alloc(nbOfElt,1);
5717           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,numCells->getPointer()));
5718         }
5719     }
5720   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5721   if(nbOfElt>0)
5722     {
5723       if(!mrs || mrs->isCellNameFieldReading())
5724         {
5725           namesCells=DataArrayAsciiChar::New();
5726           namesCells->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5727           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_CELL,geoTypeReq,namesCells->getPointer()));
5728           namesCells->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5729         }
5730     }
5731 }
5732
5733 void MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile(MEDFileStrMeshL2 *strm, med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5734 {
5735   setName(strm->getName());
5736   setDescription(strm->getDescription());
5737   setUnivName(strm->getUnivName());
5738   setIteration(strm->getIteration());
5739   setOrder(strm->getOrder());
5740   setTimeValue(strm->getTime());
5741   setTimeUnit(strm->getTimeUnit());
5742   MEDFileMeshL2::ReadFamiliesAndGrps(fid,mName,_families,_groups,mrs);
5743   med_bool chgt=MED_FALSE,trsf=MED_FALSE;
5744   int nbOfElt(MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_FAMILY_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf));
5745   if(nbOfElt>0)
5746     {
5747       if(!mrs || mrs->isNodeFamilyFieldReading())
5748         {
5749           int nbNodes(getNumberOfNodes());
5750           if(nbOfElt>nbNodes)
5751             throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileStructuredMesh::loadStrMeshFromFile : invalid size of family node array regarding number of nodes in this ! File seems to be corrupted !");
5752           _fam_nodes=DataArrayInt::New();
5753           _fam_nodes->alloc(nbNodes,1);//yes nbNodes and not nbOfElt see next line.
5754           if(nbNodes>nbOfElt)//yes it appends some times... It explains surely the mdump implementation. Bug revealed by PARAVIS EDF #2475 on structured.med file where only 12 first nodes are !=0 so nbOfElt=12 and nbOfNodes=378...
5755             _fam_nodes->fillWithZero();
5756           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityFamilyNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getPointer()));
5757         }
5758     }
5759   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NUMBER,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5760   if(nbOfElt>0)
5761     {
5762       if(!mrs || mrs->isNodeNumFieldReading())
5763         {
5764           _num_nodes=DataArrayInt::New();
5765           _num_nodes->alloc(nbOfElt,1);
5766           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNumberRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getPointer()));
5767         }
5768     }
5769   nbOfElt=MEDmeshnEntity(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,MED_NAME,MED_NODAL,&chgt,&trsf);
5770   if(nbOfElt>0)
5771     {
5772       if(!mrs || mrs->isNodeNameFieldReading())
5773         {
5774           _names_nodes=DataArrayAsciiChar::New();
5775           _names_nodes->alloc(nbOfElt+1,MED_SNAME_SIZE);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5776           MEDFILESAFECALLERRD0(MEDmeshEntityNameRd,(fid,mName.c_str(),dt,it,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getPointer()));
5777           _names_nodes->reAlloc(nbOfElt);//not a bug to avoid the memory corruption due to last \0 at the end
5778         }
5779     }
5780   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5781   LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim,dt,it,mName,mrs,_fam_cells,_num_cells,_names_cells);
5782   if(meshDim>=1)
5783     LoadStrMeshDAFromFile(fid,meshDim-1,dt,it,mName,mrs,_fam_faces,_num_faces,_names_faces);
5784 }
5785
5786 void MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(med_idt fid, const std::string& maa) const
5787 {
5788   int meshDim(getStructuredMesh()->getMeshDimension());
5789   med_geometry_type geoTypeReq(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim)),geoTypeReq2(GetGeoTypeFromMeshDim(meshDim-1));
5790   //
5791   if((const DataArrayInt *)_fam_cells)
5792     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_fam_cells->getNumberOfTuples(),_fam_cells->getConstPointer()));
5793   if((const DataArrayInt *)_fam_faces)
5794     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_fam_faces->getNumberOfTuples(),_fam_faces->getConstPointer()));
5795   if((const DataArrayInt *)_fam_nodes)
5796     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityFamilyNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_fam_nodes->getNumberOfTuples(),_fam_nodes->getConstPointer()));
5797   if((const DataArrayInt *)_num_cells)
5798     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_num_cells->getNumberOfTuples(),_num_cells->getConstPointer()));
5799   if((const DataArrayInt *)_num_faces)
5800     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_num_faces->getNumberOfTuples(),_num_faces->getConstPointer()));
5801   if((const DataArrayInt *)_num_nodes)
5802     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNumberWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_num_nodes->getNumberOfTuples(),_num_nodes->getConstPointer()));
5803   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_cells)
5804     {
5805       if(_names_cells->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5806         {
5807           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on cells with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5808           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5809           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5810         }
5811       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq,_names_cells->getNumberOfTuples(),_names_cells->getConstPointer()));
5812     }
5813   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_faces)
5814     {
5815       if(_names_faces->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5816         {
5817           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on faces with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5818           oss << " ! The array has " << _names_faces->getNumberOfComponents() << " components !";
5819           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5820         }
5821       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_CELL,geoTypeReq2,_names_faces->getNumberOfTuples(),_names_faces->getConstPointer()));
5822     }
5823   if((const DataArrayAsciiChar *)_names_nodes)
5824     {
5825       if(_names_nodes->getNumberOfComponents()!=MED_SNAME_SIZE)
5826         {
5827           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL : expected a name field on nodes with number of components set to " << MED_SNAME_SIZE;
5828           oss << " ! The array has " << _names_cells->getNumberOfComponents() << " components !";
5829           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5830         }
5831       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshEntityNameWr,(fid,maa.c_str(),_iteration,_order,MED_NODE,MED_NONE,_names_nodes->getNumberOfTuples(),_names_nodes->getConstPointer()));
5832     }
5833   //
5834   MEDFileUMeshL2::WriteFamiliesAndGrps(fid,maa.c_str(),_families,_groups,_too_long_str);
5835 }
5836
5837 /*!
