Fix renaming of Group as UserGroup

Merge automatic DDL generation

* kb/api:
  User table sequence generator for maximum compatibility
  Code cleanup
  Sequence generation fixes
  Fixe a bug introduced in last commit (EclipseLink does not correctly support @CacheIndexes in this version) Fixe StudyClientDao Added test for the "list" method of Study service
  Added list method to Study service
  Don't need sql script for DDL anymore
  Setting up the cache for the relevant entities
  Work on entities for automatic DDL generation
  Work on entities for automatic DDL generation
  Begin work on entities for automatic DDL generation

Conflicts:
projects/GDE_App/GDE-ejb/nbproject/project.properties
projects/GDE_App/nbproject/project.properties

FileService

ProfilesService

fix updateAttributeGroup

rename Group as UserGroup

AttributesService

User table sequence generator for maximum compatibility

Code cleanup

Sequence generation fixes

Fixe a bug introduced in last commit (EclipseLink does not correctly support @CacheIndexes in this version)
Fixe StudyClientDao
Added test for the "list" method of Study service

Added list method to Study service

Merge branch 'jpa_testing'

Don't need sql script for DDL anymore

Setting up the cache for the relevant entities

add StudyService

Work on entities for automatic DDL generation

Work on entities for automatic DDL generation

Finished GDEFile
Added init.sql

Begin work on entities for automatic DDL generation

UserService + tests

add/delete user

Use GSON relative path

Merge remote branch 'origin/master' into agr/api_cpp

Merge branch 'kavoos'

The test on file are finished
New class utility to convert "byte" to "hex" and vice versa
"ChunkEJB" verifies the checksum data

fix syntax error: do POST instead of PUT

Merge

ReadFile test, FindFile test

 Fix FileDaoTest
Fix FileService swith
Added UpdateFile test

Fixe FileDaoImpl

Working on tests
- Added deleteFileTest

Working on FileService tests

Fixe GDEFile

Changed AttributeGroupId and DataProfileId to objets. Objets can be null, this is important for the database when there is no relations.

Convert Boolean to boolean

Convert Boolean to boolean

provide gson JAR file

FileDaoClient commit

Work on unit tests

Cleanup

We forgot to put in "Fileto" the "Chunks" when reading a file.

In order not to overload the network memory and a new class "ChunkInfoTO" has been created.

This class is the same as "ChunkTO" without the "Data" field.

Enable caching

- Now it's possible to create a link between a study and files

Experimenting SQL geneation from entities with JPA 2.1 so no new SQL DDL added

File service

Cleanup DAO

The DAO should not see the transferables...

File / Chunk / Study

Cleanup DAO

The DAO should not see the transferables...

Updated AttributeDao and ProfileDao + EJBs

Improves file management

Adding a method to indicated that a file is valid, ie fully transfered

Added user's permissions

Added lockOwner field

Improving the management of the locks for studies
Code cleanup

Code cleanup

Tests comilation fixes

Compilation fixes

Missing project's files

Added missing sources

Netbeans project fixes

Fix javadoc

Separate tests from the application

Code cleanup
Optimizing DAO collections during updates
Fix potential problems when updating data

Profile management

Dao implementation + service + tests

Added cascade constraint on attribute and profile tables

Work on Profile

Fix SQL (again)
Code cleanup
First version of tests for ProfilesService

test_jpa branch

Fix hashcode

Fix Profile entity relation

ProfileDaoClient

Add ProfilesService to web.xml

DAO cleanup

Fix SQL

Working on Profiles

Finished service implementation

Dao refactoring

Working on Profile

Working on Profile

Working on Profiles

Updated SQL
Created transferables
Preparing ProfileDao

Remove unused indexes

Cleanup

Fix SQL

Code cleanup

- AttributeDAO

- Fixed SQL
- Work on tests

Attribute DAO

More tests

Attribute DAO

Attribute DAO

Attribute DAO

- Code cleanup & refactoring
- Finished client dao

Working on unit test

Update copyright information

- CreateAttributeGroup
- DeleteAttributeGroup
- ReadAttributeGroup
- UpdateAttributeGroup
- Dao & EJB cleanup

- CreateAttribute
- DeleteAttribute
- ReadAttribute
- Dao cleanup
- Renamed MetadataService to AttributeService

Update copyright information

Working on tests for Study

Working on tests for Study
* Fix null handling in Study (entity class)
* StudyDaoTest : Implemented createStudy test

- Working on tests for Study

- Study DAO client finished.

- Begin client DAO implementation

- Start working on Study service

- Merge from home

- Code cleanup

- Fix GroupPermission table name
- Fix UserService
- Updated tests

- Added Authentication methods

- User service now use PermissionManagerEJB to authenticate and check user permissions

- Removed PermissionManager class

- First checkPermission implementation. Not optimized for now.