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authorJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Wed, 26 Sep 2012 16:01:45 +0000 (18:01 +0200)
committerJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Wed, 26 Sep 2012 16:22:23 +0000 (18:22 +0200)
36 files changed:
bin/AdaoCatalogGenerator.py
bin/AdaoYacsSchemaCreator.py
bin/Makefile.am
bin/qtEficas_adao_study.py.in
doc/conf.py
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examples/daSalome/test003_bis_ADAO_scripts_for_JDC.py
examples/daSalome/test003_bis_ADAO_user_data_init.py
examples/daSalome/test004_ADAO_scripts_for_JDC.py
examples/daSalome/test005_ADAO_scripts_for_JDC.py
examples/daSalome/test006_Observers_Observation_Operator.py
examples/daSalome/test006_Observers_init.py
examples/daSalome/test006_Observers_var.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/ADAO_Case.comm.in
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Makefile.am
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Physical_data_and_covariance_matrices.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Physical_simulation_functions.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_AlgorithmParameters.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_BackgroundError_B.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_Background_xb.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_ObservationError_R.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_ObservationOperator_H.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_Observation_yo.py
examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts/Script_UserPostAnalysis.py
resources/ADAOCatalog.xml
resources/ADAOSchemaCatalog.xml
resources/SalomeApp.xml
src/daComposant/daCore/AssimilationStudy.py
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src/daComposant/daCore/Logging.py
src/daComposant/daCore/Persistence.py
src/daComposant/daCore/PlatformInfo.py
src/daComposant/daCore/__init__.py
src/daComposant/daCore/version.py
src/daSalome/daYacsIntegration/daOptimizerLoop.py
src/daSalome/daYacsIntegration/daStudy.py

index 5e9e23e9eae790200f5ae036704cfb36a3487ab4..8ae595cc3ee568c01db32b25fac54e1d00427788 100644 (file)
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-#  Copyright (C) 2008-2011  EDF R&D
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-#  version 2.1 of the License.
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-#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-#  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
-#  Lesser General Public License for more details.
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+# License as published by the Free Software Foundation; either
+# version 2.1 of the License.
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-#  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
-#  License along with this library; if not, write to the Free Software
-#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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-# Author : André RIBES (EDF R&D)
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 import logging
 import traceback
@@ -52,7 +51,7 @@ def F_${data_name}(statut) : return FACT(statut = statut,
                                                      ),
                                          STRING_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'String', ) ",
 
-                                                      STRING = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", fr="En attente d'une chaine de caractères entre guillements, qui soit valide pour construire un vecteur : une suite de nombres, utilisant un espace ou une virgule pour séparer deux éléments et un point-virgule pour séparer deux lignes", ang="Waiting for a string in quotes, valid to build a vector: a floats serie, using a space or comma to separate two elements in a line, a semi-colon to separate rows"),
+                                                      STRING = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", fr="En attente d'une chaine de caractères entre guillements. Pour construire un vecteur, ce doit être une suite de nombres, utilisant un espace ou une virgule pour séparer deux éléments et un point-virgule pour séparer deux lignes", ang="Waiting for a string in quotes. To build a vector, it has to be a float serie, using a space or comma to separate two elements in a line, a semi-colon to separate rows"),
                                                      ),
                                          SCRIPTWITHFUNCTIONS_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'ScriptWithFunctions', ) ",
 
index 0f571403db3fa26bf37c05199f7773e0bf73d7f5..4f4122b6b3d1644660c8b4f9d23cb4cc11e2bc26 100644 (file)
@@ -1,5 +1,6 @@
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-#  Copyright (C) 2008-2011  EDF R&D
+#
+#  Copyright (C) 2008-2012  EDF R&D
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 #  modify it under the terms of the GNU General Public
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 #  License along with this library; if not, write to the Free Software
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-# Author : André RIBES (EDF R&D)
-# --
+#  Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
 
 import sys
 import os
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-# Copyright (C) 2010-2011 EDF R&D
+# Copyright (C) 2010-2012 EDF R&D
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 #!/usr/bin/env python
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-# Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
-
+# Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
 