5838  * Returns an empty instance of MEDFileCMesh.
5839  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5840  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5841  */
5842 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New()
5843 {
5844   return new MEDFileCMesh;
5845 }
5846
5847 /*!
5848  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5849  * file. The first mesh in the file is loaded.
5850  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5851  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5852  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5853  *  \throw If the file is not readable.
5854  *  \throw If there is no meshes in the file.
5855  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5856  */
5857 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5858 {
5859   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
5860   if(ms.empty())
5861     {
5862       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
5863       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
5864     }
5865   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5866   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5867   int dt,it;
5868   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
5869   std::string dummy2;
5870   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
5871   return new MEDFileCMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
5872 }
5873
5874 /*!
5875  * Returns a new MEDFileCMesh holding the mesh data that has been read from a given MED
5876  * file. The mesh to load is specified by its name and numbers of a time step and an
5877  * iteration.
5878  *  \param [in] fileName - the name of MED file to read.
5879  *  \param [in] mName - the name of the mesh to read.
5880  *  \param [in] dt - the number of a time step.
5881  *  \param [in] it - the number of an iteration.
5882  *  \return MEDFileCMesh * - a new instance of MEDFileCMesh. The caller is to delete this
5883  *          mesh using decrRef() as it is no more needed. 
5884  *  \throw If the file is not readable.
5885  *  \throw If there is no mesh with given attributes in the file.
5886  *  \throw If the mesh in the file is not a Cartesian one.
5887  */
5888 MEDFileCMesh *MEDFileCMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
5889 {
5890   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
5891   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
5892   return new MEDFileCMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
5893 }
5894
5895 std::size_t MEDFileCMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
5896 {
5897   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
5898 }
5899
5900 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCMesh::getDirectChildrenWithNull() const
5901 {
5902   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
5903   ret.push_back((const MEDCouplingCMesh *)_cmesh);
5904   return ret;
5905 }
5906
5907 /*!
5908  * Returns the dimension on cells in \a this mesh.
5909  *  \return int - the mesh dimension.
5910  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5911  */
5912 int MEDFileCMesh::getMeshDimension() const
5913 {
5914   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5915     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
5916   return _cmesh->getMeshDimension();
5917 }
5918
5919 /*!
5920  * Returns the dimension on nodes in \a this mesh.
5921  *  \return int - the space dimension.
5922  *  \throw If there are no cells in this mesh.
5923  */
5924 int MEDFileCMesh::getSpaceDimension() const
5925 {
5926   if(!((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh))
5927     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCMesh::getSpaceDimension : unable to get spacedimension because no mesh set !");
5928   return _cmesh->getSpaceDimension();
5929 }
5930
5931 /*!
5932  * Returns a string describing \a this mesh.
5933  *  \return std::string - the mesh information string.
5934  */
5935 std::string MEDFileCMesh::simpleRepr() const
5936 {
5937   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
5938 }
5939
5940 /*!
5941  * Returns a full textual description of \a this mesh.
5942  *  \return std::string - the string holding the mesh description.
5943  */
5944 std::string MEDFileCMesh::advancedRepr() const
5945 {
5946   return simpleRepr();
5947 }
5948
5949 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::shallowCpy() const
5950 {
5951   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5952   return ret.retn();
5953 }
5954
5955 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::createNewEmpty() const
5956 {
5957   return new MEDFileCMesh;
5958 }
5959
5960 MEDFileMesh *MEDFileCMesh::deepCpy() const
5961 {
5962   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCMesh> ret=new MEDFileCMesh(*this);
5963   if((const MEDCouplingCMesh*)_cmesh)
5964     ret->_cmesh=static_cast<MEDCouplingCMesh*>(_cmesh->deepCpy());
5965   ret->deepCpyAttributes();
5966   return ret.retn();
5967 }
5968
5969 /*!
