src/PBS/Batch_BatchManager_ePBS.cxx

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   2 //
   3 //  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
   4 //  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
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  17 //  License along with this library; if not, write to the Free Software
  18 //  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19 //
  20 //  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21 //
  22 /*
  23  * BatchManager_ePBS.cxx : emulation of PBS client
  24  *
  25  * Auteur : Bernard SECHER - CEA DEN
  26  * Mail   : mailto:bernard.secher@cea.fr
  27  * Date   : Thu Apr 24 10:17:22 2008
  28  * Projet : PAL Salome
  29  *
  30  */
  31
  32 #include <iostream>
  33 #include <fstream>
  34 #include <sstream>
  35 #include <sys/stat.h>
  36
  37 #include "Batch_config.h"
  38
  39 #ifdef MSVC
  40 #include <io.h>
  41 #else
  42 #include <libgen.h>
  43 #endif
  44
  45 #include "Batch_BatchManager_ePBS.hxx"
  46
  47 using namespace std;
  48
  49 namespace Batch {
  50
  51   BatchManager_ePBS::BatchManager_ePBS(const FactBatchManager * parent, const char * host,
  52                                        const char * protocol, const char * mpiImpl)
  53     : BatchManager_eClient(parent, host, protocol, mpiImpl)
  54   {
  55     // Nothing to do
  56   }
  57
  58   // Destructeur
  59   BatchManager_ePBS::~BatchManager_ePBS()
  60   {
  61     // Nothing to do
  62   }
  63
  64   // Methode pour le controle des jobs : soumet un job au gestionnaire
  65   const JobId BatchManager_ePBS::submitJob(const Job & job)
  66   {
  67     int status;
  68     Parametre params = job.getParametre();
  69     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
  70     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
  71     string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
  72     string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
  73     std::string fileNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
  74
  75     // export input files on cluster
  76     exportInputFiles(job);
  77
  78     // build batch script for job
  79     buildBatchScript(job);
  80
  81     // define name of log file (local)
  82     string logFile = generateTemporaryFileName("PBS-submitlog");
  83
  84     // define command to submit batch
  85     string command = "\"";
  86
  87     // Test protocol
  88     if( _protocol == "rsh" )
  89       command += RSH;
  90     else if( _protocol == "ssh" )
  91       command += SSH;
  92     else
  93       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
  94
  95     command += "\" ";
  96
  97     if(_username != ""){
  98       command += _username + "@";
  99     }
 100
 101     command += _hostname + " ";
 102 #ifndef WIN32
 103     command += "\"";
 104 #endif
 105     command += "cd " ;
 106     command += dirForTmpFiles ;
 107     command += "; qsub " ;
 108     command += fileNameToExecute ;
 109     command += "_Batch.sh";
 110 #ifndef WIN32
 111     command += "\"";
 112 #endif
 113     command += " > ";
 114     command += logFile;
 115     cerr << command.c_str() << endl;
 116     status = system(command.c_str());
 117     if(status)
 118       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 119
 120     // read id of submitted job in log file
 121     char line[128];
 122     FILE *fp = fopen(logFile.c_str(),"r");
 123     fgets( line, 128, fp);
 124     fclose(fp);
 125
 126     string sline(line);
 127     size_t pos = sline.find(".");
 128     string strjob;
 129     if(pos == string::npos)
 130       strjob = sline;
 131     else
 132       strjob = sline.substr(0,pos);
 133
 134     JobId id(this, strjob);
 135     return id;
 136   }
 137
 138   // Methode pour le controle des jobs : retire un job du gestionnaire
 139   void BatchManager_ePBS::deleteJob(const JobId & jobid)
