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Indices are stored as mcIdType type instead of int to support switch to 64bits indexing
[tools/medcoupling.git] / src / MEDCoupling / MEDCouplingStructuredMesh.hxx
diff --git a/src/MEDCoupling/MEDCouplingStructuredMesh.hxx b/src/MEDCoupling/MEDCouplingStructuredMesh.hxx
index 0a819a3dffcbff5cc50674ae4eae1df736742f4e..2982f9e64e515c5e05e9cbc0c91916286b161e21 100644 (file)
--- a/src/MEDCoupling/MEDCouplingStructuredMesh.hxx
+++ b/src/MEDCoupling/MEDCouplingStructuredMesh.hxx
@@ -1,4 +1,4 @@
-// Copyright (C) 2007-2014  CEA/DEN, EDF R&D
+// Copyright (C) 2007-2019  CEA/DEN, EDF R&D
 //
 // This library is free software; you can redistribute it and/or
 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
@@ -24,86 +24,97 @@
 #include "MEDCoupling.hxx"
 #include "MEDCouplingMesh.hxx"
 
-namespace ParaMEDMEM
+namespace MEDCoupling
 {
   class MEDCoupling1SGTUMesh;
 
   class MEDCouplingStructuredMesh : public MEDCouplingMesh
   {
   public:
-    MEDCOUPLING_EXPORT INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getTypeOfCell(int cellId) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT INTERP_KERNEL::NormalizedCellType getTypeOfCell(mcIdType cellId) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::set<INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> getAllGeoTypes() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeNbOfNodesPerCell() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeNbOfFacesPerCell() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void GetPosFromId(int nodeId, int meshDim, const int *split, int *res);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static INTERP_KERNEL::NormalizedCellType GetGeoTypeGivenMeshDimension(int meshDim);
-    MEDCOUPLING_EXPORT void getNodeIdsOfCell(int cellId, std::vector<int>& conn) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getNumberOfCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *giveCellsWithType(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType type) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *computeNbOfNodesPerCell() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *computeNbOfFacesPerCell() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *computeEffectiveNbOfNodesPerCell() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<mcIdType> getLocationFromCellId(mcIdType cellId) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<mcIdType> getLocationFromNodeId(mcIdType nodeId) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void GetPosFromId(mcIdType eltId, int meshDim, const mcIdType *split, mcIdType *res);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static INTERP_KERNEL::NormalizedCellType GetGeoTypeGivenMeshDimension( int meshDim);
+    MEDCOUPLING_EXPORT void getNodeIdsOfCell(mcIdType cellId, std::vector<mcIdType>& conn) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT std::size_t getHeapMemorySizeWithoutChildren() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT void copyTinyStringsFrom(const MEDCouplingMesh *other);
     MEDCOUPLING_EXPORT bool isEqualIfNotWhy(const MEDCouplingMesh *other, double prec, std::string& reason) const;
     //tools
-    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<int> getDistributionOfTypes() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<int>& code, const std::vector<const DataArrayInt *>& idsPerType) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT void splitProfilePerType(const DataArrayInt *profile, std::vector<int>& code, std::vector<DataArrayInt *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayInt *>& idsPerType) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<mcIdType> getDistributionOfTypes() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *checkTypeConsistencyAndContig(const std::vector<mcIdType>& code, const std::vector<const DataArrayIdType *>& idsPerType) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void splitProfilePerType(const DataArrayIdType *profile, std::vector<mcIdType>& code, std::vector<DataArrayIdType *>& idsInPflPerType, std::vector<DataArrayIdType *>& idsPerType, bool smartPflKiller=true) const;
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCoupling1SGTUMesh *build1SGTUnstructured() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingUMesh *buildUnstructured() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *buildPart(const int *start, const int *end) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *buildPartAndReduceNodes(const int *start, const int *end, DataArrayInt*& arr) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayInt *simplexize(int policy);
+    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *buildPart(const mcIdType *start, const mcIdType *end) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingMesh *buildPartAndReduceNodes(const mcIdType *start, const mcIdType *end, DataArrayIdType*& arr) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT DataArrayIdType *simplexize(int policy);
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingFieldDouble *buildOrthogonalField() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT void getReverseNodalConnectivity(DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT void getReverseNodalConnectivity(DataArrayIdType *revNodal, DataArrayIdType *revNodalIndx) const;
     //some useful methods
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCoupling1SGTUMesh *build1SGTSubLevelMesh() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getCellIdFromPos(int i, int j, int k) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getNodeIdFromPos(int i, int j, int k) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCells() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfNodes() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getCellIdFromPos(mcIdType i, mcIdType j, mcIdType k) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getNodeIdFromPos(mcIdType i, mcIdType j, mcIdType k) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getNumberOfCells() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getNumberOfNodes() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getMeshDimension() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT int getNumberOfCellsOfSubLevelMesh() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT mcIdType getNumberOfCellsOfSubLevelMesh() const;
