MEDCoupling API renaming - stage #3: documentation

+ Created a page about porting to 7 to 8
+ Fixed tutorial and various other places, mostly about
MEDLoader high level API

MEDCoupling API renaming - stage #2

   DataArray*::search -> DataArray*::findIdSequence
   DataArray*::substr -> DataArray*::subArray

MEDCoupling API change - stage #1

Automatic renaming through script medcoup7to8.py.
Following names have been changed:

Interpolation
-------------
    RevIntegral / IntensiveConservation
    ConservativeVolumic / IntensiveMaximum
    IntegralGlobConstraint / ExtensiveConservation
    Integral / ExtensiveMaximum

All classes
-----------
    deepCpy / deepCopy
    performCpy / performCopyOrIncrRef

Auto-pointeur
-------------
    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr / MCAuto

MEDCouplingExtrudedMesh
-----------------------
    MEDCouplingExtrudedMesh / MEDCouplingMappedExtrudedMesh

MEDCouplingMesh
---------------
    getBarycenterAndOwner / computeCellCenterOfMass
    checkCoherency / checkConsistencyLight
    checkCoherency1 / checkConsistency

MEDCouplingPointSet
-------------------
    mergeNodes2 / mergeNodesCenter
    renumberNodes2 / renumberNodesCenter
    buildPartOfMySelf2 / buildPartOfMySelfSlice
    buildPartOfMySelfKeepCoords2 / buildPartOfMySelfKeepCoordsSlice
    deepCpyConnectivityOnly / deepCopyConnectivityOnly

MEDCoupling1DGTUMesh
--------------------
    checkCoherencyOfConnectivity / checkConsistencyOfConnectivity

MEDCouplingUMesh
----------------
    getMeshLength / getNodalConnectivityArrayLen
    AreCellsEqual0 / AreCellsEqualPolicy0
    AreCellsEqual1 / AreCellsEqualPolicy1
    AreCellsEqual2 / AreCellsEqualPolicy2
    AreCellsEqual7 / AreCellsEqualPolicy7
    AreCellsEqual3 / AreCellsEqualPolicy2NoType
    areCellsIncludedIn2 / areCellsIncludedInPolicy7
    setPartOfMySelf2 / setPartOfMySelfSlice
    ExtractFromIndexedArrays2 / ExtractFromIndexedArraysSlice
    SetPartOfIndexedArrays2 / SetPartOfIndexedArraysSlice
    SetPartOfIndexedArraysSameIdx2 / SetPartOfIndexedArraysSameIdxSlice
    deepCpyConnectivityOnly / deepCopyConnectivityOnly

DataArray
---------
    setContigPartOfSelectedValues2 / setContigPartOfSelectedValuesSlice
    selectByTupleId2 / selectByTupleIdSafe
    GetAxTypeRepr / GetAxisTypeRepr
    cpyFrom / deepCopyFrom

DataArrayInt
------------
    isIdentity2 / isIota
    selectByTupleId2 / selectByTupleIdSlice
    BuildOld2NewArrayFromSurjectiveFormat2 / ConvertIndexArrayToO2N

    getIdsEqual / findIdsEqual
    getIdsNotEqual / findIdsNotEqual
    getIdsEqualList / findIdsEqualList
    getIdsNotEqualList / findIdsNotEqualList
    getIdsEqualTuple / findIdsEqualTuple
    locateValue / findIdFirstEqual
    locateTuple / findIdFirstEqualTuple
    getIdsInRange / findIdsInRange
    getIdsNotInRange / findIdsNotInRange
    getIdsStrictlyNegative / findIdsStricltyNegative
    searchRangesInListOfIds / findIdsRangesInListOfIds

    computeOffsets2 / computeOffsetsFull

DataArrayDouble
---------------
    applyFunc2 / applyFuncCompo
    applyFunc3 / applyFuncNamedCompo

MEDCouplingFieldDouble
----------------------
    getIdsInRange / findIdsInRange
    fillFromAnalytic2 / fillFromAnalyticCompo
    fillFromAnalytic3 / fillFromAnalyticNamedCompo
    applyFunc2 / applyFuncCompo
    applyFunc3 / applyFuncNamedCompo
    mergeNodes2 / mergeNodesCenter

MEDFileMesh
-----------
    setAxType / setAxisType
    getAxType / getAxisType

API rename #1: preparing script and updating TODO

End of namespace modif.

7th step - Update doc.

6th step : Remove the additional MEDLoader level from MEDLoader.

5th step

4th step

3rd step.

2nd step.

A forgotten C++ test

First step of ParaMEDMEM -> MEDCoupling

MEDFile 3.2.0 porting to support CYL and SPHER.

Simple porting to medfile 3.2.0

Remove checkCoherency2.

MEDCouplingUMesh.tessellate2D - only one entry point now.

Merge branch 'master' of https://git.salome-platform.org/git/tools/medcoupling

Remove DataArrayInt::isIdentity-> DataArrayInt::isIdentity2 for everybody. Remove DataArrayInt::replaceOneValByInThis replaced by DataArrayInt::changeValue.

Script to perform automatic renaming should be installed.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Conflicts:
v8_work/TODO.txt -- keeping Anthony's last word!

Covariance: last fixes.

