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Some debugs and improvements. Tests coming soon !
authorgeay <anthony.geay@cea.fr>
Mon, 16 Jun 2014 15:38:22 +0000 (17:38 +0200)
committergeay <anthony.geay@cea.fr>
Mon, 16 Jun 2014 15:38:22 +0000 (17:38 +0200)
src/MEDCoupling/MEDCouplingAMRAttribute.cxx
src/MEDCoupling/MEDCouplingAMRAttribute.hxx
src/MEDCoupling/MEDCouplingCartesianAMRMesh.cxx
src/MEDCoupling/MEDCouplingCartesianAMRMesh.hxx
src/MEDCoupling_Swig/MEDCouplingCommon.i

index b9c1559dee304b9c7a093c58ff17ea489989673a..9e601b98825c7f82d9bd5017fd52759315334cbe 100644 (file)
@@ -584,12 +584,12 @@ void MEDCouplingGridCollection::updateTime() const
     }
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingDataForGodFather::getMyGodFather()
+MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingDataForGodFather::getMyGodFather()
 {
   return _gf;
 }
 
-MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf):_gf(gf),_tlc(gf)
+MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf):_gf(gf),_tlc(gf)
 {
   if(!gf)
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingDataForGodFather constructor : A data has to be attached to a AMR Mesh instance !");
@@ -601,7 +601,7 @@ void MEDCouplingDataForGodFather::checkGodFatherFrozen() const
   _tlc.checkConst();
 }
 
-bool MEDCouplingDataForGodFather::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf)
+bool MEDCouplingDataForGodFather::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf)
 {
   bool ret(_tlc.keepTrackOfNewTL(gf));
   if(ret)
@@ -618,9 +618,9 @@ MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(const MEDCouplingDataFo
   other._tlc.checkConst();
   if(deepCpyGF)
     {
-      const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf(other._gf);
+      const MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf(other._gf);
       if(gf)
-        _gf=gf->deepCpy();
+        _gf=gf->deepCpy(0);
       _tlc.keepTrackOfNewTL(_gf);
     }
 }
@@ -628,12 +628,12 @@ MEDCouplingDataForGodFather::MEDCouplingDataForGodFather(const MEDCouplingDataFo
 /*!
  * This method creates, attach to a main AMR mesh \a gf ( called god father :-) ) and returns a data linked to \a gf ready for the computation.
  */
-MEDCouplingAMRAttribute *MEDCouplingAMRAttribute::New(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev)
+MEDCouplingAMRAttribute *MEDCouplingAMRAttribute::New(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev)
 {
   return new MEDCouplingAMRAttribute(gf,fieldNames,ghostLev);
 }
 
-MEDCouplingAMRAttribute *MEDCouplingAMRAttribute::New(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string, std::vector<std::string> > >& fieldNames, int ghostLev)
+MEDCouplingAMRAttribute *MEDCouplingAMRAttribute::New(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string, std::vector<std::string> > >& fieldNames, int ghostLev)
 {
   std::size_t sz(fieldNames.size());
   std::vector< std::pair<std::string,int> > fieldNames2(sz);
@@ -834,6 +834,7 @@ MEDCouplingFieldDouble *MEDCouplingAMRAttribute::buildCellFieldOnWithoutGhost(ME
 /*!
  * This method synchronizes from fine to coarse direction arrays. This method makes the hypothesis that \a this has been allocated before using
  * MEDCouplingAMRAttribute::alloc method.
+ * This method \b DOES \b NOT \b UPDATE the ghost zones (neither the fine not the coarse)
  *
  * \sa synchronizeFineToCoarseBetween
  */
@@ -854,6 +855,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeFineToCoarse()
  * This method allows to synchronizes fields on fine patches on level \a fromLev to coarser patches at \a toLev level.
  * This method operates step by step performing the synchronization the \a fromLev to \a fromLev - 1, then \a fromLev -1 to \a fromLev - 2 ...
  * until reaching \a toLev level.
+ * This method \b DOES \b NOT \b UPDATE the ghost zones (neither the fine not the coarse).
  *
  * \param [in] fromLev - an existing level considered as fine so bigger than \a toLev
  * \param [in] toLev - an existing level considered as the target level to reach.
@@ -875,6 +877,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeFineToCoarseBetween(int fromLev, int to
 /*!
  * This method synchronizes from coarse to fine arrays and fine to fine each other (if _ghost_lev is >0). This method makes the hypothesis that \a this has been allocated before using
  * MEDCouplingAMRAttribute::alloc method.
+ * This method \b DOES \b UPDATE \b the \b ghost \b zone (contrary to synchronizeFineToCoarse method)
  */
 void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeCoarseToFine()
 {
@@ -890,6 +893,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeCoarseToFine()
  * This method allows to synchronizes fields on coarse patches on level \a fromLev to their respective refined patches at \a toLev level.
  * This method operates step by step performing the synchronization the \a fromLev to \a fromLev + 1, then \a fromLev + 1 to \a fromLev + 2 ...
  * until reaching \a toLev level.
+ * This method \b DOES \b UPDATE \b the \b ghost \b zone (contrary to synchronizeFineToCoarseBetween method)
  *
  * \param [in] fromLev - an existing level considered as coarse so lower than \a toLev
  * \param [in] toLev - an existing level considered as the target level to reach.
@@ -933,10 +937,10 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZones()
   // 2nd - classical direct sublevel inside common patch
   for(int i=1;i<sz;i++)
     {
-      const MEDCouplingGridCollection *fine(_levs[i]);
-      if(!fine)
+      const MEDCouplingGridCollection *curLev(_levs[i]);
+      if(!curLev)
         throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeFineEachOtherInGhostZone : presence of a NULL element !");
-      fine->synchronizeFineEachOther(_ghost_lev,_neighbors[i]);
+      curLev->synchronizeFineEachOther(_ghost_lev,_neighbors[i]);
     }
   // 3rd - mixed level
   for(std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >::const_iterator it=_mixed_lev_neighbors.begin();it!=_mixed_lev_neighbors.end();it++)
@@ -953,7 +957,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZones()
 }
 
