From: Jean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Date: Sun, 27 Sep 2015 12:53:12 +0000 (+0200)
Subject: Documentation correction and improvements
X-Git-Tag: V7_7_0rc1~6
X-Git-Url: http://git.salome-platform.org/gitweb/?a=commitdiff_plain;h=0c657c1bbac92389e7d7d7a681223c54e24a263b;p=modules%2Fadao.git

Documentation correction and improvements
---

diff --git a/doc/en/ref_algorithm_4DVAR.rst b/doc/en/ref_algorithm_4DVAR.rst
new file mode 100644
index 0000000..19a0415
--- /dev/null
+++ b/doc/en/ref_algorithm_4DVAR.rst
@@ -0,0 +1,263 @@
+..
+   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
+
+   This file is part of SALOME ADAO module.
+
+   This library is free software; you can redistribute it and/or
+   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+   License as published by the Free Software Foundation; either
+   version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+   This library is distributed in the hope that it will be useful,
+   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+   Lesser General Public License for more details.
+
+   You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+   License along with this library; if not, write to the Free Software
+   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+
+   See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+
+   Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+
+.. index:: single: 4DVAR
+.. _section_ref_algorithm_4DVAR:
+
+Calculation algorithm "*4DVAR*"
+-------------------------------
+
+.. warning::
+
+  in its present version, this algorithm is experimental, and so changes can be
+  required in forthcoming versions.
+
+Description
++++++++++++
+
+This algorithm realizes an estimation of the state of a dynamic system, by a
+variational minimization method of the classical :math:`J` function in data
+assimilation:
+
+.. math:: J(\mathbf{x})=(\mathbf{x}-\mathbf{x}^b)^T.\mathbf{B}^{-1}.(\mathbf{x}-\mathbf{x}^b)+\sum_{t\in T}(\mathbf{y^o}(t)-H(\mathbf{x},t))^T.\mathbf{R}^{-1}.(\mathbf{y^o}(t)-H(\mathbf{x},t))
+
+which is usually designed as the "*4D-VAR*" function (see for example
+[Talagrand97]_). It is well suited in cases of non-linear observation and
+evolution operators, its application domain is similar to the one of Kalman
+filters, specially the :ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter` or the
+:ref:`section_ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter`.
+
+Optional and required commands
+++++++++++++++++++++++++++++++
+
+.. index:: single: AlgorithmParameters
+.. index:: single: Background
+.. index:: single: BackgroundError
+.. index:: single: Observation
+.. index:: single: ObservationError
+.. index:: single: ObservationOperator
+.. index:: single: Bounds
+.. index:: single: ConstrainedBy
+.. index:: single: EstimationOf
+.. index:: single: MaximumNumberOfSteps
+.. index:: single: CostDecrementTolerance
+.. index:: single: ProjectedGradientTolerance
+.. index:: single: GradientNormTolerance
+.. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
+
+The general required commands, available in the editing user interface, are the
+following:
+
+  Background
+    *Required command*. This indicates the background or initial vector used,
+    previously noted as :math:`\mathbf{x}^b`. Its value is defined as a
+    "*Vector*" or a *VectorSerie*" type object.
+
+  BackgroundError
+    *Required command*. This indicates the background error covariance matrix,
+    previously noted as :math:`\mathbf{B}`. Its value is defined as a "*Matrix*"
+    type object, a "*ScalarSparseMatrix*" type object, or a
+    "*DiagonalSparseMatrix*" type object.
+
+  Observation
+    *Required command*. This indicates the observation vector used for data
+    assimilation or optimization, previously noted as :math:`\mathbf{y}^o`. It
+    is defined as a "*Vector*" or a *VectorSerie* type object.
+
+  ObservationError
+    *Required command*. This indicates the observation error covariance matrix,
+    previously noted as :math:`\mathbf{R}`. It is defined as a "*Matrix*" type
+    object, a "*ScalarSparseMatrix*" type object, or a "*DiagonalSparseMatrix*"
+    type object.
+
+  ObservationOperator
+    *Required command*. This indicates the observation operator, previously
+    noted :math:`H`, which transforms the input parameters :math:`\mathbf{x}` to
+    results :math:`\mathbf{y}` to be compared to observations
+    :math:`\mathbf{y}^o`. Its value is defined as a "*Function*" type object or
+    a "*Matrix*" type one. In the case of "*Function*" type, different
+    functional forms can be used, as described in the section
+    :ref:`section_ref_operator_requirements`. If there is some control :math:`U`
+    included in the observation, the operator has to be applied to a pair
+    :math:`(X,U)`.
+
+The general optional commands, available in the editing user interface, are
+indicated in :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. Moreover, the parameters
+of the command "*AlgorithmParameters*" allows to choose the specific options,
+described hereafter, of the algorithm. See
+:ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` for the good use of this
+command.
+
+The options of the algorithm are the following:
+
+  Minimizer
+    This key allows to choose the optimization minimizer. The default choice is
+    "LBFGSB", and the possible ones are "LBFGSB" (nonlinear constrained
+    minimizer, see [Byrd95]_, [Morales11]_ and [Zhu97]_), "TNC" (nonlinear
+    constrained minimizer), "CG" (nonlinear unconstrained minimizer), "BFGS"
+    (nonlinear unconstrained minimizer), "NCG" (Newton CG minimizer). It is
+    strongly recommended to stay with the default.
+
+    Example : ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+
+  Bounds
+    This key allows to define upper and lower bounds for every state variable
+    being optimized. Bounds have to be given by a list of list of pairs of
+    lower/upper bounds for each variable, with possibly ``None`` every time