5970  * Checks if \a this and another mesh are equal.
5971  *  \param [in] other - the mesh to compare with.
5972  *  \param [in] eps - a precision used to compare real values.
5973  *  \param [in,out] what - the string returning description of unequal data.
5974  *  \return bool - \c true if the meshes are equal, \c false, else.
5975  */
5976 bool MEDFileCMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
5977 {
5978   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
5979     return false;
5980   const MEDFileCMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCMesh *>(other);
5981   if(!otherC)
5982     {
5983       what="Mesh types differ ! This is cartesian and other is NOT !";
5984       return false;
5985     }
5986   clearNonDiscrAttributes();
5987   otherC->clearNonDiscrAttributes();
5988   const MEDCouplingCMesh *coo1=_cmesh;
5989   const MEDCouplingCMesh *coo2=otherC->_cmesh;
5990   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
5991     {
5992       what="Mismatch of cartesian meshes ! One is defined and not other !";
5993       return false;
5994     }
5995   if(coo1)
5996     {
5997       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
5998       if(!ret)
5999         {
6000           what="cartesian meshes differ !";
6001           return false;
6002         }
6003     }
6004   return true;
6005 }
6006
6007 /*!
6008  * Clears redundant attributes of incorporated data arrays.
6009  */
6010 void MEDFileCMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6011 {
6012   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6013   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_cmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6014 }
6015
6016 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh()
6017 {
6018 }
6019
6020 MEDFileCMesh::MEDFileCMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6021 try
6022 {
6023     loadCMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6024     loadJointsFromFile(fid);
6025 }
6026 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6027 {
6028     throw e;
6029 }
6030
6031 void MEDFileCMesh::loadCMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6032 {
6033   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6034   int dummy0,dummy1;
6035   std::string dtunit;
6036   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6037   if(meshType!=CARTESIAN)
6038     {
6039       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as cartesian an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT cartesian !";
6040       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6041     }
6042   MEDFileCMeshL2 loaderl2;
6043   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6044   MEDCouplingCMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6045   mesh->incrRef();
6046   _cmesh=mesh;
6047   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6048 }
6049
6050 /*!
6051  * Returns a const pointer to MEDCouplingCMesh held by \a this mesh.
6052  *  \return const MEDCouplingCMesh * - a pointer to the held MEDCouplingCMesh.
6053  */
6054 const MEDCouplingCMesh *MEDFileCMesh::getMesh() const
6055 {
6056   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6057   return _cmesh;
6058 }
6059
6060 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCMesh::getStructuredMesh() const
6061 {
6062   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6063   return _cmesh;
6064 }
6065
6066 /*!
6067  * Sets the MEDCouplingCMesh holding the data of \a this mesh.
6068  *  \param [in] m - the new MEDCouplingCMesh to refer to.
6069  *  \throw If the name or the description of \a this mesh and \a m are not empty and are
6070  *         different. 
6071  */
6072 void MEDFileCMesh::setMesh(MEDCouplingCMesh *m)
6073 {
6074   dealWithTinyInfo(m);
6075   if(m)
6076     m->incrRef();
6077   _cmesh=m;
6078 }
6079
6080 void MEDFileCMesh::writeLL(med_idt fid) const
6081 {
6082   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6083   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6084   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6085   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6086   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6087   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6088   int spaceDim(_cmesh->getSpaceDimension());
6089   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6090   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6091   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6092     {
6093       std::string info(_cmesh->getCoordsAt(i)->getInfoOnComponent(0));
6094       std::string c,u;
6095       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6096       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6097       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6098     }
6099   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,spaceDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6100   if(_univ_wr_status)
6101     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6102   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CARTESIAN_GRID));