 /*!
- * This method
+ * This method synchronizes all direct children of \a mesh each other.
  */
 void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZonesOfDirectChidrenOf(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh)
 {
@@ -962,15 +966,17 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZonesOfDirectChidrenOf(const ME
   int level(mesh->getAbsoluteLevelRelativeTo(_gf)),sz(getNumberOfLevels());
   if(level<0 || level>=sz-1)
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZonesOfDirectChidrenOf : the specified level does not exist ! Must be in [0,nbOfLevelsOfThis-1) !");
-  const DataArrayDoubleCollection& colCoarse(findCollectionAttachedTo(mesh));
-  std::vector< const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> directChildren(mesh->getPatches());
-  std::size_t nbOfDirChildren(directChildren.size());
-  for(std::size_t patchId=0;patchId<nbOfDirChildren;patchId++)
+  const std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >& itemsToFilter(_neighbors[level+1]);
+  std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> > itemsToSync; itemsToSync.reserve(itemsToFilter.size());
+  for(std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >::const_iterator it=itemsToFilter.begin();it!=itemsToFilter.end();it++)
     {
-      const DataArrayDoubleCollection& colFine(findCollectionAttachedTo(directChildren[patchId]->getMesh()));
-      DataArrayDoubleCollection *colFine2(const_cast<DataArrayDoubleCollection *>(&colFine));
-      DataArrayDoubleCollection::SynchronizeCoarseToFineOnlyInGhostZone(_ghost_lev,mesh,(int)patchId,&colCoarse,colFine2);
+      if((*it).first->getMesh()->getFather()==mesh && (*it).second->getMesh()->getFather()==mesh)
+        itemsToSync.push_back(std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *>((*it).first,(*it).second));
     }
+  const MEDCouplingGridCollection *curLev(_levs[level+1]);
+  if(!curLev)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingAMRAttribute::synchronizeAllGhostZonesOfDirectChidrenOf : presence of a NULL element !");
+  curLev->synchronizeFineEachOther(_ghost_lev,itemsToSync);
 }
 
 /*!
@@ -1008,7 +1014,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::dealloc()
     }
 }
 
-bool MEDCouplingAMRAttribute::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf)
+bool MEDCouplingAMRAttribute::changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf)
 {
   bool ret(MEDCouplingDataForGodFather::changeGodFather(gf));
   return ret;
@@ -1037,7 +1043,7 @@ void MEDCouplingAMRAttribute::updateTime() const
 {//tony
 }
 
-MEDCouplingAMRAttribute::MEDCouplingAMRAttribute(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev):MEDCouplingDataForGodFather(gf),_ghost_lev(ghostLev)
+MEDCouplingAMRAttribute::MEDCouplingAMRAttribute(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev):MEDCouplingDataForGodFather(gf),_ghost_lev(ghostLev)
 {
   //gf non empty, checked by constructor
   int maxLev(gf->getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis());
@@ -1096,6 +1102,45 @@ MEDCouplingAMRAttribute::MEDCouplingAMRAttribute(const MEDCouplingAMRAttribute&
           _levs[i]=other._levs[i]->deepCpy(_gf,other._gf);
         }
     }
+  //_cross_lev_neighbors(other._cross_lev_neighbors)
+  sz=other._neighbors.size();
+  for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
+    {
+      const std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >& neigh2(other._neighbors[i]);
+      std::size_t sz2(neigh2.size());
+      std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >& neigh3(_neighbors[i]);
+      for(std::size_t j=0;j<sz2;j++)
+        {
+          const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(neigh2[j].first),*p2(neigh2[j].second);
+          std::vector<int> pp1(p1->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf)),pp2(p2->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf));
+          neigh3[j].first=_gf->getPatchAtPosition(pp1);
+          neigh3[j].second=_gf->getPatchAtPosition(pp2);
+        }
+    }
+  //
+  sz=other._mixed_lev_neighbors.size();
+  for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
+    {
+      const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(other._mixed_lev_neighbors[i].first),*p2(other._mixed_lev_neighbors[i].second);
+      std::vector<int> pp1(p1->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf)),pp2(p2->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf));
+      _mixed_lev_neighbors[i].first=_gf->getPatchAtPosition(pp1);
+      _mixed_lev_neighbors[i].second=_gf->getPatchAtPosition(pp2);
+    }
+  //
+  sz=other._cross_lev_neighbors.size();
+  for(std::size_t i=0;i<sz;i++)
+    {
+      const std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >& neigh2(other._cross_lev_neighbors[i]);
+      std::size_t sz2(neigh2.size());
+      std::vector< std::pair<const MEDCouplingCartesianAMRPatch *,const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> >& neigh3(_cross_lev_neighbors[i]);
+      for(std::size_t j=0;j<sz2;j++)
+        {
+          const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(neigh2[j].first),*p2(neigh2[j].second);
+          std::vector<int> pp1(p1->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf)),pp2(p2->getMesh()->getPositionRelativeTo(other._gf));
+          neigh3[j].first=_gf->getPatchAtPosition(pp1);
+          neigh3[j].second=_gf->getPatchAtPosition(pp2);
+        }
+    }
 }
 
