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IPAL54426: Evaluate crashes salome
[plugins/netgenplugin.git] / src / NETGENPlugin / NETGENPlugin_Mesher.cxx
index 5d5c401002498e3878c19df461a38adc993caf63..d0979451989a9480e2e77a86e0c174b21bc2734f 100644 (file)
 
 #include <utilities.h>
 
+#include <BRepAdaptor_Surface.hxx>
 #include <BRepBuilderAPI_Copy.hxx>
+#include <BRepLProp_SLProps.hxx>
+#include <BRepMesh_IncrementalMesh.hxx>
+#include <BRep_Builder.hxx>
 #include <BRep_Tool.hxx>
 #include <Bnd_B3d.hxx>
+#include <GeomLib_IsPlanarSurface.hxx>
 #include <NCollection_Map.hxx>
+#include <Poly_Triangulation.hxx>
 #include <Standard_ErrorHandler.hxx>
 #include <Standard_ProgramError.hxx>
 #include <TColStd_MapOfInteger.hxx>
 #include <TopExp.hxx>
 #include <TopExp_Explorer.hxx>
+#include <TopLoc_Location.hxx>
 #include <TopTools_DataMapIteratorOfDataMapOfShapeInteger.hxx>
 #include <TopTools_DataMapIteratorOfDataMapOfShapeShape.hxx>
 #include <TopTools_DataMapOfShapeInteger.hxx>
 #include <TopTools_DataMapOfShapeShape.hxx>
 #include <TopTools_MapOfShape.hxx>
 #include <TopoDS.hxx>
+#include <TopoDS_Compound.hxx>
 
 // Netgen include files
 #ifndef OCCGEOMETRY
@@ -82,8 +90,18 @@ namespace netgen {
   extern int OCCGenerateMesh (OCCGeometry&, Mesh*&, int, int, char*);
 #endif
   //extern void OCCSetLocalMeshSize(OCCGeometry & geom, Mesh & mesh);
+#if defined(NETGEN_V5) && defined(WIN32)
+  DLL_HEADER 
+#endif
   extern MeshingParameters mparam;
+#if defined(NETGEN_V5) && defined(WIN32)
+  DLL_HEADER 
+#endif
   extern volatile multithreadt multithread;
+
+#if defined(NETGEN_V5) && defined(WIN32)
+  DLL_HEADER 
+#endif
   extern bool merge_solids;
 
   // values used for occgeo.facemeshstatus
@@ -141,12 +159,14 @@ NETGENPlugin_Mesher::NETGENPlugin_Mesher (SMESH_Mesh*         mesh,
     _optimize(true),
     _fineness(NETGENPlugin_Hypothesis::GetDefaultFineness()),
     _isViscousLayers2D(false),
+    _chordalError(-1), // means disabled
     _ngMesh(NULL),
     _occgeom(NULL),
     _curShapeIndex(-1),
     _progressTic(1),
     _totalTime(1.0),
     _simpleHyp(NULL),
+    _viscousLayersHyp(NULL),
     _ptrToMe(NULL)
 {
   SetDefaultParameters();
@@ -161,7 +181,7 @@ NETGENPlugin_Mesher::NETGENPlugin_Mesher (SMESH_Mesh*         mesh,
 
 //================================================================================
 /*!
- * Destuctor
+ * Destructor
  */
 //================================================================================
 
@@ -282,17 +302,15 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetParameters(const NETGENPlugin_Hypothesis* hyp)
     _fineness               = hyp->GetFineness();
     mparams.uselocalh       = hyp->GetSurfaceCurvature();
     netgen::merge_solids    = hyp->GetFuseEdges();
+    _chordalError           = hyp->GetChordalErrorEnabled() ? hyp->GetChordalError() : -1.;
     _simpleHyp              = NULL;
     // mesh size file
     mparams.meshsizefilename= hyp->GetMeshSizeFile().empty() ? 0 : hyp->GetMeshSizeFile().c_str();
 
-    SMESH_Gen_i*              smeshGen_i = SMESH_Gen_i::GetSMESHGen();
-    CORBA::Object_var           anObject = smeshGen_i->GetNS()->Resolve("/myStudyManager");
-    SALOMEDS::StudyManager_var aStudyMgr = SALOMEDS::StudyManager::_narrow(anObject);
-    SALOMEDS::Study_var          myStudy = aStudyMgr->GetStudyByID(hyp->GetStudyId());
-    if ( !myStudy->_is_nil() )
+    const NETGENPlugin_Hypothesis::TLocalSize& localSizes = hyp->GetLocalSizesAndEntries();
+    if ( !localSizes.empty() )
     {
-      const NETGENPlugin_Hypothesis::TLocalSize   localSizes = hyp->GetLocalSizesAndEntries();
+      SMESH_Gen_i* smeshGen_i = SMESH_Gen_i::GetSMESHGen();
       NETGENPlugin_Hypothesis::TLocalSize::const_iterator it = localSizes.begin();
       for ( ; it != localSizes.end() ; it++)
       {
@@ -300,7 +318,7 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetParameters(const NETGENPlugin_Hypothesis* hyp)
         double        val = (*it).second;
         // --
         GEOM::GEOM_Object_var aGeomObj;
-        SALOMEDS::SObject_var aSObj = myStudy->FindObjectID( entry.c_str() );
+        SALOMEDS::SObject_var aSObj = SMESH_Gen_i::getStudyServant()->FindObjectID( entry.c_str() );
         if ( !aSObj->_is_nil() ) {
           CORBA::Object_var obj = aSObj->GetObject();
           aGeomObj = GEOM::GEOM_Object::_narrow(obj);
@@ -326,6 +344,17 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetParameters(const NETGENPlugin_SimpleHypothesis_2D*
     SetDefaultParameters();
 }
 
