src/tepal2med/tetrahpc2med.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 // ---
  21 // File   : tetrahpc2med.cxx
  22 // Author : Christian VAN WAMBEKE (CEA)
  23 // ---
  24 //
  25 /*
  26 ** prog principal de ghs3dprl
  27 */
  28
  29 #include <stdio.h> /* printf clrscr fopen fread fwrite fclose */
  30 #include <string>
  31 #include <cstring>
  32 #include <cstdlib>
  33 #include <iostream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <fstream>
  36 #include <vector>
  37 #ifndef WIN32
  38 #include <unistd.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <qstring.h>
  42
  43 #include <QXmlSimpleReader>
  44 #include <QXmlInputSource>
  45 #include <QApplication>
  46
  47 #include "ghs3dprl_msg_parser.h"
  48 #include "dlg_ghs3dmain.h"
  49
  50 #ifdef WIN32
  51 #include <io.h>
  52 #include <windows.h>
  53 #define F_OK 0
  54 #endif
  55
  56 //#include "MEDMEM_Exception.hxx"
  57 //#include "MEDMEM_define.hxx"
  58
  59 #include <med.h>
  60 //#include <med_config.h>
  61 //#include <med_utils.h>
  62 //#include <med_misc.h>
  63
  64 //************************************
  65 med_idt ouvre_fichier_MED(char *fichier,int verbose)
  66 {
  67   med_idt fid = 0;
  68   med_err ret = 0;
  69   med_int majeur,mineur,release;
  70
  71   /* on regarde si le fichier existe */
  72   ret = (int) access(fichier,F_OK);
  73   if (ret < 0) return fid;
  74
  75   /* on regarde s'il s'agit d'un fichier au format HDF5 */
  76   med_bool hdfok,medok;
  77   ret = MEDfileCompatibility(fichier,&hdfok,&medok);
  78   if (ret < 0){
  79      std::cerr<<"File "<<fichier<<" not MED or HDF V5 formatted\n";
  80      return fid;
  81   }
  82
  83   /* Quelle version de MED est utilise par mdump ? */
  84   MEDlibraryNumVersion(&majeur,&mineur,&release);
  85   if (verbose>0)fprintf(stdout,"\nReading %s with MED V%d.%d.%d",
  86                         fichier,majeur,mineur,release);
  87
  88   /* Ouverture du fichier MED en lecture seule */
  89   fid = MEDfileOpen(fichier,MED_ACC_RDONLY);
  90   if (ret < 0) return fid;
  91
  92   MEDfileNumVersionRd(fid, &majeur, &mineur, &release);
  93   if (majeur < 2 || majeur == 2 && mineur < 2) {
  94     fprintf(stderr,"File %s from MED V%d.%d.%d not assumed\n",
  95                    fichier,majeur,mineur,release);
  96     //" version est ant�ieure �la version 2.2";
  97     ret = MEDfileClose(fid);
  98     fid=0; }
  99   else {
 100     if (verbose>0)fprintf(stdout,", file from MED V%d.%d.%d\n",majeur,mineur,release); }
 101
 102   return fid;
 103 }
 104
 105 //************************************
 106 bool ReadFileMED(QString nomfilemed,ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw)
 107 {
 108    med_err ret;
 109    med_idt fid=0;
 110    med_int i,j,sdim,mdim,nmaa,edim,majeur_lu,mineur_lu,release_lu,nprofils,nstep;
 111    med_mesh_type type_maillage;
 112    char dtunit[MED_SNAME_SIZE+1];
 113    char axisname[MED_SNAME_SIZE+1];
 114    char axisunit[MED_SNAME_SIZE*3+1];
 115    med_sorting_type sortingtype;
 116    med_axis_type axistype;
 117    int numero=1;
 118    QString key,tmp;
 119    med_bool chan;
 120    med_bool tran;
 121
 122    //version qt3
 123    char* chaine = (char*)malloc((nomfilemed.length()+1)*sizeof(char));
 124    strncpy(chaine,nomfilemed.toLatin1().constData(),nomfilemed.length()+1);
 125    //std::cout<<"*** ReadFileMED *** "<<chaine<<"\n";
 126
 127    fid=ouvre_fichier_MED(chaine,mymailw->verbose);
 128    free(chaine);
 129    if (fid == 0) {
 130       std::cerr<<"Problem opening file "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 131       return false;
 132    }
 133
 134    nmaa = MEDnMesh(fid);
 135    if (nmaa <= 0){
 136       std::cerr<<"No meshes in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 137       ret = MEDfileClose(fid);
 138       return false;
 139    }
 140    if (nmaa > 1) std::cout<<"More than one mesh in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<", first one taken\n";
 141    ret = MEDmeshInfo(fid,numero,mymailw->nommaa,&sdim,&mdim,&type_maillage,mymailw->maillage_description,
 142                         dtunit,&sortingtype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
 143    if (ret < 0){
 144       std::cerr<<"Problem MEDmeshInfo in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 145       ret = MEDfileClose(fid);