 const DataArrayDoubleCollection& MEDCouplingAMRAttribute::findCollectionAttachedTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *m) const
index a2ac9b418db6786b0e75f6837484c750d5023c83..b80c59b5117c8eb4380102dd2373a114e682d37a 100644 (file)
@@ -94,7 +94,7 @@ namespace ParaMEDMEM
   {
     friend class MEDCouplingCartesianAMRMesh;
   public:
-    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMyGodFather();
+    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingCartesianAMRMesh *getMyGodFather();
     MEDCOUPLING_EXPORT virtual void synchronizeFineToCoarse() = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT virtual void synchronizeFineToCoarseBetween(int fromLev, int toLev) = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT virtual void synchronizeCoarseToFine() = 0;
@@ -104,21 +104,21 @@ namespace ParaMEDMEM
     MEDCOUPLING_EXPORT virtual void alloc() = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT virtual void dealloc() = 0;
   protected:
-    MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf);
+    MEDCouplingDataForGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf);
     void checkGodFatherFrozen() const;
   protected:
-    virtual bool changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf);
+    virtual bool changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf);
     MEDCouplingDataForGodFather(const MEDCouplingDataForGodFather& other, bool deepCpyGF);
   protected:
-    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen> _gf;
+    MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRMesh> _gf;
     TimeLabelConstOverseer _tlc;
   };
 
   class MEDCouplingAMRAttribute : public MEDCouplingDataForGodFather, public TimeLabel
   {
   public:
-    MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingAMRAttribute *New(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingAMRAttribute *New(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string, std::vector<std::string> > >& fieldNames, int ghostLev);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingAMRAttribute *New(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingAMRAttribute *New(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string, std::vector<std::string> > >& fieldNames, int ghostLev);
     MEDCOUPLING_EXPORT void spillInfoOnComponents(const std::vector< std::vector<std::string> >& compNames);
     MEDCOUPLING_EXPORT void spillNatures(const std::vector<NatureOfField>& nfs);
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingAMRAttribute *deepCpy() const;
@@ -138,13 +138,13 @@ namespace ParaMEDMEM
     MEDCOUPLING_EXPORT void synchronizeAllGhostZonesOfDirectChidrenOf(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh);
     MEDCOUPLING_EXPORT void alloc();
     MEDCOUPLING_EXPORT void dealloc();
-    MEDCOUPLING_EXPORT bool changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf);
+    MEDCOUPLING_EXPORT bool changeGodFather(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf);
     //
     MEDCOUPLING_EXPORT std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildren() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT void updateTime() const;
   private:
-    MEDCouplingAMRAttribute(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev);
+    MEDCouplingAMRAttribute(MEDCouplingCartesianAMRMesh *gf, const std::vector< std::pair<std::string,int> >& fieldNames, int ghostLev);
     MEDCouplingAMRAttribute(const MEDCouplingAMRAttribute& other, bool deepCpyGF);
     const DataArrayDoubleCollection& findCollectionAttachedTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *m) const;
     void synchronizeFineToCoarseByOneLevel(int level);
index b215d722d66ffab4c28886fc9aa917b3d21a5f1d..9ae34266a7c0f77f8491c038c581099288ccea53 100644 (file)
@@ -55,11 +55,11 @@ MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(MEDCouplingCart
   _mesh=mesh; _mesh->incrRef();
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGen& other):RefCountObject(other),_mesh(other._mesh)
+MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGen& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):RefCountObject(other),_mesh(other._mesh)
 {
   const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh(other._mesh);
   if(mesh)
-    _mesh=mesh->deepCpy();
+    _mesh=mesh->deepCpy(father);
 }
 
 const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMeshSafe() const
@@ -98,9 +98,9 @@ MEDCouplingCartesianAMRPatch::MEDCouplingCartesianAMRPatch(MEDCouplingCartesianA
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRPatch constructor : space dimension of father and input bottomLeft/topRight size mismatches !");
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRPatch *MEDCouplingCartesianAMRPatch::deepCpy() const
+MEDCouplingCartesianAMRPatch *MEDCouplingCartesianAMRPatch::deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const
 {
-  return new MEDCouplingCartesianAMRPatch(*this);
+  return new MEDCouplingCartesianAMRPatch(*this,father);
 }
 
 void MEDCouplingCartesianAMRPatch::addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors)
@@ -489,7 +489,7 @@ void MEDCouplingCartesianAMRPatch::UpdateNeighborsOfOneWithTwoInternal(int ghost
   MEDCouplingIMesh::CondenseFineToCoarse(dimsCoarse,ghostVals,interstRange,fakeFactors,dataOnP1);
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRPatch::MEDCouplingCartesianAMRPatch(const MEDCouplingCartesianAMRPatch& other):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(other),_bl_tr(other._bl_tr)
+MEDCouplingCartesianAMRPatch::MEDCouplingCartesianAMRPatch(const MEDCouplingCartesianAMRPatch& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(other,father),_bl_tr(other._bl_tr)
 {
 }
 
@@ -531,9 +531,9 @@ MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(MEDCouplingCartes
 {
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRPatchGF *MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::deepCpy() const
+MEDCouplingCartesianAMRPatchGF *MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const
 {
-  return new MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(*this);
+  return new MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(*this,father);
 }
 
 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
@@ -541,7 +541,7 @@ std::size_t MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::getHeapMemorySizeWithoutChildren() c
   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRPatchGF);
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGF& other):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(other)
+MEDCouplingCartesianAMRPatchGF::MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGF& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(other,father)
 {
 }
 