+    there is no bound. The bounds can always be specified, but they are taken
+    into account only by the constrained optimizers.
+
+    Example : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,None],[None,None]]}``
+
+  ConstrainedBy
+    This key allows to choose the method to take into account the bounds
+    constraints. The only one available is the "EstimateProjection", which
+    projects the current state estimate on the bounds constraints.
+
+    Example : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
+  MaximumNumberOfSteps
+    This key indicates the maximum number of iterations allowed for iterative
+    optimization. The default is 15000, which is very similar to no limit on
+    iterations. It is then recommended to adapt this parameter to the needs on
+    real problems. For some optimizers, the effective stopping step can be
+    slightly different of the limit due to algorithm internal control
+    requirements.
+
+    Example : ``{"MaximumNumberOfSteps":100}``
+
+  CostDecrementTolerance
+    This key indicates a limit value, leading to stop successfully the
+    iterative optimization process when the cost function decreases less than
+    this tolerance at the last step. The default is 1.e-7, and it is
+    recommended to adapt it to the needs on real problems.
+
+    Example : ``{"CostDecrementTolerance":1.e-7}``
+
+  EstimationOf
+    This key allows to choose the type of estimation to be performed. It can be
+    either state-estimation, with a value of "State", or parameter-estimation,
+    with a value of "Parameters". The default choice is "State".
+
+  ProjectedGradientTolerance
+    This key indicates a limit value, leading to stop successfully the iterative
+    optimization process when all the components of the projected gradient are
+    under this limit. It is only used for constrained optimizers. The default is
+    -1, that is the internal default of each minimizer (generally 1.e-5), and it
+    is not recommended to change it.
+
+    Example : ``{"ProjectedGradientTolerance":-1}``
+
+  GradientNormTolerance
+    This key indicates a limit value, leading to stop successfully the
+    iterative optimization process when the norm of the gradient is under this
+    limit. It is only used for non-constrained optimizers.  The default is
+    1.e-5 and it is not recommended to change it.
+
+    Example : ``{"GradientNormTolerance":1.e-5}``
+
+  StoreSupplementaryCalculations
+    This list indicates the names of the supplementary variables that can be
+    available at the end of the algorithm. It involves potentially costly
+    calculations or memory consumptions. The default is a void list, none of
+    these variables being calculated and stored by default. The possible names
+    are in the following list: ["BMA", "CostFunctionJ", "CurrentOptimum",
+    "CurrentState", "IndexOfOptimum"].
+
+    Example : ``{"StoreSupplementaryCalculations":["BMA", "CurrentState"]}``
+
+Information and variables available at the end of the algorithm
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
+
+At the output, after executing the algorithm, there are variables and
+information originating from the calculation. The description of
+:ref:`section_ref_output_variables` show the way to obtain them by the method
+named ``get`` of the variable "*ADD*" of the post-processing. The input
+variables, available to the user at the output in order to facilitate the
+writing of post-processing procedures, are described in the
+:ref:`subsection_r_o_v_Inventaire`.
+
+The unconditional outputs of the algorithm are the following:
+
+  Analysis
+    *List of vectors*. Each element is an optimal state :math:`\mathbf{x}*` in
+    optimization or an analysis :math:`\mathbf{x}^a` in data assimilation.
+
+    Example : ``Xa = ADD.get("Analysis")[-1]``
+
+  CostFunctionJ
+    *List of values*. Each element is a value of the error function :math:`J`.
+
+    Example : ``J = ADD.get("CostFunctionJ")[:]``
+
+  CostFunctionJb
+    *List of values*. Each element is a value of the error function :math:`J^b`,
+    that is of the background difference part.
+
+    Example : ``Jb = ADD.get("CostFunctionJb")[:]``
+
+  CostFunctionJo
+    *List of values*. Each element is a value of the error function :math:`J^o`,
+    that is of the observation difference part.
+
+    Example : ``Jo = ADD.get("CostFunctionJo")[:]``
+
+The conditional outputs of the algorithm are the following:
+
+  BMA
+    *List of vectors*. Each element is a vector of difference between the
+    background and the optimal state.
+
+    Example : ``bma = ADD.get("BMA")[-1]``
+
+  CurrentOptimum
+    *List of vectors*. Each element is the optimal state obtained at the current
+    step of the optimization algorithm. It is not necessarely the last state.
+
+    Exemple : ``Xo = ADD.get("CurrentOptimum")[:]``
+
+  CurrentState
+    *List of vectors*. Each element is a usual state vector used during the
+    optimization algorithm procedure.
+
+    Example : ``Xs = ADD.get("CurrentState")[:]``
+
+  IndexOfOptimum
+    *List of integers*. Each element is the iteration index of the optimum
+    obtained at the current step the optimization algorithm. It is not
+    necessarely the number of the last iteration.
+
+    Exemple : ``i = ADD.get("IndexOfOptimum")[-1]``
+
+See also
+++++++++
+
+References to other sections:
+  - :ref:`section_ref_algorithm_3DVAR`
+  - :ref:`section_ref_algorithm_KalmanFilter`
+  - :ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter`
+
+Bibliographical references:
+  - [Byrd95]_
+  - [Morales11]_
+  - [Talagrand97]_
diff --git a/doc/en/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst b/doc/en/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
index 9619316..6ff9fe9 100644
--- a/doc/en/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
+++ b/doc/en/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
@@ -100,6 +100,13 @@ The options of the algorithm are the following:
 
