src/SGE/Batch_BatchManager_eSGE.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eSGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <sys/stat.h>
  39 #ifdef WIN32
  40 #include <io.h>
  41 #else
  42 #include <libgen.h>
  43 #endif
  44
  45 #include "Batch_BatchManager_eSGE.hxx"
  46 #include "Batch_JobInfo_eSGE.hxx"
  47
  48 using namespace std;
  49
  50 namespace Batch {
  51
  52   BatchManager_eSGE::BatchManager_eSGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  53                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  54   : BatchManager_eClient(parent, host, protocolType, mpiImpl)
  55   {
  56     // Nothing to do
  57   }
  58
  59   // Destructeur
  60   BatchManager_eSGE::~BatchManager_eSGE()
  61   {
  62     // Nothing to do
  63   }
  64
  65   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  66   const JobId BatchManager_eSGE::submitJob(const Job & job)
  67   {
  68     int status;
  69     Parametre params = job.getParametre();
  70     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  71     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  72     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  73     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  74     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  75
  76     // export input files on cluster
  77     exportInputFiles(job);
  78
  79     // build batch script for job
  80     buildBatchScript(job);
  81
  82     // define name of log file (local)
  83     string logFile = generateTemporaryFileName("SGE-submitlog");
  84
  85     // define command to submit batch
  86     string subCommand = string("cd ") + dirForTmpFiles + "; qsub " +
  87                         fileNameToExecute + "_Batch.sh";
  88     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  89     command += " > ";
  90     command += logFile;
  91     cerr << command.c_str() << endl;
  92     status = system(command.c_str());
  93     if(status)
  94       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
  95
  96     // read id of submitted job in log file
  97     char line[128];
  98     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
  99     fgets( line, 128, fp);
 100     fclose(fp);
 101
 102     string strjob;
 103     istringstream iss(line);
 104     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 105
 106     JobId id(this, strjob);
 107     return id;
 108   }
 109
 110   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 111   void BatchManager_eSGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 112   {
 113     int status;
 114     int ref;
 115     istringstream iss(jobid.getReference());
 116     iss >> ref;
 117
 118     // define command to delete batch
 119     string subCommand = string("qdel ") + iss.str();
 120     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 121     cerr << command.c_str() << endl;
 122     status = system(command.c_str());
 123     if(status)
 124       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 125
 126     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 127   }
 128
 129   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 130   void BatchManager_eSGE::holdJob(const JobId & jobid)
 131   {
 132     throw EmulationException("Not yet implemented");
 133   }
 134
 135   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 136   void BatchManager_eSGE::releaseJob(const JobId & jobid)
 137   {
 138     throw EmulationException("Not yet implemented");
 139   }
 140
 141
 142   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 143   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 144   {
 145     throw EmulationException("Not yet implemented");
 146   }
 147
 148   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 149   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 150   {
 151     alterJob(jobid, param, Environnement());
 152   }
 153
 154   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 155   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 156   {
 157     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 158   }
 159
 160   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 161   JobInfo BatchManager_eSGE::queryJob(const JobId & jobid)
 162   {
 163     int id;
 164     istringstream iss(jobid.getReference());
 165     iss >> id;
 166
 167     // define name of log file (local)
 168     string logFile = generateTemporaryFileName(string("SGE-querylog-id") + jobid.getReference());
 169
 170     // define command to query batch
 171     string subCommand = string("qstat | grep ") + iss.str();
 172     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 173     command += " > ";
 174     command += logFile;
 175     cerr << command.c_str() << endl;
 176     int status = system(command.c_str());
 177     if (status && status != 256)
 178       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 179
 180     JobInfo_eSGE ji = JobInfo_eSGE(id,logFile);
 181     return ji;
 182   }
 183
 184   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 185   bool BatchManager_eSGE::isRunning(const JobId & jobid)
 186   {
 187     throw EmulationException("Not yet implemented");
 188   }
 189
 190   void BatchManager_eSGE::buildBatchScript(const Job & job)
 191   {
 192 #ifndef WIN32
 193     //TODO porting on Win32 platform
 194     Parametre params = job.getParametre();
 195     Environnement env = job.getEnvironnement();
 196     const long nbproc = params[NBPROC];
 197     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 198     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 199     const string workDir = params[WORKDIR];
 200     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 201     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 202     const string home = params[HOMEDIR];
 203     const std::string queue = params[QUEUE];
 204     std::string rootNameToExecute;
 205     std::string fileNameToExecute;
 206     std::string filelogtemp;
 207     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 208       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 209       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 210       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 211       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename((char *) fileToExecute.c_str()));
 212
 213       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 214       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 215     }
 216     else{
 217       rootNameToExecute = "command";
 218     }
 219
 220     ofstream tempOutputFile;
 221     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 222
 223     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 224     if (queue != "")
 225       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 226     tempOutputFile << "#$ -pe mpich " << nbproc << endl;
 227     if( edt > 0 )
 228       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 229     if( mem > 0 )
 230       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 231     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 232       tempOutputFile << "#$ -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 233       tempOutputFile << "#$ -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 234     }
 235     else{
 236       tempOutputFile << "#$ -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 237       tempOutputFile << "#$ -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 238     }
 239     if( workDir.size() > 0 )
 240       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 241     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 242       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("",nbproc);
 243       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${TMPDIR}/machines",nbproc,fileNameToExecute);
 244       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 245     }
 246     else{
 247       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 248       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 249     }
 250
 251     tempOutputFile.flush();
 252     tempOutputFile.close();
 253     chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 254     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 255
 256     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 257                                     dirForTmpFiles + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 258                                     _hostname, _username);
 259     if (status)
 260       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 261
 262     remove(TmpFileName.c_str());
 263 #endif //WIN32
 264   }
 265
 266   std::string BatchManager_eSGE::getWallTime(const long edt)
 267   {
 268     long h, m;
 269     h = edt / 60;
 270     m = edt - h*60;
 271     ostringstream oss;
 272     if( m >= 10 )
 273       oss << h << ":" << m;
 274     else
 275       oss << h << ":0" << m;
 276     return oss.str();
 277   }
 278
 279 }