src/tepal2med/tetrahpc2med.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 // ---
  21 // File   : tetrahpc2med.cxx
  22 // Author : Christian VAN WAMBEKE (CEA)
  23 // ---
  24 //
  25 /*
  26 ** prog principal de ghs3dprl
  27 */
  28
  29 #include <stdio.h> /* printf clrscr fopen fread fwrite fclose */
  30 #include <string>
  31 #include <cstring>
  32 #include <cstdlib>
  33 #include <iostream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <fstream>
  36 #include <vector>
  37 #ifndef WIN32
  38 #include <unistd.h>
  39 #endif
  40
  41 #include <qstring.h>
  42
  43 #include <QXmlSimpleReader>
  44 #include <QXmlInputSource>
  45 #include <QApplication>
  46
  47 #include "ghs3dprl_msg_parser.h"
  48 #include "dlg_ghs3dmain.h"
  49
  50 #ifdef WIN32
  51 #include <io.h>
  52 #include <windows.h>
  53 #define F_OK 0
  54 #endif
  55
  56 //#include "MEDMEM_Exception.hxx"
  57 //#include "MEDMEM_define.hxx"
  58
  59 extern "C" {
  60 #include <med.h>
  61 //#include <med_config.h>
  62 //#include <med_utils.h>
  63 //#include <med_misc.h>
  64 }
  65
  66 //************************************
  67 med_idt ouvre_fichier_MED(char *fichier,int verbose)
  68 {
  69   med_idt fid = 0;
  70   med_err ret = 0;
  71   med_int majeur,mineur,release;
  72
  73   /* on regarde si le fichier existe */
  74   ret = (int) access(fichier,F_OK);
  75   if (ret < 0) return fid;
  76
  77   /* on regarde s'il s'agit d'un fichier au format HDF5 */
  78   med_bool hdfok,medok;
  79   ret = MEDfileCompatibility(fichier,&hdfok,&medok);
  80   if (ret < 0){
  81      std::cerr<<"File "<<fichier<<" not MED or HDF V5 formatted\n";
  82      return fid;
  83   }
  84
  85   /* Quelle version de MED est utilise par mdump ? */
  86   MEDlibraryNumVersion(&majeur,&mineur,&release);
  87   if (verbose>0)fprintf(stdout,"\nReading %s with MED V%d.%d.%d",
  88                         fichier,majeur,mineur,release);
  89
  90   /* Ouverture du fichier MED en lecture seule */
  91   fid = MEDfileOpen(fichier,MED_ACC_RDONLY);
  92   if (ret < 0) return fid;
  93
  94   MEDfileNumVersionRd(fid, &majeur, &mineur, &release);
  95   if (majeur < 2 || majeur == 2 && mineur < 2) {
  96     fprintf(stderr,"File %s from MED V%d.%d.%d not assumed\n",
  97                    fichier,majeur,mineur,release);
  98     //" version est ant�ieure �la version 2.2";
  99     ret = MEDfileClose(fid);
 100     fid=0; }
 101   else {
 102     if (verbose>0)fprintf(stdout,", file from MED V%d.%d.%d\n",majeur,mineur,release); }
 103
 104   return fid;
 105 }
 106
 107 //************************************
 108 bool ReadFileMED(QString nomfilemed,ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw)
 109 {
 110    med_err ret;
 111    med_idt fid=0;
 112    med_int i,j,sdim,mdim,nmaa,edim,majeur_lu,mineur_lu,release_lu,nprofils,nstep;
 113    med_mesh_type type_maillage;
 114    char dtunit[MED_SNAME_SIZE+1];
 115    char axisname[MED_SNAME_SIZE+1];
 116    char axisunit[MED_SNAME_SIZE*3+1];
 117    med_sorting_type sortingtype;
 118    med_axis_type axistype;
 119    int numero=1;
 120    QString key,tmp;
 121    med_bool chan;
 122    med_bool tran;
 123
 124    //version qt3
 125    char* chaine = (char*)malloc((nomfilemed.length()+1)*sizeof(char));
 126    strncpy(chaine,nomfilemed.toLatin1().constData(),nomfilemed.length()+1);
 127    //std::cout<<"*** ReadFileMED *** "<<chaine<<"\n";
 128
 129    fid=ouvre_fichier_MED(chaine,mymailw->verbose);
 130    free(chaine);
 131    if (fid == 0) {
 132       std::cerr<<"Problem opening file "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 133       return false;
 134    }
 135
 136    nmaa = MEDnMesh(fid);
 137    if (nmaa <= 0){
 138       std::cerr<<"No meshes in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 139       ret = MEDfileClose(fid);
 140       return false;
 141    }
 142    if (nmaa > 1) std::cout<<"More than one mesh in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<", first one taken\n";
 143    ret = MEDmeshInfo(fid,numero,mymailw->nommaa,&sdim,&mdim,&type_maillage,mymailw->maillage_description,
 144                         dtunit,&sortingtype,&nstep,&axistype,axisname,axisunit);
 145    if (ret < 0){
 146       std::cerr<<"Problem MEDmeshInfo in "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 147       ret = MEDfileClose(fid);
