src/PBS/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36
  37 #include <Batch_config.h>
  38
  39 #ifdef MSVC
  40 #include <io.h>
  41 #else
  42 #include <libgen.h>
  43 #endif
  44
  45 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  46 #include "Batch_JobInfo_ePBS.hxx"
  47
  48 using namespace std;
  49
  50 namespace Batch {
  51
  52   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  53                                        CommunicationProtocolType protocolType, const char * mpiImpl)
  54     : BatchManager_eClient(parent, host, protocolType, mpiImpl)
  55   {
  56     // Nothing to do
  57   }
  58
  59   // Destructeur
  60   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  61   {
  62     // Nothing to do
  63   }
  64
  65   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  66   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  67   {
  68     int status;
  69     Parametre params = job.getParametre();
  70     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  71     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  72     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  73     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  74     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  75
  76     // export input files on cluster
  77     exportInputFiles(job);
  78
  79     // build batch script for job
  80     buildBatchScript(job);
  81
  82     // define name of log file (local)
  83     string logFile = generateTemporaryFileName("PBS-submitlog");
  84
  85     // define command to submit batch
  86     string subCommand = string("cd ") + dirForTmpFiles + "; qsub " +
  87                         fileNameToExecute + "_Batch.sh";
  88     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  89     command += " > ";
  90     command += logFile;
  91     cerr << command.c_str() << endl;
  92     status = system(command.c_str());
  93     if(status)
  94       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
  95
  96     // read id of submitted job in log file
  97     ifstream idfile(logFile.c_str());
  98     string sline;
  99     idfile >> sline;
 100     idfile.close();
 101     if (sline.size() == 0)
 102       throw EmulationException("Error in the submission of the job on the remote host");
 103
 104     size_t pos = sline.find(".");
 105     string strjob;
 106     if(pos == string::npos)
 107       strjob = sline;
 108     else
 109       strjob = sline.substr(0,pos);
 110
 111     JobId id(this, strjob);
 112     return id;
 113   }
 114
 115   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 116   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 117   {
 118     int status;
 119     int ref;
 120     istringstream iss(jobid.getReference());
 121     iss >> ref;
 122
 123     // define command to delete batch
 124     string subCommand = string("qdel ") + iss.str();
 125     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 126     cerr << command.c_str() << endl;
 127     status = system(command.c_str());
 128     if (status)
 129       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 130
 131     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 132   }
 133
 134   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 135   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 136   {
 137     throw EmulationException("Not yet implemented");
 138   }
 139
 140   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 141   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 142   {
 143     throw EmulationException("Not yet implemented");
 144   }
 145
 146
 147   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 148   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 149   {
 150     throw EmulationException("Not yet implemented");
 151   }
 152
 153   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 154   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 155   {
 156     alterJob(jobid, param, Environnement());
 157   }
 158
 159   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 160   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 161   {
 162     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 163   }
 164
 165   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 166   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 167   {
 168     int id;
 169     istringstream iss(jobid.getReference());
 170     iss >> id;
 171
 172     // define name of log file (local)
 173     string logFile = generateTemporaryFileName(string("PBS-querylog-id") + jobid.getReference());
 174
 175     // define command to query batch
 176     string subCommand = string("qstat -f ") + iss.str();
 177     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
 178     command += " > ";
 179     command += logFile;
 180     cerr << command.c_str() << endl;
 181     int status = system(command.c_str());
 182     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 183       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 184
 185     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 186     return ji;
 187   }
 188
 189   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 190   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 191   {
 192     throw EmulationException("Not yet implemented");
 193   }
 194
 195   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job)
 196   {
 197     Parametre params = job.getParametre();
 198     Environnement env = job.getEnvironnement();
 199     const long nbproc = params[NBPROC];
 200     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 201     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 202     const string workDir = params[WORKDIR];
 203     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 204     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 205     const string home = params[HOMEDIR];
 206     const std::string queue = params[QUEUE];
 207     std::string rootNameToExecute;
 208     std::string fileNameToExecute;
 209     std::string filelogtemp;
 210     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 211       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 212       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 213       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 214
 215 #ifdef MSVC
 216       char fname[_MAX_FNAME];
 217       char ext[_MAX_EXT];
 218       _splitpath_s(fileToExecute.c_str(), NULL, 0, NULL, 0, fname, _MAX_FNAME, ext, _MAX_EXT);
 219       string execBaseName = string(fname) + ext;
 220 #else
 221       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
 222       string execBaseName = string(basename(basec));
 223       free(basec);
 224 #endif
 225
 226       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + execBaseName;
 227
 228       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 229       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 230     }
 231     else{
 232       rootNameToExecute = "command";
 233     }
 234
 235     ofstream tempOutputFile;
 236     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("PBS-script", tempOutputFile);
 237
 238     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 239     if (queue != "")
 240       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 241     if( edt > 0 )
 242       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 243     if( mem > 0 )
 244       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 245     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 246       tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 247       tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 248     }
 249     else{
 250       tempOutputFile << "#PBS -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 251       tempOutputFile << "#PBS -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 252     }
 253     if( workDir.size() > 0 )
 254       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 255     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 256       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 257       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 258       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 259     }
 260     else{
 261       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 262       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 263     }
 264
 265     tempOutputFile.flush();
 266     tempOutputFile.close();
 267 #ifdef WIN32
 268     _chmod(
 269 #else
 270     chmod(
 271 #endif
 272       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 273     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 274
 275     int status = _protocol.copyFile(TmpFileName, "", "",
 276                                     dirForTmpFiles + "/" + rootNameToExecute + "_Batch.sh",
 277                                     _hostname, _username);
 278     if (status)
 279       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 280
 281     remove(TmpFileName.c_str());
 282   }
 283
 284 }