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Documentation update and simple plot support interface
authorJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Sun, 15 Jan 2023 17:43:14 +0000 (18:43 +0100)
committerJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Sun, 15 Jan 2023 17:43:14 +0000 (18:43 +0100)
34 files changed:
doc/en/ref_algorithm_4DVAR.rst
doc/en/ref_algorithm_DifferentialEvolution.rst
doc/en/ref_algorithm_LocalSensitivityTest.rst
doc/en/ref_algorithm_MeasurementsOptimalPositioningTask.rst
doc/en/ref_algorithm_ParallelFunctionTest.rst
doc/fr/ref_algorithm_4DVAR.rst
doc/fr/ref_algorithm_DifferentialEvolution.rst
doc/fr/ref_algorithm_LocalSensitivityTest.rst
src/daComposant/daAlgorithms/MeasurementsOptimalPositioningTask.py
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/ANNOUNCE.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/CREDITS.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/Errors.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/FAQ.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/LICENSE.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/NEWS.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/PlotItems.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/README.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/TODO.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/VERSIONS.txt [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/_Gnuplot.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/__init__.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/demo.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/funcutils.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gnuplot_Suites.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_cygwin.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_java.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_mac.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_macosx.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_unix.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_win32.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/termdefs.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/test.py [new file with mode: 0644]
src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/utils.py [new file with mode: 0644]

index c3376740cf08d768ebe29ddc1a0f0ff56be20fa3..9b2a22ca6722b2b5a461a4fdfe318f78d2bb0ff9 100644 (file)
@@ -28,9 +28,6 @@
 Calculation algorithm "*4DVAR*"
 -------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index 035f16c850a5d51a95e4bf6072e734657bbce590..d1f1b473f9f0f6cd162041ea6d468d28e3f822cd 100644 (file)
@@ -27,9 +27,6 @@
 Calculation algorithm "*DifferentialEvolution*"
 ----------------------------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index 7b79a15b53c33acf3552febc22dd6e9b6949cfe0..fe63e2c7508bb296c2f7d872be8ed84d13023c0f 100644 (file)
@@ -27,9 +27,6 @@
 Checking algorithm "*LocalSensitivityTest*"
 -------------------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index 345c914fceabe3f83f91dbe9793da07409e207d6..1f2fc20aa6db02cb58230963b89c85b6ea4c1dfb 100644 (file)
 .. index:: single: Optimal positioning of measurements
 .. index:: single: Measurement locations
 .. index:: single: Measurements (Optimal positioning)
+.. index:: single: Ensemble of simulations
+.. index:: single: Ensemble of snapshots
+.. index:: single: Simulations (Ensemble)
+.. index:: single: Snapshots (Ensemble)
 .. _section_ref_algorithm_MeasurementsOptimalPositioningTask:
 
 Task algorithm "*MeasurementsOptimalPositioningTask*"
index ca1749b83eae087d5f948a83ee0efffd7e614b9e..701d06c791effb134fdb3baac96b2eb10f840c08 100644 (file)
@@ -104,6 +104,7 @@ StoreSupplementaryCalculations
 .. include:: snippets/Header2Algo10.rst
 
 .. literalinclude:: scripts/simple_ParallelFunctionTest.res
+    :language: none
 
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo06.rst
index 2a15456954ea8fe274b3267175ed24c705ac031a..f3d76f231a5772681292656e632967ec58eabb0f 100644 (file)
@@ -28,9 +28,6 @@
 Algorithme de calcul "*4DVAR*"
 ------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index 3d4277fc339b8171630ade4d1bbaee14e54150bf..9ad239c2e4aa052881d15b23b80b936bbeed9632 100644 (file)
@@ -27,9 +27,6 @@
 Algorithme de calcul "*DifferentialEvolution*"
 ----------------------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index c5907c5336b68f72bc78e1eb7faf22ece6402807..25066730b8496ea2e0200a1b80e151f6900049c5 100644 (file)
@@ -27,9 +27,6 @@
 Algorithme de vérification "*LocalSensitivityTest*"
 ---------------------------------------------------
 
-.. ------------------------------------ ..
-.. include:: snippets/Header2Algo00.rst
-
 .. ------------------------------------ ..
 .. include:: snippets/Header2Algo01.rst
 
index 0a974c44c92f36e9af34026561d4f343f3a82da3..9e45bf611f0805d83ae221a0846cb240981ea074 100644 (file)
@@ -127,6 +127,7 @@ class ElementaryAlgorithm(BasicObjects.Algorithm):
             )
         self.setAttributes(tags=(
             "Reduction",
+            "Checking",
             ))
 
     def run(self, Xb=None, Y=None, U=None, HO=None, EM=None, CM=None, R=None, B=None, Q=None, Parameters=None):
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/ANNOUNCE.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/ANNOUNCE.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f588210
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,83 @@
+This is to announce the release of version 1.8 of Gnuplot.py.
+
+Gnuplot.py is a Python [1] package that allows you to create graphs
+from within Python using the gnuplot [2] plotting program.
+
+Gnuplot.py can be obtained from
+
+    http://gnuplot-py.sourceforge.net/
+
+Prerequisites (see footnotes):
+    the Python interpreter [1]
+    the Python numpy module [3]
+    the gnuplot program [2]
+
+or, to use it under Java (experimental):
+    a Java interpreter
+    the Jython interpreter [4]
+    the Jython version of the Numeric module [5]
+    the gnuplot program [2]
+
+Some ways this package can be used:
+
+1. Interactive data processing: Use Python's excellent numpy package
+   to create and manipulate arrays of numbers, and use Gnuplot.py to
+   visualize the results.
+2. Web graphics: write CGI scripts in Python that use gnuplot to
+   output plots in (for example) PNG format and return them to the
+   client.
+3. Glue for numerical applications (this is my favorite): wrap your
+   C++/C/Fortran subroutines so that they are callable from Python,
+   then you can perform numerical computations interactively from
+   scripts or from the command line and use Gnuplot.py to plot the
+   output on the fly.
+4. Compute a series of datasets in Python and plot them one after the
+   other using Gnuplot.py to produce a crude animation.
+
+New features in this version:
+  + Various bug fixes
+  + an option "filename" to Data and GridDat
+    This allows saving the data to a permanent, rather than temporary
+  + pdf terminal definition
+
+Features already present in older versions:
+
+  +  Two and three-dimensional plots.
+  +  Plot data from memory, from a file, or from an expression.
+  +  Support for multiple simultaneous gnuplot sessions.
+  +  Can pass arbitrary commands to the gnuplot program.
+  +  Object oriented, extensible design with several built-in types
+     of plot items.
+  +  Portable and easy to install (nothing to compile except on
+     Windows).
+  +  Support for Unix (including Linux and Mac OS X), MS Windows, and
+     Mac OS.  The platform-dependent layer is fairly well abstracted
+     out, so it shouldn't be too difficult to add support for other
+     platforms.
+  +  Support for sending data to gnuplot as `inline' or `binary' data.
+     These are optimizations that also remove the need for temporary
+     files.
+  +  Partly table-driven to make it easy to extend.  New terminal
+     types can be supported easily by adding data to a table.
+  +  Install via distutils.
+  +  LGPL license .
+  +  Support for sending data to gnuplot via FIFOs (named pipes, linux only).
+  + Preliminary support for running Gnuplot.py under Jython
+
+Footnotes:
+----------
+[1] Python <http://www.python.org> is an excellent object-oriented
+    scripting/rapid development language that is also especially good
+    at gluing programs together.
+[2] gnuplot <http://www.gnuplot.info/> is a free, popular, very
+    portable plotting program with a command-line interface.  It can
+    make 2-d and 3-d plots and can output to myriad printers and
+    graphics terminals.
+[3] The numpy Python extension <http://www.scipy.org> is a
+    Python module that adds fast and convenient array manipulations to
+    the Python language.
+[4] Jython <http://www.jython.org> is a Python interpreter that runs
+    within a Java virtual machine.
+[5] JNumeric <http://jnumerical.sourceforge.net/> is a version of the
+    Numeric module that runs under Java/Jython.
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/CREDITS.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/CREDITS.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7b3444a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,47 @@
+CREDITS:
+
+Gnuplot.py was written by Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>,
+inspired by and partly derived from an earlier version by Konrad
+Hinsen.  I maintain it and continue to develop it, though by now it
+has most of the features that I had planned for it.
+
+I would like to acknowledge and express my appreciation to the
+following people for their contributions:
+
+Konrad Hinsen <hinsen@ibs.ibs.fr> wrote the first, procedural
+interface version of Gnuplot.py.  His code is still present in many
+components of the current version.  The oldplot.py module, which used
+to be included in Gnuplot.py for backwards compatibility with his
+version, hasn't been supported for a while so I deleted it.
+
+Berthold Hoellmann <bhoel@starship.python.net> introduced me to the
+helpful `pythondoc' package, and contributed some docstring changes to
+allow web documentation to be generated from the Gnuplot.py source.
+He also submitted a setup.py file to be used with Python distutils.
+
+Craig Schardt <lazrnerd@ufl.edu> and Francois Ladouceur
+<f.ladouceur@virtualphotonics.com> contributed changes to enable
+Gnuplot.py to work under MS-Windows.
+
+Tony Ingraldi <a.m.ingraldi@larc.nasa.gov> got Gnuplot.py to work on
+the Macintosh and Noburu Yamamoto also contributed to this code.
+
+Stuard Reynolds <S.I.Reynolds@cs.bham.ac.uk> made some helpful
+suggestions for automating the tabulation of function values.
+
+Jannie Hofmeyr <jhsh@iafrica.com> suggested using "from os import
+popen" in gp_win32.py for versions of Python subsequent to 2.0.
+
+Daehyok Shin <sdhyok@email.unc.edu> pointed out that support for the
+`axes' keyword was missing.
+
+Jon Moody suggested some changes for Mac OS.
+
+Andy Main contributed terminal_opts for metapost output.
+
+Matthew Fulmer contributed a patch to add the "filename" argument to
+Data and GridData.
+
+Benny Malengier will push out new versions if the need arises starting
+from 1.8
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/Errors.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/Errors.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..53731f8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,25 @@
+# Id: Errors.py 244 2003-04-21 09:44:09Z mhagger
+
+# Copyright (C) 2001-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""Exception types that can be raised by Gnuplot.py."""
+
+
+class Error(Exception):
+    """All our exceptions are derived from this one."""
+    pass
+
+
+class OptionError(Error):
+    """Raised for unrecognized option(s)"""
+    pass
+
+
+class DataError(Error):
+    """Raised for data in the wrong format"""
+    pass
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/FAQ.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/FAQ.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..14f465e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,147 @@
+# Id: FAQ.txt 294 2006-11-07 02:33:08Z parejkoj
+
+Frequently Asked Questions
+
+This file is meant to answer the most frequently asked questions about
+the Gnuplot.py package.  If you want to suggest additional questions
+(with or without answers!) please mail them to the Gnuplot.py users
+mailing list, <gnuplot-py-users@lists.sourceforge.net>.
+
+======================================================================
+
+Q1:
+
+When running the following script
+
+------------------------------------------------
+#! /usr/bin/python2
+
+import Gnuplot, Gnuplot.funcutils
+from numpy import *
+
+g = Gnuplot.Gnuplot()
+g.plot([[0,1.1], [1,5.8], [2,3.3], [3,4.2]])
+------------------------------------------------
+
+I get the error
+
+    gnuplot> plot  '/tmp/@24463.2'
+                   ^
+             can't read data file "/tmp/@24463.2"
+             line 0: (No such file or directory)
+
+However, the same commands work fine if I type them into the
+interpreter!  What's wrong?
+
+A1:
+
+The problem is that in many cases Gnuplot.py sends data to gnuplot via
+a temporary file.  But Gnuplot.py has no way of knowing when it is
+safe to delete the temporary file.  So it deletes it when the
+corresponding PlotItem object is deleted, which is typically when the
+next Gnuplot.plot() command is executed or when the python script
+ends.  (Until you plot something else, the Gnuplot object keeps a
+reference to all of the old plot items to prevent their being garbage
+collected.)
+
+To prevent this problem, there are several possibilities:
+
+1. Switch to Unix.  On that platform, Gnuplot.py now uses FIFOs (named
+   pipes) by default to send data to gnuplot.  This seems to provide a
+   robust and somewhat elegant solution to this problem.
+
+2. Use "inline data" instead of temporary files to communicate with
+   gnuplot.  This is already available in gnuplot for most plotting
+   modes if you specify the "inline=1" option to the constructor of
+   the Data object, or if you set GnuplotOpts.prefer_inline_data=1.
+   Since inline data doesn't involve temporary files, the problem goes
+   away.
+
+3. Introduce a delay between the time you plot and the time you allow
+   the Data object to be deleted.  You could just use time.sleep(), or
+   if you are producing a graphics file you might watch for the
+   creation of the output file and at that point assume that gnuplot
+   is done with the temporary file.  One idea is to explicitly create
+   a PlotItem to represent the data, and keep a reference to the
+   PlotItem for some time after the plot() command is executed; e.g.,
+
+       data = Gnuplot.Data([[0,1.1], [1,5.8], [2,3.3], [3,4.2]])
+       g.plot(data)
+       # ... do something guaranteed to last a couple seconds
+       del data # temporary file is deleted at this moment
+
+4. Change Gnuplot.py itself to implement two-way communication between
+   gnuplot and Gnuplot.py.  Then, for example, Gnuplot.py could delete
+   temporary files when the next gnuplot prompt appears.  This would
+   be a lot of work but it would allow other new features such as
+   detecting gnuplot errors, reading gnuplot fit command output back
+   to python, etc.
+
+======================================================================
+
+Q2:
+
+Does Gnuplot.py work under Jython/Java?
+
+A2:
+
+Partly.  Version 1.7 added the low-level interface gp_java.py for
+communicating with gnuplot using the Java libraries, and that part
+seems to work.
+
+However, Gnuplot.py relies on the Python Numeric library, which is a C
+library.  The Jython equivalent, called JNumeric
+<http://jnumerical.sourceforge.net/>, therefore has to be installed.
+However, JNumeric is still at beta level, and operation under Jython
+hasn't been tested much at all, so feedback is welcome!
+
+======================================================================
+
+Q3:
+
+[from Tate Wilson]
+
+I am trying to set up your gnuplot/python package on my mac (osX).
+The readme file says I need to convert the files to mac text files.
+The coverter I usually use, maclink, won't handle these files.  Can
+you give me a hint how to convert the files or where to look for help?
+
+A3:
+
+I don't know.  But the same user later reported what worked for him:
+
+I did have to convert the files.  It may not be true for all mac
+Python users, but I suspect it is.  I'm using a graphical Python
+development environment called "Python IDE for mac" which may have its
+own pickiness, but still, it wouldn't even recognize the files in your
+package as being the type it could open.  I tried a few different file
+converters with no luck.  Then I just opened all the files with
+BBedit, changed something so I would be prompted to save it on closing
+(like add and remove a letter), and closed BBedit.  Then all the files
+were 'mac' files and the Python interpreter recognised them.
+
+======================================================================
+
+Q4:
+
+I am using Windows and I get an error like
+
+> Traceback (most recent call last):
+> [...]
+>   File "C:\Python23\Lib\site-packages\Gnuplot\gp_win32.py",
+> line 125, in __call__
+>     self.write(s + '\n')
+> IOError: [Errno 22] Invalid argument
+
+What is the problem?
+
+A4:
+
+This is apparently the error that results when Gnuplot.py cannot start
+the pgnuplot.exe executable under Windows.  It could be that gnuplot
+(the plotting program, as opposed to Gnuplot.py) is not installed, or
+that it is not in your PATH.  If your pgnuplot.exe executable is named
+differently, or you do not want to add its directory to your PATH, you
+can change gnuplot_command in gp_win32.py to indicate the precise path
+to the executable.
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/LICENSE.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/LICENSE.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b1e3f5a
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,504 @@
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+                      Version 2.1, February 1999
+
+ Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc.
+     59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+ Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
+ of this license document, but changing it is not allowed.
+
+[This is the first released version of the Lesser GPL.  It also counts
+ as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
+ the version number 2.1.]
+
+                           Preamble
+
+  The licenses for most software are designed to take away your
+freedom to share and change it.  By contrast, the GNU General Public
+Licenses are intended to guarantee your freedom to share and change
+free software--to make sure the software is free for all its users.
+
+  This license, the Lesser General Public License, applies to some
+specially designated software packages--typically libraries--of the
+Free Software Foundation and other authors who decide to use it.  You
+can use it too, but we suggest you first think carefully about whether
+this license or the ordinary General Public License is the better
+strategy to use in any particular case, based on the explanations below.
+
+  When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
+not price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that
+you have the freedom to distribute copies of free software (and charge
+for this service if you wish); that you receive source code or can get
+it if you want it; that you can change the software and use pieces of
+it in new free programs; and that you are informed that you can do
+these things.
+
+  To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
+distributors to deny you these rights or to ask you to surrender these
+rights.  These restrictions translate to certain responsibilities for
+you if you distribute copies of the library or if you modify it.
+
+  For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
+or for a fee, you must give the recipients all the rights that we gave
+you.  You must make sure that they, too, receive or can get the source
+code.  If you link other code with the library, you must provide
+complete object files to the recipients, so that they can relink them
+with the library after making changes to the library and recompiling
+it.  And you must show them these terms so they know their rights.
+
+  We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright the
+library, and (2) we offer you this license, which gives you legal
+permission to copy, distribute and/or modify the library.
+
+  To protect each distributor, we want to make it very clear that
+there is no warranty for the free library.  Also, if the library is
+modified by someone else and passed on, the recipients should know
+that what they have is not the original version, so that the original
+author's reputation will not be affected by problems that might be
+introduced by others.
+\f
+  Finally, software patents pose a constant threat to the existence of
+any free program.  We wish to make sure that a company cannot
+effectively restrict the users of a free program by obtaining a
+restrictive license from a patent holder.  Therefore, we insist that
+any patent license obtained for a version of the library must be
+consistent with the full freedom of use specified in this license.
+
+  Most GNU software, including some libraries, is covered by the
+ordinary GNU General Public License.  This license, the GNU Lesser
+General Public License, applies to certain designated libraries, and
+is quite different from the ordinary General Public License.  We use
+this license for certain libraries in order to permit linking those
+libraries into non-free programs.
+
+  When a program is linked with a library, whether statically or using
+a shared library, the combination of the two is legally speaking a
+combined work, a derivative of the original library.  The ordinary
+General Public License therefore permits such linking only if the
+entire combination fits its criteria of freedom.  The Lesser General
+Public License permits more lax criteria for linking other code with
+the library.
+
+  We call this license the "Lesser" General Public License because it
+does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
+Public License.  It also provides other free software developers Less
+of an advantage over competing non-free programs.  These disadvantages
+are the reason we use the ordinary General Public License for many
+libraries.  However, the Lesser license provides advantages in certain
+special circumstances.
+
+  For example, on rare occasions, there may be a special need to
+encourage the widest possible use of a certain library, so that it becomes
+a de-facto standard.  To achieve this, non-free programs must be
+allowed to use the library.  A more frequent case is that a free
+library does the same job as widely used non-free libraries.  In this
+case, there is little to gain by limiting the free library to free
+software only, so we use the Lesser General Public License.
+
+  In other cases, permission to use a particular library in non-free
+programs enables a greater number of people to use a large body of
+free software.  For example, permission to use the GNU C Library in
+non-free programs enables many more people to use the whole GNU
+operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
+system.
+
+  Although the Lesser General Public License is Less protective of the
+users' freedom, it does ensure that the user of a program that is
+linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
+that program using a modified version of the Library.
+
+  The precise terms and conditions for copying, distribution and
+modification follow.  Pay close attention to the difference between a
+"work based on the library" and a "work that uses the library".  The
+former contains code derived from the library, whereas the latter must
+be combined with the library in order to run.
+\f
+                 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
+   TERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
+
+  0. This License Agreement applies to any software library or other
+program which contains a notice placed by the copyright holder or
+other authorized party saying it may be distributed under the terms of
+this Lesser General Public License (also called "this License").
+Each licensee is addressed as "you".
+
+  A "library" means a collection of software functions and/or data
+prepared so as to be conveniently linked with application programs
+(which use some of those functions and data) to form executables.
+
+  The "Library", below, refers to any such software library or work
+which has been distributed under these terms.  A "work based on the
+Library" means either the Library or any derivative work under
+copyright law: that is to say, a work containing the Library or a
+portion of it, either verbatim or with modifications and/or translated
+straightforwardly into another language.  (Hereinafter, translation is
+included without limitation in the term "modification".)
+
+  "Source code" for a work means the preferred form of the work for
+making modifications to it.  For a library, complete source code means
+all the source code for all modules it contains, plus any associated
+interface definition files, plus the scripts used to control compilation
+and installation of the library.
+
+  Activities other than copying, distribution and modification are not
+covered by this License; they are outside its scope.  The act of
+running a program using the Library is not restricted, and output from
+such a program is covered only if its contents constitute a work based
+on the Library (independent of the use of the Library in a tool for
+writing it).  Whether that is true depends on what the Library does
+and what the program that uses the Library does.
+  
+  1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
+complete source code as you receive it, in any medium, provided that
+you conspicuously and appropriately publish on each copy an
+appropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
+all the notices that refer to this License and to the absence of any
+warranty; and distribute a copy of this License along with the
+Library.
+
+  You may charge a fee for the physical act of transferring a copy,
+and you may at your option offer warranty protection in exchange for a
+fee.
+\f
+  2. You may modify your copy or copies of the Library or any portion
+of it, thus forming a work based on the Library, and copy and
+distribute such modifications or work under the terms of Section 1
+above, provided that you also meet all of these conditions:
+
+    a) The modified work must itself be a software library.
+
+    b) You must cause the files modified to carry prominent notices
+    stating that you changed the files and the date of any change.
+
+    c) You must cause the whole of the work to be licensed at no
+    charge to all third parties under the terms of this License.
+
+    d) If a facility in the modified Library refers to a function or a
+    table of data to be supplied by an application program that uses
+    the facility, other than as an argument passed when the facility
+    is invoked, then you must make a good faith effort to ensure that,
+    in the event an application does not supply such function or
+    table, the facility still operates, and performs whatever part of
+    its purpose remains meaningful.
