src/SGE/Batch_BatchManager_eSGE.cxx

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   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eSGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <sys/stat.h>
  39
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #ifdef WIN32
  44 #include <io.h>
  45 #else
  46 #include <libgen.h>
  47 #endif
  48
  49 #include "Batch_BatchManager_eSGE.hxx"
  50 #include "Batch_JobInfo_eSGE.hxx"
  51
  52 using namespace std;
  53
  54 namespace Batch {
  55
  56   BatchManager_eSGE::BatchManager_eSGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  57                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  58   : BatchManager_eClient(parent, host, protocolType, mpiImpl),
  59     BatchManager(parent, host)
  60   {
  61     // Nothing to do
  62   }
  63
  64   // Destructeur
  65   BatchManager_eSGE::~BatchManager_eSGE()
  66   {
  67     // Nothing to do
  68   }
  69
  70   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  71   const JobId BatchManager_eSGE::submitJob(const Job & job)
  72   {
  73     int status;
  74     Parametre params = job.getParametre();
  75     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  76     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  77     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  78     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  79     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  80
  81     // export input files on cluster
  82     exportInputFiles(job);
  83
  84     // build batch script for job
  85     buildBatchScript(job);
  86
  87     // define name of log file (local)
  88     string logFile = generateTemporaryFileName("SGE-submitlog");
  89
  90     // define command to submit batch
  91     string subCommand = string("cd ") + workDir + "; qsub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh";
  92     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  93     command += " > ";
  94     command += logFile;
  95     command += " 2>&1";
  96     cerr << command.c_str() << endl;
  97     status = system(command.c_str());
  98     if(status)
  99     {
 100       ifstream error_message(logFile.c_str());
 101       std::string mess;
 102       std::string temp;
 103       while(std::getline(error_message, temp))
 104         mess += temp;
 105       error_message.close();
 106       throw EmulationException("Error of connection on remote host, error was: " + mess);
 107     }
 108
 109     // read id of submitted job in log file
 110     char line[128];
 111     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 112     fgets( line, 128, fp);
 113     fclose(fp);
 114
 115     string strjob;
 116     istringstream iss(line);
 117     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 118
 119     JobId id(this, strjob);
 120     return id;
 121   }
 122
 123   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 124   void BatchManager_eSGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 125   {
 126     int status;
 127     int ref;
 128     istringstream iss(jobid.getReference());
 129     iss >> ref;
 130
 131     // define command to delete batch
 132     string subCommand = string("qdel ") + iss.str();
 133     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 134     cerr << command.c_str() << endl;
 135     status = system(command.c_str());
 136     if(status)
 137       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 138
 139     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 140   }
 141
 142   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 143   void BatchManager_eSGE::holdJob(const JobId & jobid)
 144   {
 145     throw EmulationException("Not yet implemented");
 146   }
 147
 148   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 149   void BatchManager_eSGE::releaseJob(const JobId & jobid)
 150   {
 151     throw EmulationException("Not yet implemented");
 152   }
 153
 154
 155   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 156   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 157   {
 158     throw EmulationException("Not yet implemented");
 159   }
 160
 161   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 162   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 163   {
 164     alterJob(jobid, param, Environnement());
 165   }
 166
 167   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 168   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 169   {
 170     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 171   }
 172
 173   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 174   JobInfo BatchManager_eSGE::queryJob(const JobId & jobid)
 175   {
 176     int id;
 177     istringstream iss(jobid.getReference());
 178     iss >> id;
 179
 180     // define name of log file (local)
 181     string logFile = generateTemporaryFileName(string("SGE-querylog-id") + jobid.getReference());
 182
 183     // define command to query batch
 184     string subCommand = string("qstat | grep ") + iss.str();
 185     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 186     command += " > ";
 187     command += logFile;
 188     cerr << command.c_str() << endl;
 189     int status = system(command.c_str());
 190     if (status && status != 256)
 191       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 192
 193     JobInfo_eSGE ji = JobInfo_eSGE(id,logFile);
 194     return ji;
 195   }
 196
 197   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 198   bool BatchManager_eSGE::isRunning(const JobId & jobid)
 199   {
 200     throw EmulationException("Not yet implemented");
 201   }
 202
 203   void BatchManager_eSGE::buildBatchScript(const Job & job)
 204   {
 205 #ifndef WIN32
 206     //TODO porting on Win32 platform
 207     std::cerr << "BuildBatchScript" << std::endl;
 208     Parametre params = job.getParametre();
 209
 210     // Job Parameters
 211     string workDir       = "";
 212     string fileToExecute = "";
 213     int nbproc           = 0;
 214     int edt              = 0;
 215     int mem              = 0;
 216     string queue         = "";
 217
 218     // Mandatory parameters
 219     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 220       workDir = params[WORKDIR].str();
 221     else
 222       throw EmulationException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 223     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 224       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 225     else
 226       throw EmulationException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 227
 228     // Optional parameters
 229     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 230       nbproc = params[NBPROC];
 231     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 232       edt = params[MAXWALLTIME];
 233     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 234       mem = params[MAXRAMSIZE];
 235     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 236       queue = params[QUEUE].str();
 237
 238     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 239     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 240     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 241     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 242
 243     // Create batch submit file
 244     ofstream tempOutputFile;
 245     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 246
 247     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 248     if (queue != "")
 249       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 250     tempOutputFile << "#$ -pe mpich " << nbproc << endl;
 251     if( edt > 0 )
 252       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 253     if( mem > 0 )
 254       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 255     tempOutputFile << "#$ -o " << workDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 256     tempOutputFile << "#$ -e " << workDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 257
 258     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 259     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=$TMPDIR/machines" << endl;
 260
 261     // Launch the executable
 262     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 263     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 264     tempOutputFile.flush();
 265     tempOutputFile.close();
 266
 267     BATCH_CHMOD(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 268     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 269
 270     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 271                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 272                                     _hostname, _username);
 273     if (status)
 274       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 275
 276 #endif //WIN32
 277   }
 278
 279   std::string BatchManager_eSGE::getWallTime(const long edt)
 280   {
 281     long h, m;
 282     h = edt / 60;
 283     m = edt - h*60;
 284     ostringstream oss;
 285     if( m >= 10 )
 286       oss << h << ":" << m;
 287     else
 288       oss << h << ":0" << m;
 289     return oss.str();
 290   }
 291
 292 }