src/MEDCalc/tui/medimages.py

   1 #  -*- coding: iso-8859-1 -*-
   2 # Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   3 #
   4 # This library is free software; you can redistribute it and/or
   5 # modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   6 # License as published by the Free Software Foundation; either
   7 # version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   8 #
   9 # This library is distributed in the hope that it will be useful,
  10 # but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  11 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  12 # Lesser General Public License for more details.
  13 #
  14 # You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  15 # License along with this library; if not, write to the Free Software
  16 # Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  17 #
  18 # See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  19 #
  20
  21 # Author : Guillaume Boulant (EDF)
  22
  23 import MEDCoupling as MC
  24 import MEDLoader as ML
  25
  26 from PIL import Image
  27 from PIL import ImageOps
  28 import numpy
  29
  30 class FieldBuilder:
  31
  32     def image2med(self, imageFilepath, medFilepath=None):
  33
  34         # Load the image file in a numpy array using PIL.
  35         img=Image.open(imageFilepath)
  36         imgbw=ImageOps.grayscale(img)
  37         # WARN: We keep only the grayscale. Maybe, it could be usefull
  38         # to get the RGB scales each on one component of the field.
  39
  40         # Creating a cartesian mesh with a grid of the size of the image
  41         # The sizes defined the number of pixel in a direction, then the
  42         # number of cells to create in the mesh in that direction.
  43         width,height=imgbw.size
  44         mesh=self.createMesh("grid_%sx%s"%(width,height),width,height)
  45         field=self.createField("imagefield",mesh,imgbw)
  46
  47         # The MEDLoader can be used to save all the stuff in a med file. You
  48         # just have to specify the field and the MEDLoader will save the
  49         # underlying mesh.
  50         createFromScratch=True
  51         ML.MEDLoader.WriteField(medFilepath,field,createFromScratch)
  52
  53     def createMesh(self, meshname, sizeX, sizeY):
  54         """
  55         Creating a cartesian mesh with a grid of the size of the image.
  56         sizeX and sizeY should be respectively the width and heigth of the
  57         image.
  58         """
  59         # >>>
  60         # WARNING: remember the problem of tics and spaces. The data values
  61         # are considered as values defined on cells. With size values in a
  62         # direction, we have to create size+1 mesh nodes in that direction.
  63         # <<<
  64
  65         # The mesh is created using MEDCoupling
  66         cmesh=MC.MEDCouplingCMesh.New();
  67         cmesh.setName(meshname)
  68
  69         # We use an arbitrary step between cells (the value does not matter)
  70         stepX = 0.1
  71         nbNodesX = sizeX+1
  72         arrX = [float(i * stepX) for i in range(nbNodesX)]
  73         coordsX=MC.DataArrayDouble.New()
  74         coordsX.setValues(arrX,nbNodesX,1)
  75
  76         # For the Y dimension, we have to reverse the coordinates (the
  77         # first pixel is at y=height and not at y=0).
  78         stepY = 0.1
  79         nbNodesY = sizeY+1
  80         lengthY = sizeY*stepY
  81         arrY=[float(lengthY - i * stepY) for i in range(nbNodesY)]
  82         coordsY=MC.DataArrayDouble.New()
  83         coordsY.setValues(arrY,nbNodesY,1)
  84
  85         cmesh.setCoords(coordsX,coordsY)
  86         print "Imagem mesh dimension: %d"%cmesh.getSpaceDimension()
  87
  88         # WARN: In the current state of development of MEDLoader, only
  89         # unstructured meshes are supported for writting function in med
  90         # files. We just have to convert the cartesian mesh in an unstructured
  91         # mesh before creating the field.
  92         umesh=cmesh.buildUnstructured();
  93         umesh.setName(cmesh.getName())
  94
  95         return umesh
  96
  97     def createField(self, fieldname, mesh, image):
  98         """
  99         Creating a scalar field on the mesh using image data
 100         """
 101         # Create the field using MEDCoupling
 102         field = MC.MEDCouplingFieldDouble.New(MC.ON_CELLS,MC.ONE_TIME);
 103         field.setName(fieldname);
 104         field.setMesh(mesh);
 105         # OPTIONAL: We set an arbitrary time step for test purpose
 106         field.setIteration(0);
 107         field.setOrder(0)
 108
 109         imagedata=list(image.getdata())
 110         width,height=image.size
 111         nbCells = width*height
 112         dataArray=MC.DataArrayDouble.New();
 113         nbComponents=1 # For a scalar field
 114
 115         dataArray.setValues(imagedata,nbCells,nbComponents)
 116         field.setArray(dataArray);
 117
 118         return field
 119
 120 #
 121 # ===================================================================
 122 # use case functions
 123 # ===================================================================
 124 #
 125
 126 def getTestImagePath():
 127     import os
 128     MED_ROOT_DIR=os.environ["MED_ROOT_DIR"]
 129     RESDIR=os.path.join(MED_ROOT_DIR, "share", "salome", "resources", "med", "medcalc_testfiles")
 130     imgFileName="irm_test1.png"
 131     imgFilePath=os.path.join(RESDIR,imgFileName)
 132     return imgFilePath
 133
 134 def TEST_pil():
 135     imgFilePath = getTestImagePath()
 136     img=Image.open(imageFilepath)
 137     imgbw=ImageOps.grayscale(img)
 138
 139
 140 def TEST_image2med():
 141     imgFilePath = getTestImagePath()
 142     builder = FieldBuilder()
 143     builder.image2med(imgFilePath,"image.med")
 144
 145 # ===================================================================
 146 if __name__ == "__main__":
 147     TEST_pil()
 148     #TEST_image2med()