[EDF30178] : non reg test linked to additional MEDFileUMesh.tetrahedrize method

[EDF30178] : Tetraedrize on MEDFileUMesh

[tuleap42837] : fix linking problem on deb11 release

Revert "refactor: add missing includes and remove unused"

This reverts commit 5972d7ba5e003a70bee90674cb1775b122caa03b.

Revert "clean: unused hxx and txx VTK files"

This reverts commit 41f71ed94dbf55c45ff2d37212cf59de883775fa.

Revert "refactor: include hxx instead of txx when explicitly declared"

This reverts commit 6e31243201782b899b039c233a3f32536d4650a0.

Revert "fix: add missing includes on some platforms"

This reverts commit 3fd000ee9d64ca4816cb3cff813aed17c2a6c411.

fix: add missing includes on some platforms

Add missing cppunit extension due to a bug on CO7

add missing include to PTScotchGraph

refactor: include hxx instead of txx when explicitly declared

clean: unused hxx and txx VTK files

refactor: add missing includes and remove unused

Merge branch 'V9_13_BR'

[EDF30179] : nodes and cells fusion of MEDFileUMesh instance.

update README file section about SAT

[EDF30822] : Add missing operator to request on presence of iterative stats.

[EDF30834] : Work b4 integration. Redefinition of dependancies. RAII usage. Templating. Full access of API thru python wrapping. salome test integration of recogn shape tests.

Reference version of Shape Recognition

fix: README summary

Add README.md

Revert "Merge commit '0b65bf985d4fb167b600655150f1fa3c564ee2c3'"

This reverts commit 0e3f0b79872b79d8a0876df2af8f170491a27466, reversing
changes made to 040e2d5c314e512dcae3a2d2a7fb8599ca76b359.

Bug fix: InterpKernelDEC was not accepting source mesh with extern coords

+ improper use of getPointer() instead of getConstPointer) in
  ElementLocator

Merge commit '0b65bf985d4fb167b600655150f1fa3c564ee2c3'

[EDF30822] : Integration of iterative statistics into medcoupling ( with optionnal dep of BasicIterativeStatistics )

feat: exhale doxygen to sphinx brigde

brings the benefit of auto generating the same structure as doxygen in
the rst files.

feat: generate apidoc from xml with breathe

WIP: set up breathe

Still figuring out how to not use system python and system python exs so
I can find breathe.

[EDF29571] : Fix problem of performance of MEDCoupling1GTUMesh::getCellsContainingPoints

Increment version: 9.13.0

fix: replace unordered_set/map with set/map

This is not the best solution but this method does not seem critical in
performance and it should be much simpler to test crackAlong.

fix: windows compilation

feat: new crackAlong method

This new method is a more powerfull version of the
buildInnerBoundariesAlongM1Group method because it naturally handle non
connex and complex M1 groups

wip: fix cycling over nodal connectivity

fix shared_ptr<set<int>> allocation

wip: no more memleak !

TODO: for now this method only treat the mesh at level 0. The mesh at
level -1 and the groups lying on it should be taken care of.

wip: Duplicate faces inplace and replace old node number with new ones

wip: removing useless shared_ptr, adding doc

wip: moving duplicateFaces to CrackAlgo.cxx

wip: refactor CrackAlgo and treat elements families

missing node families

feat: functional new duplicateFaces method

fix: changing API and preparing methods for test

feat: separate tests on crackAlong method

wip: using M1 and not Mf

fix: case when cell has no neighbor

feat: test mesh at level -1

This test checks that the crack mesh has twice as many cells than the
starting crack mesh, and that they are both equivalent after merging the
nodes.

wip: fixing connectivity of faces which are not duplicated

fix: manage connectivity of m1 elements touching crack

wip: add python tests

Still figuring out why using M1 non connex group erease the families at lev -2

fix: crackAlong exceptions with boolean param

A boolean is added to change the method behavior in the case when a face
is duplicated but not modified (there is no real separation between
volumes)

feat: new tests and OpenCrack binding

fix: Copy family at lev0 and set them back

Because suprisingly they tend to disapear.

refactor: OpenCrack -> openCrack

fix: remove french comments, better use of stl

refactor: better documentation, less auto, more const

Add test for .mesh file format

Fix spns #40523 export .mesh is too slow. Extract only unique family ids before using them in to iterate over cells.
And ignore operation on fields if no field exists to avoid crash when writing .mesh file

fix: remove ref to adm_local in CMakeLists.txt

refactor!: remove adm_local/ directory

Fix: getCellsContainingPoints() in case of polyhedron with a face containing colinear points

+ Also fixes Remapper with PointLocator
+ See CEA spns #40783

Minor: accessors in OverlapDEC

[spns#34841] Intersect2DMeshWith1DLine : throw exception if any node within mesh1D is connected to more than two edges

feat!: rename target "dev_docs" into "doxygen_documentation" and remove it from the ALL target

feat: invert IF statement, for readability

refactor: rename some minor internal variables with a clearer name

style: format comments

style: move block of code closer to usage

feat: supress coupling to SALOME/CONFIGURATION cmake functions for cmake file of documentation

refactor!: simplify name of Doxyfile of developer doc

fix: remove special chars in text, typo and trailing whitespaces

fix!: reactivate parsing of `.txx` C++ source files

The `txx` extension is not among automatically handled extensions of
Doxygen. The `EXTENSION_MAPPING` allows to add a rule for this
extension.

[ODEC] Bug fix for empty matrix parts - thanks Antoine G.!

Minor bug fix seen by '-fsanitize'

[bos #38048] [EDF] (2023-T3) PARAMEDMEM Ergonomy.

