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scotch6.0.4 needs pthread... Quick and dirty solution to be improved
[tools/medcoupling.git] / src / MEDCoupling / MEDCouplingUMesh_intersection.cxx
index 75b2b1683c14f368a2996cac8a6a6257fc42a003..649d2aac44b75f9b67391ebbf8e9595d16a36571 100644 (file)
@@ -282,7 +282,7 @@ namespace MEDCoupling
   }
 
   /**
-   * Construct a mapping between set of Nodes and the standart MEDCoupling connectivity format (c, cI).
+   * Construct a mapping between set of Nodes and the standard MEDCoupling connectivity format (c, cI).
    */
   void MEDCouplingUMeshBuildQPFromMesh3(const double *coo1, int offset1, const double *coo2, int offset2, const std::vector<double>& addCoo,
                                         const int *desc1Bg, const int *desc1End, const std::vector<std::vector<int> >& intesctEdges1,
@@ -337,7 +337,7 @@ bool MEDCouplingUMesh::Colinearize2DCell(const double *coords, const int *connBg
       // This initializes posBaseElt.
       if(nbOfTurn==0)
         {
-          for(unsigned i=1;i<nbs && nbOfHit<maxNbOfHit;i++) // 2nd condition is to avoid ending with a cell wih one single edge
+          for(unsigned i=1;i<nbs && nbOfHit<maxNbOfHit;i++) // 2nd condition is to avoid ending with a cell with one single edge
             {
               cm.fillSonCellNodalConnectivity2(nbs-i,connBg+1,sz,tmpConn,typeOfSon);
               INTERP_KERNEL::Edge *eCand(MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge2(typeOfSon,tmpConn,coords,m));
@@ -357,7 +357,7 @@ bool MEDCouplingUMesh::Colinearize2DCell(const double *coords, const int *connBg
         }
       // Now move forward:
       const unsigned fwdStart = (nbOfTurn == 0 ? 0 : posBaseElt);  // the first element to be inspected going forward
-      for(unsigned j=fwdStart+1;j<nbs && nbOfHit<maxNbOfHit;j++)  // 2nd condition is to avoid ending with a cell wih one single edge
+      for(unsigned j=fwdStart+1;j<nbs && nbOfHit<maxNbOfHit;j++)  // 2nd condition is to avoid ending with a cell with one single edge
         {
           cm.fillSonCellNodalConnectivity2((int)j,connBg+1,sz,tmpConn,typeOfSon); // get edge #j's connectivity
           INTERP_KERNEL::Edge *eCand(MEDCouplingUMeshBuildQPFromEdge2(typeOfSon,tmpConn,coords,m));
@@ -375,9 +375,9 @@ bool MEDCouplingUMesh::Colinearize2DCell(const double *coords, const int *connBg
               break;
         }
       //push [posBaseElt,posEndElt) in newConnOfCell using e
-      // The if clauses below are (volontary) not mutually exclusive: on a quad cell with 2 edges, the end of the connectivity is also its begining!
+      // The if clauses below are (voluntary) not mutually exclusive: on a quad cell with 2 edges, the end of the connectivity is also its beginning!
       if(nbOfTurn==0)
-        // at the begining of the connectivity (insert type)
+        // at the beginning of the connectivity (insert type)
         EnterTheResultOf2DCellFirst(e,posBaseElt,posEndElt,(int)nbs,cm.isQuadratic(),coords,connBg+1,offset,newConnOfCell,appendedCoords,middles);
       else if((nbOfHit+nbOfTurn) != (nbs-1))
         // in the middle
@@ -430,7 +430,7 @@ bool IsColinearOfACellOf(const std::vector< std::vector<int> >& intersectEdge1,
  * (Only present for its coords in case of 'subDiv' shares some nodes of 'm1')
  * \param m2 is expected to be a mesh of meshDimension equal to 1 and spaceDim equal to 2. No check of that is performed by this method.
