src/daComposant/daAlgorithms/4DVAR.py

   1 #-*-coding:iso-8859-1-*-
   2 #
   3 #  Copyright (C) 2008-2015 EDF R&D
   4 #
   5 #  This library is free software; you can redistribute it and/or
   6 #  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   7 #  License as published by the Free Software Foundation; either
   8 #  version 2.1 of the License.
   9 #
  10 #  This library is distributed in the hope that it will be useful,
  11 #  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 #  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  13 #  Lesser General Public License for more details.
  14 #
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  16 #  License along with this library; if not, write to the Free Software
  17 #  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  18 #
  19 #  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  20 #
  21 #  Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
  22
  23 import logging
  24 from daCore import BasicObjects
  25 import numpy, scipy.optimize
  26
  27 # ==============================================================================
  28 class ElementaryAlgorithm(BasicObjects.Algorithm):
  29     def __init__(self):
  30         BasicObjects.Algorithm.__init__(self, "4DVAR")
  31         self.defineRequiredParameter(
  32             name     = "ConstrainedBy",
  33             default  = "EstimateProjection",
  34             typecast = str,
  35             message  = "Prise en compte des contraintes",
  36             listval  = ["EstimateProjection"],
  37             )
  38         self.defineRequiredParameter(
  39             name     = "EstimationOf",
  40             default  = "State",
  41             typecast = str,
  42             message  = "Estimation d'etat ou de parametres",
  43             listval  = ["State", "Parameters"],
  44             )
  45         self.defineRequiredParameter(
  46             name     = "Minimizer",
  47             default  = "LBFGSB",
  48             typecast = str,
  49             message  = "Minimiseur utilisé",
  50             listval  = ["LBFGSB","TNC", "CG", "NCG", "BFGS"],
  51             )
  52         self.defineRequiredParameter(
  53             name     = "MaximumNumberOfSteps",
  54             default  = 15000,
  55             typecast = int,
  56             message  = "Nombre maximal de pas d'optimisation",
  57             minval   = -1,
  58             )
  59         self.defineRequiredParameter(
  60             name     = "CostDecrementTolerance",
  61             default  = 1.e-7,
  62             typecast = float,
  63             message  = "Diminution relative minimale du cout lors de l'arrêt",
  64             )
  65         self.defineRequiredParameter(
  66             name     = "ProjectedGradientTolerance",
  67             default  = -1,
  68             typecast = float,
  69             message  = "Maximum des composantes du gradient projeté lors de l'arrêt",
  70             minval   = -1,
  71             )
  72         self.defineRequiredParameter(
  73             name     = "GradientNormTolerance",
  74             default  = 1.e-05,
  75             typecast = float,
  76             message  = "Maximum des composantes du gradient lors de l'arrêt",
  77             )
  78         self.defineRequiredParameter(
  79             name     = "StoreInternalVariables",
  80             default  = False,
  81             typecast = bool,
  82             message  = "Stockage des variables internes ou intermédiaires du calcul",
  83             )
  84         self.defineRequiredParameter(
  85             name     = "StoreSupplementaryCalculations",
  86             default  = [],
  87             typecast = tuple,
  88             message  = "Liste de calculs supplémentaires à stocker et/ou effectuer",
  89             listval  = ["BMA", "CurrentState", "CostFunctionJ", "IndexOfOptimum", "CurrentOptimum"]
  90             )
  91         self.defineRequiredParameter( # Pas de type
  92             name     = "Bounds",
  93             message  = "Liste des valeurs de bornes",