 146       return false;
 147    }
 148    //changed with version med: a triangles mesh in 3d is dim 2 now and 3 before 2014
 149    if (mdim != 2 && mdim != 3){
 150       std::cerr<<"Problem mesh dimension should be 2 or 3: "<<mdim<<"\n";
 151       ret = MEDfileClose(fid);
 152       return false;
 153    }
 154    if (sdim != 3){
 155       std::cerr<<"Problem space dimension should be 3: "<<sdim<<"\n";
 156       ret = MEDfileClose(fid);
 157       return false;
 158    }
 159    if (type_maillage != MED_UNSTRUCTURED_MESH){
 160       std::cerr<<"Problem type mesh should be MED_NON_STRUCTURE: "<<type_maillage<<std::endl;
 161       ret = MEDfileClose(fid);
 162       return false;
 163    }
 164
 165    //lecture nb de noeuds
 166    //cf med-3.0.0_install/share/doc/html/maillage_utilisateur.html
 167    med_int nnoe=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 168       MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chan,&tran);
 169               //(med_geometrie_element)0,(med_connectivite)0);
 170    if (nnoe<1){
 171       std::cerr<<"Problem number of Vertices < 1\n";
 172       ret = MEDfileClose(fid);
 173       return false;
 174    }
 175
 176    //nombre d'objets MED : mailles, faces, aretes , ...
 177    med_int nmailles[MED_N_CELL_GEO],nbtria3;
 178    med_int nfaces[MED_N_FACE_GEO];
 179    med_int naretes[MED_N_EDGE_FIXED_GEO],nbseg2;
 180    //med_int nmailles[MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE],nbtria3;
 181    //med_int nfaces[MED_NBR_GEOMETRIE_FACE];
 182    //med_int naretes[MED_NBR_GEOMETRIE_ARETE],nbseg2;
 183    //polygones et polyedres familles equivalences joints
 184    med_int nmpolygones,npolyedres,nfpolygones,nfam,nequ,njnt;
 185
 186    //Combien de mailles, faces ou aretes pour chaque type geometrique ?
 187    /*for (i=0;i<MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE;i++){
 188       nmailles[i]=MEDnEntMaa(fid,mymailw->nommaa,MED_CONN,MED_MAILLE,typmai[i],typ_con);
 189       //lecture_nombre_mailles_standards(fid,nommaa,typmai[i],typ_con,i);
 190       if (mymailw->verbose>6) std::cout<<"NumberOf"<<nommai[i]<<"="<<nmailles[i]<<std::endl;
 191    }*/
 192
 193    nbtria3=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 194       MED_CELL,MED_TRIA3,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 195    nbseg2=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 196       MED_CELL,MED_SEG2,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 197
 198    //combien de familles ?
 199    nfam=MEDnFamily(fid,mymailw->nommaa);
 200    if (mymailw->verbose>2) {
 201       std::cout<<"\nNumberOfFamilies="<<nfam<<std::endl;
 202       std::cout<<"NumberOfVertices="<<nnoe<<std::endl;
 203       std::cout<<"NumberOfMED_SEG2="<<nbseg2<<std::endl;
 204       std::cout<<"NumberOfMED_TRIA3="<<nbtria3<<"\n\n";
 205    }
 206    if (nbtria3<3){
 207       std::cerr<<"Problem number of MED_TRIA3 < 3, not a skin of a volume\n";
 208       ret = MEDfileClose(fid);
 209       return false;
 210    }
 211
 212 med_int ifamdelete=0,idelete;
 213 std::vector<med_int> famdelete = std::vector<med_int>(nfam);
 214 {
 215   med_int ngro;
 216   char *gro;
 217   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 218   med_int numfam;
 219   char str1[MED_COMMENT_SIZE+1];
 220   char str2[MED_LNAME_SIZE+1];
 221   med_err ret = 0;
 222
 223   for (i=0;i<nfam;i++) famdelete[i]=0;
 224   for (i=0;i<nfam;i++) {
 225
 226     //nombre de groupes
 227     ngro = MEDnFamilyGroup(fid,mymailw->nommaa,i+1);
 228     if (ngro < 0){
 229        std::cerr<<"Problem reading number of groups of family\n";
 230        continue;
 231     }
 232
 233     //atributs obsolete MED3
 234     //allocation memoire par exces
 235     gro = (char*) malloc(MED_LNAME_SIZE*(ngro+1));
 236
 237     ret = MEDfamilyInfo(fid,mymailw->nommaa,i+1,nomfam,&numfam,gro);
 238     if (ret < 0){
 239        std::cerr<<"Problem reading informations of family\n";
 240        continue;
 241     }
 242
 243     if (mymailw->verbose>8) {
 244      std::cout<<"Family "<<numfam<<" have "<<ngro<<" groups\n";
 245      //affichage des resultats
 246      for (j=0;j<ngro;j++) {
 247       if (j==0) std::cout<<"  Groups :\n";
 248       strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 249       str2[MED_LNAME_SIZE] = '\0';