+
+    (For example, a function in a library to compute square roots has
+    a purpose that is entirely well-defined independent of the
+    application.  Therefore, Subsection 2d requires that any
+    application-supplied function or table used by this function must
+    be optional: if the application does not supply it, the square
+    root function must still compute square roots.)
+
+These requirements apply to the modified work as a whole.  If
+identifiable sections of that work are not derived from the Library,
+and can be reasonably considered independent and separate works in
+themselves, then this License, and its terms, do not apply to those
+sections when you distribute them as separate works.  But when you
+distribute the same sections as part of a whole which is a work based
+on the Library, the distribution of the whole must be on the terms of
+this License, whose permissions for other licensees extend to the
+entire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
+it.
+
+Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
+your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
+exercise the right to control the distribution of derivative or
+collective works based on the Library.
+
+In addition, mere aggregation of another work not based on the Library
+with the Library (or with a work based on the Library) on a volume of
+a storage or distribution medium does not bring the other work under
+the scope of this License.
+
+  3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
+License instead of this License to a given copy of the Library.  To do
+this, you must alter all the notices that refer to this License, so
+that they refer to the ordinary GNU General Public License, version 2,
+instead of to this License.  (If a newer version than version 2 of the
+ordinary GNU General Public License has appeared, then you can specify
+that version instead if you wish.)  Do not make any other change in
+these notices.
+\f
+  Once this change is made in a given copy, it is irreversible for
+that copy, so the ordinary GNU General Public License applies to all
+subsequent copies and derivative works made from that copy.
+
+  This option is useful when you wish to copy part of the code of
+the Library into a program that is not a library.
+
+  4. You may copy and distribute the Library (or a portion or
+derivative of it, under Section 2) in object code or executable form
+under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
+it with the complete corresponding machine-readable source code, which
+must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 above on a
+medium customarily used for software interchange.
+
+  If distribution of object code is made by offering access to copy
+from a designated place, then offering equivalent access to copy the
+source code from the same place satisfies the requirement to
+distribute the source code, even though third parties are not
+compelled to copy the source along with the object code.
+
+  5. A program that contains no derivative of any portion of the
+Library, but is designed to work with the Library by being compiled or
+linked with it, is called a "work that uses the Library".  Such a
+work, in isolation, is not a derivative work of the Library, and
+therefore falls outside the scope of this License.
+
+  However, linking a "work that uses the Library" with the Library
+creates an executable that is a derivative of the Library (because it
+contains portions of the Library), rather than a "work that uses the
+library".  The executable is therefore covered by this License.
+Section 6 states terms for distribution of such executables.
+
+  When a "work that uses the Library" uses material from a header file
+that is part of the Library, the object code for the work may be a
+derivative work of the Library even though the source code is not.
+Whether this is true is especially significant if the work can be
+linked without the Library, or if the work is itself a library.  The
+threshold for this to be true is not precisely defined by law.
+
+  If such an object file uses only numerical parameters, data
+structure layouts and accessors, and small macros and small inline
+functions (ten lines or less in length), then the use of the object
+file is unrestricted, regardless of whether it is legally a derivative
+work.  (Executables containing this object code plus portions of the
+Library will still fall under Section 6.)
+
+  Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
+distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
+Any executables containing that work also fall under Section 6,
+whether or not they are linked directly with the Library itself.
+\f
+  6. As an exception to the Sections above, you may also combine or
+link a "work that uses the Library" with the Library to produce a
+work containing portions of the Library, and distribute that work
+under terms of your choice, provided that the terms permit
+modification of the work for the customer's own use and reverse
+engineering for debugging such modifications.
+
+  You must give prominent notice with each copy of the work that the
+Library is used in it and that the Library and its use are covered by
+this License.  You must supply a copy of this License.  If the work
+during execution displays copyright notices, you must include the
+copyright notice for the Library among them, as well as a reference
+directing the user to the copy of this License.  Also, you must do one
+of these things:
+
+    a) Accompany the work with the complete corresponding
+    machine-readable source code for the Library including whatever
+    changes were used in the work (which must be distributed under
+    Sections 1 and 2 above); and, if the work is an executable linked
+    with the Library, with the complete machine-readable "work that
+    uses the Library", as object code and/or source code, so that the
+    user can modify the Library and then relink to produce a modified
+    executable containing the modified Library.  (It is understood
+    that the user who changes the contents of definitions files in the
+    Library will not necessarily be able to recompile the application
+    to use the modified definitions.)
+
+    b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
+    Library.  A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a
+    copy of the library already present on the user's computer system,
+    rather than copying library functions into the executable, and (2)
+    will operate properly with a modified version of the library, if
+    the user installs one, as long as the modified version is
+    interface-compatible with the version that the work was made with.
+
+    c) Accompany the work with a written offer, valid for at
+    least three years, to give the same user the materials
+    specified in Subsection 6a, above, for a charge no more
+    than the cost of performing this distribution.
+
+    d) If distribution of the work is made by offering access to copy
+    from a designated place, offer equivalent access to copy the above
+    specified materials from the same place.
+
+    e) Verify that the user has already received a copy of these
+    materials or that you have already sent this user a copy.
+
+  For an executable, the required form of the "work that uses the
+Library" must include any data and utility programs needed for
+reproducing the executable from it.  However, as a special exception,
+the materials to be distributed need not include anything that is
+normally distributed (in either source or binary form) with the major
+components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
+which the executable runs, unless that component itself accompanies
+the executable.
+
+  It may happen that this requirement contradicts the license
+restrictions of other proprietary libraries that do not normally
+accompany the operating system.  Such a contradiction means you cannot
+use both them and the Library together in an executable that you
+distribute.
+\f
+  7. You may place library facilities that are a work based on the
+Library side-by-side in a single library together with other library
+facilities not covered by this License, and distribute such a combined
+library, provided that the separate distribution of the work based on
+the Library and of the other library facilities is otherwise
+permitted, and provided that you do these two things:
+
+    a) Accompany the combined library with a copy of the same work
+    based on the Library, uncombined with any other library
+    facilities.  This must be distributed under the terms of the
+    Sections above.
+
+    b) Give prominent notice with the combined library of the fact
+    that part of it is a work based on the Library, and explaining
+    where to find the accompanying uncombined form of the same work.
+
+  8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute
+the Library except as expressly provided under this License.  Any
+attempt otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or
+distribute the Library is void, and will automatically terminate your
+rights under this License.  However, parties who have received copies,
+or rights, from you under this License will not have their licenses
+terminated so long as such parties remain in full compliance.
+
+  9. You are not required to accept this License, since you have not
+signed it.  However, nothing else grants you permission to modify or
+distribute the Library or its derivative works.  These actions are
+prohibited by law if you do not accept this License.  Therefore, by
+modifying or distributing the Library (or any work based on the
+Library), you indicate your acceptance of this License to do so, and
+all its terms and conditions for copying, distributing or modifying
+the Library or works based on it.
+
+  10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
+Library), the recipient automatically receives a license from the
+original licensor to copy, distribute, link with or modify the Library
+subject to these terms and conditions.  You may not impose any further
+restrictions on the recipients' exercise of the rights granted herein.
+You are not responsible for enforcing compliance by third parties with
+this License.
+\f
+  11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
+infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
+conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
+otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
+excuse you from the conditions of this License.  If you cannot
+distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under this
+License and any other pertinent obligations, then as a consequence you
+may not distribute the Library at all.  For example, if a patent
+license would not permit royalty-free redistribution of the Library by
+all those who receive copies directly or indirectly through you, then
+the only way you could satisfy both it and this License would be to
+refrain entirely from distribution of the Library.
+
+If any portion of this section is held invalid or unenforceable under any
+particular circumstance, the balance of the section is intended to apply,
+and the section as a whole is intended to apply in other circumstances.
+
+It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
+patents or other property right claims or to contest validity of any
+such claims; this section has the sole purpose of protecting the
+integrity of the free software distribution system which is
+implemented by public license practices.  Many people have made
+generous contributions to the wide range of software distributed
+through that system in reliance on consistent application of that
+system; it is up to the author/donor to decide if he or she is willing
+to distribute software through any other system and a licensee cannot
+impose that choice.
+
+This section is intended to make thoroughly clear what is believed to
+be a consequence of the rest of this License.
+
+  12. If the distribution and/or use of the Library is restricted in
+certain countries either by patents or by copyrighted interfaces, the
+original copyright holder who places the Library under this License may add
+an explicit geographical distribution limitation excluding those countries,
+so that distribution is permitted only in or among countries not thus
+excluded.  In such case, this License incorporates the limitation as if
+written in the body of this License.
+
+  13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
+versions of the Lesser General Public License from time to time.
+Such new versions will be similar in spirit to the present version,
+but may differ in detail to address new problems or concerns.
+
+Each version is given a distinguishing version number.  If the Library
+specifies a version number of this License which applies to it and
+"any later version", you have the option of following the terms and
+conditions either of that version or of any later version published by
+the Free Software Foundation.  If the Library does not specify a
+license version number, you may choose any version ever published by
+the Free Software Foundation.
+\f
+  14. If you wish to incorporate parts of the Library into other free
+programs whose distribution conditions are incompatible with these,
+write to the author to ask for permission.  For software which is
+copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
+Software Foundation; we sometimes make exceptions for this.  Our
+decision will be guided by the two goals of preserving the free status
+of all derivatives of our free software and of promoting the sharing
+and reuse of software generally.
+
+                           NO WARRANTY
+
+  15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
+WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
+EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
+OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
+KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
+PURPOSE.  THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
+LIBRARY IS WITH YOU.  SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
+THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
+
+  16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN
+WRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
+AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU
+FOR DAMAGES, INCLUDING ANY GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR
+CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
+LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
+RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
+FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER SOFTWARE), EVEN IF
+SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
+DAMAGES.
+
+                    END OF TERMS AND CONDITIONS
+\f
+           How to Apply These Terms to Your New Libraries
+
+  If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
+possible use to the public, we recommend making it free software that
+everyone can redistribute and change.  You can do so by permitting
+redistribution under these terms (or, alternatively, under the terms of the
+ordinary General Public License).
+
+  To apply these terms, attach the following notices to the library.  It is
+safest to attach them to the start of each source file to most effectively
+convey the exclusion of warranty; and each file should have at least the
+"copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
+
+    <one line to give the library's name and a brief idea of what it does.>
+    Copyright (C) <year>  <name of author>
+
+    This library is free software; you can redistribute it and/or
+    modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+    License as published by the Free Software Foundation; either
+    version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+    This library is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+    Lesser General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+    License along with this library; if not, write to the Free Software
+    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
+
+Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
+
+You should also get your employer (if you work as a programmer) or your
+school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the library, if
+necessary.  Here is a sample; alter the names:
+
+  Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in the
+  library `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random Hacker.
+
+  <signature of Ty Coon>, 1 April 1990
+  Ty Coon, President of Vice
+
+That's all there is to it!
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/NEWS.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/NEWS.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c864549
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,258 @@
+Id: NEWS.txt 302 2008-01-14 22:15:19Z bmcage
+
+This file describes the changes introduced in each version of the
+Gnuplot.py package.
+
+Version ?.?
+
+Version 1.8:
+
+* hardcopy allows for terminal='svg' (using a patch from Spyros Blanas)
+
+* Use with_ instead of with as that will be a python keyword in the
+  future.
+
+* Added an option "filename" to Data and GridData in PlotItems.py.
+  This allows saving the data to a permanent, rather than temporary,
+  file.  (Patch contributed by Matthew Fulmer.)
+
+* Added a 'pdf' terminal definition (using a patch from Jim Kleckner).
+
+* Added close() and __del__() methods to the Gnuplot class.  This
+  might help with some cases of premature temporary file deletion.
+  (Suggested by Jim Kleckner.)
+
+
+Version 1.7:
+
+* Relaxed license from GPL to LGPL.
+
+* Significant reorganization of PlotItem.py:
+
+  + Deleted the AnyFile classes from PlotItem: AnyFile, TempFile,
+    ArrayFile, and TempArrayFile.  Those classes weren't pulling their
+    weight.
+
+  + Added a new _FileItem class to represent all forms of data that
+    gnuplot treats as a file.
+
+  + Added a new _TempFileItem class to represent PlotItems that are
+    based on a temporary file.
+
+  + Added a new _InlineFileItem class to represent PlotItems whose
+    data is passed to gnuplot inline.
+
+  + Changed PlotItems.File() and PlotItems.Data from classes into
+    factory functions that produce instances of the classes mentioned
+    above.
+
+* Slightly changed the PlotItem interface to support the new derived
+  classes:
+
+  + Removed the basecommand argument to the constructor.  Instead
+    added a get_base_command_string() method to retrieve that string.
+    This function is not defined in PlotItem so it is added to the
+    derived classes.  (This function is used by _FIFOFileItem as the
+    hook where _FIFOWriters are created.
+
+  + Added a new get_command_option_string() method which abstracts out
+    the construction of the option part of the command() method.
+
+* Added support for sending data to gnuplot via FIFOs (named pipes)
+  via a new _FIFOFileItem class.  This mechanism removes the ambiguity
+  about when temporary files should be deleted, therefore making it
+  easier to use Gnuplot.py in script environments, etc.  This feature
+  is only implemented under *nix because Python doesn't implement the
+  required threading module and os.mkfifo() on other operating
+  systems.  Added two new configuration options, support_fifo and
+  prefer_fifo_data, to the gp_*.py files to switch the new feature on
+  and off.
+
+* Started adding support for running Gnuplot.py under Jython/Java.
+  Added gp_java.py, which is a functioning low-level interface to
+  gnuplot via java.lang.Process objects.  The rest might work, too, if
+  you have JNumeric <http://jnumerical.sourceforge.net/> installed.
+  (Gnuplot.py relies on the Numeric library; JNumeric is the Jython
+  equivalent.)  If I find the time I might try to produce a version
+  that doesn't require Numeric at all, under either Python or Jython.
+
+* Removed the oldplot.py module: (1) I doubt anybody is still using
+  it. (2) It seems to be broken anyway. (3) I don't have the energy to
+  fix or maintain it.  Let me know if I'm wrong about point 1.
+
+* Started a new FAQ.txt file and added an answer to the single most
+  frequently asked question.
+
+
+Version 1.6:
+
+* Introduced a general mechanism to make it easy to support multiple
+  gnuplot terminal types in the Gnuplot.hardcopy() function.  Added
+  definitions for 'postscript', 'png', 'fig', and 'cgm'.  Other
+  terminal types can now be added easily.
+
+* Changed names of Exceptions to be more consistent with other
+  modules: OptionException -> OptionError and DataException ->
+  DataError.  Moved both to Errors.py and derive both from
+  Errors.Error.
+
+* Incorporated several changes for Mac OS suggested by Jon Moody.
+
+* Added a gp_macosx.py file to support Mac OS X.  The only difference
+  between this and gp_unix.py is the default terminal selection.
+
+* Moved import statement in demo.py to global scope for Python 2.2.
+
+* Removed claims that demo.py can be run before installing Gnuplot.py.
+
+
+Version 1.5:
+
+* Broke up the module a bit for better maintainability.  The most
+  commonly-used facilities are still available through "import
+  Gnuplot", but a few more specialized things have been moved to
+  separate modules, in particular funcutils.py and PlotItems.py.
+  __init__.py now just imports things from other modules.
+
+* funcutils.tabulate_function() can be used to evaluate a function
+  on a 1-D or 2-D grid of points (this replaces grid_function,
+  which only worked with 2-D grids).
+
+* Added two helper functions, funcutils.compute_Data and
+  funcutils.compute_GridData, which compute a function's values on
+  a set of points and package the results into a PlotItem.
+
+* GridFunc is no longer an independent class; it is now a factory
+  function that returns a GridData.  GridFunc is deprecated in
+  favor of funcutils.compute_GridData.
+
+* Changed set_option to work from a table, so that it doesn't need to
+  be overloaded so often.
+
+* Made changes like those submitted by Matthew Martin
+  <r47854@email.sps.mot.com> to allow the `smooth' option.
+
+* Implemented test_persist for each platform to make it easier for
+  users to determine whether the `-persist' option is supported.
+
+* Added a prefer_persist option to serve as the default `persist'
+  choice.
+
+* Following a suggestion by Jannie Hofmeyr <jhsh@iafrica.com>, use
+  "from os import popen" for Python 2.0 under Windows.  I don't use
+  Windows, so let me know how this works.
+
+* Added a setup.py file so that Gnuplot.py can be installed using
+  Python distutils.
+
+* Added support for the `axes' parameter of the `plot' command.
+
+* Reworked the comment strings in an effort to make them work nicely
+  with happydoc.
+
+
+Version 1.4:
+
+* Added support for the Macintosh, thanks to help from Tony Ingraldi.
+
+* Split the platform-dependent code, including the configuration
+  options, into separate modules: gp.py, gp_mac.py, and gp_win32.py.
+  The GnuplotProcess class defined in those files is a lightweight
+  interface to the gnuplot program that could also conceivably be
+  useful to somebody.
+
+* Allow access to all of the postscript printer driver options through
+  the hardcopy() method.
+
+* Fixed an import problem in test.py.
+
+
+Version 1.3:
+
+* Converted to package format.  The main file is now called
+  __init__.py, so that it can be loaded by typing 'import Gnuplot'.
+
+* Passing GridData a callable function was basically broken because of
+  the kludgey way of overloading the argument.  Instead of trying to
+  fix it, I moved that functionality to a new type of PlotItem
+  called 'GridFunc'.
+
+* Added a new keyword argument, 'ufunc', to grid_function and to
+  GridFunc.  If that argument is nonzero, then the function is
+  evaluated matrix-wise (in that case it must be composed only of
+  ufunctions or ufunction-like routines).
+
+* Fixed a 'typecode' problem with grid_function (typecode is
+  apparently a positional, not a keyword, argument in the Numeric
+  library).
+
+* Separated the demonstration code into a separate file, demo.py, to
+  shorten __init__.py a bit.
+
+
+Version 1.2 (8 Aug 1999):
+
+* Support for MS Windows, using the `pgnuplot.exe' program.
+  Thanks go especially to Craig Schardt for help with this.
+
+* Support for using binary files to send grid data to splot.
+  This saves a lot of time and usually saves space compared with
+  the old text files.  (Only works with recent versions of
+  gnuplot.)
+
+* Support for sending data to gnuplot as `inline data' (i.e., "plot
+  '-'").  This method should be faster than the alternate method,
+  temporary files.  (Only works with recent versions of gnuplot.)
+
+* Allows PlotItem options to be modified after the PlotItem is
+  constructed.
+
+* Simplified the PlotItem inheritance hierarchy (Data and GridData are
+  no longer derived from File).
+
+* Added several configuration options (see top of Gnuplot.py).
+
+* Separated function-based interface into a separate file
+  (Gnuplot_plot.py).
+
+* Added a test module, Gnuplot_test.py, which tests most of the
+  features of Gnuplot.py.
+
+* A README file, lots of documentation changes, etc.
+
+
+Version 1.1a (9 Apr 1999):
+
+This version just addresses a couple of minor portability issues.
+
+
+Version 1.1 (31 Jan 1999):
+
+* 3-D plots are now supported through the new 'splot' method:
+  + To create a scatter plot, pass splot a 2-D array containing
+    (x,y,z) triplets;
+  + To create a grid plot, pass a 3-D array consisting of a 2-D array
+    of (x,y,z) triplets; or
+  + Use the new `GridData' PlotItem to plot gridded data (data
+    tabulated on a rectangular grid).
+
+* It is now easier to pass data to gnuplot.  The 'Data' PlotItem now
+  accepts multiple arguments representing subsequent 'columns' of the
+  dataset; e.g., what used to be written as
+
+      g = Gnuplot.Gnuplot()
+      x = numpy.arange(100)/10.0
+      y = x**2
+      # Create an array of (x,y) pairs:
+      g.plot(Gnuplot.Data(numpy.transpose((x, y))))
+
+  can now be shortened to
+
+      # Plot y vs. x directly:
+      g.plot(Gnuplot.Data(x, y))
+
+  (both examples plot x squared vs. x).  Similarly, splot can be
+  passed three arrays representing the values of x, y, and z.
+  Note that the old interpretation is still used if a single
+  argument is passed to `Data'.
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/PlotItems.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/PlotItems.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f6ef547
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,751 @@
+# Id: PlotItems.py 299 2007-03-30 12:52:17Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""PlotItems.py -- Objects that can be plotted by Gnuplot.
+
+This module contains several types of PlotItems.  PlotItems can be
+plotted by passing them to a Gnuplot.Gnuplot object.  You can derive
+your own classes from the PlotItem hierarchy to customize their
+behavior.
+
+"""
+
+import os, string, tempfile, types
+
+from io import StringIO
+
+import numpy
+
+import gp
+import Gnuplot.Errors as Errors
+import Gnuplot.utils as utils
+
+
+class _unset:
+    """Used to represent unset keyword arguments."""
+
+    pass
+
+
+class PlotItem:
+    """Plotitem represents an item that can be plotted by gnuplot.
+
+    For the finest control over the output, you can create 'PlotItems'
+    yourself with additional keyword options, or derive new classes
+    from 'PlotItem'.
+
+    The handling of options is complicated by the attempt to allow
+    options and their setting mechanism to be inherited conveniently.
+    Note first that there are some options that can only be set in the
+    constructor then never modified, and others that can be set in the
+    constructor and/or modified using the 'set_option()' member
+    function.  The former are always processed within '__init__'.  The
+    latter are always processed within 'set_option', which is called
+    by the constructor.
+
+    'set_option' is driven by a class-wide dictionary called
+    '_option_list', which is a mapping '{ <option> : <setter> }' from
+    option name to the function object used to set or change the
+    option.  <setter> is a function object that takes two parameters:
+    'self' (the 'PlotItem' instance) and the new value requested for
+    the option.  If <setter> is 'None', then the option is not allowed
+    to be changed after construction and an exception is raised.
+
+    Any 'PlotItem' that needs to add options can add to this
+    dictionary within its class definition.  Follow one of the
+    examples in this file.  Alternatively it could override the
+    'set_option' member function if it needs to do wilder things.
