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Added matplotlib.use(Agg) to correct memory error
[tools/solverlab.git] / README.md
index 494e4ce4478bca2f5db5892aeb51c2b732d67fd2..c7f8a152f6163c57b1d75064f1e1bc573ed4b6fb 100755 (executable)
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-SOLVERLAB
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+| ![logo](logoSOLVERLAB.png) |
+|:--:|
+| *SOLVERLAB* |
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 SOLVERLAB is a geometrical and numerical C++/Python library designed for numerical analysts who work on the discretisation of partial differential equations on general shapes and meshes and would rather focus on high-level scripting. The goal is to provide simple MATLAB style functions for the generation and manipulation of meshes, fields and matrices. The library originates from [CDMATH](http://cdmath.jimdo.com), a collaborative workgroup with the same name. It is based on the [MEDcoupling](https://docs.salome-platform.org/latest/dev/MEDCoupling/tutorial/index.html) C++/python library of the [SALOME](http://www.salome-platform.org/) project for the handling of meshes and fields, and on the C++ library [PETSC](https://www.mcs.anl.gov/petsc/) for the handling of matrices and linear solvers. 
 
 SOLVERLAB includes PDE systems
@@ -23,7 +27,7 @@ The library is currently developed for linux distributions and is maintained on
 Examples of use
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 - [Examples of stable numerical methods for the 1D linear transport equation](CDMATH/tests/doc/1DTransportEquation/RegularGrid/TransportEquation1D_RegularGrid.ipynb)
-- [Shock formation and numerical capture issues for the 1D Burgers' equations](tests/doc/1DBurgersEquation/BurgersEquation1D.ipynb)
+- [Shock formation and numerical capture issues for the 1D Burgers' equations](CDMATH/tests/doc/1DBurgersEquation/BurgersEquation1D.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision for the UPWIND finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Upwind_SQUARE.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision  for the CENTERED finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Centered_SQUARE.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision  for the STAGGERED finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Staggered_SQUARE_squares.ipynb)
@@ -41,7 +45,7 @@ Create your source directory. For instance:
 * `cd ~/workspace/SOLVERLAB`
 
 Download from salome-platform.org
-* clone the git repository to a folder SOLVERLAB-master:  `git clone http://git.salome-platform.org/gitpub/modules/SolverLab.git SOLVERLAB-master`
+* clone the git repository to a folder SOLVERLAB-master:  `git clone http://git.salome-platform.org/gitpub/modules/solverlab.git SOLVERLAB-master`
 
 
 Set the environment for the compilation of SOLVERLAB
@@ -52,6 +56,7 @@ Dependencies. The following package list is sufficient on Ubuntu 14.04, Ubuntu 1
  - `g++` or another C++ compiler (mandatory)
  - `python-dev`, `python-numpy` and `swig3`for python scripts (mandatory)
  - `python-matplotlib` and `paraview` for postprocessing tools such as plotting curves (matplotlib) or generating 3D view images (paraview) (mandatory)
+ - `ffmpeg` and `ffmpeg-devel` to generate an animation from a set of curves (optional)
  - `doxygen`, `graphviz` and `mscgen`, if you want to generate a nice source code documentation in `~/workspace/SOLVERLAB/SOLVERLAB_install/share/doc/`. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION=ON` (optional).
  - `libcppunit-dev`, if you want to generate unit tests. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_TESTS=ON` (optional).
  - `rpm`, if you want to generate RPM installation packages. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_PACKAGE=ON` (optional).
@@ -68,12 +73,12 @@ Compile and install SOLVERLAB
 Simpler build for a minimum version:
 * `cmake ../SOLVERLAB-master/ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../SOLVERLAB_install -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release `  
 > This will download and build the following dependencies
-> - PETSc from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-3.14.0.tar.gz
-> - SLEPc from https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.0.tar.gz
+> - PETSc from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-3.14.2.tar.gz
+> - SLEPc from https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.1.tar.gz
 > - F2CBLASLAPACK from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
 > - HDF5 https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
 > - MEDFILE from http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
-> - MEDCOUPLING from http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.4.0.tar.gz
+> - MEDCOUPLING from http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.6.0.tar.gz
 
 If you already have an installation of PETSC, MED and MEDCoupling, you may save computational time and memory by using the advanced build version:
 * `cmake ../SOLVERLAB-master -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../SOLVERLAB_install -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -G"Eclipse CDT4 - Unix Makefiles" -D_ECLIPSE_VERSION=4.3 -DSOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION=ON -DPETSC_DIR=${PETSC_DIR} -DPETSC_ARCH=${PETSC_ARCH} -DMEDFILE_ROOT_DIR=${MEDFILE_ROOT_DIR} -DMEDCOUPLING_ROOT_DIR=${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}`