+//================================================================================
+/*!
+ * \brief Store a Viscous Layers hypothesis
+ */
+//================================================================================
+
+void NETGENPlugin_Mesher::SetParameters(const StdMeshers_ViscousLayers* hyp )
+{
+  _viscousLayersHyp = hyp;
+}
+
 //=============================================================================
 /*!
  *  Link - a pair of integer numbers
@@ -575,7 +604,8 @@ namespace
 
   void setLocalSize(const TopoDS_Edge& edge,
                     double             size,
-                    netgen::Mesh&      mesh)
+                    netgen::Mesh&      mesh,
+                    const bool         overrideMinH = true)
   {
     if ( size <= std::numeric_limits<double>::min() )
       return;
@@ -586,7 +616,7 @@ namespace
       TopoDS_Iterator vIt( edge );
       if ( !vIt.More() ) return;
       gp_Pnt p = BRep_Tool::Pnt( TopoDS::Vertex( vIt.Value() ));
-      NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), size );
+      NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), size, overrideMinH );
     }
     else
     {
@@ -596,15 +626,29 @@ namespace
       {
         Standard_Real u = u1 + delta*i;
         gp_Pnt p = curve->Value(u);
-        NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), size );
+        NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), size, overrideMinH );
         netgen::Point3d pi(p.X(), p.Y(), p.Z());
         double resultSize = mesh.GetH(pi);
         if ( resultSize - size > 0.1*size )
           // netgen does restriction iff oldH/newH > 1.2 (localh.cpp:136)
-          NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), resultSize/1.201 );
+          NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( mesh, p.XYZ(), resultSize/1.201, overrideMinH );
       }
     }
   }
+
+  //================================================================================
+  /*!
+   * \brief Return triangle size for a given chordalError and radius of curvature
+   */
+  //================================================================================
+
+  double elemSizeForChordalError( double chordalError, double radius )
+  {
+    if ( 2 * radius < chordalError )
+      return 1.5 * radius;
+    return Sqrt( 3 ) * Sqrt( chordalError * ( 2 * radius - chordalError ));
+  }
+
 } // namespace
 
 //================================================================================
@@ -614,16 +658,19 @@ namespace
 //================================================================================
 