 140   {
 141     int status;
 142     int ref;
 143     istringstream iss(jobid.getReference());
 144     iss >> ref;
 145
 146     // define command to submit batch
 147     string command;
 148     command = _protocol;
 149     command += " ";
 150
 151     if (_username != ""){
 152       command += _username;
 153       command += "@";
 154     }
 155
 156     command += _hostname;
 157     command += " \"qdel " ;
 158     command += iss.str();
 159     command += "\"";
 160     cerr << command.c_str() << endl;
 161     status = system(command.c_str());
 162     if(status)
 163       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 164
 165     cerr << "jobId = " << ref << "killed" << endl;
 166   }
 167
 168   // Methode pour le controle des jobs : suspend un job en file d'attente
 169   void BatchManager_ePBS::holdJob(const JobId & jobid)
 170   {
 171     throw EmulationException("Not yet implemented");
 172   }
 173
 174   // Methode pour le controle des jobs : relache un job suspendu
 175   void BatchManager_ePBS::releaseJob(const JobId & jobid)
 176   {
 177     throw EmulationException("Not yet implemented");
 178   }
 179
 180
 181   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 182   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param, const Environnement & env)
 183   {
 184     throw EmulationException("Not yet implemented");
 185   }
 186
 187   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 188   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Parametre & param)
 189   {
 190     alterJob(jobid, param, Environnement());
 191   }
 192
 193   // Methode pour le controle des jobs : modifie un job en file d'attente
 194   void BatchManager_ePBS::alterJob(const JobId & jobid, const Environnement & env)
 195   {
 196     alterJob(jobid, Parametre(), env);
 197   }
 198
 199   // Methode pour le controle des jobs : renvoie l'etat du job
 200   JobInfo BatchManager_ePBS::queryJob(const JobId & jobid)
 201   {
 202     int id;
 203     istringstream iss(jobid.getReference());
 204     iss >> id;
 205
 206     // define name of log file (local)
 207     string logFile = generateTemporaryFileName(string("PBS-querylog-id") + jobid.getReference());
 208
 209     // define command to query batch
 210     string command = "\"";
 211
 212     // Test protocol
 213     if( _protocol == "rsh" )
 214       command += RSH;
 215     else if( _protocol == "ssh" )
 216       command += SSH;
 217     else
 218       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
 219
 220     command += "\" ";
 221
 222     if (_username != ""){
 223       command += _username + "@";
 224     }
 225
 226     command += _hostname + " ";
 227 #ifndef WIN32
 228     command += "\"";
 229 #endif
 230     command += "qstat -f " ;
 231     command += iss.str();
 232 #ifndef WIN32
 233     command += "\"";
 234 #endif
 235     command += " > ";
 236     command += logFile;
 237     cerr << command.c_str() << endl;
 238     int status = system(command.c_str());
 239     if(status && status != 153 && status != 256*153)
 240       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 241
 242     JobInfo_ePBS ji = JobInfo_ePBS(id,logFile);
 243     return ji;
 244   }
 245
 246   // Methode pour le controle des jobs : teste si un job est present en machine
 247   bool BatchManager_ePBS::isRunning(const JobId & jobid)
 248   {
 249     throw EmulationException("Not yet implemented");
 250   }
 251
 252   void BatchManager_ePBS::buildBatchScript(const Job & job)
 253   {
 254     int status;
 255     Parametre params = job.getParametre();
 256     Environnement env = job.getEnvironnement();
 257     const long nbproc = params[NBPROC];
 258     const long edt = params[MAXWALLTIME];
 259     const long mem = params[MAXRAMSIZE];
 260     const string workDir = params[WORKDIR];
 261     const std::string dirForTmpFiles = params[TMPDIR];