     Example : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,1.e99],[-1.e99,1.e99]]}``
 
+  ConstrainedBy
+    This key allows to choose the method to take into account the bounds
+    constraints. The only one available is the "EstimateProjection", which
+    projects the current state estimate on the bounds constraints.
+
+    Example : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
   EstimationOf
     This key allows to choose the type of estimation to be performed. It can be
     either state-estimation, with a value of "State", or parameter-estimation,
diff --git a/doc/en/ref_algorithm_QuantileRegression.rst b/doc/en/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
index 06f777a..89b6a0f 100644
--- a/doc/en/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
+++ b/doc/en/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
@@ -46,6 +46,7 @@ Optional and required commands
 .. index:: single: Minimizer
 .. index:: single: MaximumNumberOfSteps
 .. index:: single: CostDecrementTolerance
+.. index:: single: Bounds
 .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
 
 The general required commands, available in the editing user interface, are the
@@ -103,6 +104,15 @@ The options of the algorithm are the following:
 
     Example : ``{"CostDecrementTolerance":1.e-7}``
 
+  Bounds
+    This key allows to define upper and lower bounds for every state variable
+    being optimized. Bounds have to be given by a list of list of pairs of
+    lower/upper bounds for each variable, with possibly ``None`` every time
+    there is no bound. The bounds can always be specified, but they are taken
+    into account only by the constrained optimizers.
+
+    Example : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,None],[None,None]]}``
+
   StoreSupplementaryCalculations
     This list indicates the names of the supplementary variables that can be
     available at the end of the algorithm. It involves potentially costly
diff --git a/doc/en/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst b/doc/en/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
index 9512bdb..2beb47c 100644
--- a/doc/en/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
+++ b/doc/en/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
@@ -106,6 +106,13 @@ The options of the algorithm are the following:
 