 148       return false;
 149    }
 150    //changed with version med: a triangles mesh in 3d is dim 2 now and 3 before 2014
 151    if (mdim != 2 && mdim != 3){
 152       std::cerr<<"Problem mesh dimension should be 2 or 3: "<<mdim<<"\n";
 153       ret = MEDfileClose(fid);
 154       return false;
 155    }
 156    if (sdim != 3){
 157       std::cerr<<"Problem space dimension should be 3: "<<sdim<<"\n";
 158       ret = MEDfileClose(fid);
 159       return false;
 160    }
 161    if (type_maillage != MED_UNSTRUCTURED_MESH){
 162       std::cerr<<"Problem type mesh should be MED_NON_STRUCTURE: "<<type_maillage<<std::endl;
 163       ret = MEDfileClose(fid);
 164       return false;
 165    }
 166
 167    //lecture nb de noeuds
 168    //cf med-3.0.0_install/share/doc/html/maillage_utilisateur.html
 169    med_int nnoe=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 170       MED_NODE,MED_NO_GEOTYPE,MED_COORDINATE,MED_NO_CMODE,&chan,&tran);
 171               //(med_geometrie_element)0,(med_connectivite)0);
 172    if (nnoe<1){
 173       std::cerr<<"Problem number of Vertices < 1\n";
 174       ret = MEDfileClose(fid);
 175       return false;
 176    }
 177
 178    //nombre d'objets MED : mailles, faces, aretes , ...
 179    med_int nmailles[MED_N_CELL_GEO],nbtria3;
 180    med_int nfaces[MED_N_FACE_GEO];
 181    med_int naretes[MED_N_EDGE_FIXED_GEO],nbseg2;
 182    //med_int nmailles[MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE],nbtria3;
 183    //med_int nfaces[MED_NBR_GEOMETRIE_FACE];
 184    //med_int naretes[MED_NBR_GEOMETRIE_ARETE],nbseg2;
 185    //polygones et polyedres familles equivalences joints
 186    med_int nmpolygones,npolyedres,nfpolygones,nfam,nequ,njnt;
 187
 188    //Combien de mailles, faces ou aretes pour chaque type geometrique ?
 189    /*for (i=0;i<MED_NBR_GEOMETRIE_MAILLE;i++){
 190       nmailles[i]=MEDnEntMaa(fid,mymailw->nommaa,MED_CONN,MED_MAILLE,typmai[i],typ_con);
 191       //lecture_nombre_mailles_standards(fid,nommaa,typmai[i],typ_con,i);
 192       if (mymailw->verbose>6) std::cout<<"NumberOf"<<nommai[i]<<"="<<nmailles[i]<<std::endl;
 193    }*/
 194
 195    nbtria3=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 196       MED_CELL,MED_TRIA3,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 197    nbseg2=MEDmeshnEntity(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 198       MED_CELL,MED_SEG2,MED_CONNECTIVITY,MED_NODAL,&chan,&tran);
 199
 200    //combien de familles ?
 201    nfam=MEDnFamily(fid,mymailw->nommaa);
 202    if (mymailw->verbose>2) {
 203       std::cout<<"\nNumberOfFamilies="<<nfam<<std::endl;
 204       std::cout<<"NumberOfVertices="<<nnoe<<std::endl;
 205       std::cout<<"NumberOfMED_SEG2="<<nbseg2<<std::endl;
 206       std::cout<<"NumberOfMED_TRIA3="<<nbtria3<<"\n\n";
 207    }
 208    if (nbtria3<3){
 209       std::cerr<<"Problem number of MED_TRIA3 < 3, not a skin of a volume\n";
 210       ret = MEDfileClose(fid);
 211       return false;
 212    }
 213
 214 med_int ifamdelete=0,idelete;
 215 std::vector<med_int> famdelete = std::vector<med_int>(nfam);
 216 {
 217   med_int ngro;
 218   char *gro;
 219   char nomfam[MED_NAME_SIZE+1];
 220   med_int numfam;
 221   char str1[MED_COMMENT_SIZE+1];
 222   char str2[MED_LNAME_SIZE+1];
 223   med_err ret = 0;
 224
 225   for (i=0;i<nfam;i++) famdelete[i]=0;
 226   for (i=0;i<nfam;i++) {
 227
 228     //nombre de groupes
 229     ngro = MEDnFamilyGroup(fid,mymailw->nommaa,i+1);
 230     if (ngro < 0){
 231        std::cerr<<"Problem reading number of groups of family\n";
 232        continue;
 233     }
 234
 235     //atributs obsolete MED3
 236     //allocation memoire par exces
 237     gro = (char*) malloc(MED_LNAME_SIZE*(ngro+1));
 238
 239     ret = MEDfamilyInfo(fid,mymailw->nommaa,i+1,nomfam,&numfam,gro);
 240     if (ret < 0){
 241        std::cerr<<"Problem reading informations of family\n";
 242        continue;
 243     }
 244
 245     if (mymailw->verbose>8) {
 246      std::cout<<"Family "<<numfam<<" have "<<ngro<<" groups\n";
 247      //affichage des resultats
 248      for (j=0;j<ngro;j++) {
 249       if (j==0) std::cout<<"  Groups :\n";
 250       strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 251       str2[MED_LNAME_SIZE] = '\0';