  94             )
  95
  96     def run(self, Xb=None, Y=None, U=None, HO=None, EM=None, CM=None, R=None, B=None, Q=None, Parameters=None):
  97         self._pre_run()
  98         if logging.getLogger().level < logging.WARNING:
  99             self.__iprint, self.__disp = 1, 1
 100             self.__message = scipy.optimize.tnc.MSG_ALL
 101         else:
 102             self.__iprint, self.__disp = -1, 0
 103             self.__message = scipy.optimize.tnc.MSG_NONE
 104         #
 105         # Paramètres de pilotage
 106         # ----------------------
 107         self.setParameters(Parameters)
 108         #
 109         if self._parameters.has_key("Bounds") and (type(self._parameters["Bounds"]) is type([]) or type(self._parameters["Bounds"]) is type(())) and (len(self._parameters["Bounds"]) > 0):
 110             Bounds = self._parameters["Bounds"]
 111             logging.debug("%s Prise en compte des bornes effectuee"%(self._name,))
 112         else:
 113             Bounds = None
 114         #
 115         # Correction pour pallier a un bug de TNC sur le retour du Minimum
 116         if self._parameters.has_key("Minimizer") == "TNC":
 117             self.setParameterValue("StoreInternalVariables",True)
 118         #
 119         # Opérateurs
 120         # ----------
 121         Hm = HO["Direct"].appliedControledFormTo
 122         #
 123         Mm = EM["Direct"].appliedControledFormTo
 124         #
 125         if CM is not None and CM.has_key("Tangent") and U is not None:
 126             Cm = CM["Tangent"].asMatrix(Xb)
 127         else:
 128             Cm = None
 129         #
 130         def Un(_step):
 131             if U is not None:
 132                 if hasattr(U,"store") and 1<=_step<len(U) :
 133                     _Un = numpy.asmatrix(numpy.ravel( U[_step] )).T
 134                 elif hasattr(U,"store") and len(U)==1:
 135                     _Un = numpy.asmatrix(numpy.ravel( U[0] )).T
 136                 else:
 137                     _Un = numpy.asmatrix(numpy.ravel( U )).T
 138             else:
 139                 _Un = None
 140             return _Un
 141         def CmUn(_xn,_un):
 142             if Cm is not None and _un is not None: # Attention : si Cm est aussi dans M, doublon !
 143                 _Cm   = Cm.reshape(_xn.size,_un.size) # ADAO & check shape
 144                 _CmUn = _Cm * _un
 145             else:
 146                 _CmUn = 0.
 147             return _CmUn
 148         #
 149         # Remarque : les observations sont exploitées à partir du pas de temps
 150         # numéro 1, et sont utilisées dans Yo comme rangées selon ces indices.
 151         # Donc le pas 0 n'est pas utilisé puisque la première étape commence
 152         # avec l'observation du pas 1.
 153         #
 154         # Nombre de pas identique au nombre de pas d'observations
 155         # -------------------------------------------------------
 156         if hasattr(Y,"stepnumber"):
 157             duration = Y.stepnumber()
 158         else:
 159             duration = 2
 160         #
 161         # Précalcul des inversions de B et R
 162         # ----------------------------------
 163         BI = B.getI()
 164         RI = R.getI()
 165         #
 166         # Définition de la fonction-coût
 167         # ------------------------------
 168         self.DirectCalculation = [None,] # Le pas 0 n'est pas observé
 169         self.DirectInnovation  = [None,] # Le pas 0 n'est pas observé
 170         def CostFunction(x):
 171             _X  = numpy.asmatrix(numpy.ravel( x )).T
 172             if self._parameters["StoreInternalVariables"] or \
 173                 "CurrentState" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"] or \
 174                 "CurrentOptimum" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 175                 self.StoredVariables["CurrentState"].store( _X )
 176             Jb  = 0.5 * (_X - Xb).T * BI * (_X - Xb)
 177             self.DirectCalculation = [None,]
 178             self.DirectInnovation  = [None,]