  * \param addCoo input parameter with additional nodes linked to intersection of the 2 meshes.
- * \param[out] intersectEdge the same content as subDiv, but correclty oriented.
+ * \param[out] intersectEdge the same content as subDiv, but correctly oriented.
  */
 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersectEdges(const MEDCouplingUMesh *m1, const MEDCouplingUMesh *m2,
                                            const std::vector<double>& addCoo,
@@ -1174,7 +1174,7 @@ void MEDCouplingUMesh::Intersect1DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1Desc, const M
   INTERP_KERNEL::QuadraticPlanarArcDetectionPrecision arcPrec(eps);
   const int *c1(m1Desc->getNodalConnectivity()->begin()),*ci1(m1Desc->getNodalConnectivityIndex()->begin());
   // Build BB tree of all edges in the tool mesh (second mesh)
-  MCAuto<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1Desc->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2Desc->getBoundingBoxForBBTree());
+  MCAuto<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1Desc->getBoundingBoxForBBTree(eps)),bbox2Arr(m2Desc->getBoundingBoxForBBTree(eps));
   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
   int nDescCell1(m1Desc->getNumberOfCells()),nDescCell2(m2Desc->getNumberOfCells());
   intersectEdge1.resize(nDescCell1);
@@ -1206,7 +1206,7 @@ void MEDCouplingUMesh::Intersect1DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1Desc, const M
           for(std::size_t iii=0;iii<szz;iii++,itt++)
             { (*itt)->incrRef(); nodesSafe[iii]=*itt; }
           // end of protection
-          // Performs egde cutting:
+          // Performs edge cutting:
           pol1->splitAbs(*pol2,map1,map2,offset1,offset2,candidates2,intersectEdge1[i],i,colinear2,subDiv2,addCoo,mergedNodes);
           delete pol2;
           delete pol1;
@@ -1252,7 +1252,7 @@ void MEDCouplingUMesh::IntersectDescending2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1, c
  * (newly created) nodes corresponding to the edge intersections.
  * Output params:
  * @param[out] cr, crI connectivity of the resulting mesh
- * @param[out] cNb1, cNb2 correspondance arrays giving for the merged mesh the initial cells IDs in m1 / m2
+ * @param[out] cNb1, cNb2 correspondence arrays giving for the merged mesh the initial cells IDs in m1 / m2
  * TODO: describe input parameters
  */
 void MEDCouplingUMesh::BuildIntersecting2DCellsFromEdges(double eps, const MEDCouplingUMesh *m1, const int *desc1, const int *descIndx1,
@@ -1269,7 +1269,7 @@ void MEDCouplingUMesh::BuildIntersecting2DCellsFromEdges(double eps, const MEDCo
   const int *conn2(m2->getNodalConnectivity()->begin()),*connI2(m2->getNodalConnectivityIndex()->begin());
   int offset2(offset1+m2->getNumberOfNodes());
   int offset3(offset2+((int)addCoords.size())/2);
-  MCAuto<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1->getBoundingBoxForBBTree()),bbox2Arr(m2->getBoundingBoxForBBTree());
+  MCAuto<DataArrayDouble> bbox1Arr(m1->getBoundingBoxForBBTree(eps)),bbox2Arr(m2->getBoundingBoxForBBTree(eps));
   const double *bbox1(bbox1Arr->begin()),*bbox2(bbox2Arr->begin());
   // Here a BBTree on 2D-cells, not on segments:
   BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox2,0,0,m2->getNumberOfCells(),eps);
@@ -1431,7 +1431,7 @@ void MEDCouplingUMesh::buildSubCellsFromCut(const std::vector< std::pair<int,int
 }
 