 252       fprintf(stdout,"    name = %s\n",str2);
 253      }
 254      if (i==nfam-1) std::cout<<std::endl;
 255     }
 256     QString sfam,sgro;
 257     sfam=sfam.sprintf("%d",numfam);
 258     idelete=0;
 259     for (j=0;j<ngro;j++){
 260        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 261        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 262        sgro=str2;
 263        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)>0) {
 264           //std::cout<<"idelete++ "<<sgro<<std::endl;
 265           idelete++;
 266        }
 267     }
 268
 269     if (idelete==ngro && ngro>0) { //only delete family whith all delete groups
 270        //std::cout<<"famdelete++ "<<numfam<<" "<<ifamdelete<<" "<<ngro<<std::endl;
 271        famdelete[ifamdelete]=numfam;
 272        ifamdelete++;
 273     }
 274
 275     else {
 276      for (j=0;j<ngro;j++){
 277        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 278        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 279        sgro=str2;
 280        QRegExp qgroup=QRegExp("Group_Of_All",Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 281        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 282           if (sgro.contains(qgroup)>0) {
 283              sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 284           }
 285           if (mymailw->verbose>8) std::cout<<"families.add("<<sfam.toLatin1().constData()<<
 286                                         ","<<sgro.toLatin1().constData()<<")\n";
 287           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 288        }
 289        else {
 290           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 291           //std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sfam<<","<<sgro<<"\"\n";
 292           if (mymailw->verbose>3) std::cout<<"--deletegroups matches \""<<
 293                                         sgro.toLatin1().constData()<<
 294                                         "\" in family "<<numfam<<std::endl;
 295        }
 296      }
 297     }
 298
 299     /*for (j=0;j<ngro;j++){
 300        strncpy(str2,gro+j*MED_LNAME_SIZE,MED_LNAME_SIZE);
 301        str2[MED_LNAME_SIZE]='\0';
 302        sgro=str2;
 303        //std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 304        if (sgro.contains(mymailw->deletegroups)==0){
 305           //sgro="Skin_"+sgro; //pas sur que ce soit pertinent
 306           std::cout<<"families.add("<<sfam<<","<<sgro<<")\n";
 307           mymailw->families.add(sfam,sgro);
 308        }
 309        else {
 310           std::cout<<"--deletegroups matches \""<<sgro<<"\"\n";
 311           famdelete[ifamdelete]=numfam
 312           ifamdelete++;
 313        }
 314     }*/
 315
 316     //on libere la memoire
 317     free(gro);
 318   }
 319 }
 320
 321 //std::cout<<"famdelete"; for (j=0;j<ifamdelete;j++) std::cout<<" "<<famdelete[j]; std::cout<<std::endl;
 322
 323 if (mymailw->verbose>3){
 324    std::cout<<"\nFamiliesAndGroupsOf "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<std::endl;
 325    mymailw->families.write();
 326 }
 327    /* Allocations memoires */
 328    /* table des coordonnees profil : (space dimension * nombre de noeuds ) */
 329    med_float *coo=new med_float[nnoe*sdim];
 330    /* table des numeros de familles des noeuds profil : (nombre de noeuds) */
 331    med_int *famnodesskin=new med_int[nnoe];
 332    //med_int *pfltab=new med_int[1]; //inutilise car on lit tout
 333    //lecture des noeuds : coordonnees
 334    ret=MEDmeshNodeCoordinateRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_FULL_INTERLACE,coo);
 335           //mdim,coo,mode_coo,MED_ALL,pfltab,0,&rep,mymailw->nomcoo,mymailw->unicoo);
 336    if (ret < 0){
 337       std::cerr<<"Problem reading nodes\n";
 338       ret = MEDfileClose(fid);
 339       //return false;
 340    }
 341    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_NODE,MED_NONE,famnodesskin);
 342       //famnodesskin,nnoe,MED_NOEUD,(med_geometrie_element) 0);
 343    if (ret < 0){
 344       std::cerr<<"Problem reading families of nodes\n";
 345       ret = MEDfileClose(fid);
 346       return false;
 347    }
 348    if (mymailw->verbose>9) {
 349      std::cout<<"\nVertices: no x y z family\n";
 350      for (i=0;i<nnoe*mdim;i=i+3) {
