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Updating documentation by review and snippets (11)
authorJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Tue, 19 Mar 2019 22:14:30 +0000 (23:14 +0100)
committerJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Tue, 19 Mar 2019 22:14:30 +0000 (23:14 +0100)
12 files changed:
doc/en/ref_entry_types.rst
doc/en/snippets/Background.rst
doc/en/snippets/CheckingPoint.rst
doc/en/snippets/ControlInput.rst
doc/en/snippets/Observation.rst
doc/en/tui.rst
doc/fr/ref_entry_types.rst
doc/fr/snippets/Background.rst
doc/fr/snippets/CheckingPoint.rst
doc/fr/snippets/ControlInput.rst
doc/fr/snippets/Observation.rst
doc/fr/tui.rst

index 1fe0193c226540e7c090d7cc5d70b44d8f3b476a..2784cccee68b1c28b2ac1b35faea26ec9a02923a 100644 (file)
@@ -90,12 +90,23 @@ themselves may be either a data string (a "*String*"), or a script file (a
 **VectorSerie**
     This indicates a variable that has to be filled by a list of vectors.
 
+.. index:: single: DataFile
+.. index:: single: ColNames
+.. index:: single: ColMajor
+
+**DataFile**, **ColNames**, **ColMajor**
+    This indicates the file name for data of text type (TXT, CSV, TSV...) or
+    binary type (NPY, NPZ, SDF...), ordered in rows (``ColMajor=False``) or in
+    lines (``ColMajor=True``),of which is selected all the variables or only
+    those of ``ColNames`` list.
+
 When a command or keyword can be filled by a script file name, specified by the
 pseudo-type "*Script*", the script has to contain a variable or a method that
 has the same name as the one to be filled. In other words, when importing the
-script in a YACS Python node, it must create a variable of the good name in the
-current name space of the node. For example, a Python script making available
-the background variable, named "*Background*", must have the following form::
+script in a Python command or a YACS Python node, it must create a variable of
+the good name in the current name space of the node. For example, a Python
+script making available the background variable, named "*Background*", must
+have the following form::
 
     ...
     Background =...
index 41fdb54437b8814e9a77bfdb0e1a6f5909e3b1e4..c83f26533192e19e0eb954e894333ced6e8a3cfd 100644 (file)
@@ -3,5 +3,5 @@
 Background
   *Required command*. The variable indicates the background or initial vector
   used, previously noted as :math:`\mathbf{x}^b`. Its value is defined as a
-  "*Vector*" or a *VectorSerie*" type object. Its availability in output is
-  conditioned by the boolean "*Stored*" associated with input.
+  "*Vector*", "*VectorSerie*" or "*DataFile*" type object. Its availability in
+  output is conditioned by the boolean "*Stored*" associated with input.
index 4a5895d626818e2e5f5d019bc2309f50fb6ecd79..8a6708f5536f66a0f128bb031620f6a453e5c530 100644 (file)
@@ -3,6 +3,6 @@
 CheckingPoint
   *Required command*. The variable indicates the vector used as the state
   around which to perform the required check, noted :math:`\mathbf{x}` and
-  similar to the background :math:`\mathbf{x}^b`. It is defined as a "*Vector*"
-  type object. Its availability in output is conditioned by the boolean
-  "*Stored*" associated with input.
+  similar to the background :math:`\mathbf{x}^b`. It is defined as a
+  "*Vector*", "*VectorSerie*" or "*DataFile* type object. Its availability in
+  output is conditioned by the boolean "*Stored*" associated with input.
index 2d91ce384c56ac45039b3faa16b32acd7d8d5de7..b341947f81ad4fc1856d877b6b19bd2daa420ff0 100644 (file)
@@ -3,5 +3,5 @@
 ControlInput
   *Optional command*. This indicates the control vector used to force the
   evolution model at each step, usually noted as :math:`\mathbf{U}`. Its value
-  is defined as a "*Vector*" or a *VectorSerie* type object. When there is no
-  control, it has to be a void string ''.
+  is defined as a "*Vector*", "*VectorSerie*" or "*DataFile* type object. When
+  there is no control, it has to be a void string ''.
index dffb564b086cfbdef391052fe1b4ace4c46ff264..160812419943dda95f428677b83cfa54c3e49dd5 100644 (file)
@@ -3,6 +3,6 @@
 Observation
   *Vector*. The variable indicates the observation vector used for data
   assimilation or optimization, usually noted as :math:`\mathbf{y}^o`. Its
-  value is defined as a "*Vector*" or a *VectorSerie* type object. Its
-  availability in output is conditioned by the boolean "*Stored*" associated
-  with input.
+  value is defined as a "*Vector*", "*VectorSerie*" or "*DataFile* type object.
+  Its availability in output is conditioned by the boolean "*Stored*"
+  associated with input.
index 0911b9f13e3a911b4e267eb4ba7c943afc110a01..707ebffd400a8f66c31564ce5376f90c5b19b7fb 100644 (file)
@@ -300,13 +300,16 @@ The available commands are:
 