 void NETGENPlugin_Mesher::SetLocalSize( netgen::OCCGeometry& occgeo,
-                                        netgen::Mesh&        ngMesh )
+                                        netgen::Mesh&        ngMesh)
 {
-  for(std::map<int,double>::const_iterator it=EdgeId2LocalSize.begin(); it!=EdgeId2LocalSize.end(); it++)
+  // edges
+  std::map<int,double>::const_iterator it;
+  for( it=EdgeId2LocalSize.begin(); it!=EdgeId2LocalSize.end(); it++)
   {
     int   key = (*it).first;
     double hi = (*it).second;
     const TopoDS_Shape& shape = ShapesWithLocalSize.FindKey(key);
     setLocalSize( TopoDS::Edge(shape), hi, ngMesh );
   }
-  for(std::map<int,double>::const_iterator it=VertexId2LocalSize.begin(); it!=VertexId2LocalSize.end(); it++)
+  // vertices
+  for(it=VertexId2LocalSize.begin(); it!=VertexId2LocalSize.end(); it++)
   {
     int   key = (*it).first;
     double hi = (*it).second;
@@ -631,7 +678,8 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetLocalSize( netgen::OCCGeometry& occgeo,
     gp_Pnt p = BRep_Tool::Pnt( TopoDS::Vertex(shape) );
     NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( ngMesh, p.XYZ(), hi );
   }
-  for(map<int,double>::const_iterator it=FaceId2LocalSize.begin(); it!=FaceId2LocalSize.end(); it++)
+  // faces
+  for(it=FaceId2LocalSize.begin(); it!=FaceId2LocalSize.end(); it++)
   {
     int    key = (*it).first;
     double val = (*it).second;
@@ -649,7 +697,8 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetLocalSize( netgen::OCCGeometry& occgeo,
       ShapesWithControlPoints.insert( key );
     }
   }
-  for(map<int,double>::const_iterator it=SolidId2LocalSize.begin(); it!=SolidId2LocalSize.end(); it++)
+  //solids
+  for(it=SolidId2LocalSize.begin(); it!=SolidId2LocalSize.end(); it++)
   {
     int    key = (*it).first;
     double val = (*it).second;
@@ -666,6 +715,146 @@ void NETGENPlugin_Mesher::SetLocalSize( netgen::OCCGeometry& occgeo,
     for ( size_t i = 0; i < ControlPoints.size(); ++i )
       NETGENPlugin_Mesher::RestrictLocalSize( ngMesh, ControlPoints[i].XYZ(), ControlPoints[i].Size() );
   }
+  return;
+}
+
+//================================================================================
+/*!
+ * \brief Restrict local size to achieve a required _chordalError
+ */
+//================================================================================
+
+void NETGENPlugin_Mesher::SetLocalSizeForChordalError( netgen::OCCGeometry& occgeo,
+                                                       netgen::Mesh&        ngMesh)
+{
+  if ( _chordalError <= 0. )
+    return;
+
+  TopLoc_Location loc;
+  BRepLProp_SLProps surfProp( 2, 1e-6 );
+  const double sizeCoef = 0.95;
+
+  // find non-planar FACEs with non-constant curvature
+  std::vector<int> fInd;
+  for ( int i = 1; i <= occgeo.fmap.Extent(); ++i )
+  {
+    const TopoDS_Face& face = TopoDS::Face( occgeo.fmap( i ));
+    BRepAdaptor_Surface surfAd( face, false );
+    switch ( surfAd.GetType() )
+    {
+    case GeomAbs_Plane:
+      continue;
+    case GeomAbs_Cylinder:
+    case GeomAbs_Sphere:
+    case GeomAbs_Torus: // constant curvature
+    {
+      surfProp.SetSurface( surfAd );
+      surfProp.SetParameters( 0, 0 );
+      double maxCurv = Max( Abs( surfProp.MaxCurvature()), Abs( surfProp.MinCurvature() ));
+      double    size = elemSizeForChordalError( _chordalError, 1 / maxCurv );
+      occgeo.SetFaceMaxH( i, size * sizeCoef );
+      // limit size one edges
+      TopTools_MapOfShape edgeMap;
+      for ( TopExp_Explorer eExp( face, TopAbs_EDGE ); eExp.More(); eExp.Next() )
+        if ( edgeMap.Add( eExp.Current() ))
+          setLocalSize( TopoDS::Edge( eExp.Current() ), size, ngMesh, /*overrideMinH=*/false );
+      break;
+    }
+    default:
+      Handle(Geom_Surface) surf = BRep_Tool::Surface( face, loc );
+      if ( GeomLib_IsPlanarSurface( surf ).IsPlanar() )
+        continue;
+      fInd.push_back( i );
+    }
+  }
+  // set local size
+  if ( !fInd.empty() )
+  {
+    BRep_Builder b;
+    TopoDS_Compound allFacesComp;
+    b.MakeCompound( allFacesComp );
+    for ( size_t i = 0; i < fInd.size(); ++i )
+      b.Add( allFacesComp, occgeo.fmap( fInd[i] ));
+
+    // copy the shape to avoid spoiling its triangulation
+    TopoDS_Shape allFacesCompCopy = BRepBuilderAPI_Copy( allFacesComp );
+
+    // create triangulation with desired chordal error
+    BRepMesh_IncrementalMesh( allFacesCompCopy,
+                              _chordalError,
+                              /*isRelative = */Standard_False,
+                              /*theAngDeflection = */ 0.5,
+                              /*isInParallel = */Standard_True);
+
+    // loop on FACEs
+    for ( TopExp_Explorer fExp( allFacesCompCopy, TopAbs_FACE ); fExp.More(); fExp.Next() )
+    {
+      const TopoDS_Face& face = TopoDS::Face( fExp.Current() );
+      Handle(Poly_Triangulation) triangulation = BRep_Tool::Triangulation ( face, loc );
+      if ( triangulation.IsNull() ) continue;
+
+      BRepAdaptor_Surface surf( face, false );
+      surfProp.SetSurface( surf );
+
+      gp_XY    uv[3];
+      gp_XYZ    p[3];
+      double size[3];
+      for ( int i = 1; i <= triangulation->NbTriangles(); ++i )
+      {
+        Standard_Integer n1,n2,n3;
+        triangulation->Triangles()(i).Get( n1,n2,n3 );
+        p [0] = triangulation->Nodes()(n1).Transformed(loc).XYZ();
+        p [1] = triangulation->Nodes()(n2).Transformed(loc).XYZ();
+        p [2] = triangulation->Nodes()(n3).Transformed(loc).XYZ();
+        uv[0] = triangulation->UVNodes()(n1).XY();
+        uv[1] = triangulation->UVNodes()(n2).XY();
+        uv[2] = triangulation->UVNodes()(n3).XY();
+        surfProp.SetParameters( uv[0].X(), uv[0].Y() );
+        if ( !surfProp.IsCurvatureDefined() )
+          break;
+
+        for ( int n = 0; n < 3; ++n ) // get size at triangle nodes
+        {
+          surfProp.SetParameters( uv[n].X(), uv[n].Y() );
+          double maxCurv = Max( Abs( surfProp.MaxCurvature()), Abs( surfProp.MinCurvature() ));
+          size[n] = elemSizeForChordalError( _chordalError, 1 / maxCurv );
+        }
+        for ( int n1 = 0; n1 < 3; ++n1 ) // limit size along each triangle edge
+        {
+          int n2 = ( n1 + 1 ) % 3;
+          double minSize = size[n1], maxSize = size[n2];
+          if ( size[n1] > size[n2] )
+            minSize = size[n2], maxSize = size[n1];
+
+          if ( maxSize / minSize < 1.2 ) // netgen ignores size difference < 1.2
+          {
+            ngMesh.RestrictLocalHLine ( netgen::Point3d( p[n1].X(), p[n1].Y(), p[n1].Z() ),
+                                        netgen::Point3d( p[n2].X(), p[n2].Y(), p[n2].Z() ),
+                                        sizeCoef * minSize );
+          }
+          else
+          {
+            gp_XY uvVec( uv[n2] - uv[n1] );
+            double len = ( p[n1] - p[n2] ).Modulus();
+            int     nb = int( len / minSize ) + 1;
+            for ( int j = 0; j <= nb; ++j )
+            {
+              double r = double( j ) / nb;
+              gp_XY uvj = uv[n1] + r * uvVec;
+
+              surfProp.SetParameters( uvj.X(), uvj.Y() );
+              double maxCurv = Max( Abs( surfProp.MaxCurvature()), Abs( surfProp.MinCurvature() ));
+              double       h = elemSizeForChordalError( _chordalError, 1 / maxCurv );
+
+              const gp_Pnt& pj = surfProp.Value();
+              netgen::Point3d ngP( pj.X(), pj.Y(), pj.Z());
+              ngMesh.RestrictLocalH( ngP, h * sizeCoef );
+            }
+          }
+        }
+      }
+    }
+  }
 }
 