+
+    Members:
+
+      '_basecommand' -- a string holding the elementary argument that
+          must be passed to gnuplot's `plot' command for this item;
+          e.g., 'sin(x)' or '"filename.dat"'.
+
+      '_options' -- a dictionary of (<option>,<string>) tuples
+          corresponding to the plot options that have been set for
+          this instance of the PlotItem.  <option> is the option as
+          specified by the user; <string> is the string that needs to
+          be set in the command line to set that option (or None if no
+          string is needed).  Example::
+
+              {'title' : ('Data', 'title "Data"'),
+               'with' : ('linespoints', 'with linespoints')}
+
+    """
+
+    # For _option_list explanation, see docstring for PlotItem.
+    _option_list = {
+        'axes' : lambda self, axes: self.set_string_option(
+            'axes', axes, None, 'axes %s'),
+        'with' : lambda self, with_: self.set_string_option(
+            'with', with_, None, 'with %s'),
+        'title' : lambda self, title: self.set_string_option(
+            'title', title, 'notitle', 'title "%s"'),
+        }
+    _option_list['with_'] = _option_list['with']
+
+    # order in which options need to be passed to gnuplot:
+    _option_sequence = [
+        'binary',
+        'index', 'every', 'thru', 'using', 'smooth',
+        'axes', 'title', 'with'
+        ]
+
+    def __init__(self, **keyw):
+        """Construct a 'PlotItem'.
+
+        Keyword options:
+
+          'with_=<string>' -- choose how item will be plotted, e.g.,
+              with_='points 3 3'.
+
+          'title=<string>' -- set the title to be associated with the item
+              in the plot legend.
+
+          'title=None' -- choose 'notitle' option (omit item from legend).
+
+        Note that omitting the title option is different than setting
+        'title=None'; the former chooses gnuplot's default whereas the
+        latter chooses 'notitle'.
+
+        """
+
+        self._options = {}
+        self.set_option(**keyw)
+
+    def get_option(self, name):
+        """Return the setting of an option.  May be overridden."""
+
+        try:
+            return self._options[name][0]
+        except:
+            raise KeyError('option %s is not set!' % name)
+
+    def set_option(self, **keyw):
+        """Set or change a plot option for this PlotItem.
+
+        See documentation for '__init__' for information about allowed
+        options.  This function can be overridden by derived classes
+        to allow additional options, in which case those options will
+        also be allowed by '__init__' for the derived class.  However,
+        it is easier to define a new '_option_list' variable for the
+        derived class.
+
+        """
+
+        for (option, value) in keyw.items():
+            try:
+                setter = self._option_list[option]
+            except KeyError:
+                raise Errors.OptionError('%s=%s' % (option,value))
+            if setter is None:
+                raise Errors.OptionError(
+                    'Cannot modify %s option after construction!', option)
+            else:
+                setter(self, value)
+
+    def set_string_option(self, option, value, default, fmt):
+        """Set an option that takes a string value."""
+
+        if value is None:
+            self._options[option] = (value, default)
+        elif type(value) is str:
+            self._options[option] = (value, fmt % value)
+        else:
+            Errors.OptionError('%s=%s' % (option, value,))
+
+    def clear_option(self, name):
+        """Clear (unset) a plot option.  No error if option was not set."""
+
+        try:
+            del self._options[name]
+        except KeyError:
+            pass
+
+    def get_base_command_string(self):
+        raise NotImplementedError()
+
+    def get_command_option_string(self):
+        cmd = []
+        for opt in self._option_sequence:
+            (val,str) = self._options.get(opt, (None,None))
+            if str is not None:
+                cmd.append(str)
+        return " ".join(cmd)
+
+    def command(self):
+        """Build the plot command to be sent to gnuplot.
+
+        Build and return the plot command, with options, necessary to
+        display this item.  If anything else needs to be done once per
+        plot, it can be done here too.
+
+        """
+
+        return " ".join([
+            self.get_base_command_string(),
+            self.get_command_option_string(),
+            ])
+
+    def pipein(self, f):
+        """Pipe necessary inline data to gnuplot.
+
+        If the plot command requires data to be put on stdin (i.e.,
+        'plot "-"'), this method should put that data there.  Can be
+        overridden in derived classes.
+
+        """
+
+        pass
+
+
+class Func(PlotItem):
+    """Represents a mathematical expression to plot.
+
+    Func represents a mathematical expression that is to be computed by
+    gnuplot itself, as if you would type for example::
+
+        gnuplot> plot sin(x)
+
+    into gnuplot itself.  The argument to the contructor is a string
+    that should be a mathematical expression.  Example::
+
+        g.plot(Func('sin(x)', with_='line 3'))
+
+    As shorthand, a string passed to the plot method of a Gnuplot
+    object is also treated as a Func::
+
+        g.plot('sin(x)')
+
+    """
+
+    def __init__(self, function, **keyw):
+        PlotItem.__init__(self, **keyw)
+        self.function = function
+
+    def get_base_command_string(self):
+        return self.function
+
+
+class _FileItem(PlotItem):
+    """A PlotItem representing a file that contains gnuplot data.
+
+    This class is not meant for users but rather as a base class for
+    other types of FileItem.
+
+    """
+
+    _option_list = PlotItem._option_list.copy()
+    _option_list.update({
+        'binary' : lambda self, binary: self.set_option_binary(binary),
+        'index' : lambda self, value: self.set_option_colonsep('index', value),
+        'every' : lambda self, value: self.set_option_colonsep('every', value),
+        'using' : lambda self, value: self.set_option_colonsep('using', value),
+        'smooth' : lambda self, smooth: self.set_string_option(
+            'smooth', smooth, None, 'smooth %s'
+            ),
+        })
+
+    def __init__(self, filename, **keyw):
+        """Represent a PlotItem that gnuplot treates as a file.
+
+        This class holds the information that is needed to construct
+        the plot command line, including options that are specific to
+        file-like gnuplot input.
+
+        <filename> is a string representing the filename to be passed
+        to gnuplot within quotes.  It may be the name of an existing
+        file, '-' for inline data, or the name of a named pipe.
+
+        Keyword arguments:
+
+            'using=<int>' -- plot that column against line number
+
+            'using=<tuple>' -- plot using a:b:c:d etc.  Elements in
+                the tuple that are None are output as the empty
+                string.
+
+            'using=<string>' -- plot `using <string>' (allows gnuplot's
+                arbitrary column arithmetic)
+
+            'every=<value>' -- plot 'every <value>'.  <value> is
+                formatted as for 'using' option.
+
+            'index=<value>' -- plot 'index <value>'.  <value> is
+                formatted as for 'using' option.
+
+            'binary=<boolean>' -- data in the file is in binary format
+                (this option is only allowed for grid data for splot).
+
+            'smooth=<string>' -- smooth the data.  Option should be
+                'unique', 'csplines', 'acsplines', 'bezier', or
+                'sbezier'.
+
+        The keyword arguments recognized by 'PlotItem' can also be
+        used here.
+
+        Note that the 'using' option is interpreted by gnuplot, so
+        columns must be numbered starting with 1.
+
+        By default, gnuplot uses the name of the file plus any 'using'
+        option as the dataset title.  If you want another title, set
+        it explicitly using the 'title' option.
+
+        """
+
+        self.filename = filename
+
+        PlotItem.__init__(self, **keyw)
+
+    def get_base_command_string(self):
+        return gp.double_quote_string(self.filename)
+
+    def set_option_colonsep(self, name, value):
+        if value is None:
+            self.clear_option(name)
+        elif type(value) in [str, int]:
+            self._options[name] = (value, '%s %s' % (name, value,))
+        elif type(value) is tuple:
+            subopts = []
+            for subopt in value:
+                if subopt is None:
+                    subopts.append('')
+                else:
+                    subopts.append(str(subopt))
+            self._options[name] = (
+                value,
+                '%s %s' % (name, ":".join(subopts),),
+                )
+        else:
+            raise Errors.OptionError('%s=%s' % (name, value,))
+
+    def set_option_binary(self, binary):
+        if binary:
+            if not gp.GnuplotOpts.recognizes_binary_splot:
+                raise Errors.OptionError(
+                    'Gnuplot.py is currently configured to reject binary data')
+            self._options['binary'] = (1, 'binary')
+        else:
+            self._options['binary'] = (0, None)
+
+
+class _NewFileItem(_FileItem):
+    def __init__(self, content, filename=None, **keyw):
+
+        binary = keyw.get('binary', 0)
+        if binary:
+            mode = 'wb'
+        else:
+            mode = 'w'
+
+        if filename:
+            # This is a permanent file
+            self.temp = False
+            f = open(filename, mode)
+        else:
+            self.temp = True
+            if hasattr(tempfile, 'mkstemp'):
+                # Use the new secure method of creating temporary files:
+                (fd, filename,) = tempfile.mkstemp(
+                    suffix='.gnuplot', text=(not binary)
+                    )
+                f = os.fdopen(fd, mode)
+            else:
+                # for backwards compatibility to pre-2.3:
+                filename = tempfile.mktemp()
+                f = open(filename, mode)
+
+        f.write(content)
+        f.close()
+
+        # If the user hasn't specified a title, set it to None so
+        # that the name of the temporary file is not used:
+        if self.temp and 'title' not in keyw:
+            keyw['title'] = None
+
+        _FileItem.__init__(self, filename, **keyw)
+
+    def __del__(self):
+        if self.temp:
+            os.unlink(self.filename)
+
+
+class _InlineFileItem(_FileItem):
+    """A _FileItem that actually indicates inline data.
+
+    """
+
+    def __init__(self, content, **keyw):
+        # If the user hasn't specified a title, set it to None so that
+        # '-' is not used:
+        if 'title' not in keyw:
+            keyw['title'] = None
+
+        if keyw.get('binary', 0):
+            raise Errors.OptionError('binary inline data is not supported')
+
+        _FileItem.__init__(self, '-', **keyw)
+
+        if content[-1] == '\n':
+            self.content = content
+        else:
+            self.content = content + '\n'
+
+    def pipein(self, f):
+        f.write(self.content + 'e\n')
+
+
+if gp.GnuplotOpts.support_fifo:
+    import threading
+
+    class _FIFOWriter(threading.Thread):
+        """Create a FIFO (named pipe), write to it, then delete it.
+
+        The writing takes place in a separate thread so that the main
+        thread is not blocked.  The idea is that once the writing is
+        finished we know that gnuplot is done with the data that were in
+        the file so we can delete the file.  This technique removes the
+        ambiguity about when the temporary files should be deleted.
+
+        Since the tempfile module does not provide an easy, secure way
+        to create a FIFO without race conditions, we instead create a
+        temporary directory using mkdtemp() then create the FIFO
+        within that directory.  When the writer thread has written the
+        full information to the FIFO, it deletes both the FIFO and the
+        temporary directory that contained it.
+
+        """
+
+        def __init__(self, content, mode='w'):
+            self.content = content
+            self.mode = mode
+            if hasattr(tempfile, 'mkdtemp'):
+                # Make the file within a temporary directory that is
+                # created securely:
+                self.dirname = tempfile.mkdtemp(suffix='.gnuplot')
+                self.filename = os.path.join(self.dirname, 'fifo')
+            else:
+                # For backwards compatibility pre-2.3, just use
+                # mktemp() to create filename:
+                self.dirname = None
+                self.filename = tempfile.mktemp()
+            threading.Thread.__init__(
+                self,
+                name=('FIFO Writer for %s' % (self.filename,)),
+                )
+            os.mkfifo(self.filename)
+            self.start()
+
+        def run(self):
+            f = open(self.filename, self.mode)
+            f.write(self.content)
+            f.close()
+            os.unlink(self.filename)
+            if self.dirname is not None:
+                os.rmdir(self.dirname)
+
+
+    class _FIFOFileItem(_FileItem):
+        """A _FileItem based on a FIFO (named pipe).
+
+        This class depends on the availablity of os.mkfifo(), which only
+        exists under Unix.
+
+        """
+
+        def __init__(self, content, **keyw):
+            # If the user hasn't specified a title, set it to None so that
+            # the name of the temporary FIFO is not used:
+            if 'title' not in keyw:
+                keyw['title'] = None
+
+            _FileItem.__init__(self, '', **keyw)
+            self.content = content
+            if keyw.get('binary', 0):
+                self.mode = 'wb'
+            else:
+                self.mode = 'w'
+
+        def get_base_command_string(self):
+            """Create the gnuplot command for plotting this item.
+
+            The basecommand is different each time because each FIFOWriter
+            creates a new FIFO.
+
+            """
+
+            # Create a new FIFO and a thread to write to it.  Retrieve the
+            # filename of the FIFO to be used in the basecommand.
+            fifo = _FIFOWriter(self.content, self.mode)
+            return gp.double_quote_string(fifo.filename)
+
+
+def File(filename, **keyw):
+    """Construct a _FileItem object referring to an existing file.
+
+    This is a convenience function that just returns a _FileItem that
+    wraps the filename.
+
+    <filename> is a string holding the filename of an existing file.
+    The keyword arguments are the same as those of the _FileItem
+    constructor.
+
+    """
+
+    if type(filename) is not str:
+        raise Errors.OptionError(
+            'Argument (%s) must be a filename' % (filename,)
+            )
+    return _FileItem(filename, **keyw)
+
+
+def Data(*data, **keyw):
+    """Create and return a _FileItem representing the data from *data.
+
+    Create a '_FileItem' object (which is a type of 'PlotItem') out of
+    one or more Float Python numpy arrays (or objects that can be
+    converted to a float numpy array).  If the routine is passed a
+    single with multiple dimensions, then the last index ranges over
+    the values comprising a single data point (e.g., [<x>, <y>,
+    <sigma>]) and the rest of the indices select the data point.  If
+    passed a single array with 1 dimension, then each point is
+    considered to have only one value (i.e., by default the values
+    will be plotted against their indices).  If the routine is passed
+    more than one array, they must have identical shapes, and then
+    each data point is composed of one point from each array.  E.g.,
+    'Data(x,x**2)' is a 'PlotItem' that represents x squared as a
+    function of x.  For the output format, see the comments for
+    'write_array()'.
+
+    How the data are written to gnuplot depends on the 'inline'
+    argument and preference settings for the platform in use.
+
+    Keyword arguments:
+
+        'cols=<tuple>' -- write only the specified columns from each
+            data point to the file.  Since cols is used by python, the
+            columns should be numbered in the python style (starting
+            from 0), not the gnuplot style (starting from 1).
+
+        'inline=<bool>' -- transmit the data to gnuplot 'inline'
+            rather than through a temporary file.  The default is the
+            value of gp.GnuplotOpts.prefer_inline_data.
+
+        'filename=<string>' -- save data to a permanent file.
+
+    The keyword arguments recognized by '_FileItem' can also be used
+    here.
+
+    """
+
+    if len(data) == 1:
+        # data was passed as a single structure
+        data = utils.float_array(data[0])
+
+        # As a special case, if passed a single 1-D array, then it is
+        # treated as one value per point (by default, plotted against
+        # its index):
+        if len(data.shape) == 1:
+            data = data[:,numpy.newaxis]
+    else:
+        # data was passed column by column (for example,
+        # Data(x,y)); pack it into one big array (this will test
+        # that sizes are all the same):
+        data = utils.float_array(data)
+        dims = len(data.shape)
+        # transpose so that the last index selects x vs. y:
+        data = numpy.transpose(data, (dims-1,) + tuple(range(dims-1)))
+    if 'cols' in keyw:
+        cols = keyw['cols']
+        del keyw['cols']
+        if isinstance(cols, int):
+            cols = (cols,)
+        data = numpy.take(data, cols, -1)
+
+    if 'filename' in keyw:
+        filename = keyw['filename'] or None
+        del keyw['filename']
+    else:
+        filename = None
+
+    if 'inline' in keyw:
+        inline = keyw['inline']
+        del keyw['inline']
+        if inline and filename:
+            raise Errors.OptionError(
+                'cannot pass data both inline and via a file'
+                )
+    else:
+        inline = (not filename) and gp.GnuplotOpts.prefer_inline_data
+
+    # Output the content into a string:
+    f = StringIO()
+    utils.write_array(f, data)
+    content = f.getvalue()
+    if inline:
+        return _InlineFileItem(content, **keyw)
+    elif filename:
+        return _NewFileItem(content, filename=filename, **keyw)
+    elif gp.GnuplotOpts.prefer_fifo_data:
+        return _FIFOFileItem(content, **keyw)
+    else:
+        return _NewFileItem(content, **keyw)
+
+
+def GridData(
+    data, xvals=None, yvals=None, inline=_unset, filename=None, **keyw
+    ):
+    """Return a _FileItem representing a function of two variables.
+
+    'GridData' represents a function that has been tabulated on a
+    rectangular grid.  The data are written to a file; no copy is kept
+    in memory.
+
+    Arguments:
+
+        'data' -- the data to plot: a 2-d array with dimensions
+            (numx,numy).
+
+        'xvals' -- a 1-d array with dimension 'numx'
+
+        'yvals' -- a 1-d array with dimension 'numy'
+
+        'binary=<bool>' -- send data to gnuplot in binary format?
+
+        'inline=<bool>' -- send data to gnuplot "inline"?
+
+        'filename=<string>' -- save data to a permanent file.
+
+    Note the unusual argument order!  The data are specified *before*
+    the x and y values.  (This inconsistency was probably a mistake;
+    after all, the default xvals and yvals are not very useful.)
+
+    'data' must be a data array holding the values of a function
+    f(x,y) tabulated on a grid of points, such that 'data[i,j] ==
+    f(xvals[i], yvals[j])'.  If 'xvals' and/or 'yvals' are omitted,
+    integers (starting with 0) are used for that coordinate.  The data
+    are written to a temporary file; no copy of the data is kept in
+    memory.
+
+    If 'binary=0' then the data are written to a datafile as 'x y
+    f(x,y)' triplets (y changes most rapidly) that can be used by
+    gnuplot's 'splot' command.  Blank lines are included each time the
+    value of x changes so that gnuplot knows to plot a surface through
+    the data.
+
+    If 'binary=1' then the data are written to a file in a binary
+    format that 'splot' can understand.  Binary format is faster and
+    usually saves disk space but is not human-readable.  If your
+    version of gnuplot doesn't support binary format (it is a
+    recently-added feature), this behavior can be disabled by setting
+    the configuration variable
+    'gp.GnuplotOpts.recognizes_binary_splot=0' in the appropriate
+    gp*.py file.
+
+    Thus if you have three arrays in the above format and a Gnuplot
+    instance called g, you can plot your data by typing
+    'g.splot(Gnuplot.GridData(data,xvals,yvals))'.
+
+    """
+
+    # Try to interpret data as an array:
+    data = utils.float_array(data)
+    try:
+        (numx, numy) = data.shape
+    except ValueError:
+        raise Errors.DataError('data array must be two-dimensional')
+
+    if xvals is None:
+        xvals = numpy.arange(numx)
+    else:
+        xvals = utils.float_array(xvals)
+        if xvals.shape != (numx,):
+            raise Errors.DataError(
+                'The size of xvals must be the same as the size of '
+                'the first dimension of the data array')
+
+    if yvals is None:
+        yvals = numpy.arange(numy)
+    else:
+        yvals = utils.float_array(yvals)
+        if yvals.shape != (numy,):
+            raise Errors.DataError(
+                'The size of yvals must be the same as the size of '
+                'the second dimension of the data array')
+
+    # Binary defaults to true if recognizes_binary_plot is set;
+    # otherwise it is forced to false.
+    binary = keyw.get('binary', 1) and gp.GnuplotOpts.recognizes_binary_splot
+    keyw['binary'] = binary
+
+    if inline is _unset:
+        inline = (
+            (not binary) and (not filename)
+            and gp.GnuplotOpts.prefer_inline_data
+            )
+    elif inline and filename:
+        raise Errors.OptionError(
+            'cannot pass data both inline and via a file'
+            )
+
+    # xvals, yvals, and data are now all filled with arrays of data.
+    if binary:
+        if inline:
+            raise Errors.OptionError('binary inline data not supported')
+
+        # write file in binary format
+
+        # It seems that the gnuplot documentation for binary mode
+        # disagrees with its actual behavior (as of v. 3.7).  The
+        # documentation has the roles of x and y exchanged.  We ignore
+        # the documentation and go with the code.
+
+        mout = numpy.zeros((numy + 1, numx + 1), numpy.float32)
+        mout[0,0] = numx
+        mout[0,1:] = xvals.astype(numpy.float32)
+        mout[1:,0] = yvals.astype(numpy.float32)
+        try:
+            # try copying without the additional copy implied by astype():
+            mout[1:,1:] = numpy.transpose(data)
+        except:
+            # if that didn't work then downcasting from double
+            # must be necessary:
+            mout[1:,1:] = numpy.transpose(data.astype(numpy.float32))
+
+        content = mout.tostring()
+        if (not filename) and gp.GnuplotOpts.prefer_fifo_data:
+            return _FIFOFileItem(content, **keyw)
+        else:
+            return _NewFileItem(content, filename=filename, **keyw)
+    else:
+        # output data to file as "x y f(x)" triplets.  This
+        # requires numy copies of each x value and numx copies of
+        # each y value.  First reformat the data:
+        set = numpy.transpose(
+            numpy.array(
+                (numpy.transpose(numpy.resize(xvals, (numy, numx))),
+                 numpy.resize(yvals, (numx, numy)),
+                 data)), (1,2,0))
+
+        # Now output the data with the usual routine.  This will
+        # produce data properly formatted in blocks separated by blank
+        # lines so that gnuplot can connect the points into a grid.
+        f = StringIO()
+        utils.write_array(f, set)
+        content = f.getvalue()
+
+        if inline:
+            return _InlineFileItem(content, **keyw)
+        elif filename:
+            return _NewFileItem(content, filename=filename, **keyw)
+        elif gp.GnuplotOpts.prefer_fifo_data:
+            return _FIFOFileItem(content, **keyw)
+        else:
+            return _NewFileItem(content, **keyw)
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/README.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/README.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b2adf33
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,236 @@
+Gnuplot.py -- A pipe-based interface to the gnuplot plotting program.