@@ -632,45 +632,6 @@ int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() co
   return ret;
 }
 
-const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getFather() const
-{
-  return _father;
-}
-
-const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getGodFather() const
-{
-  if(_father==0)
-    return this;
-  else
-    return _father->getGodFather();
-}
-
-/*!
- * This method returns the level of \a this. 0 for god father. 1 for children of god father ...
- */
-int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getAbsoluteLevel() const
-{
-  if(_father==0)
-    return 0;
-  else
-    return _father->getAbsoluteLevel()+1;
-}
-
-int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const
-{
-  if(this==ref)
-    return 0;
-  if(_father==0)
-    {
-      if(ref==0)
-        return 0;
-      else
-        throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getAbsoluteLevelRelativeTo : ref is not in the progeny of this !");
-    }
-  else
-    return _father->getAbsoluteLevelRelativeTo(ref)+1;
-}
-
 /*!
  * This method returns a vector of size equal to getAbsoluteLevelRelativeTo. It allows to find position an absolute position of \a this
  * relative to \a ref (that is typically the god father).
@@ -733,23 +694,7 @@ std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::r
 {
   if(absoluteLev<0)
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::retrieveGridsAt : absolute level must be >=0 !");
-  if(_father)
-    return getGodFather()->retrieveGridsAt(absoluteLev);
-  //
-  std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > rets;
-  retrieveGridsAtInternal(absoluteLev,rets);
-  std::vector< MEDCouplingCartesianAMRPatchGen * > ret(rets.size());
-  for(std::size_t i=0;i<rets.size();i++)
-    {
-      ret[i]=rets[i].retn();
-    }
-  return ret;
-}
-
-void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::detachFromFather()
-{
-  _father=0;
-  declareAsNew();
+  return getGodFather()->retrieveGridsAt(absoluteLev);
 }
 
 /*!
@@ -1038,6 +983,30 @@ void DealWithCut(const InternalPatch *patchToBeSplit, int axisId, int cutPlace,
 
 /// @endcond
 
+void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removeAllPatches()
+{
+  _patches.clear();
+  declareAsNew();
+}
+
+void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removePatch(int patchId)
+{
+  checkPatchId(patchId);
+  int sz((int)_patches.size()),j(0);
+  std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> > patches(sz-1);
+  for(int i=0;i<sz;i++)
+    if(i!=patchId)
+      patches[j++]=_patches[i];
+  (const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(_patches[patchId]->getMesh()))->detachFromFather();
+  _patches=patches;
+  declareAsNew();
+}
+
+int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfPatches() const
+{
+  return (int)_patches.size();
+}
+
 /*!
  * This method creates patches in \a this (by destroying the patches if any). This method uses \a criterion array as a field on cells on this level.
  * This method only create patches at level 0 relative to \a this.
@@ -1046,7 +1015,7 @@ void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KER
 {
   int nbCells(getNumberOfCellsAtCurrentLevel());
   if(nbCells!=(int)criterion.size())
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the number of tuples of criterion array must be equal to the number of cells at the current level !");
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion : the number of tuples of criterion array must be equal to the number of cells at the current level !");
   _patches.clear();
   std::vector<int> cgs(_mesh->getCellGridStructure());
   std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<InternalPatch> > listOfPatches,listOfPatchesOK;
@@ -1091,7 +1060,7 @@ void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KER
 void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors)
 {
   if(!criterion || !criterion->isAllocated())
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterion : the criterion DataArrayByte instance must be allocated and not NULL !");
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion : the criterion DataArrayByte instance must be allocated and not NULL !");
   std::vector<bool> crit(criterion->toVectorOfBool());//check that criterion has one component.
   createPatchesFromCriterion(bso,crit,factors);
   declareAsNew();
@@ -1105,82 +1074,6 @@ void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterion(const INTERP_KER
   createPatchesFromCriterion(bso,inp,factors);
 }
 