     Example : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,1.e99],[-1.e99,1.e99]]}``
 
+  ConstrainedBy
+    This key allows to choose the method to take into account the bounds
+    constraints. The only one available is the "EstimateProjection", which
+    projects the current state estimate on the bounds constraints.
+
+    Example : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
   EstimationOf
     This key allows to choose the type of estimation to be performed. It can be
     either state-estimation, with a value of "State", or parameter-estimation,
diff --git a/doc/en/reference.rst b/doc/en/reference.rst
index 079f26e..c3daa50 100644
--- a/doc/en/reference.rst
+++ b/doc/en/reference.rst
@@ -95,6 +95,7 @@ The mathematical notations used afterward are explained in the section
    
    ref_assimilation_keywords
    ref_algorithm_3DVAR
+   ref_algorithm_4DVAR
    ref_algorithm_Blue
    ref_algorithm_EnsembleBlue
    ref_algorithm_ExtendedBlue
diff --git a/doc/en/tui.rst b/doc/en/tui.rst
index d10371e..578d667 100644
--- a/doc/en/tui.rst
+++ b/doc/en/tui.rst
@@ -30,6 +30,11 @@
 **[DocR]** Textual Application Programming Interface for the user (API/TUI)
 ================================================================================
 
+.. warning::
+
+  in its present version, this text programming interface (TUI) is experimental,
+  and so changes can be required in forthcoming versions.
+
 This section presents advanced usage of the ADAO module using its text
 programming interface (API/TUI). This interface gives ability to create a
 calculation object in a similar way than the case building obtained through the
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst b/doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst
index 6fc8671..aad3412 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst
@@ -99,8 +99,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_4DVAR.rst b/doc/fr/ref_algorithm_4DVAR.rst
new file mode 100644
index 0000000..325286c
--- /dev/null
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_4DVAR.rst
@@ -0,0 +1,273 @@
+..
+   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
+
+   This file is part of SALOME ADAO module.
+
+   This library is free software; you can redistribute it and/or
+   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+   License as published by the Free Software Foundation; either
+   version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+   This library is distributed in the hope that it will be useful,
+   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+   Lesser General Public License for more details.
+
+   You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+   License along with this library; if not, write to the Free Software
+   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+
+   See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+
+   Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+
+.. index:: single: 4DVAR
+.. _section_ref_algorithm_4DVAR:
+
+Algorithme de calcul "*4DVAR*"
+------------------------------
+
+.. warning::
+
+  dans sa présente version, cet algorithme est expérimental, et reste donc
+  susceptible de changements dans les prochaines versions.
+
+Description
++++++++++++
+
+Cet algorithme réalise une estimation de l'état d'un système dynamique, par une
+méthode de minimisation variationnelle de la fonctionnelle :math:`J` d'écart
+classique en assimilation de données :
+
+.. math:: J(\mathbf{x})=(\mathbf{x}-\mathbf{x}^b)^T.\mathbf{B}^{-1}.(\mathbf{x}-\mathbf{x}^b)+\sum_{t\in T}(\mathbf{y^o}(t)-H(\mathbf{x},t))^T.\mathbf{R}^{-1}.(\mathbf{y^o}(t)-H(\mathbf{x},t))
+
+qui est usuellement désignée comme la fonctionnelle "*4D-VAR*" (voir par exemple
+[Talagrand97]_). Il est bien adapté aux cas d'opérateurs d'observation et
+d'évolution non-linéaires, son domaine d'application est comparable aux
+algorithmes de filtrage de Kalman et en particulier
+l':ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter` ou
+l':ref:`section_ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter`.
+
+Commandes requises et optionnelles
+++++++++++++++++++++++++++++++++++
+
+.. index:: single: AlgorithmParameters
+.. index:: single: Background
+.. index:: single: BackgroundError
+.. index:: single: Observation
+.. index:: single: ObservationError
+.. index:: single: ObservationOperator
+.. index:: single: Bounds
+.. index:: single: ConstrainedBy
+.. index:: single: EstimationOf
+.. index:: single: MaximumNumberOfSteps
+.. index:: single: CostDecrementTolerance
+.. index:: single: ProjectedGradientTolerance
+.. index:: single: GradientNormTolerance
+.. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
+
+Les commandes requises générales, disponibles dans l'interface en édition, sont
+les suivantes:
+
+  Background
+    *Commande obligatoire*. Elle définit le vecteur d'ébauche ou
+    d'initialisation, noté précédemment :math:`\mathbf{x}^b`. Sa valeur est
+    définie comme un objet de type "*Vector*" ou de type "*VectorSerie*".