 //================================================================================
@@ -729,7 +918,7 @@ void NETGENPlugin_Mesher::PrepareOCCgeometry(netgen::OCCGeometry&     occgeo,
         if ( shape.ShapeType() != TopAbs_VERTEX )
           shape = subShapes( subShapes.FindIndex( shape ));// shape -> index -> oriented shape
         if ( shape.Orientation() >= TopAbs_INTERNAL )
-          shape.Orientation( TopAbs_FORWARD ); // isuue 0020676
+          shape.Orientation( TopAbs_FORWARD ); // issue 0020676
         switch ( shape.ShapeType() ) {
         case TopAbs_FACE  : occgeo.fmap.Add( shape ); break;
         case TopAbs_EDGE  : occgeo.emap.Add( shape ); break;
@@ -798,7 +987,7 @@ double NETGENPlugin_Mesher::GetDefaultMinSize(const TopoDS_Shape& geom,
   }
   else
   {
-    minh = 3 * sqrt( minh ); // triangulation for visualization is rather fine
+    minh = sqrt( minh ); // triangulation for visualization is rather fine
     //cout << "TRIANGULATION minh = " <<minh << endl;
   }
   if ( minh > 0.5 * maxSize )
@@ -916,7 +1105,7 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::FillNgMesh(netgen::OCCGeometry&           occgeom,
 
         // get all nodes from connected <edges>
         const bool isQuad = smDS->IsQuadratic();
-        StdMeshers_FaceSide fSide( face, edges, _mesh, isForwad, isQuad );
+        StdMeshers_FaceSide fSide( face, edges, _mesh, isForwad, isQuad, &helper );
         const vector<UVPtStruct>& points = fSide.GetUVPtStruct();
         if ( points.empty() )
           return false; // invalid node params?
@@ -1044,13 +1233,6 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::FillNgMesh(netgen::OCCGeometry&           occgeom,
 
       // Find solids the geomFace bounds
       int solidID1 = 0, solidID2 = 0;
-      StdMeshers_QuadToTriaAdaptor* quadAdaptor =
-        dynamic_cast<StdMeshers_QuadToTriaAdaptor*>( proxyMesh.get() );
-      if ( quadAdaptor )
-      {
-        solidID1 = occgeom.somap.FindIndex( quadAdaptor->GetShape() );
-      }
-      else
       {
         PShapeIteratorPtr solidIt = helper.GetAncestors( geomFace, *sm->GetFather(), TopAbs_SOLID);
         while ( const TopoDS_Shape * solid = solidIt->next() )
@@ -1060,6 +1242,81 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::FillNgMesh(netgen::OCCGeometry&           occgeom,
           else                              solidID1 = id;
         }
       }
+      if ( proxyMesh && proxyMesh->GetProxySubMesh( geomFace ))
+      {
+        // if a proxy sub-mesh contains temporary faces, then these faces
+        // should be used to mesh only one SOLID
+        bool hasTmp = false;
+        smDS = proxyMesh->GetSubMesh( geomFace );
+        SMDS_ElemIteratorPtr faces = smDS->GetElements();
+        while ( faces->more() )
+        {
+          const SMDS_MeshElement* f = faces->next();
+          if ( proxyMesh->IsTemporary( f ))
+          {
+            hasTmp = true;
+            std::vector<const SMDS_MeshNode*> fNodes( f->begin_nodes(), f->end_nodes() );
+            std::vector<const SMDS_MeshElement*> vols;
+            if ( _mesh->GetMeshDS()->GetElementsByNodes( fNodes, vols, SMDSAbs_Volume ) == 1 )
+            {
+              int geomID = vols[0]->getshapeId();
+              const TopoDS_Shape& solid =  helper.GetMeshDS()->IndexToShape( geomID );
+              if ( !solid.IsNull() )
+                solidID1 = occgeom.somap.FindIndex ( solid );
+              solidID2 = 0;
+              break;
+            }
+          }
+        }
+        // exclude faces generated by NETGEN from computation of 3D mesh
+        const int fID = occgeom.fmap.FindIndex( geomFace );
+        if ( !hasTmp ) // shrunk mesh
+        {
+          // move netgen points according to moved nodes
+          SMESH_subMeshIteratorPtr smIt = sm->getDependsOnIterator(/*includeSelf=*/true);
+          while ( smIt->more() )
+          {
+            SMESH_subMesh* sub = smIt->next();
+            if ( !sub->GetSubMeshDS() ) continue;
+            SMDS_NodeIteratorPtr nodeIt = sub->GetSubMeshDS()->GetNodes();
+            while ( nodeIt->more() )
+            {
+              const SMDS_MeshNode* n = nodeIt->next();
+              int ngID = ngNodeId( n, ngMesh, nodeNgIdMap );
+              netgen::MeshPoint& ngPoint = ngMesh.Point( ngID );
+              ngPoint(0) = n->X();
+              ngPoint(1) = n->Y();
+              ngPoint(2) = n->Z();
+            }
+          }
+          // remove faces near boundary to avoid their overlapping
+          // with shrunk faces
+          for ( int i = 1; i <= ngMesh.GetNSE(); ++i )
+          {
+            const netgen::Element2d& elem = ngMesh.SurfaceElement(i);
+            if ( elem.GetIndex() == fID )
+            {
+              for ( int iN = 0; iN < elem.GetNP(); ++iN )
+                if ( ngMesh[ elem[ iN ]].Type() != netgen::SURFACEPOINT )
+                {
+                  ngMesh.DeleteSurfaceElement( i );
+                  break;
+                }
+            }
+          }
+        }
+        //if ( hasTmp )
+        {
+          faceNgID++;
+          ngMesh.AddFaceDescriptor( netgen::FaceDescriptor( faceNgID,/*solid1=*/0,/*solid2=*/0,0 ));
+          for (int i = 1; i <= ngMesh.GetNSE(); ++i )
+          {
+            const netgen::Element2d& elem = ngMesh.SurfaceElement(i);
+            if ( elem.GetIndex() == fID )
+              const_cast< netgen::Element2d& >( elem ).SetIndex( faceNgID );
+          }
+        }
+      }
       // Add ng face descriptors of meshed faces
       faceNgID++;
       ngMesh.AddFaceDescriptor( netgen::FaceDescriptor( faceNgID, solidID1, solidID2, 0 ));
@@ -1102,8 +1359,6 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::FillNgMesh(netgen::OCCGeometry&           occgeom,
       cout << "SMESH face " << helper.GetMeshDS()->ShapeToIndex( geomFace )
            << " internal="<<isInternalFace << endl;
 #endif
-      if ( proxyMesh )
-        smDS = proxyMesh->GetSubMesh( geomFace );
 
