src/SGE/BatchManager_SGE.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_SGE.cxx : emulation of SGE client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <stdlib.h>
  33 #include <string.h>
  34
  35 #include <iostream>
  36 #include <fstream>
  37 #include <sstream>
  38
  39 #include <stdlib.h>
  40 #include <string.h>
  41
  42 #ifdef WIN32
  43 #include <io.h>
  44 #else
  45 #include <libgen.h>
  46 #endif
  47
  48 #include <Constants.hxx>
  49 #include <Utils.hxx>
  50 #include <NotYetImplementedException.hxx>
  51
  52 #include "BatchManager_SGE.hxx"
  53 #include "JobInfo_SGE.hxx"
  54
  55 using namespace std;
  56
  57 namespace Batch {
  58
  59   BatchManager_SGE::BatchManager_SGE(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  60                                        const char * username,
  61                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  62   : BatchManager(parent, host, username, protocolType, mpiImpl)
  63   {
  64     // Nothing to do
  65   }
  66
  67   // Destructeur
  68   BatchManager_SGE::~BatchManager_SGE()
  69   {
  70     // Nothing to do
  71   }
  72
  73   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  74   const JobId BatchManager_SGE::submitJob(const Job & job)
  75   {
  76     Parametre params = job.getParametre();
  77     const std::string workDir = params[WORKDIR];
  78     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  79     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  80     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  81     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  82
  83     // export input files on cluster
  84     exportInputFiles(job);
  85
  86     // build batch script for job
  87     buildBatchScript(job);
  88
  89     // define command to submit batch
  90     string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; qsub " + fileNameToExecute + "_Batch.sh\\\"";
  91     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  92     command += " 2>&1";
  93     cerr << command.c_str() << endl;
  94
  95     // submit job
  96     string output;
  97     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
  98     cout << output;
  99     if (status != 0) throw RunTimeException("Can't submit job, error was: " + output);
 100
 101     // find id of submitted job in output
 102     string strjob;
 103     istringstream iss(output);
 104     iss >> strjob >> strjob >> strjob;
 105
 106     JobId id(this, strjob);
 107     return id;
 108   }
 109
 110
 111   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 112   void BatchManager_SGE::deleteJob(const JobId & jobid)
 113   {
 114     int status;
 115     int ref;
 116     istringstream iss(jobid.getReference());
 117     iss >> ref;
 118
 119     // define command to delete batch
 120     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qdel ") + iss.str() + string("\\\"");
 121     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 122     cerr << command.c_str() << endl;
 123     status = system(command.c_str());
 124     if(status)
 125       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 126
 127     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 128   }
 129
 130   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 131   JobInfo BatchManager_SGE::queryJob(const JobId & jobid)
 132   {
 133     int id;
 134     istringstream iss(jobid.getReference());
 135     iss >> id;
 136
 137     // define command to query batch
 138     string subCommand = string("bash -l -c \\\"qstat | grep ") + iss.str() + string("\\\"");
 139     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 140     cerr << command.c_str() << endl;
 141
 142     string output;
 143     int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
 144     if (status && status != 256)
 145       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 146
 147     JobInfo_SGE ji = JobInfo_SGE(id, output);
 148     return ji;
 149   }
 150
 151   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 152   bool BatchManager_SGE::isRunning(const JobId & jobid)
 153   {
 154     throw NotYetImplementedException("BatchManager_SGE::isRunning");
 155   }
 156
 157   void BatchManager_SGE::buildBatchScript(const Job & job)
 158   {
 159 #ifndef WIN32
 160     //TODO porting on Win32 platform
 161     std::cerr << "BuildBatchScript" << std::endl;
 162     Parametre params = job.getParametre();
 163
 164     // Job Parameters
 165     string workDir       = "";
 166     string fileToExecute = "";
 167     int nbproc           = 0;
 168     int edt              = 0;
 169     int mem              = 0;
 170     string queue         = "";
 171
 172     // Mandatory parameters
 173     if (params.find(WORKDIR) != params.end())
 174       workDir = params[WORKDIR].str();
 175     else
 176       throw RunTimeException("params[WORKDIR] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 177     if (params.find(EXECUTABLE) != params.end())
 178       fileToExecute = params[EXECUTABLE].str();
 179     else
 180       throw RunTimeException("params[EXECUTABLE] is not defined ! Please defined it, cannot submit this job");
 181
 182     // Optional parameters
 183     if (params.find(NBPROC) != params.end())
 184       nbproc = params[NBPROC];
 185     if (params.find(MAXWALLTIME) != params.end())
 186       edt = params[MAXWALLTIME];
 187     if (params.find(MAXRAMSIZE) != params.end())
 188       mem = params[MAXRAMSIZE];
 189     if (params.find(QUEUE) != params.end())
 190       queue = params[QUEUE].str();
 191
 192     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 193     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 194     string rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 195     string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1);
 196
 197     // Create batch submit file
 198     ofstream tempOutputFile;
 199     std::string TmpFileName = Utils::createAndOpenTemporaryFile("SGE-script", tempOutputFile);
 200
 201     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 202     if (queue != "")
 203       tempOutputFile << "#$ -q " << queue << endl;
 204     tempOutputFile << "#$ -pe " << _mpiImpl->name() << " " << nbproc << endl;
 205     if( edt > 0 )
 206       tempOutputFile << "#$ -l h_rt=" << getWallTime(edt) << endl ;
 207     if( mem > 0 )
 208       tempOutputFile << "#$ -l h_vmem=" << mem << "M" << endl ;
 209     tempOutputFile << "#$ -o " << workDir << "/logs/output.log." << rootNameToExecute << endl ;
 210     tempOutputFile << "#$ -e " << workDir << "/logs/error.log." << rootNameToExecute << endl ;
 211
 212     // Abstraction of PBS_NODEFILE - TODO
 213     tempOutputFile << "export LIBBATCH_NODEFILE=$TMPDIR/machines" << endl;
 214
 215     // Launch the executable
 216     tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 217     tempOutputFile << "./" + fileNameToExecute << endl;
 218     tempOutputFile.flush();
 219     tempOutputFile.close();
 220
 221     Utils::chmod(TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 222     cerr << "Batch script file generated is: " << TmpFileName.c_str() << endl;
 223
 224     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 225                                     workDir + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 226                                     _hostname, _username);
 227     if (status)
 228       throw RunTimeException("Error of connection on remote host");
 229
 230 #endif //WIN32
 231   }
 232
 233   std::string BatchManager_SGE::getWallTime(const long edt)
 234   {
 235     long h, m;
 236     h = edt / 60;
 237     m = edt - h*60;
 238     ostringstream oss;
 239     if( m >= 10 )
 240       oss << h << ":" << m;
 241     else
 242       oss << h << ":0" << m;
 243     oss << ":00"; // the seconds
 244
 245     return oss.str();
 246   }
 247
 248 }