6103   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6104     {
6105       const DataArrayDouble *da=_cmesh->getCoordsAt(i);
6106       MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridIndexCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,i+1,da->getNumberOfTuples(),da->getConstPointer()));
6107     }
6108   //
6109   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6110   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6111
6112   writeJoints(fid);
6113 }
6114
6115 void MEDFileCMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6116 {
6117   const MEDCouplingCMesh *cmesh=_cmesh;
6118   if(!cmesh)
6119     return;
6120   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setName(_name);
6121   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setDescription(_desc_name);
6122   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6123   (const_cast<MEDCouplingCMesh *>(cmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6124 }
6125
6126 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New()
6127 {
6128   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6129 }
6130
6131 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6132 {
6133   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6134   if(ms.empty())
6135     {
6136       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6137       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6138     }
6139   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6140   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6141   int dt,it;
6142   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6143   std::string dummy2;
6144   MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6145   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,ms.front(),dt,it,mrs);
6146 }
6147
6148 MEDFileCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::New(const std::string& fileName, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6149 {
6150   MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6151   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6152   return new MEDFileCurveLinearMesh(fid,mName,dt,it,mrs);
6153 }
6154
6155 std::size_t MEDFileCurveLinearMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6156 {
6157   return MEDFileStructuredMesh::getHeapMemorySizeWithoutChildren();
6158 }
6159
6160 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileCurveLinearMesh::getDirectChildrenWithNull() const
6161 {
6162   std::vector<const BigMemoryObject *> ret(MEDFileStructuredMesh::getDirectChildrenWithNull());
6163   ret.push_back((const MEDCouplingCurveLinearMesh *)_clmesh);
6164   return ret;
6165 }
6166
6167 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::shallowCpy() const
6168 {
6169   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6170   return ret.retn();
6171 }
6172
6173 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::createNewEmpty() const
6174 {
6175   return new MEDFileCurveLinearMesh;
6176 }
6177
6178 MEDFileMesh *MEDFileCurveLinearMesh::deepCpy() const
6179 {
6180   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileCurveLinearMesh> ret=new MEDFileCurveLinearMesh(*this);
6181   if((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh)
6182     ret->_clmesh=static_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh*>(_clmesh->deepCpy());
6183   ret->deepCpyAttributes();
6184   return ret.retn();
6185 }
6186
6187 int MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension() const
6188 {
6189   if(!((const MEDCouplingCurveLinearMesh*)_clmesh))
6190     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::getMeshDimension : unable to get meshdimension because no mesh set !");
6191   return _clmesh->getMeshDimension();
6192 }
6193
6194 std::string MEDFileCurveLinearMesh::simpleRepr() const
6195 {
6196   return MEDFileStructuredMesh::simpleRepr();
6197 }
6198
6199 std::string MEDFileCurveLinearMesh::advancedRepr() const
6200 {
6201   return simpleRepr();
6202 }
6203
6204 bool MEDFileCurveLinearMesh::isEqual(const MEDFileMesh *other, double eps, std::string& what) const
6205 {
6206   if(!MEDFileStructuredMesh::isEqual(other,eps,what))
6207     return false;
6208   const MEDFileCurveLinearMesh *otherC=dynamic_cast<const MEDFileCurveLinearMesh *>(other);
6209   if(!otherC)
6210     {
6211       what="Mesh types differ ! This is curve linear and other is NOT !";
6212       return false;
6213     }
6214   clearNonDiscrAttributes();
6215   otherC->clearNonDiscrAttributes();
6216   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo1=_clmesh;
6217   const MEDCouplingCurveLinearMesh *coo2=otherC->_clmesh;
6218   if((coo1==0 && coo2!=0) || (coo1!=0 && coo2==0))
6219     {
6220       what="Mismatch of curve linear meshes ! One is defined and not other !";
6221       return false;
6222     }
6223   if(coo1)
6224     {
6225       bool ret=coo1->isEqual(coo2,eps);
6226       if(!ret)
6227         {
6228           what="curve linear meshes differ !";
6229           return false;
6230         }
6231     }
6232   return true;
6233 }
6234
6235 void MEDFileCurveLinearMesh::clearNonDiscrAttributes() const
6236 {
