src/medtool/src/MEDLoader/Test/SauvLoaderTest.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2015  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "SauvLoaderTest.hxx"
  21
  22 #include "SauvReader.hxx"
  23 #include "SauvWriter.hxx"
  24 #include "MEDFileData.hxx"
  25 #include "MEDCouplingFieldDouble.hxx"
  26 #include "MEDCouplingMemArray.hxx"
  27
  28 #ifdef WIN32
  29 # include <windows.h>
  30 #else
  31 # include <unistd.h>
  32 #endif
  33
  34 #include <vector>
  35 #include <string>
  36
  37 using namespace ParaMEDMEM;
  38
  39 void SauvLoaderTest::testSauv2Med()
  40 {
  41   // read a file containing all types of readable piles
  42   std::string file = getResourceFile("allPillesTest.sauv");
  43   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvReader> sr=SauvReader::New(file.c_str());
  44   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> d2=sr->loadInMEDFileDS();
  45   // write MED
  46   d2->write("allPillesTest.med",0);
  47   // check
  48   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(1,d2->getNumberOfMeshes());
  49   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(8+97,d2->getNumberOfFields());
  50   MEDFileMesh * m = d2->getMeshes()->getMeshAtPos(0);
  51   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(17,int(m->getGroupsNames().size()));
  52 }
  53
  54 void SauvLoaderTest::testMed2SauvOnAMeshWithVoidFamily()
  55 {
  56   // Create a mesh with 2 quads.
  57   const int spaceDim = 2;
  58   const int nbOfNodes = 6;
  59   double coords[nbOfNodes*spaceDim] = {0,0, 1,0, 1,1, 0,1, 2,0, 2,1};
  60   int conn[8]={0,1,2,3, 1,4,5,2};
  61   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh2d=MEDCouplingUMesh::New("Mesh",spaceDim);
  62   mesh2d->allocateCells(2);
  63   mesh2d->insertNextCell(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4,4,conn);
  64   mesh2d->insertNextCell(INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4,4,conn+4);
  65   mesh2d->finishInsertingCells();
  66   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> myCoords=DataArrayDouble::New();
  67   myCoords->alloc(nbOfNodes,spaceDim);
  68   std::copy(coords,coords+nbOfNodes*spaceDim,myCoords->getPointer());
  69   mesh2d->setCoords(myCoords);
  70
  71   // create a MedFileUMesh
  72   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileUMesh> m= MEDFileUMesh::New();
  73   m->setMeshAtLevel(0,mesh2d);
  74
  75   // Create families and groups
  76
  77   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> fam = DataArrayInt::New();
  78   fam->alloc(2,1);
  79   int elemsFams[2] = {-2,-3};
  80   std::copy(elemsFams,elemsFams+2,fam->getPointer());
  81
  82   m->setFamilyFieldArr(0,fam);
  83
  84   std::map<std::string,int> theFamilies;
  85   theFamilies["FAM_-1"]=-1;
  86   theFamilies["FAM_-2"]=-2;
  87   theFamilies["FAM_-3"]=-3;
  88
  89   std::map<std::string, std::vector<std::string> > theGroups;
  90   theGroups["Group1"].push_back("FAM_-2");
  91   theGroups["Group2"].push_back("FAM_-3");
  92   theGroups["Grouptot"].push_back("FAM_-1");
  93   theGroups["Grouptot"].push_back("FAM_-2");
  94   theGroups["Grouptot"].push_back("FAM_-3");
  95   m->setFamilyInfo(theFamilies);
  96   m->setGroupInfo(theGroups);
  97
  98   // write to MED for visual check
  99   //const char* medFile = "mesh_with_void_family.med";
 100   //m->write(medFile, 2);
 101
 102   // write to SAUV
 103   const char* sauvFile = "mesh_with_void_family.sauv";
 104   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> medData = MEDFileData::New();
 105   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileMeshes> medMeshes = MEDFileMeshes::New();
 106   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvWriter> sw=SauvWriter::New();
 107   medMeshes->setMeshAtPos(0, m);
 108   medData->setMeshes(medMeshes);
 109   sw->setMEDFileDS(medData);
 110   sw->write(sauvFile);
 111
 112   // read SAUV and check groups
 113   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvReader> sr=SauvReader::New(sauvFile);
 114   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> d2=sr->loadInMEDFileDS();
 115   MEDFileUMesh* m2 = static_cast<MEDFileUMesh*>( d2->getMeshes()->getMeshAtPos(0) );
 116   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> group1 = m2->getGroup(0, "Group1");
 117   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(1,(int)group1->getNumberOfCells());
 118   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> group2 = m2->getGroup(0, "Group2");