 /*!
- * It is the linear part of MEDCouplingUMesh::split2DCells. Here no additionnal nodes will be added in \b this. So coordinates pointer remain unchanged (is not even touch).
+ * It is the linear part of MEDCouplingUMesh::split2DCells. Here no additional nodes will be added in \b this. So coordinates pointer remain unchanged (is not even touch).
  *
  * \sa MEDCouplingUMesh::split2DCells
  */
@@ -1467,7 +1467,7 @@ void MEDCouplingUMesh::split2DCellsLinear(const DataArrayInt *desc, const DataAr
 
 
 /*!
- * It is the quadratic part of MEDCouplingUMesh::split2DCells. Here some additionnal nodes can be added at the end of coordinates array object.
+ * It is the quadratic part of MEDCouplingUMesh::split2DCells. Here some additional nodes can be added at the end of coordinates array object.
  *
  * \return  int - the number of new nodes created.
  * \sa MEDCouplingUMesh::split2DCells
@@ -1619,7 +1619,7 @@ MEDCouplingUMesh *MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshes(const MEDCouplingUMesh *m1
 /*!
  * Partitions the first given 2D mesh using the second given 1D mesh as a tool.
  * Thus the final result contains the aggregation of nodes of \a mesh2D, then nodes of \a mesh1D, then new nodes that are the result of the intersection
- * and finaly, in case of quadratic polygon the centers of edges new nodes.
+ * and finally, in case of quadratic polygon the centers of edges new nodes.
  * The meshes should be in 2D space. In addition, returns two arrays mapping cells of the resulting mesh to cells of the input.
  *
  * \param [in] mesh2D - the 2D mesh (spacedim=meshdim=2) to be intersected using \a mesh1D tool. The mesh must be so that each point in the space covered by \a mesh2D
@@ -1813,7 +1813,7 @@ void MEDCouplingUMesh::Intersect2DMeshWith1DLine(const MEDCouplingUMesh *mesh2D,
  * \b WARNING this method lead to have a non geometric type sorted mesh (for MED file users) !
  * This method performs a conformization of \b this. So if a edge in \a this can be split into entire edges in \a this this method
  * will suppress such edges to use sub edges in \a this. So this method does not add nodes in \a this if merged edges are both linear (INTERP_KERNEL::NORM_SEG2).
- * In the other cases new nodes can be created. If any are created, they will be appended at the end of the coordinates object before the invokation of this method.
+ * In the other cases new nodes can be created. If any are created, they will be appended at the end of the coordinates object before the invocation of this method.
  *
  * Whatever the returned value, this method does not alter the order of cells in \a this neither the orientation of cells.
  * The modified cells, if any, are systematically declared as NORM_POLYGON or NORM_QPOLYG depending on the initial quadraticness of geometric type.
@@ -1840,7 +1840,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize2D(double eps)
   MCAuto<DataArrayInt> desc1(DataArrayInt::New()),descIndx1(DataArrayInt::New()),revDesc1(DataArrayInt::New()),revDescIndx1(DataArrayInt::New());
   MCAuto<MEDCouplingUMesh> mDesc(buildDescendingConnectivity(desc1,descIndx1,revDesc1,revDescIndx1));
   const int *c(mDesc->getNodalConnectivity()->begin()),*ci(mDesc->getNodalConnectivityIndex()->begin()),*rd(revDesc1->begin()),*rdi(revDescIndx1->begin());
-  MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc->getBoundingBoxForBBTree());
+  MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc->getBoundingBoxForBBTree(eps));
   const double *bbox(bboxArr->begin()),*coords(getCoords()->begin());
   int nCell(getNumberOfCells()),nDescCell(mDesc->getNumberOfCells());
   std::vector< std::vector<int> > intersectEdge(nDescCell),overlapEdge(nDescCell);
@@ -1952,7 +1952,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize2D(double eps)
  * If yes, the cell is "repaired" to minimize at most its number of edges. So this method do not change the overall shape of cells in \a this (with eps precision).
  * This method do not take care of shared edges between cells, so this method can lead to a non conform mesh (\a this). If a conform mesh is required you're expected
  * to invoke MEDCouplingUMesh::mergeNodes and MEDCouplingUMesh::conformize2D right after this call.
- * This method works on any 2D geometric types of cell (even static one). If a cell is touched its type becomes dynamic automaticaly. For 2D "repaired" quadratic cells
+ * This method works on any 2D geometric types of cell (even static one). If a cell is touched its type becomes dynamic automatically. For 2D "repaired" quadratic cells
  * new nodes for center of merged edges is are systematically created and appended at the end of the previously existing nodes.
  *
  * If the returned array is empty it means that nothing has changed in \a this (as if it were a const method). If the array is not empty the connectivity of \a this is modified
@@ -2088,7 +2088,7 @@ void MEDCouplingUMesh::ReplaceEdgeInFace(const int * sIdxConn, const int * sIdxC
     throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::ReplaceEdgeInFace: internal error, should never happen!");
   int d = distance(startPos, endPos);
   if (d == 1 || d == (1-dst)) // don't use modulo, for neg numbers, result is implementation defined ...
-    modifiedFace.insert(++startPos, ++insidePoints.begin(), --insidePoints.end());  // insidePoints also contains start and end node. Those dont need to be inserted.
+    modifiedFace.insert(++startPos, ++insidePoints.begin(), --insidePoints.end());  // insidePoints also contains start and end node. Those don't need to be inserted.
   else
     modifiedFace.insert(++endPos, ++insidePoints.rbegin(), --insidePoints.rend());
 }
@@ -2142,7 +2142,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
     MCAuto<MEDCouplingSkyLineArray> connSlaDesc(MEDCouplingSkyLineArray::New(mDesc->getNodalConnectivityIndex(), mDesc->getNodalConnectivity()));
 