       SMDS_ElemIteratorPtr faces = smDS->GetElements();
       while ( faces->more() )
@@ -1114,9 +1369,11 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::FillNgMesh(netgen::OCCGeometry&           occgeom,
           PShapeIteratorPtr solidIt=helper.GetAncestors(geomFace,*sm->GetFather(),TopAbs_SOLID);
           if ( const TopoDS_Shape * solid = solidIt->next() )
             sm = _mesh->GetSubMesh( *solid );
-          SMESH_ComputeErrorPtr& smError = sm->GetComputeError();
-          smError.reset( new SMESH_ComputeError(COMPERR_BAD_INPUT_MESH,"Not triangle sub-mesh"));
-          smError->myBadElements.push_back( f );
+          SMESH_BadInputElements* badElems =
+            new SMESH_BadInputElements( helper.GetMeshDS(), COMPERR_BAD_INPUT_MESH,
+                                        "Not triangle sub-mesh");
+          badElems->add( f );
+          sm->GetComputeError().reset( badElems );
           return false;
         }
 
@@ -1402,7 +1659,7 @@ namespace
   struct TIntVData
   {
     gp_XY uv;        //!< UV in face parametric space
-    int   ngId;      //!< ng id of corrsponding node
+    int   ngId;      //!< ng id of corresponding node
     gp_XY uvClose;   //!< UV of closest boundary node
     int   ngIdClose; //!< ng id of closest boundary node
   };
@@ -1420,10 +1677,15 @@ namespace
     int   ngIdCloseN; //!< ng id of closest node of the closest 2d mesh element
   };
 
-  inline double dist2(const netgen::MeshPoint& p1, const netgen::MeshPoint& p2)
+  inline double dist2( const netgen::MeshPoint& p1, const netgen::MeshPoint& p2 )
   {
     return gp_Pnt( NGPOINT_COORDS(p1)).SquareDistance( gp_Pnt( NGPOINT_COORDS(p2)));
   }
+
+  // inline double dist2(const netgen::MeshPoint& p, const SMDS_MeshNode* n )
+  // {
+  //   return gp_Pnt( NGPOINT_COORDS(p)).SquareDistance( SMESH_NodeXYZ(n));
+  // }
 }
 
 //================================================================================
@@ -1631,7 +1893,7 @@ void NETGENPlugin_Mesher::AddIntVerticesInSolids(const netgen::OCCGeometry&
   ofstream py(DUMP_TRIANGLES_SCRIPT);
   py << "import SMESH"<< endl
      << "from salome.smesh import smeshBuilder"<<endl
-     << "smesh = smeshBuilder.New(salome.myStudy)"<<endl
+     << "smesh = smeshBuilder.New()"<<endl
      << "m = smesh.Mesh(name='triangles')" << endl;
 #endif
   if ((int) nodeVec.size() < ngMesh.GetNP() )
@@ -2058,7 +2320,7 @@ NETGENPlugin_Mesher::AddSegmentsToMesh(netgen::Mesh&                    ngMesh,
         netgen::Segment& prevSeg = ngMesh.LineSegment( i-1 );
         if ( seg[0] == prevSeg[1] && seg[1] == prevSeg[0] )
         {
-          cout << "Segment: " << seg.edgenr << endl << "\tis REVRESE of the previous one" << endl;
+          cout << "Segment: " << seg.edgenr << endl << "\tis REVERSE of the previous one" << endl;
           continue;
         }
       }
@@ -2120,19 +2382,41 @@ int NETGENPlugin_Mesher::FillSMesh(const netgen::OCCGeometry&          occgeo,
   SMESHDS_Mesh* meshDS = sMesh.GetMeshDS();
 
   // quadHelper is used for either
-  // 1) making quadratic elements when a lower dimention mesh is loaded
-  //    to SMESH before convertion to quadratic by NETGEN
+  // 1) making quadratic elements when a lower dimension mesh is loaded
+  //    to SMESH before conversion to quadratic by NETGEN
   // 2) sewing of quadratic elements with quadratic elements of sub-meshes
   if ( quadHelper && !quadHelper->GetIsQuadratic() && quadHelper->GetTLinkNodeMap().empty() )
     quadHelper = 0;
 
+  int i, nbInitNod = initState._nbNodes;
+  if ( initState._elementsRemoved )
+  {
+    // PAL23427. Update nodeVec to track removal of netgen free points as a result
+    // of removal of faces in FillNgMesh() in the case of a shrunk sub-mesh
+    int ngID, nodeVecSize = nodeVec.size();
+    const double eps = std::numeric_limits<double>::min();
+    for ( ngID = i = 1; i < nodeVecSize; ++ngID, ++i )
+    {
+      gp_Pnt ngPnt( NGPOINT_COORDS( ngMesh.Point( ngID )));
+      gp_Pnt node ( SMESH_NodeXYZ ( nodeVec[ i ]));
+      if ( ngPnt.SquareDistance( node ) < eps )
+      {
+        nodeVec[ ngID ] = nodeVec[ i ];
+      }
+      else
+      {
+        --ngID;
+      }
+    }
+    nodeVec.resize( ngID );
+    nbInitNod = ngID - 1;
+  }
   // -------------------------------------
   // Create and insert nodes into nodeVec
   // -------------------------------------
 
   nodeVec.resize( nbNod + 1 );
-  int i, nbInitNod = initState._nbNodes;
-  for (i = nbInitNod+1; i <= nbNod; ++i )
+  for ( i = nbInitNod+1; i <= nbNod; ++i )
   {
     const netgen::MeshPoint& ngPoint = ngMesh.Point(i);
     SMDS_MeshNode* node = NULL;
@@ -2493,8 +2777,6 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
   SMESH_MesherHelper quadHelper( *_mesh );
   quadHelper.SetIsQuadratic( mparams.secondorder );
 