+
+The Gnuplot.py home page is
+
+    http://gnuplot-py.sourceforge.net
+
+There you can get the latest version, view the documentation, or
+report bugs.  There is also a mailing list for Gnuplot.py users.  You
+can subscribe to the mailing list or view the archive of old articles
+at
+
+    http://lists.sourceforge.net/mailman/listinfo/gnuplot-py-users
+
+
+Documentation
+-------------
+
+The quickest way to learn how to use Gnuplot.py is to install it and
+run the simple demonstration by typing `python demo.py', then look at
+the demo.py file to see the commands that created the demo.  One of
+the examples is probably similar to what you want to do.
+
+Don't forget to read the Gnuplot.html, README.txt, and FAQ.txt files
+in the Gnuplot.py distribution.
+
+HTML documentation for the Python classes is included in the doc/
+directory of the distribution and is also available online (follow
+links from the home page).  This documentation is extracted
+automatically from the package's docstrings using happydoc and should
+be helpful though it is known to have some formatting problems.
+Alternatively, you can look at the docstrings yourself by opening the
+python files in an editor.
+
+Finally, there is a new mailing list for Gnuplot.py users.  For more
+information about subscribing to the list or viewing the archive of
+old articles, please go to
+
+     http://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/gnuplot-py-users
+
+To get good use out of Gnuplot.py, you will want to know something
+about gnuplot, for which a good source is the gnuplot help (run
+gnuplot then type `help', or read it online at
+
+    http://www.gnuplot.info/gnuplot.html
+
+).
+
+For a relatively thorough test of Gnuplot.py, type `python test.py'
+which goes systematically through most Gnuplot.py features.
+
+
+Installation
+------------
+
+Quick instructions:
+
+1. Download gnuplot-py-1.8.tar.gz or gnuplot-py-1.8.zip.
+
+2. Extract the archive to a temporary directory.
+
+3. Install by changing to the directory and typing "python setup.py
+   install".
+
+More information:
+
+Obviously, you must have the gnuplot program if Gnuplot.py is to be of
+any use to you.  Gnuplot can be obtained via
+<http://www.gnuplot.info>.  You also need a copy of the numpy package, which
+is available from the Scipy group at <http://www.scipy.org/Download>.
+
+Gnuplot.py uses Python distutils
+<http://www.python.org/doc/current/inst/inst.html> and can be
+installed by untarring the package, changing into the top-level
+directory, and typing "python setup.py install".  The Gnuplot.py
+package is pure Python--no compilation is necessary.
+
+Gnuplot.py is structured as a python package.  That means that it
+installs itself as a subdirectory called `Gnuplot' under a directory
+of your python path (usually site-packages).  If you don't want to use
+distutils you can just move the main Gnuplot.py directory there and
+rename it to "Gnuplot".
+
+There are some configuration options that can be set near the top of
+the platform-dependent files gp-unix.py (Unix), gp_mac.py (Macintosh),
+gp_macosx.py (Mac OS X), gp_win32.py (Windows), and gp_java.py
+(Jython/Java).  (Obviously, you should change the file corresponding
+to your platform.)  See the extensive comments in gp_unix.py for a
+description of the meaning of each configuration variable.  Sensible
+values are already chosen, so it is quite possible that you don't have
+to change anything.
+
+Import the main part of the package into your python programs using
+`import Gnuplot'.  Some other features can be found in the modules
+Gnuplot.funcutils and Gnuplot.PlotItems.
+
+
+Installation via RPM (for Linux/Unix)
+-------------------------------------
+
+I decided that it doesn't make sense to package up RPM versions of
+Gnuplot.py, since the place where the files need to be installed
+depends on what version of Python you are using.  But if you want the
+benefits of RPM management, it's easy for you to create your own RPM
+from the source distribution then install the RPM:
+
+1. Change into the source directory.
+
+2. Create the RPM:
+
+   $ python ./setup.py bdist --format=rpm
+
+3. Install it (as root):
+
+   # rpm -ivh dist/gnuplot-py-1.7-1.noarch.rpm
+
+
+Installation on Windows
+-----------------------
+
+I don't run Windows, but thanks to the help of users there is now a
+way to use Gnuplot.py on that platform.  Any feedback or additional
+suggestions having to do with Windows would be especially appreciated.
+
+Because the main MS-Windows gnuplot executable (wgnuplot.exe) doesn't
+accept commands on standard input, Gnuplot.py cannot communicate with
+it directly.  However, there is a simple little program called
+`pgnuplot.exe' that accepts commands on stdin and passes them to
+wgnuplot.  So to run Gnuplot.py on Windows, you need to make sure that
+pgnuplot.exe is installed.  It comes with gnuplot since at least
+version 3.7.1.  Alternatively you can get pgnuplot.exe alone by
+downloading `testing/windows-stdin.zip' from one of the gnuplot
+archives (e.g.,
+<ftp://ftp.gnuplot.info/pub/gnuplot/testing/windows-stdin.zip>).
+
+Continue installing Gnuplot.py by following the instructions in the
+previous section.
+
+
+Installation on the Macintosh
+-----------------------------
+
+Thanks to more user help, Gnuplot.py should work on the Macintosh too.
+(Here I am referring to Mac OS versions prior to OS X; OS X is unix so
+no special considerations apply there.)
+
+Since pipes don't exist on the Mac, communication with gnuplot is via
+a python module called gnuplot_Suites.py (included) which uses
+AppleEvents.  Note that you will have to convert the python files to
+Mac text files (different end-of-line character).  Currently it is not
+possible to print directly to a printer; however, it should be
+possible to print to a postscript file and print that file manually.
+Also, inline data does not seem to be supported.  Let me know if you
+find other problems or have patches to fix Mac limitations.
+
+
+Assistance
+----------
+
+If you are having trouble installing or using Gnuplot.py, please check
+the following sources for help:
+
+1. Read the documentation!  For simple questions, start with the
+   Gnuplot.html, README.txt, and FAQ.txt files in the distribution.
+   For more detailed information, check the online class documentation
+   at
+
+       http://gnuplot-py.sourceforge.net/doc/
+
+2. Check the mailing list archives.  Chances are that somebody has
+   already asked a similar questions and you are one quick search away
+   from the answer.  Information about the mailing list is available
+   at
+
+       http://lists.sourceforge.net/mailman/listinfo/gnuplot-py-users
+
+3. Ask your question on the mailing list.  I am trying to move most
+   email traffic about Gnuplot.py to the mailing list, partly because
+   there are many questions (for example about Windows or Macintosh
+   platforms) that I am completely unable to answer.  The mailing list
+   also provides an archive of old articles which should build up into
+   a valuable resource, and a place to exchange ideas about future
+   changes.
+
+
+Feedback
+--------
+
+I would love to have feedback from people letting me know whether they
+find Gnuplot.py useful.  And certainly let me know about any problems,
+suggestions, or enhancements.  For most purposes, please send your
+emails to the Gnuplot.py users mailing list:
+
+    gnuplot-py-users@lists.sourceforge.net
+
+Information about the mailing list can be obtained at
+
+    http://lists.sourceforge.net/mailman/listinfo/gnuplot-py-users
+
+
+Compatibility
+-------------
+
+Gnuplot.py has been tested with version 3.7 of gnuplot, and I believe
+it should work with version 3.5 (though some features, like enhanced
+postscript mode and binary splot mode, will not work).  Let me know if
+you have trouble.
+
+Gnuplot.py was developed under Linux and Digital Unix; it should work
+without much problem on other versions of Unix.  If you need to modify
+it for your system tell me what was necessary and I'll include your
+changes in a future release.
+
+Gnuplot.py should also work under Windows and Macintosh (see above).
+Feedback for these platforms is especially appreciated since I can't
+test them myself.
+
+
+License
+-------
+
+See the file LICENSE.txt for license info.  In brief, Gnuplot is LGPL.
+
+
+Credits
+-------
+
+See CREDITS.txt for a list of people who have contributed code and/or
+ideas to Gnuplot.py.  Thanks especially to Konrad Hinsen
+<hinsen@ibs.ibs.fr>, who wrote the first, procedural interface version
+of Gnuplot.py.
+
+
+--
+Michael Haggerty
+<mhagger@alum.mit.edu>
+(But please use the mailing list for Gnuplot.py-related issues.)
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/TODO.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/TODO.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6fb34d7
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,35 @@
+Id: TODO.txt 294 2006-11-07 02:33:08Z parejkoj
+
+Some ideas for future work.  I don't know whether I'll get around to
+any of these items; some of them are probably better left undone
+anyway.  Of course if anybody else wants to take one up...
+
+* Implement missing values.  Gnuplot allows you to specify that values
+  are missing from data files via the `set missing' command.  This
+  should probably be implemented via Numeric's masked arrays.
+  (Comments?)  The real benefit of dealing with values is that (I
+  think) gnuplot can still put a mesh on a surface even if the surface
+  has holes.
+
+* Figure out how to suck gnuplot error messages back into Python and
+  turn them into exceptions.  This would be tricky: for one thing, not
+  all gnuplot output is indicative of an error.  Moreover,
+  implementation on Windows and Mac would require additional effort to
+  change their GnuplotProcess classes.  The output from the 'show'
+  command could be processed in a similar manner.
+
+* Implement multiple graphs on a single page.  I haven't used this
+  feature of gnuplot much myself, so I'm not sure how difficult it
+  would be to build it into the Gnuplot.py framework.  Ideally one
+  would like to be able to spawn multiple GnuplotWindow's from a
+  single Gnuplot instance, each one behaving much like a Gnuplot
+  object.  Or maybe treat sub-windows as a kind of meta-PlotItem that
+  can itself contain PlotItems.
+
+* Add a way to use Gnuplot.py without Numeric.  This would probably
+  not require too much work, and would also be convenient for Jython
+  users since JNumeric is not as far along as Numeric.
+
+* Support gnuplot's new abilities to allow user interaction via the
+  mouse.  I believe this will require 2-way communication between
+  Gnuplot.py and gnuplot.
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/VERSIONS.txt b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/VERSIONS.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..eef85e8
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,10 @@
+Original versions of Gnuplot.py are described in NEWS.txt.
+
+The original 1.8 version was maintained in order to support the compatibility
+with Python and Gnuplot evolutions, up to the supported versions for SALOME and
+ADAO. The "Id" historical fields have been freeze in each source file. The
+compatibility maintenance versions are numbered using a third digit in the
+historical version number, beginning with '1.8.10' in order to show the
+maintenance modification.
+
+All maintenance modifications or versions are under LGPL license.
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/_Gnuplot.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/_Gnuplot.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..44bcaf3
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,586 @@
+# Id: _Gnuplot.py 305 2008-01-17 20:10:44Z bmcage
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""_Gnuplot.py -- An object that represents a running gnuplot process.
+
+This file implements the Gnuplot plotter object, which is an abstract
+interface to a running gnuplot process.
+
+"""
+
+import sys, string, types
+
+import gp, PlotItems, termdefs
+import Gnuplot.Errors as Errors
+
+
+class _GnuplotFile:
+    """A file to which gnuplot commands can be written.
+
+    Sometimes it is convenient to write gnuplot commands to a command
+    file for later evaluation.  In that case, one of these objects is
+    used as a mock gnuplot process.  Note that temporary files may be
+    deleted before you have time to execute the file!
+
+    Members:
+
+        'gnuplot' -- the file object gathering the commands.
+
+    Methods:
+
+        '__init__' -- open the file.
+
+        '__call__' -- write a gnuplot command to the file, followed by a
+            newline.
+
+        'write' -- write an arbitrary string to the file.
+
+        'flush' -- cause pending output to be written immediately.
+
+    """
+
+    def __init__(self, filename):
+        """Open the file for writing."""
+
+        self.gnuplot = open(filename, 'w')
+        # forward write and flush methods:
+        self.write = self.gnuplot.write
+        self.flush = self.gnuplot.flush
+
+    def __call__(self, s):
+        """Write a command string to the file, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
+class Gnuplot:
+    """Interface to a gnuplot program.
+
+    A Gnuplot represents a higher-level interface to a gnuplot
+    program.  It can plot 'PlotItem's, which represent each thing to
+    be plotted on the current graph.  It keeps a reference to each of
+    the 'PlotItems' used in the current plot, so that they (and their
+    associated temporary files) are not deleted prematurely.
+
+    Members:
+
+        'itemlist' -- a list of the PlotItems that are associated with
+            the current plot.  These are deleted whenever a new plot
+            command is issued via the 'plot' method.
+
+        'plotcmd' -- 'plot' or 'splot', depending on what was the last
+            plot command.
+
+    Methods:
+
+        '__init__' -- if a filename argument is specified, the
+            commands will be written to that file instead of being
+            piped to gnuplot.
+
+        'plot' -- clear the old plot and old 'PlotItems', then plot
+            the arguments in a fresh plot command.  Arguments can be:
+            a 'PlotItem', which is plotted along with its internal
+            options; a string, which is plotted as a 'Func'; or
+            anything else, which is plotted as a 'Data'.
+
+        'splot' -- like 'plot', except for 3-d plots.
+
+        'hardcopy' -- replot the plot to a postscript file (if
+            filename argument is specified) or pipe it to the printer
+            as postscript othewise.  If the option 'color' is set to
+            true, then output color postscript.
+
+        'replot' -- replot the old items, adding any arguments as
+            additional items as in the plot method.
+
+        'refresh' -- issue (or reissue) the plot command using the
+            current 'PlotItems'.
+
+        '__call__' -- pass an arbitrary string to the gnuplot process,
+            followed by a newline.
+
+        'xlabel', 'ylabel', 'zlabel', 'title' -- set corresponding plot
+            attribute.
+
+        'interact' -- read lines from stdin and send them, one by one,
+            to the gnuplot interpreter.  Basically you can type
+            commands directly to the gnuplot command processor.
+
+        'load' -- load a file (using the gnuplot 'load' command).
+
+        'save' -- save gnuplot commands to a file (using gnuplot
+            'save' command) If any of the 'PlotItem's is a temporary
+            file, it will be deleted at the usual time and the save
+            file will be pretty useless :-).
+
+        'clear' -- clear the plot window (but not the itemlist).
+
+        'reset' -- reset all gnuplot settings to their defaults and
+            clear the current itemlist.
+
+        'set_string' -- set or unset a gnuplot option whose value is a
+            string.
+
+        '_clear_queue' -- clear the current 'PlotItem' list.
+
+        '_add_to_queue' -- add the specified items to the current
+            'PlotItem' list.
+
+    """
+
+    # optiontypes tells how to set parameters.  Specifically, the
+    # parameter will be set using self.set_<type>(option, value),
+    # where <type> is a string looked up in the following table.
+    optiontypes = {
+        'title' : 'string',
+        'xlabel' : 'string',
+        'ylabel' : 'string',
+        'zlabel' : 'string',
+        'xrange' : 'range',
+        'yrange' : 'range',
+        'zrange' : 'range',
+        'trange' : 'range',
+        'urange' : 'range',
+        'vrange' : 'range',
+        'parametric' : 'boolean',
+        'polar' : 'boolean',
+        'output' : 'string',
+        }
+
+    def __init__(self, filename=None, persist=None, debug=0):
+        """Create a Gnuplot object.
+
+        Create a 'Gnuplot' object.  By default, this starts a gnuplot
+        process and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'filename=<string>' -- if a filename is specified, the
+              commands are instead written to that file (e.g., for
+              later use using 'load').
+
+          'persist=1' -- start gnuplot with the '-persist' option
+              (which creates a new plot window for each plot command).
+              (This option is not available on older versions of
+              gnuplot.)
+
+          'debug=1' -- echo the gnuplot commands to stderr as well as
+              sending them to gnuplot.
+
+        """
+
+        if filename is None:
+            self.gnuplot = gp.GnuplotProcess(persist=persist)
+        else:
+            if persist is not None:
+                raise Errors.OptionError(
+                    'Gnuplot with output to file does not allow '
+                    'persist option.')
+            self.gnuplot = _GnuplotFile(filename)
+        self._clear_queue()
+        self.debug = debug
+        self.plotcmd = 'plot'
+        self('set terminal %s' % (gp.GnuplotOpts.default_term,))
+
+    def close(self):
+        # This may cause a wait for the gnuplot process to finish
+        # working, which is generally a good thing because it delays
+        # the deletion of temporary files.
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+        self._clear_queue()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot.
+
+        Send the string s as a command to gnuplot, followed by a
+        newline.  All communication with the gnuplot process (except
+        for inline data) is through this method.
+
+        """
+
+        self.gnuplot(s)
+        if self.debug:
+            # also echo to stderr for user to see:
+            sys.stderr.write('gnuplot> %s\n' % (s,))
+
+    def refresh(self):
+        """Refresh the plot, using the current 'PlotItem's.
+
+        Refresh the current plot by reissuing the gnuplot plot command
+        corresponding to the current itemlist.
+
+        """
+
+        plotcmds = []
+        for item in self.itemlist:
+            plotcmds.append(item.command())
+        self(self.plotcmd + ' ' + ", ".join(plotcmds))
+        for item in self.itemlist:
+            # Uses self.gnuplot.write():
+            item.pipein(self.gnuplot)
+        self.gnuplot.flush()
+
+    def _clear_queue(self):
+        """Clear the 'PlotItems' from the queue."""
+
+        self.itemlist = []
+
+    def _add_to_queue(self, items):
+        """Add a list of items to the itemlist (but don't plot them).
+
+        'items' is a sequence of items, each of which should be a
+        'PlotItem' of some kind, a string (interpreted as a function
+        string for gnuplot to evaluate), or a numpy array (or
+        something that can be converted to a numpy array).
+
+        """
+
+        for item in items:
+            if isinstance(item, PlotItems.PlotItem):
+                self.itemlist.append(item)
+            elif type(item) is str:
+                self.itemlist.append(PlotItems.Func(item))
+            else:
+                # assume data is an array:
+                self.itemlist.append(PlotItems.Data(item))
+
+    def plot(self, *items, **keyw):
+        """Draw a new plot.
+
+        Clear the current plot and create a new 2-d plot containing
+        the specified items.  Each arguments should be of the
+        following types:
+
+        'PlotItem' (e.g., 'Data', 'File', 'Func') -- This is the most
+            flexible way to call plot because the PlotItems can
+            contain suboptions.  Moreover, PlotItems can be saved to
+            variables so that their lifetime is longer than one plot
+            command; thus they can be replotted with minimal overhead.
+
+        'string' (e.g., 'sin(x)') -- The string is interpreted as
+            'Func(string)' (a function that is computed by gnuplot).
+
+        Anything else -- The object, which should be convertible to an
+            array, is passed to the 'Data' constructor, and thus
+            plotted as data.  If the conversion fails, an exception is
+            raised.
+
+        """
+
+        if keyw:
+            self.set(**keyw)
+
+        self.plotcmd = 'plot'
+        self._clear_queue()
+        self._add_to_queue(items)
+        self.refresh()
+
+    def splot(self, *items, **keyw):
+        """Draw a new three-dimensional plot.
+
+        Clear the current plot and create a new 3-d plot containing
+        the specified items.  Arguments can be of the following types:
+
+        'PlotItem' (e.g., 'Data', 'File', 'Func', 'GridData' ) -- This
+            is the most flexible way to call plot because the
+            PlotItems can contain suboptions.  Moreover, PlotItems can
+            be saved to variables so that their lifetime is longer
+            than one plot command--thus they can be replotted with
+            minimal overhead.
+
+        'string' (e.g., 'sin(x*y)') -- The string is interpreted as a
+            'Func()' (a function that is computed by gnuplot).
+
+        Anything else -- The object is converted to a Data() item, and
+            thus plotted as data.  Note that each data point should
+            normally have at least three values associated with it
+            (i.e., x, y, and z).  If the conversion fails, an
+            exception is raised.
+
+        """
+
+        if keyw:
+            self.set(**keyw)
+
+        self.plotcmd = 'splot'
+        self._clear_queue()
+        self._add_to_queue(items)
+        self.refresh()
+
+    def replot(self, *items, **keyw):
+        """Replot the data, possibly adding new 'PlotItem's.
+
+        Replot the existing graph, using the items in the current
+        itemlist.  If arguments are specified, they are interpreted as
+        additional items to be plotted alongside the existing items on
+        the same graph.  See 'plot' for details.
+
+        """
+
+        if keyw:
+            self.set(**keyw)
+
+        self._add_to_queue(items)
+        self.refresh()
+
+    def interact(self):
+        """Allow user to type arbitrary commands to gnuplot.
+
+        Read stdin, line by line, and send each line as a command to
+        gnuplot.  End by typing C-d.
+
+        """
+
+        import time
+        if sys.platform == 'win32':
+            sys.stderr.write('Press Ctrl-z twice to end interactive input\n')
+        else:
+            # What should this be for the Macintosh?
+            sys.stderr.write('Press C-d to end interactive input\n')
+        while 1:
+            try:
+                line = input('gnuplot>>> ')
+            except EOFError:
+                break
+            self(line)
+            time.sleep(0.2) # give a little time for errors to be written
+        sys.stderr.write('\n')
+
+    def clear(self):
+        """Clear the plot window (without affecting the current itemlist)."""
+
+        self('clear')
+
+    def reset(self):
+        """Reset all gnuplot settings to their defaults and clear itemlist."""
+
+        self('reset')
+        self.itemlist = []
+
+    def load(self, filename):
+        """Load a file using gnuplot's 'load' command."""
+
+        self("load '%s'" % (filename,))
+
+    def save(self, filename):
+        """Save the current plot commands using gnuplot's 'save' command."""
+
+        self("save '%s'" % (filename,))
+
+    def set_string(self, option, s=None):
+        """Set a string option, or if s is omitted, unset the option."""
+
+        if s is None:
+            self('set %s' % (option,))
+        else:
+            self('set %s "%s"' % (option, s))
+
+    def set_label(self, option, s=None, offset=None, font=None):
+        """Set or clear a label option, which can include an offset or font.
+
+        If offset is specified, it should be a tuple of two integers
+        or floats.
+
+        If font is specified, it is appended to the command as a
+        string in double quotes.  Its interpretation is
+        terminal-dependent; for example, for postscript it might be
+        'Helvetica,14' for 14 point Helvetica.