-/*!
- * This method creates a multi level patches split at once.
- * This method calls as times as size of \a bso createPatchesFromCriterion. Size of \a bso and size of \a factors must be the same !
- * \b WARNING, after the call the number of levels in \a this is equal to bso.size() + 1 !
- *
- * \param [in] bso
- * \param [in] criterion
- * \param [in] factors
- * \param [in] eps - See DataArrayDouble::toVectorOfBool for more information about the semantic of eps.
- *
- * \sa createPatchesFromCriterion
- */
-void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterionML(const std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector< std::vector<int> >& factors, double eps)
-{
-  std::size_t nbOfLevs(bso.size());
-  if(nbOfLevs!=factors.size())
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterionML : size of vectors must be the same !");
-  if(nbOfLevs==0)
-    return ;
-  if(!bso[0])
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterionML : pointers in 1st arg must be not NULL !");
-  createPatchesFromCriterion(*bso[0],criterion,factors[0],eps);
-  for(std::size_t i=1;i<nbOfLevs;i++)
-    {
-      if(!bso[i])
-        throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::createPatchesFromCriterionML : presence of a NULL BoxSplittingOptions in input vector !");
-      //
-      std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> elts(retrieveGridsAt((int)(i)));
-      std::size_t sz(elts.size());
-      std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > elts2(sz);
-      std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> > elts3(sz);
-      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
-        elts2[ii]=elts[ii];
-      //
-      static const char TMP_STR[]="TMP";
-      std::vector< std::pair<std::string,int> > fieldNames(1); fieldNames[0].first=TMP_STR; fieldNames[0].second=1;
-      MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingAMRAttribute> att(MEDCouplingAMRAttribute::New(this,fieldNames,0));
-      att->alloc();
-      DataArrayDouble *tmpDa(const_cast<DataArrayDouble *>(att->getFieldOn(this,TMP_STR)));
-      tmpDa->cpyFrom(*criterion);
-      att->synchronizeCoarseToFine();
-      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
-        {
-          const DataArrayDouble *critOnLeaf(att->getFieldOn(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(elts[ii]->getMesh()),TMP_STR));
-          elts3[ii]=const_cast<DataArrayDouble *>(critOnLeaf); elts3[ii]->incrRef();
-        }
-      att=0;
-      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
-        const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(elts[ii]->getMesh())->createPatchesFromCriterion(*bso[i],elts3[ii],factors[i],eps);
-    }
-}
-
-void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removeAllPatches()
-{
-  _patches.clear();
-  declareAsNew();
-}
-
-void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::removePatch(int patchId)
-{
-  checkPatchId(patchId);
-  int sz((int)_patches.size()),j(0);
-  std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> > patches(sz-1);
-  for(int i=0;i<sz;i++)
-    if(i!=patchId)
-      patches[j++]=_patches[i];
-  (const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(_patches[patchId]->getMesh()))->detachFromFather();
-  _patches=patches;
-  declareAsNew();
-}
-
-int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getNumberOfPatches() const
-{
-  return (int)_patches.size();
-}
-
 int MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPatchIdFromChildMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh) const
 {
   int ret(0);
@@ -1214,7 +1107,7 @@ const MEDCouplingCartesianAMRPatch *MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPatch(int
 bool MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::isPatchInNeighborhoodOf(int patchId1, int patchId2, int ghostLev) const
 {
   const MEDCouplingCartesianAMRPatch *p1(getPatch(patchId1)),*p2(getPatch(patchId2));
-  return p1->isInMyNeighborhood(p2,GetGhostLevelInFineRef(ghostLev,_factors));
+  return p1->isInMyNeighborhood(p2,ghostLev);
 }
 
 /*!
@@ -1586,7 +1479,7 @@ std::string MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::buildPythonDumpOfThis() const
   return oss.str();
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):_father(father),_mesh(other._mesh),_patches(other._patches),_factors(other._factors)
+MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen& other):RefCountObject(other),_mesh(other._mesh),_patches(other._patches),_factors(other._factors)
 {
   const MEDCouplingIMesh *mesh(other._mesh);
   if(mesh)
@@ -1596,20 +1489,18 @@ MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const MEDCoupling
     {
       const MEDCouplingCartesianAMRPatch *patch(other._patches[i]);
       if(patch)
-        _patches[i]=patch->deepCpy();
+        _patches[i]=patch->deepCpy(this);
     }
 }
 
 MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
-                                                               const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop):_father(0)
+                                                               const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop)
 {
   _mesh=MEDCouplingIMesh::New(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):_father(father)
+MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh)
 {
-  if(!_father)
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : empty father !");
   if(!mesh)
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : The input mesh is null !");
   mesh->checkCoherency();
@@ -1749,20 +1640,6 @@ void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::dumpPatchesOf(const std::string& varName, s
     }
 }
 
-/*!
- * \sa getPositionRelativeTo
- */
-void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const
-{
-  if(this==ref)
-    return ;
-  if(!_father)
-    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getPositionRelativeToInternal : ref is not in the progeny of this !");
-  int myId(_father->getPatchIdFromChildMesh(this));
-  ret.push_back(myId);
-  _father->getPositionRelativeToInternal(ref,ret);
-}
-
 std::size_t MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::getHeapMemorySizeWithoutChildren() const
 {
   return sizeof(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen);
@@ -1796,17 +1673,71 @@ void MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::updateTime() const
     }
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(father,mesh)
+MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(mesh),_father(father)
+{
+  if(!_father)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh) constructor : empty father !");
+}
+
+const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getFather() const
+{
+  return _father;
+}
+
+const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getGodFather() const
+{
+  if(!_father)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getGodFather : Impossible to find a god father because there is a hole in chain !");
+  return _father->getGodFather();
+}
+
+/*!
+ * This method returns the level of \a this. 0 for god father. 1 for children of god father ...
+ */
+int MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getAbsoluteLevel() const
+{
+  if(!_father)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getAbsoluteLevel : Impossible to find a god father because there is a hole in chain !");
+  return _father->getAbsoluteLevel()+1;
+}
+
+void MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::detachFromFather()
 {
+  _father=0;
+  declareAsNew();
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(const MEDCouplingCartesianAMRMeshSub& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(other,father)
+int MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const
 {
+  if(this==ref)
+    return 0;
+  if(_father==0)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getAbsoluteLevelRelativeTo : ref is not in the progeny of this !");
+  else
+    return _father->getAbsoluteLevelRelativeTo(ref)+1;
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMeshSub *MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::deepCpy() const
+MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(const MEDCouplingCartesianAMRMeshSub& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(other),_father(father)
+{
+}
+
+MEDCouplingCartesianAMRMeshSub *MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *fath) const
+{
+  return new MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(*this,fath);
+}
+
+/*!
+ * \sa getPositionRelativeTo
+ */
+void MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const
 {
-  return new MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(*this,_father);
+  if(this==ref)
+    return ;
+  if(!_father)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMeshSub::getPositionRelativeToInternal : ref is not in the progeny of this !");
+  int myId(_father->getPatchIdFromChildMesh(this));
+  ret.push_back(myId);
+  _father->getPositionRelativeToInternal(ref,ret);
 }
 
 MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
@@ -1815,12 +1746,110 @@ MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::New(const std::string&
   return new MEDCouplingCartesianAMRMesh(meshName,spaceDim,nodeStrctStart,nodeStrctStop,originStart,originStop,dxyzStart,dxyzStop);
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::deepCpy() const
+const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMesh::getFather() const
+{
+  //I'm god father ! No father !
+  return 0;
+}
+
+const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *MEDCouplingCartesianAMRMesh::getGodFather() const
+{
+  return this;
+}
+
+int MEDCouplingCartesianAMRMesh::getAbsoluteLevel() const
+{
+  return 0;
+}
+
+void MEDCouplingCartesianAMRMesh::detachFromFather()
+{//not a bug - do nothing
+}
+
+int MEDCouplingCartesianAMRMesh::getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const
 {
+  if(this==ref)
+    return 0;
+  throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::getAbsoluteLevelRelativeTo : ref is not in the progeny of this !");
+}
+
+std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> MEDCouplingCartesianAMRMesh::retrieveGridsAt(int absoluteLev) const
+{
+  std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > rets;
+  retrieveGridsAtInternal(absoluteLev,rets);
+  std::vector< MEDCouplingCartesianAMRPatchGen * > ret(rets.size());
+  for(std::size_t i=0;i<rets.size();i++)
+    {
+      ret[i]=rets[i].retn();
+    }
+  return ret;
+}
+
+MEDCouplingCartesianAMRMesh *MEDCouplingCartesianAMRMesh::deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const
+{
+  if(father)
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::deepCpy : specifying a not null father for a God Father object !");
   return new MEDCouplingCartesianAMRMesh(*this);
 }
 
-MEDCouplingCartesianAMRMesh::MEDCouplingCartesianAMRMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMesh& other):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(other,0)
+/*!
+ * This method creates a multi level patches split at once.
+ * This method calls as times as size of \a bso createPatchesFromCriterion. Size of \a bso and size of \a factors must be the same !
+ * \b WARNING, after the call the number of levels in \a this is equal to bso.size() + 1 !
+ *
+ * \param [in] bso
+ * \param [in] criterion
+ * \param [in] factors
+ * \param [in] eps - See DataArrayDouble::toVectorOfBool for more information about the semantic of eps.
+ *
+ * \sa createPatchesFromCriterion
+ */
+void MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterionML(const std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector< std::vector<int> >& factors, double eps)
+{
+  std::size_t nbOfLevs(bso.size());
+  if(nbOfLevs!=factors.size())
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterionML : size of vectors must be the same !");
+  if(nbOfLevs==0)
+    return ;
+  if(!bso[0])
+    throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterionML : pointers in 1st arg must be not NULL !");
+  createPatchesFromCriterion(*bso[0],criterion,factors[0],eps);
+  for(std::size_t i=1;i<nbOfLevs;i++)
+    {
+      if(!bso[i])
+        throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingCartesianAMRMesh::createPatchesFromCriterionML : presence of a NULL BoxSplittingOptions in input vector !");
+      //
+      std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> elts(retrieveGridsAt((int)(i)));
+      std::size_t sz(elts.size());
+      std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> > elts2(sz);
+      std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> > elts3(sz);
+      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
+        elts2[ii]=elts[ii];
+      //
+      static const char TMP_STR[]="TMP";
+      std::vector< std::pair<std::string,int> > fieldNames(1); fieldNames[0].first=TMP_STR; fieldNames[0].second=1;
+      MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingAMRAttribute> att(MEDCouplingAMRAttribute::New(this,fieldNames,0));
+      att->alloc();
+      DataArrayDouble *tmpDa(const_cast<DataArrayDouble *>(att->getFieldOn(this,TMP_STR)));
+      tmpDa->cpyFrom(*criterion);
+      att->synchronizeCoarseToFine();
+      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
+        {
+          const DataArrayDouble *critOnLeaf(att->getFieldOn(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(elts[ii]->getMesh()),TMP_STR));
+          elts3[ii]=const_cast<DataArrayDouble *>(critOnLeaf); elts3[ii]->incrRef();
+        }
+      att=0;
+      for(std::size_t ii=0;ii<sz;ii++)
+        const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(elts[ii]->getMesh())->createPatchesFromCriterion(*bso[i],elts3[ii],factors[i],eps);
+    }
+}
+
+void MEDCouplingCartesianAMRMesh::getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const
+{
+
+}
+
+MEDCouplingCartesianAMRMesh::MEDCouplingCartesianAMRMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMesh& other):MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(other)
 {
 }
 
index 02202ac2a01021067679d97767ab43d518b9fd1b..0beca01dc1a06864a26a88495cd056ce37c7eb3e 100644 (file)
@@ -49,13 +49,13 @@ namespace ParaMEDMEM
   class MEDCouplingCartesianAMRPatchGen : public RefCountObject
   {
   public:
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *deepCpy() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMesh() const { return _mesh; }
   protected:
-    MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGen& other);
+    MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGen& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father);
     MEDCouplingCartesianAMRPatchGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh);
     const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMeshSafe() const;
     MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMeshSafe();
@@ -72,7 +72,7 @@ namespace ParaMEDMEM
   {
   public:
     MEDCouplingCartesianAMRPatch(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh, const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight);
-    MEDCouplingCartesianAMRPatch *deepCpy() const;
+    MEDCouplingCartesianAMRPatch *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const;
     // direct forward to _mesh
     MEDCOUPLING_EXPORT void addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors);
     // end of direct forward to _mesh
@@ -101,7 +101,7 @@ namespace ParaMEDMEM
     static void ApplyFactorsOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, const std::vector<int>& factors);
     static void ApplyAllGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<int,int> >& partBeforeFact, int ghostSize);
   private:
-    MEDCouplingCartesianAMRPatch(const MEDCouplingCartesianAMRPatch& other);
+    MEDCouplingCartesianAMRPatch(const MEDCouplingCartesianAMRPatch& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father);
   private:
     //! bottom left/top right cell range relative to \a _father
     std::vector< std::pair<int,int> > _bl_tr;
@@ -114,11 +114,11 @@ namespace ParaMEDMEM
   {
   public:
     MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(MEDCouplingCartesianAMRMesh *mesh);
-    MEDCouplingCartesianAMRPatchGF *deepCpy() const;
+    MEDCouplingCartesianAMRPatchGF *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const;
   private:
     std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
   private:
-    MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGF& other);
+    MEDCouplingCartesianAMRPatchGF(const MEDCouplingCartesianAMRPatchGF& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father);
   };
 
