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First running case
authorAnthony Geay <anthony.geay@edf.fr>
Sun, 8 Mar 2020 06:27:07 +0000 (07:27 +0100)
committerAnthony Geay <anthony.geay@edf.fr>
Sun, 8 Mar 2020 06:27:07 +0000 (07:27 +0100)
src/ParaMEDMEM/CommInterface.hxx
src/ParaMEDMEM/ParaUMesh.cxx
src/ParaMEDMEM_Swig/ParaMEDMEMCommon.i

index 76692c86ec99f68d05402b39e1a23036db6d4405..8610133664ad67819e461c246b380eae3f73f2ac 100644 (file)
@@ -95,6 +95,7 @@ namespace MEDCoupling
     {
       std::unique_ptr<int []> ret(new int[size]);
       std::copy(arr.get(),arr.get()+size,ret.get());
+      return ret;
     }
     static std::unique_ptr<int []> ComputeOffset(const std::unique_ptr<int []>& counts, std::size_t sizeOfCounts)
     {
index 1db9288dc643118341579f4c7b7dd611eb91b530..1b1ac5c2fe4e6a221acfd339e79196721127e6e9 100644 (file)
@@ -50,7 +50,6 @@ ParaUMesh::ParaUMesh(MEDCouplingUMesh *mesh, DataArrayIdType *globalCellIds, Dat
 
 MCAuto<DataArrayIdType> ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes(DataArrayIdType *globalNodeIds, bool fullyIn) const
 {
-  DACheckNbOfTuplesAndComp(globalNodeIds,_mesh->getNumberOfNodes(),1,"ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes");
   if(fullyIn)
     throw INTERP_KERNEL::Exception("ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes : not implemented yet for fullyIn == True !");
   MPI_Comm comm(MPI_COMM_WORLD);
@@ -59,7 +58,7 @@ MCAuto<DataArrayIdType> ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes(DataArrayIdType *globa
   MPI_Comm_size(comm,&size);
   std::unique_ptr<long[]> nbOfElems(new long[size]),nbOfElems2(new long[size]);
   long nbOfNodeIdsLoc(FromIdType<long>(globalNodeIds->getNumberOfTuples()));
-  MPI_Allgather(&nbOfNodeIdsLoc,1,MPI_LONG,nbOfElems.get(),size,MPI_LONG,comm);
+  MPI_Allgather(&nbOfNodeIdsLoc,1,MPI_LONG,nbOfElems.get(),1,MPI_LONG,comm);
   long nbOfNodeIdsSum(std::accumulate(nbOfElems.get(),nbOfElems.get()+size,0L));
   std::vector< MCAuto<DataArrayIdType> > tabs(size);
   {
@@ -88,7 +87,7 @@ MCAuto<DataArrayIdType> ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes(DataArrayIdType *globa
   cellIdsFromProcs->alloc(nbOfCellIdsSum,1);
   {
     std::unique_ptr<int[]> nbOfElemsInt( CommInterface::ToIntArray(nbOfElems,size) ),nbOfElemsOutInt( CommInterface::ToIntArray(nbOfElems2,size) );
-    std::unique_ptr<int[]> offsetsIn( CommInterface::ComputeOffset(nbOfElemsInt,size) ), offsetsOut( CommInterface::ComputeOffset(CommInterface::ToIntArray(nbOfElems2,size),size) );
+    std::unique_ptr<int[]> offsetsIn( CommInterface::ComputeOffset(nbOfElemsInt,size) ), offsetsOut( CommInterface::ComputeOffset(nbOfElemsOutInt,size) );
     MPI_Alltoallv(cells->begin(),nbOfElemsInt.get(),offsetsIn.get(),MPI_INT,
                   cellIdsFromProcs->getPointer(),nbOfElemsOutInt.get(),offsetsOut.get(),MPI_INT,comm);
   }
index a75ae3074f2dbe7aaf21a0a72ac871eb5e137440..fd986e0b8a673ada704a9a3b12d9e097581c1881 100644 (file)
@@ -34,6 +34,7 @@
 #include "ParaFIELD.hxx"
 #include "ICoCoMEDField.hxx"
 #include "ComponentTopology.hxx"
+#include "ParaUMesh.hxx"
 
 using namespace INTERP_KERNEL;
 using namespace MEDCoupling;
@@ -41,7 +42,6 @@ using namespace ICoCo;
 %}
 
 %include "InterpolationOptions.hxx"
-%include "CommInterface.hxx"
 %include "ProcessorGroup.hxx"
 %include "DECOptions.hxx"
 %include "ParaMESH.hxx"
@@ -57,8 +57,87 @@ using namespace ICoCo;
 %rename(ICoCoMEDField) ICoCo::MEDField;
 %include "ICoCoMEDField.hxx"
 