+
+        """
+
+        cmd = ['set', option]
+        if s is not None:
+            cmd.append('"%s"' % (s,))
+
+            if offset is not None:
+                cmd.append('%s,%s' % offset)
+
+            if font is not None:
+                cmd.append('"%s"' % (font,))
+
+        self(" ".join(cmd))
+
+    def set_boolean(self, option, value):
+        """Set an on/off option.  It is assumed that the way to turn
+        the option on is to type `set <option>' and to turn it off,
+        `set no<option>'."""
+
+        if value:
+            self('set %s' % option)
+        else:
+            self('set no%s' % option)
+
+    def set_range(self, option, value):
+        """Set a range option (xrange, yrange, trange, urange, etc.).
+        The value can be a string (which is passed as-is, without
+        quotes) or a tuple (minrange,maxrange) of numbers or string
+        expressions recognized by gnuplot.  If either range is None
+        then that range is passed as `*' (which means to
+        autoscale)."""
+
+        if value is None:
+            self('set %s [*:*]' % (option,))
+        elif type(value) is str:
+            self('set %s %s' % (option, value,))
+        else:
+            # Must be a tuple:
+            (minrange,maxrange) = value
+            if minrange is None:
+                minrange = '*'
+            if maxrange is None:
+                maxrange = '*'
+            self('set %s [%s:%s]' % (option, minrange, maxrange,))
+
+    def set(self, **keyw):
+        """Set one or more settings at once from keyword arguments.
+        The allowed settings and their treatments are determined from
+        the optiontypes mapping."""
+
+        for (k,v) in keyw.items():
+            try:
+                type = self.optiontypes[k]
+            except KeyError:
+                raise Exception('option %s is not supported' % (k,))
+            getattr(self, 'set_%s' % type)(k, v)
+
+    def xlabel(self, s=None, offset=None, font=None):
+        """Set the plot's xlabel."""
+
+        self.set_label('xlabel', s, offset=offset, font=font)
+
+    def ylabel(self, s=None, offset=None, font=None):
+        """Set the plot's ylabel."""
+
+        self.set_label('ylabel', s, offset=offset, font=font)
+
+    def zlabel(self, s=None, offset=None, font=None):
+        """Set the plot's zlabel."""
+
+        self.set_label('zlabel', s, offset=offset, font=font)
+
+    def title(self, s=None, offset=None, font=None):
+        """Set the plot's title."""
+
+        self.set_label('title', s, offset=offset, font=font)
+
+    def hardcopy(self, filename=None, terminal='postscript', **keyw):
+        """Create a hardcopy of the current plot.
+
+        Output the current plot to the default printer (if configured)
+        or to the specified filename.
+
+        Note that gnuplot remembers the printer suboptions across
+        terminal changes (at least for postscript).  Therefore if you
+        set, for example, color=1 for one hardcopy then the next
+        hardcopy will also be color unless you explicitly choose
+        color=0.  Alternately you can force all of the options to
+        their defaults by setting mode='default'.  I consider this to
+        be a bug in gnuplot.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'filename=<string>' -- if a filename is specified, save the
+              output in that file; otherwise print it immediately
+              using the 'default_lpr' configuration option.
+
+          'terminal=<string>' -- the type of gnuplot 'terminal' to use
+              for the output (e.g., 'postscript', 'png', 'latex',
+              etc).  Look in termdefs.py to see what terminal types
+              are defined, or check termdefs.terminal_opts.keys().
+
+        The rest of the keyword arguments depend on the terminal type.
+
+        Keyword arguments for 'postscript' terminal:
+
+          'mode=<string>' -- set the postscript submode ('landscape',
+              'portrait', 'eps', or 'default').  The default is
+              to leave this option unspecified.
+
+          'eps=<bool>' -- shorthand for 'mode="eps"'; asks gnuplot to
+              generate encapsulated postscript.
+
+          'enhanced=<bool>' -- if set (the default), then generate
+              enhanced postscript, which allows extra features like
+              font-switching, superscripts, and subscripts in axis
+              labels.  (Some old gnuplot versions do not support
+              enhanced postscript; if this is the case set
+              gp.GnuplotOpts.prefer_enhanced_postscript=None.)
+
+          'color=<bool>' -- if set, create a plot with color.  Default
+              is to leave this option unchanged.
+
+          'solid=<bool>' -- if set, force lines to be solid (i.e., not
+              dashed).
+
+          'duplexing=<string>' -- set duplexing option ('defaultplex',
+              'simplex', or 'duplex').  Only request double-sided
+              printing if your printer can handle it.  Actually this
+              option is probably meaningless since hardcopy() can only
+              print a single plot at a time.
+
+          'fontname=<string>' -- set the default font to <string>,
+              which must be a valid postscript font.  The default is
+              to leave this option unspecified.
+
+          'fontsize=<double>' -- set the default font size, in
+              postscript points.
+
+        Note that this command will return immediately even though it
+        might take gnuplot a while to actually finish working.  Be
+        sure to pause briefly before issuing another command that
+        might cause the temporary files to be deleted.
+
+        """
+
+        if filename is None:
+            if gp.GnuplotOpts.default_lpr is None:
+                raise Errors.OptionError(
+                    'default_lpr is not set, so you can only print to a file.')
+            filename = gp.GnuplotOpts.default_lpr
+
+        # Be careful processing the options.  If the user didn't
+        # request an option explicitly, do not specify it on the 'set
+        # terminal' line (don't even specify the default value for the
+        # option).  This is to avoid confusing older versions of
+        # gnuplot that do not support all of these options.  The
+        # exception is postscript's 'enhanced' option, which is just
+        # too useful to have to specify each time!
+
+        # Build up the 'set terminal' command here:
+        setterm = ['set', 'terminal', terminal]
+        try:
+            opts = termdefs.terminal_opts[terminal]
+        except KeyError:
+            raise Errors.OptionError(
+                'Terminal "%s" is not configured in Gnuplot.py.' % (terminal,))
+
+        for opt in opts:
+            cmd = opt(keyw)
+            if cmd is not None:
+                setterm.extend(cmd)
+        if keyw:
+            # Not all options were consumed.
+            raise Errors.OptionError(
+                'The following options are unrecognized: %s'
+                % (", ".join(keyw.keys()),)
+                )
+
+        self.set_string('output', filename)
+        self(" ".join(setterm))
+        # replot the current figure (to the printer):
+        self.refresh()
+        # reset the terminal to its `default' setting:
+        self('set terminal %s' % gp.GnuplotOpts.default_term)
+        self.set_string('output')
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/__init__.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/__init__.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..45fa939
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,176 @@
+#! /usr/bin/env python
+# Id: __init__.py 306 2008-05-02 01:09:02Z alford
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""Gnuplot -- A pipe-based interface to the gnuplot plotting program.
+
+This is the main module of the Gnuplot package.
+
+Written by "Michael Haggerty", mailto:mhagger@alum.mit.edu.  Inspired
+by and partly derived from an earlier version by "Konrad Hinsen",
+mailto:hinsen@ibs.ibs.fr.  If you find a problem or have a suggestion,
+please "let me know", mailto:mhagger@alum.mit.edu.  Other feedback
+would also be appreciated.
+
+The Gnuplot.py home page is at
+
+"Gnuplot.py", http://gnuplot-py.sourceforge.net
+
+
+For information about how to use this module:
+
+1. Check the README file.
+
+2. Look at the example code in demo.py and try running it by typing
+   'python demo.py' or 'python __init__.py'.
+
+3. For more details see the extensive documentation strings
+   throughout the python source files, especially this file,
+   _Gnuplot.py, PlotItems.py, and gp_unix.py.
+
+4. The docstrings have also been turned into html which can be read
+   "here", http://gnuplot-py.sourceforge.net/doc.  However, the
+   formatting is not perfect; when in doubt, double-check the
+   docstrings.
+
+You should import this file with 'import Gnuplot', not with 'from
+Gnuplot import *', because the module and the main class have the same
+name, `Gnuplot'.
+
+To obtain the gnuplot plotting program itself, see "the gnuplot FAQ",
+ftp://ftp.gnuplot.vt.edu/pub/gnuplot/faq/index.html.  Obviously you
+need to have gnuplot installed if you want to use Gnuplot.py.
+
+The old command-based interface to gnuplot (previously supported as
+'oldplot.py') has been removed from the package.
+
+Features:
+
+ o  Allows the creation of two or three dimensional plots from
+    python.
+
+ o  A gnuplot session is an instance of class 'Gnuplot'.  Multiple
+    sessions can be open at once.  For example::
+
+        g1 = Gnuplot.Gnuplot()
+        g2 = Gnuplot.Gnuplot()
+
+    Note that due to limitations on those platforms, opening multiple
+    simultaneous sessions on Windows or Macintosh may not work
+    correctly.  (Feedback?)
+
+ o  The implicitly-generated gnuplot commands can be stored to a file
+    instead of executed immediately::
+
+        g = Gnuplot.Gnuplot('commands.txt')
+
+    The 'commands.txt' file can then be run later with gnuplot's
+    'load' command.  Beware, however: the plot commands may depend on
+    the existence of temporary files, which will probably be deleted
+    before you use the command file.
+
+ o  Can pass arbitrary commands to the gnuplot command interpreter::
+
+        g('set pointsize 2')
+
+    (If this is all you want to do, you might consider using the
+    lightweight GnuplotProcess class defined in gp.py.)
+
+ o  A Gnuplot object knows how to plot objects of type 'PlotItem'.
+    Any PlotItem can have optional 'title' and/or 'with' suboptions.
+    Builtin PlotItem types:
+
+    * 'Data(array1)' -- data from a Python list or NumPy array
+                        (permits additional option 'cols' )
+
+    * 'File('filename')' -- data from an existing data file (permits
+                            additional option 'using' )
+
+    * 'Func('exp(4.0 * sin(x))')' -- functions (passed as a string,
+                                     evaluated by gnuplot)
+
+    * 'GridData(m, x, y)' -- data tabulated on a grid of (x,y) values
+                             (usually to be plotted in 3-D)
+
+    See the documentation strings for those classes for more details.
+
+ o  PlotItems are implemented as objects that can be assigned to
+    variables and plotted repeatedly.  Most of their plot options can
+    also be changed with the new 'set_option()' member functions then
+    they can be replotted with their new options.
+
+ o  Communication of commands to gnuplot is via a one-way pipe.
+    Communication of data from python to gnuplot is via inline data
+    (through the command pipe) or via temporary files.  Temp files are
+    deleted automatically when their associated 'PlotItem' is deleted.
+    The PlotItems in use by a Gnuplot object at any given time are
+    stored in an internal list so that they won't be deleted
+    prematurely.
+
+ o  Can use 'replot' method to add datasets to an existing plot.
+
+ o  Can make persistent gnuplot windows by using the constructor option
+    'persist=1'.  Such windows stay around even after the gnuplot
+    program is exited.  Note that only newer version of gnuplot support
+    this option.
+
+ o  Can plot either directly to a postscript printer or to a
+    postscript file via the 'hardcopy' method.
+
+ o  Grid data for the splot command can be sent to gnuplot in binary
+    format, saving time and disk space.
+
+ o  Should work under Unix, Macintosh, and Windows.
+
+Restrictions:
+
+ -  Relies on the numpy Python extension.  This can be obtained from
+    the Scipy group at <http://www.scipy.org/Download>.  If you're
+    interested in gnuplot, you would probably also want numpy anyway.
+
+ -  Only a small fraction of gnuplot functionality is implemented as
+    explicit method functions.  However, you can give arbitrary
+    commands to gnuplot manually::
+
+        g = Gnuplot.Gnuplot()
+        g('set style data linespoints')
+        g('set pointsize 5')
+
+ -  There is no provision for missing data points in array data (which
+    gnuplot allows via the 'set missing' command).
+
+Bugs:
+
+ -  No attempt is made to check for errors reported by gnuplot.  On
+    unix any gnuplot error messages simply appear on stderr.  (I don't
+    know what happens under Windows.)
+
+ -  All of these classes perform their resource deallocation when
+    '__del__' is called.  Normally this works fine, but there are
+    well-known cases when Python's automatic resource deallocation
+    fails, which can leave temporary files around.
+
+"""
+import os, sys
+sys.path.append(os.path.dirname(__file__))
+
+__version__ = '1.8.10'
+
+# Other modules that should be loaded for 'from Gnuplot import *':
+__all__ = ['utils', 'funcutils', ]
+
+from gp import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+from Errors import Error, OptionError, DataError
+from PlotItems import PlotItem, Func, File, Data, GridData
+from _Gnuplot import Gnuplot
+
+
+if __name__ == '__main__':
+    import demo
+    demo.demo()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/demo.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/demo.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..5f0d57f
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,111 @@
+#! /usr/bin/env python
+# Id: demo.py 299 2007-03-30 12:52:17Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1999-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""demo.py -- Demonstrate the Gnuplot python module.
+
+Run this demo by typing 'python demo.py'.  For a more complete test of
+the Gnuplot package, see test.py.
+
+"""
+
+from numpy import *
+
+# If the package has been installed correctly, this should work:
+import Gnuplot, Gnuplot.funcutils
+
+
+def demo():
+    """Demonstrate the Gnuplot package."""
+
+    # A straightforward use of gnuplot.  The `debug=1' switch is used
+    # in these examples so that the commands that are sent to gnuplot
+    # are also output on stderr.
+    g = Gnuplot.Gnuplot(debug=1)
+    g.title('A simple example') # (optional)
+    g('set style data linespoints') # give gnuplot an arbitrary command
+    # Plot a list of (x, y) pairs (tuples or a numpy array would
+    # also be OK):
+    g.plot([[0,1.1], [1,5.8], [2,3.3], [3,4.2]])
+    input('Please press return to continue...\n')
+
+    g.reset()
+    # Plot one dataset from an array and one via a gnuplot function;
+    # also demonstrate the use of item-specific options:
+    x = arange(10, dtype='float_')
+    y1 = x**2
+    # Notice how this plotitem is created here but used later?  This
+    # is convenient if the same dataset has to be plotted multiple
+    # times.  It is also more efficient because the data need only be
+    # written to a temporary file once.
+    d = Gnuplot.Data(x, y1,
+                     title='calculated by python',
+                     with_='points 3 3')
+    g.title('Data can be computed by python or gnuplot')
+    g.xlabel('x')
+    g.ylabel('x squared')
+    # Plot a function alongside the Data PlotItem defined above:
+    g.plot(Gnuplot.Func('x**2', title='calculated by gnuplot'), d)
+    input('Please press return to continue...\n')
+
+    # Save what we just plotted as a color postscript file.
+
+    # With the enhanced postscript option, it is possible to show `x
+    # squared' with a superscript (plus much, much more; see `help set
+    # term postscript' in the gnuplot docs).  If your gnuplot doesn't
+    # support enhanced mode, set `enhanced=0' below.
+    g.ylabel('x^2') # take advantage of enhanced postscript mode
+    g.hardcopy('gp_test.ps', enhanced=1, color=1)
+    print ('\n******** Saved plot to postscript file "gp_test.ps" ********\n')
+    input('Please press return to continue...\n')
+
+    g.reset()
+    # Demonstrate a 3-d plot:
+    # set up x and y values at which the function will be tabulated:
+    x = arange(35)/2.0
+    y = arange(30)/10.0 - 1.5
+    # Make a 2-d array containing a function of x and y.  First create
+    # xm and ym which contain the x and y values in a matrix form that
+    # can be `broadcast' into a matrix of the appropriate shape:
+    xm = x[:,newaxis]
+    ym = y[newaxis,:]
+    m = (sin(xm) + 0.1*xm) - ym**2
+    g('set parametric')
+    g('set style data lines')
+    g('set hidden')
+    g('set contour base')
+    g.title('An example of a surface plot')
+    g.xlabel('x')
+    g.ylabel('y')
+    # The `binary=1' option would cause communication with gnuplot to
+    # be in binary format, which is considerably faster and uses less
+    # disk space.  (This only works with the splot command due to
+    # limitations of gnuplot.)  `binary=1' is the default, but here we
+    # disable binary because older versions of gnuplot don't allow
+    # binary data.  Change this to `binary=1' (or omit the binary
+    # option) to get the advantage of binary format.
+    g.splot(Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=0))
+    input('Please press return to continue...\n')
+
+    # plot another function, but letting GridFunc tabulate its values
+    # automatically.  f could also be a lambda or a global function:
+    def f(x,y):
+        return 1.0 / (1 + 0.01 * x**2 + 0.5 * y**2)
+
+    g.splot(Gnuplot.funcutils.compute_GridData(x,y, f, binary=0))
+    input('Please press return to continue...\n')
+
+    # Explicit delete shouldn't be necessary, but if you are having
+    # trouble with temporary files being left behind, try uncommenting
+    # the following:
+    #del g, d
+
+
+# when executed, just run demo():
+if __name__ == '__main__':
+    demo()
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/funcutils.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/funcutils.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..f60c3c6
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,186 @@
+#! /usr/bin/env python
+
+# Id: funcutils.py 297 2007-03-30 11:25:28Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""funcutils.py -- Subroutines that tabulate a function's values.
+
+Convenience functions that evaluate a python function on a grid of
+points and tabulate the output to be used with Gnuplot.
+
+"""
+
+import numpy
+
+import Gnuplot
+import Gnuplot.utils as utils
+
+
+def tabulate_function(f, xvals, yvals=None, dtype=None, ufunc=0):
+    """Evaluate and tabulate a function on a 1- or 2-D grid of points.
+
+    f should be a function taking one or two floating-point
+    parameters.
+
+    If f takes one parameter, then xvals should be a 1-D array and
+    yvals should be None.  The return value is a numpy array
+    '[f(x[0]), f(x[1]), ..., f(x[-1])]'.
+
+    If f takes two parameters, then 'xvals' and 'yvals' should each be
+    1-D arrays listing the values of x and y at which 'f' should be
+    tabulated.  The return value is a matrix M where 'M[i,j] =
+    f(xvals[i],yvals[j])', which can for example be used in the
+    'GridData' constructor.
+
+    If 'ufunc=0', then 'f' is evaluated at each point using a Python
+    loop.  This can be slow if the number of points is large.  If
+    speed is an issue, you should write 'f' in terms of numpy ufuncs
+    and use the 'ufunc=1' feature described next.
+
+    If called with 'ufunc=1', then 'f' should be a function that is
+    composed entirely of ufuncs (i.e., a function that can operate
+    element-by-element on whole matrices).  It will be passed the
+    xvals and yvals as rectangular matrices.
+
+    """
+
+    if yvals is None:
+        # f is a function of only one variable:
+        xvals = numpy.asarray(xvals, dtype)
+
+        if ufunc:
+            return f(xvals)
+        else:
+            if dtype is None:
+                dtype = xvals.dtype.char
+
+            m = numpy.zeros((len(xvals),), dtype)
+            for xi in range(len(xvals)):
+                x = xvals[xi]
+                m[xi] = f(x)
+            return m
+    else:
+        # f is a function of two variables:
+        xvals = numpy.asarray(xvals, dtype)
+        yvals = numpy.asarray(yvals, dtype)
+
+        if ufunc:
+            return f(xvals[:,numpy.newaxis], yvals[numpy.newaxis,:])
+        else:
+            if dtype is None:
+                # choose a result dtype based on what '+' would return
+                # (yecch!):
+                dtype = (numpy.zeros((1,), xvals.dtype.char) +
+                            numpy.zeros((1,), yvals.dtype.char)).dtype.char
+
+            m = numpy.zeros((len(xvals), len(yvals)), dtype)
+            for xi in range(len(xvals)):
+                x = xvals[xi]
+                for yi in range(len(yvals)):
+                    y = yvals[yi]
+                    m[xi,yi] = f(x,y)
+            return m
+
+
+# For backwards compatibility:
+grid_function = tabulate_function
+
+
+def compute_Data(xvals, f, ufunc=0, **keyw):
+    """Evaluate a function of 1 variable and store the results in a Data.
+
+    Computes a function f of one variable on a set of specified points
+    using 'tabulate_function', then store the results into a 'Data' so
+    that it can be plotted.  After calculation, the data are written
+    to a file; no copy is kept in memory.  Note that this is quite
+    different than 'Func' (which tells gnuplot to evaluate the
+    function).
+
+    Arguments:
+
+        'xvals' -- a 1-d array with dimension 'numx'
+
+        'f' -- the function to plot--a callable object for which
+            f(x) returns a number.
+
+        'ufunc=<bool>' -- evaluate 'f' as a ufunc?
+
+    Other keyword arguments are passed through to the Data
+    constructor.
+
+    'f' should be a callable object taking one argument.  'f(x)' will
+    be computed at all values in xvals.
+
+    If called with 'ufunc=1', then 'f' should be a function that is
+    composed entirely of ufuncs, and it will be passed the 'xvals' and
+    'yvals' as rectangular matrices.
+
+    Thus if you have a function 'f', a vector 'xvals', and a Gnuplot
+    instance called 'g', you can plot the function by typing
+    'g.splot(compute_Data(xvals, f))'.
+
+    """
+
+    xvals = utils.float_array(xvals)
+
+    # evaluate function:
+    data = tabulate_function(f, xvals, ufunc=ufunc)
+
+    return Gnuplot.Data(xvals, data, **keyw)
+
+
+def compute_GridData(xvals, yvals, f, ufunc=0, **keyw):
+    """Evaluate a function of 2 variables and store the results in a GridData.
+
+    Computes a function 'f' of two variables on a rectangular grid
+    using 'tabulate_function', then store the results into a
+    'GridData' so that it can be plotted.  After calculation the data
+    are written to a file; no copy is kept in memory.  Note that this
+    is quite different than 'Func' (which tells gnuplot to evaluate
+    the function).
+
+    Arguments:
+
+        'xvals' -- a 1-d array with dimension 'numx'
+
+        'yvals' -- a 1-d array with dimension 'numy'
+
+        'f' -- the function to plot--a callable object for which
+            'f(x,y)' returns a number.
+
+        'ufunc=<bool>' -- evaluate 'f' as a ufunc?
+
+     Other keyword arguments are passed to the 'GridData' constructor.
+
+    'f' should be a callable object taking two arguments.
+    'f(x,y)' will be computed at all grid points obtained by
+    combining elements from 'xvals' and 'yvals'.
