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Updating documentation by review and snippets (14)
authorJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Wed, 4 Nov 2020 17:28:34 +0000 (18:28 +0100)
committerJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Wed, 4 Nov 2020 17:28:34 +0000 (18:28 +0100)
18 files changed:
doc/en/ref_algorithm_3DVAR.rst
doc/en/ref_algorithm_4DVAR.rst
doc/en/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst
doc/en/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst
doc/en/snippets/BoxBounds.rst [new file with mode: 0644]
doc/en/snippets/GroupRecallRate.rst [new file with mode: 0644]
doc/en/snippets/Minimizer_xDVAR.rst [new file with mode: 0644]
doc/en/snippets/NumberOfInsects.rst [new file with mode: 0644]
doc/en/snippets/SwarmVelocity.rst [new file with mode: 0644]
doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst
doc/fr/ref_algorithm_4DVAR.rst
doc/fr/ref_algorithm_NonLinearLeastSquares.rst
doc/fr/ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization.rst
doc/fr/snippets/BoxBounds.rst [new file with mode: 0644]
doc/fr/snippets/GroupRecallRate.rst [new file with mode: 0644]
doc/fr/snippets/Minimizer_xDVAR.rst [new file with mode: 0644]
doc/fr/snippets/NumberOfInsects.rst [new file with mode: 0644]
doc/fr/snippets/SwarmVelocity.rst [new file with mode: 0644]

index 730c9c0c1710c78e6ca3cde550ff95034084778b..9378efe8f39e0849020bcc759d524e30d8c25734 100644 (file)
@@ -62,18 +62,7 @@ which is usually designed as the "*3D-VAR*" function (see for example
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  This key allows to choose the optimization minimizer. The default choice is
-  "LBFGSB", and the possible ones are "LBFGSB" (nonlinear constrained
-  minimizer, see [Byrd95]_, [Morales11]_ and [Zhu97]_), "TNC" (nonlinear
-  constrained minimizer), "CG" (nonlinear unconstrained minimizer), "BFGS"
-  (nonlinear unconstrained minimizer), "NCG" (Newton CG minimizer). It is
-  strongly recommended to stay with the default.
-
-  Example :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
 
 .. include:: snippets/NumberOfSamplesForQuantiles.rst
 
index 80b5d68c7baf0158ba104a8c2280135550bdc6c1..1d216f35fcab4bacb492371cee70ced8ab7bcfd8 100644 (file)
@@ -65,33 +65,22 @@ filters, specially the :ref:`section_ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter` or the
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  This key allows to choose the optimization minimizer. The default choice is
-  "LBFGSB", and the possible ones are "LBFGSB" (nonlinear constrained
-  minimizer, see [Byrd95]_, [Morales11]_ and [Zhu97]_), "TNC" (nonlinear
-  constrained minimizer), "CG" (nonlinear unconstrained minimizer), "BFGS"
-  (nonlinear unconstrained minimizer), "NCG" (Newton CG minimizer). It is
-  strongly recommended to stay with the default.
-
-  Example :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
-
 .. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
 
 .. include:: snippets/ConstrainedBy.rst
 
-.. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
-
 .. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
 
 .. include:: snippets/EstimationOf.rst
 
-.. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
-
 .. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
+.. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
+
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
+
+.. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
+
 StoreSupplementaryCalculations
   .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
 
index 6fc563ad17283c2add8a40e6af386f2dd70dc20c..98c97067e9b470fc2d34e13f9548c538b566ca13 100644 (file)
@@ -56,28 +56,18 @@ for its stability as for its behavior during optimization.
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  This key allows to choose the optimization minimizer. The default choice is
-  "LBFGSB", and the possible ones are "LBFGSB" (nonlinear constrained
-  minimizer, see [Byrd95]_, [Morales11]_ and [Zhu97]_), "TNC" (nonlinear
-  constrained minimizer), "CG" (nonlinear unconstrained minimizer), "BFGS"
-  (nonlinear unconstrained minimizer), "NCG" (Newton CG minimizer). It is
-  strongly recommended to stay with the default.
+.. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
 
-  Example :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+.. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
 
-.. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
+.. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
 
-.. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
 
 .. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
 
-.. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
 StoreSupplementaryCalculations
   .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
index ea37af78c516a31cde1641520075a5299f33474d..86190010b8afabc3bdeeb525ad81f80203a6abbf 100644 (file)
@@ -59,49 +59,19 @@ least squares function, classically used in data assimilation.
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-.. index:: single: NumberOfInsects
-.. index:: single: SwarmVelocity
-.. index:: single: GroupRecallRate
-.. index:: single: QualityCriterion
-.. index:: single: BoxBounds
-
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps_50.rst
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfFunctionEvaluations.rst
 