 """
-   Ce module sert à lancer EFICAS pour Adao
+   Ce module sert à lancer EFICAS pour Adao
 """
 
 import sys
index bf40291f2f1bd37526741799c008dd3e01c63da5..aa1efa24c03347c0aea0c50160b26faa250b3184 100644 (file)
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 # built documents.
 #
 # The short X.Y version.
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+version = '6.6.0'
 # The full version, including alpha/beta/rc tags.
-release = '6.5.0'
+release = '6.6.0'
 
 # The language for content autogenerated by Sphinx. Refer to documentation
 # for a list of supported languages.
index 364e78228f90f5c97ecfbb7c3744c6d8adc024d3..35fdbdeebc7c9431f62c236edf5ae0bb1f501193 100644 (file)
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 import numpy
 import logging
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 import numpy
 import time
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 import numpy
 numpy.random.seed(1000)
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 #
 # See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
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-# Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
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 import numpy
 #
index a6ca3e1895955749f9dcf21d3be875064ff1481f..9752c17537a4d8c799d4fc0fbe187af6cf8b8c79 100644 (file)
@@ -3,19 +3,24 @@ ASSIMILATION_STUDY(Study_name='ADAO skeleton case',
                    Study_repertory='@prefix@/share/salome/adao_examples/daSkeletons/External_data_definition_by_scripts',
                    Debug=0,
                    Algorithm='3DVAR',
-                   Background=_F(INPUT_TYPE='Vector',
+                   Background=_F(Stored=0,
+                                 INPUT_TYPE='Vector',
                                  data=_F(FROM='Script',
                                          SCRIPT_FILE='Script_Background_xb.py',),),
-                   BackgroundError=_F(INPUT_TYPE='Matrix',
+                   BackgroundError=_F(Stored=0,
+                                      INPUT_TYPE='Matrix',
                                       data=_F(FROM='Script',
                                               SCRIPT_FILE='Script_BackgroundError_B.py',),),
-                   Observation=_F(INPUT_TYPE='Vector',
+                   Observation=_F(Stored=0,
+                                  INPUT_TYPE='Vector',
                                   data=_F(FROM='Script',
                                           SCRIPT_FILE='Script_Observation_yo.py',),),
-                   ObservationError=_F(INPUT_TYPE='Matrix',
+                   ObservationError=_F(Stored=0,
+                                       INPUT_TYPE='Matrix',
                                        data=_F(FROM='Script',
                                                SCRIPT_FILE='Script_ObservationError_R.py',),),
-                   ObservationOperator=_F(INPUT_TYPE='Function',
+                   ObservationOperator=_F(Stored=0,
+                                          INPUT_TYPE='Function',
                                           data=_F(FROM='FunctionDict',
                                                   FUNCTIONDICT_FILE='Script_ObservationOperator_H.py',),),
                    AlgorithmParameters=_F(INPUT_TYPE='Dict',
index 2956aadcfca45e89ed1f70cf1b28573d54912b43..c828b30a68e27451f7e0921f0504d4723520fdee 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
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+# Copyright (C) 2010-2012 EDF R&D
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@@ -1,6 +1,6 @@
 #-*-coding:iso-8859-1-*-
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-#  Copyright (C) 2008-201 EDF R&D
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@@ -30,17 +30,13 @@ __doc__ = """
     """
 __author__ = "Jean-Philippe ARGAUD"
 #
-# ==============================================================================
-#
 import os, numpy, time
 #
+# ==============================================================================
+#
 def FunctionH( XX ):
     """ Direct non-linear simulation operator """
     #
-    # NEED TO BE COMPLETED
-    # NEED TO BE COMPLETED
-    # NEED TO BE COMPLETED
-    #
     # --------------------------------------> EXAMPLE TO BE REMOVED
