add ompi mpi implementation for cea mars cluster

CA: Bug correction PAL2416
CORBA configuration for GIOP Max msg size (set to 2GB).
Done in only one place.

M bin/CMakeLists.txt
M bin/Makefile.am
A bin/ORBConfigFile.py
M bin/killSalome.py
M bin/killSalomeWithPort.py
M bin/launchConfigureParser.py
M bin/launchSalome.py
M bin/orbmodule.py
M bin/runSalome.ksh
M bin/runSalome.py
M bin/salomeConsole.py
M bin/salome_session.py
A bin/searchFreePort.py
M bin/appliskel/runRemote.sh
M bin/appliskel/runSession
M bin/appliskel/runTests
M bin/appliskel/searchFreePort.sh

Fix problem in documentation generation for TUI (Python API) of GEOM and SMESH classes

Generating documentation by CMake:small fix

Win32 compatibility

CMake compatibility: fix error: expected 'float *' but argument is of type 'double *'

- Ajout d'une API C/F/Python permettant d'écrire des floats/doubles dans des ports double/float (conversions automatiques).

0021478: EDF 2083 ALL: Write the version of Salome used to create the study in the hdf file
Additional fix: whe old study is opened, automatically add "unknown" version tag for all components

Fix symbol resolution problems when Salome is compiled with autotools on Ubuntu 12.04

win32 compatibility

CMake compatibility

0021478: EDF 2083 ALL: Write the version of Salome used to create the study in the hdf file

0021478: EDF 2083 ALL: Write the version of Salome used to create the study in the hdf file

Porting SALOME KERNEL to CMake

Porting SALOME GUI to CMake

Modify runSalome script - the python scripts should be executed in GUI only if it is started (--gui / -g option) and desktop is activated (--show-desktop=1 / -d1 option); otherwise the scripts, if specified, should be executed in the external Python.

Add missing end-of-line

1) Add CMake files to the dist rules (make dist)
2) Fix problems of make dist (missing files)

Partial fix for the 0021727: [CEA 584] sending a Yacs graph from Windows to a cluster issue.

PR: KERNEL Developer's guide with full index

CMake: Add new macros

CMake: Set env var for CPPUNIT

Fixing compilation error on gcc4.7

Synchronization env var for CPPUNIT with autotools : CPPUNIT_ROOT -> CPPUNITHOME

CMake compatibility: fix problen with MPI

CMake compatibility: fix problen with LIBBATCH

Modify am2cmake procedure:
- since generation of CMakeLists.txt is actually required on each level, rollback (partially) previous commit

Improve am2cmake procedure:
- allow forcing am2cmake conversion procedure for separate modules only (with dedicated env variables, e.g. AM2CMAKE_FORCE_KERNEL_GENERATION)
- if top-level CMakeLists.txt file is not am2cmake-generated, stop converting of lower-level files also (instead of checking CMakeLists.txt file separately at each level)

Fix problem of SMESH compilation with CMake

Porting SALOME KERNEL to CMake: add missing flags

Porting SALOME KERNEL to CMake

Porting SALOME KERNEL to CMake

Win32 compatibility for HexoticPLUGIN module

0021781: [CEA 616] Suppress . in the user's config files

Check usability of sphynx before declaring it OK.

Compilation SALOME by CMake(windows/linux)

0021670: EDF 2265 GUI: Update GUI documentation
Move documentation on SALOME running from GUI to KERNEL module.

Implementation of the "0021670: EDF 2265 GUI: Update GUI documentation" issue.

Fix for the "21727: [CEA 584] sending a Yacs graph from Windows to a cluster " issue.

Add os.path.realpath

standardization of cmakization 2.

cmakeization standardization.

Another fix for compilation with gcc 4.7

Fix for compilation with gcc 4.7

0021482: [CEA 539] inconsistency between getAppliPath.py and runAppli

Adding a new method to initialize YACS services if
the multi property on the service is used.

