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authorJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Sun, 11 Jan 2015 10:21:55 +0000 (11:21 +0100)
committerJean-Philippe ARGAUD <jean-philippe.argaud@edf.fr>
Mon, 12 Jan 2015 06:45:36 +0000 (07:45 +0100)
121 files changed:
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doc/en/ref_algorithm_FunctionTest.rst
doc/en/ref_algorithm_GradientTest.rst
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doc/en/ref_algorithm_SamplingTest.rst
doc/en/ref_algorithm_TangentTest.rst
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doc/fr/bibliography.rst
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doc/fr/examples.rst
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doc/fr/ref_algorithm_3DVAR.rst
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src/daEficas/generator_adao.py
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src/daEficas/prefs_ADAO.py.in
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src/daSalome/daGUI/Makefile.am
src/daSalome/daGUI/daEficasWrapper/Makefile.am
src/daSalome/daGUI/daEficasWrapper/__init__.py
src/daSalome/daGUI/daEficasWrapper/adaoEficasWrapper.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/ADAOGUI_impl.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/Makefile.am
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/__init__.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/adaoCase.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/adaoGuiHelper.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/adaoGuiManager.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/adaoModuleHelper.py
src/daSalome/daGUI/daGuiImpl/adaoStudyEditor.py
src/daSalome/daGUI/daUtils/Makefile.am
src/daSalome/daGUI/daUtils/__init__.py
src/daSalome/daGUI/daUtils/adaoEficasEvent.py
src/daSalome/daGUI/daUtils/adaoLogger.py
src/daSalome/daYacsIntegration/__init__.py
src/daSalome/daYacsIntegration/daOptimizerLoop.py
src/daSalome/daYacsIntegration/daStudy.py
src/daSalome/daYacsSchemaCreator/__init__.py
src/daSalome/daYacsSchemaCreator/help_methods.py
src/daSalome/daYacsSchemaCreator/infos_daComposant.py
src/daSalome/daYacsSchemaCreator/methods.py
src/daSalome/daYacsSchemaCreator/run.py

index fd6fd45586de04d90d5da71fdbe6dd4633693b0b..10cc3ab224296a6c0765fb01cd35fe5267f7002e 100644 (file)
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+# Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
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-#  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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-#  License along with this library; if not, write to the Free Software
-#  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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+# but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+# MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
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+# You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
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+# Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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+# Author: André Ribes, andre.ribes@edf.fr, EDF R&D
 
 import sys
 import os
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+   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
 
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+   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
 
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@@ -36,7 +36,7 @@ GPL), as stated here and in the source files::
 
     <ADAO, a SALOME module for Data Assimilation and Optimization>
 
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-   Copyright (C) 2008-2014 EDF R&D
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -109,7 +109,7 @@ operator implementation.
 
 **Important warning:** the name "*DirectOperator*" is mandatory, and the type of
 the ``X`` argument can be either a list, a numpy array or a numpy 1D-matrix. The
-user has to treat these cases in his function.
+user function has to accept and treat all these cases.
 
 Second functional form: using "*ScriptWithFunctions*"
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
@@ -250,8 +250,8 @@ generic form of the incremental model is slightly modified as follows:
 
 .. math:: \mathbf{y} = O( \mathbf{x}, \mathbf{u})
 
-where :math:`\mathbf{u}` is the control over one state increment. In this case,
-the direct operator has to be applied to a pair of variables :math:`(X,U)`.
+where :math:`\mathbf{u}` is the control over one state increment. In fact, the
+direct operator has to be applied to a pair of variables :math:`(X,U)`.
 Schematically, the operator has to be set as::
 
     def DirectOperator( (X, U) ):
index bfbc92217cee1e25d47e0cc568af523e8ff4cc01..58ea894b9a24fc3797ad6c330714a7e347855fd9 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 ..
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+   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
 
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diff --git a/doc/en/ref_output_variables.rst b/doc/en/ref_output_variables.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2f42cbf
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,28 @@
+..
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+   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+   License as published by the Free Software Foundation; either
+   version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+   This library is distributed in the hope that it will be useful,
+   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+   Lesser General Public License for more details.
+
+   You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+   License along with this library; if not, write to the Free Software
+   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+
+   See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+
+   Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+
+.. _section_ref_output_variables:
+
+Variables and informations available in output
+----------------------------------------------
+
index c9285a0d7dd293adb8372966b5b828b1076fbb62..845f14b078647c4ffc4d0e08304578eb8ddc333e 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 ..
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@@ -44,12 +44,13 @@ are automatically correct.
 .. _section_reference_entry:
 
 ========================================================================================
-**[DocR]** General entries, functions and matrices
+**[DocR]** General entries and outputs, functions and matrices
 ========================================================================================
 
-This section describes in general the different possible entry types, and the
-functional or matrix forms that can be used. The mathematical notations used
-afterwards are explained in the section :ref:`section_theory`.
+This section describes in general the different possibilities of entry types and
+output variables, and the functional or matrix forms that can be used. The
+mathematical notations used afterwards are explained in the section
+:ref:`section_theory`.
 