 250       fprintf(stdout,"    name = %s\n",str2);
 251      }
 252      if (i==nfam-1) std::cout<<std::endl;
 253     }
 254     QString sfam,sgro;
 255     sfam=sfam.sprintf("%d",numfam);
 256     idelete=0;
 257     for (j=0;j<ngro;j++){
 258        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 259        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 260        sgro=str2;
 261        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)>0) {
 262           //std::cout<<"idelete++ "<<sgro<<std::endl;
 263           idelete++;
 264        }
 265     }
 266
 267     if (idelete==ngro && ngro>0) { //only delete family whith all delete groups
 268        //std::cout<<"famdelete++ "<<numfam<<" "<<ifamdelete<<" "<<ngro<<std::endl;
 269        famdelete[ifamdelete]=numfam;
 270        ifamdelete++;
 271     }
 272
 273     else {
 274      for (j=0;j<ngro;j++){
 275        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 276        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 277        sgro=str2;
 278        QRegExp qgroup=QRegExp("Group_Of_All",Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 279        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 280           if (sgro.contains(qgroup)>0) {
 281              sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 282           }
 283           if (mymailw->verbose>8) std::cout<<"families.add("<<sfam.toLatin1().constData()<<
 284                                         ","<<sgro.toLatin1().constData()<<")\n";
 285           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 286        }
 287        else {
 288           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 289           //std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sfam<<","<<sgro<<"\"\n";
 290           if (mymailw->verbose>3) std::cout<<"--deletegroups matches \""<<
 291                                         sgro.toLatin1().constData()<<
 292                                         "\" in family "<<numfam<<std::endl;
 293        }
 294      }
 295     }
 296
 297     /*for (j=0;j<ngro;j++){
 298        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 299        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 300        sgro=str2;
 301        //std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 302        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 303           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 304           std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 305           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 306        }
 307        else {
 308           std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sgro<<"\"\n";
 309           famdelete[ifamdelete]=numfam
 310           ifamdelete++;
 311        }
 312     }*/
 313
 314     //on libere la memoire
 315     free(gro);
 316   }
 317 }
 318
 319 //std::cout<<"famdelete"; for (j=0;j<ifamdelete;j++) std::cout<<" "<<famdelete[j]; std::cout<<std::endl;
 320
 321 if (mymailw->verbose>3){
 322    std::cout<<"\nFamiliesAndGroupsOf "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<std::endl;
 323    mymailw->families.write();
 324 }
 325    /* Allocations memoires */
 326    /* table des coordonnees profil : (space dimension * nombre de noeuds ) */
 327    med_float *coo=new med_float[nnoe*sdim];
 328    /* table des numeros de familles des noeuds profil : (nombre de noeuds) */
 329    med_int *famnodesskin=new med_int[nnoe];
 330    //med_int *pfltab=new med_int[1]; //inutilise car on lit tout
 331    //lecture des noeuds : coordonnees
 332    ret=MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_FULL_INTERLACE,coo);
 333           //mdim,coo,mode_coo,MED_ALL,pfltab,0,&rep,mymailw->nomcoo,mymailw->unicoo);
 334    if (ret < 0){
 335       std::cerr<<"Problem reading nodes\n";
 336       ret = MEDfileClose(fid);
 337       //return false;
 338    }
 339    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_NODE,MED_NONE,famnodesskin);
 340       //famnodesskin,nnoe,MED_NOEUD,(med_geometrie_element) 0);
 341    if (ret < 0){
 342       std::cerr<<"Problem reading families of nodes\n";
 343       ret = MEDfileClose(fid);
 344       return false;
 345    }
 346    if (mymailw->verbose>9) {
 347      std::cout<<"\nVertices: no x y z family\n";
 348      for (i=0;i<nnoe*mdim;i=i+3) {