 262     const string fileToExecute = params[EXECUTABLE];
 263     const string home = params[HOMEDIR];
 264     const std::string queue = params[QUEUE];
 265     std::string rootNameToExecute;
 266     std::string fileNameToExecute;
 267     std::string filelogtemp;
 268     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 269       string::size_type p1 = fileToExecute.find_last_of("/");
 270       string::size_type p2 = fileToExecute.find_last_of(".");
 271       rootNameToExecute = fileToExecute.substr(p1+1,p2-p1-1);
 272
 273 #ifdef MSVC
 274       char fname[_MAX_FNAME];
 275       char ext[_MAX_EXT];
 276       _splitpath_s(fileToExecute.c_str(), NULL, 0, NULL, 0, fname, _MAX_FNAME, ext, _MAX_EXT);
 277       string execBaseName = string(fname) + ext;
 278 #else
 279       char* basec=strdup(fileToExecute.c_str());
 280       string execBaseName = string(basename(basec));
 281       free(basec);
 282 #endif
 283
 284       fileNameToExecute = "~/" + dirForTmpFiles + "/" + execBaseName;
 285
 286       int idx = dirForTmpFiles.find("Batch/");
 287       filelogtemp = dirForTmpFiles.substr(idx+6, dirForTmpFiles.length());
 288     }
 289     else{
 290       rootNameToExecute = "command";
 291     }
 292
 293     ofstream tempOutputFile;
 294     std::string TmpFileName = createAndOpenTemporaryFile("PBS-script", tempOutputFile);
 295
 296     tempOutputFile << "#! /bin/sh -f" << endl;
 297     if (queue != "")
 298       tempOutputFile << "#BSUB -q " << queue << endl;
 299     if( edt > 0 )
 300       tempOutputFile << "#PBS -l walltime=" << edt*60 << endl ;
 301     if( mem > 0 )
 302       tempOutputFile << "#PBS -l mem=" << mem << "mb" << endl ;
 303     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 304       tempOutputFile << "#PBS -o " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/output.log." << filelogtemp << endl ;
 305       tempOutputFile << "#PBS -e " << home << "/" << dirForTmpFiles << "/error.log." << filelogtemp << endl ;
 306     }
 307     else{
 308       tempOutputFile << "#PBS -o " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".output.log" << endl ;
 309       tempOutputFile << "#PBS -e " << dirForTmpFiles << "/" << env["LOGFILE"] << ".error.log" << endl ;
 310     }
 311     if( workDir.size() > 0 )
 312       tempOutputFile << "cd " << workDir << endl ;
 313     if( fileToExecute.size() > 0 ){
 314       tempOutputFile << _mpiImpl->boot("${PBS_NODEFILE}",nbproc);
 315       tempOutputFile << _mpiImpl->run("${PBS_NODEFILE}",nbproc,fileNameToExecute);
 316       tempOutputFile << _mpiImpl->halt();
 317     }
 318     else{
 319       tempOutputFile << "source " << env["SOURCEFILE"] << endl ;
 320       tempOutputFile << env["COMMAND"];
 321     }
 322
 323     tempOutputFile.flush();
 324     tempOutputFile.close();
 325 #ifdef WIN32
 326     _chmod(
 327 #else
 328     chmod(
 329 #endif
 330       TmpFileName.c_str(), 0x1ED);
 331     cerr << TmpFileName.c_str() << endl;
 332
 333     string command = "\"";
 334
 335     // Test protocol
 336     if( _protocol == "rsh" ) {
 337       command += RCP;
 338     } else if( _protocol == "ssh" ) {
 339       command += SCP;
 340     } else
 341       throw EmulationException("Unknown protocol : only rsh and ssh are known !");
 342
 343     command += "\" ";
 344
 345     command += TmpFileName;
 346     command += " ";
 347     if(_username != ""){
 348       command +=  _username;
 349       command += "@";
 350     }
 351     command += _hostname;
 352     command += ":";
 353     command += dirForTmpFiles ;
 354     command += "/" ;
 355     command += rootNameToExecute ;
 356     command += "_Batch.sh" ;
 357     cerr << command.c_str() << endl;
 358     status = system(command.c_str());
 359     if(status)
 360       throw EmulationException("Error of connection on remote host");
 361
 362     remove(TmpFileName.c_str());
 363   }
 364
 365 }