+
+    If called with 'ufunc=1', then 'f' should be a function that is
+    composed entirely of ufuncs, and it will be passed the 'xvals' and
+    'yvals' as rectangular matrices.
+
+    Thus if you have a function 'f' and two vectors 'xvals' and
+    'yvals' and a Gnuplot instance called 'g', you can plot the
+    function by typing 'g.splot(compute_GridData(f, xvals, yvals))'.
+
+    """
+
+    xvals = utils.float_array(xvals)
+    yvals = utils.float_array(yvals)
+
+    # evaluate function:
+    data = tabulate_function(f, xvals, yvals, ufunc=ufunc)
+
+    return Gnuplot.GridData(data, xvals, yvals, **keyw)
+
+
+# For backwards compatibility:
+def GridFunc(f, xvals, yvals, **keyw):
+    return compute_GridData(xvals, yvals, f, **keyw)
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gnuplot_Suites.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gnuplot_Suites.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..592b1c0
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,612 @@
+# Id: gnuplot_Suites.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# This file is provided as part of the Gnuplot.py package for the
+# convenience of Mac users.  It was generated primarily using gensuitemodule
+# with Mac gnuplot 3.7.1a.  Thanks to Anthony M. Ingraldi and Noboru Yamamoto
+# for helping with this.
+
+# file contains
+#
+#  class gnuplot_Suite
+#  class odds_and_ends
+#  class Standard_Suite
+#  class Miscellaneous_Events
+#
+"""Suite gnuplot Suite: Events supplied by gnuplot
+Level 1, version 1
+
+Generated from Alpha:Desktop Folder:gnuplot.1:gnuplot 3.7.1a
+AETE/AEUT resource version 1/0, language 0, script 0
+"""
+
+import aetools
+import MacOS
+
+_code = 'GPSE'
+
+class gnuplot_Suite:
+
+    def gnuexec(self, _object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """exec: execute a gnuplot command
+        Required argument: gnuplot command
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'GPSE'
+        _subcode = 'exec'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def plot(self, _object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """plot: create a 2-D plot
+
+
+        Required argument: data to be plotted
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'GPLT'
+        _subcode = 'plot'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def splot(self, _object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """splot: create a 3-D plot
+        Required argument: data to be plotted
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'GPLT'
+        _subcode = 'splt'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+
+class graph(aetools.ComponentItem):
+    """graph - graph - a subclass of window"""
+    want = 'cGRF'
+class picture(aetools.NProperty):
+    """picture - gnuplot graph in "PICT" format"""
+    which = 'PICT'
+    want = 'PICT'
+graph._propdict = {
+    'picture' : picture,
+}
+graph._elemdict = {
+}
+_Enum_lyty = {
+    'line' : 'typ1',    # line
+    'points' : 'typ2',  # points
+    'impulses' : 'typ3',    # impulses
+    'linespoints' : 'typ4', # linespoints
+    'dots' : 'typ5',    # dots
+    'steps' : 'typ6',   # steps
+    'fsteps' : 'typ7',  # fsteps
+    'errorbars' : 'typ8',   # errorbars
+    'xerrorbars' : 'typ9',  # xerrorbars
+    'yerrorbars' : 'ty10',  # yerrorbars
+    'xyerrorbars' : 'ty11', # xyerrorbars
+    'boxes' : 'ty12',   # boxes
+    'boxerrorbars' : 'ty13',    # boxerrorbars
+    'boxxyerrorbars' : 'ty14',  # boxxyerrorbars
+    'vector' : 'ty19',  # vector
+}
+
+
+#
+# Indices of types declared in this module
+#
+_classdeclarations = {
+    'cGRF' : graph,
+}
+
+_propdeclarations = {
+    'PICT' : picture,
+}
+
+_compdeclarations = {
+}
+
+_enumdeclarations = {
+    'lyty' : _Enum_lyty,
+}
+
+
+"""Suite odds and ends: Things that should be in some standard suite, but arenÕt
+Level 1, version 1
+
+Generated from Alpha:Desktop Folder:gnuplot.1:gnuplot 3.7.1a
+AETE/AEUT resource version 1/0, language 0, script 0
+"""
+
+import aetools
+import MacOS
+
+_code = 'Odds'
+
+class odds_and_ends:
+
+    def select(self, _object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """select: Select the specified object
+        Required argument: the object to select
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'misc'
+        _subcode = 'slct'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+
+#
+# Indices of types declared in this module
+#
+_classdeclarations = {
+}
+
+_propdeclarations = {
+}
+
+_compdeclarations = {
+}
+
+_enumdeclarations = {
+}
+
+"""Suite Standard Suite: Common terms for most applications
+Level 1, version 1
+
+Generated from Alpha:Desktop Folder:gnuplot.1:gnuplot 3.7.1a
+AETE/AEUT resource version 1/0, language 0, script 0
+"""
+
+import aetools
+import MacOS
+
+_code = 'CoRe'
+
+class Standard_Suite:
+
+    _argmap_close = {
+        'saving' : 'savo',
+        '_in' : 'kfil',
+    }
+
+    def close(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """close: Close an object
+        Required argument: the objects to close
+        Keyword argument saving: specifies whether or not changes should be saved before closing
+        Keyword argument _in: the file in which to save the object
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'clos'
+
+        aetools.keysubst(_arguments, self._argmap_close)
+        _arguments['----'] = _object
+
+        aetools.enumsubst(_arguments, 'savo', _Enum_savo)
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def data_size(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """data size: Return the size in bytes of an object
+        Required argument: the object whose data size is to be returned
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        Returns: the size of the object in bytes
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'dsiz'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def get(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """get: Get the data for an object
+        Required argument: the object whose data is to be returned
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        Returns: The data from the object
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'getd'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    _argmap_make = {
+        'new' : 'kocl',
+        'at' : 'insh',
+        'with_data' : 'data',
+        'with_properties' : 'prdt',
+    }
+
+    def make(self, _no_object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """make: Make a new element
+        Keyword argument new: the class of the new element
+        Keyword argument at: the location at which to insert the element
+        Keyword argument with_data: the initial data for the element
+        Keyword argument with_properties: the initial values for the properties of the element
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        Returns: Object specifier for the new element
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'crel'
+
+        aetools.keysubst(_arguments, self._argmap_make)
+        if _no_object != None:
+            raise TypeError('No direct arg expected')
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def open(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """open: Open the specified object(s)
+        Required argument: Objects to open. Can be a list of files or an object specifier.
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'aevt'
+        _subcode = 'odoc'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def _print(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """print: Print the specified object(s)
+        Required argument: Objects to print. Can be a list of files or an object specifier.
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'aevt'
+        _subcode = 'pdoc'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    _argmap_save = {
+        '_in' : 'kfil',
+        'as' : 'fltp',
+    }
+
+    def save(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """save: save a set of objects
+        Required argument: Objects to save.
+        Keyword argument _in: the file in which to save the object(s)
+        Keyword argument as: the file type of the document in which to save the data
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'save'
+
+        aetools.keysubst(_arguments, self._argmap_save)
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    _argmap_set = {
+        'to' : 'data',
+    }
+
+    def set(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """set: Set an objectÕs data
+        Required argument: the object to change
+        Keyword argument to: the new value
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'core'
+        _subcode = 'setd'
+
+        aetools.keysubst(_arguments, self._argmap_set)
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+
+class application(aetools.ComponentItem):
+    """application - An application program"""
+    want = 'capp'
+#        element 'cwin' as ['indx', 'name', 'rele']
+#        element 'docu' as ['name']
+
+class window(aetools.ComponentItem):
+    """window - A Window"""
+    want = 'cwin'
+class bounds(aetools.NProperty):
+    """bounds - the boundary rectangle for the window"""
+    which = 'pbnd'
+    want = 'qdrt'
+class closeable(aetools.NProperty):
+    """closeable - Does the window have a close box?"""
+    which = 'hclb'
+    want = 'bool'
+class titled(aetools.NProperty):
+    """titled - Does the window have a title bar?"""
+    which = 'ptit'
+    want = 'bool'
+class index(aetools.NProperty):
+    """index - the number of the window"""
+    which = 'pidx'
+    want = 'long'
+class floating(aetools.NProperty):
+    """floating - Does the window float?"""
+    which = 'isfl'
+    want = 'bool'
+class modal(aetools.NProperty):
+    """modal - Is the window modal?"""
+    which = 'pmod'
+    want = 'bool'
+class resizable(aetools.NProperty):
+    """resizable - Is the window resizable?"""
+    which = 'prsz'
+    want = 'bool'
+class zoomable(aetools.NProperty):
+    """zoomable - Is the window zoomable?"""
+    which = 'iszm'
+    want = 'bool'
+class zoomed(aetools.NProperty):
+    """zoomed - Is the window zoomed?"""
+    which = 'pzum'
+    want = 'bool'
+class name(aetools.NProperty):
+    """name - the title of the window"""
+    which = 'pnam'
+    want = 'itxt'
+class visible(aetools.NProperty):
+    """visible - is the window visible?"""
+    which = 'pvis'
+    want = 'bool'
+class position(aetools.NProperty):
+    """position - upper left coordinates of window"""
+    which = 'ppos'
+    want = 'QDpt'
+
+class document(aetools.ComponentItem):
+    """document - A Document"""
+    want = 'docu'
+# repeated property name the title of the document
+class modified(aetools.NProperty):
+    """modified - Has the document been modified since the last save?"""
+    which = 'imod'
+    want = 'bool'
+application._propdict = {
+}
+application._elemdict = {
+    'window' : window,
+    'document' : document,
+}
+window._propdict = {
+    'bounds' : bounds,
+    'closeable' : closeable,
+    'titled' : titled,
+    'index' : index,
+    'floating' : floating,
+    'modal' : modal,
+    'resizable' : resizable,
+    'zoomable' : zoomable,
+    'zoomed' : zoomed,
+    'name' : name,
+    'visible' : visible,
+    'position' : position,
+}
+window._elemdict = {
+}
+document._propdict = {
+    'name' : name,
+    'modified' : modified,
+}
+document._elemdict = {
+}
+_Enum_savo = {
+    'yes' : 'yes ', # Save objects now
+    'no' : 'no  ',  # Do not save objects
+    'ask' : 'ask ', # Ask the user whether to save
+}
+
+
+#
+# Indices of types declared in this module
+#
+_classdeclarations = {
+    'cwin' : window,
+    'docu' : document,
+    'capp' : application,
+}
+
+_propdeclarations = {
+    'ptit' : titled,
+    'pidx' : index,
+    'ppos' : position,
+    'pnam' : name,
+    'pbnd' : bounds,
+    'imod' : modified,
+    'isfl' : floating,
+    'hclb' : closeable,
+    'iszm' : zoomable,
+    'pmod' : modal,
+    'pzum' : zoomed,
+    'pvis' : visible,
+    'prsz' : resizable,
+}
+
+_compdeclarations = {
+}
+
+_enumdeclarations = {
+    'savo' : _Enum_savo,
+}
+
+"""Suite Miscellaneous Events: Useful events that arenÕt in any other suite
+Level 1, version 1
+
+Generated from Alpha:Desktop Folder:gnuplot.1:gnuplot 3.7.1a
+AETE/AEUT resource version 1/0, language 0, script 0
+"""
+
+import aetools
+import MacOS
+
+_code = 'misc'
+
+class Miscellaneous_Events:
+
+    def revert(self, _object, _attributes={}, **_arguments):
+        """revert: Revert an object to the most recently saved version
+        Required argument: object to revert
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'misc'
+        _subcode = 'rvrt'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+    def do_script(self, _object=None, _attributes={}, **_arguments):
+        """do script: execute a gnuplot script
+        Required argument: a gnuplot script
+        Keyword argument _attributes: AppleEvent attribute dictionary
+        """
+        _code = 'misc'
+        _subcode = 'dosc'
+
+        if _arguments:
+            raise TypeError('No optional args expected')
+        _arguments['----'] = _object
+
+
+        _reply, _arguments, _attributes = self.send(_code, _subcode,
+                _arguments, _attributes)
+        if _arguments.has_key('errn'):
+            raise aetools.Error(aetools.decodeerror(_arguments))
+        # XXXX Optionally decode result
+        if _arguments.has_key('----'):
+            return _arguments['----']
+
+
+#
+# Indices of types declared in this module
+#
+_classdeclarations = {
+}
+
+_propdeclarations = {
+}
+
+_compdeclarations = {
+}
+
+_enumdeclarations = {
+}
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..a4f3391
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,50 @@
+# Id: gp.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp -- a platform-independent interface to a gnuplot process.
+
+This file imports a low-level, platform-independent interface to the
+gnuplot program.  Which interface is imported depends on the platform.
+There are variations of this file for Unix, the Macintosh, and for
+Windows called gp_unix.py, gp_mac.py, and gp_win32.py, respectively.
+Note that the end-user should use the more capable interface from
+__init__.py (i.e., 'import Gnuplot') rather than the low-level
+interface imported by this file.
+
+See gp_unix.py for most documentation about the facilities of the
+gp_*.py modules.
+
+"""
+
+import sys, string
+
+# Low-level communication with gnuplot is platform-dependent.  Import
+# the appropriate implementation of GnuplotProcess based on the
+# platform:
+if sys.platform == 'mac':
+    from gp_mac import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+elif sys.platform == 'win32':
+    from gp_win32 import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+elif sys.platform == 'darwin':
+    from gp_macosx import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+elif sys.platform[:4] == 'java':
+    from gp_java import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+elif sys.platform == 'cygwin':
+    from gp_cygwin import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+else:
+    from gp_unix import GnuplotOpts, GnuplotProcess, test_persist
+
+
+def double_quote_string(s):
+    """Return string s quoted and surrounded by double-quotes for gnuplot."""
+
+    for c in ['\\', '\"']:
+        s = str.replace(s, c, '\\' + c)
+
+    return '"%s"' % (s,)
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_cygwin.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_cygwin.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..565b5bf
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,136 @@
+# Id: gp_cygwin.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1999-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_cygwin -- an interface to gnuplot for cygwin under Windows.
+
+This is identical to gp_win32.py except that prefer_inline_data is
+set.
+
+"""
+
+import Errors
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot under windows.
+
+    See gp_unix.py for details about the meaning of these options.
+    Please let me know if you know better choices for these settings.
+
+    """
+
+    # Command to start up the gnuplot program.  Note that on windows
+    # the main gnuplot program cannot be used directly because it can
+    # not read commands from standard input.  See README for more
+    # information.
+    #
+    # If pgnuplot is in a subdirectory with spaces in its name, extra
+    # quoting is required for windows for it to launch gnuplot.
+    # Moreover, any backslashes in the filename have to be escaped by
+    # writing them as "\\".  Example:
+    #
+    #     gnuplot_command = '"C:\\Program Files\\gp371w32\\pgnuplot.exe"'
+    gnuplot_command = 'pgnuplot.exe'
+
+    # The '-persist' option is not supported on windows:
+    recognizes_persist = 0
+
+    # As far as I know, gnuplot under windows can use binary data:
+    recognizes_binary_splot = 1
+
+    # Apparently gnuplot on windows can use inline data, but we use
+    # non-inline data (i.e., temporary files) by default for no
+    # special reason:
+    prefer_inline_data = 1
+
+    # os.mkfifo is apparently not supported under Windows.
+    support_fifo = 0
+    prefer_fifo_data = 0
+
+    # The default choice for the 'set term' command (to display on
+    # screen):
+    default_term = 'windows'
+
+    # According to the gnuplot help manual, the following can be used
+    # to print directly to a printer under windows.  (Of course it
+    # won't help if your printer can't handle postscript!)
+    default_lpr = 'PRN'
+
+    # Used the 'enhanced' option of postscript by default?  Set to
+    # None (*not* 0!) if your version of gnuplot doesn't support
+    # enhanced postscript.
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+
+try:
+    from sys import hexversion
+except ImportError:
+    hexversion = 0
+
+if hexversion >= 0x02000000:
+    # Apparently at least as of Python 2.0b1, popen support for
+    # windows is adequate.  Give that a try:
+    from os import popen
+else:
+    # For earlier versions, you have to have the win32 extensions
+    # installed and we use the popen that it provides.
+    from win32pipe import popen
+
+
+# Mac doesn't recognize persist.
+def test_persist():
+    return 0
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    See gp_unix.py for usage information.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=0):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+            'persist' -- the '-persist' option is not supported under
+                Windows so this argument must be zero.
+
+        """
+
+        if persist:
+            raise Errors.OptionError(
+                '-persist is not supported under Windows!')
+
+        self.gnuplot = popen(GnuplotOpts.gnuplot_command, 'w')
+
+        # forward write and flush methods:
+        self.write = self.gnuplot.write
+        self.flush = self.gnuplot.flush
+
+    def close(self):
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_java.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_java.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..69e7f8e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,170 @@
+# Id: gp_java.py 291 2006-03-03 08:58:48Z mhagger
+
+# Copyright (C) 2002-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_java -- an interface to gnuplot used under Jython/Java.
+
+This file implements a low-level interface to a gnuplot program run
+via Jython/Java.  This file should be imported through gp.py, which in
+turn should be imported via 'import Gnuplot' rather than these
+low-level interfaces.
+
+"""
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot on generic platforms.
+
+    Store the options in a class to make them easy to import and
+    modify en masse.  If you want to modify the options from the
+    command line or within a running program, do something like the
+    following::
+
+        import Gnuplot
+        Gnuplot.GnuplotOpts.gnuplot_command = '/bin/mygnuplot'
+
+    """
+
+    gnuplot_command = 'gnuplot'
+    recognizes_persist = 1
+    prefer_persist = 0
+    recognizes_binary_splot = 1
+    prefer_inline_data = 0
+    support_fifo = 0
+    prefer_fifo_data = 0
+    default_term = 'x11'
+    default_lpr = '| lpr'
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+import sys
+
+from java.lang import Thread
+from java.lang import Runtime
+
+
+def test_persist():
+    """Determine whether gnuplot recognizes the option '-persist'.
+
+    """
+
+    return GnuplotOpts.recognizes_persist
+
+
+class OutputProcessor(Thread):
+    """In a separate thread, read from one InputStream and output to a file.
+
+    """
+
+    def __init__(self, name, input, output):
+        self.input = input
+        self.output = output
+
+        Thread.__init__(self, name)
+        self.setDaemon(1)
+
+    def run(self):
+        while 1:
+            self.output.write(chr(self.input.read()))
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    This represents a running gnuplot program and the means to
+    communicate with it at a primitive level (i.e., pass it commands
+    or data).  When the object is destroyed, the gnuplot program exits
+    (unless the 'persist' option was set).  The communication is
+    one-way; gnuplot's text output just goes to stdout with no attempt
+    to check it for error messages.
+
+    Members:
+
+
+    Methods:
+
+        '__init__' -- start up the program.
+
+        '__call__' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program,
+            followed by a newline.
+
+        'write' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program.
+
+        'flush' -- cause pending output to be written immediately.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=None):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'persist=1' -- start gnuplot with the '-persist' option,
+              (which leaves the plot window on the screen even after
+              the gnuplot program ends, and creates a new plot window
+              each time the terminal type is set to 'x11').  This
+              option is not available on older versions of gnuplot.
+
+        """
+
+        if persist is None:
+            persist = GnuplotOpts.prefer_persist
+        command = [GnuplotOpts.gnuplot_command]
+        if persist:
+            if not test_persist():
+                raise Exception('-persist does not seem to be supported '
+                       'by your version of gnuplot!')
+            command.append('-persist')
+
+        # This is a kludge: distutils wants to import everything it
+        # sees when making a distribution, and if we just call exec()
+        # normally that causes a SyntaxError in CPython because "exec"
+        # is a keyword.  Therefore, we call the exec() method
+        # indirectly.
+        #self.process = Runtime.getRuntime().exec(command)
+        exec_method = getattr(Runtime.getRuntime(), 'exec')
+        self.process = exec_method(command)
+
+        self.outprocessor = OutputProcessor(
+            'gnuplot standard output processor',
+            self.process.getInputStream(), sys.stdout
+            )
+        self.outprocessor.start()
+        self.errprocessor = OutputProcessor(
+            'gnuplot standard error processor',
+            self.process.getErrorStream(), sys.stderr
+            )
+        self.errprocessor.start()
+
+        self.gnuplot = self.process.getOutputStream()
+
+    def close(self):
+        # ### Does this close the gnuplot process under Java?
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def write(self, s):
+        self.gnuplot.write(s)
+
+    def flush(self):
+        self.gnuplot.flush()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_mac.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_mac.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3ffa9ec
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,129 @@
+# Id: gp_mac.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1999-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+# Thanks to Tony Ingraldi and Noboru Yamamoto for their contributions.
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_mac -- an interface to gnuplot for the Macintosh.
+
+"""
+
+import os, string
+
+import Errors
+
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot on the Macintosh.
+
+    See gp.py for details about the meaning of these options.  Please
+    let me know if you know better choices for these settings."""
+
+    # The '-persist' option is not supported on the Mac:
+    recognizes_persist = 0
+
+    # Apparently the Mac can use binary data:
+    recognizes_binary_splot = 1
+
+    # Apparently the Mac can not use inline data:
+    prefer_inline_data = 0
+
+    # os.mkfifo is not supported on the Mac.
+    support_fifo = 0
+    prefer_fifo_data = 0
+
+    # The default choice for the 'set term' command (to display on screen).
+    # Terminal types are different in Gnuplot 3.7.1c.
+    # For earlier versions, this was default_term = 'macintosh'
+    default_term = 'pict'
+
+    # I don't know how to print directly to a printer on the Mac:
+    default_lpr = '| lpr'
+
+    # Used the 'enhanced' option of postscript by default?  Set to
+    # None (*not* 0!) if your version of gnuplot doesn't support
+    # enhanced postscript.
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+
+# The Macintosh doesn't support pipes so communication is via
+# AppleEvents.
+
+import gnuplot_Suites
+import Required_Suite
+import aetools
+
+
+# Mac doesn't recognize persist.