   /// @endcond
@@ -131,7 +131,7 @@ namespace ParaMEDMEM
   class MEDCouplingCartesianAMRMeshGen : public RefCountObject, public TimeLabel
   {
   public:
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *deepCpy() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getSpaceDimension() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const std::vector<int>& getFactors() const { return _factors; }
     MEDCOUPLING_EXPORT void setFactors(const std::vector<int>& newFactors);
@@ -142,23 +142,22 @@ namespace ParaMEDMEM
     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingIMesh *getImageMesh() const { return _mesh; }
     //
-    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevel() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual int getAbsoluteLevel() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void detachFromFather() = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual int getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const = 0;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<int> getPositionRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRPatch *getPatchAtPosition(const std::vector<int>& pos) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMeshAtPosition(const std::vector<int>& pos) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> retrieveGridsAt(int absoluteLev) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT void detachFromFather();
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> retrieveGridsAt(int absoluteLev) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT void addPatch(const std::vector< std::pair<int,int> >& bottomLeftTopRight, const std::vector<int>& factors);
-    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const std::vector<bool>& criterion, const std::vector<int>& factors);
-    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors);
-    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector<int>& factors, double eps);
-    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterionML(const std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector< std::vector<int> >& factors, double eps);
     MEDCOUPLING_EXPORT void removeAllPatches();
     MEDCOUPLING_EXPORT void removePatch(int patchId);
     MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfPatches() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const std::vector<bool>& criterion, const std::vector<int>& factors);
+    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors);
+    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector<int>& factors, double eps);
     MEDCOUPLING_EXPORT int getPatchIdFromChildMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector< const MEDCouplingCartesianAMRPatch *> getPatches() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRPatch *getPatch(int patchId) const;
@@ -187,24 +186,23 @@ namespace ParaMEDMEM
     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<int> getPatchIdsInTheNeighborhoodOf(int patchId, int ghostLev) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::string buildPythonDumpOfThis() const;
   protected:
-    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father);
+    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen& other);
     MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
                                    const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop);
-    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh);
+    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen(MEDCouplingIMesh *mesh);
     void checkPatchId(int patchId) const;
     void checkFactorsAndIfNotSetAssign(const std::vector<int>& factors);
     void retrieveGridsAtInternal(int lev, std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen> >& grids) const;
     static int GetGhostLevelInFineRef(int ghostLev, const std::vector<int>& factors);
     std::vector<const DataArrayDouble *> extractSubTreeFromGlobalFlatten(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *head, const std::vector<const DataArrayDouble *>& all) const;
     void dumpPatchesOf(const std::string& varName, std::ostream& oss) const;
-    void getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const;
+  public:
+    virtual void getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const = 0;
   protected:
     MEDCOUPLING_EXPORT std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<const BigMemoryObject *> getDirectChildren() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT void updateTime() const;
   protected:
-    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *_father;
-  private:
     MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingIMesh> _mesh;
     std::vector< MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingCartesianAMRPatch> > _patches;
     std::vector<int> _factors;
@@ -214,9 +212,17 @@ namespace ParaMEDMEM
   {
   public:
     MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father, MEDCouplingIMesh *mesh);
+    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevel() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void detachFromFather();
+    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const;
   private:
     MEDCouplingCartesianAMRMeshSub(const MEDCouplingCartesianAMRMeshSub& other, MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father);
-    MEDCouplingCartesianAMRMeshSub *deepCpy() const;
+    MEDCouplingCartesianAMRMeshSub *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const;
+    void getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const;
+  protected:
+    MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *_father;
   };
 