 .. include:: snippets/QualityCriterion.rst
 
-NumberOfInsects
-  This key indicates the number of insects or particles in the swarm. The
-  default is 100, which is a usual default for this algorithm.
-
-  Example :
-  ``{"NumberOfInsects":100}``
+.. include:: snippets/NumberOfInsects.rst
 
-SwarmVelocity
-  This key indicates the part of the insect velocity which is imposed by the
-  swarm. It is a positive floating point value. The default value is 1.
-
-  Example :
-  ``{"SwarmVelocity":1.}``
+.. include:: snippets/SwarmVelocity.rst
 
-GroupRecallRate
-  This key indicates the recall rate at the best swarm insect. It is a
-  floating point value between 0 and 1. The default value is 0.5.
+.. include:: snippets/GroupRecallRate.rst
 
-  Example :
-  ``{"GroupRecallRate":0.5}``
-
-BoxBounds
-  This key allows to define upper and lower bounds for *increments* on every
-  state variable being optimized (and not on state variables themselves).
-  Bounds have to be given by a list of list of pairs of lower/upper bounds for
-  each increment on variable, with extreme values every time there is no bound
-  (``None`` is not allowed when there is no bound). This key is required and
-  there is no default values.
-
-  Example :
-  ``{"BoxBounds":[[-0.5,0.5], [0.01,2.], [0.,1.e99], [-1.e99,1.e99]]}``
+.. include:: snippets/BoxBounds.rst
 
 .. include:: snippets/SetSeed.rst
 
diff --git a/doc/en/snippets/BoxBounds.rst b/doc/en/snippets/BoxBounds.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c358810
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,12 @@
+.. index:: single: BoxBounds
+
+BoxBounds
+  *List of pairs of real values*. This key allows to define upper and lower
+  bounds for *increments* on every state variable being optimized (and not on
+  state variables themselves). Bounds have to be given by a list of list of
+  pairs of lower/upper bounds for each increment on variable, with extreme
+  values every time there is no bound (``None`` is not allowed when there is no
+  bound). This key is required and there is no default values.
+
+  Example :
+  ``{"BoxBounds":[[-0.5,0.5], [0.01,2.], [0.,1.e99], [-1.e99,1.e99]]}``
diff --git a/doc/en/snippets/GroupRecallRate.rst b/doc/en/snippets/GroupRecallRate.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ebde3e7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,8 @@
+.. index:: single: GroupRecallRate
+
+GroupRecallRate
+  *Real value*. This key indicates the recall rate at the best swarm insect. It
+  is a floating point value between 0 and 1. The default value is 0.5.
+
+  Example :
+  ``{"GroupRecallRate":0.5}``
diff --git a/doc/en/snippets/Minimizer_xDVAR.rst b/doc/en/snippets/Minimizer_xDVAR.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ed4f589
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,15 @@
+  .. index:: single: Minimizer
+
+Minimizer
+  *Predefined name*. This key allows to choose the optimization minimizer. The
+  default choice is "LBFGSB", and the possible ones are
+  "LBFGSB" (nonlinear constrained minimizer, see [Byrd95]_, [Morales11]_ and [Zhu97]_),
+  "TNC" (nonlinear constrained minimizer),
+  "CG" (nonlinear unconstrained minimizer),
+  "BFGS" (nonlinear unconstrained minimizer),
+  "NCG" (Newton CG minimizer).
+  It is strongly recommended to stay with the default.
+
+  Example :
+  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+
diff --git a/doc/en/snippets/NumberOfInsects.rst b/doc/en/snippets/NumberOfInsects.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aeb192a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,8 @@
+.. index:: single: NumberOfInsects
+
+NumberOfInsects
+  *Integer value*. This key indicates the number of insects or particles in the
+  swarm. The default is 100, which is a usual default for this algorithm.
+
+  Example :
+  ``{"NumberOfInsects":100}``
diff --git a/doc/en/snippets/SwarmVelocity.rst b/doc/en/snippets/SwarmVelocity.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..57f4e07
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. index:: single: SwarmVelocity
+
+SwarmVelocity
+  *Real value*. This key indicates the part of the insect velocity which is
+  imposed by the swarm, named "group velocity". It is a positive floating point
+  value. The default value is 1.
+
+  Example :
+  ``{"SwarmVelocity":1.}``
index dd0416311cde4c3d197f69ff139eeb15a8ae6d35..08172e7e707629d764fc64f63e6f9410a0759e0d 100644 (file)
@@ -63,19 +63,7 @@ qui est usuellement désignée comme la fonctionnelle "*3D-VAR*" (voir par exemp
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  Cette clé permet de changer le minimiseur pour l'optimiseur. Le choix par
-  défaut est "LBFGSB", et les choix possibles sont "LBFGSB" (minimisation non
-  linéaire sous contraintes, voir [Byrd95]_, [Morales11]_ et [Zhu97]_), "TNC"
-  (minimisation non linéaire sous contraintes), "CG" (minimisation non
-  linéaire sans contraintes), "BFGS" (minimisation non linéaire sans
-  contraintes), "NCG" (minimisation de type gradient conjugué de Newton). Il
-  est fortement conseillé de conserver la valeur par défaut.
-
-  Exemple :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
 