 .. toctree::
    :maxdepth: 1
@@ -58,6 +59,7 @@ afterwards are explained in the section :ref:`section_theory`.
    ref_options_AlgorithmParameters
    ref_operator_requirements
    ref_covariance_requirements
+   ref_output_variables
 
 .. _section_reference_assimilation:
 
index 819626fd7728ad7a948ddbba790a658e0fe18200..03f222234ed8fbfe46f56b5938d2838cc8688cc3 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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index 7e14374aebecc7b8209d094af02ff31c6fa06960..c57762df913165ff832a4ce73243d476cbbe819b 100644 (file)
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index 38bde56fa8fbd1a827f5e7e338552c06e980e76b..64f0a44a70925b135394d23b1e32965c6b1c3f4e 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -36,7 +36,7 @@ tel qu'il est d
 
     <ADAO, a SALOME module for Data Assimilation and Optimization>
 
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -1,5 +1,5 @@
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@@ -113,8 +113,8 @@ forme fonctionnelle avant son usage dans un cas ADAO, r
 complexité de l'implémentation de l'opérateur.
 
 **Avertissement important :** le nom "*DirectOperator*" est obligatoire, et le
-type de l'argument X peut être une liste, un vecteur ou une matrice Numpy.
-L'utilisateur doit traiter ces cas dans sa fonction.
+type de l'argument ``X`` peut être une liste, un vecteur ou une matrice Numpy.
+La fonction utilisateur doit accepter et traiter tous ces cas.
 
 Seconde forme fonctionnelle : utiliser "*ScriptWithFunctions*"
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
@@ -170,7 +170,7 @@ doit renvoyer la matrice associ
 **Avertissement important :** les noms "*DirectOperator*", "*TangentOperator*"
 et "*AdjointOperator*" sont obligatoires, et le type des arguments ``X``,
 ``Y``, ``dX`` peut être une liste, un vecteur ou une matrice Numpy.
-L'utilisateur doit traiter ces cas dans ses fonctions.
+La fonction utilisateur doit accepter et traiter tous ces cas.
 
 Troisième forme fonctionnelle : utiliser "*ScriptWithSwitch*"
 +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
@@ -260,9 +260,9 @@ forme g
 
 .. math:: \mathbf{y} = O( \mathbf{x}, \mathbf{u})
 
-où :math:`\mathbf{u}` est le contrôle sur l'incrément d'état. Dans ce cas,
+où :math:`\mathbf{u}` est le contrôle sur l'incrément d'état. En effet,
 l'opérateur direct doit être appliqué à une paire de variables :math:`(X,U)`.
-Schématiquement, l'opérateur doit être constuit comme suit::
+Schématiquement, l'opérateur doit être construit comme suit::
 
     def DirectOperator( (X, U) ):
         """ Opérateur direct de simulation non-linéaire """
index 87173eb672d8246656d4dd9d8b2a194116d4f252..919fd282b343f13d44093456a92e6068f1bd80d8 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
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diff --git a/doc/fr/ref_output_variables.rst b/doc/fr/ref_output_variables.rst
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2e58182
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,28 @@
+..
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+   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+   License as published by the Free Software Foundation; either
+   version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
+
+   This library is distributed in the hope that it will be useful,
+   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+   Lesser General Public License for more details.
+
+   You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+   License along with this library; if not, write to the Free Software
+   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+
+   See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+
+   Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
+
+.. _section_ref_output_variables:
+
+Variables et informations disponibles en sortie
+-----------------------------------------------
+
index 8818eb3e5bf11aedd46b351474368838e2fbedd7..2ff60667076f189a70fb80403b2ec7987a546308 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 ..
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@@ -45,13 +45,13 @@ l'aide de l'interface graphique sont automatiquement correctes.
 .. _section_reference_entry:
 
 ========================================================================================
-**[DocR]** Entrées générales, fonctions et matrices
+**[DocR]** Entrées et sorties générales, fonctions et matrices
 ========================================================================================
 
-Cette section décrit de manière générale les différents types d'entrées
-possibles, et les formes fonctionnelles ou matricielles que l'on peut utiliser.
-Les notations mathématiques utilisées sont expliquées dans la section
-:ref:`section_theory`.
+Cette section décrit de manière générale les différentes possibilités de types
+d'entrées et de variables de sortie, et les formes fonctionnelles ou
+matricielles que l'on peut utiliser. Les notations mathématiques utilisées sont
+expliquées dans la section :ref:`section_theory`.
 