     // Build BBTree
-    MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc->getBoundingBoxForBBTree());
+    MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc->getBoundingBoxForBBTree(eps));
     const double *bbox(bboxArr->begin()); getCoords()->begin();
     int nDescCell(mDesc->getNumberOfCells());
     BBTree<SPACEDIM,int> myTree(bbox,0,0,nDescCell,-eps);
@@ -2166,7 +2166,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
     fill(hit.begin(), hit.end(), false);
     vector<int> hitPoly; // the final result: which 3D cells have been modified.
 
-    for( vector<pair<double,int>>::const_iterator it = S.begin(); it != S.end(); it++)
+    for( vector<pair<double,int> >::const_iterator it = S.begin(); it != S.end(); it++)
       {
         int faceIdx = (*it).second;
         if (hit[faceIdx]) continue;
@@ -2264,7 +2264,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
           {
             if (packsIds[jj] == -1)
               // The below should never happen - if a face is used several times, with a different layout of the nodes
-              // it means that is is already conform, so it is *not* hit by the algorithm. The algorithm only hits
+              // it means that it is already conform, so it is *not* hit by the algorithm. The algorithm only hits
               // faces which are actually used only once, by a single cell. This is different for edges below.
               throw INTERP_KERNEL::Exception("MEDCouplingUMesh::conformize3D: Could not find face in connectivity! Internal error.");
             else
@@ -2312,7 +2312,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
 //    mDesc2->writeVTK("/tmp/toto_desc2_confInter.vtu");
     const int *revDescIP2(revDescI2->getConstPointer()), *revDescP2(revDesc2->getConstPointer());
     const int *cDesc2(mDesc2->getNodalConnectivity()->begin()),*cIDesc2(mDesc2->getNodalConnectivityIndex()->begin());
-    MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc2->getBoundingBoxForBBTree());
+    MCAuto<DataArrayDouble> bboxArr(mDesc2->getBoundingBoxForBBTree(eps));
     const double *bbox2(bboxArr->begin());
     int nDesc2Cell=mDesc2->getNumberOfCells();
     BBTree<SPACEDIM,int> myTree2(bbox2,0,0,nDesc2Cell,-eps);
@@ -2322,7 +2322,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
     DataArrayDouble * lens = lenF->getArray();
 
     // Sort edges by decreasing length:
-    vector<pair<double,int>> S;
+    vector<pair<double,int> > S;
     for(std::size_t i=0;i < lens->getNumberOfTuples();i++)
       {
         pair<double,int> p = make_pair(lens->getIJ(i, 0), i);
@@ -2333,7 +2333,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
     vector<bool> hit(nDesc2Cell);
     fill(hit.begin(), hit.end(), false);
 
-    for( vector<pair<double,int>>::const_iterator it = S.begin(); it != S.end(); it++)
+    for( vector<pair<double,int> >::const_iterator it = S.begin(); it != S.end(); it++)
       {
         int eIdx = (*it).second;
         if (hit[eIdx])
@@ -2401,7 +2401,7 @@ DataArrayInt *MEDCouplingUMesh::conformize3D(double eps)
             mPartCand->getNodalConnectivity()->begin(), mPartCand->getNodalConnectivityIndex()->begin(),
             idsGoodLine->begin(), idsGoodLine->end(),
             /*out*/insidePoints, hitSegs);
-        // Optim: smaller segments completly included in eIdx and not split won't need any further treatment:
+        // Optim: smaller segments completely included in eIdx and not split won't need any further treatment:
         for (vector<int>::const_iterator its=hitSegs.begin(); its != hitSegs.end(); ++its)
           hit[cands2[*its]] = true;