+def test_persist():
+    return 0
+
+
+class _GNUPLOT(aetools.TalkTo,
+               Required_Suite.Required_Suite,
+               gnuplot_Suites.gnuplot_Suite,
+               gnuplot_Suites.odds_and_ends,
+               gnuplot_Suites.Standard_Suite,
+               gnuplot_Suites.Miscellaneous_Events):
+    """Start a gnuplot program and emulate a pipe to it."""
+
+    def __init__(self):
+        aetools.TalkTo.__init__(self, '{GP}', start=1)
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    See gp_unix.GnuplotProcess for usage information.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=0):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'persist' -- the '-persist' option is not supported on the
+                       Macintosh so this argument must be zero.
+
+        """
+
+        if persist:
+            raise Errors.OptionError(
+                '-persist is not supported on the Macintosh!')
+
+        self.gnuplot = _GNUPLOT()
+
+    def close(self):
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.quit()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def write(self, s):
+        """Mac gnuplot apparently requires '\r' to end statements."""
+
+        self.gnuplot.gnuexec(string.replace(s, '\n', os.linesep))
+
+    def flush(self):
+        pass
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, for immediate execution."""
+
+        # Apple Script doesn't seem to need the trailing '\n'.
+        self.write(s)
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_macosx.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_macosx.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..ad7d761
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,146 @@
+# Id: gp_macosx.py 291 2006-03-03 08:58:48Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_macosx -- an interface to the command line version of gnuplot
+used under Mac OS X.
+
+The only difference between this interface and gp_unix is that
+default_term is 'aqua'.
+
+This file implements a low-level interface to gnuplot.  This file
+should be imported through gp.py, which in turn should be imported via
+'import Gnuplot' rather than using these low-level interfaces
+directly.
+
+"""
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot on Mac OS X.
+
+    See the gp_unix.py for documentation on all of the parameters.
+
+    """
+
+    gnuplot_command = 'gnuplot'
+    recognizes_persist = None # test automatically on first use
+    prefer_persist = 0
+    recognizes_binary_splot = 1
+    prefer_inline_data = 0
+
+    # os.mkfifo should be supported on Mac OS X.  Let me know if I'm
+    # wrong.
+    support_fifo = 1
+    prefer_fifo_data = 1
+
+    default_term = 'aqua'
+    default_lpr = '| lpr'
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+from os import popen
+
+
+def test_persist():
+    """Determine whether gnuplot recognizes the option '-persist'.
+
+    If the configuration variable 'recognizes_persist' is set (i.e.,
+    to something other than 'None'), return that value.  Otherwise,
+    try to determine whether the installed version of gnuplot
+    recognizes the -persist option.  (If it doesn't, it should emit an
+    error message with '-persist' in the first line.)  Then set
+    'recognizes_persist' accordingly for future reference.
+
+    """
+
+    if GnuplotOpts.recognizes_persist is None:
+        import string
+        g = popen('echo | %s -persist 2>&1' % GnuplotOpts.gnuplot_command, 'r')
+        response = g.readlines()
+        g.close()
+        GnuplotOpts.recognizes_persist = (
+            (not response) or (string.find(response[0], '-persist') == -1))
+    return GnuplotOpts.recognizes_persist
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    This represents a running gnuplot program and the means to
+    communicate with it at a primitive level (i.e., pass it commands
+    or data).  When the object is destroyed, the gnuplot program exits
+    (unless the 'persist' option was set).  The communication is
+    one-way; gnuplot's text output just goes to stdout with no attempt
+    to check it for error messages.
+
+    Members:
+
+        'gnuplot' -- the pipe to the gnuplot command.
+
+    Methods:
+
+        '__init__' -- start up the program.
+
+        '__call__' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program,
+            followed by a newline.
+
+        'write' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program.
+
+        'flush' -- cause pending output to be written immediately.
+
+        'close' -- close the connection to gnuplot.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=None):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'persist=1' -- start gnuplot with the '-persist' option,
+              (which leaves the plot window on the screen even after
+              the gnuplot program ends, and creates a new plot window
+              each time the terminal type is set to 'x11').  This
+              option is not available on older versions of gnuplot.
+
+        """
+
+        if persist is None:
+            persist = GnuplotOpts.prefer_persist
+        if persist:
+            if not test_persist():
+                raise Exception('-persist does not seem to be supported '
+                       'by your version of gnuplot!')
+            self.gnuplot = popen('%s -persist' % GnuplotOpts.gnuplot_command,
+                                 'w')
+        else:
+            self.gnuplot = popen(GnuplotOpts.gnuplot_command, 'w')
+
+        # forward write and flush methods:
+        self.write = self.gnuplot.write
+        self.flush = self.gnuplot.flush
+
+    def close(self):
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_unix.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_unix.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..372e233
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,212 @@
+# Id: gp_unix.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_unix -- an interface to gnuplot used for unix platforms.
+
+This file implements a low-level interface to a gnuplot program for a
+unix platform (actually it is used for any non-Windows, non-Mac
+system).  This file should be imported through gp.py, which in turn
+should be imported via 'import Gnuplot' rather than these low-level
+interfaces.
+
+"""
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot on generic platforms.
+
+    Store the options in a class to make them easy to import and
+    modify en masse.  If you want to modify the options from the
+    command line or within a running program, do something like the
+    following::
+
+        import Gnuplot
+        Gnuplot.GnuplotOpts.gnuplot_command = '/bin/mygnuplot'
+
+    """
+
+    # Command to start up the gnuplot program.  If your version of
+    # gnuplot is run otherwise, specify the correct command here.  You
+    # could also specify a full path or append command-line options
+    # here if you wish.
+    gnuplot_command = 'gnuplot'
+
+    # Recent versions of gnuplot (at least for Xwindows) allow a
+    # `-persist' command-line option when starting up gnuplot.  When
+    # this option is specified, graph windows remain on the screen
+    # even after you quit gnuplot (type `q' in the window to close
+    # it).  This can be handy but unfortunately it is not supported by
+    # older versions of gnuplot.  The following configuration variable
+    # specifies whether the user's version of gnuplot recognizes this
+    # option or not.  You can set this variable to 1 (supports
+    # -persist) or 0 (doesn't support) yourself; if you leave it with
+    # the value None then the first time you create a Gnuplot object
+    # it will try to detect automatically whether your version accepts
+    # this option.
+    recognizes_persist = None # test automatically on first use
+
+    # What should be the default if the persist option is not
+    # specified explicitly?
+    prefer_persist = 0
+
+    # Recent versions of gnuplot allow you to specify a `binary'
+    # option to the splot command for grid data, which means that the
+    # data file is to be read in binary format.  This option saves
+    # substantial time writing and reading the file, and can also save
+    # substantial disk space and therefore it is the default for that
+    # type of plot.  But if you have an older version of gnuplot (or
+    # you prefer text format) you can disable the binary option in
+    # either of two ways: (a) set the following variable to 0; or (b)
+    # pass `binary=0' to the GridData constructor.  (Note that the
+    # demo uses binary=0 to maximize portability.)
+    recognizes_binary_splot = 1
+
+    # Data can be passed to gnuplot through a temporary file or as
+    # inline data (i.e., the filename is set to '-' and the data is
+    # entered into the gnuplot interpreter followed by 'e').  If
+    # prefer_inline_data is true, then use the inline method as
+    # default whenever it is supported.  This should be fast but will
+    # use more memory since currently the inline data is put into a
+    # big string when the PlotItem is created.
+    prefer_inline_data = 0
+
+    # Does Python implement the threading module and os.mkfifo on this
+    # operating system?  If so, the _FIFOFileItem class will be
+    # defined in PlotItem.py.
+    support_fifo = 1
+
+    # Should FIFOs be used to send data to gnuplot by default?
+    prefer_fifo_data = 1
+
+    # After a hardcopy is produced, we have to set the terminal type
+    # back to `on screen' using gnuplot's `set terminal' command.  The
+    # following is the usual setting for Xwindows.  If it is wrong,
+    # change the following line to select the terminal type you prefer
+    # to use for on-screen work.
+    default_term = 'x11'
+
+    # Gnuplot can plot to a printer by using "set output '| ...'"
+    # where ... is the name of a program that sends its stdin to a
+    # printer, or by "set output 'printer_device', where
+    # 'printer_device is the name of a file-like interface to the
+    # printer.  On my machine the appropriate program is `lpr', as set
+    # below.  On your computer it may be something different (like
+    # `lp'); you can set that by changing the variable below.  You can
+    # also add options to the print command if needed.
+    default_lpr = '| lpr'
+
+    # Enhanced postscript is an option to the postscript terminal
+    # driver that requests enhanced treatment of strings (for example,
+    # font changes, superscripts, and subscripts).  Set to 1 to enable
+    # or 0 to disable.  If you have a version of gnuplot earlier than
+    # 3.7, you should set this to None (*not* 0!) so that the option
+    # is not used at all.
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+from os import popen
+
+
+def test_persist():
+    """Determine whether gnuplot recognizes the option '-persist'.
+
+    If the configuration variable 'recognizes_persist' is set (i.e.,
+    to something other than 'None'), return that value.  Otherwise,
+    try to determine whether the installed version of gnuplot
+    recognizes the -persist option.  (If it doesn't, it should emit an
+    error message with '-persist' in the first line.)  Then set
+    'recognizes_persist' accordingly for future reference.
+
+    """
+
+    if GnuplotOpts.recognizes_persist is None:
+        import string
+        g = popen('echo | %s -persist 2>&1' % GnuplotOpts.gnuplot_command, 'r')
+        response = g.readlines()
+        g.close()
+        GnuplotOpts.recognizes_persist = (
+            (not response) or (string.find(response[0], '-persist') == -1))
+    return GnuplotOpts.recognizes_persist
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    This represents a running gnuplot program and the means to
+    communicate with it at a primitive level (i.e., pass it commands
+    or data).  When the object is destroyed, the gnuplot program exits
+    (unless the 'persist' option was set).  The communication is
+    one-way; gnuplot's text output just goes to stdout with no attempt
+    to check it for error messages.
+
+    Members:
+
+        'gnuplot' -- the pipe to the gnuplot command.
+
+    Methods:
+
+        '__init__' -- start up the program.
+
+        '__call__' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program,
+            followed by a newline.
+
+        'write' -- pass an arbitrary string to the gnuplot program.
+
+        'flush' -- cause pending output to be written immediately.
+
+        'close' -- close the connection to gnuplot.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=None):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+          'persist=1' -- start gnuplot with the '-persist' option,
+              (which leaves the plot window on the screen even after
+              the gnuplot program ends, and creates a new plot window
+              each time the terminal type is set to 'x11').  This
+              option is not available on older versions of gnuplot.
+
+        """
+
+        if persist is None:
+            persist = GnuplotOpts.prefer_persist
+        if persist:
+            if not test_persist():
+                raise Exception('-persist does not seem to be supported '
+                       'by your version of gnuplot!')
+            self.gnuplot = popen('%s -persist' % GnuplotOpts.gnuplot_command,
+                                 'w')
+        else:
+            self.gnuplot = popen(GnuplotOpts.gnuplot_command, 'w')
+
+        # forward write and flush methods:
+        self.write = self.gnuplot.write
+        self.flush = self.gnuplot.flush
+
+    def close(self):
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_win32.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/gp_win32.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9d9deb6
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,133 @@
+# Id: gp_win32.py 292 2006-03-03 09:49:04Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1999-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""gp_win32 -- an interface to gnuplot for Windows.
+
+"""
+
+import Errors
+
+# ############ Configuration variables: ################################
+
+class GnuplotOpts:
+    """The configuration options for gnuplot under windows.
+
+    See gp_unix.py for details about the meaning of these options.
+    Please let me know if you know better choices for these settings.
+
+    """
+
+    # Command to start up the gnuplot program.  Note that on windows
+    # the main gnuplot program cannot be used directly because it can
+    # not read commands from standard input.  See README for more
+    # information.
+    #
+    # If pgnuplot is in a subdirectory with spaces in its name, extra
+    # quoting is required for windows for it to launch gnuplot.
+    # Moreover, it is suggested to use a raw string to avoid having to
+    # quote backslashes in the filename.  Example:
+    #
+    #     gnuplot_command = r'"C:\Program Files\gp371w32\pgnuplot.exe"'
+    gnuplot_command = r'pgnuplot.exe'
+
+    # The '-persist' option is not supported on windows:
+    recognizes_persist = 0
+
+    # As far as I know, gnuplot under windows can use binary data:
+    recognizes_binary_splot = 1
+
+    # Apparently gnuplot on windows can use inline data, but we use
+    # non-inline data (i.e., temporary files) by default for no
+    # special reason:
+    prefer_inline_data = 0
+
+    # os.mkfifo is apparently not supported under Windows.
+    support_fifo = 0
+    prefer_fifo_data = 0
+
+    # The default choice for the 'set term' command (to display on
+    # screen):
+    default_term = 'windows'
+
+    # According to the gnuplot help manual, the following can be used
+    # to print directly to a printer under windows.  (Of course it
+    # won't help if your printer can't handle postscript!)
+    default_lpr = 'PRN'
+
+    # Used the 'enhanced' option of postscript by default?  Set to
+    # None (*not* 0!) if your version of gnuplot doesn't support
+    # enhanced postscript.
+    prefer_enhanced_postscript = 1
+
+# ############ End of configuration options ############################
+
+
+try:
+    from sys import hexversion
+except ImportError:
+    hexversion = 0
+
+if hexversion >= 0x02000000:
+    # Apparently at least as of Python 2.0b1, popen support for
+    # windows is adequate.  Give that a try:
+    from os import popen
+else:
+    # For earlier versions, you have to have the win32 extensions
+    # installed and we use the popen that it provides.
+    from win32pipe import popen
+
+
+# Mac doesn't recognize persist.
+def test_persist():
+    return 0
+
+
+class GnuplotProcess:
+    """Unsophisticated interface to a running gnuplot program.
+
+    See gp_unix.py for usage information.
+
+    """
+
+    def __init__(self, persist=0):
+        """Start a gnuplot process.
+
+        Create a 'GnuplotProcess' object.  This starts a gnuplot
+        program and prepares to write commands to it.
+
+        Keyword arguments:
+
+            'persist' -- the '-persist' option is not supported under
+                Windows so this argument must be zero.
+
+        """
+
+        if persist:
+            raise Errors.OptionError(
+                '-persist is not supported under Windows!')
+
+        self.gnuplot = popen(GnuplotOpts.gnuplot_command, 'w')
+
+        # forward write and flush methods:
+        self.write = self.gnuplot.write
+        self.flush = self.gnuplot.flush
+
+    def close(self):
+        if self.gnuplot is not None:
+            self.gnuplot.close()
+            self.gnuplot = None
+
+    def __del__(self):
+        self.close()
+
+    def __call__(self, s):
+        """Send a command string to gnuplot, followed by newline."""
+
+        self.write(s + '\n')
+        self.flush()
+
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/termdefs.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/termdefs.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..83c8484
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,479 @@
+# Id: termdefs.py 302 2008-01-14 22:15:19Z bmcage
+
+# Copyright (C) 2001-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""Terminal definition file.
+
+This module describes the options available to gnuplot's various
+terminals.  For the moment, it only supports a few terminals, but the
+infrastructure is here to add others as they are needed.
+
+Part of the trick is that the 'set terminal' command takes myriad
+suboptions with various argument types, and order is sometimes
+significant.  The other part of the trick is that there are over 50
+terminal types, and each terminal has its own set of options.
+
+The strategy here is to define a general mechanism for turning Python
+keyword parameters into fragments of gnuplot command strings.  There
+are a number of classes derived from Arg that do this.  Some take
+string args, some boolean, etc.  Then the list of options that each
+terminal accepts is stored in the terminal_opts dictionary.
+Gnuplot.hardcopy(), in turn, uses this dictionary to interpret its
+keyword arguments and build the 'set terminal' command.
+
+"""
+
+
+import types
+
+import gp, Errors
+
+
+class Arg:
+    """Process terminal subargs and return a command fragment.
+
+    Pull one or more arguments from keyw and output a list of strings
+    that will be appended to the 'set terminal' (separated by spaces).
+    Delete any used args from keyw.  If no relevant options are found,
+    return None.
+
+    This is a base class for the actual argument-processing classes.
+    Derived classes must define a __call__(self, keyw) method
+    returning a list of strings or None.
+
+    """
+
+    pass
+
+
+class ArgOneParam(Arg):
+    """Arg abstract base class specialized for exactly one parameter.
+
+    Members:
+
+        'argname' -- The name of the keyword argument used to pass
+            this argument to Python.
+
+        'default' -- The default value of the argument, used if no
+            keyword parameter is found.  If this is None, then no
+            default is assumed.
+
+    """
+
+    def __init__(self, argname, default):
+        self.argname = argname
+        self.default = default
+
+    def get_option(self, keyw):
+        """Get the keyword argument corresponding to this Arg.
+
+        Look in keyw for the keyword argument needed by this Arg.  If
+        it is found, delete it from keyw and return it.  If it is not
+        found, return self.default.
+
+        """
+
+        try:
+            k = keyw[self.argname]
+        except KeyError:
+            return self.default
+        else:
+            del keyw[self.argname]
+        return k
+
+
+class KeywordArg(ArgOneParam):
+    """Represent an argument that must be passed as a keyword to gnuplot.
+
+    Some gnuplot options take the form of single unquoted keywords
+    (possibly preceded by a fixed keyword).  We allow those to be
+    passed as strings 'option="keyword"'.  Check that the option
+    supplied is in the list of allowed options.
+
+    Members:
+
+        'fixedword' -- the fixed keyword that must precede the
+            variable keyword in the gnuplot command, or None if none
+            is required.
+
+        'options' -- a list of strings containing the legal
+            alternatives for this argument.
+
+    """
+
+    def __init__(self, argname, options, fixedword=None, default=None):
+        ArgOneParam.__init__(self, argname, default)
+        self.fixedword = fixedword
+        self.options = options
+
+    def __call__(self, keyw):
+        k = self.get_option(keyw)
+
+        if k is None:
+            return None
+        elif k in self.options:
+            if self.fixedword is None:
+                return [k]
+            else:
+                return [self.fixedword, k]
+        else:
+            raise Errors.OptionError(
+                'Illegal option %s="%s"' % (self.argname, k,))
+
+
+class StringArg(ArgOneParam):
+    """An option taking a quoted string argument."""
+
+    def __init__(self, argname, fixedword=None, default=None):
+        ArgOneParam.__init__(self, argname, default)
+        self.fixedword = fixedword
+
+    def __call__(self, keyw):
+        k = self.get_option(keyw)
+
+        if k is None:
+            return None
+        elif type(k) is not str:
+            raise Errors.OptionError(
+                'Option %s must be a string' % (self.argname,))
+        else:
+            retval = []
+            if self.fixedword is not None:
+                retval.append(self.fixedword)
+            retval.append('"%s"' % k)
+            return retval
+
+
+class BareStringArg(ArgOneParam):
+    """An arbitrary argument output without quotes.
+
+    The argument can be a string or anything with a str()
+    representation, or a tuple of such things.  Thus this can be used
+    for strings (which will be output without quotation marks),
+    integers, floating point arguments, or multiple arguments of the
+    above types (which will be output separated by spaces).  No
+    checking is done that the argument is sensible.
+
+    """
+
+    def __init__(self, argname, fixedword=None, default=None):
+        ArgOneParam.__init__(self, argname, default)
+        self.fixedword = fixedword
+
+    def __call__(self, keyw):
+        k = self.get_option(keyw)
+
+        if k is None:
+            return None
+        else:
+            retval = []
+            if self.fixedword is not None:
+                retval.append(self.fixedword)
+            if type(k) in (tuple, list):
+                for i in k:
+                    retval.append(str(i))
+            else:
+                retval.append(str(k))
+            return retval
+
+
+class BooleanArg(ArgOneParam):
+    """An argument that takes a true/false value.
+
+    The argument should be 0 or 1.  The option is output to gnuplot as
+    'trueval' if the argument is true or 'falseval' if the argument is
+    false.  Either one can be 'None', in which case nothing is output.
+    'default' should also be 0 or 1.
+
+    """
+
+    def __init__(self, argname, trueval, falseval,
+                 fixedword=None, default=None):
+        ArgOneParam.__init__(self, argname, default)
+        self.trueval = trueval
+        self.falseval = falseval
+        self.fixedword = fixedword
+
+    def __call__(self, keyw):
+        k = self.get_option(keyw)
+        if k is None:
+            return None
+        else:
+            retval = []
+            if self.fixedword is not None:
+                retval.append(self.fixedword)
+            if k:
+                val = self.trueval
+            else:
+                val = self.falseval
+            if val is not None:
+                retval.append(val)
+            return retval
+
+
+class MutuallyExclusiveArgs(Arg):
+    """A group of args, of which either zero or one may be set, but not more.
+
+    Members:
+
+        subargs -- a list [('argname', arg), ...] of Arg instances.
+            'argname' is used to identify the corresponding arg in
+            error messages.  (The name of the corresponding keyword
+            args is determined internally by each arg.)
+
+    """
+
+    def __init__(self, *subargs):
+        self.subargs = list(subargs)
+
+    def __call__(self, keyw):
+        foundargname = None
+        retval = None
+        for (argname, arg,) in self.subargs:
+            cmd = arg(keyw)
+            if cmd is not None:
+                if foundargname is not None:
+                    raise Errors.OptionError(
+                        'Arguments %s and %s cannot both be specified'
+                        % (foundargname, argname,)
+                        )
+                else:
+                    foundargname = argname
+                    retval = cmd
+        return retval # might be None
+
+
+class KeywordOrBooleanArg(Arg):
+    """Allow a keyword arg to be specified either as a keyword or a boolean.
+
+    This arg type is the most flexible way to allow keyword parameters
+    to be specified.  Say there is an option like 'fontsize' that can
+    take the values 'small' or 'large'.  This could be represented as
+
+        'KeywordOrBooleanArg(options=["small", "large"], argname="fontsize")'
+
+    In that case, the fontsize could be specified in any of the
+    following ways:
+
+        'g.hardcopy(..., fontsize="small", ...)'
+        'g.hardcopy(..., fontsize="large", ...)'
+        'g.hardcopy(..., small=1, ...)'
+        'g.hardcopy(..., large=1, ...)'
+
+    If 'argname' is set to be 'None', then the first two possibilities
+    are omitted.
