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Improvement and extension of EnKF algorithm (loc)
[modules/adao.git] / bin / AdaoCatalogGenerator.py
index d76ff7a4b282119978fd9a862eec9ec907ff010f..ec0a494092916ba411ade79286d31426cf2acf58 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
-#-*-coding:iso-8859-1-*-
+# -*- coding: utf-8 -*-
 #
-# Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
+# Copyright (C) 2008-2020 EDF R&D
 #
 # This file is part of SALOME ADAO module
 #
 import logging
 import traceback
 import sys
-import string
-import StringIO
+import io
+import os
 
 import module_version
 
 logging.basicConfig(level=logging.WARNING)
 
+if sys.version_info.major > 2:
+    def unicode(text, encoding='utf-8'): return text
+
+print("-- Starting AdaoCalatogGenerator.py --")
+
+try:
+  import adao
+  import daEficas
+  import daYacsSchemaCreator
+  import daCore.AssimilationStudy
+  import daYacsSchemaCreator.infos_daComposant as infos
+except:
+  logging.fatal("Import of ADAO python modules failed !" +
+                "\n add ADAO python installation directory in your PYTHONPATH")
+  traceback.print_exc()
+  sys.exit(1)
+
 #----------- Templates Part ---------------#
-begin_catalog_file = """#-*-coding:iso-8859-1-*-
+begin_catalog_file = """# -*- coding: utf-8 -*-
 #
-# Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
+# Copyright (C) 2008-2020 EDF R&D
 #
 # This file is part of SALOME ADAO module
 #
@@ -58,7 +75,7 @@ begin_catalog_file = """#-*-coding:iso-8859-1-*-
 # Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
 
 # --------------------------------------------------------
-# Generated by AdaoCatalogGenerator on ${date}
+# Generated by AdaoCatalogGenerator on {date}
 # --------------------------------------------------------
 
 import os, re
@@ -74,7 +91,7 @@ VERSION_CATALOGUE='%s'
 
 def NoCheckInNS(filename):
     return 1
-NoCheckInNS.info = ""
+NoCheckInNS.info = u""
 def DirectOperatorInNS(filename):
     if os.path.exists(filename):
         fc = open(filename, 'r').readlines()
@@ -108,29 +125,39 @@ def AdjointOperatorInNS(filename):
             if cr.match(ln): return 1
     return 0
 AdjointOperatorInNS.info = u"The Python file has to contain explicitly an \\"AdjointOperator\\" function definition with only one pair of vectors as argument."
-"""%(module_version.name,module_version.version)
+def ColDataFileExtVal(filename):
+    __readable = (".csv", ".tsv", ".txt", ".npy", ".npz")
+    if os.path.exists(filename) and os.path.splitext(filename)[1] in __readable:
+        return 1
+    return 0
+ColDataFileExtVal.info = u"The data file has to contain explicitly one or more number columns with separator, or one variable, that can fit in a unique continuous vector."
+"""%(module_version.name,module_version.cata)
 