[TetraIntersect] Corner case for angle comparison ...

[TetraIntersect] Avoid multiple divisions in calculatePolygonBarycenter

+ more accurate (if no overflow) and faster
+ cosmetics floating point fixes

[TetraIntersect] Obvious optimisation -> 10% gain by replacing atan2()

+ use quicker pseudo angle computation suitable for sorting

[TetraIntersect] This test can be re-activated.

[TetraIntersect] Settting TransformedTriangle::THRESHOLD to 100

+ see previous commit : we can not keep 20 because of P1P1 intersector which uses
barycentric computation. A small threshold produces sometimes more
intersection points, which disturbs the (improper) barycentric
computation.

[TetraIntersec] Several bug fixes in Grandy's implementation

+ triple product inconsistency was not properly detected (now using original deltas from douple prod computation)
+ f/F factor set to 20 (not 500) as in Grandy's article -> (will be set to 100, see next commit)
+ epsilonEqual used when necessary: when it provides more points in polygon A or B (risk is completely missing a point in polygon!)
+ better handling of degenerated case where PQR triangle is in h=0
  plane, or when P,Q or R close to a tet corner
+ fixed surface-edge intersection test: triple product equality (and zeroing) must be checked with care
+ using 'long double' is not necessary -> double are enough

[TetraIntersect] Formatting and including what's inline really inline!

(nothing new in this commit)

+ better log (corner, edge, ... names)
+ and various other minor formattings ...

bos #40795 [CEA] COTECH 156.2 - Check if native HDF5 can be used for DB10 version

Small doc into test used to make connection between client and server for IA

[OverlapDEC] valgrind on uninitialized array of bool

[OverlapDEC] Fixing ODEC work algo sharing 1

[OverlapDEC] Bug fix for transfer of multi-compo field

+ adding tests illustrating transfer of several fields
+ doc and minor fix in workSharing algo (was improperly identifying less loaded proc -> should not impact result, just balancing)
+ C++ style loops
+ more debug info

Updated copyright comment

Merge branch 'V9_12_BR'

add test for Nan - computeTriangleHeight

Fix computation height of isocel triangle with base equal zero : NaN

Increment version: 9.12.0

Expose MPI configuration in CMake export file.

[ParaMEDFileMesh] geometric type is passed as an argument for fields partial loading

New method: getHiddenCppPointerAsLongLong()

+ useful for mixed wrapping tools, for example mixing MEDCoupling's SWIG
  and PyBind11/Nanobind

[EDF28448] : MEDFileUMesh.declarePartsUpdated and  MEDFileField1TS context manager dealing with file and not file situation indifferently

[EDF27375] : Add InterpKernelDEC.synchronizeWithDefaultValue and retrieveNonFetchedIds methods

[EDF27860] : MEDCouplingUMesh.getCellsContainingPoints eps parameter specifies a balls radius relative to the conidered cell

[EDF27988] : Implementation of MEDCouplingUMesh.explodeMeshTo for MEDFileUMesh.reduceToCells

[EDF27859] : Correct bug in case of HEXA/HEXA in P1P0 mode with PLANAR_FACE5 / PLANAR_FACE6 / GENERAL_24

[EDF27859] : In salome test mechanism : explicit python executable.

[EDF28170] : management of structure elements pipes using SEG4 elements. Management of Gauss Points on SEG4 cell types

Merge branch 'V9_11_BR'

updated copyright message

updated copyright message

Bug fix: isColinear3D() was using wrongly dimensionned epsilon

[KW103] : Fix invalid usage of CMAKE_DEPENDENT_OPTION

Increment version: 9.11.0

Minor: wider exception check in *DEC test

[DEC] Enhance ctors on Python side to accept mpi4py communicators

+ factory pattern with 'New' static method
+ can use 'MPI._addressof(<my_communicator>)' in direct constructors

New feature: colinearizeEdges(): merge colinear edges of polyhedrons

+ typically to be used after simplifyPolyhedra()

Doc: indicating how to pass MPI_Comm from mpi4py

fix compilation issues. Tested on all supported Linux distributions:
 - CentOS 7, 8
 - Debian 9,10, 11
 - Fedora 32, 34, 36, 37

 -  Ubuntu 20.04, 22.04

Portability: Mac

Minor: exception propagation when scipy not available was buggy

[Bug fix] faces duplication during partitioning

[Partial load] Implementation of a partial parallel load (of mesh and field) from a user-defined partition

Fix MEDCoupling tests currently failing on Windows OS:

   1/ fix import in python scripts
   2/ fix PYTHONPATH search path in CTestTestfileInstall.cmake consistently for Windows
   3/ Implement Linux which equivalent command on Windows

Taking into account code review as discussed in this pull request: https://codev-tuleap.cea.fr/plugins/git/?action=pull-requests&repo_id=146&group_id=116#/pull-requests/2456/overview

[EDF27364] : Partial connectivity only extraction of cells of a mesh (MEDFileUMesh.LoadConnectivityOnlyPartOf)

Bug fix: findCellIdsOnBoundary() wrongly throwing if void mesh.

Minor: buildInnerBoundary(): degenerated case was not handled properly.

When a cell of the cracking group is on the skin of the initial mesh
it should be discarded.

MEDFile -> write40 functionality

[EDF27213] : Fix VTK version detection

New references checked for PYRA5 due to modification of shape function in fd8dbd34764 commit

Implement all derivatives for a shape functions based on ASTER implementation. Thank you to Emmanuelle.

[EDF26877] : management of computation of measure field on field on Gauss Point in the special case where SpaceDim is not equal to MeshDim