src/Plugins/MEDReader/IO/vtkExtractCellType.cxx

   1 // Copyright (C) 2010-2014  CEA/DEN, EDF R&D
   2 //
   3 // This library is free software; you can redistribute it and/or
   4 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   5 // License as published by the Free Software Foundation; either
   6 // version 2.1 of the License.
   7 //
   8 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
   9 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  10 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  11 // Lesser General Public License for more details.
  12 //
  13 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  14 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  15 // Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  16 //
  17 // See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  18 //
  19 // Author : Anthony Geay
  20
  21 #include "vtkExtractCellType.h"
  22 #include "MEDFileFieldRepresentationTree.hxx"
  23 #include "MEDFileFieldOverView.hxx"
  24
  25 #include "vtkAdjacentVertexIterator.h"
  26 #include "vtkIntArray.h"
  27 #include "vtkCellData.h"
  28 #include "vtkPointData.h"
  29
  30 #include "vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h"
  31 #include "vtkUnstructuredGrid.h"
  32 #include  "vtkMultiBlockDataSet.h"
  33
  34 #include "vtkInformationStringKey.h"
  35 #include "vtkAlgorithmOutput.h"
  36 #include "vtkObjectFactory.h"
  37 #include "vtkMutableDirectedGraph.h"
  38 #include "vtkMultiBlockDataSet.h"
  39 #include "vtkDataSet.h"
  40 #include "vtkInformationVector.h"
  41 #include "vtkInformation.h"
  42 #include "vtkDataArraySelection.h"
  43 #include "vtkTimeStamp.h"
  44 #include "vtkInEdgeIterator.h"
  45 #include "vtkInformationDataObjectKey.h"
  46 #include "vtkExecutive.h"
  47 #include "vtkVariantArray.h"
  48 #include "vtkStringArray.h"
  49 #include "vtkDoubleArray.h"
  50 #include "vtkCharArray.h"
  51 #include "vtkUnsignedCharArray.h"
  52 #include "vtkDataSetAttributes.h"
  53 #include "vtkDemandDrivenPipeline.h"
  54 #include "vtkDataObjectTreeIterator.h"
  55 #include "vtkThreshold.h"
  56
  57 #include <map>
  58 #include <deque>
  59
  60 vtkStandardNewMacro(vtkExtractCellType);
  61
  62 vtkCxxSetObjectMacro(vtkExtractCellType, SIL, vtkMutableDirectedGraph);
  63
  64 ///////////////////
  65
  66 class ExtractCellTypeStatus
  67 {
  68 public:
  69   ExtractCellTypeStatus():_status(false),_vtkt(-1),_mct(INTERP_KERNEL::NORM_ERROR) { }
  70   ExtractCellTypeStatus(int vtkt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType mct);
  71   bool isSame(int vtkt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType mct) const { return _vtkt==vtkt && _mct==mct; }
  72   bool getStatus() const { return _status; }
  73   void setStatus(bool status) const { _status=status; }
  74   void cpyStatusFrom(const ExtractCellTypeStatus& other) { _status=other._status; }
  75   std::string getKey() const { return _type_str; }
  76   const char *getKeyOfEntry() const { return _type_str.c_str(); }
  77   int getVTKCellType() const { return _vtkt; }
  78   void printMySelf(std::ostream& os) const;
  79   bool isSameAs(const ExtractCellTypeStatus& other) const;
  80   void feedSIL(vtkMutableDirectedGraph *sil, vtkIdType root, vtkVariantArray *childEdge, std::vector<std::string>& names) const;
  81 protected:
  82   mutable bool _status;
  83   int _vtkt;
  84   INTERP_KERNEL::NormalizedCellType _mct;
  85   std::string _type_str;
  86 };
  87
  88 class vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal
  89 {
  90 public:
  91   vtkExtractCellTypeInternal():_ref_mtime(0) { }
  92   int getNumberOfEntries() const;
  93   const char *getKeyOfEntry(int i) const;
  94   bool getStatusOfEntryStr(const char *entry) const;
  95   void setStatusOfEntryStr(const char *entry, bool status) const;