 351       fprintf(stdout,"%5d %13.5e %13.5e %13.5e %5d \n",
 352           (i/3+1), coo[i], coo[i+1], coo[i+2], famnodesskin[i/3]);
 353      }
 354      std::cout<<std::endl;
 355    }
 356
 357    med_int *conn2=new med_int[nbseg2*2];
 358    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 359            MED_CELL,MED_SEG2,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn2);
 360             //mdim,conn2,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_SEG2,MED_NOD);
 361    if (ret < 0){
 362       std::cerr<<"Problem reading MED_SEG2\n";
 363       ret = MEDfileClose(fid);
 364       //return false;
 365    }
 366    med_int *famseg2skin=new med_int[nbseg2];
 367    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_SEG2,famseg2skin);
 368       //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famseg2skin,nbseg2,MED_MAILLE,MED_SEG2);
 369    if (ret < 0){
 370       std::cerr<<"Problem reading families of MED_SEG2\n";
 371       ret = MEDfileClose(fid);
 372       return false;
 373    }
 374    if (mymailw->verbose>9) {
 375      std::cout<<"\nConnectivity MED_SEG2: no node1 node2 family\n";
 376      for (i=0;i<nbseg2*2;i=i+2) {
 377       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d \n",
 378           (i/2+1), conn2[i], conn2[i+1], famseg2skin[i/2]);
 379      }
 380      std::cout<<std::endl;
 381    }
 382    //std::cout<<"\ncvw1 conn nbtria3 "<<nbtria3<<"dt "<<MED_NO_DT<<"it "<<MED_NO_IT<<"cell "<<MED_CELL<<"tria3 "<<MED_TRIA3<<std::endl;
 383    med_int *conn3=new med_int[nbtria3*3];
 384    ret=MEDmeshElementConnectivityRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,
 385            MED_CELL,MED_TRIA3,MED_NODAL,MED_FULL_INTERLACE,conn3);
 386            //MEDconnLire(fid,mymailw->nommaa,mdim,conn3,mode_coo,pfltab,0,MED_MAILLE,MED_TRIA3,MED_NOD);
 387    if (ret < 0){
 388       std::cerr<<"Problem reading MED_TRIA3\n";
 389       ret = MEDfileClose(fid);
 390       //return false;
 391    }
 392    med_int *famtria3skin=new med_int[nbtria3];
 393    ret=MEDmeshEntityFamilyNumberRd(fid,mymailw->nommaa,MED_NO_DT,MED_NO_IT,MED_CELL,MED_TRIA3,famtria3skin);
 394         //MEDfamLire(fid,mymailw->nommaa,famtria3skin,nbtria3,MED_MAILLE,MED_TRIA3);
 395    if (ret < 0){
 396       std::cerr<<"Problem reading families of MED_TRIA3\n";
 397       ret = MEDfileClose(fid);
 398       return false;
 399    }
 400    if (mymailw->verbose>9) {
 401      std::cout<<"\nConnectivity MED_TRIA3: no node1 node2 node3 family\n";
 402      for (i=0;i<nbtria3*3;i=i+3) {
 403       fprintf(stdout,"%5d %5d %5d %5d %5d \n",
 404           (i/3+1), conn3[i], conn3[i+1], conn3[i+2], famtria3skin[i/3]);
 405      }
 406      std::cout<<std::endl;
 407    }
 408
 409   /*liberation memoire?
 410   delete[] coo;
 411   delete[] nomnoe;
 412   delete[] numnoe;
 413   delete[] nufano;*/
 414
 415   if (ifamdelete>0) {
 416    //std::cout<<"!!!!!!!!nodes "<<famnodesskin[0]<<" "<<nnoe<<famdelete[1]<<std::endl;
 417    for (i=0;i<nnoe;i++) {
 418     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 419       if (famnodesskin[i]==famdelete[j]) {
 420        //std::cout<<"nodes "<<famnodesskin[i]<<" "<<i<<" "<<famdelete[j]<<std::endl;
 421        famnodesskin[i]=0; }
 422     }
 423    }
 424    for (i=0;i<nbseg2;i++) {
 425     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 426       if (famseg2skin[i]==famdelete[j]) famseg2skin[i]=0;
 427     }
 428    }
 429    for (i=0;i<nbtria3;i++) {
 430     for (j=0;j<ifamdelete;j++) {
 431       if (famtria3skin[i]==famdelete[j]) famtria3skin[i]=0;
 432     }
 433    }
 434   }
 435    //stocks data for future use
 436    CVWtab *montab;
 437    bool ok;
 438
 439    montab=new CVWtab(nnoe*mdim,coo);
 440    tmp="SKIN_VERTICES_COORDINATES";
 441    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 442
 443    montab=new CVWtab(nnoe,famnodesskin);
 444    tmp="SKIN_VERTICES_FAMILIES";
 445    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 446
 447    montab=new CVWtab(nbseg2*2,conn2);
 448    tmp="SKIN_SEG2_CONNECTIVITIES";
 449    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 450
 451    montab=new CVWtab(nbtria3,famseg2skin);
 452    tmp="SKIN_SEG2_FAMILIES";
 453    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 454
 455    montab=new CVWtab(nbtria3*3,conn3);
