src/SGE/Batch_BatchManager_eSGE.cxx

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   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_eSGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38 #include <sys/stat.h>
  39
  40 #include <stdlib.h>
  41 #include <string.h>
  42
  43 #ifdef WIN32
  44 #include <io.h>
  45 #else
  46 #include <libgen.h>
  47 #endif
  48
  49 #include <Batch_Constants.hxx>
  50 #include <Batch_Utils.hxx>
  51 #include <Batch_NotYetImplementedException.hxx>
  52
  53 #include "Batch_BatchManager_eSGE.hxx"
  54 #include "Batch_JobInfo_eSGE.hxx"
  55
  56 using namespace std;
  57
  58 namespace Batch {
  59
  60   BatchManager_eSGE::BatchManager_eSGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  61                                        const char * username,
  62                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  63   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  64   {
  65     // Nothing to do
  66   }
  67
  68   // Destructeur
  69   BatchManager_eSGE::~BatchManager_eSGE()
  70   {
  71     // Nothing to do
  72   }
  73
  74   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  75   const JobId BatchManager_eSGE::submitJob(const Job & job)
  76   {
  77     Parametre params = job.getParametre();
  78     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  79     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  80     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  81     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  82     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  83
  84     // export input files on cluster
  85     exportInputFiles(job);
  86
  87     // build batch script for job
  88     buildBatchScript(job);
  89
  90     // define command to submit batch
  91     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; qsub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  92     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  93     command += " 2>&1";
  94     cerr << command.c_str() << endl;
  95
  96     // submit job
  97     string output;
  98     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
  99     cout << output;
 100     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 101
 102     // find id of submitted job in output
 103     string strjob;
 104     istringstream iss(output);
 105     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 106
 107     JobId id(this, strjob);
 108     return id;
 109   }
 110
 111   // Ce manager permet de faire de la reprise
 112   const Batch::JobId
 113   BatchManager_eSGE::addJob(const Batch::Job & job, const std::string reference)
 114   {
 115     return JobId(this, reference);
 116   }
 117
 118   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 119   void BatchManager_eSGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 120   {
 121     int status;
 122     int ref;
 123     istringstream iss(jobid.getReference());
 124     iss >> ref;
 125
 126     // define command to delete batch
 127     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 128     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 129     cerr << command.c_str() << endl;
 130     status = system(command.c_str());
 131     if(status)
 132       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 133
 134     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 135   }
 136
 137   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 138   void BatchManager_eSGE::holdJob(const JobId & jobid)
 139   {
 140     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eSGE::holdJob");
 141   }
 142
 143   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 144   void BatchManager_eSGE::releaseJob(const JobId & jobid)
 145   {
 146     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eSGE::releaseJob");
 147   }
 148
 149
 150   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 151   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 152   {
 153     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eSGE::alterJob");
 154   }
 155
 156   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 157   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 158   {
 159     alterJob(jobid, param, Environnement());
 160   }
 161
 162   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 163   void BatchManager_eSGE::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 164   {
 165     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 166   }
 167
 168   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 169   JobInfo BatchManager_eSGE::queryJob(const JobId & jobid)
 170   {
 171     int id;
 172     istringstream iss(jobid.getReference());
 173     iss >> id;
 174
 175     // define command to query batch
 176     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qstat | grep ") + iss.str() + string("\\\"");
 177     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 178     cerr << command.c_str() << endl;
 179
 180     string output;
 181     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 182     if (status && status != 256)
 183       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 184
 185     JobInfo_eSGE ji = JobInfo_eSGE(id, output);
 186     return ji;
 187   }
 188
 189   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 190   bool BatchManager_eSGE::isRunning(const JobId & jobid)
 191   {
 192     throw NotYetImplementedException("BatchManager_eSGE::isRunning");
 193   }
 194
 195   void BatchManager_eSGE::buildBatchScript(const Job & job)
 196   {
 197 #ifndef WIN32
 198     //TODO porting on Win32 platform
 199     std::cerr << "BuildBatchScript" << std::endl;
 200     Parametre params = job.getParametre();
 201
 202     // Job Parameters
 203     string workDir       = "";
 204     string fileToExecute = "";
 205     int nbproc           = 0;
 206     int edt              = 0;
 207     int mem              = 0;
 208     string queue         = "";
 209
 210     // Mandatory parameters
 211     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 212       workDir = params[WORKDIR].str();
 213     else
 214       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 215     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 216       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 217     else
 218       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 219
 220     // Optional parameters
 221     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 222       nbproc = params[NBPROC];
 223     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 224       edt = params[MAXWALLTIME];
 225     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 226       mem = params[MAXRAMSIZE];
 227     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 228       queue = params[QUEUE].str();
 229
 230     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 231     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 232     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 233     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 234
 235     // Create batch submit file
 236     ofstream tempOutputFile;
 237     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 238
 239     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 240     if (queue != "")
 241       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 242     tempOutputFile << "#$ -pe " << _mpiImpl->name() << " " << nbproc << endl;
 243     if( edt > 0 )
 244       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 245     if( mem > 0 )
 246       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 247     tempOutputFile << "#$ -o " << workDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 248     tempOutputFile << "#$ -e " << workDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 249
 250     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 251     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=$TMPDIR/machines" << endl;
 252
 253     // Launch the executable
 254     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 255     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 256     tempOutputFile.flush();
 257     tempOutputFile.close();
 258
 259     BATCH_CHMOD(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 260     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 261
 262     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 263                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 264                                     _hostname, _username);
 265     if (status)
 266       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 267
 268 #endif //WIN32
 269   }
 270
 271   std::string BatchManager_eSGE::getWallTime(const long edt)
 272   {
 273     long h, m;
 274     h = edt / 60;
 275     m = edt - h*60;
 276     ostringstream oss;
 277     if( m >= 10 )
 278       oss << h << ":" << m;
 279     else
 280       oss << h << ":0" << m;
 281     oss << ":00"; // the seconds
 282
 283     return oss.str();
 284   }
 285
 286 }