  96   void feedSIL(vtkMutableDirectedGraph *sil) const;
  97   std::vector<int> getIdsToKeep() const;
  98   void printMySelf(std::ostream& os) const;
  99   bool setRefTime(vtkObject *input) const;
 100   // non const methods
 101   void loadFrom(const std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& m);
 102 private:
 103   const ExtractCellTypeStatus& getEntry(const char *entry) const;
 104   bool checkSame(const std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& m) const;
 105 private:
 106   std::vector<ExtractCellTypeStatus> _types;
 107   mutable unsigned long _ref_mtime;
 108 };
 109
 110 bool vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::setRefTime(vtkObject *input) const
 111 {
 112   unsigned long mtime(input->GetMTime());
 113   if(mtime>_ref_mtime)
 114     {
 115       _ref_mtime=mtime;
 116       return true;
 117     }
 118   else
 119     return false;
 120 }
 121
 122 std::vector<int> vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::getIdsToKeep() const
 123 {
 124   std::vector<int> ret;
 125   for(std::vector<ExtractCellTypeStatus>::const_iterator it=_types.begin();it!=_types.end();it++)
 126     {
 127       if((*it).getStatus())
 128         ret.push_back((*it).getVTKCellType());
 129     }
 130   return ret;
 131 }
 132
 133 void vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::feedSIL(vtkMutableDirectedGraph *sil) const
 134 {
 135   vtkSmartPointer<vtkVariantArray> childEdge(vtkSmartPointer<vtkVariantArray>::New());
 136   childEdge->InsertNextValue(0);
 137   vtkSmartPointer<vtkVariantArray> crossEdge(vtkSmartPointer<vtkVariantArray>::New());
 138   crossEdge->InsertNextValue(1);
 139   // CrossEdge is an edge linking hierarchies.
 140   vtkUnsignedCharArray* crossEdgesArray=vtkUnsignedCharArray::New();
 141   crossEdgesArray->SetName("CrossEdges");
 142   sil->GetEdgeData()->AddArray(crossEdgesArray);
 143   crossEdgesArray->Delete();
 144   std::vector<std::string> names;
 145   // Add global fields root
 146   vtkIdType root(sil->AddVertex());
 147   names.push_back("CellTypesTree");
 148   //
 149   for(std::vector<ExtractCellTypeStatus>::const_iterator it=_types.begin();it!=_types.end();it++)
 150     {
 151       (*it).feedSIL(sil,root,childEdge,names);
 152     }
 153   // This array is used to assign names to nodes.
 154   vtkStringArray *namesArray(vtkStringArray::New());
 155   namesArray->SetName("Names");
 156   namesArray->SetNumberOfTuples(sil->GetNumberOfVertices());
 157   sil->GetVertexData()->AddArray(namesArray);
 158   namesArray->Delete();
 159   std::vector<std::string>::const_iterator iter;
 160   vtkIdType cc;
 161   for(cc=0, iter=names.begin(); iter!=names.end(); ++iter, ++cc)
 162     namesArray->SetValue(cc,(*iter).c_str());
 163 }
 164
 165 void vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::loadFrom(const std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& m)
 166 {
 167   if(checkSame(m))
 168     return;
 169   //
 170   std::size_t sz(m.size()),ii(0);
 171   _types.resize(sz);
 172   for(std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it=m.begin();it!=m.end();it++,ii++)
 173     {
 174       ExtractCellTypeStatus elt((*it).first,(*it).second);
 175       _types[ii]=elt;
 176     }
 177 }
 178
 179 int vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::getNumberOfEntries() const
 180 {
 181   return (int) _types.size();
 182 }
 183
 184 const char *vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::getKeyOfEntry(int i) const
 185 {
 186   return _types[i].getKeyOfEntry();
 187 }
 188
 189 bool vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::checkSame(const std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>& m) const
 190 {
 191   std::size_t sz(m.size());
 192   if(sz!=_types.size())
 193     return false;
 194   bool ret(true);