 .. index:: single: setBackground
 
-**setBackground** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
-    This command allows to set the background :math:`\mathbf{x}^b`. Depending on
-    the algorithm, it can be defined as a simple vector by "*Vector*", or as a
-    vector list by "*VectorSerie*". If it is defined by a script in the
+**setBackground** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
+    This command allows to set the background :math:`\mathbf{x}^b`. Depending
+    on the algorithm, it can be defined as a simple vector by "*Vector*", or as
+    vector list by "*VectorSerie*". If it is defined by a script in the
     "*Script*" keyword, the vector is of type "*Vector*" (by default) or
-    "*VectorSerie*" according to whether one of these variables is positioned to
-    "*True*".
+    "*VectorSerie*" according to whether one of these variables is positioned
+    to "*True*". If there is a data file given by "*DataFile*" (selecting, in
+    rows by default or in lines as chosen by "*ColMajor*", all the variables by
+    default or those from the list "*ColNames*"), the vector is of type
+    "*Vector*".
 
 .. index:: single: setBackgroundError
 
@@ -323,13 +326,16 @@ The available commands are:
 
 .. index:: single: setCheckingPoint
 
-**setCheckingPoint** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setCheckingPoint** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     This command allows to set a current point :math:`\mathbf{x}` used in a
     checking algorithm. Depending on the algorithm, it can be defined as a
     simple vector by "*Vector*", or as a vector list by "*VectorSerie*". If it
     is defined by a script in the "*Script*" keyword, the vector is of type
-    "*Vector*" (by default) or "*VectorSerie*" according to whether one of these
-    variables is positioned to "*True*".
+    "*Vector*" (by default) or "*VectorSerie*" according to whether one of
+    these variables is positioned to "*True*". If there is a data file given by
+    "*DataFile*" (selecting, in rows by default or in lines as chosen by
+    "*ColMajor*", all the variables by default or those from the list
+    "*ColNames*"), the vector is of type "*Vector*".
 
 .. index:: single: setControlModel
 
@@ -351,13 +357,16 @@ The available commands are:
 
 .. index:: single: setControlInput
 
-**setControlInput** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setControlInput** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     This command allows to set the control vector :math:`\mathbf{u}`. Depending
     on the algorithm, it can be defined as a simple vector by "*Vector*", or as
     a vector list by "*VectorSerie*". If it is defined by a script in the
     "*Script*" keyword, the vector is of type "*Vector*" (by default) or
-    "*VectorSerie*" according to whether one of these variables is positioned to
-    "*True*".
+    "*VectorSerie*" according to whether one of these variables is positioned
+    to "*True*". If there is a data file given by "*DataFile*" (selecting, in
+    rows by default or in lines as chosen by "*ColMajor*", all the variables by
+    default or those from the list "*ColNames*"), the vector is of type
+    "*Vector*".
 