 119   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(1,(int)group2->getNumberOfCells());
 120   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> grptot = m2->getGroup(0, "Grouptot");
 121   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(2,(int)grptot->getNumberOfCells());
 122 }
 123
 124 void SauvLoaderTest::testSauv2MedOnA3SubsField()
 125 {
 126   // read SAUV
 127   std::string sauvFile = getResourceFile("portico_3subs.sauv");
 128   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvReader> sr=SauvReader::New(sauvFile.c_str());
 129   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> d2=sr->loadInMEDFileDS();
 130   // check mesh
 131   MEDFileUMesh* m2 = static_cast<MEDFileUMesh*>(d2->getMeshes()->getMeshAtPos(0));
 132   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> mesh1d = m2->getMeshAtLevel(0);
 133   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> length1dField = mesh1d->getMeasureField(0);
 134   std::cout << "Length of 1d elements: " << length1dField->accumulate(0) << std::endl;
 135   CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL(3, length1dField->accumulate(0), 1e-12);
 136   // check field
 137   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> field =
 138     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(d2->getFields()->getFieldWithName("CHAM1D"));
 139   std::cout << "Number of components in field: " << field->getInfo().size() << std::endl;
 140   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(6,(int)field->getInfo().size());
 141   std::vector< std::pair<int,int> > timesteps = field->getIterations();
 142
 143   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> field1d =
 144     field->getFieldOnMeshAtLevel(ON_GAUSS_NE, timesteps[0].first, timesteps[0].second, 0, m2);
 145
 146   // Check first component of the field
 147   // 2 gauss points per element => 12 values
 148   double values[12] = {
 149       -7.687500000000e-03,
 150       -7.687500000000e-03,
 151       -4.562500000000e-03,
 152       -4.562500000000e-03,
 153       -8.208333333333e-03,
 154       -8.208333333333e-03,
 155       -6.125000000000e-03,
 156       -6.125000000000e-03,
 157       -4.041666666666e-03,
 158       -4.041666666666e-03,
 159       -6.111413346910e-07,
 160       -6.111413346910e-07};
 161
 162   for (int i=0; i < field1d->getNumberOfTuples(); i++)
 163   {
 164     CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL( values[i], field1d->getIJ(i, 0), 1e-12 );
 165   }
 166 }
 167
 168 void SauvLoaderTest::testMed2Sauv()
 169 {
 170   // read pointe.med
 171   std::string file = getResourceFile("pointe.med");
 172   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> pointeMed=MEDFileData::New(file.c_str());
 173
 174   // add 3 faces to pointeMed
 175   MEDFileUMesh* pointeMedMesh = static_cast<MEDFileUMesh*>(pointeMed->getMeshes()->getMeshAtPos(0));
 176   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> pointeM1D = MEDCouplingUMesh::New();
 177   DataArrayDouble     *coords = pointeMedMesh->getCoords();
 178   pointeM1D->setCoords( coords );
 179   pointeM1D->setMeshDimension( 2 );
 180   pointeM1D->allocateCells( 3 );
 181   int conn[]=
 182     {
 183       0,1,2, 0,1,3, 10,11,12,13
 184     };
 185   pointeM1D->insertNextCell( INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, 3, conn);
 186   pointeM1D->insertNextCell( INTERP_KERNEL::NORM_TRI3, 3, conn+3);
 187   pointeM1D->insertNextCell( INTERP_KERNEL::NORM_QUAD4, 4, conn+6);
 188   pointeM1D->finishInsertingCells();
 189   pointeMedMesh->setMeshAtLevel( -1, pointeM1D );
 190   pointeMed->getMeshes()->setMeshAtPos( 0, pointeMedMesh );
 191
 192   // add a field on 2 faces to pointeMed
 193   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> ff1=MEDFileFieldMultiTS::New();
 194   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> f1=MEDCouplingFieldDouble::New(ON_GAUSS_NE,ONE_TIME);
 195   f1->setMesh( pointeM1D );
 196   f1->setName("Field on 2 faces");
 197   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayDouble> d=DataArrayDouble::New();
 198   d->alloc(3+4,2);
 199   d->setInfoOnComponent(0,"sigX [MPa]");
 200   d->setInfoOnComponent(1,"sigY [GPa]");
 201   double vals[2*(3+4)] =
 202     {
 203       311,312,321,322,331,332,411,412,421,422,431,432,441,442
 204     };
 205   std::copy(vals,vals+d->getNbOfElems(),d->getPointer());
 206   f1->setArray(d);
 207   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> da=DataArrayInt::New();
 208   int ids[] =
 209     {