+%newobject MEDCoupling::ParaUMesh::getCellIdsLyingOnNodes;
+
 %nodefaultctor;
 
+namespace MEDCoupling
+{
+  class CommInterface
+  {
+  public:
+    CommInterface();
+    virtual ~CommInterface();
+    int worldSize() const;
+    int commSize(MPI_Comm comm, int* size) const;
+    int commRank(MPI_Comm comm, int* rank) const;
+    int commGroup(MPI_Comm comm, MPI_Group* group) const;
+    int groupIncl(MPI_Group group, int size, int* ranks, MPI_Group* group_output) const;
+    int commCreate(MPI_Comm comm, MPI_Group group, MPI_Comm* comm_output) const;
+    int groupFree(MPI_Group* group) const;
+    int commFree(MPI_Comm* comm) const;
+
+    int send(void* buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int target, int tag, MPI_Comm comm) const;
+    int recv(void* buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int source, int tag, MPI_Comm comm, MPI_Status* status) const;
+    int sendRecv(void* sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype, 
+                 int dest, int sendtag, void* recvbuf, int recvcount, 
+                 MPI_Datatype recvtype, int source, int recvtag, MPI_Comm comm,
+                 MPI_Status* status);
+
+    int Isend(void* buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int target,
+              int tag, MPI_Comm comm, MPI_Request *request) const;
+    int Irecv(void* buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int source,
+              int tag, MPI_Comm comm, MPI_Request* request) const;
+
+    int wait(MPI_Request *request, MPI_Status *status) const;
+    int test(MPI_Request *request, int *flag, MPI_Status *status) const;
+    int requestFree(MPI_Request *request) const;
+    int waitany(int count, MPI_Request *array_of_requests, int *index, MPI_Status *status) const;
+    int testany(int count, MPI_Request *array_of_requests, int *index, int *flag, MPI_Status *status) const;
+    int waitall(int count, MPI_Request *array_of_requests, MPI_Status *array_of_status) const { return MPI_Waitall(count, array_of_requests, array_of_status); }
+    int testall(int count, MPI_Request *array_of_requests, int *flag, MPI_Status *array_of_status) const;
+    int waitsome(int incount, MPI_Request *array_of_requests,int *outcount, int *array_of_indices, MPI_Status *array_of_status) const;
+    int testsome(int incount, MPI_Request *array_of_requests, int *outcount,
+                 int *array_of_indices, MPI_Status *array_of_status) const;
+    int probe(int source, int tag, MPI_Comm comm, MPI_Status *status) const;
+    int Iprobe(int source, int tag, MPI_Comm comm, int *flag, MPI_Status *status) const;
+    int cancel(MPI_Request *request) const;
+    int testCancelled(MPI_Status *status, int *flag) const;
+    int barrier(MPI_Comm comm) const;
+    int errorString(int errorcode, char *string, int *resultlen) const;
+    int getCount(MPI_Status *status, MPI_Datatype datatype, int *count) const;
+
+    int broadcast(void* buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int root, MPI_Comm comm) const;
+    int allGather(void* sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype,
+                  void* recvbuf, int recvcount, MPI_Datatype recvtype,
+                  MPI_Comm comm) const;
+    int allToAll(void* sendbuf, int sendcount, MPI_Datatype sendtype,
+                 void* recvbuf, int recvcount, MPI_Datatype recvtype,
+                 MPI_Comm comm) const;
+    int allToAllV(void* sendbuf, int* sendcounts, int* senddispls,
+                  MPI_Datatype sendtype, void* recvbuf, int* recvcounts,
+                  int* recvdispls, MPI_Datatype recvtype, 
+                  MPI_Comm comm) const;
+
+    int reduce(void* sendbuf, void* recvbuf, int count, MPI_Datatype datatype, MPI_Op op, int root, MPI_Comm comm) const;
+    int allReduce(void* sendbuf, void* recvbuf, int count, MPI_Datatype datatype, MPI_Op op, MPI_Comm comm) const;
+  };
+
+  class ParaUMesh
+  {
+  public:
+    ParaUMesh(MEDCouplingUMesh *mesh, DataArrayIdType *globalCellIds, DataArrayIdType *globalNodeIds);
+    %extend
+    {
+      DataArrayIdType *getCellIdsLyingOnNodes(DataArrayIdType *globalNodeIds, bool fullyIn) const
+      { 
+        MCAuto<DataArrayIdType> ret(self->getCellIdsLyingOnNodes(globalNodeIds,fullyIn));
+        return ret.retn();
+      }
+    }
+  };
+}
+
 /* This object can be used only if MED_ENABLE_FVM is defined*/
 #ifdef MED_ENABLE_FVM
 class NonCoincidentDEC : public DEC