src/RENUMBER/renumbering.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2013  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDFileData.hxx"
  21 #include "MEDFileMesh.hxx"
  22 #include "MEDFileField.hxx"
  23
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include "RenumberingFactory.hxx"
  27
  28 #include <time.h>
  29 #include <string>
  30 #include <cstdlib>
  31 #include <fstream>
  32 #include <iostream>
  33
  34 using namespace std;
  35 using namespace ParaMEDMEM;
  36 using namespace MED_RENUMBER;
  37
  38 int main(int argc, char** argv)
  39 {
  40   double t_begin,t_read_st,t_compute_graph,t_family,t_field;
  41   t_begin=clock();
  42   if (argc <5)
  43     {
  44       cerr << "Usage : " << argv[0]
  45            << " filename_in meshname method[BOOST/METIS] filename_out" << endl << endl;
  46       return -1;
  47     }
  48   string filename_in = argv[1];
  49   string meshname = argv[2];
  50   string type_renum = argv[3];
  51   string filename_out = argv[4];
  52
  53   if(type_renum!="METIS" && type_renum!="BOOST")
  54     {
  55       cout << "The method has to be METIS or BOOST!" << endl;
  56       return -1;
  57     }
  58   // Reading file structure
  59   cout << "Reading : " << flush;
  60   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDFileData> fd=MEDFileData::New(filename_in.c_str());
  61   MEDFileMesh *m=fd->getMeshes()->getMeshWithName(meshname.c_str());
  62   MEDFileUMesh *mc=dynamic_cast<MEDFileUMesh *>(m);
  63   if(!mc)
  64     {
  65       std::ostringstream oss; oss << "In file \"" << filename_in << "\" the mesh name \"" << meshname<< "\" exists but is not unstructured !";
  66       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  67     }
  68   t_read_st=clock();
  69   cout << (t_read_st-t_begin)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
  70   // Reading mesh
  71   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<MEDCouplingUMesh> workMesh=mc->getMeshAtLevel(0);
  72   std::vector<int> code=workMesh->getDistributionOfTypes();
  73   cout << "Building the graph : " << flush;
  74   DataArrayInt *neighb=0,*neighbI=0;
  75   workMesh->computeNeighborsOfCells(neighb,neighbI);
  76   MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> neighbSafe(neighb),neighbISafe(neighbI);
  77   const int *graph=neighbSafe->begin();
  78   const int *graph_index=neighbISafe->begin();
  79   // Compute permutation iperm->new2old perm->old2new
  80   vector<int> iperm,perm;
  81   Renumbering *renumb=RenumberingFactory(type_renum);
  82   renumb->renumber(graph,graph_index,workMesh->getNumberOfCells(),iperm,perm);
  83   delete renumb;
  84   iperm.clear();//erase new2old, we are using only old 2 new
  85   t_compute_graph=clock();
  86   cout << " : " << (t_compute_graph-t_read_st)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl;
  87   cout.flush();
  88   // Connectivity
  89   cout << "Reordering connectivity & families and writing : " << flush;
  90   workMesh->renumberCells(&perm[0],false);
  91   mc->setMeshAtLevel(0,workMesh);
  92   const DataArrayInt *famField=mc->getFamilyFieldAtLevel(0);
  93   if(famField)
  94     {
  95       MEDCouplingAutoRefCountObjectPtr<DataArrayInt> famField2=famField->renumber(&perm[0]);
  96       mc->setFamilyFieldArr(0,famField2);
  97     }
  98   mc->write(filename_out.c_str(),2);
  99   t_family=clock();
 100   cout << " : " << (t_family-t_compute_graph)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
 101   // Fields
 102   cout << "Reordering fields and writing : " << flush;
 103   MEDFileFields *fs=fd->getFields();
 104   if(fs)
 105     {
 106       for(int i=0;i<fs->getNumberOfFields();i++)
 107         {
 108           MEDFileFieldMultiTS *fmts=dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(fs->getFieldAtPos(i));
 109           if(!fmts) continue;
 110           if(fmts->getMeshName()==meshname)
 111             {
 112               for(int j=0;j<fmts->getNumberOfTS();j++)
 113                 {
 114                   MEDFileField1TS *f1ts=dynamic_cast<MEDFileField1TS*>(fmts->getTimeStepAtPos(j));
 115                   if(!f1ts) continue;
 116                   DataArrayDouble *arr=f1ts->getUndergroundDataArray();
 117                   arr->renumberInPlace(&perm[0]);
 118                 }
 119             }
 120         }
 121       fs->write(filename_out.c_str(),0);
 122       //fs->renumberEntitiesLyingOnMesh(meshname.c_str(),code,code,o2n); bugged
 123     }
 124   t_field=clock();
 125   cout << " : " << (t_field-t_family)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
 126   return 0;
 127 }