 349       fprintf(stdout,"%5d %13.5e %13.5e %13.5e %5d \n",
 350           (i/3+1), coo[i], coo[i+1], coo[i+2], famnodesskin[i/3]);
 351      }
 352      std::cout<<std::endl;
 353    }
 354
 355    med_int *conn2=new med_int[nbseg2*2];
 356    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 357            MED_CELL,MED_SEG2,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn2);
 358             //mdim,conn2,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_SEG2,MED_NOD);
 359    if (ret < 0){
 360       std::cerr<<"Problem reading MED_SEG2\n";
 361       ret = MEDfileClose(fid);
 362       //return false;
 363    }
 364    med_int *famseg2skin=new med_int[nbseg2];
 365    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_SEG2,famseg2skin);
 366       //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famseg2skin,nbseg2,MED_MAILLE,MED_SEG2);
 367    if (ret < 0){
 368       std::cerr<<"Problem reading families of MED_SEG2\n";
 369       ret = MEDfileClose(fid);
 370       return false;
 371    }
 372    if (mymailw->verbose>9) {
 373      std::cout<<"\nConnectivity MED_SEG2: no node1 node2 family\n";
 374      for (i=0;i<nbseg2*2;i=i+2) {
 375       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d \n",
 376           (i/2+1), conn2[i], conn2[i+1], famseg2skin[i/2]);
 377      }
 378      std::cout<<std::endl;
 379    }
 380    //std::cout<<"\ncvw1 conn nbtria3 "<<nbtria3<<"dt "<<MED_NO_DT<<"it "<<MED_NO_IT<<"cell "<<MED_CELL<<"tria3 "<<MED_TRIA3<<std::endl;
 381    med_int *conn3=new med_int[nbtria3*3];
 382    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 383            MED_CELL,MED_TRIA3,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn3);
 384            //MEDconnLire(fid,mymailw->nommaa,mdim,conn3,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_TRIA3,MED_NOD);
 385    if (ret < 0){
 386       std::cerr<<"Problem reading MED_TRIA3\n";
 387       ret = MEDfileClose(fid);
 388       //return false;
 389    }
 390    med_int *famtria3skin=new med_int[nbtria3];
 391    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_TRIA3,famtria3skin);
 392         //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famtria3skin,nbtria3,MED_MAILLE,MED_TRIA3);
 393    if (ret < 0){
 394       std::cerr<<"Problem reading families of MED_TRIA3\n";
 395       ret = MEDfileClose(fid);
 396       return false;
 397    }
 398    if (mymailw->verbose>9) {
 399      std::cout<<"\nConnectivity MED_TRIA3: no node1 node2 node3 family\n";
 400      for (i=0;i<nbtria3*3;i=i+3) {
 401       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d %5d \n",
 402           (i/3+1), conn3[i], conn3[i+1], conn3[i+2], famtria3skin[i/3]);
 403      }
 404      std::cout<<std::endl;
 405    }
 406
 407   /*liberation memoire?
 408   delete[] coo;
 409   delete[] nomnoe;
 410   delete[] numnoe;
 411   delete[] nufano;*/
 412
 413   if (ifamdelete>0) {
 414    //std::cout<<"!!!!!!!!nodes "<<famnodesskin[0]<<" "<<nnoe<<famdelete[1]<<std::endl;
 415    for (i=0;i<nnoe;i++) {
 416     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 417       if (famnodesskin[i]==famdelete[j]) {
 418        //std::cout<<"nodes "<<famnodesskin[i]<<" "<<i<<" "<<famdelete[j]<<std::endl;
 419        famnodesskin[i]=0; }
 420     }
 421    }
 422    for (i=0;i<nbseg2;i++) {
 423     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 424       if (famseg2skin[i]==famdelete[j]) famseg2skin[i]=0;
 425     }
 426    }
 427    for (i=0;i<nbtria3;i++) {
 428     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 429       if (famtria3skin[i]==famdelete[j]) famtria3skin[i]=0;
 430     }
 431    }
 432   }
 433    //stocks data for future use
 434    CVWtab *montab;
 435    bool ok;
 436
 437    montab=new CVWtab(nnoe*mdim,coo);
 438    tmp="SKIN_VERTICES_COORDINATES";
 439    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 440
 441    montab=new CVWtab(nnoe,famnodesskin);
 442    tmp="SKIN_VERTICES_FAMILIES";
 443    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 444
 445    montab=new CVWtab(nbseg2*2,conn2);
 446    tmp="SKIN_SEG2_CONNECTIVITIES";
 447    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 448
 449    montab=new CVWtab(nbtria3,famseg2skin);
 450    tmp="SKIN_SEG2_FAMILIES";
 451    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 452