 456    tmp="SKIN_TRIA3_CONNECTIVITIES";
 457    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 458
 459    montab=new CVWtab(nbtria3,famtria3skin);
 460    tmp="SKIN_TRIA3_FAMILIES";
 461    ok=mymailw->insert_key(tmp,montab);
 462
 463    //if (mymailw->verbose>6) ok=mymailw->list_keys_mesh_wrap();
 464
 465    ret = MEDfileClose(fid);
 466    if (ret < 0){
 467       std::cerr<<"Problem closing "<<nomfilemed.toLatin1().constData()<<"\n";
 468       return false;
 469    }
 470    return true;
 471 }
 472
 473
 474 //************************************
 475 int main(int argc, char *argv[])
 476 {
 477    bool ok;
 478    int i,nb,nbfiles,limit_swap,nbelem_limit_swap,limit_swap_defaut,verbose;
 479    QString path,pathini,casename,casenamemed,fileskinmed,
 480            tmp,cmd,format,format_tetra,
 481            test,menu,launchtetra,background,deletegroups,
 482            ToMergeSubdomains,ToTagSubdomains,ToOutputInterfaces,ToDiscardSubdomains,
 483            version="V3.0 (MED3+tetra-hpc)";
 484
 485    char *chelp=NULL,
 486         *ccasename=NULL,
 487         *cnumber=NULL,
 488         *cmedname=NULL,
 489         *climitswap=NULL,
 490         *cverbose=NULL,
 491         *ctest=NULL,
 492         *cmenu=NULL,
 493         *claunchtetra=NULL,
 494         *cToMergeSubdomains=NULL,
 495         *cToTagSubdomains=NULL,
 496         *cToOutputInterfaces=NULL,
 497         *cToDiscardSubdomains=NULL,
 498         *cbackground=NULL,
 499         *cdeletegroups=NULL;
 500
 501    for (i = 0; i < argc; i++){
 502       if (!strncmp (argv[i], "--help", sizeof ("--help"))) chelp = &(argv[i][0]);
 503       else if (!strncmp (argv[i], "--casename=", sizeof ("--casename"))) ccasename = &(argv[i][sizeof ("--casename")]);
 504       else if (!strncmp (argv[i], "--number=", sizeof ("--number"))) cnumber = &(argv[i][sizeof ("--number")]);
 505       else if (!strncmp (argv[i], "--medname=", sizeof ("--medname"))) cmedname = &(argv[i][sizeof ("--medname")]);
 506       else if (!strncmp (argv[i], "--limitswap=", sizeof ("--limitswap"))) climitswap = &(argv[i][sizeof ("--limitswap")]);
 507       else if (!strncmp (argv[i], "--verbose=", sizeof ("--verbose"))) cverbose = &(argv[i][sizeof ("--verbose")]);
 508       else if (!strncmp (argv[i], "--test=", sizeof ("--test"))) ctest = &(argv[i][sizeof ("--test")]);
 509       else if (!strncmp (argv[i], "--menu=", sizeof ("--menu"))) cmenu = &(argv[i][sizeof ("--menu")]);
 510       else if (!strncmp (argv[i], "--launchtetra=", sizeof ("--launchtetra"))) claunchtetra = &(argv[i][sizeof ("--launchtetra")]);
 511       else if (!strncmp (argv[i], "--merge_subdomains=", sizeof ("--merge_subdomains"))) cToMergeSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 512       else if (!strncmp (argv[i], "--tag_subdomains=", sizeof ("--tag_subdomains"))) cToTagSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 513       else if (!strncmp (argv[i], "--output_interfaces=", sizeof ("--output_interfaces"))) cToOutputInterfaces = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 514       else if (!strncmp (argv[i], "--discard_subdomains=", sizeof ("--discard_subdomains"))) cToDiscardSubdomains = &(argv[i][sizeof ("--")]);
 515       else if (!strncmp (argv[i], "--background=", sizeof ("--background"))) cbackground = &(argv[i][sizeof ("--background")]);
 516       else if (!strncmp (argv[i], "--deletegroups=", sizeof ("--deletegroups"))) cdeletegroups = &(argv[i][sizeof ("--deletegroups")]);
 517       }
 518
 519    if (argc < 2 || chelp){
 520       std::cout<<"tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" Available options:\n"
 521       "   --help               : produces this help message\n"<<
 522       "   --casename           : path and name of input tetrahpc2med files which are\n"<<
 523       "                           - output files of GHS3DPRL_Plugin .mesh\n"<<
 524       "                           - output file of GHS3DPRL_Plugin casename_skin.med (optional)\n"<<
 525       "                          with initial skin and its initial groups\n"<<
 526       "   --number             : number of partitions\n"<<
 527       "   --medname            : path and name of output MED files\n"<<
 528       "   --limitswap          : max size of working cpu memory (Mo) (before swapping on .temp files)\n"<<