     if type(XX) is type(numpy.matrix([])):  # EXAMPLE TO BE REMOVED
         HX = XX.A1.tolist()                 # EXAMPLE TO BE REMOVED
@@ -51,43 +47,15 @@ def FunctionH( XX ):
     # --------------------------------------> EXAMPLE TO BE REMOVED
     #
     return numpy.array( HX )
-
-# ==============================================================================
-def TangentH( X, increment = 0.01, centeredDF = False ):
-    """
-    Calcul de l'opérateur tangent comme la Jacobienne par différences finies,
-    c'est-à-dire le gradient de H en X. On utilise des différences finies
-    directionnelles autour du point X.
-    
-    Différences finies centrées :
-    1/ Pour chaque composante i de X, on ajoute et on enlève la perturbation
-       dX[i] à la  composante X[i], pour composer X_plus_dXi et X_moins_dXi, et
-       on calcule les réponses HX_plus_dXi = H( X_plus_dXi ) et HX_moins_dXi =
-       H( X_moins_dXi )
-    2/ On effectue les différences (HX_plus_dXi-HX_moins_dXi) et on divise par
-       le pas 2*dXi
-    3/ Chaque résultat, par composante, devient une colonne de la Jacobienne
-    
-    Différences finies non centrées :
-    1/ Pour chaque composante i de X, on ajoute la perturbation dX[i] à la 
-       composante X[i] pour composer X_plus_dXi, et on calcule la réponse
-       HX_plus_dXi = H( X_plus_dXi )
-    2/ On calcule la valeur centrale HX = H(X)
-    3/ On effectue les différences (HX_plus_dXi-HX) et on divise par
-       le pas dXi
-    4/ Chaque résultat, par composante, devient une colonne de la Jacobienne
-    
-    """
-    print
-    print "  == Calcul de la Jacobienne avec un incrément de %s*X"%increment
+#
+def TangentHMatrix( X, increment = 0.01, centeredDF = False ):
+    """ Tangent operator (Jacobian) calculated by finite differences """
     #
     dX  = increment * X.A1
     #
     if centeredDF:
-        #
-        # Boucle de calcul des colonnes de la Jacobienne
-        # ----------------------------------------------
-        Jacobienne  = []
+        # 
+        Jacobian  = []
         for i in range( len(dX) ):
             X_plus_dXi     = numpy.array( X.A1 )
             X_plus_dXi[i]  = X[i] + dX[i]
@@ -99,12 +67,10 @@ def TangentH( X, increment = 0.01, centeredDF = False ):
             #
             HX_Diff = ( HX_plus_dXi - HX_moins_dXi ) / (2.*dX[i])
             #
-            Jacobienne.append( HX_Diff )
+            Jacobian.append( HX_Diff )
         #
     else:
         #
-        # Boucle de calcul des colonnes de la Jacobienne
-        # ----------------------------------------------
         HX_plus_dX = []
         for i in range( len(dX) ):
             X_plus_dXi    = numpy.array( X.A1 )
@@ -114,35 +80,31 @@ def TangentH( X, increment = 0.01, centeredDF = False ):
             #
             HX_plus_dX.append( HX_plus_dXi )
         #
-        # Calcul de la valeur centrale
-        # ----------------------------
         HX = FunctionH( X )
         #
-        # Calcul effectif de la Jacobienne par différences finies
-        # -------------------------------------------------------
-        Jacobienne = []
+        Jacobian = []
         for i in range( len(dX) ):
-            Jacobienne.append( ( HX_plus_dX[i] - HX ) / dX[i] )
+            Jacobian.append( ( HX_plus_dX[i] - HX ) / dX[i] )
     #
-    Jacobienne = numpy.matrix( Jacobienne )
-    print
-    print "  == Fin du calcul de la Jacobienne"
+    Jacobian = numpy.matrix( Jacobian )
     #
-    return Jacobienne
-
-# ==============================================================================
+    return Jacobian
+#
+def TangentH( X ):
+    """ Tangent operator """
+    _X = numpy.asmatrix(X).flatten().T
+    HtX = self.TangentHMatrix( _X ) * _X
+    return HtX.A1
+#
 def AdjointH( (X, Y) ):
-    """
-    Calcul de l'adjoint à l'aide de la Jacobienne.
-    """
-    Jacobienne = TangentH( X, centeredDF = False )
+    """ Ajoint operator """
+    #
+    Jacobian = TangentHMatrix( X, centeredDF = False )
     #
-    # Calcul de la valeur de l'adjoint en X appliqué à Y
-    # --------------------------------------------------
     Y = numpy.asmatrix(Y).flatten().T
-    HtY = numpy.dot(Jacobienne, Y)
+    HaY = numpy.dot(Jacobian, Y)
     #
-    return HtY.A1
+    return HaY.A1
 