 453    montab=new CVWtab(nbtria3*3,conn3);
 454    tmp="SKIN_TRIA3_CONNECTIVITIES";
 455    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 456
 457    montab=new CVWtab(nbtria3,famtria3skin);
 458    tmp="SKIN_TRIA3_FAMILIES";
 459    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 460
 461    //if (mymailw->verbose>6) ok=mymailw->list_keys_mesh_wrap();
 462
 463    ret = MEDfileClose(fid);
 464    if (ret < 0){
 465       std::cerr<<"Problem closing "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 466       return false;
 467    }
 468    return true;
 469 }
 470
 471
 472 //************************************
 473 int main(int argc, char *argv[])
 474 {
 475    bool ok;
 476    int i,nb,nbfiles,limit_swap,nbelem_limit_swap,limit_swap_defaut,verbose;
 477    QString path,pathini,casename,casenamemed,fileskinmed,
 478            tmp,cmd,format,format_tetra,
 479            test,menu,launchtetra,background,deletegroups,
 480            ToMergeSubdomains,ToTagSubdomains,ToOutputInterfaces,ToDiscardSubdomains,
 481            version="V3.0 (MED3+tetra-hpc)";
 482
 483    char *chelp=NULL,
 484         *ccasename=NULL,
 485         *cnumber=NULL,
 486         *cmedname=NULL,
 487         *climitswap=NULL,
 488         *cverbose=NULL,
 489         *ctest=NULL,
 490         *cmenu=NULL,
 491         *claunchtetra=NULL,
 492         *cToMergeSubdomains=NULL,
 493         *cToTagSubdomains=NULL,
 494         *cToOutputInterfaces=NULL,
 495         *cToDiscardSubdomains=NULL,
 496         *cbackground=NULL,
 497         *cdeletegroups=NULL;
 498
 499    for (i = 0; i < argc; i++){
 500       if (!strncmp (argv[i], "--help", sizeof ("--help"))) chelp = &(argv[i][0]);
 501       else if (!strncmp (argv[i], "--casename=", sizeof ("--casename"))) ccasename = &(argv[i][sizeof ("--casename")]);
 502       else if (!strncmp (argv[i], "--number=", sizeof ("--number"))) cnumber = &(argv[i][sizeof ("--number")]);
 503       else if (!strncmp (argv[i], "--medname=", sizeof ("--medname"))) cmedname = &(argv[i][sizeof ("--medname")]);
 504       else if (!strncmp (argv[i], "--limitswap=", sizeof ("--limitswap"))) climitswap = &(argv[i][sizeof ("--limitswap")]);
 505       else if (!strncmp (argv[i], "--verbose=", sizeof ("--verbose"))) cverbose = &(argv[i][sizeof ("--verbose")]);
 506       else if (!strncmp (argv[i], "--test=", sizeof ("--test"))) ctest = &(argv[i][sizeof ("--test")]);
 507       else if (!strncmp (argv[i], "--menu=", sizeof ("--menu"))) cmenu = &(argv[i][sizeof ("--menu")]);
 508       else if (!strncmp (argv[i], "--launchtetra=", sizeof ("--launchtetra"))) claunchtetra = &(argv[i][sizeof ("--launchtetra")]);
 509       else if (!strncmp (argv[i], "--merge_subdomains=", sizeof ("--merge_subdomains"))) cToMergeSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 510       else if (!strncmp (argv[i], "--tag_subdomains=", sizeof ("--tag_subdomains"))) cToTagSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 511       else if (!strncmp (argv[i], "--output_interfaces=", sizeof ("--output_interfaces"))) cToOutputInterfaces = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 512       else if (!strncmp (argv[i], "--discard_subdomains=", sizeof ("--discard_subdomains"))) cToDiscardSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 513       else if (!strncmp (argv[i], "--background=", sizeof ("--background"))) cbackground = &(argv[i][sizeof ("--background")]);
 514       else if (!strncmp (argv[i], "--deletegroups=", sizeof ("--deletegroups"))) cdeletegroups = &(argv[i][sizeof ("--deletegroups")]);
 515       }
 516
 517    if (argc < 2 || chelp){
 518       std::cout<<"tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" Available options:\n"
 519       "   --help               : produces this help message\n"<<
 520       "   --casename           : path and name of input tetrahpc2med files which are\n"<<
 521       "                           - output files of GHS3DPRL_Plugin .mesh\n"<<
 522       "                           - output file of GHS3DPRL_Plugin casename_skin.med (optional)\n"<<
 523       "                          with initial skin and its initial groups\n"<<
 524       "   --number             : number of partitions\n"<<
 525       "   --medname            : path and name of output MED files\n"<<
 526       "   --limitswap          : max size of working cpu memory (Mo) (before swapping on .temp files)\n"<<