-# Important : validators=[...] pour que les conditions soient traitées simultanément, en "ET", et pas en "OU" (choisi dans le cas du tuple à la place de la liste)
+# Important : validators=[...] pour que les conditions soient traitees simultanement, en "ET", et pas en "OU" (choisi dans le cas du tuple a la place de la liste)
 # validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(fv)]
 data_method = """
-def F_${data_name}(statut, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
+def F_{data_name}(statut, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
     statut = statut,
-    FROM = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", into=(${data_into}), defaut=${data_default}),
+    FROM = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", into=({data_into}), defaut={data_default}),
     SCRIPT_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'Script', ) ",
-        SCRIPT_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(fv)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant si nécessaire la définition d'une variable interne de même nom que le concept parent", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing if necessary the definition of an internal variable of the same name as the parent concept"),
+        SCRIPT_FILE = SIMP(statut = "o", typ = ("FichierNoAbs",'Python Files (*.py)',), validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(fv)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant si nécessaire la définition d'une variable interne de même nom que le concept parent", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing if necessary the definition of an internal variable of the same name as the parent concept"),
+        ),
+    DATA_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'DataFile', ) ",
+        DATA_FILE = SIMP(statut = "o", typ = ("FichierNoAbs",'CSV Text Files (*.csv);;TSV Text Files (*.tsv);;TXT Text Files (*.txt);;NPY Binary Numpy Files (*.npy);;NPZ Binary Numpy Files (*.npz);;All Files (*)", ',), validators=[OnlyStr(), FunctionVal(ColDataFileExtVal)], fr="En attente d'un nom de fichier de données, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant ou plusieurs colonnes pour définir un unique vecteur continu", ang="Waiting for a data file name, with or without the full path to find it, containing one or more columns to define a unique continuous vector"),
+        ColMajor = SIMP(statut="f", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0, fr="Variables en colonnes acquises ligne par ligne (0) ou colonne par colonne (1)", ang="Variables in columns acquired line by line (0) or column by column (1)"),
         ),
     STRING_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'String', ) ",
-        STRING = SIMP(statut = "o", typ = "TXM",${ms_default} fr="En attente d'une chaine de caractères entre guillements. Pour construire un vecteur ou une matrice, ce doit être une suite de nombres, utilisant un espace ou une virgule pour séparer deux éléments et un point-virgule pour séparer deux lignes", ang="Waiting for a string in quotes. To build a vector or a matrix, it has to be a float serie, using a space or comma to separate two elements in a line, a semi-colon to separate rows"),
+        STRING = SIMP(statut = "o", typ = "TXM",{ms_default} fr="En attente d'une chaine de caractères entre guillements. Pour construire un vecteur ou une matrice, ce doit être une suite de nombres, utilisant un espace ou une virgule pour séparer deux éléments et un point-virgule pour séparer deux lignes", ang="Waiting for a string in quotes. To build a vector or a matrix, it has to be a float serie, using a space or comma to separate two elements in a line, a semi-colon to separate rows"),
         ),
     SCRIPTWITHFUNCTIONS_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'ScriptWithFunctions', ) ",
-        SCRIPTWITHFUNCTIONS_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(DirectOperatorInNS), FunctionVal(TangentOperatorInNS), FunctionVal(AdjointOperatorInNS)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant en variables internes trois fonctions de calcul nommées DirectOperator, TangentOperator et AdjointOperator", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing as internal variables three computation functions named DirectOperator, TangentOperator and AdjointOperator"),
+        SCRIPTWITHFUNCTIONS_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(DirectOperatorInNS), FunctionVal(TangentOperatorInNS), FunctionVal(AdjointOperatorInNS)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant en variables internes trois fonctions de calcul nommées DirectOperator, TangentOperator et AdjointOperator", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing as internal variables three computation functions named DirectOperator, TangentOperator and AdjointOperator"),
         ),
     SCRIPTWITHONEFUNCTION_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'ScriptWithOneFunction', ) ",
-        SCRIPTWITHONEFUNCTION_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(DirectOperatorInNS)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant en variable interne une seule fonction de calcul nommée DirectOperator", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing as internal variable only one function named DirectOperator"),
-        DifferentialIncrement = SIMP(statut="o", typ = "R", val_min=0, val_max=1, defaut=0.01, fr="Incrément de la perturbation dX pour calculer la dérivée, construite en multipliant X par l'incrément en évitant les valeurs nulles", ang="Increment of dX perturbation to calculate the derivative, build multiplying X by the increment avoiding null values"),
-        CenteredFiniteDifference = SIMP(statut="o", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0, fr="Formulation centrée (1) ou décentrée (0) pour la méthode des différences finies", ang="Centered (1) or uncentered (0) formulation for the finite differences method"),
-        EnableMultiProcessing = SIMP(statut="f", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0, fr="Calculs élémentaires effectués en séquentiel (0) ou en parallèle (1) dans la méthode des différences finies", ang="Elementary calculations done sequentially (0) or in parallel (1) in the finite differences method"),
-        NumberOfProcesses = SIMP(statut="f", typ = "I", val_min=0, defaut=0, fr="Nombre de processus parallèles, 0 pour un contrôle automatique", ang="Number of parallel processes, 0 for automatic control"),
+        SCRIPTWITHONEFUNCTION_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py'), FunctionVal(DirectOperatorInNS)], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant en variable interne une seule fonction de calcul nommée DirectOperator", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing as internal variable only one function named DirectOperator"),
+        DifferentialIncrement = SIMP(statut="o", typ = "R", val_min=0, val_max=1, defaut=0.01, fr="Incrément de la perturbation dX pour calculer la dérivée, construite en multipliant X par l'incrément en évitant les valeurs nulles", ang="Increment of dX perturbation to calculate the derivative, build multiplying X by the increment avoiding null values"),
+        CenteredFiniteDifference = SIMP(statut="o", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0, fr="Formulation centrée (1) ou décentrée (0) pour la méthode des différences finies", ang="Centered (1) or uncentered (0) formulation for the finite differences method"),
+        EnableMultiProcessing = SIMP(statut="f", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0, fr="Calculs élémentaires effectués en séquentiel (0) ou en parallèle (1) dans la méthode des différences finies", ang="Elementary calculations done sequentially (0) or in parallel (1) in the finite differences method"),
+        NumberOfProcesses = SIMP(statut="f", typ = "I", val_min=0, defaut=0, fr="Nombre de processus parallèles, 0 pour un contrôle automatique", ang="Number of parallel processes, 0 for automatic control"),
         ),
     SCRIPTWITHSWITCH_DATA = BLOC ( condition = " FROM in ( 'ScriptWithSwitch', ) ",
         SCRIPTWITHSWITCH_FILE = SIMP(statut = "o", typ = "FichierNoAbs", validators=[OnlyStr(), FileExtVal('py')], fr="En attente d'un nom de fichier script, avec ou sans le chemin complet pour le trouver, contenant un switch pour les calculs direct, tangent et adjoint", ang="Waiting for a script file name, with or without the full path to find it, containing a switch for direct, tangent and adjoint computations"),
@@ -138,13 +165,13 @@ def F_${data_name}(statut, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
     TEMPLATE_DATA =  BLOC (condition = " FROM in ( 'Template', ) ",
         Template = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "AnalysisPrinter", into=("AnalysisPrinter", "AnalysisSaver", "AnalysisPrinterAndSaver")),
         AnalysisPrinter = BLOC (condition = " Template == 'AnalysisPrinter' ",
-            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nprint 'Analysis:',xa" ),
+            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nprint('Analysis:',xa)" ),
             ),
         AnalysisSaver = BLOC (condition = " Template == 'AnalysisSaver' ",
-            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nf='/tmp/analysis.txt'\\nprint 'Analysis saved in \\"%s\\"'%f\\nnumpy.savetxt(f,xa)" ),
+            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nf='/tmp/analysis.txt'\\nprint('Analysis saved in \\"%s\\"'%f)\\nnumpy.savetxt(f,xa)" ),
             ),
         AnalysisPrinterAndSaver = BLOC (condition = " Template == 'AnalysisPrinterAndSaver' ",
-            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nprint 'Analysis:',xa\\nf='/tmp/analysis.txt'\\nprint 'Analysis saved in \\"%s\\"'%f\\nnumpy.savetxt(f,xa)" ),
+            ValueTemplate = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "import numpy\\nxa=numpy.ravel(ADD.get('Analysis')[-1])\\nprint 'Analysis:',xa\\nf='/tmp/analysis.txt'\\nprint('Analysis saved in \\"%s\\"'%f)\\nnumpy.savetxt(f,xa)" ),
             ),
         ),
     )
@@ -169,31 +196,31 @@ def F_Init(statut) : return FACT(statut = statut,
 """
 