 .. index:: single: setEvolutionError
 
@@ -391,13 +400,16 @@ The available commands are:
 
 .. index:: single: setObservation
 
-**setObservation** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setObservation** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     This command allows to set the observation vector :math:`\mathbf{y}^o`.
     Depending on the algorithm, it can be defined as a simple vector by
     "*Vector*", or as a vector list by "*VectorSerie*". If it is defined by a
     script in the "*Script*" keyword, the vector is of type "*Vector*" (by
     default) or "*VectorSerie*" according to whether one of these variables is
-    positioned to "*True*".
+    positioned to "*True*". If there is a data file given by "*DataFile*"
+    (selecting, in rows by default or in lines as chosen by "*ColMajor*", all
+    the variables by default or those from the list "*ColNames*"), the vector
+    is of type "*Vector*".
 
 .. index:: single: setObservationError
 
@@ -543,16 +555,16 @@ with these Python external case operations.
     This command allows to read or load a calculation case, from a file named
     "*FileName*" or a content in memory by "*Content*" or "*Object*". The
     "*Formater*" keyword can indicate "*TUI*" for commands of textual
-    application programming interface, and "*COM*" for commands of COMM type
-    coming from EFICAS interface for ADAO.
+    application programming interface (default), and "*COM*" for commands of
+    COMM type coming from EFICAS interface for ADAO.
 
 .. index:: single: dump
 
 **dump** (*FileName, Formater*)
     This command allows to save, in a file named "*FileName*", the commands of
     the current calculation case. The "*Formater*" keyword can indicate "*TUI*"
-    for commands of textual application programming interface, and "*YACS*" for
-    commands of type YACS.
+    for commands of textual application programming interface (default), and
+    "*YACS*" for commands of type YACS.
 
 .. index:: single: convert
 .. index:: single: FileNameFrom
index d4f8ab803d5762af0e131afadd93f4bd318948ce..b4f2f6c67e7ecfdf8c80409f8daccc11ca6cfffa 100644 (file)
@@ -92,13 +92,24 @@ caractères (un "*String*"), soit par un fichier script (un "*Script*"):
 **VectorSerie**
     Cela indique une variable qui doit être remplie comme une liste de vecteurs.
 
+.. index:: single: DataFile
+.. index:: single: ColNames
+.. index:: single: ColMajor
+
+**DataFile**, **ColNames**, **ColMajor**
+    Cela indique le nom d'un fichier de données de type texte (TXT, CSV,
+    TSV...) ou de type binaire (NPY, NPZ, SDF...), rangées en colonnes
+    (``ColMajor=False``) ou rangées en lignes (``ColMajor=True``), dont on
+    sélectionne toutes les variables ou uniquement celles de la liste
+    ``ColNames``.
+
 Lorsqu'une commande ou un mot-clé peut être rempli par un nom de fichier script
 désigné par le pseudo-type "*Script*", ce script doit présenter une variable ou
-une méthode que porte le même nom que la variable à remplir. En d'autres termes,
-lorsque l'on importe le script dans un noeud Python de YACS, il doit créer une
-variable du bon nom dans l'espace de nommage courant du noeud. Par exemple, un
-script Python rendant disponible la variable d'ébauche, nommée "*Background*",
-doit présenter la forme suivante::
+une méthode que porte le même nom que la variable à remplir. En d'autres
+termes, lorsque l'on importe le script dans une commande Python ou un noeud
+Python de YACS, il doit créer une variable du bon nom dans l'espace de nommage
+courant du noeud. Par exemple, un script Python rendant disponible la variable
+d'ébauche, nommée "*Background*", doit présenter la forme suivante::
 