 527       "   --verbose            : trace of execution (0->6)\n"<<
 528       "   --test               : more tests about joints, before generation of output files\n"<<
 529       "   --menu               : a GUI menu for option number\n"<<
 530       "   --launchtetra        : also launch tetra-hpc on files casename.mesh and option number\n"<<
 531       "   --merge_subdomains   : merge the subdomains into one mesh and write the output .mesh(b) file\n"<<
 532       "   --tag_subdomains     : use the parallel subdomain index as tag into the merged output mesh\n"<<
 533       "                            to identify the parallel subdomains (used in combination with the merge_subdomains option)\n"<<
 534       "   --output_interfaces  : write the parallel subdomains interface triangles into the merged output mesh\n"<<
 535       "                            (used in combination with the merge_subdomains option)\n"<<
 536       "   --discard_subdomains : discard the parallel subdomains informations output (mesh, global numbering and interfaces)\n"<<
 537       "   --background         : force background mode from launch tetra-hpc and generation of final MED files (big meshes)\n"<<
 538       "   --deletegroups       : regular expression (see QRegExp) which matches unwanted groups in final MED files\n"<<
 539       "                            (try --deletegroups=\"(\\bJOINT)\"\n"<<
 540       "                            (try --deletegroups=\"(\\bAll_Nodes|\\bAll_Faces)\"\n"<<
 541       "                            (try --deletegroups=\"((\\bAll_|\\bNew_)(N|F|T))\"\n";
 542       std::cout<<"example:\n   tetrahpcl2med --casename=/tmp/GHS3DPRL --number=2 --medname=DOMAIN "<<
 543                  "--limitswap=1000 --verbose=0 --test=yes --menu=no --launchtetra=no\n\n";
 544       return 1;  //no output files
 545    }
 546
 547    if (!ccasename){
 548       std::cerr<<"--casename: a path/name is expected\n\n";
 549       return 1;
 550    }
 551    casename=ccasename;
 552    if (!cnumber){
 553       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 554       return 1;
 555    }
 556    tmp=cnumber;
 557    nbfiles=tmp.toLong(&ok,10);
 558    if (!ok){
 559       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 560       return 1;
 561    }
 562    if (nbfiles<=0){
 563       std::cerr<<"--number: a positive integer is expected\n\n";
 564       return 1;
 565    }
 566    if (nbfiles>2048){ //delirium in 2014
 567       std::cerr<<"--number: a positive integer <= 2048 is expected\n\n";
 568       return 1;
 569    }
 570    if (!cmedname) cmedname=ccasename;
 571    casenamemed=cmedname;
 572    limit_swap_defaut=1000; //1000Mo
 573    limit_swap=limit_swap_defaut;
 574    if (climitswap){
 575       tmp=climitswap;
 576       limit_swap=tmp.toLong(&ok,10);
 577       if (!ok){
 578          std::cerr<<"--limitswap: an integer is expected. try 1000\n\n";
 579          return 1;
 580       }
 581       if (limit_swap<1 || limit_swap>32000){
 582          std::cerr<<"--limitswap: [1->32000] expected. try 1000\n\n";
 583          return 1;
 584       }
 585    }
 586    //default 1GOctet/8(for float)
 587    nbelem_limit_swap=limit_swap*1000000; //100%
 588    CVWtab::memorymax=nbelem_limit_swap;
 589
 590    verbose=1; //default
 591    if (cverbose){
 592       tmp=cverbose;
 593       verbose=tmp.toLong(&ok,10);
 594       if (!ok){
 595          std::cerr<<"--verbose: an integer is expected\n\n";
 596          return 1;
 597       }
 598       if (verbose<0){
 599          std::cerr<<"--verbose: a positive integer is expected\n\n";
 600          return 1;
 601       }
 602    }
 603
 604    test="no"; //default
 605    if (ctest){
 606       tmp=ctest;
 607       if (tmp=="yes") test="yes";
 608    }
 609
 610    menu="no"; //default
 611    if (cmenu){
 612       tmp=cmenu;
 613       if (tmp=="yes") menu="yes";
 614    }
 615
 616    launchtetra="no"; //default
 617    if (claunchtetra){
 618       tmp=claunchtetra;
 619       if (tmp=="yes") launchtetra="yes";
 620    }
 621
 622    ToMergeSubdomains="no"; //default
 623    if (cToMergeSubdomains){
 624       tmp=cToMergeSubdomains;
 625       if (tmp=="yes") ToMergeSubdomains="yes";
 626    }
 627
 628    ToTagSubdomains="no"; //default
 629    if (cToTagSubdomains){