 assim_data_method = """
-def ${assim_name}InNS(filename):
+def {assim_name}InNS(filename):
     if os.path.exists(filename):
         fc = open(filename, 'r').readlines()
-        cr = re.compile("^${assim_name}[\s]*=")
+        cr = re.compile("^{assim_name}[\s]*=")
         for ln in fc:
             if cr.match(ln): return 1
     return 0
-${assim_name}InNS.info = u"The Python file has to contain explicitly a \\"${assim_name}\\" variable."
-def F_${assim_name}(statut, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
+{assim_name}InNS.info = u"The Python file has to contain explicitly a \\"{assim_name}\\" variable."
+def F_{assim_name}(statut, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
     statut=statut,
-${storage}
-    INPUT_TYPE = SIMP(statut="o", typ = "TXM", into=(${choices}), defaut=${default_choice}),${decl_choices}
+{storage}
+    INPUT_TYPE = SIMP(statut="o", typ = "TXM", into=({choices}), defaut={default_choice}),{decl_choices}
     )
 """
 
 assim_data_choice = """
-    ${choice_name} = BLOC ( condition = " INPUT_TYPE in ( '${choice_name}', ) ",
-        data = F_${choice_name}("o", fv),
+    {choice_name} = BLOC ( condition = " INPUT_TYPE in ( '{choice_name}', ) ",
+        data = F_{choice_name}("o", fv),
         ),"""
 