 .. include:: snippets/NumberOfSamplesForQuantiles.rst
 
index a0470727455ac9df284abc3cea8261aace7e4fab..8d4c79d3597347294fab854c40081bf3046b449d 100644 (file)
@@ -66,34 +66,22 @@ l':ref:`section_ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter`.
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  Cette clé permet de changer le minimiseur pour l'optimiseur. Le choix par
-  défaut est "LBFGSB", et les choix possibles sont "LBFGSB" (minimisation non
-  linéaire sous contraintes, voir [Byrd95]_, [Morales11]_ et [Zhu97]_), "TNC"
-  (minimisation non linéaire sous contraintes), "CG" (minimisation non
-  linéaire sans contraintes), "BFGS" (minimisation non linéaire sans
-  contraintes), "NCG" (minimisation de type gradient conjugué de Newton). Il
-  est fortement conseillé de conserver la valeur par défaut.
-
-  Exemple :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
-
 .. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
 
 .. include:: snippets/ConstrainedBy.rst
 
-.. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
-
 .. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
 
 .. include:: snippets/EstimationOf.rst
 
-.. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
-
 .. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
+.. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
+
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
+
+.. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
+
 StoreSupplementaryCalculations
   .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
 
@@ -151,6 +139,7 @@ StoreSupplementaryCalculations
 .. include:: snippets/CostFunctionJoAtCurrentOptimum.rst
 
 .. include:: snippets/CurrentIterationNumber.rst
+
 .. include:: snippets/CurrentOptimum.rst
 
 .. include:: snippets/CurrentState.rst
index 97f47e56aaf0e3044815fd77134e7336b9548186..4390bb6664f577c104c42d2a3ddb472d6a6bbe44 100644 (file)
@@ -57,30 +57,18 @@ comportement lors de l'optimisation.
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-Minimizer
-  .. index:: single: Minimizer
-
-  Cette clé permet de changer le minimiseur pour l'optimiseur. Le choix par
-  défaut est "LBFGSB", et les choix possibles sont "LBFGSB" (minimisation non
-  linéaire sous contraintes, voir [Byrd95]_, [Morales11]_ et [Zhu97]_), "TNC"
-  (minimisation non linéaire sous contraintes), "CG" (minimisation non
-  linéaire sans contraintes), "BFGS" (minimisation non linéaire sans
-  contraintes), "NCG" (minimisation de type gradient conjugué de Newton), "LM"
-  (minimisation non linéaire de type Levenberg-Marquard). Il est fortement
-  conseillé de conserver la valeur par défaut.
+.. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
 
-  Exemple :
-  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
+.. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
 
-.. include:: snippets/BoundsWithNone.rst
+.. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps.rst
 
-.. include:: snippets/CostDecrementTolerance.rst
+.. include:: snippets/Minimizer_xDVAR.rst
 
 .. include:: snippets/ProjectedGradientTolerance.rst
 
-.. include:: snippets/GradientNormTolerance.rst
 
 StoreSupplementaryCalculations
   .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
index c7d2390b3b0c78ed512be2ef80e7dd9227d0d62d..63912869b0f9c1770830313c7daca85beee945ae 100644 (file)
@@ -60,51 +60,19 @@ en assimilation de données.
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo03AdOp.rst
 
-.. index:: single: NumberOfInsects
-.. index:: single: SwarmVelocity
-.. index:: single: GroupRecallRate
-.. index:: single: QualityCriterion
-.. index:: single: BoxBounds
-
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfSteps_50.rst
 
 .. include:: snippets/MaximumNumberOfFunctionEvaluations.rst
 
 .. include:: snippets/QualityCriterion.rst
 
-NumberOfInsects
-  Cette clé indique le nombre d'insectes ou de particules dans l'essaim. La
-  valeur par défaut est 100, qui est une valeur par défaut usuelle pour cet
-  algorithme.
-
-  Exemple :
-  ``{"NumberOfInsects":100}``
+.. include:: snippets/NumberOfInsects.rst
 
-SwarmVelocity
-  Cette clé indique la part de la vitesse d'insecte qui est imposée par
-  l'essaim. C'est une valeur réelle positive. Le défaut est de 1.
-
-  Exemple :
-  ``{"SwarmVelocity":1.}``
+.. include:: snippets/SwarmVelocity.rst
 
