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Documentation and functions minor update correction
[modules/adao.git] / doc / fr / ref_algorithm_ExtendedBlue.rst
index bba2e3d5bf78345d7e5c0073664541bf571fd9ed..9aa6eda7397c33e78c2f23399871e5c64cd4d7df 100644 (file)
@@ -1,5 +1,5 @@
 ..
-   Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
+   Copyright (C) 2008-2018 EDF R&D
 
    This file is part of SALOME ADAO module.
 
@@ -30,257 +30,123 @@ Algorithme de calcul "*ExtendedBlue*"
 Description
 +++++++++++
 
-Cet algorithme réalise une estimation de type BLUE étendu (Best Linear Unbiased
-Estimator, étendu) de l'état d'un système.
+Cet algorithme réalise une estimation de type BLUE étendu (Best Linear Unbiased
+Estimator, étendu) de l'état d'un système.
 
-Cet algorithme est une généralisation partiellement non-linéaire de
-l':ref:`section_ref_algorithm_Blue`. Il lui est équivalent pour un opérateur
-d'observation linéaire. On peut vérifier la linéarité de l'opérateur
-d'observation à l'aide de l':ref:`section_ref_algorithm_LinearityTest`.
+Cet algorithme est une généralisation partiellement non-linéaire de
+l':ref:`section_ref_algorithm_Blue`. Il lui est équivalent pour un opérateur
+d'observation linéaire. On peut vérifier la linéarité de l'opérateur
+d'observation à l'aide de l':ref:`section_ref_algorithm_LinearityTest`.
 
-En non-linéaire, il se rapproche de l':ref:`section_ref_algorithm_3DVAR`, sans
-lui être entièrement équivalent.
+En non-linéaire, il se rapproche de l':ref:`section_ref_algorithm_3DVAR`, sans
+lui être entièrement équivalent.
 
 Commandes requises et optionnelles
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++
 
-.. index:: single: AlgorithmParameters
-.. index:: single: Background
-.. index:: single: BackgroundError
-.. index:: single: Observation
-.. index:: single: ObservationError
-.. index:: single: ObservationOperator
-.. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
-.. index:: single: Quantiles
-.. index:: single: SetSeed
-.. index:: single: NumberOfSamplesForQuantiles
-.. index:: single: SimulationForQuantiles
-
-Les commandes requises générales, disponibles dans l'interface en édition, sont
+Les commandes requises générales, disponibles dans l'interface en édition, sont
 les suivantes:
 
-  Background
-    *Commande obligatoire*. Elle définit le vecteur d'ébauche ou
-    d'initialisation, noté précédemment :math:`\mathbf{x}^b`. Sa valeur est
-    définie comme un objet de type "*Vector*" ou de type "*VectorSerie*".
-
-  BackgroundError
-    *Commande obligatoire*. Elle définit la matrice de covariance des erreurs
-    d'ébauche, notée précédemment :math:`\mathbf{B}`. Sa valeur est définie
-    comme un objet de type "*Matrix*", de type "*ScalarSparseMatrix*", ou de
-    type "*DiagonalSparseMatrix*".
-
-  Observation
-    *Commande obligatoire*. Elle définit le vecteur d'observation utilisé en
-    assimilation de données ou en optimisation, et noté précédemment
-    :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de type "*Vector*"
-    ou de type "*VectorSerie*".
-
-  ObservationError
-    *Commande obligatoire*. Elle définit la matrice de covariance des erreurs
-    d'ébauche, notée précédemment :math:`\mathbf{R}`. Sa valeur est définie
-    comme un objet de type "*Matrix*", de type "*ScalarSparseMatrix*", ou de
-    type "*DiagonalSparseMatrix*".
-
-  ObservationOperator
-    *Commande obligatoire*. Elle indique l'opérateur d'observation, noté
-    précédemment :math:`H`, qui transforme les paramètres d'entrée
-    :math:`\mathbf{x}` en résultats :math:`\mathbf{y}` qui sont à comparer aux
-    observations :math:`\mathbf{y}^o`. Sa valeur est définie comme un objet de
-    type "*Function*" ou de type "*Matrix*". Dans le cas du type "*Function*",
-    différentes formes fonctionnelles peuvent être utilisées, comme décrit dans
-    la section :ref:`section_ref_operator_requirements`. Si un contrôle
-    :math:`U` est inclus dans le modèle d'observation, l'opérateur doit être
-    appliqué à une paire :math:`(X,U)`.
-
-Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
-sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
-paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
-options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
+  .. include:: snippets/Background.rst
+
+  .. include:: snippets/BackgroundError.rst
+
+  .. include:: snippets/Observation.rst
+
+  .. include:: snippets/ObservationError.rst
+
+  .. include:: snippets/ObservationOperator.rst
+
+Les commandes optionnelles générales, disponibles dans l'interface en édition,
+sont indiquées dans la :ref:`section_ref_assimilation_keywords`. De plus, les
+paramètres de la commande "*AlgorithmParameters*" permettent d'indiquer les
+options particulières, décrites ci-après, de l'algorithme. On se reportera à la
 :ref:`section_ref_options_Algorithm_Parameters` pour le bon usage de cette
 commande.
 