 529       "   --verbose            : trace of execution (0->6)\n"<<
 530       "   --test               : more tests about joints, before generation of output files\n"<<
 531       "   --menu               : a GUI menu for option number\n"<<
 532       "   --launchtetra        : also launch tetra-hpc on files casename.mesh and option number\n"<<
 533       "   --merge_subdomains   : merge the subdomains into one mesh and write the output .mesh(b) file\n"<<
 534       "   --tag_subdomains     : use the parallel subdomain index as tag into the merged output mesh\n"<<
 535       "                            to identify the parallel subdomains (used in combination with the merge_subdomains option)\n"<<
 536       "   --output_interfaces  : write the parallel subdomains interface triangles into the merged output mesh\n"<<
 537       "                            (used in combination with the merge_subdomains option)\n"<<
 538       "   --discard_subdomains : discard the parallel subdomains informations output (mesh, global numbering and interfaces)\n"<<
 539       "   --background         : force background mode from launch tetra-hpc and generation of final MED files (big meshes)\n"<<
 540       "   --deletegroups       : regular expression (see QRegExp) which matches unwanted groups in final MED files\n"<<
 541       "                            (try --deletegroups=\"(\\bJOINT)\"\n"<<
 542       "                            (try --deletegroups=\"(\\bAll_Nodes|\\bAll_Faces)\"\n"<<
 543       "                            (try --deletegroups=\"((\\bAll_|\\bNew_)(N|F|T))\"\n";
 544       std::cout<<"example:\n   tetrahpcl2med --casename=/tmp/GHS3DPRL --number=2 --medname=DOMAIN "<<
 545                  "--limitswap=1000 --verbose=0 --test=yes --menu=no --launchtetra=no\n\n";
 546       return 1;  //no output files
 547    }
 548
 549    if (!ccasename){
 550       std::cerr<<"--casename: a path/name is expected\n\n";
 551       return 1;
 552    }
 553    casename=ccasename;
 554    if (!cnumber){
 555       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 556       return 1;
 557    }
 558    tmp=cnumber;
 559    nbfiles=tmp.toLong(&ok,10);
 560    if (!ok){
 561       std::cerr<<"--number: an integer is expected\n\n";
 562       return 1;
 563    }
 564    if (nbfiles<=0){
 565       std::cerr<<"--number: a positive integer is expected\n\n";
 566       return 1;
 567    }
 568    if (nbfiles>2048){ //delirium in 2014
 569       std::cerr<<"--number: a positive integer <= 2048 is expected\n\n";
 570       return 1;
 571    }
 572    if (!cmedname) cmedname=ccasename;
 573    casenamemed=cmedname;
 574    limit_swap_defaut=1000; //1000Mo
 575    limit_swap=limit_swap_defaut;
 576    if (climitswap){
 577       tmp=climitswap;
 578       limit_swap=tmp.toLong(&ok,10);
 579       if (!ok){
 580          std::cerr<<"--limitswap: an integer is expected. try 1000\n\n";
 581          return 1;
 582       }
 583       if (limit_swap<1 || limit_swap>32000){
 584          std::cerr<<"--limitswap: [1->32000] expected. try 1000\n\n";
 585          return 1;
 586       }
 587    }
 588    //default 1GOctet/8(for float)
 589    nbelem_limit_swap=limit_swap*1000000; //100%
 590    CVWtab::memorymax=nbelem_limit_swap;
 591
 592    verbose=1; //default
 593    if (cverbose){
 594       tmp=cverbose;
 595       verbose=tmp.toLong(&ok,10);
 596       if (!ok){
 597          std::cerr<<"--verbose: an integer is expected\n\n";
 598          return 1;
 599       }
 600       if (verbose<0){
 601          std::cerr<<"--verbose: a positive integer is expected\n\n";
 602          return 1;
 603       }
 604    }
 605
 606    test="no"; //default
 607    if (ctest){
 608       tmp=ctest;
 609       if (tmp=="yes") test="yes";
 610    }
 611
 612    menu="no"; //default
 613    if (cmenu){
 614       tmp=cmenu;
 615       if (tmp=="yes") menu="yes";
 616    }
 617
 618    launchtetra="no"; //default
 619    if (claunchtetra){
 620       tmp=claunchtetra;
 621       if (tmp=="yes") launchtetra="yes";
 622    }
 623
 624    ToMergeSubdomains="no"; //default
 625    if (cToMergeSubdomains){
 626       tmp=cToMergeSubdomains;
 627       if (tmp=="yes") ToMergeSubdomains="yes";
 628    }
 629
 630    ToTagSubdomains="no"; //default
 631    if (cToTagSubdomains){