 .. toctree::
    :maxdepth: 1
@@ -60,6 +60,7 @@ Les notations math
    ref_options_AlgorithmParameters
    ref_operator_requirements
    ref_covariance_requirements
+   ref_output_variables
 
 .. _section_reference_assimilation:
 
index 66197a07ec028f1fdd134d0b88bf927e31a1c50c..cc947bdb754d8ab0008b119e510349244ff05dd5 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
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index a0319da0472394ee28c8e5e67ac35b14931615de..78153c6c64f1704b3d9ba6efa941dfb0914de336 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 ..
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index 76a523c26763c640d00c0c011daea7181660bb78..876d74d106d574dbcb42b3d2e36bb72f8de90c3c 100644 (file)
@@ -1,6 +1,8 @@
 <?xml version='1.0' encoding='us-ascii' ?>
 <!--
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index 1b888c1b58d62a1902c6c328930e18889552c4ca..e058f37f4980f891817027435890fb182b872c9d 100644 (file)
@@ -1,6 +1,8 @@
 <?xml version='1.0' encoding='iso-8859-1' ?>
 <!--
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@@ -477,7 +479,7 @@ if sys.path.count(filepath)==0 or (sys.path.count(filepath)>0 and sys.path.index
 import logging
 logging.debug("EXECUTE Entering in SimpleExecuteDirectAlgorithm")
 from daYacsIntegration.daStudy import *
-ADD = Study.getAssimilationStudy()
+ADD = Study.getResults()
 ADD.analyze()
 ]]></code></script>
     <inport name="Study" type="pyobj"/>
@@ -489,7 +491,7 @@ ADD.analyze()
 #-*-coding:iso-8859-1-*-
 import logging
 logging.debug("TERMINATE Entering in SimpleUserAnalysis")
-ADD = Study.getAssimilationStudy()
+ADD = Study.getResults()
 # User code is below
 
 ]]></code></script>
index e65243a23e77d9bcf1a99f15a99f2a133ab7b126..ead69dc1346521ac7112918c7f2c2759290a667b 100644 (file)
@@ -1,4 +1,6 @@
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index 3d167e844bf85ca5af81c160efad703047bd08aa..683cd79267fce90f91508ed3ccc40312611b0bc1 100644 (file)
@@ -1,5 +1,7 @@
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@@ -26,7 +28,7 @@
     <parameter name="icon"          value="ADAO.png"/>
     <parameter name="library"       value="SalomePyQtGUI"/>
     <parameter name="documentation" value="adao_help"/>
-    <parameter name="version"       value="7.5.0"/>
+    <parameter name="version"       value="7.5.1"/>
   </section>
   <section name="resources">
     <!-- Module resources -->
index aedf418a19cdae20b4320835417ea0dcc22228af..d7491efaf6b4f21d93e6cdd02c2ff9aa8a8484d8 100644 (file)
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@@ -1,5 +1,7 @@
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index 0ec19ec51b668e9c157f195bcb41cd3baf32e488..9920c74819a63235a195383c4c41daf2c874b699 100644 (file)
@@ -1,5 +1,7 @@
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 __author__="aribes/gboulant"
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 __author__="André Ribes - EDF R&D"
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 from salome.kernel.logger import Logger
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-# Copyright (C) 2010-2014 EDF R&D
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@@ -289,7 +291,7 @@ class AssimilationAlgorithm_asynch(SALOMERuntime.OptimizerAlgASync):
         raise ValueError("\n\n  Handling internal error in study exchange (message: \"%s\").\n  The case is probably too big (bigger than the physical plus the virtual memory available).\n  Try if possible to store the covariance matrices in sparse format.\n"%(str(e),))
     #print "[Debug] da_study is ", self.da_study
     self.da_study.initAlgorithm()
-    self.ADD = self.da_study.getAssimilationStudy()
+    self.ADD = self.da_study.getResults()
 
   def startToTakeDecision(self):
     # print "Algorithme startToTakeDecision"
index 755bf9458d1fee16a8ea0180fac699549b019e77..c25b454bde5586dc100ab2c72b3c11b7f371c3b0 100644 (file)
@@ -1,6 +1,8 @@
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 #
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+# Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
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@@ -85,7 +87,14 @@ class daStudy:
 
   #--------------------------------------
 
+  def __dir__(self):
+    return ['getResults', '__doc__', '__init__', '__module__']
+
   def getAssimilationStudy(self):
+    # Ancien appel a resorber
+    return self.ADD
+
+  def getResults(self):
     return self.ADD
 
   #--------------------------------------
index c4bd16662801b19cbcfe5797bffd827ca0e0a4d3..a88cb1bfa77246757f17b2df0b0c11820bac073b 100644 (file)
@@ -1,5 +1,7 @@
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-# Copyright (C) 2010-2014 EDF R&D
+# Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
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index 2e029dd217bc34c48a5dc74f7d98e687adc4e5c8..09d772608b64b1238ecaffc4c1e44a9c504e7d99 100644 (file)
@@ -1,5 +1,7 @@
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@@ -1,5 +1,7 @@
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@@ -1,5 +1,7 @@
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