 195   std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it(m.begin());
 196   for(std::size_t i=0;i<sz && ret;i++,it++)
 197     ret=_types[i].isSame((*it).first,(*it).second);
 198   return ret;
 199 }
 200
 201 const ExtractCellTypeStatus& vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::getEntry(const char *entry) const
 202 {
 203   std::string entryCpp(entry);
 204   for(std::vector<ExtractCellTypeStatus>::const_iterator it0=_types.begin();it0!=_types.end();it0++)
 205     if(entryCpp==(*it0).getKey())
 206       return *it0;
 207   std::ostringstream oss; oss << "vtkExtractCellTypeInternal::getEntry : no such entry \"" << entry << "\"!";
 208   throw INTERP_KERNEL::Exception(oss.str().c_str());
 209 }
 210
 211 bool vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::getStatusOfEntryStr(const char *entry) const
 212 {
 213   const ExtractCellTypeStatus& elt(getEntry(entry));
 214   return elt.getStatus();
 215 }
 216
 217 void vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::setStatusOfEntryStr(const char *entry, bool status) const
 218 {
 219   const ExtractCellTypeStatus& elt(getEntry(entry));
 220   elt.setStatus(status);
 221 }
 222
 223 void vtkExtractCellType::vtkExtractCellTypeInternal::printMySelf(std::ostream& os) const
 224 {
 225   for(std::vector<ExtractCellTypeStatus>::const_iterator it0=_types.begin();it0!=_types.end();it0++)
 226     (*it0).printMySelf(os);
 227 }
 228
 229 ExtractCellTypeStatus::ExtractCellTypeStatus(int vtkt, INTERP_KERNEL::NormalizedCellType mct):_status(false),_vtkt(vtkt),_mct(mct)
 230 {
 231   std::string name(INTERP_KERNEL::CellModel::GetCellModel(mct).getRepr());
 232   _type_str=name.substr(5);//skip "NORM_"
 233 }
 234
 235 void ExtractCellTypeStatus::printMySelf(std::ostream& os) const
 236 {
 237   os << "      -" << _type_str << "(";
 238   if(_status)
 239     os << "X";
 240   else
 241     os << " ";
 242   os << ")" << std::endl;
 243 }
 244
 245 bool ExtractCellTypeStatus::isSameAs(const ExtractCellTypeStatus& other) const
 246 {
 247   return _vtkt==other._vtkt && _mct==other._mct;
 248 }
 249
 250 void ExtractCellTypeStatus::feedSIL(vtkMutableDirectedGraph *sil, vtkIdType root, vtkVariantArray *childEdge, std::vector<std::string>& names) const
 251 {
 252   vtkIdType InfoGeoType(sil->AddChild(root,childEdge));
 253   names.push_back(_type_str);
 254   vtkIdType InfoVTKID(sil->AddChild(InfoGeoType,childEdge));
 255   std::ostringstream oss; oss << _vtkt;
 256   names.push_back(oss.str());
 257 }
 258
 259 ////////////////////
 260
 261 vtkExtractCellType::vtkExtractCellType():SIL(NULL),Internal(new vtkExtractCellTypeInternal),InsideOut(0)
 262 {
 263 }
 264
 265 vtkExtractCellType::~vtkExtractCellType()
 266 {
 267   delete this->Internal;
 268 }
 269
 270 void vtkExtractCellType::SetInsideOut(int val)
 271 {
 272   if(this->InsideOut!=val)
 273     {
 274       this->InsideOut=val;
 275       this->Modified();
 276     }
 277 }
 278
 279 int vtkExtractCellType::RequestInformation(vtkInformation *request, vtkInformationVector **inputVector, vtkInformationVector *outputVector)
 280 {
 281   try
 282     {
 283       //std::cerr << "########################################## vtkExtractCellType::RequestInformation ##########################################" << std::endl;
 284       vtkInformation *outInfo(outputVector->GetInformationObject(0));
 285       vtkInformation *inputInfo(inputVector[0]->GetInformationObject(0));
 286       vtkDataSet *input(0);
 287       {
 288         vtkDataObject *inp(inputInfo->Get(vtkDataObject::DATA_OBJECT()));
 289         if(vtkDataSet::SafeDownCast(inp))
 290           input=vtkDataSet::SafeDownCast(inp);
 291         else
 292           {
 293             vtkMultiBlockDataSet *inputTmp(vtkMultiBlockDataSet::SafeDownCast(inp));
 294             if(inputTmp)
 295               {