-GroupRecallRate
-  Cette clé indique le taux de rappel vers le meilleur insecte de l'essaim.
-  C'est une valeur réelle comprise entre 0 et 1. Le défaut est de 0.5.
+.. include:: snippets/GroupRecallRate.rst
 
-  Exemple :
-  ``{"GroupRecallRate":0.5}``
-
-BoxBounds
-  Cette clé permet de définir des bornes supérieure et inférieure pour chaque
-  incrément de  variable d'état optimisée (et non pas chaque variable d'état
-  elle-même). Les bornes doivent être données par une liste de liste de paires
-  de bornes inférieure/supérieure pour chaque incrément de variable, avec une
-  valeur extrême chaque fois qu'il n'y a pas de borne (``None`` n'est pas une
-  valeur autorisée lorsqu'il n'y a pas de borne). Cette clé est requise et il
-  n'y a pas de valeurs par défaut.
-
-  Exemple :
-  ``{"BoxBounds":[[-0.5,0.5], [0.01,2.], [0.,1.e99], [-1.e99,1.e99]]}``
+.. include:: snippets/BoxBounds.rst
 
 .. include:: snippets/SetSeed.rst
 
diff --git a/doc/fr/snippets/BoxBounds.rst b/doc/fr/snippets/BoxBounds.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..068f46f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,13 @@
+.. index:: single: BoxBounds
+
+BoxBounds
+  *Liste de paires de valeurs réelles*. Cette clé permet de définir des bornes
+  supérieure et inférieure pour chaque incrément de  variable d'état optimisée
+  (et non pas chaque variable d'état elle-même). Les bornes doivent être
+  données par une liste de liste de paires de bornes inférieure/supérieure pour
+  chaque incrément de variable, avec une valeur extrême chaque fois qu'il n'y a
+  pas de borne (``None`` n'est pas une valeur autorisée lorsqu'il n'y a pas de
+  borne). Cette clé est requise et il n'y a pas de valeurs par défaut.
+
+  Exemple :
+  ``{"BoxBounds":[[-0.5,0.5], [0.01,2.], [0.,1.e99], [-1.e99,1.e99]]}``
diff --git a/doc/fr/snippets/GroupRecallRate.rst b/doc/fr/snippets/GroupRecallRate.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3372e7f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. index:: single: GroupRecallRate
+
+GroupRecallRate
+  *Valeur réelle*. Cette clé indique le taux de rappel vers le meilleur insecte
+  de l'essaim. C'est une valeur réelle comprise entre 0 et 1. Le défaut est de
+  0.5.
+
+  Exemple :
+  ``{"GroupRecallRate":0.5}``
diff --git a/doc/fr/snippets/Minimizer_xDVAR.rst b/doc/fr/snippets/Minimizer_xDVAR.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2ab061b
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,14 @@
+.. index:: single: Minimizer
+
+Minimizer
+  *Nom prédéfini*. Cette clé permet de changer le minimiseur pour l'optimiseur.
+  Le choix par défaut est "LBFGSB", et les choix possibles sont
+  "LBFGSB" (minimisation non linéaire sous contraintes, voir [Byrd95]_, [Morales11]_ et [Zhu97]_),
+  "TNC" (minimisation non linéaire sous contraintes),
+  "CG" (minimisation non linéaire sans contraintes),
+  "BFGS" (minimisation non linéaire sans contraintes),
+  "NCG" (minimisation de type gradient conjugué de Newton).
+  Il est fortement conseillé de conserver la valeur par défaut.
+
+  Exemple :
+  ``{"Minimizer":"LBFGSB"}``
diff --git a/doc/fr/snippets/NumberOfInsects.rst b/doc/fr/snippets/NumberOfInsects.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..19ba899
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. index:: single: NumberOfInsects
+
+NumberOfInsects
+  *Valeur entière*. Cette clé indique le nombre d'insectes ou de particules
+  dans l'essaim. La valeur par défaut est 100, qui est une valeur par défaut
+  usuelle pour cet algorithme.
+
+  Exemple :
+  ``{"NumberOfInsects":100}``
diff --git a/doc/fr/snippets/SwarmVelocity.rst b/doc/fr/snippets/SwarmVelocity.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b1e52ec
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,9 @@
+.. index:: single: SwarmVelocity
+
+SwarmVelocity
+  *Valeur réelle*. Cette clé indique la part de la vitesse d'insecte qui est
+  imposée par l'essaim, dite "vitesse de groupe". C'est une valeur réelle
+  positive. Le défaut est de 1.
+
+  Exemple :
+  ``{"SwarmVelocity":1.}``