-  static string debugFile = "/tmp/ngMesh.py"; /* to call toPython( _ngMesh, debugFile )
-                                                 while debugging netgen */
   // -------------------------
   // Prepare OCC geometry
   // -------------------------
@@ -2611,6 +2893,7 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
     {
       // Local size on shapes
       SetLocalSize( occgeo, *_ngMesh );
+      SetLocalSizeForChordalError( occgeo, *_ngMesh );
     }
 
     // Precompute internal edges (issue 0020676) in order to
@@ -2753,8 +3036,9 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
       }
 
       // Build viscous layers
-      if ( _isViscousLayers2D ||
-           StdMeshers_ViscousLayers2D::HasProxyMesh( TopoDS::Face( occgeo.fmap(1) ), *_mesh ))
+      if (( _isViscousLayers2D ) ||
+          ( !occgeo.fmap.IsEmpty() &&
+            StdMeshers_ViscousLayers2D::HasProxyMesh( TopoDS::Face( occgeo.fmap(1) ), *_mesh )))
       {
         if ( !internals.hasInternalVertexInFace() ) {
           FillSMesh( occgeo, *_ngMesh, initState, *_mesh, nodeVec, comment );
@@ -2781,7 +3065,7 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
           helper.SetSubShape( F );
           TSideVector wires =
             StdMeshers_FaceSide::GetFaceWires( F, *_mesh, /*skipMediumNodes=*/true,
-                                               error, viscousMesh );
+                                               error, &helper, viscousMesh );
           error = AddSegmentsToMesh( *_ngMesh, occgeo, wires, helper, nodeVec );
 
           if ( !error ) error = SMESH_ComputeError::New();
@@ -2825,37 +3109,58 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
     // generate volume mesh
     // ---------------------
     // Fill _ngMesh with nodes and faces of computed 2D submeshes
-    if ( !err && _isVolume && ( !meshedSM[ MeshDim_2D ].empty() || mparams.quad ))
+    if ( !err && _isVolume &&
+         ( !meshedSM[ MeshDim_2D ].empty() || mparams.quad || _viscousLayersHyp ))
     {
       // load SMESH with computed segments and faces
       FillSMesh( occgeo, *_ngMesh, initState, *_mesh, nodeVec, comment, &quadHelper );
 
+      // compute prismatic boundary volumes
+      int nbQuad = _mesh->NbQuadrangles();
+      SMESH_ProxyMesh::Ptr viscousMesh;
+      if ( _viscousLayersHyp )
+      {
+        viscousMesh = _viscousLayersHyp->Compute( *_mesh, _shape );
+        if ( !viscousMesh )
+          return false;
+      }
       // compute pyramids on quadrangles
-      SMESH_ProxyMesh::Ptr proxyMesh;
-      if ( _mesh->NbQuadrangles() > 0 )
+      vector<SMESH_ProxyMesh::Ptr> pyramidMeshes( occgeo.somap.Extent() );
+      if ( nbQuad > 0 )
         for ( int iS = 1; iS <= occgeo.somap.Extent(); ++iS )
         {
-          StdMeshers_QuadToTriaAdaptor* Adaptor = new StdMeshers_QuadToTriaAdaptor;
-          proxyMesh.reset( Adaptor );
-
-          int nbPyrams = _mesh->NbPyramids();
-          Adaptor->Compute( *_mesh, occgeo.somap(iS) );
-          if ( nbPyrams != _mesh->NbPyramids() )
+          StdMeshers_QuadToTriaAdaptor* adaptor = new StdMeshers_QuadToTriaAdaptor;
+          pyramidMeshes[ iS-1 ].reset( adaptor );
+          bool ok = adaptor->Compute( *_mesh, occgeo.somap(iS), viscousMesh.get() );
+          if ( !ok )
+            return false;
+        }
+      // add proxy faces to NG mesh
+      list< SMESH_subMesh* > viscousSM;
+      for ( int iS = 1; iS <= occgeo.somap.Extent(); ++iS )
+      {
+        list< SMESH_subMesh* > quadFaceSM;
+        for (TopExp_Explorer face(occgeo.somap(iS), TopAbs_FACE); face.More(); face.Next())
+          if ( pyramidMeshes[iS-1] && pyramidMeshes[iS-1]->GetProxySubMesh( face.Current() ))
           {
-            list< SMESH_subMesh* > quadFaceSM;
-            for (TopExp_Explorer face(occgeo.somap(iS), TopAbs_FACE); face.More(); face.Next())
-              if ( Adaptor->GetProxySubMesh( face.Current() ))
-              {
-                quadFaceSM.push_back( _mesh->GetSubMesh( face.Current() ));
-                meshedSM[ MeshDim_2D ].remove( quadFaceSM.back() );
-              }
-            FillNgMesh(occgeo, *_ngMesh, nodeVec, quadFaceSM, &quadHelper, proxyMesh);
+            quadFaceSM.push_back( _mesh->GetSubMesh( face.Current() ));
+            meshedSM[ MeshDim_2D ].remove( quadFaceSM.back() );
           }
-        }
+          else if ( viscousMesh && viscousMesh->GetProxySubMesh( face.Current() ))
+          {
+            viscousSM.push_back( _mesh->GetSubMesh( face.Current() ));
+            meshedSM[ MeshDim_2D ].remove( viscousSM.back() );
+          }
+        if ( !quadFaceSM.empty() )
+          FillNgMesh(occgeo, *_ngMesh, nodeVec, quadFaceSM, &quadHelper, pyramidMeshes[iS-1]);
+      }
+      if ( !viscousSM.empty() )
+        FillNgMesh(occgeo, *_ngMesh, nodeVec, viscousSM, &quadHelper, viscousMesh );
+
       // fill _ngMesh with faces of sub-meshes
       err = ! ( FillNgMesh(occgeo, *_ngMesh, nodeVec, meshedSM[ MeshDim_2D ], &quadHelper));
-      initState = NETGENPlugin_ngMeshInfo(_ngMesh);
-      //toPython( _ngMesh, "/tmp/ngPython.py");
+      initState = NETGENPlugin_ngMeshInfo(_ngMesh, /*checkRemovedElems=*/true);
+      // toPython( _ngMesh );
     }
     if (!err && _isVolume)
     {
@@ -2905,18 +3210,18 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
         if(netgen::multithread.terminate)
           return false;
 
