src/PBS/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  16 //  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36 #include <libgen.h>
  37
  38 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  39 #include "Batch_config.h"
  40
  41 using namespace std;
  42
  43 namespace Batch {
  44
  45   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  46                                        const char * protocol, const char * mpiImpl)
  47     : BatchManager_eClient(parent, host, protocol, mpiImpl)
  48   {
  49     // Nothing to do
  50   }
  51
  52   // Destructeur
  53   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  54   {
  55     // Nothing to do
  56   }
  57
  58   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  59   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  60   {
  61     int status;
  62     Parametre params = job.getParametre();
  63     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  64     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  65     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  66     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  67     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  68
  69     // export input files on cluster
  70     exportInputFiles(job);
  71
  72     // build batch script for job
  73     buildBatchScript(job);
  74
  75     // define name of log file (local)
  76     string logFile = generateTemporaryFileName("PBS-submitlog");
  77
  78     // define command to submit batch
  79     string command = "\"";
  80
  81     // Test protocol
  82     if( _protocol == "rsh" )
  83       command += RSH;
  84     else if( _protocol == "ssh" )
  85       command += SSH;
  86     else
  87       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
  88
  89     command += "\" ";
  90
  91     if(_username != ""){
  92       command += _username + "@";
  93     }
  94
  95     command += _hostname + " ";
  96 #ifndef WIN32
  97     command += "\"";
  98 #endif
  99     command += "cd " ;
 100     command += dirForTmpFiles ;
 101     command += "; qsub " ;
 102     command += fileNameToExecute ;
 103     command += "_Batch.sh";
 104 #ifndef WIN32
 105     command += "\"";
 106 #endif
 107     command += " > ";
 108     command += logFile;
 109     cerr << command.c_str() << endl;
 110     status = system(command.c_str());
 111     if(status)
 112       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 113
 114     // read id of submitted job in log file
 115     char line[128];
 116     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 117     fgets( line, 128, fp);
 118     fclose(fp);
 119
 120     string sline(line);
 121     size_t pos = sline.find(".");
 122     string strjob;
 123     if(pos == string::npos)
 124       strjob = sline;
 125     else
 126       strjob = sline.substr(0,pos);
 127
 128     JobId id(this, strjob);
 129     return id;
 130   }
 131
 132   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 133   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 134   {
 135     int status;
 136     int ref;
 137     istringstream iss(jobid.getReference());
 138     iss >> ref;
 139
 140     // define command to submit batch
 141     string command;
 142     command = _protocol;
 143     command += " ";
 144
 145     if (_username != ""){
 146       command += _username;
 147       command += "@";
 148     }
 149
 150     command += _hostname;
 151     command += " \"qdel " ;
 152     command += iss.str();
 153     command += "\"";
 154     cerr << command.c_str() << endl;
 155     status = system(command.c_str());
 156     if(status)
 157       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 158
 159     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 160   }
 161
 162   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 163   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 164   {
 165     throw EmulationException("Not yet implemented");
 166   }
 167
 168   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 169   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 170   {
 171     throw EmulationException("Not yet implemented");
 172   }
 173
 174
 175   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 176   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 177   {
 178     throw EmulationException("Not yet implemented");
 179   }
 180
 181   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 182   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 183   {
 184     alterJob(jobid, param, Environnement());
 185   }
 186
 187   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 188   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 189   {
 190     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 191   }
 192
 193   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 194   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 195   {
 196     int id;
 197     istringstream iss(jobid.getReference());
 198     iss >> id;
 199
 200     // define name of log file (local)
 201     string logFile = generateTemporaryFileName(string("PBS-querylog-id") + jobid.getReference());
 202
 203     // define command to query batch
 204     string command = "\"";
 205
 206     // Test protocol
 207     if( _protocol == "rsh" )
 208       command += RSH;
 209     else if( _protocol == "ssh" )
 210       command += SSH;
 211     else
 212       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
 213
 214     command += "\" ";
 215
 216     if (_username != ""){
 217       command += _username + "@";
 218     }
 219
 220     command += _hostname + " ";
 221 #ifndef WIN32
 222     command += "\"";
 223 #endif
 224     command += "qstat -f " ;
 225     command += iss.str();
 226 #ifndef WIN32
 227     command += "\"";
 228 #endif
 229     command += " > ";
 230     command += logFile;
 231     cerr << command.c_str() << endl;
 232     int status = system(command.c_str());
 233     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 234       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 235
 236     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 237     return ji;
 238   }
 239
 240   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 241   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 242   {
 243     throw EmulationException("Not yet implemented");
 244   }
 245
 246   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job)
 247   {
 248     int status;
 249     Parametre params = job.getParametre();
 250     Environnement env = job.getEnvironnement();
 251     const long nbproc = params[NBPROC];
 252     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 253     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 254     const string workDir = params[WORKDIR];
 255     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 256     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 257     const string home = params[HOMEDIR];
 258     const std::string queue = params[QUEUE];
 259     std::string rootNameToExecute;
 260     std::string fileNameToExecute;
 261     std::string filelogtemp;
 262     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 263       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 264       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 265       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 266       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
 267       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + string(basename(basec));
 268       free(basec);
 269
 270       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 271       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 272     }
 273     else{
 274       rootNameToExecute = "command";
 275     }
 276
 277     ofstream tempOutputFile;
 278     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("PBS-script", tempOutputFile);
 279
 280     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 281     if (queue != "")
 282       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 283     if( edt > 0 )
 284       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 285     if( mem > 0 )
 286       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 287     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 288       tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 289       tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 290     }
 291     else{
 292       tempOutputFile << "#PBS -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 293       tempOutputFile << "#PBS -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 294     }
 295     if( workDir.size() > 0 )
 296       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 297     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 298       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 299       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 300       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 301     }
 302     else{
 303       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 304       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 305     }
 306
 307     tempOutputFile.flush();
 308     tempOutputFile.close();
 309 #ifdef WIN32
 310     _chmod(
 311 #else
 312     chmod(
 313 #endif
 314       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 315     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 316
 317     string command = "\"";
 318
 319     // Test protocol
 320     if( _protocol == "rsh" ) {
 321       command += RCP;
 322     } else if( _protocol == "ssh" ) {
 323       command += SCP;
 324     } else
 325       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
 326
 327     command += "\" ";
 328
 329     command += TmpFileName;
 330     command += " ";
 331     if(_username != ""){
 332       command +=  _username;
 333       command += "@";
 334     }
 335     command += _hostname;
 336     command += ":";
 337     command += dirForTmpFiles ;
 338     command += "/" ;
 339     command += rootNameToExecute ;
 340     command += "_Batch.sh" ;
 341     cerr << command.c_str() << endl;
 342     status = system(command.c_str());
 343     if(status)
 344       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 345
 346     remove(TmpFileName.c_str());
 347   }
 348
 349 }