 observers_choice = """
-    ${var_name} = BLOC (condition=" '${var_name}' in set(SELECTION) ",
-        ${var_name}_data = FACT(statut = "o",
+    {var_name} = BLOC (condition=" '{var_name}' in set(SELECTION) ",
+        {var_name}_data = FACT(statut = "o",
             Scheduler    = SIMP(statut = "f", typ = "TXM"),
-            Info         = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", defaut = "${var_name}"),
+            Info         = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", defaut = "{var_name}"),
             NodeType     = SIMP(statut = "o", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "Template", into=("String", "Script", "Template")),
             PythonScript = BLOC (condition = " NodeType == 'String' ",
                 Value = SIMP(statut = "o", typ = "TXM")
@@ -224,7 +251,7 @@ def F_ObserverTemplate() : return BLOC(condition = " NodeType == 'Template' ",
 
 def F_Observers(statut) : return FACT(
     statut=statut,
-    SELECTION = SIMP(statut="o", defaut=[], typ="TXM", min=0, max="**", validators=NoRepeat(), into=(${choices})),${decl_choices}
+    SELECTION = SIMP(statut="o", defaut=[], typ="TXM", min=0, max="**", homo="SansOrdreNiDoublon", validators=NoRepeat(), into=({choices})),{decl_choices}
     )
 """%(observers_list,observers_cont)
 
@@ -240,17 +267,17 @@ AlgorithmParametersInNS.info = u"The Python file has to contain explicitly an \\
 def F_AlgorithmParameters(statut, algos_names, fv=NoCheckInNS) : return FACT(
     statut = statut,
     Algorithm = SIMP(statut="o", typ = "TXM", into = algos_names ),
-    Parameters = SIMP(statut="f", typ = "TXM", into=("Defaults", "Dict") ),
+    Parameters = SIMP(statut="f", typ = "TXM", into=("Defaults", "Dict"), defaut="Defaults"),
     Dict = BLOC ( condition = " Parameters == 'Dict' ",
         statut="f",
         data = F_Dict("o", fv),
-        ),${all_algo_defaults}
+        ),{all_algo_defaults}
     )
 """
 one_algo_choices = """
-    Parameters${algo_name} = BLOC (condition = " (Parameters == 'Defaults') and (Algorithm == '${algo_name}') ",
+    Parameters{algo_name} = BLOC (condition = " (Parameters == 'Defaults') and (Algorithm == '{algo_name}') ",
         statut="f",
-${algo_parameters}        ),"""
+{algo_parameters}        ),"""
 
 assim_study = """
 def F_variables(statut) : return FACT(
@@ -270,7 +297,8 @@ ASSIMILATION_STUDY = PROC(nom="ASSIMILATION_STUDY",
     StudyName           = SIMP(statut="o", typ = "TXM", defaut="ADAO Calculation Case"),
     StudyRepertory      = SIMP(statut="f", typ = "Repertoire", validators=FunctionVal(ChDir), min=1, max=1),
     Debug               = SIMP(statut="f", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0),
-    AlgorithmParameters = F_AlgorithmParameters("o",(${algos_names}), AlgorithmParametersInNS),
+    ExecuteInContainer  = SIMP(statut="f", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "No", into=("No", "Mono", "Multi")),
+    AlgorithmParameters = F_AlgorithmParameters("o",({algos_names}), AlgorithmParametersInNS),
     Background          = F_Background("o", BackgroundInNS),
     BackgroundError     = F_BackgroundError("o", BackgroundErrorInNS),
     Observation         = F_Observation("o", ObservationInNS),
@@ -292,8 +320,10 @@ CHECKING_STUDY = PROC(nom="CHECKING_STUDY",
     StudyName           = SIMP(statut="o", typ = "TXM", defaut="ADAO Checking Case"),
     StudyRepertory      = SIMP(statut="f", typ = "Repertoire", validators=FunctionVal(ChDir), min=1, max=1),
     Debug               = SIMP(statut="f", typ = "I", into=(0, 1), defaut=0),
-    AlgorithmParameters = F_AlgorithmParameters("o", (${check_names}), AlgorithmParametersInNS),
+    ExecuteInContainer  = SIMP(statut="f", typ = "TXM", min=1, max=1, defaut = "No", into=("No", "Mono", "Multi")),
+    AlgorithmParameters = F_AlgorithmParameters("o", ({check_names}), AlgorithmParametersInNS),
     CheckingPoint       = F_CheckingPoint("o", CheckingPointInNS),
+    Background          = F_Background("f", BackgroundInNS),
     BackgroundError     = F_BackgroundError("f", BackgroundErrorInNS),
     Observation         = F_Observation("f", ObservationInNS),
     ObservationError    = F_ObservationError("f", ObservationErrorInNS),
@@ -303,57 +333,28 @@ CHECKING_STUDY = PROC(nom="CHECKING_STUDY",
     )
 """
 