-        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
           comment << text(err);
       }
       catch (Standard_Failure& ex)
       {
-        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
           comment << text(ex);
         err = 1;
       }
       catch (netgen::NgException exc)
       {
-        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
           comment << text(exc);
         err = 1;
       }
@@ -2937,17 +3242,17 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
           if(netgen::multithread.terminate)
             return false;
 
-          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
             comment << text(err);
         }
         catch (Standard_Failure& ex)
         {
-          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
             comment << text(ex);
         }
         catch (netgen::NgException exc)
         {
-          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+          if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
             comment << text(exc);
         }
       }
@@ -2980,12 +3285,12 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
       }
       catch (Standard_Failure& ex)
       {
-        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
           comment << "Exception in netgen at passing to 2nd order ";
       }
       catch (netgen::NgException exc)
       {
-        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previos error
+        if ( comment.empty() ) // do not overwrite a previous error
           comment << exc.What();
       }
     }
@@ -3005,12 +3310,22 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
     FillSMesh( occgeo, *_ngMesh, initState, *_mesh, nodeVec, comment, &quadHelper );
 
     if ( quadHelper.GetIsQuadratic() ) // remove free nodes
+    {
       for ( size_t i = 0; i < nodeVec.size(); ++i )
         if ( nodeVec[i] && nodeVec[i]->NbInverseElements() == 0 )
+        {
           _mesh->GetMeshDS()->RemoveFreeNode( nodeVec[i], 0, /*fromGroups=*/false );
+          nodeVec[i]=0;
+        }
+      for ( size_t i = nodeVec.size()-1; i > 0; --i ) // remove trailing removed nodes
+        if ( !nodeVec[i] )
+          nodeVec.resize( i );
+        else
+          break;
+    }
   }
   SMESH_ComputeErrorPtr readErr = ReadErrors(nodeVec);
-  if ( readErr && !readErr->myBadElements.empty() )
+  if ( readErr && readErr->HasBadElems() )
   {
     error = readErr;
     if ( !comment.empty() && !readErr->myComment.empty() ) comment += "\n";
@@ -3072,9 +3387,10 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Compute()
             {
               smError->myName = COMPERR_WARNING;
             }
-            else if ( !smError->myBadElements.empty() ) // bad surface mesh
+            else if ( smError->HasBadElems() ) // bad surface mesh
             {
-              if ( !hasBadElemOnSolid( smError->myBadElements, sm ))
+              if ( !hasBadElemOnSolid
+                   ( static_cast<SMESH_BadInputElements*>( smError.get() )->myBadElements, sm ))
                 smError.reset();
             }
           }
@@ -3103,9 +3419,8 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Evaluate(MapShapeNbElems& aResMap)
   // Prepare OCC geometry
   // -------------------------
   netgen::OCCGeometry occgeo;
-  list< SMESH_subMesh* > meshedSM[4]; // for 0-3 dimensions
   NETGENPlugin_Internals internals( *_mesh, _shape, _isVolume );
-  PrepareOCCgeometry( occgeo, _shape, *_mesh, meshedSM, &internals );
+  PrepareOCCgeometry( occgeo, _shape, *_mesh, 0, &internals );
 