     MEDCOUPLING_EXPORT int getSpaceDimensionOnNodeStruct() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getNodeGridStructure(int *res) const = 0;
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getSplitCellValues(int *res) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getSplitNodeValues(int *res) const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual std::vector<int> getNodeGridStructure() const = 0;
-    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<int> getCellGridStructure() const;
-    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingStructuredMesh *buildStructuredSubPart(const std::vector< std::pair<int,int> >& cellPart) const = 0;
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector<int> GetSplitVectFromStruct(const std::vector<int>& strct);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsPartStructured(const int *startIds, const int *stopIds, const std::vector<int>& st, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector<int> GetDimensionsFromCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<int,int> > GetCompactFrmtFromDimensions(const std::vector<int>& dims);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<int,int> > IntersectRanges(const std::vector< std::pair<int,int> >& r1, const std::vector< std::pair<int,int> >& r2);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void SwitchOnIdsFrom(const std::vector<int>& st, const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat, std::vector<bool>& vectToSwitchOn);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void ExtractFieldOfBoolFrom(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& fieldOfBool, const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat, std::vector<bool>& fieldOut);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayDouble *ExtractFieldOfDoubleFrom(const std::vector<int>& st, const DataArrayDouble *fieldOfDbl, const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& bigInAbs, const std::vector< std::pair<int,int> >& partOfBigInAbs, std::vector< std::pair<int,int> >& partOfBigRelativeToBig, bool check=true);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& bigInAbs, const std::vector< std::pair<int,int> >& partOfBigRelativeToBig, std::vector< std::pair<int,int> >& partOfBigInAbs, bool check=true);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<int,int> > TranslateCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& part, const std::vector<int>& translation);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *BuildExplicitIdsFrom(const std::vector<int>& st, const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivity(const int *nodeStBg, const int *nodeStEnd);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh(const int *nodeStBg, const int *nodeStEnd);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static int DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static int DeduceNumberOfGivenStructure(const std::vector<int>& st);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static void FindTheWidestAxisOfGivenRangeInCompactFrmt(const std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat, int& axisId, int& sizeOfRange);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static int FindMinimalPartOf(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector<bool>& reducedCrit, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::vector<int> > ComputeSignaturePerAxisOf(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& crit);
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getNodeGridStructure(mcIdType *res) const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getSplitCellValues(mcIdType *res) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual void getSplitNodeValues(mcIdType *res) const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual std::vector<mcIdType> getNodeGridStructure() const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT std::vector<mcIdType> getCellGridStructure() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT double computeSquareness() const;
+    MEDCOUPLING_EXPORT virtual MEDCouplingStructuredMesh *buildStructuredSubPart(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& cellPart) const = 0;
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector<mcIdType> GetSplitVectFromStruct(const std::vector<mcIdType>& strct);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static bool IsPartStructured(const mcIdType *startIds, const mcIdType *stopIds, const std::vector<mcIdType>& st, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector<mcIdType> GetDimensionsFromCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> > GetCompactFrmtFromDimensions(const std::vector<mcIdType>& dims);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> > IntersectRanges(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& r1, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& r2);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static bool AreRangesIntersect(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& r1, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& r2);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void SwitchOnIdsFrom(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat, std::vector<bool>& vectToSwitchOn);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void ExtractFieldOfBoolFrom(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& fieldOfBool, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat, std::vector<bool>& fieldOut);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayDouble *ExtractFieldOfDoubleFrom(const std::vector<mcIdType>& st, const DataArrayDouble *fieldOfDbl, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void AssignPartOfFieldOfDoubleUsing(const std::vector<mcIdType>& st, DataArrayDouble *fieldOfDbl, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat, const DataArrayDouble *other);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void ChangeReferenceFromGlobalOfCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& bigInAbs, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partOfBigInAbs, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partOfBigRelativeToBig, bool check=true);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void ChangeReferenceToGlobalOfCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& bigInAbs, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partOfBigRelativeToBig, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partOfBigInAbs, bool check=true);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> > TranslateCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& part, const std::vector<mcIdType>& translation);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector<mcIdType> FindTranslationFrom(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& startingFrom, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& goingTo);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayIdType *BuildExplicitIdsFrom(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void MultiplyPartOf(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& part, double factor, DataArrayDouble *da);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void MultiplyPartOfByGhost(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& part, mcIdType ghostSize, double factor, DataArrayDouble *da);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void PutInGhostFormat(mcIdType ghostSize, const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& part, std::vector<mcIdType>& stWithGhost, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >&partWithGhost);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void ApplyGhostOnCompactFrmt(std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partBeforeFact, mcIdType ghostSize);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivity(const mcIdType *nodeStBg, const mcIdType *nodeStEnd);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh(const mcIdType *nodeStBg, const mcIdType *nodeStEnd);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static DataArrayIdType *ComputeCornersGhost(const std::vector<mcIdType>& st, mcIdType ghostLev);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static mcIdType DeduceNumberOfGivenRangeInCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static mcIdType DeduceNumberOfGivenStructure(const std::vector<mcIdType>& st);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static void FindTheWidestAxisOfGivenRangeInCompactFrmt(const std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat, int& axisId, mcIdType& sizeOfRange);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static mcIdType FindMinimalPartOf(mcIdType minPatchLgth, const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector<bool>& reducedCrit, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    MEDCOUPLING_EXPORT static std::vector< std::vector<mcIdType> > ComputeSignaturePerAxisOf(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& crit);
   private:
-    static int GetNumberOfCellsOfSubLevelMesh(const std::vector<int>& cgs, int mdim);
-    static void GetReverseNodalConnectivity1(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx);
-    static void GetReverseNodalConnectivity2(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx);
-    static void GetReverseNodalConnectivity3(const std::vector<int>& ngs, DataArrayInt *revNodal, DataArrayInt *revNodalIndx);
-    static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivity1D(const int *nodeStBg);
-    static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivity2D(const int *nodeStBg);
-    static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivity3D(const int *nodeStBg);
-    static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh2D(const int *nodeStBg);
-    static DataArrayInt *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh3D(const int *nodeStBg);
-    static int FindMinimalPartOf1D(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    static int FindMinimalPartOf2D(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
-    static int FindMinimalPartOf3D(const std::vector<int>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<int,int> >& partCompactFormat);
+    static mcIdType GetNumberOfCellsOfSubLevelMesh(const std::vector<mcIdType>& cgs, int mdim);
+    static void GetReverseNodalConnectivity1(const std::vector<mcIdType>& ngs, DataArrayIdType *revNodal, DataArrayIdType *revNodalIndx);
+    static void GetReverseNodalConnectivity2(const std::vector<mcIdType>& ngs, DataArrayIdType *revNodal, DataArrayIdType *revNodalIndx);
+    static void GetReverseNodalConnectivity3(const std::vector<mcIdType>& ngs, DataArrayIdType *revNodal, DataArrayIdType *revNodalIndx);
+    static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivity1D(const mcIdType *nodeStBg);
+    static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivity2D(const mcIdType *nodeStBg);
+    static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivity3D(const mcIdType *nodeStBg);
+    static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh2D(const mcIdType *nodeStBg);
+    static DataArrayIdType *Build1GTNodalConnectivityOfSubLevelMesh3D(const mcIdType *nodeStBg);
+    static mcIdType FindMinimalPartOf1D(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    static mcIdType FindMinimalPartOf2D(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
+    static mcIdType FindMinimalPartOf3D(const std::vector<mcIdType>& st, const std::vector<bool>& crit, std::vector< std::pair<mcIdType,mcIdType> >& partCompactFormat);
   protected:
-    static int ZipNodeStructure(const int *nodeStBg, const int *nodeStEnd, int zipNodeSt[3]);
+    static int ZipNodeStructure(const mcIdType *nodeStBg, const mcIdType *nodeStEnd, mcIdType zipNodeSt[3]);
   protected:
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingStructuredMesh();
     MEDCOUPLING_EXPORT MEDCouplingStructuredMesh(const MEDCouplingStructuredMesh& other, bool deepCpy);
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