+
+    In the special case that there are exactly two alternatives, one
+    can also use:
+
+        'g.hardcopy(..., small=0, ...) # implies fontsize="large"'
+        'g.hardcopy(..., large=0, ...) # implies fontsize="small"'
+
+    Obviously care must be taken to ensure that none of the implied
+    keyword parameter names conflict with one another or with any of
+    the other Args allowed by a function.
+
+    Members:
+
+        'options' -- a list of strings representing allowed keyword
+            values.  These options can be used as boolean values in
+            the style 'option=1'.
+
+        'argname' -- the name of the argname for the 'arg=value' style
+            of setting the argument.  If 'None', then this style is
+            not allowed.
+
+        'fixedword' -- a fixed keyword that must precede the option,
+            or 'None'.
+
+        'default' -- the default option to set if nothing is set
+            explicitly, or None to leave nothing set in that case.
+
+    """
+
+    def __init__(self, options, argname=None, fixedword=None, default=None):
+        self.options = options
+        self.argname = argname
+        self.fixedword = fixedword
+        self.default = default
+        assert self.default is None or self.default in self.options, \
+               'default must be a valid option'
+
+    def __call__(self, keyw):
+        if self.argname is not None and self.argname in keyw:
+            k = keyw[self.argname]
+            del keyw[self.argname]
+            if k is None:
+                pass
+            elif k in self.options:
+                # Make sure it isn't contradicted by the corresponding boolean:
+                if k in keyw and not keyw[k]:
+                    raise Errors.OptionError(
+                        'Arguments %s and %s are contradictory'
+                        % (self.argname, k,)
+                        )
+                else:
+                    # Store the option into the boolean to be processed below:
+                    keyw[k] = 1
+            else:
+                raise Errors.OptionError(
+                    'Illegal option %s=%s' % (self.argname, k,))
+
+        # Now scan the booleans and make sure that at most one is set:
+        option = None
+        for i in range(len(self.options)):
+            k = self.options[i]
+            if k in keyw:
+                newval = keyw[k]
+                del keyw[k]
+                if newval:
+                    if option is not None:
+                        raise Errors.OptionError(
+                            'Arguments %s and %s cannot both be specified'
+                            % (option, k,)
+                            )
+                    else:
+                        option = k
+                else:
+                    # newval was false.  This is only legal if this
+                    # option only has two possible values:
+                    if len(self.options) == 2:
+                        option = self.options[1 - i]
+                    else:
+                        pass
+
+        if option is None:
+            if self.default is None:
+                return None
+            else:
+                option = self.default
+        retval = []
+        if self.fixedword is not None:
+            retval.append(self.fixedword)
+        retval.append(option)
+        return retval
+
+
+# Now we define the allowed options for a few terminal types.  This
+# table is used by Gnuplot.hardcopy() to construct the necessary 'set
+# terminal' command.
+
+terminal_opts = {}
+
+terminal_opts['postscript'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['landscape', 'portrait', 'eps', 'default'],
+        argname='mode',
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['enhanced', 'noenhanced'],
+        # This default should probably be computed from the *current*
+        # value of GnuplotOpts, not at import time. ###
+        default=(gp.GnuplotOpts.prefer_enhanced_postscript
+                 and 'enhanced'
+                 or 'noenhanced'),
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['color', 'monochrome']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['solid', 'dashed']),
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['defaultplex', 'simplex', 'duplex'],
+        argname='duplexing',
+        ),
+    StringArg(argname='fontname'),
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+    ]
+
+terminal_opts['pdf'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['landscape', 'portrait', 'eps', 'default'],
+        argname='mode',
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['color', 'monochrome']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['solid', 'dashed']),
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['defaultplex', 'simplex', 'duplex'],
+        argname='duplexing',
+        ),
+    StringArg(argname='fontname'),
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+    ]
+
+terminal_opts['png'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['small', 'medium', 'large'],
+        argname='fontsize',
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['monochrome', 'gray', 'color']),
+    ]
+
+terminal_opts['fig'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(options=['monochrome', 'color']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['small', 'big']),
+    BareStringArg(argname='pointsmax', fixedword='pointsmax'),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['landscape', 'portrait']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['metric', 'inches']),
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+    BareStringArg(argname='size'), # needs a tuple of two doubles
+    BareStringArg(argname='thickness'),
+    BareStringArg(argname='depth'),
+    ]
+
+terminal_opts['cgm'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['landscape', 'portrait', 'default'],
+        argname='mode',
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['color', 'monochrome']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['rotate', 'norotate']),
+    BareStringArg(argname='width', fixedword='width'),
+    BareStringArg(argname='linewidth', fixedword='linewidth'),
+    StringArg(argname='font'),
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+    ]
+
+terminal_opts['pict'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(
+        options=['landscape', 'portrait', 'default'],
+        argname='mode',
+        ),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['color', 'monochrome']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['dashes', 'nodashes']),
+
+    # default font, which must be a valid pict font:
+    StringArg(argname='fontname'),
+
+    # default font size, in points:
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+
+    # width of plot in pixels:
+    BareStringArg(argname='width'),
+
+    # height of plot in pixels:
+    BareStringArg(argname='height'),
+
+    ]
+
+terminal_opts['mp'] = [
+    KeywordOrBooleanArg(options=['color', 'colour', 'monochrome']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['solid', 'dashed']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['notex', 'tex', 'latex']),
+    BareStringArg(argname='magnification'),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['psnfss', 'psnfss-version7', 'nopsnfss']),
+    BareStringArg(argname='prologues'),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['a4paper']),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['amstex']),
+    StringArg(argname='fontname'),
+    BareStringArg(argname='fontsize'),
+    ]
+
+terminal_opts['svg'] = [
+    BareStringArg(argname='size', fixedword='size'),  # tuple of two doubles
+    KeywordOrBooleanArg(options=['fixed', 'dynamic']),
+    StringArg(argname='fname', fixedword='fname'),
+    BareStringArg(argname='fsize', fixedword='fsize'),
+    KeywordOrBooleanArg(options=['enhanced', 'noenhanced']),
+    StringArg(argname='fontfile', fixedword='fontfile'),
+    ]
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/test.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/test.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..8f793c4
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,335 @@
+#! /usr/bin/env python
+
+# Id: test.py 302 2008-01-14 22:15:19Z bmcage
+
+# Copyright (C) 1999-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""test.py -- Exercise the Gnuplot.py module.
+
+This module is not meant to be a flashy demonstration; rather it is a
+thorough test of many combinations of Gnuplot.py features.
+
+"""
+
+import os, time, math, tempfile
+import numpy
+
+try:
+    import Gnuplot, Gnuplot.PlotItems, Gnuplot.funcutils
+except ImportError:
+    # kludge in case Gnuplot hasn't been installed as a module yet:
+    import __init__
+    Gnuplot = __init__
+    import PlotItems
+    Gnuplot.PlotItems = PlotItems
+    import funcutils
+    Gnuplot.funcutils = funcutils
+
+
+def wait(str=None, prompt='Press return to show results...\n'):
+    if str is not None:
+        print(str)
+    input(prompt)
+
+
+def main():
+    """Exercise the Gnuplot module."""
+
+    print (
+        'This program exercises many of the features of Gnuplot.py.  The\n'
+        'commands that are actually sent to gnuplot are printed for your\n'
+        'enjoyment.'
+        )
+
+    wait('Popping up a blank gnuplot window on your screen.')
+    g = Gnuplot.Gnuplot(debug=1)
+    g.clear()
+
+    # Make two temporary files:
+    if hasattr(tempfile, 'mkstemp'):
+        (fd, filename1,) = tempfile.mkstemp(text=1)
+        f = os.fdopen(fd, 'w')
+        (fd, filename2,) = tempfile.mkstemp(text=1)
+    else:
+        filename1 = tempfile.mktemp()
+        f = open(filename1, 'w')
+        filename2 = tempfile.mktemp()
+    try:
+        for x in numpy.arange(100.)/5. - 10.:
+            f.write('%s %s %s\n' % (x, math.cos(x), math.sin(x)))
+        f.close()
+
+        print('############### test Func ###################################')
+        wait('Plot a gnuplot-generated function')
+        g.plot(Gnuplot.Func('sin(x)'))
+
+        wait('Set title and axis labels and try replot()')
+        g.title('Title')
+        g.xlabel('x')
+        g.ylabel('y')
+        g.replot()
+
+        wait('Style linespoints')
+        g.plot(Gnuplot.Func('sin(x)', with_='linespoints'))
+        wait('title=None')
+        g.plot(Gnuplot.Func('sin(x)', title=None))
+        wait('title="Sine of x"')
+        g.plot(Gnuplot.Func('sin(x)', title='Sine of x'))
+        wait('axes=x2y2')
+        g.plot(Gnuplot.Func('sin(x)', axes='x2y2', title='Sine of x'))
+
+        print('Change Func attributes after construction:')
+        f = Gnuplot.Func('sin(x)')
+        wait('Original')
+        g.plot(f)
+        wait('Style linespoints')
+        f.set_option(with_='linespoints')
+        g.plot(f)
+        wait('title=None')
+        f.set_option(title=None)
+        g.plot(f)
+        wait('title="Sine of x"')
+        f.set_option(title='Sine of x')
+        g.plot(f)
+        wait('axes=x2y2')
+        f.set_option(axes='x2y2')
+        g.plot(f)
+
+        print('############### test File ###################################')
+        wait('Generate a File from a filename')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1))
+
+        wait('Style lines')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, with_='lines'))
+
+        wait('using=1, using=(1,)')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, using=1, with_='lines'),
+               Gnuplot.File(filename1, using=(1,), with_='points'))
+        wait('using=(1,2), using="1:3"')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, using=(1,2)),
+               Gnuplot.File(filename1, using='1:3'))
+
+        wait('every=5, every=(5,)')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, every=5, with_='lines'),
+               Gnuplot.File(filename1, every=(5,), with_='points'))
+        wait('every=(10,None,0), every="10::5"')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, with_='lines'),
+               Gnuplot.File(filename1, every=(10,None,0)),
+               Gnuplot.File(filename1, every='10::5'))
+
+        wait('title=None')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, title=None))
+        wait('title="title"')
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1, title='title'))
+
+        print('Change File attributes after construction:')
+        f = Gnuplot.File(filename1)
+        wait('Original')
+        g.plot(f)
+        wait('Style linespoints')
+        f.set_option(with_='linespoints')
+        g.plot(f)
+        wait('using=(1,3)')
+        f.set_option(using=(1,3))
+        g.plot(f)
+        wait('title=None')
+        f.set_option(title=None)
+        g.plot(f)
+
+        print('############### test Data ###################################')
+        x = numpy.arange(100)/5. - 10.
+        y1 = numpy.cos(x)
+        y2 = numpy.sin(x)
+        d = numpy.transpose((x,y1,y2))
+
+        wait('Plot Data against its index')
+        g.plot(Gnuplot.Data(y2, inline=0))
+
+        wait('Plot Data, specified column-by-column')
+        g.plot(Gnuplot.Data(x,y2, inline=0))
+        wait('Same thing, saved to a file')
+        Gnuplot.Data(x,y2, inline=0, filename=filename1)
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.plot(Gnuplot.Data(x,y2, inline=1))
+
+        wait('Plot Data, specified by an array')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, inline=0))
+        wait('Same thing, saved to a file')
+        Gnuplot.Data(d, inline=0, filename=filename1)
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, inline=1))
+        wait('with_="lp 4 4"')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, with_='lp 4 4'))
+        wait('cols=0')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, cols=0))
+        wait('cols=(0,1), cols=(0,2)')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, cols=(0,1), inline=0),
+               Gnuplot.Data(d, cols=(0,2), inline=0))
+        wait('Same thing, saved to files')
+        Gnuplot.Data(d, cols=(0,1), inline=0, filename=filename1)
+        Gnuplot.Data(d, cols=(0,2), inline=0, filename=filename2)
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1), Gnuplot.File(filename2))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, cols=(0,1), inline=1),
+               Gnuplot.Data(d, cols=(0,2), inline=1))
+        wait('Change title and replot()')
+        g.title('New title')
+        g.replot()
+        wait('title=None')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, title=None))
+        wait('title="Cosine of x"')
+        g.plot(Gnuplot.Data(d, title='Cosine of x'))
+
+        print('############### test compute_Data ###########################')
+        x = numpy.arange(100)/5. - 10.
+
+        wait('Plot Data, computed by Gnuplot.py')
+        g.plot(
+            Gnuplot.funcutils.compute_Data(x, lambda x: math.cos(x), inline=0)
+            )
+        wait('Same thing, saved to a file')
+        Gnuplot.funcutils.compute_Data(
+            x, lambda x: math.cos(x), inline=0, filename=filename1
+            )
+        g.plot(Gnuplot.File(filename1))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.plot(Gnuplot.funcutils.compute_Data(x, math.cos, inline=1))
+        wait('with_="lp 4 4"')
+        g.plot(Gnuplot.funcutils.compute_Data(x, math.cos, with_='lp 4 4'))
+
+        print('############### test hardcopy ###############################')
+        print('******** Generating postscript file "gp_test.ps" ********')
+        wait()
+        g.plot(Gnuplot.Func('cos(0.5*x*x)', with_='linespoints 2 2',
+                       title='cos(0.5*x^2)'))
+        g.hardcopy('gp_test.ps')
+
+        wait('Testing hardcopy options: mode="eps"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', mode='eps')
+        wait('Testing hardcopy options: mode="landscape"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', mode='landscape')
+        wait('Testing hardcopy options: mode="portrait"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', mode='portrait')
+        wait('Testing hardcopy options: eps=1')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', eps=1)
+        wait('Testing hardcopy options: mode="default"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', mode='default')
+        wait('Testing hardcopy options: enhanced=1')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', enhanced=1)
+        wait('Testing hardcopy options: enhanced=0')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', enhanced=0)
+        wait('Testing hardcopy options: color=1')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', color=1)
+        # For some reason,
+        #    g.hardcopy('gp_test.ps', color=0, solid=1)
+        # doesn't work here (it doesn't activate the solid option), even
+        # though the command sent to gnuplot looks correct.  I'll
+        # tentatively conclude that it is a gnuplot bug. ###
+        wait('Testing hardcopy options: color=0')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', color=0)
+        wait('Testing hardcopy options: solid=1')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', solid=1)
+        wait('Testing hardcopy options: duplexing="duplex"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', solid=0, duplexing='duplex')
+        wait('Testing hardcopy options: duplexing="defaultplex"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', duplexing='defaultplex')
+        wait('Testing hardcopy options: fontname="Times-Italic"')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', fontname='Times-Italic')
+        wait('Testing hardcopy options: fontsize=20')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', fontsize=20)
+
+        print('******** Generating svg file "gp_test.svg" ********')
+        wait()
+        g.plot(Gnuplot.Func('cos(0.5*x*x)', with_='linespoints 2 2',
+                       title='cos(0.5*x^2)'))
+        g.hardcopy('gp_test.svg', terminal='svg')
+
+        wait('Testing hardcopy svg options: enhanced')
+        g.hardcopy('gp_test.ps', terminal='svg', enhanced='1')
+
+        print('############### test shortcuts ##############################')
+        wait('plot Func and Data using shortcuts')
+        g.plot('sin(x)', d)
+
+        print('############### test splot ##################################')
+        wait('a 3-d curve')
+        g.splot(Gnuplot.Data(d, with_='linesp', inline=0))
+        wait('Same thing, saved to a file')
+        Gnuplot.Data(d, inline=0, filename=filename1)
+        g.splot(Gnuplot.File(filename1, with_='linesp'))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.splot(Gnuplot.Data(d, with_='linesp', inline=1))
+
+        print('############### test GridData and compute_GridData ##########')
+        # set up x and y values at which the function will be tabulated:
+        x = numpy.arange(35)/2.0
+        y = numpy.arange(30)/10.0 - 1.5
+        # Make a 2-d array containing a function of x and y.  First create
+        # xm and ym which contain the x and y values in a matrix form that
+        # can be `broadcast' into a matrix of the appropriate shape:
+        xm = x[:,numpy.newaxis]
+        ym = y[numpy.newaxis,:]
+        m = (numpy.sin(xm) + 0.1*xm) - ym**2
+        wait('a function of two variables from a GridData file')
+        g('set parametric')
+        g('set style data lines')
+        g('set hidden')
+        g('set contour base')
+        g.xlabel('x')
+        g.ylabel('y')
+        g.splot(Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=0, inline=0))
+        wait('Same thing, saved to a file')
+        Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=0, inline=0, filename=filename1)
+        g.splot(Gnuplot.File(filename1, binary=0))
+        wait('Same thing, inline data')
+        g.splot(Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=0, inline=1))
+
+        wait('The same thing using binary mode')
+        g.splot(Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=1))
+        wait('Same thing, using binary mode and an intermediate file')
+        Gnuplot.GridData(m,x,y, binary=1, filename=filename1)
+        g.splot(Gnuplot.File(filename1, binary=1))
+
+        wait('The same thing using compute_GridData to tabulate function')
+        g.splot(Gnuplot.funcutils.compute_GridData(
+            x,y, lambda x,y: math.sin(x) + 0.1*x - y**2,
+            ))
+        wait('Same thing, with an intermediate file')
+        Gnuplot.funcutils.compute_GridData(
+            x,y, lambda x,y: math.sin(x) + 0.1*x - y**2,
+            filename=filename1)
+        g.splot(Gnuplot.File(filename1, binary=1))
+
+        wait('Use compute_GridData in ufunc and binary mode')
+        g.splot(Gnuplot.funcutils.compute_GridData(
+            x,y, lambda x,y: numpy.sin(x) + 0.1*x - y**2,
+            ufunc=1, binary=1,
+            ))
+        wait('Same thing, with an intermediate file')
+        Gnuplot.funcutils.compute_GridData(
+            x,y, lambda x,y: numpy.sin(x) + 0.1*x - y**2,
+            ufunc=1, binary=1,
+            filename=filename1)
+        g.splot(Gnuplot.File(filename1, binary=1))
+
+        wait('And now rotate it a bit')
+        for view in range(35,70,5):
+            g('set view 60, %d' % view)
+            g.replot()
+            time.sleep(1.0)
+
+        wait(prompt='Press return to end the test.\n')
+    finally:
+        os.unlink(filename1)
+        os.unlink(filename2)
+
+
+# when executed, just run main():
+if __name__ == '__main__':
+    main()
+
diff --git a/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/utils.py b/src/daComposant/daNumerics/Gnuplot/utils.py
new file mode 100644 (file)
index 0000000..aece726
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,107 @@
+#! /usr/bin/env python
+
+# Id: utils.py 297 2007-03-30 11:25:28Z mhagger
+
+# Copyright (C) 1998-2003 Michael Haggerty <mhagger@alum.mit.edu>
+#
+# This file is licensed under the GNU Lesser General Public License
+# (LGPL).  See LICENSE.txt for details.
+
+"""utils.py -- Utility functions used by Gnuplot.
+
+This module contains utility functions used by Gnuplot.py which aren't
+particularly gnuplot-related.
+
+"""
+
+import string
+import numpy
+
+def float_array(m):
+    """Return the argument as a numpy array of type at least 'Float32'.
+
+    Leave 'Float64' unchanged, but upcast all other types to
+    'Float32'.  Allow also for the possibility that the argument is a
+    python native type that can be converted to a numpy array using
+    'numpy.asarray()', but in that case don't worry about
+    downcasting to single-precision float.
+
+    """
+
+    try:
+        # Try Float32 (this will refuse to downcast)
+        return numpy.asarray(m, numpy.float32)
+    except TypeError:
+        # That failure might have been because the input array was
+        # of a wider data type than float32; try to convert to the
+        # largest floating-point type available:
+        # NOTE TBD: I'm not sure float_ is the best data-type for this...
+        try:
+            return numpy.asarray(m, numpy.float_)
+        except TypeError:
+            # TBD: Need better handling of this error!
+            print("Fatal: array dimensions not equal!")
+            return None
+
+def write_array(f, set,
+                item_sep=' ',
+                nest_prefix='', nest_suffix='\n', nest_sep=''):
+    """Write an array of arbitrary dimension to a file.
+
+    A general recursive array writer.  The last four parameters allow
+    a great deal of freedom in choosing the output format of the
+    array.  The defaults for those parameters give output that is
+    gnuplot-readable.  But using '(",", "{", "}", ",\n")' would output
+    an array in a format that Mathematica could read.  'item_sep'
+    should not contain '%' (or if it does, it should be escaped to
+    '%%') since it is put into a format string.
+
+    The default 2-d file organization::
+
+        set[0,0] set[0,1] ...
+        set[1,0] set[1,1] ...
+
+    The 3-d format::
+
+        set[0,0,0] set[0,0,1] ...
+        set[0,1,0] set[0,1,1] ...
+
+        set[1,0,0] set[1,0,1] ...
+        set[1,1,0] set[1,1,1] ...
+
+    """
+
+    if len(set.shape) == 1:
+        (columns,) = set.shape
+        assert columns > 0
+        fmt = item_sep.join(["%s"] * columns)
+        f.write(nest_prefix)
+        f.write(fmt % tuple(set.tolist()))
+        f.write(nest_suffix)
+    elif len(set.shape) == 2:
+        # This case could be done with recursion, but `unroll' for
+        # efficiency.
+        (points, columns) = set.shape
+        assert points > 0 and columns > 0
+        fmt = item_sep.join(["%s"] * columns)
+        f.write(nest_prefix + nest_prefix)
+        f.write(fmt % tuple(set[0].tolist()))
+        f.write(nest_suffix)
+        for point in set[1:]:
+            f.write(nest_sep + nest_prefix)
+            f.write(fmt % tuple(point.tolist()))
+            f.write(nest_suffix)
+        f.write(nest_suffix)
+    else:
+        # Use recursion for three or more dimensions:
+        assert set.shape[0] > 0
+        f.write(nest_prefix)
+        write_array(f, set[0],
+                    item_sep, nest_prefix, nest_suffix, nest_sep)
+        for subset in set[1:]:
+            f.write(nest_sep)
+            write_array(f, subset,
+                        item_sep, nest_prefix, nest_suffix, nest_sep)
+        f.write(nest_suffix)
+
+