Moving common CMake files to configuration repo

Improve perf for meshes with huge number of grps/families.

Still a bug in DataArrayInt::sortEachPairToMakeALinkedList

Correction of bug in pywrap of DataArrayInt.splitByValueRange

Correction of bug in DataArrayInt::sortEachPairToMakeALinkedList

Synchronize adm files

Moved ICoCo interface into a standalone sub-directory.

+ Is compiled even when no MPI
+ Is now linked within medcoupling target instead of paramedmem

Remapper: added new P1P1 method: MappedBarycentric. See doc
for more infos.

Disable specific test in case of insufficient memory.

Synchronize adm files

Minor fix : CMake version 2.8.11 is sufficient for POSITION_INDEPENT_CODE flag

Synchronize adm files

Fix test to work with metis 5.1.0 (to be confirmed)

Protection against write on deallocated underground array of fields.

Doc fix.

Make PARMETIS and METIS partitioner mutually exclusive.

Otherwise they mix up in certain configurations.

All users free to choose whether to use XDR or not.

Default value is OFF when WIN32, ON otherwise.

Tests: minor fixes:

+ Make MEDCOUPLING_WITH_FILE_EXAMPLES and MEDCOUPLING_BUILD_TESTS compatible.
+ Fix test MEDLoaderCouplingTrainingSession

Remapper: missing error message in InterpPlanar

Minor fix.

ParaMEDMEM: DisjointDEC

+ bug fix in copy ctor
+ new tests: both IDs and procs groups tested in constructor
+ added method to check group consistency.

MEDCoupling has now a simple global map.

Make the medcoupling to VTK accessible from the outside. For MEDWriter.

Minor portability: Cygwin compiler seems to have _X as a standard symbol ...

Added option MEDCOUPLING_BUILD_STATIC to build static libs.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Synchronize adm files

Fix tests environment

Fix salome tests

Fix problem with detection python libraries.

Get relevant changes from V7_dev branch (copyright update, adm files etc)

Little refactoring for extractPart.

Useful extractPart method on MEDFileField series.

Bug correction EDF12533

Bug correction EDF12533

Merge branch 'V8_0_0_BR'

Minor bug fix.

buildInnerBoundaryAlongM1Group(): bug fix for triangular/tetra mesh.

Synchronize adm files

Use "default" theme for Sphinx < 1.3

C++98 compatibility (remove C++11 staff)

Windows compatibility

Charly is responsible of this modification :)

Bug linked with multi node field read in parallel. The first one was modifying the second one in context where field PartDef was a DataArrayPartDef.

getWarpField(): documentation

getSkewField(): documentation.

Minor doc fix about namespace and parallelism

Introduced check functions in MEDFileUMesh:

       + checkCoherency(),
       + checkSMESHCoherency()
       + and clearNodeAndCellNumbers()

Also added hasUniqueValues() in DataArrayInt

GlobalNodeIds in MEDReader in // context.

Charly is responsible of this modification :)

Bug linked with multi node field read in parallel. The first one was modifying the second one in context where field PartDef was a DataArrayPartDef.

Doc fix and enhancement.

getWarpField(): documentation

getSkewField(): documentation.

Minor doc fix about namespace and parallelism

Introduced check functions in MEDFileUMesh:

       + checkCoherency(),
       + checkSMESHCoherency()
       + and clearNodeAndCellNumbers()

Also added hasUniqueValues() in DataArrayInt

GlobalNodeIds in MEDReader in // context.

Increment version: 8.0.0

Fix bug: MEDCoupling_version.h file is not installed due to misprint.

Bug fix: some missing CMake files at install

Synchronize adm files

Merge branch 'V7_dev'

Conflicts:
cmake_files/SalomeMacros.cmake - staying aligned with master of KERNEL

Bug fix: some missing CMake files at install

Merge branch 'V8_0_0_BR'

Conflicts:
src/MEDLoader/Test/MEDLoaderTest.cxx - due to MEDLoader removal

Merge branch 'master' into V7_dev - taking only stuff not for V8

A forgotten C++ test

Sphinx portability

Synchronize adm files

Ensure sequential run of MEDLoader 1,2,3 tests.

Synchronize adm files

MEDCoupling API renaming - stage #3: documentation

+ Created a page about porting to 7 to 8
+ Fixed tutorial and various other places, mostly about
MEDLoader high level API

MEDCoupling API renaming - stage #2

   DataArray*::search -> DataArray*::findIdSequence
   DataArray*::substr -> DataArray*::subArray

MEDCoupling API change - stage #1

Automatic renaming through script medcoup7to8.py.
Following names have been changed:

Interpolation
-------------
    RevIntegral / IntensiveConservation
    ConservativeVolumic / IntensiveMaximum
    IntegralGlobConstraint / ExtensiveConservation
    Integral / ExtensiveMaximum

All classes
-----------
    deepCpy / deepCopy
    performCpy / performCopyOrIncrRef

Auto-pointeur
-------------
    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr / MCAuto

MEDCouplingExtrudedMesh
-----------------------
    MEDCouplingExtrudedMesh / MEDCouplingMappedExtrudedMesh