+
+  BackgroundError
+    *Commande obligatoire*. Elle définit la matrice de covariance des erreurs
+    d'ébauche, notée précédemment :math:`\mathbf{B}`. Sa valeur est définie
+    comme un objet de type "*Matrix*", de type "*ScalarSparseMatrix*", ou de
+    type "*DiagonalSparseMatrix*".
+
+  Observation
+    *Commande obligatoire*. Elle définit le vecteur d'observation utilisé en
+    assimilation de données ou en optimisation, et noté précédemment
+    :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de type "*Vector*"
+    ou de type "*VectorSerie*".
+
+  ObservationError
+    *Commande obligatoire*. Elle définit la matrice de covariance des erreurs
+    d'ébauche, notée précédemment :math:`\mathbf{R}`. Sa valeur est définie
+    comme un objet de type "*Matrix*", de type "*ScalarSparseMatrix*", ou de
+    type "*DiagonalSparseMatrix*".
+
+  ObservationOperator
+    *Commande obligatoire*. Elle indique l'opérateur d'observation, noté
+    précédemment :math:`H`, qui transforme les paramètres d'entrée
+    :math:`\mathbf{x}` en résultats :math:`\mathbf{y}` qui sont à comparer aux
+    observations :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de
+    type "*Function*" ou de type "*Matrix*". Dans le cas du type "*Function*",
+    différentes formes fonctionnelles peuvent être utilisées, comme décrit dans
+    la section :ref:`section_ref_operator_requirements`. Si un contrôle
+    :math:`U` est inclus dans le modèle d'observation, l'opérateur doit être
+    appliqué à une paire :math:`(X,U)`.
+
+Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
+sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+:ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
+commande.
+
+Les options de l'algorithme sont les suivantes:
+
+  Minimizer
+    Cette clé permet de changer le minimiseur pour l'optimiseur. Le choix par
+    défaut est "LBFGSB", et les choix possibles sont "LBFGSB" (minimisation non
+    linéaire sous contraintes, voir [Byrd95]_, [Morales11]_ et [Zhu97]_), "TNC"
+    (minimisation non linéaire sous contraintes), "CG" (minimisation non
+    linéaire sans contraintes), "BFGS" (minimisation non linéaire sans
+    contraintes), "NCG" (minimisation de type gradient conjugué de Newton). Il
+    est fortement conseillé de conserver la valeur par défaut.
+
+    Exemple : ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+
+  Bounds
+    Cette clé permet de définir des bornes supérieure et inférieure pour chaque
+    variable d'état optimisée. Les bornes doivent être données par une liste de
+    liste de paires de bornes inférieure/supérieure pour chaque variable, avec
+    une valeur ``None`` chaque fois qu'il n'y a pas de borne. Les bornes peuvent
+    toujours être spécifiées, mais seuls les optimiseurs sous contraintes les
+    prennent en compte.
+
+    Exemple : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,None],[None,None]]}``
+
+  ConstrainedBy
+    Cette clé permet d'indiquer la méthode de prise en compte des contraintes de
+    bornes. La seule disponible est "EstimateProjection", qui projete
+    l'estimation de l'état courant sur les contraintes de bornes.
+
+    Exemple : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
+  MaximumNumberOfSteps
+    Cette clé indique le nombre maximum d'itérations possibles en optimisation
+    itérative. Le défaut est 15000, qui est très similaire à une absence de
+    limite sur les itérations. Il est ainsi recommandé d'adapter ce paramètre
+    aux besoins pour des problèmes réels. Pour certains optimiseurs, le nombre
+    de pas effectif d'arrêt peut être légèrement différent de la limite à cause
+    d'exigences de contrôle interne de l'algorithme.
+
+    Exemple : ``{"MaximumNumberOfSteps":100}``
+
+  CostDecrementTolerance
+    Cette clé indique une valeur limite, conduisant à arrêter le processus
+    itératif d'optimisation lorsque la fonction coût décroît moins que cette
+    tolérance au dernier pas. Le défaut est de 1.e-7, et il est recommandé
+    de l'adapter aux besoins pour des problèmes réels.
+
+    Exemple : ``{"CostDecrementTolerance":1.e-7}``
+
+  EstimationOf
+    Cette clé permet de choisir le type d'estimation à réaliser. Cela peut être
+    soit une estimation de l'état, avec la valeur "State", ou une estimation de
+    paramètres, avec la valeur "Parameters". Le choix par défaut est "State".
+
+    Exemple : ``{"EstimationOf":"Parameters"}``
+
+  ProjectedGradientTolerance
+    Cette clé indique une valeur limite, conduisant à arrêter le processus
+    itératif d'optimisation lorsque toutes les composantes du gradient projeté
+    sont en-dessous de cette limite. C'est utilisé uniquement par les
+    optimiseurs sous contraintes. Le défaut est -1, qui désigne le défaut
+    interne de chaque optimiseur (usuellement 1.e-5), et il n'est pas recommandé
+    de le changer.
+
+    Exemple : ``{"ProjectedGradientTolerance":-1}``
+
+  GradientNormTolerance
+    Cette clé indique une valeur limite, conduisant à arrêter le processus