 630       tmp=cToTagSubdomains;
 631       if (tmp=="yes") ToTagSubdomains="yes";
 632    }
 633
 634    ToOutputInterfaces="no"; //default
 635    if (cToOutputInterfaces){
 636       tmp=cToOutputInterfaces;
 637       if (tmp=="yes") ToOutputInterfaces="yes";
 638    }
 639
 640    ToDiscardSubdomains="no"; //default
 641    if (cToDiscardSubdomains){
 642       tmp=cToDiscardSubdomains;
 643       if (tmp=="yes") ToDiscardSubdomains="yes";
 644    }
 645
 646    background="no"; //default
 647    if (cbackground){
 648       tmp=cbackground;
 649       if (tmp=="yes") background="yes";
 650    }
 651
 652
 653    // We must always have an application
 654    if (menu=="yes") {
 655     QApplication a(argc,argv);
 656     dlg_ghs3dmain *m = new dlg_ghs3dmain();
 657     m->setWindowTitle("tetrahpc2med 3.0");
 658     m->show();
 659     a.exec();
 660     if ( m->result() == QDialog::Accepted ) {
 661       std::cout<<"parameters "<<m->KeepFiles()<<" "<<m->NbPart()<<std::endl;
 662       nbfiles=m->NbPart();
 663     }
 664     else {
 665       return 1;
 666     }
 667     delete m;
 668    }
 669
 670    int n=casenamemed.count('/');
 671    if (n>0)
 672       path=casenamemed.section('/',-n-1,-2)+"/";
 673    else
 674       path="./";
 675       casenamemed=casenamemed.section('/',-1);
 676    if (casenamemed.length()>20){
 677       std::cerr<<"--medname truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 678       casenamemed.truncate(20);
 679    }
 680
 681    n=casename.count('/');
 682    if (n>0)
 683       pathini=casename.section('/',-n-1,-2)+"/";
 684    else
 685       pathini="./";
 686       casename=casename.section('/',-1);
 687    if (casename.length()>20){
 688       std::cerr<<"--casename truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 689       casename.truncate(20);
 690    }
 691
 692    /*std::cout<<"CaseNameMed="<<casenamemed<<std::endl;
 693    std::cout<<"PathMed="<<path<<std::endl;*/
 694
 695    deletegroups="(\\bxyz)"; //default improbable name
 696    if (cdeletegroups){
 697       deletegroups=cdeletegroups;
 698    }
 699
 700    //verbose=5;
 701    if (verbose>0)
 702    std::cout<<"tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" parameters:"<<
 703          "\n   --casename="<<pathini.toLatin1().constData()<<casename.toLatin1().constData()<<
 704          "\n   --number="<<nbfiles<<
 705          "\n   --medname="<<path.toLatin1().constData()<<casenamemed.toLatin1().constData()<<
 706          "\n   --limitswap="<<limit_swap<<
 707          "\n   --verbose="<<verbose<<
 708          "\n   --test="<<test.toLatin1().constData()<<
 709          "\n   --menu="<<menu.toLatin1().constData()<<
 710          "\n   --launchtetra="<<launchtetra.toLatin1().constData()<<
 711          "\n   --merge_subdomains="<<ToMergeSubdomains.toLatin1().constData()<<
 712          "\n   --tag_subdomains="<<ToTagSubdomains.toLatin1().constData()<<
 713          "\n   --output_interfaces="<<ToOutputInterfaces.toLatin1().constData()<<
 714          "\n   --discard_subdomains="<<ToDiscardSubdomains.toLatin1().constData()<<
 715          "\n   --background="<<background.toLatin1().constData()<<
 716          "\n   --deletegroups=\""<<deletegroups.toLatin1().constData()<<"\"\n";
 717
 718    //utile si appel par plugin ghs3dprl sur big meshes et tetrahpc sur plusieurs jours
 719 #ifndef WIN32
 720    if (background=="yes"){
 721       pid_t pid = fork();
 722       if (pid > 0) {
 723          //Process father
 724          exit(0); //temporary ok for plugin
 725       }
 726       //process children
 727       //On rend le fils independant de tout terminal
 728       //from here everything in background: tetrahpc AND generation of final MED files
 729       setsid();
 730       system("sleep 10");  //for debug
 731    }
 732 #else
 733    printf("background mode is not supported on win32 platform !\n");
 734 #endif
 735
 736    //"tetrahpc -f exemple1 -n 4"
 737    if (launchtetra=="yes"){
 738       //tetra_hpc.exe --help
 739       //mpirun -n 3 mg-tetra_hpc.exe --in GHS3DPRL.mesh --out TOTO.mesh
 740
 741       //direct mpirun cause problem: invalid
 742       //cmd="mpirun -n "+cmd.sprintf("%d",nbfiles)+" mg-tetra_hpc.exe --in "+
 743
 744       //call tetra_hpc.bash is script which assumes mpirun after compilation openmpi etc...
