Covariance: last fixes.

Covariance: forgot the most important one deepCpy() !!

Fixing various C++ covariances mismatches in the API

    + MEDCouplingUMesh
        deepCpyConnectivityOnly
        mergeMyselfWithOnSameCoords
        buildPartOfMySelf
        buildPartOfMySelfNode
        buildPartOfMySelf2
        buildFacePartOfMySelfNode
        buildBoundaryMesh
        buildPartOfMySelfKeepCoords
        buildPartOfMySelfKeepCoords2
    + MEDCouplingExtrudedMesh
        deepCpy
    + MEDCouplingIMesh
        deepCpy

API renaming: preparation.

Merge branch 'V8_0_BR'

Quick Sphinx 1.2 porting

Synchronize adm files

Fix possible problem with enclosed reloading of targets from SALOME modules

Generalization of some Fam/grp methods from MEDFileUMesh->MEDFileMesh.

Documentation buildExtrudedMesh()

One more test.

3D2D -> 2D3D to ease readability.

Compile interp_kerneltests only if asked.

Quick solve of bug with interpolation 3DSurf<->3D using PointLocator.

Standardize behaviour of graphviz. When GRAPHVIZ_ROOT_DIR cmake var is NOT defined and that dot is in the path now it works.

Encourage users at most to use cartesian.

API modification (simplification) : MEDFileMesh::getGenMeshAtLevel -> MEDFileMesh::getMeshAtLevel.

Fix compilation issue with option MEDCOUPLING_USE_MPI.

Signed-off-by: Anthony Geay <anthony.geay@edf.fr>

Merge branch 'abn/tests_from_build'

Conflicts:
src/INTERP_KERNELTest/TestInterpKernelUtils.cxx
src/MEDLoader/Test/MEDLoaderTest.cxx
src/MEDLoader/Test/SauvLoaderTest.cxx
src/MEDPartitioner/Test/MEDPARTITIONERTest.cxx

Reduced version of INTERPKernel tests can be run in MICROMED mode.

Small fix.

Now deal with Cylindric, Spheric coordinates for UMesh, CLMesh, And only Cylindric for CMesh (MED file extension needed).

debug EDF11911. For serialkiller users having families on mesh lying both on cells and nodes.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/tools/medcoupling

Tests are now all runnable from BUILD dir only with no install.

Overriding CMake sync process to push again bug fix

Windows compatibility

Test file management:
  + Splitting MEDCouplingBasicTest into 5 files
  + grouping dependent MEDLoader tests together
  + deactivating failing ParaMEDMEM test (will be fixed soon)

Doc: Triangulation instead of Triangle in interp doc.
Thanks Christophe.

Bug correction on computeOffsets2 for empty arrayint. Shame on me \!

Synchronize adm files

Restoring InterpKernel tests. TODO: break dependency to
MEDLoader includes

Export configuration fix.

Minor fix for ParMetis detection and // partitioner tests.

Turned all MEDCOUPLING_MED_xyz into MEDCOUPLING_xyz

Reverted to SALOME current CMake build procedure.
(additional minor tweak in a PY remapper test to be compatible
with NumPy 1.8)

Fix documentation

Correction of bug in MEDFileEquivalence::isEqual

Merge branch 'agr/medcoupling_tool'

mv ExplicitMapping.cxx to medtool subdirectory

mv MEDFileEquivalence to medtool subdirectory

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

tutorial construction

Implementation of equivalences in MEDFileMesh.

fix conflict

Merge branch 'abn/mpi_imp'

Conflicts:
src/ParaMEDMEMTest/ParaMEDMEMTest.hxx - due to the move of MDLoader tests

OverlapDEC: further imp of the load balancing algo to try to keep
locality.

OverlapDEC: new load balancing algo (option
setWorkSharingAlgo(int)) plus some refactoring.

cmake files

rename medtool as medcoupling

update doc and options

update resources

fix conflict

APPLE portability (thanks Antoine G.)

OverlapDEC: adding attach*LocalField(MEDCouplingFieldDouble *) methods

OverlapDEC: new test for default values and multi-compo fields.

OverlapDEC: many improvements/fixes:

+ fixed incorrect cell mapping in multiply()
+ local field data not sent anymore
+ introduced default field value for non overlapping (non tested yet)
+ enhance algo readibility

Fix compilation pb (add missing include)

Minor: moved MEDLoader tests that were still hanging on parallel side.

OverlapDEC: bug fix. Bounding box adjustment was negative.

Also: documentation + typedefs to make code easier to read.
To come: more tests + new algo for job distribution.

extract medtool doc from MED

Minor: feedback from SERMA, error message reformulation.

Various fixes on doc.

Merge branch 'master' of ssh://git.salome-platform.org/modules/med

Enhance doc on parallelism.

merge conflict

Merge remote branch 'origin/master' into agr/medcalc

refactor MED to use external MEDtool

rename SALOME_* options as MEDTOOL_*

add mpi part

Initiating medtool

Enable C++0x/C++11 support

remove src/MEDCalc/doc

MERGE stage 2: update doc/dev then remove src/MEDCalc/doc

MERGE stage 1: keep doc/dev and src/MEDCalc/doc

MPIAccessDEC tests cleanup.

Mem leak fix in OverlapDEC.

Fixing ugly stack overflow in test_MPI_Access_ISend_IRecv_Length* tests.

Introducing CMake test for ParaMEDMEM. Making MPI_Access tests
much less verbose by default.

Memory leak fix on DisjointDEC. union_comm was not freed properly.

Fixed ugly bug on TMP directory in ParaMEDMEM test ...

Be kind to people running old versions of NumPy (< 1.7), i.e. Gauthier F.

Following training's feedback: removing finishInsertingCells(),
clarifying some points in the tutorial.

Set development flag to 1

Merge branch 'V7_7_BR'

Correction of bug of double pickelization of MEDFileUMesh instances.

Increment version: 7.7.0

Merge branch 'V7_7_BR' of salome:modules/med into V7_7_BR

Nicer theme for tutorial (adaptation to Sphinx 1.3.1)

Fix problem of build with -DSALOME_MED_STANDALONE=ON option

Documentation reorganization

Correction of bug EDF10723 for 0D mesh.

Moving empty mesh test to MEDLoaderTest3.py

Mini bug fix: MEDFileUMesh should load correclty a mesh with empty coords.

Correction of bug concerning UNIV info status.

Merge branch 'abn/crack_fix'

buildInnerBoundaryAlongM1Group(): family ID creation was buggy.

Renamed duplicateNodesOnM1Group into buildInnerBoundaryAlongM1Group

Further "improvement" on duplicateNodesOnM1Group().
Cells identification was still buggy.

fix conflict: ctest requires SUBDIRS, not ADD_SUBDIRECTORY directives