 Les options de l'algorithme sont les suivantes:
 
   StoreSupplementaryCalculations
-    Cette liste indique les noms des variables supplémentaires qui peuvent être
-    disponibles à la fin de l'algorithme. Cela implique potentiellement des
-    calculs ou du stockage coûteux. La valeur par défaut est une liste vide,
-    aucune de ces variables n'étant calculée et stockée par défaut. Les noms
-    possibles sont dans la liste suivante : ["CurrentState", "Innovation",
+    .. index:: single: StoreSupplementaryCalculations
+
+    Cette liste indique les noms des variables supplémentaires qui peuvent être
+    disponibles à la fin de l'algorithme. Cela implique potentiellement des
+    calculs ou du stockage coûteux. La valeur par défaut est une liste vide,
+    aucune de ces variables n'étant calculée et stockée par défaut. Les noms
+    possibles sont dans la liste suivante : ["APosterioriCorrelations",
+    "APosterioriCovariance", "APosterioriStandardDeviations",
+    "APosterioriVariances", "BMA", "OMA", "OMB", "CurrentState",
+    "CostFunctionJ", "CostFunctionJb", "CostFunctionJo", "Innovation",
+    "SigmaBck2", "SigmaObs2", "MahalanobisConsistency", "SimulationQuantiles",
     "SimulatedObservationAtBackground", "SimulatedObservationAtCurrentState",
     "SimulatedObservationAtOptimum"].
 
-    Exemple : ``{"StoreSupplementaryCalculations":["CurrentState", "Innovation"]}``
-
-  Quantiles
-    Cette liste indique les valeurs de quantile, entre 0 et 1, à estimer par
-    simulation autour de l'état optimal. L'échantillonnage utilise des tirages
-    aléatoires gaussiens multivariés, dirigés par la matrice de covariance a
-    posteriori. Cette option n'est utile que si le calcul supplémentaire
-    "SimulationQuantiles" a été choisi. La valeur par défaut est une liste vide.
-
-    Exemple : ``{"Quantiles":[0.1,0.9]}``
+    Exemple :
+    ``{"StoreSupplementaryCalculations":["BMA", "Innovation"]}``
 
-  SetSeed
-    Cette clé permet de donner un nombre entier pour fixer la graine du
-    générateur aléatoire utilisé pour générer l'ensemble. Un valeur pratique est
-    par exemple 1000. Par défaut, la graine est laissée non initialisée, et elle
-    utilise ainsi l'initialisation par défaut de l'ordinateur.
+  .. include:: snippets/Quantiles.rst
 