6237   MEDFileStructuredMesh::clearNonDiscrAttributes();
6238   MEDFileUMeshSplitL1::ClearNonDiscrAttributes(_clmesh);//to it is not a bug umeshsplit have already the method implemented
6239 }
6240
6241 void MEDFileCurveLinearMesh::synchronizeTinyInfoOnLeaves() const
6242 {
6243   const MEDCouplingCurveLinearMesh *clmesh=_clmesh;
6244   if(!clmesh)
6245     return;
6246   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setName(_name);
6247   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setDescription(_desc_name);
6248   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTime(_time,_iteration,_order);
6249   (const_cast<MEDCouplingCurveLinearMesh *>(clmesh))->setTimeUnit(_dt_unit);
6250 }
6251
6252 const MEDCouplingCurveLinearMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getMesh() const
6253 {
6254   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6255   return _clmesh;
6256 }
6257
6258 void MEDFileCurveLinearMesh::setMesh(MEDCouplingCurveLinearMesh *m)
6259 {
6260   dealWithTinyInfo(m);
6261   if(m)
6262     m->incrRef();
6263   _clmesh=m;
6264 }
6265
6266 const MEDCouplingStructuredMesh *MEDFileCurveLinearMesh::getStructuredMesh() const
6267 {
6268   synchronizeTinyInfoOnLeaves();
6269   return _clmesh;
6270 }
6271
6272 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh()
6273 {
6274 }
6275
6276 MEDFileCurveLinearMesh::MEDFileCurveLinearMesh(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6277 try
6278 {
6279     loadCLMeshFromFile(fid,mName,dt,it,mrs);
6280     loadJointsFromFile(fid);
6281 }
6282 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6283 {
6284     throw e;
6285 }
6286
6287 void MEDFileCurveLinearMesh::writeLL(med_idt fid) const
6288 {
6289   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> maa=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_NAME_SIZE);
6290   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> desc=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_COMMENT_SIZE);
6291   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> dtunit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(MED_LNAME_SIZE);
6292   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_name.c_str(),MED_NAME_SIZE,maa,_too_long_str);
6293   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_desc_name.c_str(),MED_COMMENT_SIZE,desc,_too_long_str);
6294   MEDLoaderBase::safeStrCpy(_dt_unit.c_str(),MED_LNAME_SIZE,dtunit,_too_long_str);
6295   int spaceDim=_clmesh->getSpaceDimension();
6296   int meshDim=_clmesh->getMeshDimension();
6297   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> comp=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6298   INTERP_KERNEL::AutoPtr<char> unit=MEDLoaderBase::buildEmptyString(spaceDim*MED_SNAME_SIZE);
6299   const DataArrayDouble *coords=_clmesh->getCoords();
6300   if(!coords)
6301     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileCurveLinearMesh::writeLL : no coordinates set !");
6302   for(int i=0;i<spaceDim;i++)
6303     {
6304       std::string info(_clmesh->getCoords()->getInfoOnComponent(i));
6305       std::string c,u;
6306       MEDLoaderBase::splitIntoNameAndUnit(info,c,u);
6307       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(c.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,comp+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6308       MEDLoaderBase::safeStrCpy2(u.c_str(),MED_SNAME_SIZE-1,unit+i*MED_SNAME_SIZE,_too_long_str);//MED_TAILLE_PNOM-1 to avoid to write '\0' on next compo
6309     }
6310   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshCr,(fid,maa,spaceDim,meshDim,MED_STRUCTURED_MESH,desc,dtunit,MED_SORT_DTIT,MED_CARTESIAN,comp,unit));
6311   if(_univ_wr_status)
6312     MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshUniversalNameWr,(fid,maa));
6313   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridTypeWr,(fid,maa,MED_CURVILINEAR_GRID));
6314   std::vector<int> nodeGridSt=_clmesh->getNodeGridStructure();
6315   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshGridStructWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,&nodeGridSt[0]));
6316
6317   MEDFILESAFECALLERWR0(MEDmeshNodeCoordinateWr,(fid,maa,_iteration,_order,_time,MED_FULL_INTERLACE,coords->getNumberOfTuples(),coords->begin()));
6318   //
6319   std::string meshName(MEDLoaderBase::buildStringFromFortran(maa,MED_NAME_SIZE));
6320   MEDFileStructuredMesh::writeStructuredLL(fid,meshName);
6321
6322   writeJoints(fid);
6323 }
6324
6325 void MEDFileCurveLinearMesh::loadCLMeshFromFile(med_idt fid, const std::string& mName, int dt, int it, MEDFileMeshReadSelector *mrs)
6326 {
6327   ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6328   int dummy0,dummy1;
6329   std::string dtunit;
6330   int mid=MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,mName,meshType,dummy0,dummy1,dtunit);
6331   if(meshType!=CURVE_LINEAR)
6332     {
6333       std::ostringstream oss; oss << "Trying to load as curve linear an existing mesh with name '" << mName << "' that is NOT curve linear !";
6334       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6335     }
6336   MEDFileCLMeshL2 loaderl2;