-begin_catalog_file = string.Template(begin_catalog_file)
-data_method = string.Template(data_method)
-assim_data_method = string.Template(assim_data_method)
-assim_data_choice = string.Template(assim_data_choice)
-assim_study = string.Template(assim_study)
-observers_method = string.Template(observers_method)
-observers_choice = string.Template(observers_choice)
-algo_choices = string.Template(algo_choices)
-one_algo_choices = string.Template(one_algo_choices)
-
 #----------- End of Templates Part ---------------#
 
 
 
 #----------- Begin generation script -----------#
-print "-- Starting AdaoCalatogGenerator.py --"
-
-try:
-  import daEficas
-  import daYacsSchemaCreator
-  import daCore.AssimilationStudy
-  import daYacsSchemaCreator.infos_daComposant as infos
-except:
-  logging.fatal("Import of ADAO python modules failed !" +
-                "\n add ADAO python installation directory in your PYTHONPATH")
-  traceback.print_exc()
-  sys.exit(1)
-
-def check_args(args):
-  logging.debug("Arguments are :" + str(args))
-  if len(args) != 2:
-    logging.fatal("Bad number of arguments: you have to provide two arguments (%d given)" % (len(args)))
-    sys.exit(1)
 
 # Parse arguments
-from optparse import OptionParser
-usage = "usage: %prog [options] catalog_path catalog_name"
-version="%prog 0.1"
-my_parser = OptionParser(usage=usage, version=version)
-(options, args) = my_parser.parse_args()
-check_args(args)
-
-catalog_path =  args[0]
-catalog_name =  args[1]
+from argparse import ArgumentParser
+usage = "usage: %(prog)s [options] catalog_path catalog_name"
+version="%(prog)s 0.1"
+my_parser = ArgumentParser(usage=usage)
+my_parser.add_argument('-v', '--version', action='version', version=version)
+my_parser.add_argument('catalog_path')
+my_parser.add_argument('catalog_name')
+args = my_parser.parse_args()
 
 # Generates into a string
-mem_file = StringIO.StringIO()
+mem_file = io.StringIO()
 
 # Start file
 from time import strftime
-mem_file.write(begin_catalog_file.substitute(date=strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S")))
+mem_file.write(unicode(begin_catalog_file, 'utf-8').format(**{'date':strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S")}))
 
 # Step initial: on obtient la liste des algos
 algos_names = ""
@@ -374,7 +375,7 @@ for algo_name in algos_list:
 
 # Step 1: A partir des infos, on cree les fonctions qui vont permettre
 # d'entrer les donnees utilisateur
-for data_input_name in infos.DataTypeDict.keys():
+for data_input_name in infos.DataTypeDict:
   logging.debug('A data input Type is found: ' + data_input_name)
   data_name = data_input_name
   data_into = ""
@@ -387,41 +388,45 @@ for data_input_name in infos.DataTypeDict.keys():
 
   # On choisit le default
   data_default = "\"" + infos.DataTypeDefaultDict[data_input_name] + "\""
-  if infos.DataSValueDefaultDict.has_key(data_input_name):
+  if data_input_name in infos.DataSValueDefaultDict:
     ms_default = " defaut=\"" + infos.DataSValueDefaultDict[data_input_name] + "\","
 
-  mem_file.write(data_method.substitute(data_name    = data_name,
-                                        data_into    = data_into,
-                                        data_default = data_default,
-                                        ms_default   = ms_default,
-                                        algos_names  = algos_names+check_names))
+  mem_file.write(unicode(data_method, 'utf-8').format(**{
+    'data_name'    : data_name,
+    'data_into'    : data_into,
+    'data_default' : data_default,
+    'ms_default'   : ms_default,
+    'algos_names'  : algos_names+check_names,
+    }))
 