-    Exemple : ``{"SetSeed":1000}``
+  .. include:: snippets/SetSeed.rst
 
-  NumberOfSamplesForQuantiles
-    Cette clé indique le nombre de simulations effectuées pour estimer les
-    quantiles. Cette option n'est utile que si le calcul supplémentaire
-    "SimulationQuantiles" a été choisi. Le défaut est 100, ce qui suffit souvent
-    pour une estimation correcte de quantiles courants à 5%, 10%, 90% ou 95%.
+  .. include:: snippets/NumberOfSamplesForQuantiles.rst
 
-    Exemple : ``{"NumberOfSamplesForQuantiles":100}``
+  .. include:: snippets/SimulationForQuantiles.rst
 
-  SimulationForQuantiles
-    Cette clé indique le type de simulation, linéaire (avec l'opérateur
-    d'observation tangent appliqué sur des incréments de perturbations autour de
-    l'état optimal) ou non-linéaire (avec l'opérateur d'observation standard
-    appliqué aux états perturbés), que l'on veut faire pour chaque perturbation.
-    Cela change essentiellement le temps de chaque simulation élémentaire,
-    usuellement plus long en non-linéaire qu'en linéaire. Cette option n'est
-    utile que si le calcul supplémentaire "SimulationQuantiles" a été choisi. La
-    valeur par défaut est "Linear", et les choix possibles sont "Linear" et
-    "NonLinear".
-
-    Exemple : ``{"SimulationForQuantiles":"Linear"}``
-
-Informations et variables disponibles à la fin de l'algorithme
+Informations et variables disponibles à la fin de l'algorithme
 ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
 
-En sortie, après exécution de l'algorithme, on dispose d'informations et de
+En sortie, après exécution de l'algorithme, on dispose d'informations et de
 variables issues du calcul. La description des
-:ref:`section_ref_output_variables` indique la manière de les obtenir par la
-méthode nommée ``get`` de la variable "*ADD*" du post-processing. Les variables
-d'entrée, mises à disposition de l'utilisateur en sortie pour faciliter
-l'écriture des procédures de post-processing, sont décrites dans
+:ref:`section_ref_output_variables` indique la manière de les obtenir par la
+méthode nommée ``get`` de la variable "*ADD*" du post-processing. Les variables
+d'entrée, mises à disposition de l'utilisateur en sortie pour faciliter
+l'écriture des procédures de post-processing, sont décrites dans
 l':ref:`subsection_r_o_v_Inventaire`.
 
 Les sorties non conditionnelles de l'algorithme sont les suivantes:
 
-  Analysis
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un état optimal :math:`\mathbf{x}*`
-    en optimisation ou une analyse :math:`\mathbf{x}^a` en assimilation de
-    données.
-
-    Exemple : ``Xa = ADD.get("Analysis")[-1]``
+  .. include:: snippets/Analysis.rst
 
 Les sorties conditionnelles de l'algorithme sont les suivantes:
 
-  APosterioriCorrelations
-    *Liste de matrices*. Chaque élément est une matrice de corrélation des
-    erreurs *a posteriori* de l'état optimal.
-
-    Exemple : ``C = ADD.get("APosterioriCorrelations")[-1]``
-
-  APosterioriCovariance
-    *Liste de matrices*. Chaque élément est une matrice :math:`\mathbf{A}*` de
-    covariances des erreurs *a posteriori* de l'état optimal.
-
-    Exemple : ``A = ADD.get("APosterioriCovariance")[-1]``
-
-  APosterioriStandardDeviations
-    *Liste de matrices*. Chaque élément est une matrice d'écart-types des
-    erreurs *a posteriori* de l'état optimal.
-
-    Exemple : ``E = ADD.get("APosterioriStandardDeviations")[-1]``
-
-  APosterioriVariances
-    *Liste de matrices*. Chaque élément est une matrice de variances des erreurs
-    *a posteriori* de l'état optimal.
-
-    Exemple : ``V = ADD.get("APosterioriVariances")[-1]``
-
-  BMA
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'écart entre
-    l'ébauche et l'état optimal.
-
-    Exemple : ``bma = ADD.get("BMA")[-1]``
-
-  CostFunctionJ
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
-    :math:`J`.
-
-    Exemple : ``J = ADD.get("CostFunctionJ")[:]``
-
-  CostFunctionJb
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
-    :math:`J^b`, c'est-à-dire de la partie écart à l'ébauche.
-
-    Exemple : ``Jb = ADD.get("CostFunctionJb")[:]``
-
-  CostFunctionJo
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de fonctionnelle d'écart
-    :math:`J^o`, c'est-à-dire de la partie écart à l'observation.
-
-    Exemple : ``Jo = ADD.get("CostFunctionJo")[:]``
-
-  Innovation
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'innovation, qui est
-    en statique l'écart de l'optimum à l'ébauche, et en dynamique l'incrément
-    d'évolution.
-
-    Exemple : ``d = ADD.get("Innovation")[-1]``
+  .. include:: snippets/APosterioriCorrelations.rst
 