 296                 if(inputTmp->GetNumberOfBlocks()!=1)
 297                   {
 298                     vtkDebugMacro("vtkExtractCellType::RequestInformation : input vtkMultiBlockDataSet must contain exactly 1 block !");
 299                     return 0;
 300                   }
 301                 vtkDataSet *blk0(vtkDataSet::SafeDownCast(inputTmp->GetBlock(0)));
 302                 if(!blk0)
 303                   {
 304                     vtkDebugMacro("vtkExtractCellType::RequestInformation : the single block in input vtkMultiBlockDataSet must be a vtkDataSet instance !");
 305                     return 0;
 306                   }
 307                 input=blk0;
 308               }
 309             else
 310               {
 311                 vtkDebugMacro("vtkExtractCellType::RequestInformation : supported input are vtkDataSet or vtkMultiBlockDataSet !");
 312                 return 0;
 313               }
 314           }
 315       }
 316       if(this->Internal->setRefTime(input))
 317         {
 318           vtkIdType nbOfCells(input->GetNumberOfCells());
 319           std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType> m;
 320           for(vtkIdType cellId=0;cellId<nbOfCells;cellId++)
 321             {
 322               int vtkCt(input->GetCellType(cellId));
 323               const std::map<int,INTERP_KERNEL::NormalizedCellType>::const_iterator it(m.find(vtkCt));
 324               if(it==m.end())
 325                 {
 326                   const unsigned char *pos(std::find(ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE,ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE+ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE_LGTH,vtkCt));
 327                   if(pos==ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE+ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE_LGTH)
 328                     {
 329                       vtkDebugMacro("vtkExtractCellType::RequestInformation : cell #" << cellId << " has unrecognized type !");
 330                       return 0;
 331                     }
 332                   m[vtkCt]=(INTERP_KERNEL::NormalizedCellType)std::distance(ParaMEDMEM::MEDMeshMultiLev::PARAMEDMEM_2_VTKTYPE,pos);
 333             }
 334             }
 335           this->Internal->loadFrom(m);
 336           if(this->SIL)
 337             this->SIL->Delete();
 338           this->SIL=vtkMutableDirectedGraph::New();
 339           this->Internal->feedSIL(this->SIL);
 340           //
 341           outInfo->Set(vtkDataObject::SIL(),this->SIL);
 342         }
 343     }
 344   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 345     {
 346       std::cerr << "Exception has been thrown in vtkExtractCellType::RequestInformation : " << e.what() << std::endl;
 347       return 0;
 348     }
 349   return 1;
 350 }
 351
 352 vtkDataSet *FilterFamilies(vtkDataSet *input, const std::vector<int>& idsToKeep, bool insideOut)
 353 {
 354   static const int VTK_DATA_ARRAY_DELETE=vtkDataArrayTemplate<double>::VTK_DATA_ARRAY_DELETE;
 355   static const char ZE_SELECTION_ARR_NAME[]="@@ZeSelection@@";
 356   vtkDataSet *output(input->NewInstance());
 357   output->ShallowCopy(input);
 358   vtkSmartPointer<vtkThreshold> thres(vtkSmartPointer<vtkThreshold>::New());
 359   thres->SetInputData(output);
 360   vtkDataSetAttributes *dscIn(input->GetCellData()),*dscIn2(input->GetPointData());
 361   vtkDataSetAttributes *dscOut(output->GetCellData()),*dscOut2(output->GetPointData());
 362   //
 363   double vMin(insideOut==0?1.:0.),vMax(insideOut==0?2.:1.);
 364   thres->ThresholdBetween(vMin,vMax);
 365   // OK for the output
 366   vtkIdType nbOfCells(input->GetNumberOfCells());
 367   vtkCharArray *zeSelection(vtkCharArray::New());
 368   zeSelection->SetName(ZE_SELECTION_ARR_NAME);
 369   zeSelection->SetNumberOfComponents(1);
 370   char *pt(new char[nbOfCells]);