   bool tooManyElems = false;
   const int hugeNb = std::numeric_limits<int>::max() / 100;
@@ -3156,25 +3471,25 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Evaluate(MapShapeNbElems& aResMap)
       sm->GetComputeError().reset( new SMESH_ComputeError( COMPERR_ALGO_FAILED ));
     return false;
   }
-  if ( _simpleHyp )
-  {
-    // Pass 1D simple parameters to NETGEN
-    // --------------------------------
-    int      nbSeg = _simpleHyp->GetNumberOfSegments();
-    double segSize = _simpleHyp->GetLocalLength();
-    for ( int iE = 1; iE <= occgeo.emap.Extent(); ++iE )
-    {
-      const TopoDS_Edge& e = TopoDS::Edge( occgeo.emap(iE));
-      if ( nbSeg )
-        segSize = SMESH_Algo::EdgeLength( e ) / ( nbSeg - 0.4 );
-      setLocalSize( e, segSize, *ngMesh );
-    }
-  }
-  else // if ( ! _simpleHyp )
-  {
-    // Local size on shapes
-    SetLocalSize( occgeo, *ngMesh );
-  }
+  // if ( _simpleHyp )
+  // {
+  //   // Pass 1D simple parameters to NETGEN
+  //   // --------------------------------
+  //   int      nbSeg = _simpleHyp->GetNumberOfSegments();
+  //   double segSize = _simpleHyp->GetLocalLength();
+  //   for ( int iE = 1; iE <= occgeo.emap.Extent(); ++iE )
+  //   {
+  //     const TopoDS_Edge& e = TopoDS::Edge( occgeo.emap(iE));
+  //     if ( nbSeg )
+  //       segSize = SMESH_Algo::EdgeLength( e ) / ( nbSeg - 0.4 );
+  //     setLocalSize( e, segSize, *ngMesh );
+  //   }
+  // }
+  // else // if ( ! _simpleHyp )
+  // {
+  //   // Local size on shapes
+  //   SetLocalSize( occgeo, *ngMesh );
+  // }
   // calculate total nb of segments and length of edges
   double fullLen = 0.0;
   int fullNbSeg = 0;
@@ -3253,9 +3568,9 @@ bool NETGENPlugin_Mesher::Evaluate(MapShapeNbElems& aResMap)
     int nb1d = 0;
     if ( !tooManyElems )
     {
-      TopTools_MapOfShape egdes;
+      TopTools_MapOfShape edges;
       for (TopExp_Explorer exp1(F,TopAbs_EDGE); exp1.More(); exp1.Next())
-        if ( egdes.Add( exp1.Current() ))
+        if ( edges.Add( exp1.Current() ))
           nb1d += Edge2NbSeg.Find(exp1.Current());
     }
     int nbFaces = tooManyElems ? hugeNb : int( 4*anArea / (mparams.maxh*mparams.maxh*sqrt(3.)));
@@ -3404,8 +3719,10 @@ double NETGENPlugin_Mesher::GetProgress(const SMESH_Algo* holder,
 SMESH_ComputeErrorPtr
 NETGENPlugin_Mesher::ReadErrors(const vector<const SMDS_MeshNode* >& nodeVec)
 {
-  SMESH_ComputeErrorPtr err = SMESH_ComputeError::New
-    (COMPERR_BAD_INPUT_MESH, "Some edges multiple times in surface mesh");
+  if ( nodeVec.size() < 2 ) return SMESH_ComputeErrorPtr();
+  SMESH_BadInputElements* err =
+    new SMESH_BadInputElements( nodeVec.back()->GetMesh(), COMPERR_BAD_INPUT_MESH,
+                                "Some edges multiple times in surface mesh");
   SMESH_File file("test.out");
   vector<int> two(2);
   vector<int> three1(3), three2(3);
@@ -3465,7 +3782,7 @@ NETGENPlugin_Mesher::ReadErrors(const vector<const SMDS_MeshNode* >& nodeVec)
   if ( nbBadElems ) nbBadElems++; // avoid warning: variable set but not used
 #endif
 
-  return err;
+  return SMESH_ComputeErrorPtr( err );
 }
 
 //================================================================================
@@ -3482,9 +3799,9 @@ void NETGENPlugin_Mesher::toPython( const netgen::Mesh* ngMesh )
   ofstream outfile( pyFile, ios::out );
   if ( !outfile ) return;
 
-  outfile << "import SMESH" << endl
+  outfile << "import salome, SMESH" << endl
           << "from salome.smesh import smeshBuilder" << endl
-          << "smesh = smeshBuilder.New(salome.myStudy)" << endl
+          << "smesh = smeshBuilder.New()" << endl
           << "mesh = smesh.Mesh()" << endl << endl;
 
   using namespace netgen;
@@ -3546,8 +3863,9 @@ void NETGENPlugin_Mesher::toPython( const netgen::Mesh* ngMesh )
  */
 //================================================================================
 
-NETGENPlugin_ngMeshInfo::NETGENPlugin_ngMeshInfo( netgen::Mesh* ngMesh):
-  _copyOfLocalH(0)
+NETGENPlugin_ngMeshInfo::NETGENPlugin_ngMeshInfo( netgen::Mesh* ngMesh,
+                                                  bool          checkRemovedElems):
+  _elementsRemoved( false ), _copyOfLocalH(0)
 {
   if ( ngMesh )
   {
@@ -3555,6 +3873,10 @@ NETGENPlugin_ngMeshInfo::NETGENPlugin_ngMeshInfo( netgen::Mesh* ngMesh):
     _nbSegments = ngMesh->GetNSeg();
     _nbFaces    = ngMesh->GetNSE();
     _nbVolumes  = ngMesh->GetNE();
+
+    if ( checkRemovedElems )
+      for ( int i = 1; i <= ngMesh->GetNSE() &&  !_elementsRemoved; ++i )
+        _elementsRemoved = ngMesh->SurfaceElement(i).IsDeleted();
   }
   else
   {
@@ -3653,7 +3975,7 @@ NETGENPlugin_Internals::NETGENPlugin_Internals( SMESH_Mesh&         mesh,
       {
         _intShapes.insert( meshDS->ShapeToIndex( f.Current() ));
 
-        // egdes
+        // edges
         list< TopoDS_Shape > edges;
         for ( e.Init( f.Current(), TopAbs_EDGE ); e.More(); e.Next())
           if ( SMESH_MesherHelper::NbAncestors( e.Current(), mesh, TopAbs_FACE ) > 1 )
@@ -4090,10 +4412,10 @@ void NETGENPlugin_NetgenLibWrapper::removeOutputFile()
     }
     string    tmpDir = SALOMEDS_Tool::GetDirFromPath ( _outputFileName );
     string aFileName = SALOMEDS_Tool::GetNameFromPath( _outputFileName ) + ".out";
-    SALOMEDS::ListOfFileNames_var aFiles = new SALOMEDS::ListOfFileNames;
-    aFiles->length(1);
-    aFiles[0] = aFileName.c_str();
+    SALOMEDS_Tool::ListOfFiles aFiles;
+    aFiles.reserve(1);
+    aFiles.push_back(aFileName.c_str());
 
-    SALOMEDS_Tool::RemoveTemporaryFiles( tmpDir.c_str(), aFiles.in(), true );
+    SALOMEDS_Tool::RemoveTemporaryFiles( tmpDir.c_str(), aFiles, true );
   }
 }