+    itératif d'optimisation lorsque la norme du gradient est en dessous de cette
+    limite. C'est utilisé uniquement par les optimiseurs sans contraintes. Le
+    défaut est 1.e-5 et il n'est pas recommandé de le changer.
+
+    Exemple : ``{"GradientNormTolerance":1.e-5}``
+
+  StoreSupplementaryCalculations
+    Cette liste indique les noms des variables supplémentaires qui peuvent être
+    disponibles à la fin de l'algorithme. Cela implique potentiellement des
+    calculs ou du stockage coûteux. La valeur par défaut est une liste vide,
+    aucune de ces variables n'étant calculée et stockée par défaut. Les noms
+    possibles sont dans la liste suivante : ["BMA", "CostFunctionJ",
+    "CurrentOptimum", "CurrentState", "IndexOfOptimum"].
+
+    Exemple : ``{"StoreSupplementaryCalculations":["BMA", "CurrentState"]}``
+
+Informations et variables disponibles à la fin de l'algorithme
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
+
+En sortie, après exécution de l'algorithme, on dispose d'informations et de
+variables issues du calcul. La description des
+:ref:`section_ref_output_variables` indique la manière de les obtenir par la
+méthode nommée ``get`` de la variable "*ADD*" du post-processing. Les variables
+d'entrée, mises à disposition de l'utilisateur en sortie pour faciliter
+l'écriture des procédures de post-processing, sont décrites dans
+l':ref:`subsection_r_o_v_Inventaire`.
+
+Les sorties non conditionnelles de l'algorithme sont les suivantes:
+
+  Analysis
+    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un état optimal :math:`\mathbf{x}*`
+    en optimisation ou une analyse :math:`\mathbf{x}^a` en assimilation de
+    données.
+
+    Exemple : ``Xa = ADD.get("Analysis")[-1]``
+
+  CostFunctionJ
+    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
+    :math:`J`.
+
+    Exemple : ``J = ADD.get("CostFunctionJ")[:]``
+
+  CostFunctionJb
+    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
+    :math:`J^b`, c'est-à-dire de la partie écart à l'ébauche.
+
+    Exemple : ``Jb = ADD.get("CostFunctionJb")[:]``
+
+  CostFunctionJo
+    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
+    :math:`J^o`, c'est-à-dire de la partie écart à l'observation.
+
+    Exemple : ``Jo = ADD.get("CostFunctionJo")[:]``
+
+Les sorties conditionnelles de l'algorithme sont les suivantes:
+
+  BMA
+    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'écart entre
+    l'ébauche et l'état optimal.
+
+    Exemple : ``bma = ADD.get("BMA")[-1]``
+
+  CurrentOptimum
+    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est le vecteur d'état optimal au pas de
+    temps courant au cours du déroulement de l'algorithme d'optimisation. Ce
+    n'est pas nécessairement le dernier état.
+
+    Exemple : ``Xo = ADD.get("CurrentOptimum")[:]``
+
+  CurrentState
+    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'état courant utilisé
+    au cours du déroulement de l'algorithme d'optimisation.
+
+    Exemple : ``Xs = ADD.get("CurrentState")[:]``
+
+  IndexOfOptimum
+    *Liste d'entiers*. Chaque élément est l'index d'itération de l'optimum
+    obtenu au cours du déroulement de l'algorithme d'optimisation. Ce n'est pas
+    nécessairement le numéro de la dernière itération.
+
+    Exemple : ``i = ADD.get("IndexOfOptimum")[-1]``
+
+Voir aussi
+++++++++++
+
+Références vers d'autres sections :
+  - :ref:`section_ref_algorithm_3DVAR`
+  - :ref:`section_ref_algorithm_KalmanFilter`
+  - :ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter`
+
+Références bibliographiques :
+  - [Byrd95]_
+  - [Morales11]_
+  - [Talagrand97]_
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_AdjointTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_AdjointTest.rst
index a8b0acf..118e1ae 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_AdjointTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_AdjointTest.rst
@@ -76,8 +76,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_Blue.rst b/doc/fr/ref_algorithm_Blue.rst
index f862141..2d78e8c 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_Blue.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_Blue.rst
@@ -98,8 +98,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_EnsembleBlue.rst b/doc/fr/ref_algorithm_EnsembleBlue.rst
index 04b7c02..1f75fef 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_EnsembleBlue.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_EnsembleBlue.rst
@@ -90,8 +90,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedBlue.rst b/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedBlue.rst
index ffbe23e..bba2e3d 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedBlue.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedBlue.rst
@@ -95,8 +95,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst b/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
index 4cc49b3..316285a 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter.rst
@@ -31,8 +31,8 @@ Description
 +++++++++++
 