Merge from V6_5_BR 05/06/2012

Porting documentation on the Doxygen-1.8.0

MED CMakization

MED CMakization

MED CMakization

Usefull Macro for *.pyc and *.pyo on install.

MED CMakization.

MED CMakization.

Improve dev docs

Merge from BR_VISHNU

Build PLUGIN'S documentation.

MED CMakization

Win32 compilation.

Add new env var TIMEOUT_TO_WAIT_EXE_COMPONENT

Defines how many seconds a container waits an exe component to be loaded

Cmakization of MED.

Cmakization of MED.

Adding new env variable for SALOME: TIMEOUT_TO_LAUNCH_CONTAINER

If set to an int, defines how many seconds the SALOME container manager
will wait for a container

Basic FaultTolerance for ContainerManager

If a machine is not available (shutdown for instance), try to launch
the container on another resource according to the getFittingResources list.

Cmakization of MED.

Cmakization of MED.

Cmakization of MED.

Fix check of the AM2CMAKE_FORCE_GENERATION environment variable

0021336: EDF 1717 SMESH: New algorithm "body fitting" cartesian unstructured

+check_tbb.m4

Forced generation of the CMakeLists.txt from Makefile.am

Cmakization of MED.

Bug IPAL22865 "Re-structurization of Partition-related packges in SALOME GEOM module"
Win32 compilation

Working on PAL# 2078

Adding two new attributes to a SALOME resource:

is_cluster_head ->  set to "true" if the resource refers to a cluster head (false by default)
working_directory -> defines a default working directory in a cluster

cmakization of MED.

Resolve PAL# 2058

Create a default catalog resources file if USER_CATALOG_RESOURCES_FILE
env variable is set on an unexisting file.

If we cannot create the file, we use the default catalog resource file

Add functions to know that SALOME module version is development one

am2cmake.py does not overwrite not automatically generated CMakeLists.txt.

Correction of bug on bin_program.

0021208: EDF 1138 SMESH: Performance issue when loading SMESH with an hdf file containing a big mesh

-    std::string command = "rm -f ";
+    std::string command = "rm -rf ";

Improve killSalomeWithPort script: before killing the servers with kill command, give them chance to shutdown in a proper way:
- attempt 2: invoke shutdowning in a separate thread to prevent script blocking if shutdown procedure hangs up

Shutdown Session server (move it to the end of shutdownServers() to avoid problems with shutdowning embedded servers)

Improve killSalomeWithPort script: before killing the servers with kill command, give them chance to shutdown in a proper way

Internal issue 0022865: Restructurization of Partition packages.

Register temporary files in the container; automatically remove temporary files on shutdown.

Implement Shutdown() method for the SALOME Session server

CMake now manages graph partionners scotch, metis and parmetis.

Implement Shutdown() method for the SALOME Session server

PR: Bug PAL EDF 2090
sometimes, on cluster systems heavily loaded, the timeout on connection to Naming Service in initNS() is too short and SALOME launch aborts. 1s --> 10s

Print the missing boost library if necessary

Fix bug of Dump visual state functionality - IParameter should be cleared in the script in order to prevent having its incorrect state when running Python script(s) in the same study.

IMP: studyedit, helper functions to convert study in studyId et conversely

In openmpi need to link with libmpi_cxx and libmpi.so

On Fedora libboost_thread.so does not exit.

0021375: EDF 1671 SMESH: Dump study of current state

+  virtual void  SetOption(const char*, const char*);
+  virtual char* GetOption(const char*);

0021375: EDF 1671 SMESH: Dump study of current state

+    void SetOption(in string optionName, in string value);
+    string GetOption(in string optionName);

doc compilation

Build documentation by CMAKE: small correction

Build documentation by CMAKE

Implementation of the "0020839: EDF 1370 DOC : Update of the TUI features documentation / help(aMethod)" issue.

1) Build documentation using sphinx.
2) win32 compilation of the Geometry module.