     ...
     Background =...
index 1f718edafbd766b6360328bf557ced6264870c6d..2359b8348cd874f3791be8b4fc0a06d4b998477e 100644 (file)
@@ -3,5 +3,5 @@
 Background
   *Vecteur*. La variable désigne le vecteur d'ébauche ou d'initialisation,
   usuellement noté :math:`\mathbf{x}^b`. Sa valeur est définie comme un objet
-  de type "*Vector*" ou de type "*VectorSerie*". Sa disponibilité en sortie est
-  conditionnée par le booléen "*Stored*" associé en entrée.
+  de type "*Vector*", "*VectorSerie*" ou "*DataFile*". Sa disponibilité en
+  sortie est conditionnée par le booléen "*Stored*" associé en entrée.
index 4de7cdf8161020bd95a57586f8a81a5b47dd345b..fa8992b2f4a2c6a7552754dc0bfb8988875eef40 100644 (file)
@@ -4,5 +4,5 @@ CheckingPoint
   *Vecteur*. La variable désigne le vecteur utilisé comme l'état autour duquel
   réaliser le test requis, noté :math:`\mathbf{x}`, similaire à l'ébauche
   :math:`\mathbf{x}^b`. Sa valeur est définie comme un objet de type
-  "*Vector*". Sa disponibilité en sortie est conditionnée par le booléen
-  "*Stored*" associé en entrée.
+  "*Vector*", "*VectorSerie*" ou "*DataFile*". Sa disponibilité en sortie est
+  conditionnée par le booléen "*Stored*" associé en entrée.
index 9c97e8333ab0c920342bdb651c9c6ede018eb48a..af46c886972f8f4f7d0c590ed63caa5ba1dba80e 100644 (file)
@@ -3,6 +3,6 @@
 ControlInput
   *Commande optionnelle*. Elle indique le vecteur de contrôle utilisé pour
   forcer le modèle d'évolution à chaque pas, usuellement noté
-  :math:`\mathbf{U}`. Sa valeur est définie comme un objet de type "*Vector*"
-  ou de type "*VectorSerie*". Lorsqu'il n'y a pas de contrôle, sa valeur doit
-  être une chaîne vide ''.
+  :math:`\mathbf{U}`. Sa valeur est définie comme un objet de type "*Vector*",
+  "*VectorSerie*" ou "*DataFile*". Lorsqu'il n'y a pas de contrôle, sa valeur
+  doit être une chaîne vide ''.
index c4f4efdda62963deac32801b9828deacdfd9db41..346723d2212d9b49885a010f3b3940e6e5212d73 100644 (file)
@@ -3,6 +3,6 @@
 Observation
   *Vecteur*. La variable désigne le vecteur d'observation utilisé en
   assimilation de données ou en optimisation, et usuellement noté
-  :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de type "*Vector*"
-  ou de type "*VectorSerie*". Sa disponibilité en sortie est conditionnée par
-  le booléen "*Stored*" associé en entrée.
+  :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de type
+  "*Vector*", "*VectorSerie*" ou "*DataFile*". Sa disponibilité en sortie est
+  conditionnée par le booléen "*Stored*" associé en entrée.
index 1d175153cfa3ce5ef90d26579b9a37c62c41051c..ef576d5e05b57624fc3aa6c62a671b76517bdf52 100644 (file)
@@ -312,12 +312,16 @@ Les commandes disponibles sont les suivantes :
 
 .. index:: single: setBackground
 
-**setBackground** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setBackground** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     Cette commande permet de définir l'ébauche :math:`\mathbf{x}^b`. Selon les
     algorithmes, on peut la définir comme un vecteur simple par "*Vector*", ou
     comme une liste de vecteurs par "*VectorSerie*". Si on la définit par un
     script dans "*Script*", le vecteur est de type "*Vector*" (par défaut) ou
-    "*VectorSerie*" selon que l'une de ces variables est placée à "*True*".
+    "*VectorSerie*" selon que l'une de ces variables est placée à "*True*". Si
+    on utilise un fichier de données par "*DataFile*" (en sélectionnant, en
+    colonne par défaut ou en ligne selon "*ColMajor*", toutes les variables par
+    défaut ou celles de la liste "*ColNames*"), le vecteur est de type
+    "*Vector*".
 