 Cet algorithme réalise une estimation de l'état d'un système dynamique par un
-filtre de Kalman étendu, utilisant un calcul non linéaire de l'état et de l'évolution
-incrémentale (processus).
+filtre de Kalman étendu, utilisant un calcul non linéaire de l'état et de
+l'évolution incrémentale (processus).
 
 Commandes requises et optionnelles
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++
@@ -87,8 +87,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
@@ -103,6 +103,13 @@ Les options de l'algorithme sont les suivantes:
 
     Exemple : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,1.e99],[-1.e99,1.e99]]}``
 
+  ConstrainedBy
+    Cette clé permet d'indiquer la méthode de prise en compte des contraintes de
+    bornes. La seule disponible est "EstimateProjection", qui projete
+    l'estimation de l'état courant sur les contraintes de bornes.
+
+    Exemple : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
   EstimationOf
     Cette clé permet de choisir le type d'estimation à réaliser. Cela peut être
     soit une estimation de l'état, avec la valeur "State", ou une estimation de
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_FunctionTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_FunctionTest.rst
index 9a0abc4..ac11448 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_FunctionTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_FunctionTest.rst
@@ -74,8 +74,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_GradientTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_GradientTest.rst
index ee8bbb0..83ae79c 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_GradientTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_GradientTest.rst
@@ -119,8 +119,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_KalmanFilter.rst b/doc/fr/ref_algorithm_KalmanFilter.rst
index ef4872c..d1c1d40 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_KalmanFilter.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_KalmanFilter.rst
@@ -34,9 +34,9 @@ Cet algorithme r
 filtre de Kalman.
 
 Il est théoriquement réservé aux cas d'opérateurs d'observation et d'évolution
-incrémentale (processus) linéaires, même s'il fonctionne parfois dans les cas "faiblement"
-non-linéaire. On peut vérifier la linéarité de l'opérateur d'observation à
-l'aide de l':ref:`section_ref_algorithm_LinearityTest`.
+incrémentale (processus) linéaires, même s'il fonctionne parfois dans les cas
+"faiblement" non-linéaire. On peut vérifier la linéarité de l'opérateur
+d'observation à l'aide de l':ref:`section_ref_algorithm_LinearityTest`.
 