MEDCouplingMesh
---------------
    getBarycenterAndOwner / computeCellCenterOfMass
    checkCoherency / checkConsistencyLight
    checkCoherency1 / checkConsistency

MEDCouplingPointSet
-------------------
    mergeNodes2 / mergeNodesCenter
    renumberNodes2 / renumberNodesCenter
    buildPartOfMySelf2 / buildPartOfMySelfSlice
    buildPartOfMySelfKeepCoords2 / buildPartOfMySelfKeepCoordsSlice
    deepCpyConnectivityOnly / deepCopyConnectivityOnly

MEDCoupling1DGTUMesh
--------------------
    checkCoherencyOfConnectivity / checkConsistencyOfConnectivity

MEDCouplingUMesh
----------------
    getMeshLength / getNodalConnectivityArrayLen
    AreCellsEqual0 / AreCellsEqualPolicy0
    AreCellsEqual1 / AreCellsEqualPolicy1
    AreCellsEqual2 / AreCellsEqualPolicy2
    AreCellsEqual7 / AreCellsEqualPolicy7
    AreCellsEqual3 / AreCellsEqualPolicy2NoType
    areCellsIncludedIn2 / areCellsIncludedInPolicy7
    setPartOfMySelf2 / setPartOfMySelfSlice
    ExtractFromIndexedArrays2 / ExtractFromIndexedArraysSlice
    SetPartOfIndexedArrays2 / SetPartOfIndexedArraysSlice
    SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 / SetPartOfIndexedArraysSameIdxSlice
    deepCpyConnectivityOnly / deepCopyConnectivityOnly

DataArray
---------
    setContigPartOfSelectedValues2 / setContigPartOfSelectedValuesSlice
    selectByTupleId2 / selectByTupleIdSafe
    GetAxTypeRepr / GetAxisTypeRepr
    cpyFrom / deepCopyFrom

DataArrayInt
------------
    isIdentity2 / isIota
    selectByTupleId2 / selectByTupleIdSlice
    BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2 / ConvertIndexArrayToO2N

    getIdsEqual / findIdsEqual
    getIdsNotEqual / findIdsNotEqual
    getIdsEqualList / findIdsEqualList
    getIdsNotEqualList / findIdsNotEqualList
    getIdsEqualTuple / findIdsEqualTuple
    locateValue / findIdFirstEqual
    locateTuple / findIdFirstEqualTuple
    getIdsInRange / findIdsInRange
    getIdsNotInRange / findIdsNotInRange
    getIdsStrictlyNegative / findIdsStricltyNegative
    searchRangesInListOfIds / findIdsRangesInListOfIds

    computeOffsets2 / computeOffsetsFull

DataArrayDouble
---------------
    applyFunc2 / applyFuncCompo
    applyFunc3 / applyFuncNamedCompo

MEDCouplingFieldDouble
----------------------
    getIdsInRange / findIdsInRange
    fillFromAnalytic2 / fillFromAnalyticCompo
    fillFromAnalytic3 / fillFromAnalyticNamedCompo
    applyFunc2 / applyFuncCompo
    applyFunc3 / applyFuncNamedCompo
    mergeNodes2 / mergeNodesCenter

MEDFileMesh
-----------
    setAxType / setAxisType
    getAxType / getAxisType

API rename #1: preparing script and updating TODO

End of namespace modif.

Ensure sequential run of MEDLoader 1,2,3 tests.

7th step - Update doc.

6th step : Remove the additional MEDLoader level from MEDLoader.

5th step

4th step

3rd step.

2nd step.

A forgotten C++ test

First step of ParaMEDMEM -> MEDCoupling

MEDFile 3.2.0 porting to support CYL and SPHER.

Simple porting to medfile 3.2.0

Remove checkCoherency2.

MEDCouplingUMesh.tessellate2D - only one entry point now.

Merge branch 'master' of https://git.salome-platform.org/git/tools/medcoupling

Remove DataArrayInt::isIdentity-> DataArrayInt::isIdentity2 for everybody. Remove DataArrayInt::replaceOneValByInThis replaced by DataArrayInt::changeValue.

Script to perform automatic renaming should be installed.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Conflicts:
v8_work/TODO.txt -- keeping Anthony's last word!

Covariance: last fixes.

Modif b4 apply.

Covariance: forgot the most important one deepCpy() !!

Fixing various C++ covariances mismatches in the API

    + MEDCouplingUMesh
        deepCpyConnectivityOnly
        mergeMyselfWithOnSameCoords
        buildPartOfMySelf
        buildPartOfMySelfNode
        buildPartOfMySelf2
        buildFacePartOfMySelfNode
        buildBoundaryMesh
        buildPartOfMySelfKeepCoords
        buildPartOfMySelfKeepCoords2
    + MEDCouplingExtrudedMesh
        deepCpy
    + MEDCouplingIMesh
        deepCpy

API renaming: preparation.

Synchronize adm files

Merge branch 'V8_0_BR'

Quick Sphinx 1.2 porting