6337   loaderl2.loadAll(fid,mid,mName,dt,it);
6338   MEDCouplingCurveLinearMesh *mesh=loaderl2.getMesh();
6339   mesh->incrRef();
6340   _clmesh=mesh;
6341   loadStrMeshFromFile(&loaderl2,fid,mName,dt,it,mrs);
6342 }
6343
6344 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New()
6345 {
6346   return new MEDFileMeshMultiTS;
6347 }
6348
6349 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName)
6350 {
6351   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName);
6352 }
6353
6354 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::New(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6355 {
6356   return new MEDFileMeshMultiTS(fileName,mName);
6357 }
6358
6359 MEDFileMeshMultiTS *MEDFileMeshMultiTS::deepCpy() const
6360 {
6361   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> ret=MEDFileMeshMultiTS::New();
6362   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> > meshOneTs(_mesh_one_ts.size());
6363   std::size_t i=0;
6364   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++,i++)
6365     if((const MEDFileMesh *)*it)
6366       meshOneTs[i]=(*it)->deepCpy();
6367   ret->_mesh_one_ts=meshOneTs;
6368   return ret.retn();
6369 }
6370
6371 std::size_t MEDFileMeshMultiTS::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6372 {
6373   return _mesh_one_ts.capacity()*sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh>);
6374 }
6375
6376 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshMultiTS::getDirectChildrenWithNull() const
6377 {
6378   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6379   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6380     ret.push_back((const MEDFileMesh *)*it);
6381   return ret;
6382 }
6383
6384 std::string MEDFileMeshMultiTS::getName() const
6385 {
6386   if(_mesh_one_ts.empty())
6387     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getName : no time steps set !");
6388   return _mesh_one_ts[0]->getName();
6389 }
6390
6391 void MEDFileMeshMultiTS::setName(const std::string& newMeshName)
6392 {
6393   std::string oldName(getName());
6394   std::vector< std::pair<std::string,std::string> > v(1);
6395   v[0].first=oldName; v[0].second=newMeshName;
6396   changeNames(v);
6397 }
6398
6399 bool MEDFileMeshMultiTS::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6400 {
6401   bool ret=false;
6402   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6403     {
6404       MEDFileMesh *cur(*it);
6405       if(cur)
6406         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6407     }
6408   return ret;
6409 }
6410
6411 MEDFileMesh *MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep() const
6412 {
6413   if(_mesh_one_ts.empty())
6414     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::getOneTimeStep : empty time step set !");
6415   return const_cast<MEDFileMesh *>(static_cast<const MEDFileMesh *>(_mesh_one_ts[0]));
6416 }
6417
6418 void MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep(MEDFileMesh *mesh1TimeStep)
6419 {
6420   if(!mesh1TimeStep)
6421     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshMultiTS::setOneTimeStep : input pointer should be different from 0 !");
6422   _mesh_one_ts.resize(1);
6423   mesh1TimeStep->incrRef();
6424   //MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> toto=mesh1TimeStep;
6425   _mesh_one_ts[0]=mesh1TimeStep;
6426 }
6427
6428 MEDFileJoints * MEDFileMeshMultiTS::getJoints() const
6429 {
6430   if ( MEDFileMesh* m = getOneTimeStep() )
6431     return m->getJoints();
6432   return 0;
6433 }
6434
6435 /*!
6436  * \brief Set Joints that are common to all time-stamps
6437  */
6438 void MEDFileMeshMultiTS::setJoints( MEDFileJoints* joints )
6439 {
6440   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6441     {
6442       (*it)->setJoints( joints );
6443     }
6444 }
6445
6446 void MEDFileMeshMultiTS::write(med_idt fid) const
6447 {
6448   MEDFileJoints *joints(getJoints());
6449   bool jointsWritten(false);
6450
6451   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMesh> >::const_iterator it=_mesh_one_ts.begin();it!=_mesh_one_ts.end();it++)
6452     {
6453       if ( jointsWritten )
6454         const_cast<MEDFileMesh&>(**it).setJoints( 0 );
6455       else
6456         jointsWritten = true;
6457
6458       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6459       (*it)->write(fid);
6460     }
6461
6462   (const_cast<MEDFileMeshMultiTS*>(this))->setJoints( joints ); // restore joints
6463 }
6464
6465 void MEDFileMeshMultiTS::write(const std::string& fileName, int mode) const
6466 {
6467   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6468   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6469   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6470   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6471   write(fid);
6472 }
6473
6474 void MEDFileMeshMultiTS::loadFromFile(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6475 {
6476   MEDFileJoints* joints = 0;
6477   if ( !_mesh_one_ts.empty() && getOneTimeStep() )
6478     {
6479       // joints of mName already read, pass them to MEDFileMesh::New() to prevent repeated reading