 # Step 2: On cree les fonctions qui permettent de rentrer les donnees des algorithmes
-for assim_data_input_name in infos.AssimDataDict.keys():
+for assim_data_input_name in infos.AssimDataDict:
   logging.debug("An input function data input is found: " + assim_data_input_name)
-  # assim_name = assim_data_input_name
+  # assim_name = assim_data_input_name
   storage = ""
   choices = ""
   default_choice = ""
   decl_choices = ""
   decl_opts = ""
   if infos.AssimDataDefaultDict[assim_data_input_name] in infos.StoredAssimData:
-    storage = "    Stored = SIMP(statut=\"o\", typ = \"I\", into=(0, 1), defaut=0, fr=\"Choix de stockage interne ou non du concept parent\", ang=\"Choice of the storage or not of the parent concept\"),"
+    storage = "    Stored = SIMP(statut=\"f\", typ = \"I\", into=(0, 1), defaut=0, fr=\"Choix de stockage interne ou non du concept parent\", ang=\"Choice of the storage or not of the parent concept\"),"
   for choice in infos.AssimDataDict[assim_data_input_name]:
     choices += "\"" + choice + "\", "
-    decl_choices += assim_data_choice.substitute(choice_name = choice)
+    decl_choices += assim_data_choice.format(**{'choice_name' : choice})
     if choice in infos.StoredAssimData:
-      storage = "    Stored = SIMP(statut=\"o\", typ = \"I\", into=(0, 1), defaut=0, fr=\"Choix de stockage interne ou non du concept parent\", ang=\"Choice of the storage or not of the parent concept\"),"
+      storage = "    Stored = SIMP(statut=\"f\", typ = \"I\", into=(0, 1), defaut=0, fr=\"Choix de stockage interne ou non du concept parent\", ang=\"Choice of the storage or not of the parent concept\"),"
   default_choice = "\"" + infos.AssimDataDefaultDict[assim_data_input_name] + "\""
 
-  mem_file.write(assim_data_method.substitute(assim_name = assim_data_input_name,
-                                              storage        = storage,
-                                              choices        = choices,
-                                              decl_choices   = decl_choices,
-                                              default_choice = default_choice))
+  mem_file.write(unicode(assim_data_method, 'utf-8').format(**{
+    'assim_name'     : assim_data_input_name,
+    'storage'        : storage,
+    'choices'        : choices,
+    'decl_choices'   : decl_choices,
+    'default_choice' : default_choice,
+    }))
 
 # Step 3: On ajoute les fonctions representant les options possibles
-for opt_name in infos.OptDict.keys():
+for opt_name in infos.OptDict:
   logging.debug("An optional node is found: " + opt_name)
   data_name = opt_name
   data_into = ""
@@ -433,25 +438,29 @@ for opt_name in infos.OptDict.keys():
 
   # On choisit le default
   data_default = "\"" + infos.OptDefaultDict[opt_name] + "\""
-  if infos.DataSValueDefaultDict.has_key(opt_name):
+  if opt_name in infos.DataSValueDefaultDict:
     ms_default = " defaut=\"" + infos.DataSValueDefaultDict[opt_name] + "\","
 
-  mem_file.write(data_method.substitute(data_name    = data_name,
-                                        data_into    = data_into,
-                                        data_default = data_default,
-                                        ms_default   = ms_default,
-                                        algos_names  = algos_names+check_names))
+  mem_file.write(unicode(data_method, 'utf-8').format(**{
+    'data_name'    : data_name,
+    'data_into'    : data_into,
+    'data_default' : data_default,
+    'ms_default'   : ms_default,
+    'algos_names'  : algos_names+check_names,
+    }))
 
 # Step 4: On ajoute la methode optionnelle init
 # TODO uniformiser avec le step 3
-mem_file.write(init_method)
+mem_file.write(unicode(init_method, 'utf-8'))
 
 # Step 5: Add observers
 decl_choices = ""
 for obs_var in infos.ObserversList:
-  decl_choices += observers_choice.substitute(var_name=obs_var)
-mem_file.write(observers_method.substitute(choices = infos.ObserversList,
-                                           decl_choices = decl_choices))
+  decl_choices += observers_choice.format(**{'var_name':obs_var})
+mem_file.write(unicode(observers_method, 'utf-8').format(**{
+  'choices' : infos.ObserversList,
+  'decl_choices' : decl_choices,
+  }))
 