 En cas de non-linéarité, même peu marquée, on lui préférera
 l':ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter` ou
@@ -93,8 +93,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_LinearLeastSquares.rst b/doc/fr/ref_algorithm_LinearLeastSquares.rst
index 1b754ed..f6a389f 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_LinearLeastSquares.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_LinearLeastSquares.rst
@@ -82,8 +82,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_LinearityTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_LinearityTest.rst
index 3a9cb4b..f9d0077 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_LinearityTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_LinearityTest.rst
@@ -142,8 +142,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst b/doc/fr/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst
index 5f4e708..e15e3c6 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst
@@ -92,8 +92,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst b/doc/fr/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst
index 4a841d6..fea8960 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst
@@ -96,8 +96,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_QuantileRegression.rst b/doc/fr/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
index 6ae741a..a705fa1 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_QuantileRegression.rst
@@ -46,6 +46,7 @@ Commandes requises et optionnelles
 .. index:: single: Minimizer
 .. index:: single: MaximumNumberOfSteps
 .. index:: single: CostDecrementTolerance
+.. index:: single: Bounds
 .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
 
 Les commandes requises générales, disponibles dans l'interface en édition, sont
@@ -75,8 +76,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
@@ -104,6 +105,16 @@ Les options de l'algorithme sont les suivantes:
 
     Exemple : ``{"CostDecrementTolerance":1.e-7}``
 
+  Bounds
+    Cette clé permet de définir des bornes supérieure et inférieure pour chaque
+    variable d'état optimisée. Les bornes doivent être données par une liste de
+    liste de paires de bornes inférieure/supérieure pour chaque variable, avec
+    une valeur ``None`` chaque fois qu'il n'y a pas de borne. Les bornes peuvent
+    toujours être spécifiées, mais seuls les optimiseurs sous contraintes les
+    prennent en compte.
+
+    Exemple : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,None],[None,None]]}``
+
   StoreSupplementaryCalculations
     Cette liste indique les noms des variables supplémentaires qui peuvent être
     disponibles à la fin de l'algorithme. Cela implique potentiellement des
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_SamplingTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_SamplingTest.rst
index 04c1dec..0ae57f9 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_SamplingTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_SamplingTest.rst
@@ -112,8 +112,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_TangentTest.rst b/doc/fr/ref_algorithm_TangentTest.rst
index 2058572..fd36480 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_TangentTest.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_TangentTest.rst
@@ -86,8 +86,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_checking_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
diff --git a/doc/fr/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst b/doc/fr/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
index 87b5b1a..d639211 100644
--- a/doc/fr/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
+++ b/doc/fr/ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter.rst
@@ -92,8 +92,8 @@ les suivantes:
 
 Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
 sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les options
-particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
@@ -108,6 +108,13 @@ Les options de l'algorithme sont les suivantes:
 
     Exemple : ``{"Bounds":[[2.,5.],[1.e-2,10.],[-30.,1.e99],[-1.e99,1.e99]]}``
 
+  ConstrainedBy
+    Cette clé permet d'indiquer la méthode de prise en compte des contraintes de
+    bornes. La seule disponible est "EstimateProjection", qui projete
+    l'estimation de l'état courant sur les contraintes de bornes.
+
+    Exemple : ``{"ConstrainedBy":"EstimateProjection"}``
+
   EstimationOf
     Cette clé permet de choisir le type d'estimation à réaliser. Cela peut être
     soit une estimation de l'état, avec la valeur "State", ou une estimation de
diff --git a/doc/fr/reference.rst b/doc/fr/reference.rst
index 774e0c5..8ac5bff 100644
--- a/doc/fr/reference.rst
+++ b/doc/fr/reference.rst
@@ -97,6 +97,7 @@ ADAO. Les notations math
    
    ref_assimilation_keywords
    ref_algorithm_3DVAR
+   ref_algorithm_4DVAR
    ref_algorithm_Blue
    ref_algorithm_EnsembleBlue
    ref_algorithm_ExtendedBlue
diff --git a/doc/fr/tui.rst b/doc/fr/tui.rst
index 5928c60..a549430 100644
--- a/doc/fr/tui.rst
+++ b/doc/fr/tui.rst
@@ -30,6 +30,12 @@
 **[DocR]** Interface de programmation textuelle pour l'utilisateur (API/TUI)
 ================================================================================
 
+.. warning::
+
+  dans sa présente version, cette interface de programmation textuelle (TUI) est
+  expérimentale, et reste donc susceptible de changements dans les prochaines
+  versions.
+
 Cette section présente des méthodes avancées d'usage du module ADAO à l'aide de
 son interface de programmation textuelle (API/TUI). Cette interface permet de
 créer un objet de calcul de manière similaire à la construction d'un cas par