src/RENUMBER/renumbering.cxx

   1 // Copyright (C) 2007-2020  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19
  20 #include "MEDFileData.hxx"
  21 #include "MEDFileMesh.hxx"
  22 #include "MEDFileField.hxx"
  23
  24 #include "MEDCouplingUMesh.hxx"
  25
  26 #include "RenumberingFactory.hxx"
  27
  28 #include <time.h>
  29 #include <string>
  30 #include <cstdlib>
  31 #include <fstream>
  32 #include <iostream>
  33
  34 using namespace std;
  35 using namespace MEDCoupling;
  36 using namespace MED_RENUMBER;
  37
  38 int main(int argc, char** argv)
  39 {
  40   double t_begin,t_read_st,t_compute_graph,t_family,t_field;
  41   t_begin=(double)clock();
  42   if (argc <5)
  43     {
  44       cerr << "Usage : " << argv[0]
  45            << " filename_in meshname method[BOOST/METIS] filename_out" << endl << endl;
  46       return -1;
  47     }
  48   string filename_in = argv[1];
  49   string meshname = argv[2];
  50   string type_renum = argv[3];
  51   string filename_out = argv[4];
  52
  53   if(type_renum!="METIS" && type_renum!="BOOST")
  54     {
  55       cout << "The method has to be METIS or BOOST!" << endl;
  56       return -1;
  57     }
  58   // Reading file structure
  59   cout << "Reading : " << flush;
  60   MCAuto<MEDFileData> fd(MEDFileData::New(filename_in));
  61   MEDFileMesh *m=fd->getMeshes()->getMeshWithName(meshname);
  62   MEDFileUMesh *mc=dynamic_cast<MEDFileUMesh *>(m);
  63   if(!mc)
  64     {
  65       std::ostringstream oss; oss << "In file \"" << filename_in << "\" the mesh name \"" << meshname<< "\" exists but is not unstructured !";
  66       throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
  67     }
  68   t_read_st=(double)clock();
  69   cout << (t_read_st-t_begin)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
  70   // Reading mesh
  71   MCAuto<MEDCouplingUMesh> workMesh=mc->getMeshAtLevel(0);
  72   //std::vector<mcIdType> code=workMesh->getDistributionOfTypes();
  73   cout << "Building the graph : " << flush;
  74   DataArrayIdType *neighb=0,*neighbI=0;
  75   workMesh->computeNeighborsOfCells(neighb,neighbI);
  76   MCAuto<DataArrayIdType> neighbSafe(neighb),neighbISafe(neighbI),ipermSafe,permSafe;
  77   const mcIdType *graph=neighbSafe->begin();
  78   const mcIdType *graph_index=neighbISafe->begin();
  79   // Compute permutation iperm->new2old perm->old2new
  80   DataArrayIdType *iperm(0),*perm(0);
  81   Renumbering *renumb=RenumberingFactory(type_renum);
  82   renumb->renumber(graph,graph_index,workMesh->getNumberOfCells(),iperm,perm);
  83   ipermSafe=iperm; permSafe=perm;
  84   delete renumb;
  85   ipermSafe=0;//erase new2old, we are using only old 2 new
  86   t_compute_graph=(double)clock();
  87   cout << " : " << (t_compute_graph-t_read_st)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl;
  88   cout.flush();
  89   // Connectivity
  90   cout << "Reordering connectivity & families and writing : " << flush;
  91   workMesh->renumberCells(perm->begin(),false);
  92   mc->setMeshAtLevel(0,workMesh);
  93   const DataArrayIdType *famField=mc->getFamilyFieldAtLevel(0);
  94   if(famField)
  95     {
  96       MCAuto<DataArrayIdType> famField2=famField->renumber(perm->begin());
  97       mc->setFamilyFieldArr(0,famField2);
  98     }
  99   mc->write(filename_out,2);
 100   t_family=(double)clock();
 101   cout << " : " << (t_family-t_compute_graph)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
 102   // Fields
 103   cout << "Reordering fields and writing : " << flush;
 104   MEDFileFields *fs=fd->getFields();
 105   if(fs)
 106     {
 107       for(int i=0;i<fs->getNumberOfFields();i++)
 108         {
 109           MEDFileFieldMultiTS *fmts=dynamic_cast<MEDFileFieldMultiTS *>(fs->getFieldAtPos(i));
 110           if(!fmts) continue;
 111           if(fmts->getMeshName()==meshname)
 112             {
 113               for(int j=0;j<fmts->getNumberOfTS();j++)
 114                 {
 115                   MEDFileField1TS *f1ts=dynamic_cast<MEDFileField1TS*>(fmts->getTimeStepAtPos(j));
 116                   if(!f1ts) continue;
 117                   DataArrayDouble *arr=f1ts->getUndergroundDataArray();
 118                   arr->renumberInPlace(perm->begin());
 119                 }
 120             }
 121         }
 122       fs->write(filename_out,0);
 123       //fs->renumberEntitiesLyingOnMesh(meshname,code,code,o2n); bugged
 124     }
 125   t_field=(double)clock();
 126   cout << " : " << (t_field-t_family)/(double) CLOCKS_PER_SEC << "s" << endl << flush;
 127   return 0;
 128 }