files pair, which resides in ``<ADAO JDC file directory>``) automatically by
using a template shell script containing all the required steps. The user has to
know where are the main SALOME launching files, and in particular the
-``runAppli`` one. The directory in which this script resides is symbolically
+``salome`` one. The directory in which this script resides is symbolically
named ``<SALOME main installation dir>`` and has to be replaced by the good one
in the shell file template.
#!/bin/bash
export USERDIR=<ADAO JDC file directory>
export SALOMEDIR=<SALOME main installation directory>
- $SALOMEDIR/runAppli -k -t
- $SALOMEDIR/runSession python \
+ $SALOMEDIR/salome start -k -t
+ $SALOMEDIR/salome shell python \
$SALOMEDIR/bin/salome/AdaoYacsSchemaCreator.py \
$USERDIR/<ADAO Python file> $USERDIR/<ADAO YACS xml scheme>
- $SALOMEDIR/
runSession driver $USERDIR/<ADAO YACS xml scheme>
- $SALOMEDIR/runSession killSalome.py
+ $SALOMEDIR/
salome shell driver $USERDIR/<ADAO YACS xml scheme>
+ $SALOMEDIR/salome shell killSalome.py
rm -f $USERDIR/<ADAO YACS xml scheme>
Standard output and errors come on console.
Getting more information when running a calculation
---------------------------------------------------
+.. index:: single: Logging
+
When running a calculation, useful data and messages are logged. There are two
ways to obtain theses information.
Accelerating numerical derivatives calculations by using a parallel mode
------------------------------------------------------------------------
+.. index:: single: EnableMultiProcessing
+
When setting an operator, as described in :ref:`section_reference`, the user can
choose a functional form "*ScriptWithOneFunction*". This form explicitly leads
to approximate the tangent and adjoint operators by a finite differences
Switching from a version of ADAO to a newer one
-----------------------------------------------
+.. index:: single: Version
+
The ADAO module and its ".comm" case files are identified by versions, with
"Major", "Minor" and "Revision" characteristics. A particular version is
numbered as "Major.Minor.Revision", with strong link with the numbering of the
.. index:: single: background error covariances
.. index:: single: observation error covariances
.. index:: single: covariances
+.. index:: single: 3DVAR
+.. index:: single: Blue
We can write these features in a simple manner. By default, all variables are
-vectors, as there are several parameters to readjust.
+vectors, as there are several parameters to readjust, or a discrete field to
+reconstruct.
According to standard notations in data assimilation, we note
:math:`\mathbf{x}^a` the optimal parameters that is to be determined by
error measures are not differentiables, but some optimization methods can deal
with: heuristics and meta-heuristics for real-valued problem, etc. As
previously, the main drawback remain a greater numerical cost to find state
-estimates, and no guarantee of convergence in finite time. Here, we point also
-the following methods as it is available in the ADAO module: *Particle swarm
-optimization* [WikipediaPSO]_.
+estimates, and no guarantee of convergence in finite time. Here again, we only
+point the following methods as it is available in the ADAO module: *Particle
+swarm optimization* [WikipediaPSO]_.
The reader interested in the subject of optimization can look at [WikipediaMO]_
as a general entry point.
du fichier JDC ADAO>``) automatiquement en utilisant un script de commandes
shell "type" contenant toutes les étapes requises. L'utilisateur doit savoir où
se trouvent les principaux fichiers de lancement de SALOME, et en particulier le
-fichier ``runAppli``. Le répertoire dans lequel ce fichier réside est
+fichier ``salome``. Le répertoire dans lequel ce fichier réside est
symboliquement nommé ``<Répertoire principal d'installation de SALOME>`` et doit
être remplacé par le bon dans le modèle "type" de fichier shell.
#!/bin/bash
export USERDIR=<Répertoire du fichier JDC ADAO>
export SALOMEDIR=<Répertoire principal d'installation de SALOME>
- $SALOMEDIR/runAppli -k -t
- $SALOMEDIR/runSession python \
+ $SALOMEDIR/salome start -k -t
+ $SALOMEDIR/salome shell python \
$SALOMEDIR/bin/salome/AdaoYacsSchemaCreator.py \
$USERDIR/<Fichier Python ADAO> $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
- $SALOMEDIR/runSession driver $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
- $SALOMEDIR/runSession killSalome.py
+ $SALOMEDIR/salome shell driver $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
+ $SALOMEDIR/salome shell killSalome.py
rm -f $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
Les sorties standard et d'erreur se font à la console.
Obtenir plus d'information lors du déroulement d'un calcul
----------------------------------------------------------
+.. index:: single: Logging
+
Lors du déroulement d'un calcul, des données et messages utiles sont
disponibles. Il y a deux manières d'obtenir ces informations.
Accélérer les calculs de dérivées numériques en utilisant un mode parallèle
---------------------------------------------------------------------------
+.. index:: single: EnableMultiProcessing
+
Lors de la définition d'un opérateur, comme décrit dans la chapitre
:ref:`section_reference`, l'utilisateur peut choisir la forme fonctionnelle
"*ScriptWithOneFunction*". Cette forme conduit explicitement à approximer les
Passer d'une version d'ADAO à une nouvelle
------------------------------------------
+.. index:: single: Version
+
Le module ADAO et ses fichiers de cas ".comm" sont identifiés par des versions,
avec des caractéristiques "Major", "Minor" et "Revision". Une version
particulière est numérotée "Major.Minor.Revision", avec un lien fort avec la
Toutefois, si vous souhaitez utiliser cette troisième forme, on recommande de se
baser sur le modèle suivant pour le script d'aiguillage. Il nécessite un fichier
script ou un code externe nommé ici "*Physical_simulation_functions.py*",
-contenant trois fonctions nommées "*DirectOperator*", "*TangentOperator*" and
+contenant trois fonctions nommées "*DirectOperator*", "*TangentOperator*" et
"*AdjointOperator*" comme précédemment. Voici le squelette d'aiguillage::
import Physical_simulation_functions
.. index:: single: covariances d'erreurs d'ébauche
.. index:: single: covariances d'erreurs d'observation
.. index:: single: covariances
+.. index:: single: 3DVAR
+.. index:: single: Blue
On peut décrire ces démarches de manière simple. Par défaut, toutes les
-variables sont des vecteurs, puisqu'il y a plusieurs paramètres à ajuster.
+variables sont des vecteurs, puisqu'il y a plusieurs paramètres à ajuster, ou un
+champ discretisé à reconstruire.
Selon les notations standard en assimilation de données, on note
:math:`\mathbf{x}^a` les paramètres optimaux qui doivent être déterminés par
supérieur pour trouver les estimations d'états, et pas de garantie de
convergence en temps fini. Ici, on ne mentionne que des méthodes qui sont
disponibles dans le module ADAO : la *régression de quantile (Quantile
-Regression)* [WikipediaQR]_ and l'*optimisation par essaim de particules
+Regression)* [WikipediaQR]_ et l'*optimisation par essaim de particules
(Particle Swarm Optimization)* [WikipediaPSO]_.
En second lieu, les méthodes d'optimisation cherchent usuellement à minimiser
méta-heuristiques pour les problèmes à valeurs réelles, etc. Comme précédemment,
le principal désavantage de ces méthodes est un coût numérique souvent bien
supérieur pour trouver les estimations d'états, et pas de garantie de
-convergence en temps fini. Ici, on ne mentionne encore que des méthodes qui sont
+convergence en temps fini. Ici encore, on ne mentionne que des méthodes qui sont
disponibles dans le module ADAO : l'*optimisation par essaim de particules
(Particle Swarm Optimization)* [WikipediaPSO]_.