6480       joints = getOneTimeStep()->getJoints();
6481     }
6482
6483   _mesh_one_ts.clear();  //for the moment to be improved
6484   _mesh_one_ts.push_back( MEDFileMesh::New(fileName,mName,-1,-1,0, joints ));
6485 }
6486
6487 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS()
6488 {
6489 }
6490
6491 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName)
6492 try
6493 {
6494     std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6495     if(ms.empty())
6496       {
6497         std::ostringstream oss; oss << "MEDFileUMesh::New : no meshes in file \"" << fileName << "\" !";
6498         throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6499       }
6500     MEDFileUtilities::CheckFileForRead(fileName);
6501     MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),MED_ACC_RDONLY);
6502     int dt,it;
6503     ParaMEDMEM::MEDCouplingMeshType meshType;
6504     std::string dummy2;
6505     MEDFileMeshL2::GetMeshIdFromName(fid,ms.front(),meshType,dt,it,dummy2);
6506     loadFromFile(fileName,ms.front());
6507 }
6508 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6509 {
6510     throw e;
6511 }
6512
6513 MEDFileMeshMultiTS::MEDFileMeshMultiTS(const std::string& fileName, const std::string& mName)
6514 try
6515 {
6516     loadFromFile(fileName,mName);
6517 }
6518 catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
6519 {
6520     throw e;
6521 }
6522
6523 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New()
6524 {
6525   return new MEDFileMeshes;
6526 }
6527
6528 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::New(const std::string& fileName)
6529 {
6530   return new MEDFileMeshes(fileName);
6531 }
6532
6533 void MEDFileMeshes::write(med_idt fid) const
6534 {
6535   checkCoherency();
6536   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6537     {
6538       (*it)->copyOptionsFrom(*this);
6539       (*it)->write(fid);
6540     }
6541 }
6542
6543 void MEDFileMeshes::write(const std::string& fileName, int mode) const
6544 {
6545   med_access_mode medmod=MEDFileUtilities::TraduceWriteMode(mode);
6546   MEDFileUtilities::AutoFid fid=MEDfileOpen(fileName.c_str(),medmod);
6547   std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMesh : error on attempt to write in file : \"" << fileName << "\""; 
6548   MEDFileUtilities::CheckMEDCode(fid,fid,oss.str());
6549   checkCoherency();
6550   write(fid);
6551 }
6552
6553 int MEDFileMeshes::getNumberOfMeshes() const
6554 {
6555   return _meshes.size();
6556 }
6557
6558 MEDFileMeshesIterator *MEDFileMeshes::iterator()
6559 {
6560   return new MEDFileMeshesIterator(this);
6561 }
6562
6563 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6564 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshAtPos(int i) const
6565 {
6566   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6567     {
6568       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshAtPos : invalid mesh id given in parameter ! Should be in [0;" << _meshes.size() << ") !";
6569       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6570     }
6571   return _meshes[i]->getOneTimeStep();
6572 }
6573
6574 /** Return a borrowed reference (caller is not responsible) */
6575 MEDFileMesh *MEDFileMeshes::getMeshWithName(const std::string& mname) const
6576 {
6577   std::vector<std::string> ms=getMeshesNames();
6578   std::vector<std::string>::iterator it=std::find(ms.begin(),ms.end(),mname);
6579   if(it==ms.end())
6580     {
6581       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshWithName : Mesh  \"" << mname << "\" does not exist in this ! Existing are : ";
6582       std::copy(ms.begin(),ms.end(),std::ostream_iterator<std::string>(oss," "));
6583       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6584     }
6585   return getMeshAtPos((int)std::distance(ms.begin(),it));
6586 }
6587
6588 std::vector<std::string> MEDFileMeshes::getMeshesNames() const
6589 {
6590   std::vector<std::string> ret(_meshes.size());
6591   int i=0;
6592   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6593     {
6594       const MEDFileMeshMultiTS *f=(*it);
6595       if(f)
6596         {
6597           ret[i]=f->getName();
6598         }
6599       else
6600         {
6601           std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getMeshesNames : At rank #" << i << " mesh is not defined !";
6602           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6603         }
6604     }
6605   return ret;
6606 }
6607 /*const MEDFileJoints* MEDFileMeshes::getJoints() const
6608 {
6609   const MEDFileJoints *ret=_joints;
6610   if(!ret)
6611   {
6612     std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::getJoints : joints is not defined !";
6613     throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6614   }
6615   return ret;
6616 }*/
6617
6618 bool MEDFileMeshes::changeNames(const std::vector< std::pair<std::string,std::string> >& modifTab)
6619 {
6620   bool ret=false;
6621   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6622     {
6623       MEDFileMeshMultiTS *cur(*it);
6624       if(cur)
6625         ret=cur->changeNames(modifTab) || ret;