 632       tmp=cToTagSubdomains;
 633       if (tmp=="yes") ToTagSubdomains="yes";
 634    }
 635
 636    ToOutputInterfaces="no"; //default
 637    if (cToOutputInterfaces){
 638       tmp=cToOutputInterfaces;
 639       if (tmp=="yes") ToOutputInterfaces="yes";
 640    }
 641
 642    ToDiscardSubdomains="no"; //default
 643    if (cToDiscardSubdomains){
 644       tmp=cToDiscardSubdomains;
 645       if (tmp=="yes") ToDiscardSubdomains="yes";
 646    }
 647
 648    background="no"; //default
 649    if (cbackground){
 650       tmp=cbackground;
 651       if (tmp=="yes") background="yes";
 652    }
 653
 654
 655    // We must always have an application
 656    if (menu=="yes") {
 657     QApplication a(argc,argv);
 658     dlg_ghs3dmain *m = new dlg_ghs3dmain();
 659     m->setWindowTitle("tetrahpc2med 3.0");
 660     m->show();
 661     a.exec();
 662     if ( m->result() == QDialog::Accepted ) {
 663       std::cout<<"parameters "<<m->KeepFiles()<<" "<<m->NbPart()<<std::endl;
 664       nbfiles=m->NbPart();
 665     }
 666     else {
 667       return 1;
 668     }
 669     delete m;
 670    }
 671
 672    int n=casenamemed.count('/');
 673    if (n>0)
 674       path=casenamemed.section('/',-n-1,-2)+"/";
 675    else
 676       path="./";
 677       casenamemed=casenamemed.section('/',-1);
 678    if (casenamemed.length()>20){
 679       std::cerr<<"--medname truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 680       casenamemed.truncate(20);
 681    }
 682
 683    n=casename.count('/');
 684    if (n>0)
 685       pathini=casename.section('/',-n-1,-2)+"/";
 686    else
 687       pathini="./";
 688       casename=casename.section('/',-1);
 689    if (casename.length()>20){
 690       std::cerr<<"--casename truncated (no more 20 characters)"<<std::endl;
 691       casename.truncate(20);
 692    }
 693
 694    /*std::cout<<"CaseNameMed="<<casenamemed<<std::endl;
 695    std::cout<<"PathMed="<<path<<std::endl;*/
 696
 697    deletegroups="(\\bxyz)"; //default improbable name
 698    if (cdeletegroups){
 699       deletegroups=cdeletegroups;
 700    }
 701
 702    //verbose=5;
 703    if (verbose>0)
 704    std::cout<<"tetrahpc2med "<<version.toLatin1().constData()<<" parameters:"<<
 705          "\n   --casename="<<pathini.toLatin1().constData()<<casename.toLatin1().constData()<<
 706          "\n   --number="<<nbfiles<<
 707          "\n   --medname="<<path.toLatin1().constData()<<casenamemed.toLatin1().constData()<<
 708          "\n   --limitswap="<<limit_swap<<
 709          "\n   --verbose="<<verbose<<
 710          "\n   --test="<<test.toLatin1().constData()<<
 711          "\n   --menu="<<menu.toLatin1().constData()<<
 712          "\n   --launchtetra="<<launchtetra.toLatin1().constData()<<
 713          "\n   --merge_subdomains="<<ToMergeSubdomains.toLatin1().constData()<<
 714          "\n   --tag_subdomains="<<ToTagSubdomains.toLatin1().constData()<<
 715          "\n   --output_interfaces="<<ToOutputInterfaces.toLatin1().constData()<<
 716          "\n   --discard_subdomains="<<ToDiscardSubdomains.toLatin1().constData()<<
 717          "\n   --background="<<background.toLatin1().constData()<<
 718          "\n   --deletegroups=\""<<deletegroups.toLatin1().constData()<<"\"\n";
 719
 720    //utile si appel par plugin ghs3dprl sur big meshes et tetrahpc sur plusieurs jours
 721 #ifndef WIN32
 722    if (background=="yes"){
 723       pid_t pid = fork();
 724       if (pid > 0) {
 725          //Process father
 726          exit(0); //temporary ok for plugin
 727       }
 728       //process children
 729       //On rend le fils independant de tout terminal
 730       //from here everything in background: tetrahpc AND generation of final MED files
 731       setsid();
 732       system("sleep 10");  //for debug
 733    }
 734 #else
 735    printf("background mode is not supported on win32 platform !\n");
 736 #endif
 737
 738    //"tetrahpc -f exemple1 -n 4"
 739    if (launchtetra=="yes"){
 740       //tetra_hpc.exe --help
 741       //mpirun -n 3 mg-tetra_hpc.exe --in GHS3DPRL.mesh --out TOTO.mesh
 742
 743       //direct mpirun cause problem: invalid
 744       //cmd="mpirun -n "+cmd.sprintf("%d",nbfiles)+" mg-tetra_hpc.exe --in "+
 745
 746       //call tetra_hpc.bash is script which assumes mpirun after compilation openmpi etc...