 # Step 5: Add algorithmic choices
 
@@ -459,21 +468,20 @@ all_names = eval((algos_names+check_names))
 all_algo_defaults = ""
 for algo in all_names:
     assim_study_object = daCore.AssimilationStudy.AssimilationStudy()
-    assim_study_object.setAlgorithm(choice=algo)
-    par_dict = assim_study_object.getAlgorithmParameters(False)
-    par_keys = par_dict.keys()
-    par_keys.sort()
+    assim_study_object.setAlgorithmParameters(Algorithm=algo)
+    par_dict = assim_study_object.get("AlgorithmRequiredParameters",False)
+    par_keys = sorted(par_dict.keys())
     algo_parameters = ""
     for pn in par_keys:
         if pn in ("StoreInternalVariables", "PlotAndSave", "ResultFile", "ResultTitle", "ResultLabel"): continue # Cles a supprimer
-        pt = par_dict[pn]["typecast"]
+        pt = par_dict[pn]["typecast"] # Pointeur de type
         pd = par_dict[pn]["default"]
         pm = par_dict[pn]["message"]
-        if par_dict[pn].has_key("minval") and par_dict[pn]["minval"] is not None:
+        if "minval" in par_dict[pn] and par_dict[pn]["minval"] is not None:
             vi = ", val_min=%s"%par_dict[pn]["minval"]
         else:
             vi = ""
-        if par_dict[pn].has_key("minval") and par_dict[pn]["maxval"] is not None:
+        if "minval" in par_dict[pn] and par_dict[pn]["maxval"] is not None:
             vs = ", val_max=%s"%par_dict[pn]["maxval"]
         else:
             vs = ""
@@ -483,28 +491,32 @@ for algo in all_names:
             algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="R"%s%s, min=1, max=1, defaut=%s, fr="%s"),\n"""%(pn,vi,vs,float(pd),pm)
         elif pt is bool:
             algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="I", min=1, max=1, defaut=%s, fr="%s"),\n"""%(pn,int(pd),pm)
-        elif pt is str and par_dict[pn].has_key("listval"):
-            algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="TXM", min=1, max=1, defaut="%s", into=%s, fr="%s"),\n"""%(pn,str(pd),par_dict[pn]["listval"],pm)
-        elif pt is tuple and par_dict[pn].has_key("listval"):
+        elif pt is str and "listval" in par_dict[pn]:
+            algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="TXM", min=1, max=1, defaut="%s", into=%s, fr="%s"),\n"""%(pn,pd,par_dict[pn]["listval"],pm)
+        elif pt is tuple and "listval" in par_dict[pn]:
             algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="TXM", max="**", into=%s, fr="%s"),\n"""%(pn,par_dict[pn]["listval"],pm)
         else:
             algo_parameters += """        %s = SIMP(statut="f", typ="TXM", fr="%s"),\n"""%(pn,pm)
     del assim_study_object
     if algo_parameters != "":
-        all_algo_defaults += one_algo_choices.substitute(
-            algo_name=algo,
-            algo_parameters=algo_parameters,
-            )
-
-mem_file.write(algo_choices.substitute(all_algo_defaults=all_algo_defaults))
+        all_algo_defaults += one_algo_choices.format(**{
+            'algo_name':algo,
+            'algo_parameters':algo_parameters,
+            })
+mem_file.write(unicode(algo_choices, 'utf-8').format(**{'all_algo_defaults':unicode(all_algo_defaults, 'utf-8')}))
 
 # Final step: Add algorithm and assim_study
-mem_file.write(assim_study.substitute(algos_names=algos_names,
-                                      check_names=check_names,
-                                      decl_algos=decl_algos))
+mem_file.write(unicode(assim_study, 'utf-8').format(**{
+  'algos_names':algos_names,
+  'check_names':check_names,
+  'decl_algos':decl_algos,
+  }))
+
 # Write file
-final_file = open(catalog_path + "/" + catalog_name, "wr")
-final_file.write(mem_file.getvalue())
+if sys.version_info.major > 2:
+    with open(os.path.join(args.catalog_path, args.catalog_name), "w", encoding='utf8') as final_file:
+        final_file.write(mem_file.getvalue())
+else:
+    with open(os.path.join(args.catalog_path, args.catalog_name), "wr") as final_file:
+        final_file.write(mem_file.getvalue().encode('utf-8'))
 mem_file.close()
-final_file.close()
-