Synchronize adm files

Bug correction EDF12533

Synchronize adm files

Copyright update: 2016

Synchronize adm files

Copyright update: 2016

Minor bug fix.

buildInnerBoundaryAlongM1Group(): bug fix for triangular/tetra mesh.

Synchronize adm files

Use "default" theme for Sphinx < 1.3

Conditional test37 and test38 depending on medfile version.

C++98 compatibility (remove C++11 staff)

Synchronize adm files

Synchronize adm files

Fix compilation with NumPy/SciPy.

Merge relevant changes from V8_0_0_BR branch

CMake: simplifying Python detection mechanism.

Doc fix and enhancement.

getWarpField(): documentation

getSkewField(): documentation.

Introduced check functions in MEDFileUMesh:

   + checkCoherency(),
   + checkSMESHCoherency()
   + and clearNodeAndCellNumbers()

Also added hasUniqueValues() in DataArrayInt

Merge branch 'V7_dev' of https://git.salome-platform.org/git/tools/medcoupling into V7_dev

Manual sync. from KERNEL.

Synchronize adm files

Bug fix: some missing CMake files at install

Merge branch 'master' into V7_dev - taking only stuff not for V8

A forgotten C++ test

Ensure sequential run of MEDLoader 1,2,3 tests.

MEDFile 3.2.0 porting to support CYL and SPHER.

Simple porting to medfile 3.2.0

Remove checkCoherency2.

MEDCouplingUMesh.tessellate2D - only one entry point now.

Merge branch 'master' of https://git.salome-platform.org/git/tools/medcoupling

Remove DataArrayInt::isIdentity-> DataArrayInt::isIdentity2 for everybody. Remove DataArrayInt::replaceOneValByInThis replaced by DataArrayInt::changeValue.

Script to perform automatic renaming should be installed.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Conflicts:
v8_work/TODO.txt -- keeping Anthony's last word!

Covariance: last fixes.

Modif b4 apply.

Covariance: forgot the most important one deepCpy() !!

Fixing various C++ covariances mismatches in the API

    + MEDCouplingUMesh
        deepCpyConnectivityOnly
        mergeMyselfWithOnSameCoords
        buildPartOfMySelf
        buildPartOfMySelfNode
        buildPartOfMySelf2
        buildFacePartOfMySelfNode
        buildBoundaryMesh
        buildPartOfMySelfKeepCoords
        buildPartOfMySelfKeepCoords2
    + MEDCouplingExtrudedMesh
        deepCpy
    + MEDCouplingIMesh
        deepCpy

API renaming: preparation.

Synchronize adm files

Merge branch 'V8_0_BR'

Quick Sphinx 1.2 porting

Synchronize adm files

Fix possible problem with enclosed reloading of targets from SALOME modules

Generalization of some Fam/grp methods from MEDFileUMesh->MEDFileMesh.

Documentation buildExtrudedMesh()

One more test.

3D2D -> 2D3D to ease readability.

Compile interp_kerneltests only if asked.

Quick solve of bug with interpolation 3DSurf<->3D using PointLocator.

Standardize behaviour of graphviz. When GRAPHVIZ_ROOT_DIR cmake var is NOT defined and that dot is in the path now it works.

Encourage users at most to use cartesian.

API modification (simplification) : MEDFileMesh::getGenMeshAtLevel -> MEDFileMesh::getMeshAtLevel.

Fix compilation issue with option MEDCOUPLING_USE_MPI.

Signed-off-by: Anthony Geay <anthony.geay@edf.fr>

Merge branch 'abn/tests_from_build'

Conflicts:
src/INTERP_KERNELTest/TestInterpKernelUtils.cxx
src/MEDLoader/Test/MEDLoaderTest.cxx
src/MEDLoader/Test/SauvLoaderTest.cxx
src/MEDPartitioner/Test/MEDPARTITIONERTest.cxx

Reduced version of INTERPKernel tests can be run in MICROMED mode.

Small fix.

Now deal with Cylindric, Spheric coordinates for UMesh, CLMesh, And only Cylindric for CMesh (MED file extension needed).

debug EDF11911. For serialkiller users having families on mesh lying both on cells and nodes.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Tests are now all runnable from BUILD dir only with no install.

Overriding CMake sync process to push again bug fix

Windows compatibility

Test file management:
  + Splitting MEDCouplingBasicTest into 5 files
  + grouping dependent MEDLoader tests together
  + deactivating failing ParaMEDMEM test (will be fixed soon)

Doc: Triangulation instead of Triangle in interp doc.
Thanks Christophe.

Bug correction on computeOffsets2 for empty arrayint. Shame on me \!

Synchronize adm files

Restoring InterpKernel tests. TODO: break dependency to
MEDLoader includes

Export configuration fix.

Minor fix for ParMetis detection and // partitioner tests.

Turned all MEDCOUPLING_MED_xyz into MEDCOUPLING_xyz

Reverted to SALOME current CMake build procedure.
(additional minor tweak in a PY remapper test to be compatible
with NumPy 1.8)

Fix documentation

Correction of bug in MEDFileEquivalence::isEqual

Merge branch 'agr/medcoupling_tool'

mv ExplicitMapping.cxx to medtool subdirectory

mv MEDFileEquivalence to medtool subdirectory

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

tutorial construction

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

fix conflict

Merge branch 'abn/mpi_imp'

Conflicts:
src/ParaMEDMEMTest/ParaMEDMEMTest.hxx - due to the move of MDLoader tests

OverlapDEC: further imp of the load balancing algo to try to keep
locality.

OverlapDEC: new load balancing algo (option
setWorkSharingAlgo(int)) plus some refactoring.

cmake files

rename medtool as medcoupling

update doc and options

update resources

fix conflict

APPLE portability (thanks Antoine G.)

OverlapDEC: adding attach*LocalField(MEDCouplingFieldDouble *) methods

OverlapDEC: new test for default values and multi-compo fields.

OverlapDEC: many improvements/fixes:

+ fixed incorrect cell mapping in multiply()
+ local field data not sent anymore
+ introduced default field value for non overlapping (non tested yet)
+ enhance algo readibility

Fix compilation pb (add missing include)

Minor: moved MEDLoader tests that were still hanging on parallel side.

OverlapDEC: bug fix. Bounding box adjustment was negative.

Also: documentation + typedefs to make code easier to read.
To come: more tests + new algo for job distribution.

extract medtool doc from MED

Minor: feedback from SERMA, error message reformulation.