 .. index:: single: setBackgroundError
 
@@ -334,13 +338,17 @@ Les commandes disponibles sont les suivantes :
 
 .. index:: single: setCheckingPoint
 
-**setCheckingPoint** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
-    Cette commande permet de définir un point courant :math:`\mathbf{x}` utilisé
-    pour un algorithme de vérification. Selon les algorithmes, on peut le
-    définir comme un vecteur simple par "*Vector*", ou comme une liste de
+**setCheckingPoint** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
+    Cette commande permet de définir un point courant :math:`\mathbf{x}`
+    utilisé pour un algorithme de vérification. Selon les algorithmes, on peut
+    le définir comme un vecteur simple par "*Vector*", ou comme une liste de
     vecteurs par "*VectorSerie*". Si on le définit par un script dans
     "*Script*", le vecteur est de type "*Vector*" (par défaut) ou
-    "*VectorSerie*" selon que l'une de ces variables est placée à "*True*".
+    "*VectorSerie*" selon que l'une de ces variables est placée à "*True*". Si
+    on utilise un fichier de données par "*DataFile*" (en sélectionnant, en
+    colonne par défaut ou en ligne selon "*ColMajor*", toutes les variables par
+    défaut ou celles de la liste "*ColNames*"), le vecteur est de type
+    "*Vector*".
 
 .. index:: single: setControlModel
 
@@ -363,13 +371,16 @@ Les commandes disponibles sont les suivantes :
 
 .. index:: single: setControlInput
 
-**setControlInput** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setControlInput** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     Cette commande permet de définir le vecteur de contrôle :math:`\mathbf{u}`.
     Selon les algorithmes, on peut le définir comme un vecteur simple par
     "*Vector*", ou comme une liste de vecteurs par "*VectorSerie*". Si on le
     définit par un script dans "*Script*", le vecteur est de type "*Vector*"
     (par défaut) ou "*VectorSerie*" selon que l'une de ces variables est placée
-    à "*True*".
+    à "*True*". Si on utilise un fichier de données par "*DataFile*" (en
+    sélectionnant, en colonne par défaut ou en ligne selon "*ColMajor*", toutes
+    les variables par défaut ou celles de la liste "*ColNames*"), le vecteur
+    est de type "*Vector*".
 
 .. index:: single: setEvolutionError
 
@@ -404,13 +415,16 @@ Les commandes disponibles sont les suivantes :
 
 .. index:: single: setObservation
 
-**setObservation** (*Vector, VectorSerie, Script, Stored*)
+**setObservation** (*Vector, VectorSerie, Script, DataFile, ColNames, ColMajor, Stored*)
     Cette commande permet de définir le vecteur d'observation
     :math:`\mathbf{y}^o`. Selon les algorithmes, on peut le définir comme un
     vecteur simple par "*Vector*", ou comme une liste de vecteurs par
     "*VectorSerie*". Si on le définit par un script dans "*Script*", le vecteur
     est de type "*Vector*" (par défaut) ou "*VectorSerie*" selon que l'une de
-    ces variables est placée à "*True*".
+    ces variables est placée à "*True*". Si on utilise un fichier de données
+    par "*DataFile*" (en sélectionnant, en colonne par défaut ou en ligne selon
+    "*ColMajor*", toutes les variables par défaut ou celles de la liste
+    "*ColNames*"), le vecteur est de type "*Vector*".
 
 .. index:: single: setObservationError
 
@@ -566,9 +580,9 @@ externes au cas.
     Cette commande permet de lire ou charger un cas d'étude, à partir d'un
     fichier "*FileName*" ou d'un contenu en mémoire par "*Content*" ou
     "*Object*". Le mot-clé "*Formater*" peut désigner le format "*TUI*" pour
-    les commandes du type interface de programmation textuelle, et le format
-    "*COM*" pour les commandes du type COMM provenant de l'interface ADAO de
-    type EFICAS.
+    les commandes du type interface de programmation textuelle (défaut), et le
+    format "*COM*" pour les commandes du type COMM provenant de l'interface
+    ADAO de type EFICAS.
 
 .. index:: single: dump
 
@@ -576,7 +590,7 @@ externes au cas.
     Cette commande permet d'enregistrer, dans un fichier "*FileName*", les
     commandes du cas d'étude en cours. Le mot-clé "*Formater*" peut désigner
     les formats "*TUI*" pour les commandes du type interface de programmation
-    textuelle, et "*YACS*" pour les commandes du type YACS.
+    textuelle (défaut), et "*YACS*" pour les commandes du type YACS.
 
 .. index:: single: convert
 .. index:: single: FileNameFrom