 179             Jo  = 0.
 180             _Xn = _X
 181             for step in range(0,duration-1):
 182                 self.DirectCalculation.append( _Xn )
 183                 if hasattr(Y,"store"):
 184                     _Ynpu = numpy.asmatrix(numpy.ravel( Y[step+1] )).T
 185                 else:
 186                     _Ynpu = numpy.asmatrix(numpy.ravel( Y )).T
 187                 _Un = Un(step)
 188                 #
 189                 # Etape d'évolution
 190                 if self._parameters["EstimationOf"] == "State":
 191                     _Xn = Mm( (_Xn, _Un) ) + CmUn(_Xn, _Un)
 192                 elif self._parameters["EstimationOf"] == "Parameters":
 193                     pass
 194                 #
 195                 if Bounds is not None and self._parameters["ConstrainedBy"] == "EstimateProjection":
 196                     _Xn = numpy.max(numpy.hstack((_Xn,numpy.asmatrix(Bounds)[:,0])),axis=1)
 197                     _Xn = numpy.min(numpy.hstack((_Xn,numpy.asmatrix(Bounds)[:,1])),axis=1)
 198                 #
 199                 # Etape de différence aux observations
 200                 if self._parameters["EstimationOf"] == "State":
 201                     _YmHMX = _Ynpu - numpy.asmatrix(numpy.ravel( Hm( (_Xn, None) ) )).T
 202                 elif self._parameters["EstimationOf"] == "Parameters":
 203                     _YmHMX = _Ynpu - numpy.asmatrix(numpy.ravel( Hm( (_Xn, _Un) ) )).T - CmUn(_Xn, _Un)
 204                 self.DirectInnovation.append( _YmHMX )
 205                 # Ajout dans la fonctionnelle d'observation
 206                 Jo = Jo + _YmHMX.T * RI * _YmHMX
 207             Jo  = 0.5 * Jo
 208             J   = float( Jb ) + float( Jo )
 209             self.StoredVariables["CostFunctionJb"].store( Jb )
 210             self.StoredVariables["CostFunctionJo"].store( Jo )
 211             self.StoredVariables["CostFunctionJ" ].store( J )
 212             if "IndexOfOptimum" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"] or \
 213                "CurrentOptimum" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 214                 IndexMin = numpy.argmin( self.StoredVariables["CostFunctionJ"][nbPreviousSteps:] ) + nbPreviousSteps
 215             if "IndexOfOptimum" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 216                 self.StoredVariables["IndexOfOptimum"].store( IndexMin )
 217             if "CurrentOptimum" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 218                 self.StoredVariables["CurrentOptimum"].store( self.StoredVariables["CurrentState"][IndexMin] )
 219             return J
 220         #
 221         def GradientOfCostFunction(x):
 222             _X      = numpy.asmatrix(numpy.ravel( x )).T
 223             GradJb  = BI * (_X - Xb)
 224             GradJo  = 0.
 225             for step in range(duration-1,0,-1):
 226                 # Etape de récupération du dernier stockage de l'évolution
 227                 _Xn = self.DirectCalculation.pop()
 228                 # Etape de récupération du dernier stockage de l'innovation
 229                 _YmHMX = self.DirectInnovation.pop()
 230                 # Calcul des adjoints
 231                 Ha = HO["Adjoint"].asMatrix(ValueForMethodForm = _Xn)
 232                 Ha = Ha.reshape(_Xn.size,_YmHMX.size) # ADAO & check shape
 233                 Ma = EM["Adjoint"].asMatrix(ValueForMethodForm = _Xn)
 234                 Ma = Ma.reshape(_Xn.size,_Xn.size) # ADAO & check shape
 235                 # Calcul du gradient par etat adjoint
 236                 GradJo = GradJo + Ha * RI * _YmHMX # Equivaut pour Ha lineaire à : Ha( (_Xn, RI * _YmHMX) )
 237                 GradJo = Ma * GradJo               # Equivaut pour Ma lineaire à : Ma( (_Xn, GradJo) )
 238             GradJ   = numpy.asmatrix( numpy.ravel( GradJb ) - numpy.ravel( GradJo ) ).T
 239             return GradJ.A1
 240         #
 241         # Point de démarrage de l'optimisation : Xini = Xb
 242         # ------------------------------------
 243         if type(Xb) is type(numpy.matrix([])):
 244             Xini = Xb.A1.tolist()
 245         else:
 246             Xini = list(Xb)
 247         #
 248         # Minimisation de la fonctionnelle
 249         # --------------------------------
 250         nbPreviousSteps = self.StoredVariables["CostFunctionJ"].stepnumber()
 251         #
 252         if self._parameters["Minimizer"] == "LBFGSB":
 253             Minimum, J_optimal, Informations = scipy.optimize.fmin_l_bfgs_b(
