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Added a function to save all fields in signe phase flows
[tools/solverlab.git] / README.md
index 3adbb6d58ff17234b2b25b61ebd7da37b666f2a0..9fff18e70b514c59ad88a079652766129149dbb7 100755 (executable)
--- a/README.md
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@@ -1,6 +1,10 @@
-SOLVERLAB
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+| ![logo](logoSOLVERLAB.png) |
+|:--:|
+| *SOLVERLAB* |
+
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 SOLVERLAB is a geometrical and numerical C++/Python library designed for numerical analysts who work on the discretisation of partial differential equations on general shapes and meshes and would rather focus on high-level scripting. The goal is to provide simple MATLAB style functions for the generation and manipulation of meshes, fields and matrices. The library originates from [CDMATH](http://cdmath.jimdo.com), a collaborative workgroup with the same name. It is based on the [MEDcoupling](https://docs.salome-platform.org/latest/dev/MEDCoupling/tutorial/index.html) C++/python library of the [SALOME](http://www.salome-platform.org/) project for the handling of meshes and fields, and on the C++ library [PETSC](https://www.mcs.anl.gov/petsc/) for the handling of matrices and linear solvers. 
 
 SOLVERLAB includes PDE systems
@@ -18,12 +22,12 @@ The main research objectives of SOLVERLAB are the study of
 - New preconditioners for implicit methods for two phase flows
 - The coupling of fluid models or multiphysics coupling (eg thermal hydraulics and neutronics or thermal hydraulics and solid thermics)
 
-The library is currently developed for linux distributions and is maintained on Ubuntu 16.04 LTS and 18.04 LTS, as well as on Fedora 24, 26, 28, 29 and 30.
+The library is currently developed for linux distributions and is maintained on Ubuntu 16.04 LTS and 18.04 LTS, as well as on Fedora 24, 26, 28, 30 and 32.
 
 Examples of use
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 - [Examples of stable numerical methods for the 1D linear transport equation](CDMATH/tests/doc/1DTransportEquation/RegularGrid/TransportEquation1D_RegularGrid.ipynb)
-- [Shock formation and numerical capture issues for the 1D Burgers' equations](tests/doc/1DBurgersEquation/BurgersEquation1D.ipynb)
+- [Shock formation and numerical capture issues for the 1D Burgers' equations](CDMATH/tests/doc/1DBurgersEquation/BurgersEquation1D.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision for the UPWIND finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Upwind_SQUARE.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision  for the CENTERED finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Centered_SQUARE.ipynb)
 - [Influence of the mesh on the convergence and low Mach precision  for the STAGGERED finite volume method applied to the 2D wave system](CDMATH/tests/doc/2DWaveSystemVF_stationary/Convergence_WaveSystem_Staggered_SQUARE_squares.ipynb)
@@ -40,10 +44,8 @@ Create your source directory. For instance:
 * `mkdir ~/workspace/SOLVERLAB`
 * `cd ~/workspace/SOLVERLAB`
 
-Download from GitHub
-* click on the following link : `https://github.com/ndjinga/SOLVERLAB/archive/master.zip`, then unzip the file in a directory SOLVERLAB-master
-* or type the following in a terminal : `wget https://github.com/ndjinga/SOLVERLAB/archive/master.zip`, then unzip the file in a directory SOLVERLAB-master
-* or clone the git repository to a folder SOLVERLAB-master:  `git clone https://github.com/ndjinga/SOLVERLAB.git SOLVERLAB-master`
+Download from salome-platform.org
+* clone the git repository to a folder SOLVERLAB-master:  `git clone http://git.salome-platform.org/gitpub/modules/solverlab.git SOLVERLAB-master`
 
 
 Set the environment for the compilation of SOLVERLAB
@@ -54,7 +56,8 @@ Dependencies. The following package list is sufficient on Ubuntu 14.04, Ubuntu 1
  - `g++` or another C++ compiler (mandatory)
  - `python-dev`, `python-numpy` and `swig3`for python scripts (mandatory)
  - `python-matplotlib` and `paraview` for postprocessing tools such as plotting curves (matplotlib) or generating 3D view images (paraview) (mandatory)
- - `doxygen`, `graphviz` and `mscgen`, if you want to generate a nice source code documentation in `~/workspace/SOLVERLAB/SOLVERLAB_install/doc/`. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION=ON` (optional).
+ - `ffmpeg` and `ffmpeg-devel` to generate an animation from a set of curves (optional)
+ - `doxygen`, `graphviz` and `mscgen`, if you want to generate a nice source code documentation in `~/workspace/SOLVERLAB/SOLVERLAB_install/share/doc/`. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION=ON` (optional).
  - `libcppunit-dev`, if you want to generate unit tests. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_TESTS=ON` (optional).
  - `rpm`, if you want to generate RPM installation packages. Use the compilation option `-DSOLVERLAB_WITH_PACKAGE=ON` (optional).
 
@@ -70,8 +73,9 @@ Compile and install SOLVERLAB
 Simpler build for a minimum version:
 * `cmake ../SOLVERLAB-master/ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=../SOLVERLAB_install -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release `  
 > This will download and build the following dependencies
-> - PETSc from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-3.13.5.tar.gz
-> - SLEPc from https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.13.4.tar.gz
+> - PETSc from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-3.14.0.tar.gz
+> - SLEPc from https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.0.tar.gz
+> - F2CBLASLAPACK from http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
 > - HDF5 https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
 > - MEDFILE from http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
 > - MEDCOUPLING from http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.4.0.tar.gz
@@ -88,7 +92,7 @@ The 3 dependencies PETSC, MED and MEDCOUPLING should have been compiled with the
 Warning : the linux package libhdf5-dev is generally not compatible with the libraries MED and MEDCoupling  
 Compile and install:
 * `make`
-* `make doc install`
+* `make install`
 
 Run unit and example tests:
 * make example
@@ -96,6 +100,12 @@ Run unit and example tests:
 Run validation tests:
 * make validation
 
+Generate documentation of CDMATH module
+* make docCDMATH
+
+Generate documentation of CoreFlows module
+* make docCoreFlows
+
 Use of SOLVERLAB
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