   class MEDCouplingCartesianAMRMesh : public MEDCouplingCartesianAMRMeshGen
@@ -224,8 +230,16 @@ namespace ParaMEDMEM
   public:
     MEDCOUPLING_EXPORT static MEDCouplingCartesianAMRMesh *New(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
                                                                const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop);
+    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevel() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void detachFromFather();
+    MEDCOUPLING_EXPORT int getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> retrieveGridsAt(int absoluteLev) const;
+    MEDCouplingCartesianAMRMesh *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void createPatchesFromCriterionML(const std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector< std::vector<int> >& factors, double eps);
   private:
-    MEDCouplingCartesianAMRMesh *deepCpy() const;
+    void getPositionRelativeToInternal(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref, std::vector<int>& ret) const;
     MEDCouplingCartesianAMRMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMesh& other);
     MEDCouplingCartesianAMRMesh(const std::string& meshName, int spaceDim, const int *nodeStrctStart, const int *nodeStrctStop,
                                 const double *originStart, const double *originStop, const double *dxyzStart, const double *dxyzStop);
index b51868769477de20eba6c4cba9360d3723d94e8e..95a69ff91dbeffab9d6b5390c5f8d9f9e750e0af 100644 (file)
@@ -338,7 +338,6 @@ using namespace INTERP_KERNEL;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingMultiFields::New;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingMultiFields::deepCpy;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingFieldOverTime::New;
-%newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::deepCpy;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::getMesh;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingCartesianAMRPatchGen::__getitem__;
 %newobject ParaMEDMEM::MEDCouplingCartesianAMRMeshGen::deepCpy;
@@ -4840,7 +4839,6 @@ namespace ParaMEDMEM
   class MEDCouplingCartesianAMRPatchGen : public RefCountObject
   {
   public:
-    virtual MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *deepCpy() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getMaxNumberOfLevelsRelativeToThis() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
@@ -4920,7 +4918,7 @@ namespace ParaMEDMEM
   class MEDCouplingCartesianAMRMeshGen : public RefCountObject, public TimeLabel
   {
   public:
-    virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *deepCpy() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
+    virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *deepCpy(MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *father) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getAbsoluteLevel() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getAbsoluteLevelRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     std::vector<int> getPositionRelativeTo(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ref) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
@@ -4933,6 +4931,7 @@ namespace ParaMEDMEM
     int getNumberOfCellsRecursiveWithOverlap() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getNumberOfCellsRecursiveWithoutOverlap() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     bool isPatchInNeighborhoodOf(int patchId1, int patchId2, int ghostLev) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
+   virtual void detachFromFather() throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     //
     int getNumberOfPatches() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     int getPatchIdFromChildMesh(const MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *mesh) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
@@ -4943,7 +4942,6 @@ namespace ParaMEDMEM
     MEDCoupling1SGTUMesh *buildMeshOfDirectChildrenOnly() const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     void removeAllPatches() throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     void removePatch(int patchId) throw(INTERP_KERNEL::Exception);
-    void detachFromFather() throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayByte *criterion, const std::vector<int>& factors) throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     void createPatchesFromCriterion(const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions& bso, const DataArrayDouble *criterion, const std::vector<int>& factors, double eps) throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     DataArrayDouble *createCellFieldOnPatch(int patchId, const DataArrayDouble *cellFieldOnThis) const throw(INTERP_KERNEL::Exception);
@@ -4997,16 +4995,7 @@ namespace ParaMEDMEM
         return ret2;
       }
 
-      void createPatchesFromCriterionML(PyObject *bso, const DataArrayDouble *criterion, PyObject *factors, double eps) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
-      {
-        std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *> inp0;
-        convertFromPyObjVectorOfObj<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>(bso,SWIGTYPE_p_INTERP_KERNEL__BoxSplittingOptions,"BoxSplittingOptions",inp0);
-        std::vector< std::vector<int> > inp2;
-        convertPyToVectorOfVectorOfInt(factors,inp2);
-        self->createPatchesFromCriterionML(inp0,criterion,inp2,eps);
-      }
-
-      PyObject *retrieveGridsAt(int absoluteLev) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
+      virtual PyObject *retrieveGridsAt(int absoluteLev) const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
       {
         std::vector<MEDCouplingCartesianAMRPatchGen *> ps(self->retrieveGridsAt(absoluteLev));
         int sz(ps.size());
@@ -5023,7 +5012,7 @@ namespace ParaMEDMEM
         return self->buildCellFieldOnRecurseWithoutOverlapWithoutGhost(ghostSz,inp);
       }
 
-      MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
+      virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getFather() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
       {
         MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ret(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(self->getFather()));
         if(ret)
@@ -5031,7 +5020,7 @@ namespace ParaMEDMEM
         return ret;
       }
       
-      MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
+      virtual MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getGodFather() const throw(INTERP_KERNEL::Exception)
       {
         MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ret(const_cast<MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *>(self->getGodFather()));
         if(ret)
@@ -5124,6 +5113,15 @@ namespace ParaMEDMEM
         return MEDCouplingCartesianAMRMesh::New(meshName,spaceDim,nodeStrctPtr,nodeStrctPtr+sz,originPtr,originPtr+sz1,dxyzPtr,dxyzPtr+sz2);
       }
 
+      void createPatchesFromCriterionML(PyObject *bso, const DataArrayDouble *criterion, PyObject *factors, double eps) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
+      {
+        std::vector<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *> inp0;
+        convertFromPyObjVectorOfObj<const INTERP_KERNEL::BoxSplittingOptions *>(bso,SWIGTYPE_p_INTERP_KERNEL__BoxSplittingOptions,"BoxSplittingOptions",inp0);
+        std::vector< std::vector<int> > inp2;
+        convertPyToVectorOfVectorOfInt(factors,inp2);
+        self->createPatchesFromCriterionML(inp0,criterion,inp2,eps);
+      }
+
       MEDCouplingCartesianAMRMesh(const std::string& meshName, int spaceDim, PyObject *nodeStrct, PyObject *origin, PyObject *dxyz) throw(INTERP_KERNEL::Exception)
       {
         return ParaMEDMEM_MEDCouplingCartesianAMRMesh_New(meshName,spaceDim,nodeStrct,origin,dxyz);
@@ -5144,9 +5142,9 @@ namespace ParaMEDMEM
     virtual void dealloc() throw(INTERP_KERNEL::Exception);
     %extend
     {
-      MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *getMyGodFather() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
+      MEDCouplingCartesianAMRMesh *getMyGodFather() throw(INTERP_KERNEL::Exception)
       {
-        MEDCouplingCartesianAMRMeshGen *ret(self->getMyGodFather());
+        MEDCouplingCartesianAMRMesh *ret(self->getMyGodFather());
         if(ret)
           ret->incrRef();
         return ret;