Modif b4 apply.

Covariance: forgot the most important one deepCpy() !!

Fixing various C++ covariances mismatches in the API

    + MEDCouplingUMesh
        deepCpyConnectivityOnly
        mergeMyselfWithOnSameCoords
        buildPartOfMySelf
        buildPartOfMySelfNode
        buildPartOfMySelf2
        buildFacePartOfMySelfNode
        buildBoundaryMesh
        buildPartOfMySelfKeepCoords
        buildPartOfMySelfKeepCoords2
    + MEDCouplingExtrudedMesh
        deepCpy
    + MEDCouplingIMesh
        deepCpy

API renaming: preparation.

Merge branch 'V8_0_BR'

Quick Sphinx 1.2 porting

Synchronize adm files

Fix possible problem with enclosed reloading of targets from SALOME modules

Generalization of some Fam/grp methods from MEDFileUMesh->MEDFileMesh.

Documentation buildExtrudedMesh()

One more test.

3D2D -> 2D3D to ease readability.

Compile interp_kerneltests only if asked.

Quick solve of bug with interpolation 3DSurf<->3D using PointLocator.

Standardize behaviour of graphviz. When GRAPHVIZ_ROOT_DIR cmake var is NOT defined and that dot is in the path now it works.

Encourage users at most to use cartesian.

API modification (simplification) : MEDFileMesh::getGenMeshAtLevel -> MEDFileMesh::getMeshAtLevel.

Fix compilation issue with option MEDCOUPLING_USE_MPI.

Signed-off-by: Anthony Geay <anthony.geay@edf.fr>

Merge branch 'abn/tests_from_build'

Conflicts:
src/INTERP_KERNELTest/TestInterpKernelUtils.cxx
src/MEDLoader/Test/MEDLoaderTest.cxx
src/MEDLoader/Test/SauvLoaderTest.cxx
src/MEDPartitioner/Test/MEDPARTITIONERTest.cxx

Reduced version of INTERPKernel tests can be run in MICROMED mode.

Small fix.

Now deal with Cylindric, Spheric coordinates for UMesh, CLMesh, And only Cylindric for CMesh (MED file extension needed).

debug EDF11911. For serialkiller users having families on mesh lying both on cells and nodes.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Tests are now all runnable from BUILD dir only with no install.

Overriding CMake sync process to push again bug fix

Windows compatibility

Test file management:
  + Splitting MEDCouplingBasicTest into 5 files
  + grouping dependent MEDLoader tests together
  + deactivating failing ParaMEDMEM test (will be fixed soon)

Doc: Triangulation instead of Triangle in interp doc.
Thanks Christophe.

Bug correction on computeOffsets2 for empty arrayint. Shame on me \!

Synchronize adm files

Restoring InterpKernel tests. TODO: break dependency to
MEDLoader includes

Export configuration fix.

Minor fix for ParMetis detection and // partitioner tests.

Turned all MEDCOUPLING_MED_xyz into MEDCOUPLING_xyz

Reverted to SALOME current CMake build procedure.
(additional minor tweak in a PY remapper test to be compatible
with NumPy 1.8)

Fix documentation

Correction of bug in MEDFileEquivalence::isEqual

Merge branch 'agr/medcoupling_tool'

mv ExplicitMapping.cxx to medtool subdirectory

mv MEDFileEquivalence to medtool subdirectory

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

tutorial construction

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

fix conflict

Merge branch 'abn/mpi_imp'

Conflicts:
src/ParaMEDMEMTest/ParaMEDMEMTest.hxx - due to the move of MDLoader tests

OverlapDEC: further imp of the load balancing algo to try to keep
locality.

OverlapDEC: new load balancing algo (option
setWorkSharingAlgo(int)) plus some refactoring.

cmake files

rename medtool as medcoupling

update doc and options

update resources

fix conflict

APPLE portability (thanks Antoine G.)

OverlapDEC: adding attach*LocalField(MEDCouplingFieldDouble *) methods

OverlapDEC: new test for default values and multi-compo fields.

OverlapDEC: many improvements/fixes:

+ fixed incorrect cell mapping in multiply()
+ local field data not sent anymore
+ introduced default field value for non overlapping (non tested yet)
+ enhance algo readibility

Fix compilation pb (add missing include)

Minor: moved MEDLoader tests that were still hanging on parallel side.

OverlapDEC: bug fix. Bounding box adjustment was negative.

Also: documentation + typedefs to make code easier to read.
To come: more tests + new algo for job distribution.

extract medtool doc from MED

Minor: feedback from SERMA, error message reformulation.

Various fixes on doc.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/modules/med

Enhance doc on parallelism.

merge conflict

Merge remote branch 'origin/master' into agr/medcalc

refactor MED to use external MEDtool

rename SALOME_* options as MEDTOOL_*

add mpi part

Initiating medtool

Enable C++0x/C++11 support

remove src/MEDCalc/doc

MERGE stage 2: update doc/dev then remove src/MEDCalc/doc

MERGE stage 1: keep doc/dev and src/MEDCalc/doc

MPIAccessDEC tests cleanup.

Mem leak fix in OverlapDEC.

Fixing ugly stack overflow in test_MPI_Access_ISend_IRecv_Length* tests.