 210       0,2
 211     };
 212   da->alloc(2,1);
 213   std::copy(ids,ids+da->getNbOfElems(),da->getPointer());
 214   da->setName("sup2");
 215   ff1->appendFieldProfile(f1,pointeMedMesh,-1,da);
 216   pointeMed->getFields()->pushField( ff1 );
 217
 218   // remove "fieldnodeint"
 219   MEDFileFields* pointeFields = pointeMed->getFields();
 220   for ( int i = 0; i < pointeFields->getNumberOfFields(); ++i )
 221     {
 222       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileAnyTypeFieldMultiTS> ts = pointeFields->getFieldAtPos(i);
 223       if ( std::string("fieldnodeint") == ts->getName())
 224         {
 225           pointeFields->destroyFieldAtPos( i );
 226           break;
 227         }
 228     }
 229   // write pointeMed to SAUV
 230   const char* sauvFile = "pointe.sauv";
 231   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvWriter> sw=SauvWriter::New();
 232   sw->setMEDFileDS(pointeMed);
 233   sw->write(sauvFile);
 234
 235   // read SAUV and check
 236   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<SauvReader> sr=SauvReader::New(sauvFile);
 237   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> d2=sr->loadInMEDFileDS();
 238   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(1,d2->getNumberOfMeshes());
 239   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(4,d2->getNumberOfFields());
 240   MEDFileUMesh * m = static_cast<MEDFileUMesh*>( d2->getMeshes()->getMeshAtPos(0) );
 241   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(std::string("maa1"),std::string(m->getName() ));
 242   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(3,m->getMeshDimension());
 243   std::vector<std::string > groups = m->getGroupsNames();
 244   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(6,(int)groups.size());
 245   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"groupe1") != groups.end() );
 246   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"groupe2") != groups.end() );
 247   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"groupe3") != groups.end() );
 248   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"groupe4") != groups.end() );
 249   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"groupe5") != groups.end() );
 250   CPPUNIT_ASSERT( std::find(groups.begin(),groups.end(),"maa1") != groups.end() );
 251   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(16,m->getSizeAtLevel(0));
 252   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> um0 = m->getGenMeshAtLevel(0);
 253   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(12, um0->getNumberOfCellsWithType( INTERP_KERNEL::NORM_TETRA4 ));
 254   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(2,  um0->getNumberOfCellsWithType( INTERP_KERNEL::NORM_PYRA5 ));
 255   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(2,  um0->getNumberOfCellsWithType( INTERP_KERNEL::NORM_HEXA8 ));
 256   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingMesh> um1 = m->getGenMeshAtLevel(-1);
 257   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL(2, um1->getNumberOfCellsWithType( INTERP_KERNEL::NORM_TRI3 ));
 258   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> pointeUM0 =
 259     static_cast<MEDCouplingUMesh*>( pointeMedMesh->getGenMeshAtLevel(0));
 260   DataArrayDouble *coo = m->getCoords();
 261   DataArrayDouble *pointeCoo = pointeMedMesh->getCoords();
 262   CPPUNIT_ASSERT(coo->isEqualWithoutConsideringStr(*pointeCoo,1e-12));
 263   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> vol = um0->getMeasureField(0);
 264   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> pointeVol = pointeUM0->getMeasureField(0);
 265   CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL( vol->accumulate(0), pointeVol->accumulate(0),1e-12);
 266   // check fields
 267   // fieldnodedouble
 268   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> fieldnodedoubleTS1 =
 269     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(pointeMed->getFields()->getFieldWithName("fieldnodedouble"));
 270   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> fieldnodedoubleTS2 =
 271     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(d2->getFields()->getFieldWithName("fieldnodedouble"));
 272   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldnodedoubleTS1->getInfo().size(), fieldnodedoubleTS2->getInfo().size());
 273   for ( size_t i = 0; i < fieldnodedoubleTS1->getInfo().size(); ++i )
 274     CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldnodedoubleTS1->getInfo()[i], fieldnodedoubleTS2->getInfo()[i]);