 745       cmd="mg-tetra_hpc.bash -n "+cmd.sprintf("%d",nbfiles)+" --in "+
 746           pathini+casename+".mesh --out "+
 747           pathini+casename+".mesh"+
 748           " --merge_subdomains "+ToMergeSubdomains+
 749           " --tag_subdomains "+ToTagSubdomains+
 750           " --output_interfaces "+ToOutputInterfaces+
 751           " --discard_subdomains "+ToDiscardSubdomains+
 752           " > "+path+"tetrahpc.log";
 753       std::cout<<"\nlaunchtetra command: background="<<cbackground<<
 754                  "\n      "<<cmd.toLatin1().constData()<<std::endl;
 755       system(cmd.toLatin1().constData()); // run
 756       //sometimes it is better to wait flushing files on slow filesystem...
 757       system("sleep 3");
 758    }
 759    ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw=new ghs3dprl_mesh_wrap;
 760    //no constructor, later maybe
 761    mymailw->nbfiles=0;
 762    mymailw->nbfilestot=nbfiles;
 763    //for huge cases big array swap in huge binary files
 764    mymailw->nbelem_limit_swap=nbelem_limit_swap;
 765    mymailw->verbose=verbose;
 766    mymailw->casename=casename;
 767    mymailw->medname=casenamemed;
 768    mymailw->path=path;
 769    mymailw->pathini=pathini;
 770    mymailw->deletegroups=QRegExp(deletegroups,Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 771    ghs3dprl_msg_parser handler;
 772    //constructor later maybe
 773    //handler.verbose=true;
 774    handler.mailw=mymailw;
 775    mymailw->families.no=1;
 776    //std::cout<<"coucou1 "<<mymailw->families.no<<std::endl;
 777    //mymailw->families.add(casename,casenamemed);
 778    format=format.sprintf("%d",nbfiles);
 779    int nbf=format.length();
 780    format=format.sprintf(".%%0%dd.%%0%dd",nbf,nbf);
 781    format_tetra=".%05d";
 782    if (verbose>10)std::cout<<"format "<<format.toLatin1().constData()<<std::endl;
 783    if (verbose>10)std::cout<<"format_tetra "<<format_tetra.toLatin1().constData()<<std::endl;
 784    mymailw->format=format;
 785    mymailw->format_tetra=format_tetra;
 786    mymailw->for_tetrahpc=true; //to know what files to read: .noboite or .mesh
 787
 788    //something like "/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med"
 789    fileskinmed=pathini+casename+"_skin.med";
 790    //fileskinmed="/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med";
 791    /*for debug
 792    {
 793    char ctmp[fileskinmed.length()+1] ; strcpy(ctmp,fileskinmed);
 794    int res=dumpMED(&ctmp[0],1);
 795    }*/
 796    int ret = access(fileskinmed.toLatin1().constData(),F_OK); //on regarde si le fichier existe
 797    if (ret >= 0) {
 798       ok=ReadFileMED(fileskinmed,mymailw); }
 799    else {
 800       if (verbose>0)std::cout<<"Initial skin file <"<<fileskinmed.toLatin1().constData()<<"> does not exist\n"; }
 801
 802
 803 //if test quickly read all files before (or only small files)
 804  if (test=="yes"){
 805    if (verbose>0) std::cout<<"\nReading output files of tetrahpc as input files of tetrahpc2med...\n";
 806    //only read beginning of files .xxxxx.mesh
 807    //supposed big files big arrays so only see first lines
 808    mymailw->nbfiles=0;
 809    for (int i=1; i<=nbfiles; i++){
 810       mymailw->nofile=i;
 811       tmp=pathini+casename+tmp.sprintf(format_tetra.toLatin1().constData(),i)+".mesh";
 812       if (verbose>0) std::cout<<"FileName="<<tmp.toLatin1().constData()<<std::endl;
 813       ok=mymailw->TestExistingFileMESHnew(tmp);
 814    }
 815    if (verbose>0)
 816       std::cout<<"NumberOfFilesMESHTested="<<mymailw->nbfiles<<": ok\n\n";
 817    if (mymailw->nbfiles != nbfiles){
 818       std::cerr<<"NumberOfFiles != NumberOfFilesTested is unexpected\n\n";
 819       return 1;
 820    }
 821  }  //end if test
 822
 823    ok=mymailw->Write_MEDfiles_v2(true); //deletekeys=true
 824
 825    nb=mymailw->remove_all_keys_mesh_wrap();
 826    if (verbose>3)std::cout<<"***remove_all_key_mesh_wrap*** "<<nb<<" keys removed\n";
 827    if (verbose>0)std::cout<<std::endl<<"===end of "<<argv[0]<<"==="<<std::endl;
 828
 829    //for debug
 830    //int res=dumpMED("/home/wambeke/tmp/DOMAIN_1.med",1);
 831
 832    return 0; //ok
 833 }