 # ==============================================================================
 if __name__ == "__main__":
index 653b10c8609bcfbec49890d220b8c723717738d9..ff7f11b167c9da890cc7138f05d8c090017640a9 100644 (file)
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@@ -54,6 +54,7 @@ logging.info("ComputationFunctionNode: Found method is \'%s\'"%method)
 # ----------------------------------------------------------
 logging.info("ComputationFunctionNode: Loading operator functions")
 FunctionH = Physical_simulation_functions.FunctionH
+TangentH  = Physical_simulation_functions.TangentH
 AdjointH  = Physical_simulation_functions.AdjointH
 #
 # Executing the possible computations
index 2d7e8df451a6d0a8c21dbce690472a7f10125b8f..c00cae770c80562381e6f9dc046d20a4df835826 100644 (file)
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index 10f23835b3271274b8469c271ece27df368feff1..8d8e0e704db61b1d753cb410dfa90e6246d234ed 100644 (file)
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 <!--
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-  Author: Andre Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
+  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
 -->
 
 <!-- XML component catalog -->
index 273ef160aeef0db8053f880c9bdc902870732c17..063743ee7e764e70d915aefaf09bf4ce2d6bd9ac 100644 (file)
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-  Author: Andre Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
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 -->
 <proc>
 
index f2697ecaf7d421a0cf5e03f5c2f4b360dc1e9497..c6aa0395fdf96671cb72055bdb83b05912c1f0ff 100644 (file)
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-  Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
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 -->
 <document>
   <section name="ADAO">
@@ -26,7 +26,7 @@
     <parameter name="icon"          value="ADAO.png"/>
     <parameter name="library"       value="SalomePyQtGUI"/>
     <parameter name="documentation" value="adao_help"/>
-    <parameter name="version"       value="6.5.0"/>
+    <parameter name="version"       value="6.6.0"/>
   </section>
   <section name="resources">
     <!-- Module resources -->
index 83302b8793eb140c82596e5fdde1624d93501d3b..0df9ff16c5dc672d62208c9ac2f817a2c41d8970 100644 (file)
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-#  version 2.1 of the License.
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-#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
-#  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
-#  Lesser General Public License for more details.
+# This library is distributed in the hope that it will be useful,
+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+# Lesser General Public License for more details.
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-#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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+# License along with this library; if not, write to the Free Software
+# Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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 #
-#  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+# Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
 
 __doc__ = """
     Définit les outils généraux élémentaires.
index 274482a90844f7d9edb290347d0dbe3fb03b9ae3..d2cd22c9da348aad8b6551165c5c909a8ce4a6ca 100644 (file)
@@ -1,24 +1,24 @@
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+# version 2.1 of the License.
 #
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-#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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-#  Lesser General Public License for more details.
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+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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 #
-#  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
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-#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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 #
-#  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+# Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
 
 __doc__ = """
     Définit les outils généraux élémentaires.
index b613ff9958a2a55e77f2a04e3f749e085b4d350b..84ac56175b3720c77efd724a2d223b35413e6ff7 100644 (file)
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+# License as published by the Free Software Foundation; either
+# version 2.1 of the License.
 #
-#  This library is distributed in the hope that it will be useful,
-#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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+# Lesser General Public License for more details.
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-#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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-#  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
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 __doc__ = """
     Ce module permet de mettre en place un logging utilisable partout dans
index 1e83433ffc75d2b4b10c5de63a06363eb6ed5d9b..0a877c901714a5124b19c9ee558b7f1da176f752 100644 (file)
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     Définit des outils de persistence et d'enregistrement de séries de valeurs
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     Informations sur le code et la plateforme, et mise à jour des chemins
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-#  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
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-#  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
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