-  MahalanobisConsistency
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de l'indicateur de
-    qualité de Mahalanobis.
+  .. include:: snippets/APosterioriCovariance.rst
 
-    Exemple : ``m = ADD.get("MahalanobisConsistency")[-1]``
+  .. include:: snippets/APosterioriStandardDeviations.rst
 
-  OMA
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'écart entre
-    l'observation et l'état optimal dans l'espace des observations.
+  .. include:: snippets/APosterioriVariances.rst
 
-    Exemple : ``oma = ADD.get("OMA")[-1]``
+  .. include:: snippets/BMA.rst
 
-  OMB
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'écart entre
-    l'observation et l'état d'ébauche dans l'espace des observations.
+  .. include:: snippets/CostFunctionJ.rst
 
-    Exemple : ``omb = ADD.get("OMB")[-1]``
+  .. include:: snippets/CostFunctionJb.rst
 
-  SigmaBck2
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de l'indicateur de
-    qualité :math:`(\sigma^b)^2` de la partie ébauche.
+  .. include:: snippets/CostFunctionJo.rst
 
-    Exemple : ``sb2 = ADD.get("SigmaBck")[-1]``
+  .. include:: snippets/Innovation.rst
 
-  SigmaObs2
-    *Liste de valeurs*. Chaque élément est une valeur de l'indicateur de
-    qualité :math:`(\sigma^o)^2` de la partie observation.
+  .. include:: snippets/MahalanobisConsistency.rst
 
-    Exemple : ``so2 = ADD.get("SigmaObs")[-1]``
+  .. include:: snippets/OMA.rst
 
-  SimulatedObservationAtBackground
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'observation simulé à
-    partir de l'ébauche :math:`\mathbf{x}^b`.
+  .. include:: snippets/OMB.rst
 
-    Exemple : ``hxb = ADD.get("SimulatedObservationAtBackground")[-1]``
+  .. include:: snippets/SigmaBck2.rst
 
-  SimulatedObservationAtOptimum
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur d'observation simulé à
-    partir de l'analyse ou de l'état optimal :math:`\mathbf{x}^a`.
+  .. include:: snippets/SigmaObs2.rst
 
-    Exemple : ``hxa = ADD.get("SimulatedObservationAtOptimum")[-1]``
+  .. include:: snippets/SimulatedObservationAtBackground.rst
 
-  SimulationQuantiles
-    *Liste de vecteurs*. Chaque élément est un vecteur correspondant à l'état
-    observé qui réalise le quantile demandé, dans le même ordre que les
-    quantiles requis par l'utilisateur.
+  .. include:: snippets/SimulatedObservationAtOptimum.rst
 
-    Exemple : ``sQuantiles = ADD.get("SimulationQuantiles")[:]``
+  .. include:: snippets/SimulationQuantiles.rst
 
 Voir aussi
 ++++++++++
 
-Références vers d'autres sections :
+Références vers d'autres sections :
   - :ref:`section_ref_algorithm_Blue`
   - :ref:`section_ref_algorithm_3DVAR`
   - :ref:`section_ref_algorithm_LinearityTest`