 747       cmd="mg-tetra_hpc.bash -n "+cmd.sprintf("%d",nbfiles)+" --in "+
 748           pathini+casename+".mesh --out "+
 749           pathini+casename+".mesh"+
 750           " --merge_subdomains "+ToMergeSubdomains+
 751           " --tag_subdomains "+ToTagSubdomains+
 752           " --output_interfaces "+ToOutputInterfaces+
 753           " --discard_subdomains "+ToDiscardSubdomains+
 754           " > "+path+"tetrahpc.log";
 755       std::cout<<"\nlaunchtetra command: background="<<cbackground<<
 756                  "\n      "<<cmd.toLatin1().constData()<<std::endl;
 757       system(cmd.toLatin1().constData()); // run
 758       //sometimes it is better to wait flushing files on slow filesystem...
 759       system("sleep 3");
 760    }
 761    ghs3dprl_mesh_wrap *mymailw=new ghs3dprl_mesh_wrap;
 762    //no constructor, later maybe
 763    mymailw->nbfiles=0;
 764    mymailw->nbfilestot=nbfiles;
 765    //for huge cases big array swap in huge binary files
 766    mymailw->nbelem_limit_swap=nbelem_limit_swap;
 767    mymailw->verbose=verbose;
 768    mymailw->casename=casename;
 769    mymailw->medname=casenamemed;
 770    mymailw->path=path;
 771    mymailw->pathini=pathini;
 772    mymailw->deletegroups=QRegExp(deletegroups,Qt::CaseSensitive,QRegExp::RegExp);
 773    ghs3dprl_msg_parser handler;
 774    //constructor later maybe
 775    //handler.verbose=true;
 776    handler.mailw=mymailw;
 777    mymailw->families.no=1;
 778    //std::cout<<"coucou1 "<<mymailw->families.no<<std::endl;
 779    //mymailw->families.add(casename,casenamemed);
 780    format=format.sprintf("%d",nbfiles);
 781    int nbf=format.length();
 782    format=format.sprintf(".%%0%dd.%%0%dd",nbf,nbf);
 783    format_tetra=".%05d";
 784    if (verbose>10)std::cout<<"format "<<format.toLatin1().constData()<<std::endl;
 785    if (verbose>10)std::cout<<"format_tetra "<<format_tetra.toLatin1().constData()<<std::endl;
 786    mymailw->format=format;
 787    mymailw->format_tetra=format_tetra;
 788    mymailw->for_tetrahpc=true; //to know what files to read: .noboite or .mesh
 789
 790    //something like "/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med"
 791    fileskinmed=pathini+casename+"_skin.med";
 792    //fileskinmed="/home/wambeke/tmp/GHS3DPRL_skin.med";
 793    /*for debug
 794    {
 795    char ctmp[fileskinmed.length()+1] ; strcpy(ctmp,fileskinmed);
 796    int res=dumpMED(&ctmp[0],1);
 797    }*/
 798    int ret = access(fileskinmed.toLatin1().constData(),F_OK); //on regarde si le fichier existe
 799    if (ret >= 0) {
 800       ok=ReadFileMED(fileskinmed,mymailw); }
 801    else {
 802       if (verbose>0)std::cout<<"Initial skin file <"<<fileskinmed.toLatin1().constData()<<"> does not exist\n"; }
 803
 804
 805 //if test quickly read all files before (or only small files)
 806  if (test=="yes"){
 807    if (verbose>0) std::cout<<"\nReading output files of tetrahpc as input files of tetrahpc2med...\n";
 808    //only read beginning of files .xxxxx.mesh
 809    //supposed big files big arrays so only see first lines
 810    mymailw->nbfiles=0;
 811    for (int i=1; i<=nbfiles; i++){
 812       mymailw->nofile=i;
 813       tmp=pathini+casename+tmp.sprintf(format_tetra.toLatin1().constData(),i)+".mesh";
 814       if (verbose>0) std::cout<<"FileName="<<tmp.toLatin1().constData()<<std::endl;
 815       ok=mymailw->TestExistingFileMESHnew(tmp);
 816    }
 817    if (verbose>0)
 818       std::cout<<"NumberOfFilesMESHTested="<<mymailw->nbfiles<<": ok\n\n";
 819    if (mymailw->nbfiles != nbfiles){
 820       std::cerr<<"NumberOfFiles != NumberOfFilesTested is unexpected\n\n";
 821       return 1;
 822    }
 823  }  //end if test
 824
 825    ok=mymailw->Write_MEDfiles_v2(true); //deletekeys=true
 826
 827    nb=mymailw->remove_all_keys_mesh_wrap();
 828    if (verbose>3)std::cout<<"***remove_all_key_mesh_wrap*** "<<nb<<" keys removed\n";
 829    if (verbose>0)std::cout<<std::endl<<"===end of "<<argv[0]<<"==="<<std::endl;
 830
 831    //for debug
 832    //int res=dumpMED("/home/wambeke/tmp/DOMAIN_1.med",1);
 833
 834    return 0; //ok
 835 }