 254                 func        = CostFunction,
 255                 x0          = Xini,
 256                 fprime      = GradientOfCostFunction,
 257                 args        = (),
 258                 bounds      = Bounds,
 259                 maxfun      = self._parameters["MaximumNumberOfSteps"]-1,
 260                 factr       = self._parameters["CostDecrementTolerance"]*1.e14,
 261                 pgtol       = self._parameters["ProjectedGradientTolerance"],
 262                 iprint      = self.__iprint,
 263                 )
 264             nfeval = Informations['funcalls']
 265             rc     = Informations['warnflag']
 266         elif self._parameters["Minimizer"] == "TNC":
 267             Minimum, nfeval, rc = scipy.optimize.fmin_tnc(
 268                 func        = CostFunction,
 269                 x0          = Xini,
 270                 fprime      = GradientOfCostFunction,
 271                 args        = (),
 272                 bounds      = Bounds,
 273                 maxfun      = self._parameters["MaximumNumberOfSteps"],
 274                 pgtol       = self._parameters["ProjectedGradientTolerance"],
 275                 ftol        = self._parameters["CostDecrementTolerance"],
 276                 messages    = self.__message,
 277                 )
 278         elif self._parameters["Minimizer"] == "CG":
 279             Minimum, fopt, nfeval, grad_calls, rc = scipy.optimize.fmin_cg(
 280                 f           = CostFunction,
 281                 x0          = Xini,
 282                 fprime      = GradientOfCostFunction,
 283                 args        = (),
 284                 maxiter     = self._parameters["MaximumNumberOfSteps"],
 285                 gtol        = self._parameters["GradientNormTolerance"],
 286                 disp        = self.__disp,
 287                 full_output = True,
 288                 )
 289         elif self._parameters["Minimizer"] == "NCG":
 290             Minimum, fopt, nfeval, grad_calls, hcalls, rc = scipy.optimize.fmin_ncg(
 291                 f           = CostFunction,
 292                 x0          = Xini,
 293                 fprime      = GradientOfCostFunction,
 294                 args        = (),
 295                 maxiter     = self._parameters["MaximumNumberOfSteps"],
 296                 avextol     = self._parameters["CostDecrementTolerance"],
 297                 disp        = self.__disp,
 298                 full_output = True,
 299                 )
 300         elif self._parameters["Minimizer"] == "BFGS":
 301             Minimum, fopt, gopt, Hopt, nfeval, grad_calls, rc = scipy.optimize.fmin_bfgs(
 302                 f           = CostFunction,
 303                 x0          = Xini,
 304                 fprime      = GradientOfCostFunction,
 305                 args        = (),
 306                 maxiter     = self._parameters["MaximumNumberOfSteps"],
 307                 gtol        = self._parameters["GradientNormTolerance"],
 308                 disp        = self.__disp,
 309                 full_output = True,
 310                 )
 311         else:
 312             raise ValueError("Error in Minimizer name: %s"%self._parameters["Minimizer"])
 313         #
 314         IndexMin = numpy.argmin( self.StoredVariables["CostFunctionJ"][nbPreviousSteps:] ) + nbPreviousSteps
 315         MinJ     = self.StoredVariables["CostFunctionJ"][IndexMin]
 316         #
 317         # Correction pour pallier a un bug de TNC sur le retour du Minimum
 318         # ----------------------------------------------------------------
 319         if self._parameters["StoreInternalVariables"] or "CurrentState" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 320             Minimum = self.StoredVariables["CurrentState"][IndexMin]
 321         #
 322         # Obtention de l'analyse
 323         # ----------------------
 324         Xa = numpy.asmatrix(numpy.ravel( Minimum )).T
 325         #
 326         self.StoredVariables["Analysis"].store( Xa.A1 )
 327         #
 328         # Calculs et/ou stockages supplémentaires
 329         # ---------------------------------------
 330         if "BMA" in self._parameters["StoreSupplementaryCalculations"]:
 331             self.StoredVariables["BMA"].store( numpy.ravel(Xb) - numpy.ravel(Xa) )
 332         #
 333         self._post_run(HO)
 334         return 0
 335
 336 # ==============================================================================
 337 if __name__ == "__main__":
 338     print '\n AUTODIAGNOSTIC \n'