6626     }
6627   return ret;
6628 }
6629
6630 void MEDFileMeshes::resize(int newSize)
6631 {
6632   _meshes.resize(newSize);
6633 }
6634
6635 void MEDFileMeshes::pushMesh(MEDFileMesh *mesh)
6636 {
6637   if(!mesh)
6638     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::pushMesh : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6639   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6640   elt->setOneTimeStep(mesh);
6641   _meshes.push_back(elt);
6642 }
6643
6644 void MEDFileMeshes::setMeshAtPos(int i, MEDFileMesh *mesh)
6645 {
6646   if(!mesh)
6647     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDFileMeshes::setMeshAtPos : invalid input pointer ! should be different from 0 !");
6648   if(i>=(int)_meshes.size())
6649     _meshes.resize(i+1);
6650   MEDFileMeshMultiTS *elt=MEDFileMeshMultiTS::New();
6651   elt->setOneTimeStep(mesh);
6652   _meshes[i]=elt;
6653 }
6654
6655 void MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos(int i)
6656 {
6657   if(i<0 || i>=(int)_meshes.size())
6658     {
6659       std::ostringstream oss; oss << "MEDFileMeshes::destroyMeshAtPos : Invalid given id in input (" << i << ") should be in [0," << _meshes.size() << ") !";
6660       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6661     }
6662   _meshes.erase(_meshes.begin()+i);
6663 }
6664
6665 void MEDFileMeshes::loadFromFile(const std::string& fileName)
6666 {
6667   std::vector<std::string> ms=MEDLoader::GetMeshNames(fileName);
6668   int i=0;
6669   _meshes.resize(ms.size());
6670   for(std::vector<std::string>::const_iterator it=ms.begin();it!=ms.end();it++,i++)
6671     _meshes[i]=MEDFileMeshMultiTS::New(fileName,(*it));
6672 }
6673
6674 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes()
6675 {
6676 }
6677
6678 MEDFileMeshes::MEDFileMeshes(const std::string& fileName)
6679 try
6680 {
6681     loadFromFile(fileName);
6682 }
6683 catch(INTERP_KERNEL::Exception& /*e*/)
6684 {
6685 }
6686
6687 MEDFileMeshes *MEDFileMeshes::deepCpy() const
6688 {
6689   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> > meshes(_meshes.size());
6690   std::size_t i=0;
6691   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6692     if((const MEDFileMeshMultiTS *)*it)
6693       meshes[i]=(*it)->deepCpy();
6694   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> ret=MEDFileMeshes::New();
6695   ret->_meshes=meshes;
6696   return ret.retn();
6697 }
6698
6699 std::size_t MEDFileMeshes::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
6700 {
6701   return _meshes.capacity()*(sizeof(MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS>));
6702 }
6703
6704 std::vector<const BigMemoryObject *> MEDFileMeshes::getDirectChildrenWithNull() const
6705 {
6706   std::vector<const BigMemoryObject *> ret;
6707   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++)
6708     ret.push_back((const MEDFileMeshMultiTS *)*it);
6709   return ret;
6710 }
6711
6712 std::string MEDFileMeshes::simpleRepr() const
6713 {
6714   std::ostringstream oss;
6715   oss << "(*****************)\n(* MEDFileMeshes *)\n(*****************)\n\n";
6716   simpleReprWithoutHeader(oss);
6717   return oss.str();
6718 }
6719
6720 void MEDFileMeshes::simpleReprWithoutHeader(std::ostream& oss) const
6721 {
6722   int nbOfMeshes=getNumberOfMeshes();
6723   oss << "There are " << nbOfMeshes << " meshes with the following names : \n";
6724   std::vector<std::string> mns=getMeshesNames();
6725   for(int i=0;i<nbOfMeshes;i++)
6726     oss << "  - #" << i << " \"" << mns[i] << "\"\n";
6727 }
6728
6729 void MEDFileMeshes::checkCoherency() const
6730 {
6731   static const char MSG[]="MEDFileMeshes::checkCoherency : mesh at rank ";
6732   int i=0;
6733   std::set<std::string> s;
6734   for(std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshMultiTS> >::const_iterator it=_meshes.begin();it!=_meshes.end();it++,i++)
6735     {
6736       const MEDFileMeshMultiTS *elt=(*it);
6737       if(!elt)
6738         {
6739           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << "/" << _meshes.size() << " is empty !";
6740           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6741         }
6742       std::size_t sz=s.size();
6743       s.insert(std::string((*it)->getName()));
6744       if(s.size()==sz)
6745         {
6746           std::ostringstream oss; oss << MSG << i << " has a name (\"" << (*it)->getName() << "\") already used by an another mesh in list !";
6747           throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
6748         }
6749     }
6750 }
6751
6752 MEDFileMeshesIterator::MEDFileMeshesIterator(MEDFileMeshes *ms):_ms(ms),_iter_id(0),_nb_iter(0)
6753 {
6754   if(ms)
6755     {
6756       ms->incrRef();
6757       _nb_iter=ms->getNumberOfMeshes();
6758     }
6759 }
6760
6761 MEDFileMeshesIterator::~MEDFileMeshesIterator()
6762 {
6763 }
6764
6765 MEDFileMesh *MEDFileMeshesIterator::nextt()
6766 {
6767   if(_iter_id<_nb_iter)
6768     {
6769       MEDFileMeshes *ms(_ms);
6770       if(ms)
6771         return ms->getMeshAtPos(_iter_id++);
6772       else
6773         return 0;
6774     }
6775   else
6776     return 0;
6777 }