 275   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldnodedoubleTS1->getNumberOfTS(), fieldnodedoubleTS2->getNumberOfTS());
 276   std::vector< std::pair<int,int> > io1 = fieldnodedoubleTS1->getIterations();
 277   std::vector< std::pair<int,int> > io2 = fieldnodedoubleTS2->getIterations();
 278   for ( int i =0; i < fieldnodedoubleTS1->getNumberOfTS(); ++i )
 279     {
 280       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> fnd1 =
 281         fieldnodedoubleTS1->getFieldOnMeshAtLevel(ON_NODES, io1[i].first,io1[i].second,pointeUM0);
 282       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> fnd2 =
 283         fieldnodedoubleTS2->getFieldOnMeshAtLevel(ON_NODES, io2[i].first,io2[i].second,um0);
 284       CPPUNIT_ASSERT( fnd1->getArray()->isEqual( *fnd2->getArray(), 1e-12 ));
 285     }
 286   // fieldcelldoublevector
 287   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> fieldcelldoublevectorTS1 =
 288     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(pointeMed->getFields()->getFieldWithName("fieldcelldoublevector"));
 289   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> fieldcelldoublevectorTS2 =
 290     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(d2->getFields()->getFieldWithName("fieldcelldoublevector"));
 291   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldcelldoublevectorTS1->getInfo().size(), fieldcelldoublevectorTS2->getInfo().size());
 292   for ( size_t i = 0; i < fieldcelldoublevectorTS1->getInfo().size(); ++i )
 293     CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldcelldoublevectorTS1->getInfo()[i], fieldcelldoublevectorTS2->getInfo()[i]);
 294   CPPUNIT_ASSERT_EQUAL( fieldcelldoublevectorTS1->getNumberOfTS(), fieldcelldoublevectorTS2->getNumberOfTS());
 295   io1 = fieldcelldoublevectorTS1->getIterations();
 296   io2 = fieldcelldoublevectorTS2->getIterations();
 297   for ( int i =0; i < fieldcelldoublevectorTS1->getNumberOfTS(); ++i )
 298     {
 299       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> fnd1 =
 300         fieldcelldoublevectorTS1->getFieldOnMeshAtLevel(ON_CELLS, io1[i].first,io1[i].second,pointeUM0);
 301       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> fnd2 =
 302         fieldcelldoublevectorTS2->getFieldOnMeshAtLevel(ON_CELLS, io2[i].first,io2[i].second,um0);
 303       CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL( fnd1->accumulate(0), fnd2->accumulate(0), 1e-12 );
 304       CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL( fnd1->accumulate(1), fnd2->accumulate(1), 1e-12 );
 305       CPPUNIT_ASSERT_DOUBLES_EQUAL( fnd1->accumulate(2), fnd2->accumulate(2), 1e-12 );
 306     }
 307   // "Field on 2 faces"
 308   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileFieldMultiTS> fieldOnFaces =
 309     dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(d2->getFields()->getFieldWithName(f1->getName().c_str()));
 310   io1 = fieldOnFaces->getIterations();
 311   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingFieldDouble> fof =
 312     fieldOnFaces->getFieldOnMeshAtLevel(f1->getTypeOfField(),io1[0].first,io1[0].second,um1);
 313   CPPUNIT_ASSERT( d->isEqual( *fof->getArray(), 1e-12 ));
 314 }
 315
 316 void SauvLoaderTest::tearDown()
 317 {
 318   const int nbFilesToRemove = 3;
 319   const char* fileToRemove[nbFilesToRemove] = { "allPillesTest.med", "pointe.sauv", "mesh_with_void_family.sauv" };
 320   for ( int i = 0; i < nbFilesToRemove; ++i )
 321     {
 322 #ifdef WIN32
 323       if (GetFileAttributes(fileToRemove[i]) != INVALID_FILE_ATTRIBUTES)
 324 #else
 325         if (access(fileToRemove[i], F_OK) == 0)
 326 #endif
 327       remove(fileToRemove[i]);
 328   }
 329 }
 330
 331 std::string SauvLoaderTest::getResourceFile( const std::string& filename )
 332 {
 333   std::string resourceFile = "";
 334
 335   if ( getenv("top_srcdir") ) {
 336     // we are in 'make test' step
 337     resourceFile = getenv("top_srcdir");
 338     resourceFile += "/resources/";
 339   }
 340   else if ( getenv("MED_ROOT_DIR") ) {
 341     // use MED_ROOT_DIR env.var
 342     resourceFile = getenv("MED_ROOT_DIR");
 343     resourceFile += "/share/salome/resources/med/";
 344   }
 345   resourceFile += filename;
 346 #ifdef WIN32
 347   std::string fixedpath = resourceFile;
 348   for ( int i=0; i < fixedpath.length(); ++i )
 349     if (fixedpath[i] == '/')
 350       fixedpath[i] = '\\';
 351   return fixedpath;
 352 #endif
 353   return resourceFile;
 354 }