 371   zeSelection->SetArray(pt,nbOfCells,0,VTK_DATA_ARRAY_DELETE);
 372   std::fill(pt,pt+nbOfCells,0);
 373   std::vector<bool> pt2(nbOfCells,false);
 374   for(std::vector<int>::const_iterator it=idsToKeep.begin();it!=idsToKeep.end();it++)
 375     {
 376       for(vtkIdType ii=0;ii<nbOfCells;ii++)
 377         {
 378           if(input->GetCellType(ii)==*it)
 379             pt2[ii]=true;
 380         }
 381     }
 382   for(int ii=0;ii<nbOfCells;ii++)
 383     if(pt2[ii])
 384       pt[ii]=2;
 385   int idx(output->GetCellData()->AddArray(zeSelection));
 386   output->GetCellData()->SetActiveAttribute(idx,vtkDataSetAttributes::SCALARS);
 387   output->GetCellData()->CopyScalarsOff();
 388   zeSelection->Delete();
 389   //
 390   thres->SetInputArrayToProcess(idx,0,0,"vtkDataObject::FIELD_ASSOCIATION_CELLS",ZE_SELECTION_ARR_NAME);
 391   thres->Update();
 392   vtkUnstructuredGrid *zeComputedOutput(thres->GetOutput());
 393   zeComputedOutput->GetCellData()->RemoveArray(idx);
 394   output->Delete();
 395   zeComputedOutput->Register(0);
 396   return zeComputedOutput;
 397 }
 398
 399 int vtkExtractCellType::RequestData(vtkInformation *request, vtkInformationVector **inputVector, vtkInformationVector *outputVector)
 400 {
 401   try
 402     {
 403       //std::cerr << "########################################## vtkExtractCellType::RequestData        ##########################################" << std::endl;
 404       vtkInformation* inputInfo=inputVector[0]->GetInformationObject(0);
 405       vtkDataSet *input(vtkDataSet::SafeDownCast(inputInfo->Get(vtkDataObject::DATA_OBJECT())));
 406       vtkInformation *info(input->GetInformation());
 407       vtkInformation *outInfo(outputVector->GetInformationObject(0));
 408       vtkDataSet *output(vtkDataSet::SafeDownCast(outInfo->Get(vtkDataObject::DATA_OBJECT())));
 409       std::vector<int> idsToKeep(this->Internal->getIdsToKeep());
 410       vtkDataSet *tryOnCell(FilterFamilies(input,idsToKeep,this->InsideOut));
 411       // first shrink the input
 412       output->ShallowCopy(tryOnCell);
 413       tryOnCell->Delete();
 414     }
 415   catch(INTERP_KERNEL::Exception& e)
 416     {
 417       std::cerr << "Exception has been thrown in vtkExtractCellType::RequestData : " << e.what() << std::endl;
 418       return 0;
 419     }
 420   return 1;
 421 }
 422
 423 int vtkExtractCellType::GetSILUpdateStamp()
 424 {
 425   return this->SILTime;
 426 }
 427
 428 void vtkExtractCellType::PrintSelf(ostream& os, vtkIndent indent)
 429 {
 430   this->Superclass::PrintSelf(os, indent);
 431 }
 432
 433 int vtkExtractCellType::GetNumberOfGeoTypesArrays()
 434 {
 435   int ret(this->Internal->getNumberOfEntries());
 436   //std::cerr << "vtkExtractCellType::GetNumberOfGeoTypesArrays() -> " << ret << std::endl;
 437   return ret;
 438 }
 439
 440 const char *vtkExtractCellType::GetGeoTypesArrayName(int index)
 441 {
 442   const char *ret(this->Internal->getKeyOfEntry(index));
 443   //std::cerr << "vtkExtractCellType::GetGeoTypesArrayName(" << index << ") -> " << ret << std::endl;
 444   return ret;
 445 }
 446
 447 int vtkExtractCellType::GetGeoTypesArrayStatus(const char *name)
 448 {
 449   int ret((int)this->Internal->getStatusOfEntryStr(name));
 450   //std::cerr << "vtkExtractCellType::GetGeoTypesArrayStatus(" << name << ") -> " << ret << std::endl;
 451   return ret;
 452 }
 453
 454 void vtkExtractCellType::SetGeoTypesStatus(const char *name, int status)
 455 {
 456   //std::cerr << "vtkExtractCellType::SetGeoTypesStatus(" << name << "," << status << ")" << std::endl;
 457   this->Internal->setStatusOfEntryStr(name,(bool)status);
 458   if(std::string(name)==GetGeoTypesArrayName(GetNumberOfGeoTypesArrays()-1))
 459     {
 460       this->Modified();
 461       //this->Internal->printMySelf(std::cerr);
 462     }
 463 }